Fox gene loci in Takifugu rubripes and Tetraodon nigroviridis genomes and comparison with those of medaka and zebrafish genomes

Members of the Fox gene family of transcriptional regulators are essential for animal development and have been extensively studied in vertebrates. The mouse and human genomes contain at least 40 FOX genes which are divided into 19 subclasses based on the sequence similarity of the highly conserved forkhead domain. Using the genome sequence of the Takifugu rubripes and Tetraodon nigroviridis, we examined the genomic complement of fox genes in these organisms to gain insight into the evolutionary relationship of this gene family. We identified 53 fox genes in Tetraodon nigroviridis and Takifugu rubripes genome by searching the forkhead domain. These genes are divided into 18 subclasses as follows: 8 fox genes in subclass O; 6 in subclass P ; 4 in subclasses D, J, and N; 3 in subclasses A, B, C, E, F, and I; 2 in subclasses K, L, and Q; and 1 in subclasses G, H, M, and R. Together with the forkhead domain sequences of human, chicken, frog, zebrafish, medaka, and Caenorhabditis elegans, the phylogenetic relationship of the fox genes in Takifugu rubripes and Tetraodon nigroviridis were analyzed and compared. The genes structure, general features, and the three-dimensional model of these genes were also discussed. Key words: Tetraodon nigroviridis, Takifugu rubripes, Forkhead, genome duplication, evolution. Les membres de la famille des genes Fox de regulateurs transcriptionnels sont essentiels au developpement chez les animaux et ils ont ete etudies en detail chez les vertebres. Les genomes humain et murin comptent plus de 40 genes FOX qui sont divises en 19 sous-classes sur la base de la similarite des sequences au sein de la region conservee que constitue le domaine forkhead. A l'aide de la sequence genomique du Takifugu rubripes et du Tetraodon nigroviridis, les auteurs ont examine le complement de genes fox chez ces especes pour en apprendre davantage sur les relations evolutives au sein de cette famille de genes. Les auteurs ont identifie 53 genes fox au sein des genomes du Tetraodon nigroviridis et du Takifugu rubripes en recherchant le domaine forkhead. Ces genes forment 18 sous-classes de la maniere suivante : 8 genes fox font partie de la sous-classe O; 6 forment la sous-classe P; 4 appartiennent aux sous-classes D, J et N; 3 font partie des sous-classes A, B, C, E, F et I; 2 appartiennent aux sous-classes K, L et Q; et 1 seul forment les sous-classes G, H, M et R. En prenant les sequences des domaines forkhead des genes de l' humain, du poulet, de la grenouille, du poisson zebre, du medaka et du Caenorhabditis elegans, les relations phylogenetiques des genes fox du Takifugu rubripes et du Tetraodon nigroviridis ont ete analysees et comparees. La structure des genes, leurs proprietes generales et les modeles tridimensionnels de ces genes sont egalement discutes. Mots-cles : Tetraodon nigriviridis, Takifugu rubripes, Forkhead, duplication genomique, evolution. [Traduit par la Redaction]
Introduction The FOX genes are members of the forkhead/winged helix family of transcription factors. These genes play important roles in a variety of developmental processes, including germ layer specification, gastrulation, [...]