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Food loss due to contamination caused by fungi has much impact on agriculture and leads to significant economic losses. Synthetic and natural fungicides have been used for avoiding losses of several food products due to fungal contamination. As a result, species of the genus Capsicum have been used for preserving food because of their chemical compounds with antifungal activity. Therefore, this study aimed at identifying some phenolic compounds found in both ethyl acetate extract (EAE) and methanolic extract (ME) from habanero pepper (C. chinense) ripe fruit by liquid chromatography tandem mass spectrometry with electrospray ionization (LC-ESI-MS/MS) and at evaluating their antifungal activities against fungi Sclerotinia sclerotiorum, Rhizopus stolonifer and Colletotrichum gloeosporioides. Extracts resulted from a sequential process of maceration. Antifungal activity was evaluated by the disk diffusion method (DDM) at the following doses of both diluted extracts: 25 µL, 50 µL, 100 µL and 200 µL. The chemical analysis showed that there were protocatechuic acid, gentisic acid, vanillic acid, kaempferol-3-O-robinobiosideo and naringenin in both extracts. EAE showed high inhibition of mycelial growth at both doses 100µL and 200µL against the three fungi while methanolic exhibited weak activity even at the highest dose under investigation. However, further in-depth studies are needed to reinforce their uses and practical applications to the agricultural field. Resumo As perdas de alimentos por contaminação causada por fungos são de grande impacto negativo para a agricultura, gerando altos prejuízos econômicos. Para evitar as perdas de diversos produtos alimentícios pela contaminação fúngica são utilizados fungicidas sintéticos e naturais. As espécies do gênero Capsicum são usadas há muitos anos para auxiliar na conservação de alimentos por possuírem substâncias químicas com ação antifúngica entre outras. Neste contexto, o objetivo deste estudo foi identificar alguns compostos fenólicos por cromatografia líquida de alta eficiência acoplada à espectrometria de massas sequencial (LC-ESI-MS/MS) presentes nos extratos acetato de etila (EAE) e metanólico (ME) dos frutos maduros da pimenta biquinho (C. chinense) e avaliar atividade antifúngica de EAE e ME contra os fungos Sclerotinia sclerotiorum, Rhizopus stolonifer e Colletotrichum gloeosporioides. Os extratos foram obtidos de forma sequencial, utilizando o procedimento de maceração. A atividade antifúngica foi avaliada seguindo a metodologia de difusão em disco, nas doses de 25 µL, 50 µL, 100 µL e 200 µL de cada extrato diluído. A análise química evidenciou a presença de ácido protocatequico, ácido gentisico, ácido vanílico, kaempferol-3-O-robinobiosídeo e naringenina em ambos os extratos. EAE revelou maior poder de inibição do crescimento micelial nas doses de 100µL e 200µL contra os três fungos testados, enquanto ME exibiu fraca atividade inclusive na maior dose investigada. Entretanto, estudos mais aprofundados ainda são necessários para consolidar seu uso e aplicação prática na área agronômica.