Covid-19: aspectos do diagnostico e vigilância genômica das linhagens circulantes no estado do Ceará

SARS-CoV-2 virus emerged in December 2019 and has rapidly spread around the world. In January 2020, the first genome sequence was available, with approximately 30000 bases. Since then, the virus accumulated diverse mutations, leading to the emergence of different lineages. In this work, a review was carried out on the gold standard method for SARS-CoV-2 detection, addressing the factors that may contribute to the achievement of false negative or false positive results. An in-silico analysis identified the formation of primer and/or probe homodimers in the China CDC (ORF1ab target), Charité (E gene) and HKU (N gene) diagnostic kits; and heterodimers in the China CDC (N gene), Charité (E gene), and US CDC (N2 and N3 genes) kits, these being the kits more likely to generate false results. In this work, 34 genomes of SARS-CoV-2 were sequenced, from samples obtained between July/20 and July/21 in Ceará. These sequences, analyzed together with sequences deposited in the GISAID database in this period for Ceará, revealed the occurrence of 8 lineages between March and December 2020. The most prevalent strain was B.1.1.33 (n=45), followed by B.1 (n=21), B.1.212 (n=19) and P.2 (n=14). In this work, 202 SNVs (Single Nucleotide Variant) were identified among the 34 sequenced genomes. Mutations with >40% prevalence include p.F924F and p. P4715, both in ORF1ab; p.D614G in the S gene; p.I33T in ORF6; p.R203K, p.R203R, p.G204R and p.I292T in the N gene. The only mutation detected in 100% of our sequenced genomes was D614G in the S gene. Genomic surveillance of circulating lineages allows us to monitor the pandemic, assisting in government decision-making and in monitoring the virus. In GISAID database, few SARS-CoV-2 genomes come from samples collected in the first months of the pandemic in Ceará. Our data aim to fill these gaps and contribute to a better understanding of SARS-CoV-2 variants genetic diversity and their prevalence in Ceará.state. O vírus SARS-CoV-2 foi identificado em dezembro de 2019 e se espalhou rapidamente pelo mundo. Em janeiro de 2020, o primeiro genoma estava disponível, com aproximadamente 30000 bases. Desde então, o vírus acumulou diversas mutações, levando ao surgimento de diferentes linhagens. Neste trabalho, foi realizada uma revisão sobre o método padrão ouro para a detecção do SARS-CoV-2, abordando diversos fatores que podem contribuir para a obtenção de resultados falsos negativos ou falsos positivos. Uma análise in silico identificou a formação de homodímeros de iniciadores e/ou sondas nos kits de diagnóstico China CDC (ORF1ab target), Charité (gene E) e HKU (gene N); e heterodímeros nos kits China CDC (gene N), Charité (gene E), e US CDC (genes N2 e N3), sendo esses os kits mais passíveis de gerarem resultados falsos. Neste trabalho, também foi realizado o sequenciamento de 34 genomas do SARS-CoV-2, isolados entre julho/20 e julho/21 no Ceará. Essas sequencias, analisadas em conjunto com sequencias depositadas no banco de dados GISAID neste período para o Ceará, revelaram a ocorrência de 8 linhagens entre março e dezembro de 2020. A linhagem mais prevalente foi a B.1.1.33 (n=45), seguida por B.1 (n=21), B.1.212 (n=19) e P.2 (n=14). Além da identificação das linhagens circulantes, esse trabalho proporcionou a identificação de 202 SNVs (Variantes de Nucleotídeo Único), entre os 34 genomas sequenciados. Mutações com >40% de prevalência incluem p.F924F e p. P4715, ambos em ORF1ab; p.D614G no gene S; p.I33T em ORF6; p.R203K, p.R203R, p.G204R e p.I292T no gene N. A única mutação detectada em todos os 34 genomas sequenciados foi a D614G no gene S. A vigilância genômica das linhagens circulantes nos permite monitorar a pandemia, auxiliando na tomada de decisões do governo e no rastreamento do vírus. No banco de dados GISAID, poucos genomas de SARS-CoV-2 são provenientes de amostras coletadas nos primeiros meses da pandemia no Ceará. Nossos dados visam preencher essas lacunas e contribuir para o melhor entendimento da diversidade genética das variantes e sua prevalência no estado do Ceará.