Search

Medikal uygulamalarda yaygın olarak kullanılan elektrokardiyogram (EKG) işaretleri, aldatma saldırılarına karşı güçlü kılan yaşam işareti olma özelliği sayesinde, biyometrik uygulamalar için bir biyometrik büyüklük olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bilgisayar sistemlerinin hesaplama güçlerinin artmasına bağlı olarak kişi tanıma ve sınıflandırma doğruluğunu arttırmak amacıyla son yıllarda EKG biyometrik tanıma için birkaç evrişimsel sinir ağı (ESA) tabanlı yöntem sunulmuştur. Bu çalışmada, QRS (QRS dalgası) imgeleri ve 2 boyutlu ESA yapısı kullanılarak EKG işaretleri tabanlı bir biyometrik tanıma yöntemi önerilmiştir. Önerilen yöntemde, ilk olarak EKG işaretleri gürültü temizleme ve QRS belirleme algoritmalarından geçirilerek QRS bölütlerine ayrılmıştır. Elde edilen bu bölütler R noktalarına göre hizalandıktan sonra 256x256 büyüklüğünde QRS imgesi olarak adlandırılan 2 boyutlu EKG işaretlerine dönüştürülmüştür. Son olarak elde edilen bu QRS imgelerinin giriş olarak uygulandığı 2 boyutlu bir ESA modeli geliştirilerek biyometrik tanıma gerçekleştirilmiştir. Önerilen yöntemin başarımı diğer ESA tabanlı EKG biyometrik tanıma yöntemleri ile karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Önerilen yöntem 46 kişiden oluşan bir EKG veri kümesi üzerinde %98.08 doğruluk oranı ve %99.275 kişi tanıma oranı sağlamıştır. Electrocardiogram (ECG) signals, which are commonly used in medical applications, have been started to use as a biometric modality for biometric applications thanks to its liveness indicator that makes it stronger against spoofing attacks. Due to improving computational power of computer systems, several convolutional neural network (CNN) based methods have been recently proposed for ECG biometric identification in order to increase identification performance and classification accuracy. In this work, we proposed an ECG based biometric identification method using QRS (QRS wave) images and two-dimensional CNN. In the† proposed method, ECG signals were segmented by applying noise removing and QRS detection algorithms. After these segments were aligned according to their R-points, they were transformed to two-dimensional ECG signals called QRS images of size 256x256. Finally, biometric identification task was achieved by developing a CNN based ECG biometric identification method which uses the QRS images as an input. The identification performance of the proposed method was compared to other CNN based ECG biometric identification methods proposed in the literature. The experimental results show that the proposed method provides an accuracy of 98.08% and an identification rate of 99.275% for a public ECG database of 46 persons.

© 2021, The Author(s), under exclusive licence to Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature.Familial Mediterranean fever (FMF) is a monogenic autoinflammatory disorder with recurrent fever, abdominal pain, serositis, articular manifestations, erysipelas-like erythema, and renal complications as its main features. Caused by the mutations in the MEditerranean FeVer (MEFV) gene, it mainly affects people of Mediterranean descent with a higher incidence in the Turkish, Jewish, Arabic, and Armenian populations. As our understanding of FMF improves, it becomes clearer that we are facing with a more complex picture of FMF with respect to its pathogenesis, penetrance, variant type (gain-of-function vs. loss-of-function), and inheritance. In this study, MEFV gene analysis results and clinical findings of 27,504 patients from 35 universities and institutions in Turkey and Northern Cyprus are combined in an effort to provide a better insight into the genotype-phenotype correlation and how a specific variant contributes to certain clinical findings in FMF patients. Our results may help better understand this complex disease and how the genotype may sometimes contribute to phenotype. Unlike many studies in the literature, our study investigated a broader symptomatic spectrum and the relationship between the genotype and phenotype data. In this sense, we aimed to guide all clinicians and academicians who work in this field to better establish a comprehensive data set for the patients. One of the biggest messages of our study is that lack of uniformity in some clinical and demographic data of participants may become an obstacle in approaching FMF patients and understanding this complex disease.

Background: Thyroid cancer is the most common malignancy of endocrine system. Genome Wide Association Studies (GWAS) revealed a number of common variants associated with thyroid cancer risk. In this study, we aimed to investigate the association of these known variants with thyroid cancer risk in a Turkish population living in Trakya region. Methods: The study included 97 cases of differentiated thyroid cancer and 379 healthy controls. Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) method was used for the genotyping of rs965513, rs944289, rs966423 rs2439302 polymorphisms. Results: There was no statistically significant difference between patients and controls in terms of SNP genotype and allele frequencies. The distribution of cumulative genetic risk scores between patients and controls was also not significantly different. In the multiple logistic regression analysis (MLR), it was observed that the relationship of rs2439302 polymorphism GG genotype with thyroid cancer risk has a trend to be significant ((p = 0.067, 95%CI: 2.947 (0.928-9.357)). Conclusion: We suggest that the confirmation of the association of common variants with thyroid cancer in different populations will contribute to make a consensus on global risk alleles. The marginal significance of the association of rs2439302 with thyroid carcinoma risk shown in our study supports the need for functional studies on the role of this polymorphism in thyroid carcinoma. Trakya University Scientific Research Projects UnitTrakya University [TuBAP 2016/132] This study has been financially supported by the Trakya University Scientific Research Projects Unit (TuBAP 2016/132) .

Tekrarlayan gebelik kaybı (TGK), üreme sağlığında önemli bir problemdir. TGK vakalarının yaklaşık %50'sinin nedeni açıklanamamıştır. TGK etiyolojisinde genetik temeli anlamak, teşhis ve prognoz için önemlidir. Bu nedenle çalışmamızda kadın üreme sisteminde önemli işlevleri olan KHDC3L, NLRP2 ve NLRP7 genlerinin TGK ile ilişkisini araştırmayı amaçladık. Çalışmaya Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi polikliniğine TGK öyküsü ile başvuran 96 kadın hasta dahil edildi. Hastalarda KHDC3L, NLRP2 ve NLRP7 genleri NGS yöntemi ile olası varyasyonlar açısından analiz edildi. NLRP7 geninde rs73055288, rs1276342435, NLRP2 geninde rs200815567, rs199475713, rs147585490, rs149897717, rs145361990 ve KHDC3L geninde rs1032302298, rs553706174 varyasyonlarını saptadık. Çalışmamızda açık erişimli veri tabanlarında ve/veya ACMG-2015 kriterlerine göre “patojenik, olası patojenik varyasyon” saptanmadı. Çalışmamızda saptamış olduğumuz sekiz varyasyonun global allel frekansı 0.004’den küçüktü (0.004-0.000004). Bu varyasyonların normal fertiliteye sahip kadınlarda da araştırılmasının literatüre önemli katkılar sağlayacağı öngörüsündeyiz. Recurrent pregnancy loss (RPL) is an important problem in reproductive health. The cause of approximately 50% of RPL cases has not been explained. Understanding the genetic basis in the etiology of RPL is important for diagnosis and prognosis. Therefore, in our study, we aimed to investigate the relationship of KHDC3L, NLRP2 and NLRP7 genes with RPL, which have important functions in the female reproductive system. Ninety-six female patients who applied to the outpatient clinic of Trakya University Medical Faculty, Department of Medical Genetics, Genetic Diseases Diagnosis Center with a history of RPL were included in the study. KHDC3L, NLRP2 and NLRP7 genes were analyzed in terms of possible variations by NGS method. We detected rs73055288, rs1276342435 in the NLRP7 gene, rs200815567, rs199475713, rs147585490, rs149897717, rs145361990 in the NLRP2 gene and rs1032302298, rs553706174 in the KHDC3L gene. In our study, no "pathogenic, likely pathogenic variation" was found in open access databases and / or according to ACMG-2015 criteria. The global allele frequency of the eight variations we detected in our study was less than 0.004 (0.004-0.000004). We anticipate that investigating these variations in women with normal fertility will contribute significantly to the literature

Objective: Genetic factors, including Y chromosome microdeletions, are responsible for about 10% of male infertility cases and are particularly associated with azoospermia or severe oligozoospermia. In our study, it was aimed to determine the frequency of Y chromosome microdeletions in the Thrace region and to provide information about the heterogeneous phenotype in infertile male patients with AZF microdeletion. Material and Method: Chromosome analysis and Y chromosome microdeletion analysis were performed on 446 male patients with non-obstructive azoospermia or oligozoospermia, who applied to the Trakya University Hospital Medical Genetics Department Genetic Diseases Diagnosis Center clinic between the years 2011-2019. Results: Y chromosome microdeletion was detected in 19 (4.26%) of 446 cases. Structural chromosomal anomalies were accompanied in 5 of 19 cases with Y chromosome microdeletions. Three hundred fifty-two cases had no Y chromosome microdeletion, 35 (9.94%) of these cases had Klinefelter syndrome, 1 (0.28%) case had Klinefelter syndrome low grade mosaicism, 3 (0.85%) cases had Robertsonian translocation carriage, and 1 (0.28%) had Reciprocal translocation carriage. Conclusion: Y chromosome microdeletion screening in non-obstructive azoospermic or oligosoospermic infertile male patients has prognostic value and affects clinical prognosis. The results of our study support the proposal to perform Y chromosome microdeletion analysis before microTESE in azoospermic or oligosoospermic infertile male patients as reported in the literature., Amaç: Y kromozom mikrodelesyonları dahil olmak üzere genetik faktörler erkek infertilitesi olgularının yaklaşık %10’undan sorumludur ve özellikle azoospermi veya ciddi oligozoospermi ile ilişkilidir. Çalışmamızda Trakya bölgesi’nde Y kromozom mikrodelesyon sıklığını saptamak ve AZF mikrodelesyonu olan infertil erkek olgularda heterojen fenotip hakkında bilgi sunmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Trakya Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi Polikliniği’ne 2011-2019 yılları arasında infertilite nedeni ile müracaat eden, non-obstruktif azoospermik veya oligozoospermik 446 erkek olguda konvansiyonel sitogenetik yöntemle karyotip analizi ve Y kromozom mikrodelesyon analizi yapıldı. Bulgular: Dört yüz kırk altı olgunun 19’unda (%4,26) Y kromozom mikrodelesyonu saptandı. Y kromozom mikrodelesyonu saptanan 19 olgunun 5’inde yapısal kromozom anomalileri eşlik etmekteydi. Y kromozomunda mikrodelesyon saptanmayan 352 olgunun 35’inde (%9,94) Klinefelter sendromu, 1’inde (%0,28) düşük oranlı Klinefelter sendromu mozaikliği, 3’ünde (%0,85) Robertsonian translokasyon taşıyıcılığı, 1’inde (%0,28) resiprokal translokasyon taşıyıcılığı saptandı. Sonuç: Non-obstruktif azoospermik veya oligozoospermik infertil erkek olgularda Y kromozom mikrodelesyon taraması prognostik değere sahiptir ve klinik prognozu etkilemektedir. Çalışmamızın sonuçları literatürde bildirilmiş olan azoospermik veya oligozoospermik infertil erkek olgularda mikroTESE öncesinde Y kromozom mikrodelesyon analizi yapılması önerisini desteklemektedir.

Aims: Hereditary hemorrhagic telangiectasia is an autosomal dominant disorder characterized by telangiectasia, epistaxis, and vascular malformations. Pathogenic mutations were found in ENG, AVCRL1, SMAD4, and GDF genes. In this study, we present our database of patients with hereditary hemorrhagic telangiectasia regarding the phenotype-genotype relations and discuss two novel ENG gene pathogenic variations in two unrelated families. Methods: Next Generation Sequencing analysis was performed on the peripheral blood of nine patients with hereditary hemorrhagic telangiectasia in four unrelated families. All patients were diagnosed with hereditary hemorrhagic telangiectasia according to the Curaçao criteria. Data on treatment and screenings of visceral involvement were recorded from files. Results: We have found a pathogenic variation in either the ENG or ACVRL1 gene in each family. Two novel pathogenic variations in the ENG gene, including NM_000118.3 (ENG): c.416delC (p.P139fs*24) and NM_000118.3(ENG): c.1139dupT (p.Leu380PhefsTer16), were found in the same family. The NM_000020.2(ACVRL1): c.1298C>T (p.Pro433Leu) pathogenic variation in the ACVRL1 gene in our first family and a novel heterozygous likely pathogenic NM_000020.2(ACVRL1): c.95T>C (p.Val32Ala) variation was found in our second family. Seven of the nine patients were treated with thalidomide for controlling bleeding episodes. All patients responded to thalidomide. In one patient, the response to thalidomide was lost and switched to bevacizumab. Conclusion: In hereditary hemorrhagic telangiectasia, certain types of mutations correlate with disease phenotypes and with next generation sequencing methods. New pathogenic variations can be revealed, which might help manage patients with hereditary hemorrhagic telangiectasia

MultiplMyelom (plazma hücreli myelom, myelomatozis veya Kahler hastalığı) kemikiliğinde monoklonal immünglobulin (M protein) yapan plazma hücrelerininkontrolsüz, klonal artışı ile karakterize kronik, progresif ve letal bir hastalıktır.Son 10 yılda özellikle genetikteki teknolojik gelişmeler sonucu, myelomabiyolojisinin ve tedavisinde dramatik ilerleme sağlanmıştır. Tablonun hücreselve moleküler detayının zenginleştirilmesiyle yeni girişim ve prensiplerinözellikle tedavide belirlenmesinde yol gösterici olmuştur. Hastalık prognozuhastalığı oluşturan hücrelerin, morfolojisi, biyolojisi, fonksiyonu ve genetiközellikleri gibi değişkenler tarafından belirlenir. Günümüzde, prognozbelirlenmesinde ve tedavi seçiminde genetik özellikler de dikkate alınmaktadır.MM‟nin gelişimi; mutasyonları, kromozomal translokasyonları ve belki de belirliviral enfeksiyonlar ile tetiklenen çeşitli genetik anormalliklerin etkisini deiçeren çok basamaklı bir olay olarak tanımlanmaktadır. Hastalığın ilerlemesiylekarmaşık genetik anomalilerin arttığı gözlenmiştir. Genetik değişimlerinsaptanmasının sadece klinik prognoz açısından değil aynı zamanda tedaviyealınacak cevabı belirleyip tedavi alternatiflerin seçiminde de yardımcı olacağıbelirtilmiştir., MultipleMyeloma (plasma cell myeloma, myelomatosis or Kahler's disease) is a chronic,progressive, and lethal disease characterized with plasma cells was increased uncontrolledthat produced monoclonal immunoglobulin (M protein) in bone marrow. In the last10 years, especially in genetics, technological developments have resulted indramatic progress in myeloma biology and treatment. Enrichment of cellular andmolecular details for disease has led to new initiatives and principles leadingto choice of treatment. The disease prognosis is determined by variables suchas the morphology, biology, function, and genetic characteristics of the cellsthat make up the disease. Nowadays, genetic features are taken into account indetermining prognosis and selection of treatment. Development of MM; is definedas a multi-step event triggered by mutations, chromosomal translocations,certain viral infections and possibly the effects of various geneticabnormalities. It has been observed that complex genetic anomalies increasewith the progression of the disease. Genetic changes will be helpful not onlyin terms of clinical prognosis but also in choosing therapeutic alternatives byanticipating the response to be taken from the treatment.

Background: Lung cancer is one of the most lethal cancers. It is mainly classified into 2 groups: non-small cell lung can-cer (NSCLC) and small cell lung cancer (SCLC). Extrapul-monary small cell carcinomas (EPSCC) are very rare. The Ras oncogene controls most of the cellular functions in the cell. Overall, 21.6% of human cancers contain a Kirsten Ras (KRAS) mutation. SCLC and EPSCC have several similar features but their clinical course is different.Aims: We investigated the KRAS mutation status in SCLC and EPSCC.Study design: Mutation research.Methods: Thirty-seven SCLC and 15 EPSCC patients were included in the study. The pathological diagnoses were confirmed by a second pathologist. KRAS analysis was performed in our medical genetic department. DNA isola-tion was performed with primary tumor tissue using the QIAamp DNA FFPE Tissue kit (Qiagen; Hilden, Germany) in all patients. The therascreen KRAS Pyro Kit 24 V1 (Qia-gen; Hilden, Germany) was used for KRAS analyses. Results: Thirty-four (91.9%) of the SCLC patients were male, while 11 (73.3%) of the EPSCC l patients were fe-male. SCLC was more common in males, and EPSCC in females (p=0.001). A KRAS mutation was found in 6 (16.2%) if SCLC patients. The most common mutation was Q61R (CAA>CGA). Among the 15 EPSCC patients, 2 had a KRAS mutation (13.3%). When KRAS mutant and wild type patients were compared in the SCLC group, no differ-ence was found for overall survival (p=0.6).Conclusion: In previous studies, the incidence of KRAS mutation in SCLC was 1-3%; however, it was 16.2% in our study. Therefore, there may be ethnic and geographical differences in the KRAS mutations of SCLC. As a result, KRAS mutation should not be excluded in SCLC

Objectives: The objective of the study is to explore the MEFV gene exon 2 and exon 10 gene region mutations which take place in etiopathogenesis of Familial Mediterranean Fever in the Thrace population with the DNA sequence analysis method and to compare the results with the other studies. Patients and Methods: The study included patients with Familial Mediterranean Fever who have no relative relationship, have the same linguistic characteristic and live in the Thrace region for at least three generations (34 females, 34 males). MEFV gene exon 2 and exon 10 gene regions multiplied with PCR and their nucleotids were determined with the DNA sequence analysis method. Results: G442C, T306C, A414G, C495A, G605A SNPs were found in MEFV gene exon 2 gene region and G2040C, A2080G, G2082A, A2084G, T2177C, G2282A SNPs were found in MEFV gene exon 10 gene region in the Thrace population. Conclusion: The T306C, A414G, C495A, G605 single-nucleotide polymorphisms in MEFV gene exon 2 gene region and the mutations in exon 10 gene region are not compatible in terms of their frequencies with the results of the other studies. Amaç: Çalışmamızın amacı Trakya populasyonunda Ailevi Akdeniz Ateşi etyopatogenezinde yer alan MEFV geni ekson 2 ve ekson 10 gen bölgesi mutasyonlarının otomatize DNA dizi analizi metodu ile araştırılarak elde edilen sonuçların literatürdeki diğer çalışmalar ile karşılaştırılmasıdır. Hastalar ve Yöntemler: Çalışmaya Ailevi Akdeniz Ateşi tanılı hastalardan, birbirileri ile akrabalık ilişkisi bulunmayan, aynı karakteristik dil özellikleri gösteren ve en az üç kuşaktır Trakya Bölgesi'nde yaşayanlar (34 kadın, 34 erkek) dahil edildi. MEFV geni ekson 2 ve ekson 10 gen bölgeleri polimeraz zincir tepkimesi ile çoğaltılarak, otomatize DNA dizi analizi metodu ile nükleotid dizileri belirlendi. Bulgular: Trakya populasyonunda MEFV geni ekson 2 gen bölgesinde G442C, T306C, A414G, C495A, G605A, ekson 10 gen bölgesinde G2040C, A2080G, G2082A, A2084G, T2177C, G2282A tek nükleotid değişimleri belirlendi. Sonuç: Çalışmamızın sonuçları MEFV geni ekson 2 gen bölgesinde belirlediğimiz T306C, A414G, C495A, G605 tek nükleotid değişiklikleri ve ekson 10 gen bölgesinde belirlediğimiz mutasyonların sıklıkları açısından literatür ile farklılıklar göstermektedir.

İnfertilite insan popülasyonunda çiftlerin yaklaşık olarak % 10- 25'ini etkileyen bir üreme sağlığı sorunudur. Erkek faktörü, infertil çiftlerin yaklaşık % 50'sinde önemli rol oynar. Erkek faktörü infertilitesinin temel nedeni olguların yaklaşık olarak % 30-40'ında bilinmemekle birlikte özellikle nonobstrüktif azoospermide, genetik kusurların güçlü bir role sahip olduğuna inanılmaktadır.Spermatogenez sürecinde meydana gelen mayoz bölünmedeki hatalar, azoospermiye neden olan önemli bir sebeptir. Mayotik profaz I'de homolog kromozomlar arasındaki rekombinasyona, Sinaptonemal Kompleks (SC) adında üçlü bir yapı aracılık eder. SCP3 geni null mutasyonu için homozigot (Scp3-/-) olan erkek farelerde spermatogenez, aksiyal veya lateral eleman yapılarının gelişmemesi nedeni ile mayotik profaz I'in zigoten/pakiten evresinde durur ve ağır apoptotik hücre ölümünün bir sonucu olarak infertildirler.Çalışmanın amacı Türk toplumundaki non-obstruktif azoospermik infertil erkeklerde SCP3 genindeki olası mutasyonların ve/veya tek nükleotid polimorfizmlerinin araştırılmasıdır.Çalışmaya 531 infertil erkek hastadan spermiyogram sonucu Dünya Sağlık Örgütü kriterlerine göre azoospermi olan, 46,XY kromozom yapısına sahip, Y kromozom mikrodelesyonu taşımayan, birbirileri ile akrabalık ilişkisi bulunmayan 75 infertil erkek hasta ve fertilitesi doğurganlık ile kanıtlanmış 75 kontrol dahil edildi.SCP3 genine ait 9 ekson intron bölgeleri içerisinde yer alan sentetik oligonükleotid dizileri tasarlanarak PZR ile çoğaltıldı ve otomatize DNA dizi analizi yöntemi ile nükleotid dizileri belirlendi.Çalışmada SCP3 genine ait 9 eksonda mutasyon saptanmadı. Bununla birlikte NCBI SNP veri tabanında tanımlanmış yedi, tanımlanmamış dört varyasyon saptadık.Sonuç olarak, SCP3 mutasyonlarının çalışma popülasyonumuzda non obsturiktif azoospermik infertil erkek hastalarda mayotik duraksama için genetik yatkınlıkla ilişkili olmadığı, SCP3 ile birlikte sinaptonemal kompleksin diğer bileşenlerinin de (SCP1, SCP2) araştırılması gerektiği öngörüsündeyiz. Infertility is a reproductive health problem affecting about 10-25% couples in human population. Male factor plays an important role in approximately 50% of couples. Although the main cause of male factor infertility is not known in 30-40% of the cases, genetic defects are believed to have significant effect particularly in non-obtstructive azoospermia.Errors in meiotic division during spermatogenesis are major causes resulting in azoospermia. A small tripartite structure called synaptonemal complex (SC) mediates the recombination between the homologous chromosomes in prophase I of meiosis. Spermatogenesis stops at the zygotene/pachytene stage of meiotic prophase I due to the undevelopment of axial or lateral element structures in male mice that are homozygous (Scp3-/-) for the null mutation of SCP3 gene and these mice are infertile as a result of massive apoptotic cell death.The purpose of the present study is to investigate the possible mutations and/or single nucleotide polymorphisms in SCP3 gene among non-obstructive azoospermic infertile males of Turkish population.Seventy-five infertile male patients out of 531 infertile males were included in the study according to the spermiograms in which azoospermia was diagnosed with respect to World Health Organization standarts. These 75 patients were unrelated to each other and had 46,XY chromosome structure without Y microdeletion. In addition 75 indivuduals whose fertility was proven by reproduction were enrolled into study as controls. Nine exon deep intronic primers belonging to SCP3 gene were designed and amplified by PCR and the nucleotide sequences were identified by automated DNA sequence analysis.We did not detect any mutations in 9 exons of SCP3. However, we detected 11 variations 7 of which are identified in NCBI SNP database whereas 4 are not.As a result, we agree with the idea that SCP3 mutations are not associated to genetic susceptibility for meiotic arrest in infertile male patients in our study population with non-obstructive azoospermia and that further studies investigating the other components of synaptonemal complex (SCP1, SCP2) in addition to SCP3 should be conducted. 107

Free radicals can be defined as atoms or molecules containing one or more unpaired electrons in their orbitals. Their formation occurs continuously in the cells as a consequence of both enzymatic and nonenzymatic reactions. It has been estimated that the average person has around 10000–20000 free radicals attacking each body cell each day. Some free radicals are good in that they enable your body to fight inflammation, kill bacteria, and control the tone of smooth muscles, which regulate the working of internal organs and blood vessels. On the other hand increased or uncontrolled free radical activity might combine with other factors to cause some diseases such as neurodegenerative diseases, heart disease, cancers etc. The balance between the production of free radicals and the antioxidant defences in the body has important health implications. Under the normal conditions the antioxidant defense system within the body can easily handle free radicals that are produced. If there are too many free radicals produced and too few antioxidants, this may cause chronic damage. The aim of this study is review the data on diseases which may be linked to free radicals in order to clarify the role of them in ethiopathogenesis of these diseases.

The Ministry of Defense (MoD) spends hundreds of millions of dollars on software to support its infrastructure, operate its weapons and provide command, control, communications, computing, intelligence, surveillance, and reconnaissance (C4ISR) functions. These and other all new advanced systems have a common critical component is information technology. Defense and Aerospace environment is continuously striving to keep up with increasingly sophisticated Information Technology (IT) in order to remain effective in today-s dynamic and unpredictable threat environment. This makes it one of the largest and fastest growing expenses of Defense. Hundreds of millions of dollars spent a year on IT projects. But, too many of those millions are wasted on costly mistakes. Systems that do not work properly, new components that are not compatible with old once, trendily new applications that do not really satisfy defense needs or lost though poorly managed contracts. This paper investigates and compiles the effective strategies that aim to end exasperation with low returns and high cost of Information Technology Acquisition for defense; it tries to show how to maximize value while reducing time and expenditure., {"references":["IEEE/EIA 12207 Standard for Information Technology - Software Life\nCycle Processes or relevant International Standardization Organization\n(ISO) standards. They define a set of recommended development\nactivities and documentation alternatives for software intensive systems.","The Software Engineering Institute (SEI) Capability Maturity Model\n(CMM) for software development - Feb., 1993.","Barrow, Patrick D. M. and Mayhew, Pam J. \"Investigating principles of\nstakeholder evaluation in a modern IS development approach.\" Journal\nof Systems and Software 52, Iss. 2,3 (June 1, 2000): 95-103.","PMI, A Guide to the Project Management Body of Knowledge\n(PMBOK® Guide) First Edition Version 1.0 June 2003.","Pfleeger, Shari Lawrence, Software Engineering: Theory and Practice,\nUpper Saddle River: Prentice Hall, 2001.","Hall, Elaine, M. Managing Risk: Methods for Software System\nDevelopment, Boston: Addison-Wesley, 1998.","Housel, Thomas J. and Bell, Arthur H. Measuring and Managing\nKnowledge. McGraw-Hill Irwin, 2001.","Software Project Survival Guide, Requirements Development, Steven C.\nMcConnell, http://www.stevemcconnell.com/sgreq.htm","Ralph R. Young, Effective Requirements Practices, pp82-83, Addison-\nWesley, 2001\n[10] Malhotra, Yogesh. \"Knowledge Management for e-Business\nPerformance.\" Information Strategy: The Executives Journal (2000).\n[11] PBPG, 2002 Impronova AB, \" IT Procurement Best Practice Guide\",\n2002.\n[12] Joyce Fortune , Diana White \"Framing of project critical success factors\nby a systems model\" International Journal of Project Management,2005\n[13] Ahmet Denker, Hakan G├╝rkan \"Iterative Way to Acquire Information\nTechnology For Defense and Aerospace\", 7th International Conference\non Enformatika, Systems Sciences and Engineering,2005."]}

ÖZETDoktora TeziHAVA KUVVETLERİNİN ANA SAVUNMA SİSTEM TEDARİKİNDEPROJE YÖNETİMİHakan GÜRKANAnkara ÜniversitesiFen Bilimleri EnstitüsüElektronik Mühendisliği Anabilim DalıDanışman: Prof. Dr. Ahmet DENKERMilli Savunma Bakanlığı (MSB) silah sistemi veya silah sistemleri ile ilgili füze, elektronik harp,radar, komuta ve kontrol, istihbarat, izleme ve keşif amaçlı sistemleri işletmek ve yenilemek içinmilyonlarca dolar harcama yapmaktadır. Hava Kuvvetleri de birliklerini bu teknolojik yenilik vedeğişikliklere adapte edebilmek için modernizasyon çalışmaları için yeni teknolojiler tedarik etmekteve geliştirmektedir. Sözkonusu sistemlerin veya yeni sistemlerin kritik unsurunu yazılım yoğunluklusistemler oluşturmaktadır.Tedarik sürecinde yönetimsel, yasal ve kaynak gibi bazı zorluklarla karşılaşılmaktadır. Aynı zamandayeni bir proje geliştirmek büyük para kaynağı, zaman ve bilgi gerektirmektedir. Dolayısı ile benzerprojelerde hata olasılığı olabildiğince en alt seviyelere indirilmelidir. Literatür araştırmasıyla,projelerin kritik başarı faktörleri ve başarısızlığa neden olan faktörler saptanmıştır. Saptanan faktörleryardımıyla, bir anket hazırlanmış ve savunma sanayiinde görevli proje yöneticilerine gönderilmiştir.Anket sonuçlarının değerlendirilmesi sonucu, proje yönetiminde kritik başarı faktörleri ile projeuygulamalarında en sık karşılaşılan problemler ve ilgili problemlerin proje performanslarına olumsuzyönde etki düzeyleri saptanmıştır.Tez çalışmasında, proje yönetim ile yazılım yoğunluklu sistem tedariğinin temel prensipleriincelenmiş ve bazı yazılım tedariği süreci modelleri gözden geçirilerek birbirleriyle karşılaştırılmıştır.Aynı zamanda silahlı kuvvetlerde kullanılan yazılım yoğunluklu tedarik süreci ve ihtiyaçları gözönüne alınarak incelenmiştir. Sonuç olarak Hava Kuvvetlerine uluslararası başarısı kanıtlanmışmodellerin ve anket sonuçlarının ışığı altında, bir olgunluk model süreci önerilmiştir.2007, 206 sayfaAnahtar Kelimeler: Savunma sanayii, proje yönetimi, tedarik süreci, yazılım yoğunluklu sistem,anket formu.i ABSTRACTPh.D. ThesisPROJECT MANAGEMENT IN MAJOR DEFENCE SYSTEMS ACQUISITIONFOR TURKISH AIR FORCEHakan GÜRKANAnkara UniversityGraduate School of Natural and Applied SciencesDepartment of Electronic EngineeringSupervisor: Prof. Dr. Ahmet DENKERThe Ministry of Defense (MoD) spends hundreds of millions of dollars on systems to support itsinfrastructure, to operate its weapons and electronic warfare systems, and to provide command,control, communications, computing, intelligence, surveillance, and reconnaissance (C4ISR)functions. At the hearth of these systems, there is software intensive system which operates andmanages them. In the light of these technological facts, Turkish Air Forces (TAF) is bound tomodernize its units to adapt the new technologies. In this scope new technologies are acquired andhas to be developed.During acquisition process TAF encounter some difficulties involving management, legal, resourceissues. At the same time developing a new project entails a major amount of financial resource andtime. So the error rate of these projects must be minimized. Not only the critical success factors butalso the factors causing time slippage and budget overruns are determined through a literature review.Survey questionnaires are prepared by those findings and conducted through project managers indefense sector. Analyzing those returns, the critical success factors in major defense systems areevaluated and the most frequently encountered problems and their negative impact on projectperformance are determined.In this study, the main principles of the software-intensive system acquisition process and projectmanagement methods are reviewed. Some software acquisition process models are discussed andcompared with each other. The existing system which is used by TAF for acquiring software intensivesystems is studied, especially in the light of its needs. Eventually, a maturity model approach foracquisition in the light of survey results and approved international models, successes of which havebeen proven, is proposed.2007, 206 pagesKey Words: Defense industry, project management, acquisition process, software intensive systems,questionnary form.ii 216

ÖZETMajör Depresif Bozukluk en az bir Majör Depresif Evre ile tanımlanır; ki bu,hastanın aşağıdaki semptomların en az dördüne ek olarak depresif ruh halinin ve/veyaanhedonisinin olduğu iki haftalık bir düşük fonksiyon dönemidir. Bu semptomlar: 1-belirgin kilo değişimi (vücut ağırlığının %5'i kadar kayıp ya da alım), 2- insomni(uykusuzluk) ya da hipersomni (uyanık kalamama), 3- psikomotor ajitasyon ya daretardasyon, 4- yorgunluk, 5- değersizlik ya da suçluluk hisleri, 6- azalmışkonsantrasyon/dikkat, 7- tekrarlayan ölüm ya da intihar düşünceleri.Majör depresif bozukluk önemli prevalans ve morbiditeye sahip bir bozukluktur.Bunun kalıtımsal bir bozukluk olduğu açıktır ve genetik etkiler bu hastalığa duyarlılığa%30-50 kadar katkı sağlıyor gözükmektedir. Bu bariz genetik role rağmen, altta yatanpatofizyoloji açıkça heterojendir. Nöral gelişim, genler ve çevre arasındaki etkileşim,majör depresyonu gen ve çevre arasında etkileşimin paylaşıldığı en güzel örnekbozukluklardan biri haline getirmektedir. Genetik eğilim ve çevresel streslerin birkombinasyonu SSS'de, afektif duyarlılığın altında yatanlara benzer nitelikte değişikliklereyol açar. Bugüne kadarki aday gen çalışmaları, serotonin geri alım taşıyıcısındapolimorfizmlerin olası üstün rolünü ortaya koyarlar. Bu polimorfizimler depresyonaduyarlılığı artıran kişilik özellikleri ve çevresel tahriklere bağlı intihar riskini artırabilir.Hayvan modelleri, hem 5-HT sistemi hem de CRF sistemindeki anomalilerin anksiyöz vedepresif semptomatoloji riskini artırıcı rolünü destekler. Hayvan modelleri ve insangörüntülemesi ile limbik subkortikal yapılar ile dorsal-ventral prefrontal kortikaletkileşimleri içeren nöral devreler aydınlatılmaktadır. Dahası, beyinsapı monoaminnöronal devresinin bu sistemleri nasıl ayarlayabildiğinin modeli de yavaş yavaş açıklığakavuşturulmaktadır.111Bugüne kadar majör depresyon için bir genetik locus araştıran, yayımlanmış, tekbağlantı ve ilişkilendirme çalışması nispeten az sayıda aday gen kullanmıştır. Gelecekte,genom çapında tarama ile gerçekleştirilecek nötr-hipotez bağlantı çalışmaları,depresyonun genetik çeşitliliğinin altında yatan yeni genetik locusların tanımlanmasınaolanak tanıyacaktır. Depresyona duyarlılığı artıran nicel özelliklerin daha iyi anlaşılması,bu tarz bağlantı çalışmalarında ilerleme kaydedilmesi açısından kritik olacaktır. Ek olarak,transjenik kemirgenlerde mikro-PET uygulamalarının ilerletilmesi, yakında gen-çevreetkileşiminin görüntülenmesini mümkün kılacaktır. Dolayısıyla yakında, depresyonaduyarlılığın genetik mekanizmalarına, bu genlerin transjenik modellerdeki rolüne veafektif cevabın altında yatan, bu genlerin nöral devrelerdeki rolüne ulaşmak mümkünolacaktır.Çalışmamızda, majör depresyonla NET geninin iki bilinen dizilim varyantıarasında allelik ilişki olup olmadığını anlamaya çalıştık. Bir polimorfizm sık ortaya çıkansessiz 1287 G/A (Exon 9) mutasyonu ve diğeri yine sessiz 1398 G/A (İntron 9)mutasyonuydu. 1287G/A polimorfizmini NET geninin kodlanma alanında (exon 9)yerleşimli, yüksek dağılım frekanslı tek gen olduğu için NET geni ve majör depresyonarasındaki ilişkiyi belirlemek için seçtik.Çalışmaya toplam 49 birbirleri ile akraba olmayan hasta ve 49 aynı ırklardan,normal, akraba olmayan kontrol dahil edildi. Tüm kontroller ve hastalar beyaz ırktandı(Caucasian). Hastalar Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Psikiyatri Birimi'ndenseçildi ve DSM-IV kriterlerine göre rekürren majör depresyon tanısı almışlardı. SadeceHamilton'un Depresyon için Derecelendirme Skalası'ndan (HAMD, 17 maddelik) en az18 skor alan denekler çalışmaya dahil edildi. Tüm hastaların şizofreni dahil hiç 1. ve 2.eksen tanıları yoktu.Bizim sonuçlarımız 1287 G/A NE taşıyıcı polimorfik varyantının majördepresyonun genetiğinde belirgin bir rol oynamadığını ortaya koyar ama mevcutçalışmanın örneklem boyutu küçük çaplarda etkileri saptayacak mevcut güçteolmadığından genetik sorumluluğa minör katkıları dışlamaz.Bu tarz çalışmalar depresif semptomatolojinin ve majör depresyonpatofizyolojisinin anlaşılırlığını artıracak, aynı zamanda bu çaptan düşürücü bozukluklariçin mevcut tedavi seçeneklerini çoğaltacaktır.Anahtar Kelimeler: Major Depresyon, Norepinefrin Transfer Geni, DNA Dizi Analizi,Denatüre Edici Gradient Jel Elektroforezi112 FREQUENCY OF NOREPINEPHRINE TRANSPORTER GENEPOLYMORPHISMS IN MAJOR DEPRESSIONSUMMARYMajor Depressive Disorder is defined by at least one Major Depressive Episode,which is a two week period of decreased functioning in which the patient has eitherdepressed mood and / or anhedonia, in addition to at least four of the followingsymptoms: i) significant weight change (loss or gain of 5 % body weight), ii) insomnia orhypersomnia, iii) psychomotor agitation or retardation, iv) fatigue, v) feelings ofworthlessness or guilt, vi) decreased concentration / attention, vii) recurrent thoughts ofdeath or suicidality.Major depressive disorder is a disorder of significant prevalence and morbidity. Itis clearly a heritable disorder, and genetic influences appear to account for 30-50 % of thevulnerability for this disorder. Despite this evident genetic role, the underlyingpathophysiology is clearly heterogeneous. The interaction between neural development,genes and environment render major depression one of the quintessential disorders ofshared interaction between gene and environment. A combination of geneticpredisposition and environmental stress appear to lead to similar alterations in the CNSsystems that underlie affective responsiveness. Candidate gene studies to date suggest apotentially preeminent role of polymorphisms within the serotonin reuptake transporter.These polymorphisms may increase the risk of personality traits that increasevulnerability to depression and suicide to environmental insults. Animal models support arole for abnormalities of both the 5-HT system and the CRF system in increasing risk ofanxiety and depressive symptomatology. Through animal models and human imaging, theneural circuitry involving dorsal and ventral prefrontal cortical interactions with limbicsubcortical structures is being elucidated. Furthermore, a model of how brainstemmonoamine neuronal circuitry may modulate these systems is beginning to be clarified.113To date, the only linkage and association studies that have been publishedinvestigating genetic loci for major depression have used a relatively small number ofcandidate genes. Future hypothesisneutral linkage studies performed with genome-widescans will allow for identification of novel genetic loci that underlie the genetic varianceof depression. A better understanding of the quantitative traits that increase vulnerabilityto depression will be critical for progress in such linkage studies. Thus it will soon bepossible to approach the genetic mechanisms of vulnerability to depression, the role ofthese genes in transgenic models, and the roles of these genes in the neural circuits thatunderlie affective response.In our study, we endeavored to determine if an allelic association exists betweentwo of these known sequence variants of the NET gene and major depression. Onepolymorphism was a frequently occurring silent 1287 G/A (Exon 9) mutation and theother silent 1398 G/A (Intron 9) mutation. We chose the 1287 G/A polymorphism todetermine an association between the NET gene and major depression since it is the onlypolymorphism in the NET gene with higher frequency distribution located in the codingregion (Exon 9).A total of 49 unrelated patients and 49 race-matched normal unrelated controlswere included in the study. All controls and patients were Caucasian. Patients wereselected from the Trakya Universty Medical Hospital Psychiatry Unit and diagnosed ashaving major depression recurrent according to the DSM-IV criteria. Only subjects with aminimum score of 18 on the Hamilton Rating Scale for Depression (HAMD, 17 items)were included in this study. All patients were free of any other axis I or axis II diagnosisincluding schizophrenia.Our results suggest that the 1287G/A norepinephrine transporter polymorphicvariant does not play a significant role in the genetics of major depression, but do notexclude a minor contribution to the genetic liability since the sample size of the presentstudy does not provide statistical power to detect differences of small effect size.These types of studies will further the understanding of depressivesymptomatology and the pathophysiology of major depression, as well as enhancetreatment options for these debilitating disorders.Keywords: Major Depression, Norepınephrıne Transporter Gene, DNA Sequencing,Denaturing Gradient Gel Electrophoresis114 182

ÖZET Yüksek Lisans Tezi OPTİMAL KONTROL SİSTEMLERİN İNCELENMESİ Hakan GÜRKAN Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Elektronik Mühendisliği Anabilim Dalı Danışman : Prof. Dr. Abdulrıza ABİLOV Bu çalışmada, kontrol problemlerine sürecin ekonomik etkinliğini temin eden kriterlerden birinin veya birkaçının teknolojik sınır şartları dahilinde optimum değerlerinin bulunması ve saklanması amaç edilmiştir. İlk olarak, optimal kontrol için optimizasyon probleminin standart bir formda ortaya çıktığını farz etmek bize yardımcı olacağından, çoğu optimizasyon problemi için standart formu olan fiziksel süreç modeli, amaçlı fonksiyon, durum ve kontrol değişkenlerinin sınırlamaları açıklanmıştır. Sınırlama aralığındaki modelin optimum hesaplama yöntemi kullanarak, optimum problemlerinin çözülmesinde mümkün olan bütün değişiklerden en iyisini seçmek imkanı verir. Optimum parametrelerinin belirlenmesinde çok ölçümlü optimizasyon algoritmalarından yararlanılmıştır. Bu yöntemlerden öne sürülen problem için en uygunun seçilmesinde amaçlı fonksiyonun hiper yüzeyinin topoloji özelliklerinin belirlenmesi büyük önem taşır. Bu algoritmaların çoğu gradyant yöntemleri temelinde gerçekleştirilmiştir. Bir füze güdüm sistemi ile ilişkili birimler ve füze güdüm sistemlerinin algoritmik yapısı yanında, füze güdüm sistemlerini fiziksel olarak oluşturan yapılar da anlatılmaya çalışılmış, güdüm yöntemlerinin temel yapısını oluşturan evleme güdüm yöntemleri ele alınmıştır. Noktasal bir parçacık olarak alınmış nesneler için tanımlanmış çeşitli füze güdüm yöntemleri incelenmiş ve oransal seyir güdüm yöntemi belirli koşullar altında zaman gecikmeli sürekli optimal güdüm için işletilmiştir. 2000, 90 sayfa ANAHTAR KELİMELER optimal kontrol algoritmaları, optimizasyon, optimal füze güdümü III ABSTRACT INVESTIGATION OF OPTIMAL CONTROL SYSTEMS Master of Science Thesis Hakan GÜRKAN Ankara University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Electronic Engineering Supervisor: Prof.Dr-Abdulrıza ABİLOV In this study, it was aimed to find and keep one or more optimal values of criterion providing economical effectively for the control problems in the technological boundary conditions. At first, since it would be useful to suppose that optimization problems arise in a standard form, the restrictions of physical process model which is the standard form for most optimization problems, objective function, case and control variables were explained. Using the optimal calculation methods of our model, which is in the space of restrictions, gives us the opportunity to select the best of all the variables possible in solving the optimum problems. Multi-measurement optimization algorithms were benefited from in determining the optimal parameters. It is of great importance to determine the topological features of hyper surface of objective function in choosing the most appropriate one of these methods for the problem offered. Most of these algorithms were realized on the basis of gradient methods. In addition to the algorithmic structure of units connected with a missile guidance system, the structures forming guidance systems physically were also tried to be explained, homing guidance methods constituting the basic structure of guidance systems were dealt with. Continuous time-delay controlled optimal guidance problem was analysed. The optimal guidance problem, following and able to practice fixed maneauvers, measuring the related position and its velocity continuously and capable of controlling its own acceleration in the face of pure time delay given was analysed. 2000, 90 Pages KEY WORDS: optimal control algorithm, optimization, optimal missile guidance, missile guidance methods^imulation IV 90

ÖZET Bu tez çalışmasının amacı, bugüne kadar işlemsel kuvvetlendirici kullanılarak tasarlanan SC aktif filtre devrelerini, ikinci kuşak akım taşıyıcı eleman ( CCII ) ile tasarlamaktır. Genel ikinci derece z domeni transfer fonksiyonunun öncelikle işaret akış diyagramı elde edilmiştir. Akım taşıyıcı toplama devresi ve bu devrenin işaret akış diyagramı baz alınarak, elde edilen işaret akış diyagramından akım taşıyıcı içeren SC aktif filtrenin devre topolojisine geçilmiştir. Bu geçiş, işaret akış diyagramının dal kazançlarının mutlak değerleri devredeki kapasite değerlerini; işaret akış diyagramının dal kazançlarının işaretleri de akım taşıyıcıların akım kazançlarını belirleyecek şekilde yapılmıştır. Elde edilen bu devre özelleştirilerek alçak geçiren, yüksek geçiren, band geçiren ve notch tipi filtrelerin devre topolojileri çıkartılmış ve devrede yer alan elemanların değerleri, ilgili fonksiyonun katsayıları cinsinden belirlenmiştir. Ayrıca bu devrelerin kararlılık koşulları ve duyarlılık fonksiyonları incelenmiştir. Bu biçimde elde edilen CCII-SC aktif filtre tasarımını bilgisayar ortamına aktarmak için C dilinde bir bilgisayar programı hazırlanmıştır. Bu program dijital karakteristikleri girilen alçak, yüksek, band geçiren filtrelerin transfer fonksiyonunu hesaplamaktadır. Daha sonra bu fonksiyonun katsayılarına göre eleman değerlerini bulmaktadır. Bulduğu bu değerleri devrenin dinamik aralığını ve devrede yer alacak minimum kapasite değerini dikkate alarak normalize etmektedir. Ayrıca transfer fonksiyonun frekans karakteristiğini de çizmektedir. Son olarak birkaç filtre tasarımı hazırlanmış ve son bölümde örnek olarak sunulmuştur. Hazırlanan bu örnekler spice simülasyon programı yardımıyla analiz edilmişlerdir. Analiz sırasında kullanılan devreler ideal akım taşıyıcı ve ideal anahtar içerir. Analiz sonucunda tasarlanan filtrelerin istenen frekans karakteristiklerini sağladıkları görülmüştür. xı DESIGN OF SWITCHED CAPACITOR ACTIVE FILTER USING CURRENT CONVEYOR The system given in figure 1 shows the analog signal being passed through a continuous anti-aliasing filter, an input sample-and-hold circuit (S/H) which samples the band-limited analog input at intervals of l/fci » the switched capacitor filter, an output sample-and-hold circuit (S/H)0 which resamples the output of the SC filter at intervals l/fCN, and a final continuous reconstruction filter which serves to smooth the sharp transitions in the sampled-data waveform. out T2 Figure 1 Sampled-data filter system for analog input and smooth analog output The SC filter is shown to be controlled by clocks of multiple frequencies (fC2 through fcN-0- To minimize the silicon area, it is often desirable to clock the low- pass sections at a high rate in order to lesson the burden on the continuous anti aliasing filter, and to clock the high-pass sections at a lower rate, in order to reduce their total capacitance. Since the low-pass sections, sampled at fC2, precede the high- pass sections which are sampled at fC3