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Background: Computational tools dedicated to the analysis of transcripts microarray and RNA-seq can provide an instrument to search biomarkers related to diagnosis and prognosis in different neoplasia. This process is carried out by automatizing the computational process that allows the exploration, visualization, and analysis of gene expression data. Objective: The present paper describes a new tool named C-Gemis for gene expression data analysis. Methods: C-Gemis is an online and free computation tool that explores differential gene expression and survival analysis with visualization of results. Results: C-Gemis optimizes the search for Gastric Cancer (GC) biomarkers in available data from public databases and stands out in usability, objectivity, and easy-to-understand graphics presentation. The results are presented considering Laurén's, WHO, and TCGA molecular classification. The tool is available at the website: www.cgemis.com.br. Conclusions: C-Gemis provides an easy way to automate data analysis of microarray and RNA-seq. The following steps incorporate other types of cancer, reaching a high detail related to cancer classifications and subclassifications.

Os softwares educacionais podem ser utilizados pelos professores para auxiliar os alunos, entretanto, avaliar um software educacional é imprescindível para a qualidade do processo pedagógico. Este artigo discute critérios e formas de avaliação de software educacional e, como objetivo principal apresenta uma metodologia de avaliação de software educacional com base no framework DECIDE, proposto para avaliação de interfaces, o qual propõe que sejam realizadas observações das interações dos usuários com o software. Além disso, esta ferramenta possui fácil acessibilidade e não exige conhecimentos prévios do usuário. Foram avaliados dois softwares educacionais, o primeiro desses, intitulado A Coruja Boo, de formato mais lúdico, possui como público-alvo alunos da Educação Infantil, e o segundo, GeoGebra possui como público-alvo alunos do Ensino Fundamental II e Médio, pois exige conhecimento lógico matemático. A análise dos dados permitiu concluir que o framework contribui para a avaliação de como ocorre a interação entre estudante e software e reforçou a importância da utilização pedagógica com intencionalidades bem definidas de programas educacionais, bem como a contínua avaliação de sua adequação a esses objetivos e ao contexto dos estudantes. Palavras-chave: Informática na Educação. Avaliação de Ferramentas Educacionais. Tecnologia na Educação. AbstractEducational software can be used by teachers to help students, however, evaluating educational software is essential for the quality of the pedagogical process. This paper discusses criteria and ways of evaluating educational software and, as its main objective, presents a methodology for evaluating educational software based on the DECIDE framework. DECIDE was proposed for interface evaluation, based on observations of users' interactions with the software. In addition, this tool has easy accessibility and does not require prior knowledge from the user. Two educational software were evaluated, the first, entitled A Coruja Boo, aimed at early childhood students, for having a more playful format, and the second, GeoGebra's whose target audience is elementary and high school, for requiring mathematical logic knowledge. The data analysis allowed to conclude that the framework contributes to the evaluation of how the interaction between student and software occurs. In addition, reinforced the importance of pedagogical use with well-defined intentions of educational programs, as well as the continuous evaluation to achieve the learning objectives. Keywords: Informatics in Education. Evaluation of Educational Tools. Technology in Education.

As pequenas propriedades rurais, em sua maioria, são carentes de gestão por meio de sistemas de informação. Assim, este estudo teve como objetivo apresentar o processo de seleção e implantação de um sistema de gestão capaz de gerenciar as áreas e atividades das pequenas propriedades rurais. Para isso foi realizado um estudo de caso em uma pequena propriedade familiar, produtora de frutas. O artigo detalha as etapas necessárias para implantação: identificação dos requisitos de negócio, busca de sistemas de gestão que atendessem esses requisitos, a avaliação de programas comerciais, a seleção do software, implantação e avaliação dos resultados. Entende-se que a descrição dessas etapas pode auxiliar outras propriedades, considerando suas particularidades, a implantarem sistemas computacionais de gestão. Na propriedade analisada neste estudo de caso verificou-se maior sustentabilidade econômica e segurança na tomada de decisão devido ao poder de negociação baseado nos dados. Ainda, a valorização do papel de cada membro da família na gestão do negócio motivou os jovens a se dedicarem à propriedade.

O distanciamento social, medida de combate à Pandemia causada pela COVID-19, intensificou o uso de meios digitais em diversas áreas de trabalho. Nos sistemas de ensino foi necessário adequar as estratégias e metodologias à nova realidade de professores, estudantes e práticas pedagógicas. Essas adaptações ampliaram as possibilidades de práticas pedagógicas, exigindo que novas competências sejam consideradas na formação dos professores que atuam nestes contextos e a partir destes contextos. O objetivo do presente artigo é problematizar a influência da base epistemológica na reconfiguração dos saberes e das práticas pedagógicas e os modos como ela pode afetar a reestruturação da formação docente. Essa discussão foi implementada em três momentos: (1) pela análise de aspectos metodológicos e dos usos dos recursos tecnológicos necessários a reformulação da mediação pedagógica nos contextos de Pandemia; (2) pela tematização dos processos de constituição do protagonismo discente, como consequência da descentralização do papel do professor advindo destas modalidades de ensino; (3) e pela apresentação do paradigma da cultura maker, como um movimento epistemológico diferenciado dos processos tradicionais de ensino, e suas repercussões na reconfiguração da formação e da mediação docente. Como resultado deste estudo destaca-se que o redesenho das questões metodológicas deve apoiar-se em outra perspectiva epistemológica orientada pela cultura maker, a partir da proposição do protagonismo discente como elemento de inovação pedagógica orientador da reconfiguração da formação docente.

The amount of available data is continuously growing. This phenomenon promotes a new concept, named big data. The highlight technologies related to big data are cloud computing (infrastructure) and Not Only SQL (NoSQL; data storage). In addition, for data analysis, machine learning algorithms such as decision trees, support vector machines, artificial neural networks, and clustering techniques present promising results. In a biological context, big data has many applications due to the large number of biological databases available. Some limitations of biological big data are related to the inherent features of these data, such as high degrees of complexity and heterogeneity, since biological systems provide information from an atomic level to interactions between organisms or their environment. Such characteristics make most bioinformatic-based applications difficult to build, configure, and maintain. Although the rise of big data is relatively recent, it has contributed to a better understanding of the underlying mechanisms of life. The main goal of this article is to provide a concise and reliable survey of the application of big data-related technologies in biology. As such, some fundamental concepts of information technology, including storage resources, analysis, and data sharing, are described along with their relation to biological data.

O presente trabalho teve por objetivo avaliar as principais parasitoses gastrointestinais de cães provenientes do abrigo de cães municipal da cidade de Caxias do Sul (RS). Para isso foram avaliadas, no período de outubro a novembro de 2019, 102 amostras fecais que representavam 13,08% da população de cães que viviam no local. As amostras foram classificadas de acordo com a idade dos animais presentes no ambiente em que elas foram coletadas (filhotes, adultos, idosos) e piso do recinto (concreto, brita, terra). As análises foram realizadas através da técnica qualitativa de centrífugo-flutuação de Faust. O estudo demonstrou que 72,55% (74/102) das amostras foram positivas para nematodas e/ou cestodas e/ou protozoários, sendo que 64,86% (48/74) destas foram coletadas em local com piso de concreto e eram provenientes de baias com animais idosos (40,54%). Nas amostras positivas observou-se que os animais possuíam infecção por um (54,05%), dois (37,84%) ou três (8,11%) parasitas. Em amostras com monoinfecção, a maior ocorrência foi de Ancylostoma sp. (27,03%), Trichuris sp. (18,9%), seguidos por Giardia sp. (5,4%) e Toxocara sp. (1,35%) ou Dipylidium sp. (1,35%). Os resultados apresentados enfatizam a importância da correta higienização do canil municipal, evitando a contaminação ambiental, e assim prevenindo a possível transmissão entre os animais e de zoonoses parasitárias aos colaboradores ou aos novos tutores em caso de adoção.

The genomes of two Penicillium strains were sequenced and studied in this study: strain 2HH was isolated from the digestive tract of Anobium punctatum beetle larva in 1979 and the cellulase hypersecretory strain S1M29, derived from strain 2HH by a long-term mutagenesis process. With these data, the strains were reclassified and insight is obtained on molecular features related to cellulase hyperproduction and the albino phenotype of the mutant. Both strains were previously identified as Penicillium echinulatum and this investigation indicated that these should be reclassified. Phylogenetic and phenotype data showed that these strains represent a new Penicillium species in series Oxalica, for which the name Penicillium ucsense is proposed here. Six additional strains (SFC101850, SFCP10873, SFCP10886, SFCP10931, SFCP10932 and SFCP10933) collected from the marine environment in the Republic of Korea were also classified as this species, indicating a worldwide distribution of this new taxon. Compared to the closely related strain Penicillium oxalicum 114-2, the composition of cell wall-associated proteins of P. ucsense 2HH shows five fewer chitinases, considerable differences in the number of proteins related to β-D-glucan metabolism. The genomic comparison of 2HH and S1M29 highlighted single amino-acid substitutions in two major proteins (BGL2 and FlbA) that can be associated with the hyperproduction of cellulases. The study of melanin pathways shows that the S1M29 albino phenotype resulted from a single amino-acid substitution in the enzyme ALB1, a precursor of the 1,8-dihydroxynaphthalene (DHN)-melanin biosynthesis. Our study provides important knowledge towards understanding species distribution, molecular mechanisms, melanin production and cell wall biosynthesis of this new Penicillium species.

In the course of 40 years of research, different strains of the filamentous fungus Penicillium echinulatum were employed in biotechnological studies at University of Caxias do Sul (UCS). This systematic literature review proposes a historic analysis of research findings on this fungus. Bearing this in mind, a methodology composed of four steps was adopted, including: (i) question formulation; (ii) repository election; (iii) paper filtration; and (iv) reading, organization, analysis and result interpretation. A total of 37 scientific articles and 12 theses and dissertations were referred. Based on the encountered papers, it was evidenced that most works citing P. echinulatum were published by a single research group at UCS. These studies focus mainly on lignocellulolytic enzymes, including enhancement of biotechnological processes and selection of hyper-productive lineages. Furthermore, P. echinulatum has also appeared in a variety of distinct studies. While the strains used in investigations by UCS are all derived from the 2HH wild isolate, other research groups report isolation of the same species from several different sources, including red algae, blue grape mold, ham, soil samples, cheese, and subglacial ice. Additionally, it was evidenced that integrative approaches are essential in modern taxonomy. In conclusion, this review allowed the construction of a global picture of P. echinulatum throughout science, emphasizing the promising biotechnological application in enzyme production. Keywords: Penicillium echinulatum. Lignocellulolytic Enzymes. Biotechnology. Fungi Resumo No decorrer de 40 anos de pesquisa, diferentes linhagens do fungo filamentoso Penicillium echinulatum foram empregadas em estudos na área da biotecnologia na Universidade de Caxias do Sul (UCS). Esta revisão sistemática da literatura propõe uma análise histórica das investigações científicas com esse fungo. Desse modo, uma metodologia composta de quatro etapas foi adotada, incluindo: (i) formulação de questões; (ii) seleção de repositórios; (iii) escolha de artigos; e (iv) leitura, organização, análise e interpretação de resultados. Um total de 37 artigos científicos e 12 teses e dissertações foram encontrados. Baseado nos artigos referidos foi evidenciado que grande parte dos trabalhos citando P. echinulatum foram publicados por um único grupo de pesquisa na UCS. O grande foco desses estudos são enzimas lignocelulolíticas, incluindo o aprimoramento de processos biotecnológicos e seleção de linhagens hiperprodutoras. Além disso, a espécie P. echinulatum também foi utilizada em outros estudos. Enquanto as linhagens utilizadas na UCS foram todas derivadas do isolado selvagem 2HH, nos outros grupos de pesquisa essa foi isolada em diferentes locais, incluindo algas vermelhas, videira, presunto, amostras de solo, queijo, e gelo subglacial. Adicionalmente, é salientado que uma abordagem taxonômica integrativa é essencial para a correta identificação dos isolados. Em conclusão, esta revisão sistemática permitiu a construção de um panorama global do P. echinulatum na ciência, dando ênfase na aplicação biotecnológica promissora de produção enzimática. Palavras-chave: Penicillium echinulatum. Enzimas Lignocelulolíticas. Biotecnologia. Fungos

Entre as mulheres, o câncer de mama é o mais comum e incidente tipo de tumor. Apesar dos avanços significativos no tratamento, permanecem lacunas em relação ao entendimento dos mecanismos de resistência às terapias. Os canabinoides têm demonstrado significativa atuação no tratamento de tumores mamários, tanto em culturas celulares como em modelos vivos. Dado o perfil heterogêneo deste tipo de tumor e a complexidade do potencial terapêutico dos canabinoides, é necessária a identificação de vias metabólicas de atuação destes compostos, para a elaboração de medicamentos no combate a doenças como o câncer de mama. Neste trabalho, buscou-se, por meio de uma Revisão Sistemática da Literatura e dados obtidos na base de dados StringDB, explanar o papel de atuação do canabinoide canabidiol em células MDA-MB-231 de câncer de mama. Identificou-se que a clássica via de sinalização JAK-STAT pode ser uma via crucial para a atuação do canabidiol no câncer de mama, tendo em vista que a proteína STAT3 pode ser ativada por receptores acoplados a proteína G, que são alvos de modulação alostérica negativa do canabidiol. Conclui-se que o efeito do canabidiol em seus respectivos receptores pode promover a modulação dos mesmos e consequentemente a não ativação de STAT3.

Fil: Cassol, Matheus Pedron. Universidade de Caxias do Sul; Brasil. Fil: Lenz, Alexandre Rafael. Universidade de Caxias do Sul; Brasil. Fil: Lenz, Alexandre Rafael. Universidade do Estado da Bahia; Brasil. Fil: Zacaria, Rudinei. Universidade de Caxias do Sul; Brasil. Fil: De Avila e Silva, Scheila. Universidade de Caxias do Sul; Brasil. The current paper seeks to approach, using a workflow, basics subjects of the bioinformatic field and also useful informations to consider during the development of in silico researches. Installation and general usage of multiple softwares related to different sections of the genome annotation process were also presented. At last, an model organism, Staphylococcus aureus, was sequenced in two different softwares, SPAdes and IDBA-UD, seeking further comparison and evaluation of the process as a whole. The quality evaluation of the assemble was established by tests on QUAST, BUSCO and Augustus, supported by BLASTP. Results: QUAST evaluation returned genome coverage values above 98% in both test cases, pointing towards a trustworthy assemble for this organism. Via SPAdes were needed less computational resources, but, using IDBA-UD the sequences found were more contiguous. Results deriving from BUSCO showed only one expected gene difference. Some proteins and genes predicted by Augustus led to hits, sequences already studied in that organism, using the BLASTP program. El presente trabajo trata sobre un enfoque en formato de flujo de trabajo de cuestiones básicas del área, así como información a tener en cuenta durante la elaboración de investigaciones in silico. Se centró en algunos programas de diferentes partes del proceso de ensamblaje genómico, proporcionando orientación sobre su instalación y uso. Finalmente, se secuenció un organismo modelo, Staphylococcus aureus, en dos softwares, SPAdes e IDBA-UD, para la comparación y evaluación cualitativa del resultado. La evaluación de la calidad de la secuenciación se estableció mediante pruebas en los programas QUAST, BUSCO y Augustus, con el apoyo de BLASTP. La evaluación a través de QUAST arrojó valores de integridad en relación con el genoma de referencia superiores al 98% para ambas pruebas, lo que indica un ensamblaje confiable para el organismo en cuestión. La herramienta SPAdes logró secuenciar con menor capacidad computacional, pero a través de IDBA-UD se obtuvieron secuencias más contiguas. Los resultados de BUSCO mostraron solo una diferencia genética esperada. Las proteínas y genes esperados obtenidos por Augustus provocaron aciertos a través de BLASTP, es decir, secuencias de proteínas ya estudiadas y descritas para el organismo. O presente trabalho trata-se de uma abordagem em formato de workflow de questões base da área de bioinformática, assim como informações para se levar em consideração durante a elaboração de pesquisas in silico. Focou-se em alguns programas de diferentes partes do processo de montagem genômica, fornecendo orientações acerca de sua instalação e uso. Por fim, sequenciou-se um organismo modelo, Staphylococcus aureus, em dois softwares, SPAdes e IDBA-UD, para fins de comparação e avaliação qualitativa do resultado. A avaliação da qualidade do sequenciamento foi estabelecida por testes nos programas QUAST, BUSCO e pelo Augustus, apoiado pelo BLASTP. a avaliação via QUAST retornou valores de completude em relação ao genoma referência acima de 98% para ambos testes, indicando uma montagem confiável para o organismo em questão. Via SPAdes foi-se capaz de sequenciar com menor capacidade computacional, porém por intermédio do IDBA-UD obteve-se sequências mais contíguas. Os resultados advindos do BUSCO apresentaram apenas um gene esperado de diferença. As proteínas e genes esperados obtidos pelo Augustus suscitaram hits via BLASTP, ou seja, sequências proteicas já estudadas e descritas para o organismo.

Introdução: O advento das tecnologias de edição gênica permitem modificar organismos de modo específico. Desta forma, pode-se selecionar um organismo com potencial biotecnológico e melhorar a produção de suas enzimas e metabólitos. Objetivo: Este trabalho tem como objetivo elencar as técnicas de edição gênica utilizadas em fungos nos últimos 5 anos (2015-2019). Metodologia: Foi empregada uma revisão sistemática da literatura. Para tal, realizou-se as seguintes etapas: Elaboração das perguntas a serem respondidas; Determinação das strings de busca e dos bancos de dados; Definição de critérios de inclusão e exclusão de artigos; Seleção, extração, análise e interpretação dos resultados. Resultados: Obteve-se 32 artigos, os quais descrevem 9 técnicas de edição gênica: Mutagênese Clássica; Nocaute gênico induzido por transposon (TAGK); Integração mediada por enzimas de restrição (REMI); Meganucleases; Recombinação homóloga; Nucleases efetoras do tipo ativadoras de transcrição (TALENs); Nucleases dedo de Zinco (ZFNs); Transformação mediada por Agrobacterium tumefaciens (ATMT); e Clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats associado a nuclease Cas9 (CRISPR/Cas9). Sendo CRISPR/Cas9 a tecnologia predominante nos trabalhos. Conclusão: Para realização da engenharia genética em um organismo, além da técnica de edição gênica é necessário a escolha de um vetor e de uma técnica de transformação, bem como conhecimento acerca do mecanismo de reparo de DNA na espécie-alvo. Existem diferentes tecnologias, com diferentes fundamentos, a escolha de qual técnica utilizar dependerá da avaliação da equipe e do objetivo da pesquisa.

Many computational methods aim to improve the prediction and recognition of transcription elements in prokaryotes. Despite this, the natural features of those elements make their prediction and recognition remain as an open field of research. In this paper, we compared the open-access tools BacPP, BPROM, bTSSfinder, CNNPromoter_b, iPro70-PseZNC, NNPP2, PePPer, and PromPredict. First, we listed the overall functionalities of each tool and the resources available on their web pages. Later, we carried out a comparison of prediction results using 206 intergenic regions. When evaluating the prediction using intergenic regions containing a single promoter within each, NNPP2 and BacPP obtained >90% correct predictions, with NNPP2 obtaining the highest values of match between predicted promoter location and location indicated by RegulonDB. Overall, many discrepancies were observed among the results. They may be explained by the differences in the methodologies that each tool applies for promoter prediction, not excluding the natural features of promoters as a factor as well. In any case, the results highlight the necessity to continue the efforts to improve promoter prediction, perhaps combining multiple approaches. Through said efforts, some of the challenges of the postgenomic era may be tackled as well.

In the present postgenomic era, the capacity to generate big data has far exceeded the capacity to analyze, contextualize, and make sense of the data in clinical, biological, and ecological applica...

Introdução: As Redes Sociais Digitais (RSD) mudaram a forma de relacionamento das pessoas e organizações. As ações realizadas no meio virtual deixam rastros possibilitando análises de comportamentos, o que pode auxiliar na tomada de decisões. Neste cenário, o presente trabalho tem como objetivo analisar as postagens na página de uma RSD de uma operadora de saúde a fim de identificar quais conteúdos possuem mais engajamento e como os usuários interagem com cada postagem. Método: Trata-se de uma pesquisa mista de caráter exploratório. Os dados foram coletados através das ferramentas Netvizz e Facebook Insights. Para análise dos comentários destas postagens foi utilizada a metodologia Grounded Theory. Resultados: Os resultados ressaltam a importância da análise de dados para o marketing digital, tanto na área de marketing de conteúdo, para identificar quais conteúdos mais relevantes, como na área de marketing de relacionamento, para verificar como os usuários estão interagindo com a marca. Conclusão: A prestadora de serviço de saúde mostra sua preocupação com seu público a fim de construir um relacionamento de confiança para seus clientes.

The transcription machinery of archaea can be roughly classified as a simplified version of eukaryotic organisms. The basal transcription factor machinery binds to the TATA box found around 28 nucleotides upstream of the transcription start site; however, some transcription units lack a clear TATA box and still have TBP/TFB binding over them. This apparent absence of conserved sequences could be a consequence of sequence divergence associated with the upstream region, operon, and gene organization. Furthermore, earlier studies have found that a structural analysis gains more information compared with a simple sequence inspection. In this work, we evaluated and coded 3630 archaeal promoter sequences of three organisms, Haloferax volcanii, Thermococcus kodakarensis, and Sulfolobus solfataricus into DNA duplex stability, enthalpy, curvature, and bendability parameters. We also split our dataset into conserved TATA and degenerated TATA promoters to identify differences among these two classes of promoters. The structural analysis reveals variations in archaeal promoter architecture, that is, a distinctive signal is observed in the TFB, TBP, and TFE binding sites independently of these being TATA‐conserved or TATA‐degenerated. In addition, the promoter encountering method was validated with upstream regions of 13 other archaea, suggesting that there might be promoter sequences among them. Therefore, we suggest a novel method for locating promoters within the genome of archaea based on DNA energetic/structural features., A structural parametrization of genetic information into physical attributes enables the location of transcription factor binding sites in the archaeal genome. This study poses a novel method for promoter sequence location in putative regulators of archaea.

The gene transcription of bacteria starts with a promoter sequence being recognized by a transcription factor found in the RNAP enzyme, this process is assisted through the conservation of nucleotides as well as other factors governing these intergenic regions. Faced with this, the coding of genetic information into physical aspects of the DNA such as enthalpy, stability, and base-pair stacking could suggest promoter activity as well as protrude differentiation of promoter and non-promoter data. In this work, a total of 3131 promoter sequences associated to six different sigma factors in the bacterium E. coli were converted into numeric attributes, a strong set of control sequences referring to a shuffled version of the original sequences as well as coding regions is provided. Then, the parameterized genetic information was normalized, exhaustively analyzed through statistical tests. The results suggest that strong signals in the promoter sequences match the binding site of transcription factor proteins, indicating that promoter activity is well represented by its conversion into physical attributes. Moreover, the features tested in this report conveyed significant variances between promoter and control data, enabling these features to be employed in bacterial promoter classification. The results produced here may aid in bacterial promoter recognition by providing a robust set of biological inferences.

As tecnologias computacionais vem sendo introduzidas na pratica pedagogica com a finalidade de auxiliar no processo de construcao do saber. Assim, a utilizacao de uma ferramenta computacional no ambiente escolar requer analise sobre aspectos pedagogicos e da interacao do usuario com a ferramenta. Esse tipo de avaliacao torna-se relevante na analise de um Ambiente Virtual de Aprendizado (AVA), uma vez que dificuldades na interacao com o ambiente contribuem para o sentimento de frustracao e diminuicao de produtividade. Alem disso, pode levar o aluno a conclusoes equivocadas ou ate mesmo causar desinteresse pelas atividades desenvolvidas. Considerando esse contexto, o objetivo deste artigo foi analisar a utilizacao de um AVA por estudantes e professores da educacao basica. A metodologia aplicada foi de natureza qualitativa e de nivel exploratorio. A coleta de dados ocorreu por meio da observacao das interacoes dos usuarios com o AVA e sua analise foi guiada pelo framework DECIDE. Como resultado, percebeu-se que ha aceitabilidade do ambiente virtual pelo grupo de usuarios analisados, apesar dos diferentes niveis de utilizacao dos recursos disponiveis pela ferramenta. Adicionalmente, foram verificadas necessidades de melhorias a serem implementadas de modo a aprimorar a interacao educador-educando. Palavras-chave: Avaliacao de Software Educacional. Ambiente Virtual de Aprendizagem. Usuario Final.

Penicillium echinulatum 2HH is an ascomycete well known for its production of cellulolytic enzymes. Understanding lignocellulolytic and sugar uptake systems is essential to obtain efficient fungi strains for the production of bioethanol. In this study we performed a genome-wide functional annotation of carbohydrate-active enzymes and sugar transporters involved in the lignocellulolytic system of P. echinulatum 2HH and S1M29 strains (wildtype and mutant, respectively) and eleven related fungi. Additionally, signal peptide and orthology prediction were carried out. We encountered a diverse assortment of cellulolytic enzymes in P. echinulatum, especially in terms of β-glucosidases and endoglucanases. Other enzymes required for the breakdown of cellulosic biomass were also found, including cellobiohydrolases, lytic cellulose monooxygenases and cellobiose dehydrogenases. The S1M29 mutant, which is known to produce an increased cellulase activity, and the 2HH wild type strain of P. echinulatum did not show significant differences between their enzymatic repertoire. Nevertheless, we unveiled an amino acid substitution for a predicted intracellular β-glucosidase of the mutant, which might contribute to hyperexpression of cellulases through a cellodextrin induction pathway. Most of the P. echinulatum enzymes presented orthologs in P. oxalicum 114-2, supporting the presence of highly similar cellulolytic mechanisms and a close phylogenetic relationship between these fungi. A phylogenetic analysis of intracellular β-glucosidases and sugar transporters allowed us to identify several proteins potentially involved in the accumulation of intracellular cellodextrins. These may prove valuable targets in the genetic engineering of P. echinulatum focused on industrial cellulases production. Our study marks an important step in characterizing and understanding the molecular mechanisms employed by P. echinulatum in the enzymatic hydrolysis of lignocellulosic biomass.

Em laboratórios científicos são criados dados que necessitam de gerenciamento apropriado. Nesse sentido, surgiram os sistemas de informação aplicados para esses ambientes, desde cadernos físicos de anotação até plataformas eletrônicas personalizadas. Com o passar do tempo, os instrumentos físicos de anotação passaram a não ser mais suficientes para suprir a demanda existente em ambientes dinâmicos de pesquisa. Assim, este trabalho teve como objetivo apresentar uma revisão narrativa sobre os elementos-chave para o desenvolvimento de sistemas de informação eficientes aplicados a laboratórios científicos. Ainda, salienta-se que é imprescindível a construção de sistemas personalizados que consigam atender de forma específica as necessidades dos usuários. Este trabalho também exemplifica a contribuição de sistemas de informação digitais para pesquisas científicas nas áreas das ciências da vida e saúde. Para isso, os principais conceitos e fundamentos envolvidos no desenvolvimento de sistemas de informação aplicados à pesquisa científica são descritos, podendo ser utilizados para o planejamento de novas plataformas.

Background: The production of bioethanol using lignocellulosic feedstocks has proved to be a cutting-edge technology. However, this technology faces limitations such as cost and yield of enzymatic systems, required to degrade efficiently the polysaccharides of plant cell walls. Penicillium echinulatum 2HH is a widely studied ascomycete, known by its efficient cellulolytic cocktails. One strategy to improve the saccharification yields for commercial exploitation is the design of hypersecreting strains. However, molecular knowledge about the lignocellulolytic system of this specific fungus is scarce. Understanding both lignocellulolytic and sugar uptake systems is essential to obtain industrial strains with adequate efficiency for bioethanol production. Results: We report a comprehensive in silico characterization of CAZymes and sugar transporters of P. echinulatum 2HH. The CAZyome reveals an outstanding repertoire of enzymes involved in plant biomass degradation. Among them, we highlight the cellulolytic enzyme system whose genes are predominantly orthologous to P. oxalicum 114-2, demonstrating the high similarity of these phylogenetically related enzyme producers. We also report a LPMO-type enzyme of the AA16 family described for the first time in these fungi. In addition to the well-known high activity of ß-glucosidases, we found that coding genes for the AA16, GH5-4 and GH45 families comprehend the main differences in the cellulolytic complexes of P. echinulatum 2HH and P. oxalicum 114-2, when both are compared to commercial producers. Our phylogenetic analysis of the sugar transportome suggests that P. echinulatum 2HH diversity and specificity of STs include eight major families with specificity to different groups of sugars. Finally, our phylogenetic analyses enabled the identification of several iBGLs and STs potentially involved in the accumulation of intracellular cellodextrins.Conclusions: Overall, both CAZyome and sugar transportome of P. echinulatum revealed new insights into the mechanisms underlying a flexible and highly functional metabolism to degrade plant biomass. Peculiarities found in our study help to highlight the cellulolytic complex of P. echinulatum 2HH, contributing to the commercial ascendance of Penicillium spp. as cellulolytic enzyme producers. Furthermore, the first phylogenetic classification of STs and iBGLs shed new light into the role of these genes regarding the preferred carbon source during fungal growth. Along these lines, these iBGLs and STs comprise valuable gene targets to understand the regulatory mechanisms underlying cellulolytic enzymes and to design hypersecreting strains with adequate efficiency for bioethanol production in large-scale.

Os insetos formam um dos grupos mais diversificados da natureza desempenhando papeis fundamentais para a manutencao e o equilibrio dos ecossistemas. As multiplas formas, cores e comportamentos desses invertebrados sempre despertou no homem uma grande curiosidade. Dessa forma, os insetos podem ser usados nas escolas como ferramentas ou modelos em estrategias de ensino para trabalhar diversas areas do conhecimento como: Zoologia, Ecologia, Etologia, Metodo Cientifico e muitas outras. O trabalho teve como objetivos organizar colecoes entomologicas didaticas destinadas a escola e estruturar uma criacao de insetos (estrategias de ensino). No decorrer das atividades de laboratorio foram manipulados diferentes materiais entomologicos e identificadas as principais ordens de insetos (Coleoptera, Hemiptera, Hymenoptera, Lepidoptera, Orthoptera e outras). Para confeccao das colecoes foram utilizadas tecnicas de montagem com o uso de alfinetes entomologicos. A especie Cladomorphus phyllinus Gray (Phasmatodea: Phasmatidae) foi escolhida para a implementacao da criacao no laboratorio de Entomologia. Esses insetos sao popularmente conhecidos como bicho-pau (devido a similaridade do seu aspecto geral com fragmentos de madeira ou gravetos). A criacao foi estruturada em uma gaiola de madeira adaptada com telas de nailon para ventilacao, galhos para ambientar o recinto e bandeja de limpeza. A alimentacao dos insetos foi realizada com folhas de goiabeira ( Psidium guajava L.). As atividades desenvolvidas demonstraram que e necessario promover acoes que possibilitem trazer ao aluno experiencias de aprendizagem diferentes daquelas tradicionalmente utilizadas em sala de aula, como o contato direto com o objeto de estudo, interatividade e ambientes pedagogicamente estimulantes. http://dx.doi.org/10.18226/23185279.v8iss3p13

As técnicas computacionais têm importante papel na era pósgenômica, devido ao crescente número de dados biológicos gerados. Um campo bem desenvolvido envolve as questões relacionadas a regulação gênica. Com base no exposto, este trabalho dedica-se a uma análise in silico dos promotores relacionados aos fatores δ24 e δ32 da bactéria E. coli. Para isso, foi utilizada a técnica de Clusterização e a codificação dos dados nos valores de estabilidade. Os agrupamentos foram analisados com base na pureza obtida. A pureza média obtida foi de 63%, com destaque para os agrupamentos 7, 10 e 11, que obtiveram uma pureza média de 85%, 82% e 83% respectivamente. Foi possível observar diferentes graus de degeneração das sequências e as características que os grupos estudados apresentam. Deste modo, contribui-se para a compreensão dos diferentes perfis biológicos encontrados nos promotores bacterianos. Além disso, os resultados podem auxiliar na redução de falsos positivos em ferramentas de predição de promotores.

This paper presents a prediction of Bacillus subtilis promoters using a Support Vector Machine system. In the literature, there is a lack of information on Gram-positive bacterial promoter sequences compared to Gram-negative bacteria. Promoter sequence identification is essential for studying gene expression. Initially, we collected the B. subtilis genome sequence from the NCBI database, and promoters were identified by their sigma factors in the DBTBS database. We then grouped the promoters according to 15 factors in 2 domains, corresponding to sigma 54 and sigma 70 of Gram-negative bacteria. Based on these data we developed a script in Python to search for promoters in the B. subtilis genome. After processing the data, we obtained 767 promoter sequences for B. subtilis, most of which were recognized by sigma SigA. To validate the data we found, we developed a software package called BacSVM+, which receives promoters as input and returns the best combination of parameters in a LibSVM library to predict promoter regions in the bacteria used in the simulation. All data gathered as well as the BacSVM+ software is available for download at http://bacpp.bioinfoucs.com/rafael/Sigmas.zip. Keywords: Promoter sequences, Bacillus subtilis, SVM

Com todo o avanco tecnologico que se delineou nas ultimas decadas, as organizacoes comecaram a considerar nao so na aquisicao e utilizacao desses recursos informacionais, mas tambem em protecao (SILVA, 2009). Nesse sentido, as organizacoes tem tido preocupacao com a seguranca das informacoes que possam comprometer...

The current paper aims to perform data mining and artificial intelligence algorithms for genealogical data related to creole horses awarded in the “Expointer” competition, in order to uncover patterns and characteristics of winning animals. The dataset was obtained on a repository from the “Associacao Brasileira de Criadores de Cavalos Crioulos”. The techniques and algorithms employed were frequency analysis, means comparison and linear regression. In total, information from 1866 animals was extracted, which were organized in two groups according to the competition events of “Morfologia” and “Freio de Ouro”. The paternal lineage with better performance out of the champions from both events was Aculeo Vastago. In comparison, the more successful maternal branches demonstrated higher variability; Nevertheless, a dominance was observed for the families Torhuela, Che Pitanga 565 and BT Fuzarca in the “Morfologia” event. The mean comparison analyses revealed a statistically signifficant difference (p

In the present postgenomic era, the capacity to generate big data has far exceeded the capacity to analyze, contextualize, and make sense of the data in clinical, biological, and ecological applications. There is a great unmet need for automation and algorithms to aid in analyses of big data, in biology in particular. In this context, it is noteworthy that computational methods used to analyze the regulation of bacterial gene expression have in the past focused mainly on

Introduction A dataset with patient information allows a comparison between different clinical treatments in many fields of medicine as well as the effective use of medical resources. Patient-reported outcome measures (PROMs) collect data directly from patients for use in clinical practice by helping decision making and tailoring treatments according to the patients’ needs. The authors present a novel database to overcome data collection related barriers, calculating automatically the questionnaire results, displayed in graphics on the patients’ dashboard in real time, and focused on the active follow of the patients. Objective To present electronic health record database for monitoring clinical or surgical interventions and assess the usability. Methodology Process modeling and specification of system requirements were performed using the Iconix methodology along with the Post-Study System Usability Questionnaire (PSSUQ) to validate the usability and usefulness of the proposed system. The system and the questionnaires were performed in three languages: Brazilian Portuguese, Spanish, and English. Results The database enables researchers to use the questionnaires defining the time of data collection according to the needs of each clinical study. The system facilitates the patient answers without any personal interference from smartphones, tablets or computers. The questionnaire scores were calculated automatically in real time and displayed in graphics on the patients’ dashboard. The evaluation of the usability and usefulness of the developed database used 8 people divided into two equal groups (4 physicians and 4 medical students). Conclusion The proposed electronic health record database allows a friendly and flexible use of PROMs according to the population, needs in practice and clinical settings. The platform promotes active and direct data collection from patients and physicians in English, Portuguese and Spanish.

O uso do conhecimento no desenvolvimento e crescimento estrategico das cidades proporciona diferentes formas de atuacao sobre situacoes que vivenciamos no dia a dia. Esse tipo de abordagem esta crescendo por causa dos continuos investimentos e pesquisas em Cidades Inteligentes e Cidades do Conhecimento. O seu principal objetivo e a criacao e manutencao de cidades que possuem alta capacidade de aprendizagem, geracao, compartilhamento, avaliacao, renovacao, atualizacao e gestao do conhecimento. Com o intuito de contribuir com a identificacao, avaliacao e desenvolvimento de Cidades do Conhecimento no Brasil, em 2014 na Universidade de Caxias do Sul criou-se um projeto que propos um modelo de gerenciamento de conhecimento baseado no Sistema de Capitais Generico. O presente trabalho buscou desenvolver uma aplicacao web com o objetivo de automatizar a entrada de dados e geracao de graficos e tabelas comparativas atraves do levantamento de casos de uso juntamente ao usuario chave. Os resultados obtidos com a aplicacao demonstraram que a mesma resolveu problemas que eram enfrentados pelo projeto, alem de automatizar tarefas que antes eram feitas de forma manual.

Promoters are DNA sequences located upstream of the transcription start site of genes. In bacteria, the RNA polymerase enzyme requires additional subunits, called sigma factors (σ) to begin specific gene transcription in distinct environmental conditions. Currently, promoter prediction still poses many challenges due to the characteristics of these sequences. In this paper, the nucleotide content of Escherichia coli promoter sequences, related to five alternative σ factors, was analyzed by a machine learning technique in order to provide profiles according to the σ factor which recognizes them. For this, the clustering technique was applied since it is a viable method for finding hidden patterns on a data set. As a result, 20 groups of sequences were formed, and, aided by the Weblogo tool, it was possible to determine sequence profiles. These found patterns should be considered for implementing computational prediction tools. In addition, evidence was found of an overlap between the functions of the genes regulated by different σ factors, suggesting that DNA structural properties are also essential parameters for further studies.

Previsões de demanda são importantes na gestão dos recursos das empresas, porém pouco exploradas em empresas prestadoras de serviços, devido às peculiaridades desse segmento. O presente artigo tem como objetivo utilizar técnicas de previsão de demanda como ferramenta auxiliar na gestão de empresas prestadoras de serviços de tecnologia da informação. Para isso, foi feito um estudo de caso em uma empresa de emissão de certificados digitais. Nessa empresa, ocorreu a análise quantitativa de previsão de demanda a fim de auxiliar na melhoria da produtividade e qualidade de serviço prestado. Os resultados indicam que as técnicas de projeção de demanda contribuem na gestão de empresas prestadoras de serviços. Em especial, no estudo de caso realizado, contribui para a gestão de estoque e diminuição do tempo de atendimento dos clientes.

A whole genome contains not only coding regions, but also non-coding regions. These are located between the end of a given coding region and the beginning of the following coding region. For this reason, the information about gene regulation process underlies in intergenic regions. There is no easy way to obtain intergenic regions from current available databases. IntergenicDB was developed to integrate data of intergenic regions and their gene related information from NCBI databases. The main goal of INTERGENICDB is to offer friendly database for intergenic sequences of bacterial genomes. Availability http://intergenicdb.bioinfoucs.com/

The advent of modern high-throughput sequencing has made it possible to generate vast quantities of genomic sequence data. However, the processing of this volume of information, including prediction of gene-coding and regulatory sequences remains an important bottleneck in bioinformatics research. In this work, we integrated DNA duplex stability into the repertoire of a Neural Network (NN) capable of predicting promoter regions with augmented accuracy, specificity and sensitivity. We took our method beyond a simplistic analysis based on a single sigma subunit of RNA polymerase, incorporating the six main sigma-subunits of Escherichia coli . This methodology employed successfully re-discovered known promoter sequences recognized by E. coli RNA polymerase subunits σ 24 , σ 28 , σ 32 , σ 38 , σ 54 and σ 70 , with highlighted accuracies for σ 28 - and σ 54 - dependent promoter sequences (values obtained were 80% and 78.8%, respectively). Furthermore, the discrimination of promoters according to the σ factor made it possible to extract functional commonalities for the genes expressed by each type of promoter. The DNA duplex stability rises as a distinctive feature which improves the recognition and classification of σ 28 - and σ 54 - dependent promoter sequences. The findings presented in this report underscore the usefulness of including DNA biophysical parameters into NN learning algorithms to increase accuracy, specificity and sensitivity in promoter beyond what is accomplished based on sequence alone.