Sequence of Trypanosoma cruzi reference strain SC43 nuclear genome and kinetoplast maxicircle confirms a strong genetic structure among closely related parasite discrete typing units

Chagas disease is a zoonotic, parasitic, vector-borne neglected tropical disease that affects the lives of over 6 million people throughout the Americas. Trypanosoma cruzi,the causative agent,presents extensive genetic diversity. Here we report the genome sequence of reference strain SC43cl1, a hybrid strain belonging to the TcV discrete typing unit (DTU). The assembled diploid genome was 79 Mbp in size, divided into 1236 con-tigs with an average coverage reaching 180 *. There was extensive synteny of SC43cl1 genome with closely related TcV and TcVI genomes, with limited sequence rearrangements. TcVI genomes included several expansions not present in TcV strains. Comparative analysis of both nuclear and kinetoplast sequences clearly separated TcV from TcVI strains, which strongly supports the current DTU classification. Key words: Chagas disease, parasite, diversity, phylogeny. La maladie de Chagas est une zoonose parasitaire tropicale transmise par un vecteur et peu étudiée qui affecte les vies de plus de 6 millions de personnes à travers les Amériques. Le Trypanosoma cruzi,l''agent causal, présente une très grande diversité génétique. Dans ce travail, les auteurs rapportent la séquence du génome de la souche de référence SC43c11, une souche hybride appartenant au groupe (ou DTU pour [beaucoup moins que] discrete typing unit [beaucoup plus grand que]) TcV. Le génome diploïde assemblé mesure 79 Mb, formé par 1236 contigs dont la couverture moyenne était de 180 *. Une grande synténie, avec peu de réarrangements, a été observée entre le génome de SC43c11 et ceux des souches apparentées des groupes TcV et TcVI. Les génomes des souches appartenant au groupe TcVI comprenaient plusieurs expansions qui sont absentes des souches du groupe TcV. Une analyse comparée des séquences nucléaires et du kinétoplaste ont permis de clairement séparer les souches des groupes TcV et TcVI, ce qui supporte fortement la classification DTU actuelle. [Traduit par la Rédaction] Mots-clés: maladie de Chagas, parasite, diversité, phylogénie.
Introduction Chagas disease is a zoonotic, parasitic, vector-borne neglected tropical disease that is endemic to the Americas where it affects the lives of over 6 million people. It is caused [...]