1. Imputation de données manquantes pour l'inférence de réseau à partir de données RNA-seq
- Author
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Imbert, Alyssa, Le Gal, Caroline, Armenise, Claudia, Lefebvre, Gregory, Hager, Jörg, Valsesia, Armand, Gourraud, Pierre-Antoine, Viguerie, Nathalie, Villa-Vialaneix, Nathalie, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Methodomics, Quartzbio, Nestlé, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Methodomics, Région Midi-Pyrénées
- Subjects
réseau ,données manquantes ,imputation multiple ,hot deck ,[STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP] ,Méthodologie ,Applications ,Methodology ,[STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME] - Abstract
National audience; Dans cette proposition de communication, nous nous intéressons au problème de l'inférence de réseaux de gènes à partir de données d'expression mesurées par RNA-seq. Nous présentons une approche qui permet d'intégrer de l'information externe (autre type d'omic par exemple) obtenue sur les mêmes individus ainsi que sur d'autres individus. Notre approche est présentée comme un problème d'imputation que nous résolvons avec des approches de type "hot deck" multiple pour obtenir un réseau plus stable. Nous illustrerons nos résultats sur des données réelles issues d'un programme d'études sur l'obésité.
- Published
- 2016