A chemical proteomic strategy for studying pyridoxal phosphate-dependent enzymes

Pyridoxal phosphate-dependent enzymes (PLP-DEs) are ubiquitous, catalytically diverse and essential for basic metabolism. A chemical proteomic strategy was developed for reporting on PLP-DEs in cells using functionalized PL-cofactor mimics. Biochemical, crystallographic and quantitative MS studies show that the probes are effectively absorbed, metabolized and integrated into biological systems. Our method enabled access to 73% of the Staphylococcus aureus PLP-ome and could be used to identify new PLP-DEs, screen for drug off-targets and probe enzyme active sites.
Pyridoxalphosphat-abhängige Enzyme (PLP-DEs) sind vielfältig und für den Metabolismus essentiell. Zur Untersuchung zellulärer PLP-DEs wurde eine proteomische Methode mittels PL-Cofaktor Derivaten entwickelt. Durch biochemische und MS-basierte Studien konnte nachgewiesen werden, dass die Sonden effektiv aufgenommen, metabolisiert und in biologische Netzwerke eingebaut werden. Mithilfe dieser Strategie konnten 73% des PLP-oms von Staphylococcus aureus sowie neue PLP-DEs, off-targets von Medikamenten und aktive Zentren von Enzymen identifiziert werden.