Développement d'une nouvelle méthode d'extraction de l'ARN double-brin pour la détection par séquençage des virus chez les plantes

Mondialement, la culture de la vigne (Vitis spp.) revêt une grande importance tant au niveau économique que social. En 2018, avec approximativement 7,4 millions d’hectares et 77,8 millions de tonnes métriques de raisins, il s’agit d’une des plus grandes cultures fruitières au monde. Au Canada seulement, l’industrie du vin a rapporté 9 milliards de dollars et créée 37 000 emplois en 2015. Près de cent agents intra-cellulaires infectieux sont retrouvés chez la vigne: virus (86), viroïdes (6), phytoplasmes (8), et bactéries transmises par un insecte via le xylème (1). Cela en fait la culture avec le plus grand nombre de pathogènes intracellulaires. Ces infections peuvent causer une diminution du rendement, de la qualité du raisin ainsi que de la vigueur des plants de vignes. En outre, la production de raisins engendre l’une des plus grandes consommations de pesticides dans l’agriculture mondiale. Des nématicides et des insecticides sont utilisés pour contrôler les vecteurs viraux. De nos jours, les principales stratégies pour contrôler la propagation virale sont la sélection sanitaire, l’élimination des virus et les programmes de certification. Cependant, ces stratégies ont un impact limité. En effet, pour une grande partie de ces virus, le vecteur n’est pas connu et l’efficacité des produits chimiques pour contrôler la dynamique des vecteurs est nulle pour les nématicides et est remise en question pour les insecticides. Actuellement, la diversité virale et le contrôle phytosanitaire sont biaisés en faveur des virus causant des infections symptomatiques sur les plantes cultivées. Les virus latents, cryptiques ou asymptomatiques représentent respectivement 7% et 4% de ceux classifiés pour les plantes. Selon des recherches en métagénomique, les infections asymptomatiques semblent plus courantes qu’initialement imaginées. Développer une technique de caractérisation du virome (ensemble des virus qui peuplent un environnement donné) robuste contribuerait à solidifier les pr