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Carlé, C., Keshavarzi, S., Mursa, A., Karvinen, P., Chutani, R., Bargiel, S., Queste, S., Vicarini, R., Abbé, P., Hafiz, M. Abdel, Maurice, V., Boudot, R., Passilly, N., University of Joensuu, Department of Physics and Mathematics (JOE), University of Joensuu, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 (IEMN), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), Acoustique Impulsionnelle & Magnéto-Acoustique Non linéaire - Fluides, Interfaces Liquides & Micro-Systèmes - IEMN (AIMAN-FILMS - IEMN), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), This work was supported partially by the Direction Générale de l’Armement (DGA) and by the Agence Nationale de la Recherche (ANR) in the frame of the ASTRID project named PULSACION under Grant No. ANR-19-ASTR-0013-01 as well as by the Région Franche-Comté (NOUGECELL project). It was also supported by the Agence Nationale de la Recherche (ANR) in the frame of the LabeX FIRST-TF (Grant No. ANR 10-LABX-48-01),the EquipX Oscillator-IMP (Grant No. ANR 11-EQPX-0033), and the EIPHI Graduate school (Grant No. ANR-17-EURE-0002). The work of Clément Carlé was funded by the Centre National d’Etudes Spatiales (CNES) and the Agence Innovation Défense (AID) and the one of Petri Karvinen by the Photonics Researchand Innovation (PREIN) Programme of the Academy of Finland, decision 320166. This work was partly supported by the french RENATECH network and its FEMTO-ST technological facility (MIMENTO)., Renatech Network, ANR-19-ASTR-0013,PULSACION,Horloge atomique à régime impulsionnel avec technologie de cellule MEMS améliorée(2019), ANR-10-LABX-0048,FIRST-TF,Network of Facilities for Innovation, Research, Services and Training in Time & Frequency(2010), ANR-11-EQPX-0033,Oscillator IMP,Plateforme de Mesure de l'Instabilité des Oscillateurs(2011), and ANR-17-EURE-0002,EIPHI,Ingénierie et Innovation par les sciences physiques, les savoir-faire technologiques et l'interdisciplinarité(2017)

Benjamin Guinet, David Lepetit, Sylvain Charlat, Peter N Buhl, David G Notton, Astrid Cruaud, Jean-Yves Rasplus, Julia Stigenberg, Damien M. de Vienne, Boussau Bastien, Julien Varaldi, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Zoological Museum [Copenhagen], Natural History Museum of Denmark, Faculty of Science [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-Faculty of Science [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Swedish Museum of Natural History (NRM), This work was supported by a grant from the Agence Nationale de la Recherche (ANR) to J.V. (ANR-11-JSV7-0011 Viromics). We also thank the ANR project HORIZON (ANR-17-CE02-0021, S. Charlat) for financial support., ANR-11-JSV7-0011,viromics,Distribution et impact des virus héritables dans une communauté hôtes-parasitoïdes(2011), ANR-17-CE02-0021,Horizon,Patterns and processes of horizontal DNA transfer: an in-depth exploration of the host-parasitoid route(2017), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Natural Sciences Department, National Museums Collection Centre, 242 West Granton Road, Granton, Edinburgh, EH5 1JA, Department of Zoology, Swedish Museum of Natural History, Box 50007, 104 05 Stockholm, and This work was supported by a grant from the Agence Nationale de la Recherche (ANR) to J.V. (ANR-11-JSV7-0011 Viromics). We also thank the ANR project HORIZON (S. Charlat) for financial support.

Régine Dazzoni, Yuanyuan Li, Aracelys López-Castilla, Sébastien Brier, Ariel Mechaly, Florence Cordier, Ahmed Haouz, Michael Nilges, Olivera Francetic, Benjamin Bardiaux, Nadia Izadi-Pruneyre, Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Biochimie des Interactions Macromoléculaires / Biochemistry of Macromolecular Interactions, Plateforme Technologique de RMN Biologique et HDX-MS - Biological NMR and HDX-MS Technological Platform, Cristallographie (Plateforme) - Crystallography (Platform), This work was funded by the French Agence Nationale de la Recherche (ANR Synergy-T2SS ANR-19-CE11-0020-01) and the Fondation pour la Recherche Médicale (Equipe FRM 2017M.DEQ20170839114). YL was funded by the Pasteur Paris University (PPU) international PhD program and the China National Biotec Group Company Limited, and by a doctoral fellowship from the China Scholarship Council. We thank Ingrid Guilvout and Maylis Lejeune for their constant help. We acknowledge Iñaki Guijarro, Rémy Le Meur, Bertrand Raynal, Sébastien Brûlé and Christophe Thomas of C2RT for their help and assistance. The 800-MHz NMR spectrometer and the optima AUC of the Institut Pasteur were partially funded by the Région Ile de France (SESAME 2014 NMRCHR grant no 4014526) and DIM one health, respectively. The authors are grateful to the staff of the Institut Pasteur Crystallography platform for robot-driven crystallization screening. We acknowledge the Synchrotron SOLEIL (St Aubin, France) staff for assistance and advice during data collection on PROXIMA-1 and PROXIMA-2A beamlines. This work used the computational and storage service (TARS cluster) provided by the IT Department at Institut Pasteur, Paris., ANR-19-CE11-0020,SYNERGY_T2SS,Structure et fonction moléculaire du pseudopilus dans la sécrétion de protéines par lla voiè de type 2(2019), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Systèmes transmembranaires bactériens - Bacterial transmembrane systems, and This work was supported by the French Agence Nationale de la Recherche (ANR Synergy-T2SS ANR-19-CE11-0020-01) and the Fondation pour la Recherche Médicale (Equipe FRM 2017M.DEQ20170839114). Y.L. was funded by the Pasteur Paris University (PPU) international PhD program.

Rodero, Mathieu P, Dabbak, Imène, Rodero, Mathieu, Aeschlimann, Florence, Authier, François-Jérôme, Bodemer, Christine, Quartier, Pierre, Bondet, Vincent, Charuel, Jean-Luc, Duffy, Darragh, Gitiaux, Cyril, Bader-Meunier, Brigitte, Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de référence des rhumatismes inflammatoires et maladies autoimmunes systémiques rares de l'enfant [Paris] (RAISE), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Chimie et Biologie, Modélisation et Immunologie pour la Thérapie (CBMIT), Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Centre de Référence National des Maladies Génétiques à Expression Cutanée (MAGEC), Service de Dermatologie, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité (UPCité), Centre d'investigation clinique Paris Est [CHU Pitié Salpêtrière] (CIC Paris-Est), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Funding: This work was supported by a research grant from Association Française contre les Myopathies (AFM) via TRANSLAMUSCLE (PROJECT 19507) and a research grant from Agence Nationale de la Recherche (ANR) via project JDMINF2 (ANR-21-CE17-0025)., ANR-21-CE17-0025,JDMINF2,Dérégulation de la voie de l'interféron de type I dans la dermatomyosite juvénile: mieux comprendre la physiopathologie pour mieux identifier de nouveaux biomarqueurs pronostiques(2021), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité), Unité de Recherche Clinique des hôpitaux Pitié-Salpêtrière – Charles Foix [CHU Pitié Salpêtrière] (URC PSL-CFX), CHU Charles Foix [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Direction de la Recherche Clinique et de l'Innovation [AP-HP] (DRCI), Hôpital Henri Mondor, This work was supported by a research grant from Association Française contre les Myopathies (AFM) via TRANSLAMUSCLE (PROJECT 19507) and a research grant from Agence Nationale de la Recherche (ANR) via project JDMINF2 (ANR-21-CE17-0025)., Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), Immunobiologie des Cellules dendritiques, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Direction de la Recherche Clinique et de l'Innovation [AP-HP] (DRCI)

Yannick Petit, Evelyne Fargin, Alexandre Fargues, Thierry Cardinal, Théo Guérineau, Institut de Chimie de la Matière Condensée de Bordeaux (ICMCB), Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etudes Lasers Intenses et Applications (CELIA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Bordeaux (UB), Programme d'investissements - Idex Bordeaux - LAPHIA LAPHIA ANR-10-IDEX-0302, Authors would like to thank Stéphane Relexans for electrical conductivity measurements, Isabelle Svahn for the scanning electron microscopy, Nithavong Cam for the electron probe micro-analysis, Lilian Eloy for the Inductively Coupled Plasma Optical Emission Spectroscopy and Eric Lebraud for the X-ray diffraction characterization. This research was supported by the Agence Nationale de la Recherche (ANR) (ANR-17-CE08-0042-01) and the New Aquitaine Region as well as grants of the Agence Nationale de la Recherche (ANR) with the program 'Investissement d'avenir' number ANR-10-IDEX-03-02., ANR-17-CE08-0042,PROTEus,ImPRession laser de fibres exOtiques Multi-MaTEriaux(2017), and Université de Bordeaux (UB)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Maryline Le Noan-Lainé, Isabelle Benatru, Marianne Canonico, Alexis Elbaz, Frédéric Moisan, Danièle Ranoux, Giancarlo Pesce, Audrey Bonaventure, HAL UVSQ, Équipe, Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Hôpital Dupuytren [CHU Limoges], Hôpital Rothschild [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Agence Française de Sécurité Sanitaire de l'Environnement et du Travail, AFSSET Agence Nationale de la Recherche, ANR Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Inserm Mutualité Sociale Agricole, MSA, This study was supported by Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) and the Mutualité Sociale Agricole (MSA), and funded by the Agence Nationale de la Recherche (ANR), Agence Française de Sécurité Sanitaire de l'Environnement et du Travail (AFSSET), and France Parkinson., and Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Ursi, Biagio, Piccoli, Vanessa, Analyse et Traitement Informatique de la Langue Française (ATILF), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11- IDEX-0007) de l'État Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., Ce travail a bénéficié du soutien financier du projet IMPACT/OLKi dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-15-IDEX-04-LUE) de l'État Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), and ANR-15-IDEX-0004,LUE,Isite LUE(2015)

Marie Ecollan, Caroline Guerrisi, Cécile Souty, Louise Rossignol, Clément Turbelin, Thomas Hanslik, Vittoria Colizza, Thierry Blanchon, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines - UFR Sciences de la santé Simone Veil (UVSQ Santé), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Agence Nationale de la Recherche, ANR Agence Nationale de la Recherche, ANR Association Sorbonne Université Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Inserm, and This work was supported by public funds from Sorbonne Université, Inserm, Santé publique France and the French National Research Agency (ANR). The funding was not specific for the study described in this article. The funder had no role in study design, data collection, data analysis, data interpretation, writing of the report, or in the decision to submit this article for publication. All researchers’ decisions have been entirely independent from funders.

Cécile Honoré, Karine Zeitouni, Baptiste Languille, Nicolas Bonnaire, Valérie Gros, Clément Pommier, Laurent Gauvin, Isabella Annesi-Maesano, Christophe Debert, Basile Chaix, Salim Srairi, Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] (LSCE), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Atmosphérique Expérimentale (CAE), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AIRPARIF - Surveillance de la qualité de l'air en Île-de-France, Centre d'Etudes et d'Expertise sur les Risques, l'Environnement, la Mobilité et l'Aménagement - Direction Ile-de-France (Cerema Direction Ile-de-France), Centre d'Etudes et d'Expertise sur les Risques, l'Environnement, la Mobilité et l'Aménagement (Cerema), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Agence Nationale de la Recherche, ANR Horizon 2020 Framework Programme, H2020: 654109 Agence Nationale de la Recherche, ANR, This project was funded by the French agency: Agence nationale de la recherche (ANR – http://www.agencenationale-recherche.fr/Projet-ANR-15-CE22-0018). Part of the equipment was funded by iDEX Paris -Saclay, in the framework of the project ACE-ICSEN. Measurements from the SIRTA station were performed within the ACTRIS research infrastructure under the H2020 grant agreement 654109. Additional support from CEA and CNRS are acknowledged. Appendix A, ANR-15-CE22-0018,POLLUSCOPE,Observatoire participatif pour la surveillance de l'exposition individuelle à la pollution de l'air en lien avec la santé(2015), European Project: 654109,H2020,H2020-INFRAIA-2014-2015,ACTRIS-2(2015), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Données et algorithmes pour une ville intelligente et durable - DAVID (DAVID), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), HAL UVSQ, Équipe, Observatoire participatif pour la surveillance de l'exposition individuelle à la pollution de l'air en lien avec la santé - - POLLUSCOPE2015 - ANR-15-CE22-0018 - AAPG2015 - VALID, and Aerosols, Clouds, and Trace gases Research InfraStructure - ACTRIS-2 - - H20202015-05-01 - 2019-04-30 - 654109 - VALID

De Zordo-Banliat, Arnaud, Barthélémy, Lucas, Bourdreux, Flavien, Tuccio, Béatrice N., Dagousset, Guillaume, Pégot, Bruce, Magnier, Emmanuel, Institut Lavoisier de Versailles (ILV), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie Radicalaire (ICR), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence Nationale de la Recherche, ANR: ANR 18‐CE07‐0039‐01, AZB thanks LabEx Charmmmat for a Master's student fellowship. BT acknowledges the CNRS research infrastructure RENARD for access to the EPR facilities and the NIEHS for providing free the WINSIM software used to simulate the EPR spectra. LabEx Charmmmat is gratefully acknowledged for the funding of the continuous flow device. Agence Nationale de la Recherche (ANR) is warmly acknowledged for funding (ANR 18‐CE07‐0039‐01)., and ANR-18-CE07-0039,SAFA,Selenium et Fluor Associés: le mariage de 2 stars(2018)

Danielle Leeman, Max Silberztein, ICAR, Référent HAL, PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID, Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11- IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), Les auteures remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., Advanced Studies on Language Complexity - - ASLAN2010 - ANR-10-LABX-0081 - LABX - VALID, École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010)

Benjamin Large, Damien Prim, Institut Lavoisier de Versailles (ILV), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence Nationale de la Recherche, ANR: CHARMMMAT ANR-11-LABX-0039 Agence Nationale de la Recherche, ANR Centre National de la Recherche Scientifique, CNRS: CHARMMMATANR-11-LABX-0039 Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche, MESR, The authors thank the Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (French Ministry of Superior Education) for a Ph.D. fellowship (B.L.) and the Agence Nationale de la Recherche (French National Research Agency) (Grant. No CHARMMMAT ANR-11-LABX-0039). Université de Versailles Saint-Quentin, Université Paris-Saclay and the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) are gratefully acknowledged for their financial support.Ministèredel’EnseignementSupérieuretdelaRecherche()AgenceNationaledelaRecherche(CHARMMMATANR-11-LABX-0039)UniversitédeVersaillesSaint-Quentin()UniversitéParis-Saclay()CentreNationaldelaRechercheScientifique(), and ANR-11-IDEX-0003,IPS,Idex Paris-Saclay(2011)

Thorarinn Gislason, Isabelle Pin, Nicole Probst-Hensch, Jesús Martínez-Moratalla, Bénédicte Leynaert, Alessandro Marcon, Judith Garcia-Aymerich, Sandra Dorado-Arenas, Pascal Demoly, Rain Jõgi, Deborah Jarvis, Joachim Heinrich, Torben Sigsgaard, Josep M. Antó, Eva Lindberg, Jose Antonio Gullón-Blanco, Elisabeth Zemp, Dennis Nowak, Chantal Raherison, Kai Triebner, Shyamali C. Dharmage, Diana A van der Plaat, José Luis Sánchez-Ramos, Kjell Torén, Bertil Forsberg, Giancarlo Pesce, Steinar Hustad, Francisco Gómez-Real, Dominique Courbon, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), University of Bergen (UiB), National Heart and Lung Institute [London] (NHLI), Imperial College London-Royal Brompton and Harefield NHS Foundation Trust, Physiopathologie et Epidémiologie des Maladies Respiratoires (PHERE (UMR_S_1152 / U1152)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Aarhus University Hospital, Institute of Epidemiology [Neuherberg] (EPI), German Research Center for Environmental Health - Helmholtz Center München (GmbH), IMIM-Hospital del Mar, Generalitat de Catalunya, Laboratoire de Biotechnologie et Microbiologie Appliquée (LBMA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), BrainTech Laboratory [CHU Grenoble Alpes - Inserm U1205] (Brain Tech Lab ), CHU Grenoble-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA), Sahlgrenska Academy at University of Gothenburg [Göteborg], Umeå University, Uppsala University Hospital, University of Basel (Unibas), Imperial College London, Vieillissement et Maladies chroniques : approches épidémiologique et de santé publique (VIMA), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Agence Nationale de la Recherche, ANR 633212 Comité des Maladies Respiratoires de l'Isère European Commission, EC: QLK4-CT-1999–01237 Norges ForskningsrÃ¥d: 228174 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Inserm: U700 Agence Nationale de la Recherche, ANR Medical Research Council, MRC: 92091 Composites Innovation Centre, CIC Eesti Teadusagentuur: 562, The current study is part of the Ageing for Lungs in European Cohorts (ALEC) study ( www.alecstudy.org ), ALEC has received funding from the European Union's Horizon 2020 research and innovation program [grant agreement No. 633212]. The coordination of the ECRHS was supported by the European Commission [grant agreement no. QLK4-CT-1999–01237] and the Medical Research Council [grant agreement no. 92091]. The hormones measures at ECRHS III were funded by the Norwegian Research Council [grant agreement no. 228174]. Hormones measures at ECRHS II were funded by the local budget of the ECRHS Paris team, INSERM U700, Epidemiology, with further support from the Comité National contre les Maladies Respiratoires (CNMR), the centre d'Investigation Clinique (CIC), Bichat Hospital, and the French Agence Nationale de la Recherche (ANR). Bodies funding the local studies are listed in the Online Supplement. The funding sources had no role in the writing of the manuscript or the decision to submit it for publication. The corresponding authors had full access to all the data in the study and had final responsibility for the decision to submit for publication., Dr Demoly reports presentation honoraria from Stallergène Greer, ALK, Mylan, Astra Zeneca, Bausch&Lomb and personal fees as board advisor from Chiesi, Sanofi, Thermo Fisher Scientific, outside the submitted work. Dr Jogi reports personal grants from the Estonian Research Council [personal research grant no.562], and reports travel grants and presentation honoraria from GSK, Novartis, Boehringer, outside the submitted work. Dr Pin reports travel grants and presentation honoraria from GSK, Novartis, Astra Zeneca, Zambon Pharma, outside the submitted work. All the authors declare no competing interests., European Project: 633212,H2020,H2020-PHC-2014-two-stage,ALEC(2015), Læknadeild (HÍ), Faculty of Medicine (UI), Heilbrigðisvísindasvið (HÍ), School of Health Sciences (UI), Háskóli Íslands, University of Iceland, Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)

Ana Cumano, Rachel Golub, Sylvestre Chea, Sylvain Meunier, Thibaut Perchet, Damien Garrido, Maxime Petit, Lymphopoïèse (Lymphopoïèse (UMR_1223 / U1223 / U-Pasteur_4)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This research was funded by Institut Pasteur, INSERM, Ministère de la Recherche, Université Paris Diderot, ANR. Association pour la Recherche sur le Cancer to S.C. and R.G., and the Agence Nationale de la Recherche ANR (Grant 'Myeloten') to R.G, and the Institut National du Cancer (Grant « Role of the immune microenvironment during liver carcinogenesis ») to R.G, and the Agence Nationale de la Recherche ANR (Grant 8-CE15-0024-01) to S.M. and R.G., ANR-13-ISV1-0003,MYELOTEN,DEREGULATION DE L'HEMATOPOIESE PAR LA SUREXPRESSION DE L'INTERLEUKINE-10 : IMPLICATIONS DANS LE DEVELOPPEMENT DE PATHOLOGIES HEMATOLOGIQUES(2013), ANR-18-CE15-0024,NASHILCCD8,Contribution des ILC et des cellules T CD8 à la stéatose hépatique non alcoolique et à sa progression vers l'hépatocarcinome.(2018), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and ANR-18-CE15-0024,NASHILCCD8,CONTRIBUTION OF ILC AND CD8 TO NON-ALCOHOLIC STEATOHEPATITIS AND PROGRESSION TOWARDS HEPATOCARCINOMA(2018)

Céline Vaguer, Danielle Leeman, Cognition, Langues, Langage, Ergonomie (CLLE-ERSS), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Bordeaux Montaigne (UBM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Les auteures remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010), Les auteures remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11- IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Bordeaux Montaigne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), ICAR, Référent HAL, Advanced Studies on Language Complexity - - ASLAN2010 - ANR-10-LABX-0081 - LABX - VALID, and PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID

Jeremy K. Ward, Pierre Verger, Patrick Peretti-Watel, Aurélie Bocquier, Chantal Vergélys, Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), ORS PACA, F-CRIN, I-REIVAC, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Interdisciplinaire des Energies de Demain (LIED (UMR_8236)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the Agence Nationale de Sécurité du Médicament et des Produits de Santé (ANSM) as part of the call for research projects in 2013 [grant number 2013S064], and the Agence Nationale de la Recherche (ANR) as part of the generic call 2015.This work was also supported by the French Government under the 'Investissements d’avenir'» (Investments for the Future) program managed by the Agence Nationale de la Recherche (ANR, fr: National Agency for Research), (reference: Méditerranée Infection 10-IAHU-03)., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), and COMBE, Isabelle

Lacroux, Camille, Bonnet, Sarah, Pouydebat, Emmanuelle, Buysse, Marie, Rahola, Nil, Rakotobe, Sabine, Okimat, John-Paul, Duron, Olivier, Koual, Rachid, Asalu, Edward, Krief, Sabrina, Éco-Anthropologie (EA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Kibale National Park, Mécanismes Adaptatifs et Evolution (MECADEV), La Phocéenne de Cosmétique, Écologie et Émergence des Pathogènes Transmis par les Arthropodes / Ecology and Emergence of Arthropod-borne Pathogens, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Département Santé Animale (DEPT SA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Uganda Wildlife Authority (UWA), The Great Ape Conservation Project, the Fondation Ensemble, the Fondation pour la Nature et l’Homme, the Fondation Prince Albert II and the Fonds Français pour l’Environnement Mondial provided financial support for the research conducted at Sebitoli. La Phocéenne de Cosmétique and the Association Nationale de la Recherche et de la Technologie provided funds for the PhD scholarship of Camille Lacroux. This work has benefited from ‘Investissements d’Avenir’ managed by the French Agence Nationale de la Recherche (ANR, Laboratoire d’Excellence CEBA, ref. ANR-10-LABX-25-01)., and ANR-10-LABX-0025,CEBA,CEnter of the study of Biodiversity in Amazonia(2010)

Jean-Claude Dujardin, Pablo Prieto Barja, Victor Chaumeau, Yvon Sterkers, Heinz Himmelbauer, Gerald F. Späth, Pascale Pescher, Darek Kedra, Giovanni Bussotti, Michel Pagès, Franck Dumetz, Malgorzata A. Domagalska, Cedric Notredame, Hideo Imamura, Centre for Genomic Regulation [Barcelona] (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF)-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Parasitologie moléculaire et Signalisation / Molecular Parasitology and Signaling, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Tropical Medicine [Antwerp] (ITM), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institute of Molecular Biotechnology (IMBA), Austrian Academy of Sciences (OeAW), Biologie, Génétique et Pathologie des Pathogènes Eucaryotes (MIVEGEC-BioGEPPE), Pathogènes, Environnement, Santé Humaine (EPATH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), University of Antwerp (UA), Work on samples from the Indian subcontinent was supported by the European Union 7th Framework Programme (EU FP7) (Kaladrug-R, contract 222895), the Belgian Science Policy Office (TRIT, P7/41), the Department of Economy, Science and Innovation in Flanders (ITM-SOFIB) and the Flemish Fund for Scientific Research (G.0.B81.12). We thank Life Science Editors for editing assistance. This study recieved funding from Plan Nacional (BFU2011-28575 to C.N., P.P.B. and D.K.), Center for Genomic Regulation (CRG), Spanish Ministry of Economy and Competitiveness, ‘Centro de Excelencia Severo Ochoa 2013–2017’ (SEV-2012–0208), a grant from the Institut Pasteur International Department strategic fund to the LeiSHield consortium (P.P.B., P.P, C.N., G.F.S., G.B. and Y.S.), Agence Nationale de la Recherche (ANR) within the framework of the 'Investissements d’avenir' programme (ANR-11-LABX-0024-01 'PARAFRAP') (V.C., M.P. and Y.S.), the EU FP7 (Kaladrug-R, contract 222895), the Belgian Science Policy Office (TRIT, P7/41), the Department of Economy, Science and Innovation in Flanders (ITM-SOFIB) and the Flemish Fund for Scientific Research (G.0.B81.12) (J.C.D., F.D., H.I. and M.D.)., ANR-11-LABX-0024,ParaFrap,Alliance française contre les maladies parasitaires(2011), European Project: 222895,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2007-B,KALADRUG-R(2008), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Clinical sciences, Medical Genetics, Vriendenkring VUB, Centre for Genomic Regulation [Barcelona] ( CRG ), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona]-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] ( CNAG ), Parasitologie moléculaire et Signalisation, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut Pasteur [Paris], Institute of Tropical Medicine [Antwerp] ( ITM ), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle ( MIVEGEC ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Max-Planck-Institut für Molekulare Genetik ( MPIMG ), Max-Planck-Gesellschaft, Work on samples from the Indian subcontinent was supported by the European Union 7th Framework Programme (EU FP7) (Kaladrug-R, contract 222895), the Belgian Science Policy Office (TRIT, P7/41), the Department of Economy, Science and Innovation in Flanders (ITM-SOFIB) and the Flemish Fund for Scientific Research (G.0.B81.12). We thank Life Science Editors for editing assistance. This study recieved funding from Plan Nacional (BFU2011-28575 to C.N., P.P.B. and D.K.), Center for Genomic Regulation (CRG), Spanish Ministry of Economy and Competitiveness, ‘Centro de Excelencia Severo Ochoa 2013–2017’ (SEV-2012–0208), a grant from the Institut Pasteur International Department strategic fund to the LeiSHield consortium (P.P.B., P.P, C.N., G.F.S., G.B. and Y.S.), Agence Nationale de la Recherche (ANR) within the framework of the 'Investissements d’avenir' programme (ANR-11-LABX-0024-01 'PARAFRAP') (V.C., M.P. and Y.S.), the EU FP7 (Kaladrug-R, contract 222895), the Belgian Science Policy Office (TRIT, P7/41), the Department of Economy, Science and Innovation in Flanders (ITM-SOFIB) and the Flemish Fund for Scientific Research (G.0.B81.12), ANR-11-LABX-0024/11-LABX-0024,ParaFrap,Alliance française contre les maladies parasitaires ( 2011 ), and European Project : 222895,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2007-B,KALADRUG-R ( 2008 )

Alain RABATEL, Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Uniwersytet Wrocławski, Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR), ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme français 'Investissements d'Avenir' géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010), ICAR, Référent HAL, and PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID

Reboud, Xavier, Sabarly, Loïc, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Agence Nationale de la Recherche (ANR), Agence Nationale de la Recherche (ANR). FRA., Direction Générale des Entreprises. FRA., ONERA. FRA., Union des Industriels de l'Agroéquipement (AXEMA). FRA., and Institut National de Recherche en Sciences et Technologies pour l'Environnement et l'Agriculture (IRSTEA). FRA.

Eloi P. Coutant, Vincent Hervin, Yves L. Janin, Glwadys Gagnot, Chimie et Biocatalyse, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), This work was supported by the Agence Nationale de la Recherche (ANR), grant ANR-11-CRNT-0004, in the context of the investment program ‘GLOBAL CARE’, an association of the Instituts Carnot ‘Pasteur-Maladies Infectieuses’, ‘Curie-Cancer’, ‘Voir et Entendre’, ‘Institut du Cerveau et de la moelle Épinière’ and the ‘Consortium pour l’Accélération de l’Innovation et de son Transfert dans le domaine du Lymphome’ (CALYM). This work was also supported by the Agence Nationale de la Recherche (ANR), grant ANR-11-CRNT-017-01, in the context of the Instituts Carnot Pasteur-Maladies Infectieuses. Dr. Daniel­ Larzul, Institut Pasteur, is acknowledged for his constant interest and support., ANR: Global Care,ANR-11-CRNT-0004, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], ANR-11-CRNT-0004,GLOBAL CARE,GLOBAL CARE(2011), Institut Pasteur [Paris] - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR : Global Care, ANR-11-CRNT-0004, and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Flasseur, Olivier, Bodrito, Théo, Mairal, Julien, Ponce, Jean, Langlois, Maud, Lagrange, Anne-Marie, Centre de Recherche Astrophysique de Lyon (CRAL), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Models of visual object recognition and scene understanding (WILLOW), Département d'informatique - ENS Paris (DI-ENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Apprentissage de modèles à partir de données massives (Thoth), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Jean Kuntzmann (LJK), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Center for Data Science, New York University [New York] (NYU), NYU System (NYU)-NYU System (NYU), Laboratoire d'études spatiales et d'instrumentation en astrophysique = Laboratory of Space Studies and Instrumentation in Astrophysics (LESIA), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de Planétologie et d'Astrophysique de Grenoble (IPAG), Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG ), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Météo-France -Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Météo-France, The work of OF, ML, and AML was supported in part by the EuropeanResearch Council (ERC) under the European Union’s Horizon 2020 researchand innovation program (COBREX, n° 885593). The work of TB and JP wassupported in part by the Inria/NYU collaboration, the Louis Vuitton/ENS chair on artificial intelligence and the French Agence Nationale de la Recherche (ANR) as part of the Investissements d’avenir program (PRAIRIE 3IAInstitute, n° 19-P3IA-0001). The work of JM was supported in part by theERC (SOLARIS, n° 714381) and by the ANR (3IA MIAI, n° 19-P3IA-0003)., ANR-19-P3IA-0001,PRAIRIE,PaRis Artificial Intelligence Research InstitutE(2019), ANR-19-P3IA-0003,MIAI,MIAI @ Grenoble Alpes(2019), European Project: 885593,COBREX, and European Project: 714381,H2020,SOLARIS(2017)

Ali Hamiche, Imtiaz Nisar Lone, Christophe Papin, Stefan Dimitrov, Khalid Ouararhni, Elsa Ben Simon, Yohan Roulland, Dimitar Angelov, Hervé Menoni, Manu Shubhdarshan Shukla, Tapas K. Kundu, John Lalith Charles Richard, Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Laboratoire de biologie et modélisation de la cellule (LBMC UMR 5239), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut NeuroMyoGène (INMG), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Transcription and Disease Laboratory [Bangalore, Inde], Molecular Biology and Genetics Unit [Bangalore, Inde], Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research (JNCASR)-Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research (JNCASR), The research leading to these results has received funding from: the Université de Strasbourg https://www.unistra.fr/index.php?id=accueil to AH, the Université Grenoble Alpes http://www.univ-grenoblealpes.fr/ to SD, the Université de Lyon http://www.universite-lyon.fr/ to DA, the Centre National de la Recherche Scientifique–CNRS http://www.cnrs.fr/ to DA, SD and AH, the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale-INSERM (Plan Cancer) http://www.inserm.fr/ to SD and by grants from: the European Union's Seventh Framework Programme FP7/2007-2013/ http://ec.europa.eu/research/index.cfm Marie Curie Actions grant agreement n°289611 to SD and DA and COST Action CM1201 'Biomimetic Radical Chemistry' to DA, the Association pour la Recherche sur le Cancer-ARC http://www.fondationarc.org/ Grant n° SFI20101201424 to DA, the Institut National du Cancer—INCa http://www.e-cancer.fr/grant agreement numbers INCa_4496, INCa_4454 and INCa_PLBIO15-245 to AH and SD, the Agence Nationale de la Recherche-ANR http://www.agencenationale-recherche.fr/ grant agreement numbers: ANR-12-BSV8-0018 to AH and SD, ANR-14-CE09-0019 to AH and SD and ANR-12-BSV5-0017 to DA and SD, the Fondation pour la Recherche Médicale-FRM https://www.frm.org/ grant n°DEP20131128521 to SD, the Université de Strasbourg Institut d’Etudes Avancées http://www.usias.fr/ grant USIAS-2015-42 to AH, the Ligue Nationale contre le Cancer https://www.ligue-cancer.net/ Équipe labellisée to AH and SD, and post-doc support to HM. Funding for open access charge: the Agence Nationale de la Recherche-ANR http://www.agence-nationalerecherche.fr/ grant agreement n° ANR-12-BSV5-0017., ANR-12-BSV8-0018,VARIZOME,Analyse structurale et fonctionnelle des mechanisms de deposition/echange de l'histone H2AZ.(2012), ANR-14-CE09-0019,ChromComp,Rôle de l'histone H1 et de ses partenaires dans la structure et les propriétés épigénétiques de la chromatine(2014), ANR-12-BSV5-0017,CHROME,Mécanismes du remodelage de la chromatine(2012), European Project: 289611,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2011-ITN,HEM_ID(2011), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Bodescot, Myriam, BLANC - Analyse structurale et fonctionnelle des mechanisms de deposition/echange de l'histone H2AZ. - - VARIZOME2012 - ANR-12-BSV8-0018 - BLANC - VALID, Appel à projets générique - Rôle de l'histone H1 et de ses partenaires dans la structure et les propriétés épigénétiques de la chromatine - - ChromComp2014 - ANR-14-CE09-0019 - Appel à projets générique - VALID, BLANC - Mécanismes du remodelage de la chromatine - - CHROME2012 - ANR-12-BSV5-0017 - BLANC - VALID, and HEMatopoietic cell IDentity : genetic and epigenetic regulation in normal and malignant hematopoiesis - HEM_ID - - EC:FP7:PEOPLE2011-11-01 - 2015-10-31 - 289611 - VALID

Diwersy, Sascha, Falaise, Achille, Souvay, Gilles, Praxiling (Praxiling), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse et Traitement Informatique de la Langue Française (ATILF), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence Nationale de la Recherche (ANR), Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., ANR-12-FRAL-0010,PRESTO,L'évolution du système prépositionnel du français(2012), Falaise, Achille, Programme franco-allemand en SHS - L'évolution du système prépositionnel du français - - PRESTO2012 - ANR-12-FRAL-0010 - Programme franco-allemand en SHS - VALID, Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon), and École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Flaudias, Valentin, Samalin, Ludovic, Godin, Ophélia, Gard, Sébastien, Brousse, Georges, Loftus, Joséphine, Aubin, Valérie, Belzeaux, Raoul, Dubertret, Caroline, Le Strat, Yann, Mazer, Nicolas, de Prémorel, Alix, Roux, Paul, Polosan, Mircea, Schwitzer, Thomas, Aouizerate, Bruno, Llorca, Pierre Michel, Biseul, Isabelle, Etain, B., Moirand, Rémi, Olié, Émilie, Haffen, Emmanuel, Leboyer, Marion, Courtet, Philippe, Icick, Romain, Guillaume, Sébastien, Laboratoire de Psychologie des Pays de la Loire (LPPL), Université d'Angers (UA)-Nantes Université - UFR Lettres et Langages (Nantes Univ - UFR LL), Nantes Université - pôle Humanités, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Humanités, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), Fondation FondaMental [Créteil], Institut Pascal (IP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Nutrition et Neurobiologie intégrée (NutriNeuro), Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Princesse Grace, Institut de Neurosciences de la Timone (INT), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, [GIN] Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre Psychothérapique de Nancy [Laxou] (CPN), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Cohortes épidémiologiques en population (CONSTANCES), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay-Université Paris Cité (UPCité), Centre Hospitalier le Vinatier [Bron], Hôpital Lapeyronie [Montpellier] (CHU), Service de chirurgie pédiatrique [CHU Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Hôpital Henri Mondor, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Fondation FondaMental, FFM, Agence Nationale de la Recherche, ANR: ANR-10- COHO-10-01, ANR-11-IDEX-0004-02, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Inserm, This research was supported by the FondaMental Foundation , French National Institute of Health and Medical Research (INSERM), Public Hospitals of Paris (AP-HP), and by the French National Research Agency (ANR)'s Investment for the Future program (ref. nos ANR-11-IDEX-0004-02 and ANR-10- COHO-10-01 ). The funding sources had no role in the study design, data collection, analysis, preparation of the manuscript, or decision to submit the manuscript for publication., ANR-11-IDEX-0004,SUPER,Sorbonne Universités à Paris pour l'Enseignement et la Recherche(2011), and ANR-10-COHO-0010,Psy-COH,FondaMental-Cohortes(2010)

Petit, Fabrice G., Kervarrec, Christine, Allais-Bonnet, Aurélie, Evrard, Bertrand, Chalmel, Frédéric, Deng, Chuxia, Jamin, Soazik P, Paris-Saclay Food and Bioproduct Engineering (SayFood), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), University of Macau (UMac), Agence Nationale de la Recherche (ANR). Grant Number: ANR-08-JCJC-0059 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm) Université de Rennes Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique (EHESP) Université Paris-Sud XI, and ANR-08-JCJC-0059,AmhOvaryUterus,Signalisation de l'AMH dans le tractus reproductif femelle(2008)

Pauletto, Franco, Ursi, Biagio, Universidad Complutense de Madrid = Complutense University of Madrid [Madrid] (UCM), Laboratoire Ligérien de Linguistique (LLL), Bibliothèque nationale de France (BnF)-Université d'Orléans (UO)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Projet MarDisCo, Nathalie Blanc, Isabel Colón de Carvajal, Grégory Miras, Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11- IDEX-0007) de l'État Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., and ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010)

Aguirre-Botero, Manuela, Wang, Lawrence, Formaglio, Pauline, Aliprandini, Eduardo, Thiberge, Jean-Michel, Schön, Arne, Flores-Garcia, Yevel, Mathis-Torres, Shamika, Flynn, Barbara, da Silva Pereira, Lais, Le Duff, Yann, Hurley, Mathew, Nacer, Adéla, Bowyer, Paul, Zavala, Fidel, Idris, Azza, Francica, Joseph, Seder, Robert, Amino, Rogerio, Infection et Immunité paludéennes - Malaria Infection and Immunity, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), École Doctorale Bio Sorbonne Paris Cité [Paris] (ED562 - BioSPC), Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Cité (UPCité), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Johns Hopkins University (JHU), Johns Hopkins Malaria Research Institute [Baltimore], Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health [Baltimore], Johns Hopkins University (JHU)-Johns Hopkins University (JHU), National Institute for Biological Standards and Control (NIBSC), Medicines and Healthcare Products Regulatory Agency (MHRA), This work was supported by funds from the Institut Pasteur, the Agence Nationale de la Recherche (ANR, French National Research Agency)/Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation) – project number SporoSTOP ANR-19-CE15-0027, and the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' – project number ANR-10-LABX-62-IBEID. M.C.A.-B. is funded by the Pasteur - Paris University International PhD Program. A.S. was supported by contract HHSN261200800001E from the National Cancer Institute, NIH. Y.F.-G. and F.Z. thank the Bill and Melinda Gates Foundation and Bloomberg Philanthropies for their continued support. The antibodies provided by the Center for AIDS Reagents repository at the National Institute for Biological Standards and Control, UK (6F8 and 2C4) were produced through the European Commission FP7 European Research Infrastructures for Poverty Related Diseases (EURIPRED) project (INFRA-2012-312661), funded by the European Union’s Seventh Framework Programme (FP7/2007–2013) under grant agreement no. 312661 – EURIPRED. The graphical abstract was created with BioRender.com, We would like to thank the team of the Center for Production and Infection of Anopheles (CEPIA, C2RA, Institut Pasteur) for providing mosquitoes, the staff of Central Animal Facility (C2RA, Institut Pasteur) for animal care, and the team of the Photonic BioImaging platform (UTechS PBI, C2RT, Institut Pasteur) for providing access to the spinning-disk microscope and support., ANR-19-CE15-0027,SporoSTOP,Neutralisation des sporozoïtes de Plasmodium dans la peau de l'hôte(2019), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), and European Project: 312661,EC:FP7:INFRA,FP7-INFRASTRUCTURES-2012-1,EURIPRED(2013)

Trouillard, Oriane, Dupaigne, Pauline, Dunoyer, Margaux, Doulazmi, Mohamed, Herlin, Morten Krogh, Frismand, Solène, Riou, Audrey, Legros, Véronique, Chevreux, Guillaume, Veaute, Xavier, Busso, Didier, Fouquet, Coralie, Saint-Martin, Cécile, Méneret, Aurélie, Trembleau, Alain, Dusart, Isabelle, Dubacq, Caroline, Roze, Emmanuel, Développement et plasticité des réseaux neuronaux = Development and Plasticity of Neural Networks (NPS), Neuroscience Paris Seine (NPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mouvement, Investigations, Thérapeutique. Mouvement normal et anormal : physiopathologie et thérapeutique expérimentale [ICM Paris] (Mov’It), Institut du Cerveau = Paris Brain Institute (ICM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Maintenance des génomes, Microscopies Moléculaire et Bionanosciences, Centre National de la Recherche Scientifique-Université Paris Sud, Maintenance des génomes, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Adaptation Biologique et Vieillissement = Biological Adaptation and Ageing (B2A), Departement of clinical genetics, Aarhus University Hospital, Service de neurologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Service de neurologie [Rennes], Université de Rennes (UR), Université de Paris, CNRS, Institut Jacques Monod, Paris, France, Stabilité génétique, cellules souches et radiations (SGCSR (U_1274 / UMR_E_008)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay-Université Paris Cité (UPCité), Développement, évolution et plasticité du système nerveux (DEPSN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the Fondation Desmarest, Merz-Pharma, Elivie, Orkyn, Djillali Mehri, CNRS, INSERM and Sorbonne Université. This work was also funded by grants from the Agence Nationale de la Recherche (ANR) (ANR-14-CE13-0004-01, ANR-18-CE16-0005-02), from the National Institute of Health NIDCD (R01-DC-017989, USA) and it was performed within the framework of LABEX LIFESENSES (ANR- 10-LABX-65) supported by French state funds managed by the ANR within the Investissements d’Avenir program (ANR-11-IDEX-0004-02)., ANR-18-CE16-0005,Momic,La décussation du faisceau corticospinal et la latéralisation du contrôle moteur : le paradigme des Mouvements Miroirs Congénitaux (MoMiC)(2018), ANR-14-CE13-0004,AxoDevo,Evolution du guidage axonal(2014), and ANR-11-IDEX-0004,SUPER,Sorbonne Universités à Paris pour l'Enseignement et la Recherche(2011)

Murat, Florent, Louis, Alexandra, Maumus, Florian, Armero, Alix, Cooke, Richard, Quesneville, Hadi, Crollius, Hugues Roest, Salse, Jerome, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire Génome et développement des plantes (LGDP), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence Nationale de la Recherche (ANR Blanc-PAGE) ANR-2011-BSV6-00801, Agence Nationale de la Recherche (ANR Investissement d'Avenir Ancestrome) ANR-10-BINF-01-03, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, and ProdInra, Migration

Alain RABATEL, ICAR, Référent HAL, Colas-Blaise, M., Perrin, L. & Tore, G.M., Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Colas-Blaise, M., Perrin, L. & Tore, G.M., Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Tunis, Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR), ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), and PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID

Alain RABATEL, Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR), ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., ICAR, Référent HAL, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID, and ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,Advanced Studies on Language Complexity(2011)

Abdelrahim Zoued, Annick Dujeancourt, Laureen Logger, Rémi Fronzes, Benjamin Bardiaux, Eric Cascales, Van Son Nguyen, Silvia Spinelli, Aline Desmyter, Marie-Stéphanie Aschtgen, Eric Durand, Christian Cambillau, Gérard Pehau-Arnaudet, Alain Roussel, Laboratoire d'ingénierie des systèmes macromoléculaires (LISM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie Structurale de la Sécrétion Bactérienne, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], This work was funded by Agence Nationale de la Recherche (ANR) grants ANR-10-JCJC-1303-03 to E.C., Bip:Bip to R.F., ANR-14-CE14-0006-02 to C.C. and E.C., and supported by the French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI) ANR-10-INSB-05-01. E.D. was supported by a post-doctoral fellowship from the Fondation pour la Recherche Médicale (SPF20101221116) and ANR grants Bip:Bip and ANR-10-JCJC-1303-03. V.S.N. was supported by a PhD grant from the French Embassy in Vietnam (792803C). A.Z., L.L. and M.S.A. were recipients of doctoral fellowships from the French Ministère de la Recherche. A.Z. received a Fondation pour la Recherche Médicale fellowship (FDT20140931060)., ANR-10-JCJC-1303,A Fun T6SS,Assemblage et Fonction des Systèmes de Sécrétion de Type VI bactériens(2010), ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-14-CE14-0006,B-War,Guerre bactérienne: Architecture et Fonction du Système de Sécrétion de Type VI(2014), Institut Pasteur [Paris] - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Aix Marseille Université (AMU) - Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Microscopie ultrastructurale - Ultrapole (CITECH), Institut Pasteur [Paris], Bioinformatique structurale, This work was funded by Agence Nationale de la Recherche (ANR) grants ANR-10-JCJC-1303-03 to E.C., Bip:Bip to R.F., ANR-14-CE14-0006-02 to C.C. and E.C., and supported by the French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI) ANR-10-INSB-05-01. E.D. was supported by a post-doctoral fellowship from the Fondation pour la Recherche Médicale (SPF20101221116) and ANR grants Bip:Bip and ANR-10-JCJC-1303-03. V.S.N. was supported by a PhD grant from the French Embassy in Vietnam (792803C). A.Z., L.L. and M.S.A. were recipients of doctoral fellowships from the French Ministère de la Recherche. A.Z. received a Fondation pour la Recherche Médicale fellowship (FDT20140931060), We thank O. Francetic for providing anti-DglA and anti-OmpF antibodies. We thank E. Marza, P. Violinova Krasteva and H. Remaut for comments on the manuscript, and T. Mignot, M. Guzzo and L. Espinosa for advice about the fluorescence microscopy experiments and the statistical analyses. We also thank the members of the R.F. and E.C. research groups for discussions and suggestions, and R. Lloubès, J. Sturgis and A. Galinier for encouragement. We thank the ERSF and Soleil Synchrotron radiation facilities for beamline allocation, ANR-10-JCJC-1303, A Fun T6SS, Assemblage et Fonction des Systèmes de Sécrétion de Type VI bactériens(2010), ANR-14-CE14-0006, B-War, Guerre bactérienne: Architecture et Fonction du Système de Sécrétion de Type VI(2014), ANR-10-INBS-05-01/10-INBS-0005, FRISBI, Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), CASCALES, ERIC, Jeunes Chercheuses et Jeunes Chercheurs - Assemblage et Fonction des Systèmes de Sécrétion de Type VI bactériens - - A Fun T6SS2010 - ANR-10-JCJC-1303 - JCJC - VALID, Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée - - FRISBI2010 - ANR-10-INBS-0005 - INBS - VALID, Appel à projets générique - Guerre bactérienne: Architecture et Fonction du Système de Sécrétion de Type VI - - B-War2014 - ANR-14-CE14-0006 - Appel à projets générique - VALID, Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-10-INBS-05-01/10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010)

Wigham, Ciara R., Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) ainsi que le programme PHC ULYSSES 2015., Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Wigham, Ciara R.

Lund, Kristine, Mazur-Palandre, Audrey, Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., ICAR, Référent HAL, École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'excellence ASLAN (LabEx ASLAN), and Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11- IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR).

Broketa, Matteo, Sokal, Aurélien, Mor, Michael, Canales-Herrerias, Pablo, Perima, Angga, Meola, Annalisa, Fernández, Ignacio, Iannascoli, Bruno, Chenon, Guilhem, Vandenberghe, Alexis, Languille, Laetitia, Michel, Marc, Godeau, Bertrand, Gallien, Sebastien, Melica, Giovanna, Backovic, Marija, Rey, Felix, Baudry, Jean, Freund, Natalia, Mahevas, Matthieu, Bruhns, Pierre, Anticorps en thérapie et pathologie - Antibodies in Therapy and Pathology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Diaccurate SAS, Physiologie, physiopathologie et thérapeutique (ED 394), Sorbonne Université (SU), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Tel Aviv University (TAU), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire Colloïdes et Matériaux Divisés (LCMD), Chimie-Biologie-Innovation (UMR 8231) (CBI), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Henri Mondor, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), M.B. is the recipient of a CIFRE PhD fellowship. P.C-H. was supported by a fellowship from the French Fondation pour la Recherche Médicale (FRM). A.S. was supported by a Poste d’Accueil from INSERM, I.F. by a fellowship from the French Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales (ANRS). P.B. acknowledges funding from the Agence Nationale de la Recherche (ANR) ANR-18-CE15-0001 project Autoimmuni-B and ANR-14-CE16-0011 project DROPmAbs, from the Institut Carnot Pasteur Microbes et Santé, from the CAPNET (Comité ad-hoc de pilotage national des essais thérapeutiques et autres recherches, French government) MEMO-VOC, from the Institut Pasteur and from the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM). M.Ma. acknowledges funding from the Agence Nationale de la Recherche and the Fondation pour la Recherche Médicale (ANR, MEMO-COV-2 -FRM). Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP, Département de la Recherche Clinique et du Développement) was the promotor and the sponsor of MEMO-COV-2. J.B. acknowledges funding from the French government through BPIFrance under the frame Programme d’Investissements d’Avenir (CELLIGO Project), the Institut Pierre-Gilles de Gennes through the laboratoire d’excellence, Investissements d’avenir programs ANR-10-IDEX-0001-02 PSL, ANR-10- EQPX-34 and ANR-10-LABX-3. N.T.F. acknowledges funding from the Israeli Science Foundation grants #1422/18 and #3711/20 and Marguerite Stolz Research Fellowship. Work in the Unit of Structural Virology was funded by Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur., ANR-18-CE15-0001,Autoimmuni-B,Etude de la rupture de tolérance dans une maladie humaine autoimmune médiée par les lymphocytes B(2018), ANR-14-CE16-0011,DROP-mAbs,Analyse en profondeur de répertoires d'anticorps par microfluidique en gouttelettes couplé à du séquençage haut-débit pour le diagnostic et la découverte d'anticorps thérapeutiques(2014), ANR-10-IDEX-0001,PSL,Paris Sciences et Lettres(2010), ANR-10-EQPX-0034,IPGG,Institut Pierre Gilles de Gennes pour la microfluidique(2010), and ANR-10-LABX-0003,BCDiv,Biological and Cultural Diversities : Origins, Evolution, Interactions, Future(2010)

Gaetano Agazzotti, Fabien Pierre, Frédéric Sur, Ecole Nationale Supérieure des Mines de Nancy (ENSMN), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Lorraine (UL), Recalage visuel avec des modèles physiquement réalistes (TANGRAM), Inria Nancy - Grand Est, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Department of Algorithms, Computation, Image and Geometry (LORIA - ALGO), Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and This research was funded, in whole or in part, by l’Agence Nationale de la Recherche (ANR), project ANR-21-0008-01.

Diana Pelizzari-Raymundo, Dimitrios Doultsinos, Raphael Pineau, Chloé Sauzay, Thodoris Koutsandreas, Timothy Langlais, Antonio Carlesso, Elena Gkotsi, Luc Negroni, Tony Avril, Aristotelis Chatziioannou, Eric Chevet, Leif A. Eriksson, Xavier Guillory, Oncogenesis, Stress, Signaling (OSS), Université de Rennes (UR)-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biomedical Research Foundation of the Academy of Athens (BRFAA), Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Gothenburg (GU), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre for Integrative Biology - CBI (Inserm U964 - CNRS UMR7104 - IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), We thank Dr Frédéric Delom, Dr Delphine Fessart, Pr Reynald Gillet, Dr David Gillot, Dr Élodie Lafont, Dr Eric Ogier-Denis, and Pr Afshin Samali for the critical reading of the manuscript. Part of this work was carried out using the Spectroscopies-CDTP core facility, the animal facility ARCHE, and the immunohistochemistry platform H2P2 (UMS Biosit, Université de Rennes 1- Campus de Villejean - 35043 RENNES Cedex, FRANCE). This work was supported by grants from Institut National du Cancer (INCa, PLBIO), Agence Nationale de la Recherche (ANR, ERAAT), Fondation pour la Recherche Médicale (FRM, DEQ20180339169), the EU COST action 861952 \'Proteocure\' and Cancéropôle Grand-Ouest (Gliotreat) to E.C., EU H2020 MSCA ITN-675448 (TRAINERS) and MSCA RISE-734749 (INSPIRED) grants to E.C., A.C., and L.A.E., INSERM (International Research Project – TUPRIC) to A.C. and E.C., La Ligue contre le Cancer (comités 22, 35, 36, 56 et 85), INSERM, Région Bretagne and from the institut des Neurosciences Cliniques de Rennes (INCR) to T.A. The Swedish Research Council (VR, grant no 2019-3684)), the Swedish Cancer Foundation (grant no 21-1447 Pj) and the Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC, funded in part through VR grant agreement 2018-05973) are gratefully acknowledged for funding and allocations of computing time, respectively (L.A.E.). D.P.R. was funded by grants from INSERM (LA VANNETAISE) and the Brittany Region, D.D. was funded by EU H2020 MSCA ITN-675448, C.S. was funded by a Plan Cancer post-doctoral fellowship, X.G. was funded by the Fondation ARC pour la recherche sur le cancer, grant PDF20191209830, C.S. was funded by a post-doctoral fellowship from INSERM-plan cancer., and ANR-17-RAR3-0003,ERAAT,Enhancing Endoplasmic Reticulum Proteostasis to Rescue Alpha1 Antitrypsin Deficiency(2017)

El-Mekaoui, Brahim, Boumoudjou, Mohamed, Régnier, Jean-Claude, Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), National Research Tomsk State University, Faculté des Sciences de l'éducation, Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme français 'Investissements d'Avenir' géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., and ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010)

Régnier, Jean-Claude, Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), National Research Tomsk State University, Laboratoire de recherche SCiences du langage, Art, Littérature, Education et Culture (SCALEC), Ecole Normale Supérieure de Meknès, Université Moulay Ismaïl, Ecole Supérieure d’Education et de Formation de Kénitra, Université Ibn Tofaïl, Ecole Supérieure d’Education et de Formation d’El Jadida, Université Chouaïb Doukkali, Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme français 'Investissements d'Avenir' géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., and ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010)

Cournut, Aline, Hosu, Ioana Silvia, Braud, Flavie, Moustiez, Paul, Coffinier, Yannick, Enjalbal, Christine, Bich, Claudia, Institut des Biomolécules Max Mousseron [Pôle Chimie Balard] (IBMM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM), Université de Montpellier (UM), Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 (IEMN), Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), NanoBioInterfaces - IEMN (NBI - IEMN), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL)-Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-JUNIA (JUNIA), Centrale de Micro Nano Fabrication - IEMN (CMNF - IEMN), Laboratoire des Amino-acides Peptides et Protéines (LAPP), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The authors would like to acknowledge the Agence Nationale de la Recherche (ANR) for the financial support as part of the ANR NanoIntra project (ANR-19-CE09-0030), the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the University of Lille and the University of Montpellier. We also acknowledge the LEAF platform: 'Laser processing platform for multifunctional electronics on Flex (ANR-11-EQUIPEX-0025). This work was partly supported by the French RENATECH network (French national nanofabrication platform)., Renatech Network, CMNF, ANR-19-CE09-0030,NanoIntra,Nano-aiguilles pour l'interrogation cellulaire(2019), and ANR-11-EQPX-0025,LEAF,Plateforme de traitement laser pour l'électronique flexible multifonctionnelle(2011)

Guillen, Santiago, Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Vasile Alecsandri, Bacău, Faculté des Lettres, Centres de recherche Interstud et Cetal (Roumanie), en collaboration avec : l’université de Lorraine, Centre de recherche sur les médiations (France) l’université de Messine (Italie),L’université Tor Vergata de Rome (Italie)/, L’université pour étrangers de Sienne (Italie), L’université Konstantin Preslavsky de Shumen (Bulgarie), L’université de Lérida (Espagne), l’université Atatürk, Erzurum (Turquie), Le projet ANR AIȎN – Socio-anthropologie de l'imaginaire du temps. Le cas des loisirs alternatifs (France)/, l’Agence universitaire de la francophonie, l’Association pour le développement de la francophonie de Bacău (Roumanie), Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11- IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., and ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010)

Gautier Dauly, Hajar Mousavi, Gabriel Dieuset, Esma Ismailova, Mariam Alharrach, Fabrice Wendling, Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Agence Nationale de la Recherche, ANR, (ANR-18-CE19-0013), and ANR-18-CE19-0013,NEURO-SENSE,Oscillations haute fréquence épileptiques: modèles biophysiques et optimisation de l'enregistrement et de la détection(2018)

Guillen, Santiago, Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), François Rastier, Emanuelle Prak-Derrington, Santiago Guillén, avec le soutient de l'Institut Ferdinand de Saussure et du Cercle Linguistique de Prague, Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11- IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., and ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010)

L. Courtial-Manent, J.-L. Mugnier, S. Zerathe, J. Carcaillet, R. Vassallo, L. Ravanel, L. Tavernier, J.-F. Buoncristiani, Institut des Sciences de la Terre (ISTerre), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Gustave Eiffel-Université Grenoble Alpes (UGA), Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne (EDYTEM), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Financial support from the program 'Investissements d’Avenir, Agence nationale de la recherche (ANR), labex Observatoire des sciences de l'univers de Grenoble (OSUG): habitability in a changing word.', and ANR-10-LABX-0056,OSUG@2020,Innovative strategies for observing and modelling natural systems(2010)

Cloé A. Payet, Axel You, Odessa‐Maud Fayet, Edouard Hemery, Frederique Truffault, Vincent Bondet, Darragh Duffy, Frédérique Michel, Elie Fadel, Julien Guihaire, Sophie Demeret, Sonia Berrih‐Aknin, Rozen Le Panse, Centre de recherche en Myologie – U974 SU-INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Signalisation des Cytokines - Cytokine Signaling, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Marie-Lannelongue, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), and This work was supported by grants from the Association Française contre les Myopathies (AFM), the Agence Nationale de la Recherche (ANR grant number CE17001002), and Idex Sorbonne University (contract n° C19/1375)

Bournaveas, Véronique, Gueye, Mamadou Lamine, Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA), Laboratoire Informatique de l'Université de Pau et des Pays de l'Adour (LIUPPA), Programme d’Investissement d’Avenir (PIA) de l’Agence Nationale de la Recherche (ANR)., Presses universitaires François-Rabelais, ANR-20-NCUN-0011,HyPE-13,HYbrider et Partager les Enseignements(2020), and European Project: ANR-20-NCUN-0011,HyPE-13

Bournaveas, Véronique, Gueye, Mamadou Lamine, Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA), Laboratoire Informatique de l'Université de Pau et des Pays de l'Adour (LIUPPA), Programme d’Investissement d’Avenir (PIA) de l’Agence Nationale de la Recherche (ANR)., Presses universitaires François-Rabelais, ANR-20-NCUN-0011,HyPE-13,HYbrider et Partager les Enseignements(2020), and European Project: ANR-20-NCUN-0011,HyPE-13

Arias Zapata, Jean Philippe, Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11- IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., and ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010)

Guichon, Nicolas, Koné, Salifou, Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon, programme Investissements d'Avenir (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat françaisgéré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., Les auteurs remercient le LABEX ASLAN (ANR-10-LABX-0081) de l'Université de Lyon pour son soutien financier dans le cadre du programme 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) de l'Etat Français géré par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR)., ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,Advanced Studies on Language Complexity(2011), Guichon, Nicolas, PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID, École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011)