Lidia Ciccone, Yohann Couté, Chau-Duy-Tam Vo, Sabine Brugière, M. Hajj Chehade, Bérengère Rascalou, Katayoun Kazemzadeh, Cameron David Fyfe, Laurent Loiseau, Murielle Lombard, Laurent Aussel, Frédéric Barras, Marc Fontecave, Fabien Pierrel, Ludovic Pelosi, Génomique et Évolution des Microorganismes (TIMC-IMAG-GEM), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Chaire Chimie des processus biologiques, Laboratoire de Chimie des Processus Biologiques (LCPB), Collège de France (CdF (institution))-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de chimie bactérienne (LCB), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP ), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Adaptation au stress et Métabolisme chez les entérobactéries - Stress adaptation and metabolism in enterobacteria (SAMe), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the Agence Nationale de la Recherche (ANR), ANR Blanc (An)aeroUbi ANR-15-CE11-0001-02. We thank Amélie Amblard and Mikael Martin for technical assistance and the GEM team at TIMC for discussions and suggestions. S.B. and Y.C. give thanks for the support of the discovery platform and data science group at EDyP. Proteomic experiments were partly supported by the Proteomics French Infrastructure (ANR-10-INBS-08-01 grant) and the Labex GRAL (ANR-10-LABX-49-01). Diffraction data were collected at the synchrotron SOLEIL, beamlines Proxima 1 and Proxima 2 (Saint-Aubin, France). We are most grateful to the beamline scientists, in particular Pierre Legrand and Bill Sheperd. C.F., C.-D.-T.V., M.L., and M.F. acknowledge support from the French National Research Agency (Labex program DYNAMO, ANR-11-LABX-0011), and from Fondation de l'Orangerie for Individual Philanthropy., ANR-15-CE11-0001,(An)aeroUbi,Caractérisation et importance physiologique de la biosynthèse d'ubiquinone sous différentes tensions d'oxygène(2015), ANR-10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-11-LABX-0011,DYNAMO,Dynamique des membranes transductrices d'énergie : biogénèse et organisation supramoléculaire.(2011), Collège de France - Chaire Chimie des processus biologiques, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)