Helminthosporiose du riz en Afrique de l'Ouest : identification des espèces responsables et diversité génétique de Bipolaris oryzae et Exserohilum rostratum

Le riz est la deuxième céréale la plus produite dans le monde. En Afrique, de nombreux Etats fondent leur espoir sur la production locale de riz pour atteindre la sécurité alimentaire. Les problèmes phytosanitaires contribuent à l'insécurité alimentaire. L'helminthosporiose du riz est une maladie fongique qui peut attaquer le riz à tous les stades de son développement. En Afrique subsaharienne, cette maladie est en progression dans de nombreux pays et cause des pertes d'environ 3,3% de la production. Malgré ce constat, les espèces responsables de la maladie, la diversité génétique et la structuration de leurs populations restent peu connues. Ces connaissances sont primordiales à l'élaboration de stratégies efficaces de lutte contre l'helminthosporiose du riz en Afrique de l'Ouest. Cette thèse avait pour objectifs : (i) d'identifier les espèces responsables de l'helminthosporiose du riz en Afrique de l'Ouest et d'évaluer leur pathogénie en milieu contrôlé, (ii) d'analyser la diversité génétique et le mode de reproduction des espèces les plus fréquentes, (iii) et de développer des outils de détection. La caractérisation par genotyping by sequencing (GBS) de 469 isolats isolés des symptômes de l'helminthosporiose du riz a permis d'assigner les isolats à des espèces : deux espèces majoritaires, Bipolaris oryzae (37%) et Exserohilum rostatum (41%), et 9 espèces moins fréquentes (<5% ; B. bicolor, B. maydis, B. sorokiniana, B. secalis, B. yamadae, Curvularia hawaiiensis, C. papendorfii, C. spicifera et E. turcicum). Les deux espèces les plus fréquentes ont été identifiées dans la plupart des pays échantillonnés. L'analyse de la structure génétique de B. oryzae et E. rostratum réalisée sur des échantillons provenant de 6 zones rizicoles du Burkina Faso a montré que la différenciation génétique était plus importante au sein des populations qu'entre les populations. Chacune des espèces était structurée en 4 groupes génétiques dont la distribution était indépendante de l'orig