Detekcija salmonela vrsta i karakterizacija Salmonella Enteritidis i Salmonella Typhimurium poreklom iz lanca hrane

Izolacija i identifikacija Salmonella spp. ostaje nezamenjiva kao potvrdna metoda umikrobiologiji hrane i hrane za životinje. Međutim, savremena industrija hrane, ali i javnozdravstvo zahtevaju razvoj novih, brzih metoda za detekciju Salmonella spp., jednog odnajvažnijih patogenih mikroorganizama prenosivih hranom. Pored toga, tokomepidemioloških studija, uglavnom nije dovoljno da se izolati Salmonella tipiziraju do nivoavrste i serotipa, već je neophodna i primena metoda tipizacije koje mogu napraviti razlikuizmeđu epidemiološki različitih, ali genetski srodnih izolata. Veliki broj alternativnihmetoda, uključujući i real-time PCR protokole, razvijen je i validovan u cilju detekcijeSalmonella spp. Pored toga, napredak u razvoju molekularnih metoda pružio je alate visokediskriminatorne moći koji su posebno mesto primene zauzeli pri određivanju izvorakontaminacije hrane, omogućavajući brzu i izuzetno pouzdanu tipizaciju Salmonella spp.Ova doktorska disertacija obuhvata četiri osnovne celine: (1)“In house” validacija real-timePCR protokola za detekciju invA i ttr gena Salmonella spp. u hrani i hrani za životinje; (2)„In house“ validacija real-time PCR protokola za detekciju Salmonella Enteritidis i S.Typhimurium u hrani; (3) Razvoj i „in house“ validacija novog real-time PCR protokolaza detekciju invA gena Salmonella spp. u hrani; (4) Molekularna karakterizacija i ispitivanjeantimikrobne osetljivosti Salmonella Enteritidis and S. Typhimurium izolovanih iz hrane,hrane za životinje i fecesa.Tokom izrade ove doktorske disertacije formirana je kolekcija od 60 izolata SalmonellaEnteritidis i 60 izolata S. Typhimurium (po 12 poreklom ljudi, 24 poreklom iz hrane i 24poreklom iz fecesa živine), a zatim je izvršena njihova molekularna karakterizacija iispitivanje antimikrobne osetljivosti. Ispitivanje antimikrobne osetljivosti Salmonellaizvršeno je disk difuzionom metodom prema EUCAST protokolu, dok je za određivanjeminimalne inhibitorne koncentracije primenjen E test. Molekula
method in the microbiology of food and feed. However, the modern food industry and publichealth require the development of new, rapid methods for the detection of Salmonella spp., oneof the most important foodborne pathogens. In addition, during epidemiological studies, it isgenerally not sufficient to determine Salmonella isolates up to the species or the serotype level,but it is also necessary to apply subtyping methods that can distinguish betweenepidemiologically distinct, but genetically related isolates. A number of alternative methods,including real-time PCR protocols, have been developed and validated for the detection ofSalmonella spp. In addition, the advances in the development of molecular methods haveprovided tools of high discriminatory power that have been particularly useful in determiningfood contamination sources, enabling fast and highly reliable typing of Salmonella spp.This dissertation has four major sections: (1) In-house validation of the real-time PCR protocolfor the detection of invA and ttr genes of Salmonella spp. in food and feed; (2) In-housevalidation of the real-time PCR protocol for the detection of Salmonella Enteritidis and S.Typhimurium in food; (3) Development and in-house validation of new real-time PCR protocolfor the detection of the invA gene of Salmonella spp. in food; (4) Molecular characterizationand antimicrobial susceptibility testing of Salmonella Enteritidis and S. Typhimurium isolatedfrom food, feed and feces.An extensive validation study, where real-time PCR protocols for the detection of invA and ttrof Salmonella spp. in food and feed were tested, gave excellent results and showed that theycan be used as an adequate replacement for the standard method. By comparing different DNAextraction procedures, lower Ct values were achieved by using "Chelex extraction" rather thanby extraction based on the thermal lysis of the cell...