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Cell-Type-Specific Gene Expression Profiling in Adult Mouse Brain Reveals Normal and Disease-State Signatures

Authors :
Merienne, Nicolas
Meunier, Cécile
Schneider, Anne
Seguin, Jonathan
Nair, Satish
Rocher, Anne
Le Gras, Stéphanie
Keime, Celine
Faull, Richard
Pellerin, Luc
Chatton, Jean-Yves
Neri, Christian
Mérienne, Karine
Déglon, Nicole
Centre Hospitalier Universitaire Vaudois [Lausanne] (CHUV)
Université de Lausanne (UNIL)
Laboratoire de neurosciences cognitives et adaptatives (LNCA)
Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Sorbonne Université (SU)
Adaptation Biologique et Vieillissement = Biological Adaptation and Ageing (B2A)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
University of Auckland [Auckland]
Centre de résonance magnétique des systèmes biologiques (CRMSB)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)
Résonance magnétique des systèmes biologiques (RMSB)
Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
UNIROUEN - UFR Santé (UNIROUEN UFR Santé)
Université de Rouen Normandie (UNIROUEN)
Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)
Département d'Informatique et de Recherche Opérationnelle [Montreal] (DIRO)
Université de Montréal (UdeM)
Reproduction et développement des plantes (RDP)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)
Centre de génétique et de physiologie moléculaire et cellulaire (CGPhiMC)
Université de Lyon-Université de Lyon
Biologie et Pathologie du Neurone (Brain-C)
Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS)
Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS)
Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Laboratoire des Maladies Neurodégénératives - UMR 9199 (LMN)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Service MIRCEN (MIRCEN)
Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB)
Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA))
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Service MIRCEN (MIRCEN)
Institut de Biologie François JACOB (JACOB)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Université de Montréal [Montréal]
École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS)
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Source :
Cell Reports, Cell Reports, Elsevier Inc, 2019, 26 (9), pp.2477-2493.e9. ⟨10.1016/j.celrep.2019.02.003⟩, Cell reports, vol. 26, no. 9, pp. 2477-2493.e9
Publication Year :
2019
Publisher :
HAL CCSD, 2019.

Abstract

International audience; The role of brain cell-type-specific functions and profiles in pathological and non-pathological contexts is still poorly defined. Such cell-type-specific gene expression profiles in solid, adult tissues would benefit from approaches that avoid cellular stress during isolation. Here, we developed such an approach and identified highly selective transcriptomic signatures in adult mouse striatal direct and indirect spiny projection neurons, astrocytes, and microglia. Integrating transcriptomic and epigenetic data, we obtained a comprehensive model for cell-type-specific regulation of gene expression in the mouse striatum. A cross-analysis with transcriptomic and epigenomic data generated from mouse and human Huntington’s disease (HD) brains shows that opposite epigenetic mechanisms govern the transcriptional regulation of striatal neurons and glial cells and may contribute to pathogenic and compensatory mechanisms. Overall, these data validate this less stressful method for the investigation of cellular specificity in the adult mouse brain and demonstrate the potential of integrative studies using multiple databases.

Details

Language :
English
ISSN :
22111247
Database :
OpenAIRE
Journal :
Cell Reports, Cell Reports, Elsevier Inc, 2019, 26 (9), pp.2477-2493.e9. ⟨10.1016/j.celrep.2019.02.003⟩, Cell reports, vol. 26, no. 9, pp. 2477-2493.e9
Accession number :
edsair.pmid.dedup....06c1cb01d438461d088ec232312a83d1