Influence of micropropagation through somatic embryogenesis on somaclonal variation in coffee (Coffea arabica): assessment of variations at the phenotypical, cytological, genetic and epigenetic level

La variation somaclonale (VS) est une préoccupation majeure de tous les systèmes de micropropagation. Elle est décrite comme un changement phénotypique présent chez les vitroplants et pourrait être générée par une large gamme de mécanismes génétique et épigénétiques. Des hybrides de Coffea arabica hautement productifs sont distribuées sous forme clonale par embryogenèse somatique (ES) en Meso-Amérique. L'objectif de ce travail chez le caféier est d'évaluer la conformité génétique des plants multipliés par ES (somaplants), de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans les SV et finalement d'optimiser les conditions de culture. Nous avons évalué les variations dans les plantes régénérées au niveau phénotypique, cytologique (comptage de chromosomes), génétique (mutations/marqueurs AFLPs, réactivation d'éléments transposables/ marqueurs S-SAP) et épigénétique (méthylation/marqueurs MSAP) en utilisant deux approches complémentaires. Tout d'abord, nous avons étudié chez deux hybrides des conditions de cultures industrielles supposées peu mutagènes grâce à l'utilisation combinée d'une courte période de prolifération (6 mois) et d'un faible apporte en auxine (0-1.4 ?M 2,4-D). Deux systèmes de prolifération i.e. l'embryogenèse secondaire et les suspensions embryogènes seront comparés, le dernier étant plus productif et économique. Les analyses moléculaires AFLP et MSAP sur 145 somaplants montrent que les polymorphismes génétique et épigénétique entre plantes mères et somaplants sont extrêmement réduits, i.e. dans l'intervalle 0-0,003% et 0,07-0,18% respectivement, sans différence significative entre les systèmes de prolifération. Aucun somaplant ne cumule plus de 3 polymorphismes de méthylation. Pour les deux hybrides testés, des observations phénotypiques massives en pépinière et au champ ont révélé de très faibles niveaux de VS (0,9% pour 800.000 plantes). Des analyses cytologiques ont mis en évidence des nombres de chromosomes anormaux (41-43, 45) chez la plupart des