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L’appauvrissement de la biodiversité globale est devenu une préoccupation croissante pour notre société. Ce déclin, d’origine multifactorielle, de la diversité des organismes touche également la communauté des pollinisateurs qui assure la reproduction des plantes. Les pollinisateurs fournissent aussi un excellent service écosystémique à l\'humanité, en particulier pour la sécurité alimentaire et le bien-être humain. La transmission de maladies intra- et interspécifique des pollinisateurs est un des facteurs du déclin de plus en plus étudié. L\'objectif de cette revue est d’offrir une mise à jour des causes principales du déclin en se concentrant particulièrement sur l’impact de la transmission des maladies. Outre les effets synergiques de la dégradation du paysage, des pesticides, des changements climatiques et d’espèces invasives, une relation existe entre l’introduction de pollinisateurs domestiques dans de nouveaux milieux et l’émergence de nouvelles maladies. Via la globalisation des échanges commerciaux, certains agents pathogènes sont devenus des menaces importantes concernant la santé des pollinisateurs. Cependant, il subsiste encore des lacunes importantes dans la connaissance des mécanismes de transmission. Des avancées scientifiques et technologiques dans ce domaine permettraient aux autorités d’établir une réglementation sanitaire plus adaptée et ainsi contribuer à la sauvegarde à l’ensemble de la communauté des pollinisateurs., The loss of global biodiversity has become a growing concern for our society. This multifactorial decline also affects pollinator community that ensures plants reproduction in our environment. Pollinators also provide an excellent ecosystem service to humankind, especially for food security and human well-being. The transmission of intra- and interspecific pollinator diseases is considered as factor of pollinator decline which is increasingly studied. The purpose of this review is to provide an update of the main causes of decline, with a particular focus on the impact of disease transmission. In addition to the synergetic effects of landscape degradation, pesticides, climate changes and invasive species, a relationship exists between the introduction of commercial pollinators into new environments and the emergence of new diseases. Through globalization of commercial trades, some pathogens have become substantial threats to pollinators community health. However, there are still significant gaps in knowledge of transmission mechanisms. Scientific and technological advances in this area would enable the authorities to establish more appropriate health regulations and thereby contribute to the protection of pollinators diversity as a whole.

The native distribution of honey bees covers Europe, Africa and Western Asia. However, human activity has expanded the distribution of this species, so that currently honey bees are present on all continents, except Antarctica. In parallel of this expansion, human has reshaped the genetic diversity of honey bee populations. Here, we review the impact of human management on the genetic diversity of honey bee populations. We focus on four main factors: (1) the importations of honey bees, (2) the domestication and selection, (3) the decline/development of wild and feral populations, and (4) the socio-political, economic and cultural factors. Globally, on one hand, human management leads to increase the genetic diversity of honey bee populations through admixture. On the other hand, the populations of several native subspecies have been genetically admixed, which might lead to a loss of local adaptations. More efforts should therefore be dedicated to the conservation of these subspecies. Finally, we discuss why genetically admixed populations may represent a source of new adaptations., L’aire de répartition native de l’abeille domestique couvre l’Europe, l’Afrique et l’ouest de l’Asie. Toutefois, les activités humaines ont étendu la répartition de cette espèce, de manière telle qu’actuellement cette abeille est présente sur tous les continents, sauf en Antarctique. En parallèle de cette expansion, l’homme a remodelé la diversité génétique des populations d’abeilles. Nous examinons ici l’impact de la gestion humaine sur la diversité génétique des populations d’abeilles domestiques. Nous nous concentrons sur quatre facteurs principaux : (1) les importations d’abeilles, (2) la domestication et la sélection, (3) le déclin/développement des populations sauvages, et (4) les facteurs socio-politiques, économiques et culturels. Globalement, la gestion humaine a entraîné une augmentation de la diversité génétique des populations d’abeilles, au travers de leur ‘mélange génétique’. D’un autre côté, les populations de nombreuses sous-espèces natives ont été génétiquement mélangées, ce qui peut mener à une perte d’adaptations locales. Plus d’efforts devraient donc être consacrés à la conservation de ces sous-espèces. Enfin, nous discutons pourquoi les populations mélangées génétiquement peuvent représenter une source de nouvelles adaptations.

Le pin maritime (Pinus pinaster Ait.) est l’une des principales espèces forestières en France, fournissant près d’un quart de la production nationale de bois. Un programme d’amélioration, mis en place dans les années 1960, propose des variétés génétiquement améliorées pour la croissance et la rectitude du tronc.Cette thèse explore la possibilité d’introduire les marqueurs moléculaires dans les stratégies d’amélioration génétique du pin maritime en Aquitaine. Les marqueurs sont utilisés afin de reconstituer a posteriori les pedigrees au sein d’un test de descendance « polycross », pour d’une part vérifier les hypothèses sur lesquelles repose la sélection backward, et d’autre part, pour proposer une stratégie de sélection innovante. Tout d’abord, la reconstitution du pedigree de 984 individus à l’aide de 63 marqueurs SNPs permet de valider les hypothèses de la sélection backward, et montre que les estimations des paramètres génétiques et des valeurs génétiques maternelles, basées sur l’information d’un pedigree partiel ou complet, diffèrent peu. Puis, les meilleurs descendants du test polycross sont présélectionnés et génotypés pour évaluer la faisabilité d’une stratégie de sélection forward. Enfin, des vergers à graines sont simulés selon différentes stratégies de sélection (backward, forward, mixte) afin de comparer les gains génétiques des variétés améliorées ainsi obtenues.Une stratégie de sélection forward chez le pin maritime permettrait d’accélérer les cycles de sélection et d’augmenter la fréquence des sorties variétales. De plus, le jeu de marqueurs SNPs développé dans cette étude est en cours de valorisation dans différentes étapes du programme d’amélioration., Maritime pine (Pinus pinaster Ait.) is one of the main economical forest species in France, providing about twenty five percent of the national round wood production. A breeding program, implemented since the 60’s, offers genetically improved varieties for growth and stem straightness.This PhD explores the use of molecular markers in breeding strategies for maritime pine in Aquitaine. Molecular markers were used for pedigree recovery in a polycross progeny trial to test assumptions of backward selection on one hand, and to evaluate the feasibility of a new breeding strategy on the other hand. First, the pedigree of 984 progeny was recovered with 63 SNPs allowing to verify the assumptions of backward selection. We also showed that genetic parameters and maternal breeding value estimates were not much modified by inclusion of full pedigree information. Then, the best progenies in the polycross trial were preselected and genotyped to investigate the possibility of carrying out a forward selection strategy. Finally, establishment of clonal seed orchards were simulated from various breeding strategies (backward, forward, mixed) in order to compare genetic gains from the improved varieties obtained thereby.This study opens new perspectives towards an implementation of forward selection in the French maritime pine breeding program, to speed the selection cycles up and to increase the frequency of variety renewal. Moreover, the set of SNP markers developed is now used in different steps of the breeding program.