Sự lưu hành và biến đổi di truyền của virus cúm gia cầm Type A H5N1 trên gia cầm tại một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long

Cúm gia cầm là bệnh truyền nhiễm cấp tính của loài gia cầm do virus cúm thuộc họ Orthomyxoviridae gây ra. Trong nghiên cứu sự lưu hành và biến đổi di truyền của virus cúm gia cầm type A H5N1 tại các tỉnh Hậu Giang, Sóc Trăng, Trà Vinh và Vĩnh Long đã tiến hành lấy mẫu dịch hầu họng (swab) trên gà, vịt khỏe bán tại các chợ và các lò giết mổ. Các mẫu dịch hầu họng được xét nghiệm bằng kỹ thuật Real time RT-PCR để định danh virus cúm gia cầm type A H5N1 nhằm xác định tỷ lệ lưu hành. Giải trình tự gene HA đối với một số mẫu đại diện để xác định sự biến đổi di truyền và clade virus. Kết quả cho thấy, tỷ lệ lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N1 trên gia cầm tại bốn tỉnh vùng Đồng bằng sông Cửu Long (Hậu Giang, Sóc Trăng, Trà Vinh, Vĩnh Long) là 6,5%, tỷ lệ lưu hành trên vịt là 9,7% và trên gà là 4%. Bên cạnh đó, kết quả khảo sát sự biến đổi di truyền cho thấy, tỷ lệ nucleotide của các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 lưu hành tại các địa phương sai khác so với chủng virus tham chiếu A/Hong Kong/6841/2010 từ 2,3-3,2%. Trình tự các acid amin ở vị trí nối kết giữa đoạn HA1 và HA2 là Q-ERRRKR-G tương đồng với trình tự của chủng virus tham chiếu A/Hong Kong/6841/2010. Các chủng virus cúm gia cầm type A H5N1 lưu hành tại các tỉnh Hậu Giang, Sóc Trăng, Trà Vinh và Vĩnh Long thuộc clade 2.3.2.1c