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Exploring the plant response to cadmium exposure by transcriptomic, proteomic and metabolomic approaches: Potentiality of high-throughput methods, promises of integrative biology

Authors :
Alain Vavasseur
Christophe Junot
Florent Villiers
Nathalie Leonhardt
Véronique Hugouvieux
Jacques Bourguignon
Yves Vandenbrouck
Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV)
Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institut de Biosciences et de Biotechnologies de Grenoble (ex-IRTSV) (BIG)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Laboratoire des Echanges Membranaires et Signalisation (LEMS)
Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Laboratoire d'Etude du Métabolisme des Médicaments (LEMM)
Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI)
Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS)
Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Laboratoire Biologie, Informatique et Mathématiques
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
D. K. Gupta and L. M. Sandalio
Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])
Source :
Metal Toxicity in Plants: Perception, Signaling and Remediation, D. K. Gupta and L. M. Sandalio. Metal Toxicity in Plants: Perception, Signaling and Remediation, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, Germany, pp.119-142, 2012, Metal Toxicity in Plants: Perception, Signaling and Remediation, Springer Berlin Heidelberg, pp.119-142, 2012, 978-3-642-22081-4. ⟨10.1007/978-3-642-22081-4_6⟩, Metal Toxicity in Plants: Perception, Signaling and Remediation ISBN: 9783642220807
Publication Year :
2012
Publisher :
HAL CCSD, 2012.

Abstract

With the evolution of high-throughput techniques, performing organism-wide analyses of gene expression, protein content and metabolite profile is becoming easier. This new era of biology opens the way for incredibly promising advances but also extremely challenging difficulties in the aim of integrating these datasets into biologically relevant models. To address questions and unravel networks occurring in cadmium stressed plants, researchers have already taken advantage of such tools. We provide here an overview of the discoveries that have been made regarding plant−cadmium interaction using “omics” methods, and show how their use is relevant to compare species and stresses at the whole plant level. At the end, we propose future breakthroughs to be addressed using these techniques, and discuss the up-coming challenges of data mining and model drawing.

Details

Language :
English
ISBN :
978-3-642-22081-4
978-3-642-22080-7
ISBNs :
9783642220814 and 9783642220807
Database :
OpenAIRE
Journal :
Metal Toxicity in Plants: Perception, Signaling and Remediation, D. K. Gupta and L. M. Sandalio. Metal Toxicity in Plants: Perception, Signaling and Remediation, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, Germany, pp.119-142, 2012, Metal Toxicity in Plants: Perception, Signaling and Remediation, Springer Berlin Heidelberg, pp.119-142, 2012, 978-3-642-22081-4. ⟨10.1007/978-3-642-22081-4_6⟩, Metal Toxicity in Plants: Perception, Signaling and Remediation ISBN: 9783642220807
Accession number :
edsair.doi.dedup.....fea35d787c5689d8d8d97387e492786c