Speziesabgrenzung innerhalb der Gattung Pseudomonas und Bacillus cereus s.l. auf der Basis von Genomsequenzen

Die Optimierung einer verbreiteten Methode zur Herstellung von Bibliotheken für die Genomsequenzierung wurde entwickelt und auf die Genomsequenzierung angewandt. Außerdem werden strikte Spezies-Grenzwerte für die weitläufig verwendeten Indices ANIb sowie ANIm vorgeschlagen und für die Genomospezies-Abgrenzung innerhalb der Gattung Pseudomonas und B. cereus s.l. verwendet. Zudem wird geklärt, inwieweit sich B. cereus s.l. Virulenzfaktoren auf Basis ihrer Präsenz/Absenz Muster als Spezies-Marker eignen. Abschließend wird ein neues nomenklatorisches System für diese bakterielle Gruppe vorgestellt.
First, optimizations to a popular library preparation procedure for whole-genome sequencing are described and were used for genome sequencing. Then, strict species thresholds for the widely used genomic indices ANIb and ANIm are proposed. Based on these, several similarity indices are applied to delineate genomospecies within the genus Pseudomonas and B. cereus s.l. Furthermore, it is clarified whether the presence/absence patterns of over a dozen B. cereus s.l. virulence factors can be used as species discriminating criteria. Finally, a new nomenclatural system for the B. cereus s.l. group is introduced.