Search

WOS: 000454987700003, PubMed ID: 30522421, MOTAKK, as a national external quality control program has been launched to evaluate the molecular detection of viral infections including HBV DNA and HCV RNA in molecular microbiology diagnostic laboratories in Turkey. This program is prepared in compliance with ISO 17043:2010 (Conformity assessment general requirements for proficiency testing) standards, and aims to take the place of external quality control programs from abroad, contributing to standardization and accuracy of molecular diagnostic tests in our country. The aim of this study was to evaluate 2015 and 2016 results of the MOTAKK External Quality Control Program for HBV DNA and HCV RNA viral load. The calls were announced on the web page of MOTAKK (www.motakk.org). The quality control samples were sent to participating laboratories in 2015 and 2016. Main stocks were prepared from patients with chronic hepatitis B and C who had viral load detection with reference methods according to WHO reference materials for viral load studies to improve quality control sera. From these main stocks, samples with different viral loads were prepared from dilutions of plasma with HBV, HCV, HAV, HIV, Parvovirus B19 and CMV negative serologic markers. Quality control samples were sent to the participating laboratories along with the negative samples in the cold chain. The laboratories accomplished the related tests within 2-3 weeks and entered their results on the MOTAKK web page. These results were analysed according to ISO 13528 (Statistical methods for use in proficiency testing by interlaboratory comparison) and scoring reports were created by a software developed by MOTAKK and sent to participating labs. Each laboratory evaluated their own results in comparison with the other laboratory results, reassessed the tests via observing the distance from the mean result and the reference values. The number of laboratories participating in the HBV DNA and HCV RNA external quality control program was 70-73 in 2015-2016. Participants were able to comply with the program tools, registering, entering results and receiving the results reports problem. In HBV panel, 72.6-89.1% and 84.7-90.3% of the participant laboratories were in 1 standard deviation (SD) in 2015-2016, respectively. In HCV panel, 70.8-89.1% and 84.7-90.3% of the participant laboratories were in 1 SD in 2015-2016, respectively. A national external quality control program for HBV DNA and HCV RNA in Turkey has been prepared for the first time with this project and implemented successfully. All the data provided in the MOTAKK external quality control program final report, compensate all the data provided by the quality control program final reports from abroad; additionally, the report allows comparison of used technologies and commercial products.

Introduction: There are several methods used for the diagnosis of Helicobacterpylori infections, and there is an increasing demand for theuse of non-invasive, more rapid tests. The aim of the present study wasto compare different diagnostic methods.Methods: A total of 87 patients who had undergone esophagogastroduodenoscopywere included in the study. Biopsy samples obtainedfrom these patients were used for culture, real-time polymerase chainreaction (RT-PCR), and histopathological examination. Stool sampleswere also collected from these patients and were tested using the Helicobacterpylori stool antigen (HpSA) kit. Histopathological examinationwas accepted as the gold standard test.Results: H. pylori was identified by histological examination in 77/87(87.5%) patients, whereas it was negative in 10/87 (12.5%) patients. Furthermore,positive results were obtained in 55 (63.2%), 71 (81.6%), and 77(87.5%) patients using the culture method, HpSA analysis, and RT-PCR method,respectively. The sensitivity and specificity of culture, HpSA, and PCRtests were determined as 71.4% and 100%, 87% and 60%, and 97.4% and80%, respectively. Antibiotic susceptibility tests were performed on 48 outof the 55 culture positive samples. Resistance to clarithromycin was foundin 28 (58.3%), metronidazole in 14 (29.2%), and levofloxacin in 4 (8.3%) ofthe isolates. Resistance to amoxicillin and tetracycline was not observed.Conclusion: There are currently several invasive and non-invasive diagnostictests for the detection of H. pylori infections. Each test has someadvantages and disadvantages. The diagnostic method of choice shouldbe easy and applicable to all age groups., Amaç: Helicobacter pylori enfeksiyonlarının tanısında çeşitli yöntemlerkullanılmaktadır. Invazif olmayan, daha hızlı testlerin kullanımıiçin artan bir talep vardır. Bu çalışmanın amacı farklı tanı yöntemlerinikarşılaştırmaktır.Yöntemler: Çalışma özofagogastroduodenoskopi uygulanan 87 hastayıkapsamaktadır. Bu hastalardan alınan biyopsi örneklerindenkültür, Real-time PCR ve histopatolojik inceleme yapıldı. Ayrıca tümhastalardan dışkı örnekleri de alınıp H.pylori dışkı antijen testi (HpSA)uygulandı. Histopatolojik inceleme altın standart test olarak kabuledildi.Bulgular: Histopatolojik inceleme sonucu; 87 hastanın 77’si H. pyloripozitif (%87.5), 10’u ise (%12.5) negatif olarak belirlenmiştir. Kültür,HpSA ve Real-time PCR’nin duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla %71.4 ve%100, %87 ve %60, %97.4 ve % 80 olarak saptanmıştır. Kültür yöntemiylepozitif saptanan 55 örneğin 48’inde antibiyotik duyarlılık testleriçalışılmıştır. Klaritromisin direnci 28 (% 58.3), metronidazol direnci14 (% 29.2) ve levofloksasin direnci 4 (% 8.3) izolatta saptandı. Hiçbirizolatta amoksisilin ve tetrasiklin direnci saptanmadı.Sonuç: Günümüzde, Helicobacter pylori enfeksiyonlarının tanısındainvazif olan ve invazif olmayan çeşitli tanı testleri kullanılmaktadır.Her testin bazı avantajları ve dezavantajları vardır. Seçilen tanı yöntemi,tüm yaş gruplarına kolaylıkla uygulanabilir olmalıdır.

Ülkemizde, moleküler mikrobiyoloji tanı laboratuvarlarında yapılan HBV DNA ve HCV RNA viral yük saptama testlerinin ulusal bir dış kalite kontrol programında değerlendirilmesi amacıyla MOTAKK (Moleküler Tanıda Kalite Kontrol) Ulusal Programı başlatılmıştır. ISO 17043:2010 (Uygunluk değerlendirmesi- Yeterlilik deneyi için genel şartlar) standartlarına uyularak hazırlanan bu program, ülkemizde yapılan moleküler tanı testlerinin, daha standart ve doğru yapılmasına katkıda bulunarak, yurt dışından sağlanan dış kalite kontrol (DKK) programlarının yerini almayı amaçlamaktadır. Bu çalışmada, MOTAKK DKK Programı kapsamındaki HBV DNA ve HCV RNA viral yük 2015 ve 2016 sonuçlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yapılan çağrılar MOTAKK web sayfası (www.motakk.org) üzerinden ilan edilmiştir. Web sayfası üzerinden kayıt olan katılımcı laboratuvarlara, 2015 ve 2016 yıllarında birer kalite kontrol paneli gönderilmiştir. Çevrimlerde kullanılan paneller, HBV, HCV, HIV, HAV, Parvovirüs B19 ve CMV serolojik belirteçleri negatif olan plazma ile dilüsyon yapılan değişik viral yüklere sahip örnekler ile hazırlanmış, negatif örneklerle beraber soğuk zincirde katılımcı laboratuvarlara ulaştırılmıştır. Laboratuvarlar ilgili testleri 2-3 hafta içerisinde sonuçlandırarak, MOTAKK web sayfasına sonuçlarını girmiştir. MOTAKK tarafından geliştirilen bir yazılım ile katılımcı laboratuvarların sonuçları ISO 13528’e uygun olarak analiz edilerek sonuç raporları oluşturulmuş ve web sayfasına yüklenerek katılımcılara iletilmiştir. Katılımcılar, çalışma sonucunu diğer laboratuvar sonuçları ile karşılaştırmalı olarak değerlendirme imkanına sahip olmuş ve referans değerlere ve ortalama sonuçla ilgili farklılıkları görerek kullandıkları testleri tekrar değerlendirmiştir. HBV DNA ve HCV RNA DKK programına, 2015-2016 yıllarında 70-73 laboratuvar katılmıştır. Katılımcılar, program araçlarına yüksek uyum göstererek kayıt, sonuç girme ve sonuç raporlarının alınmasını aksaksız olarak gerçekleştirmişlerdir. HBV panelinde; 2015 yılında katılımcı laboratuvarların %72.6-89.1’inin, 2016 yılında ise %84.7-90.3’ünün 1 standart sapma (SS) aralığında yer aldığı görülmüştür. HCV panelinde ise; katılımcıların %70.8-89.1’i 1 SS’de, ikinci çağrının yapıldığı 2016 yılında ise, %84.7-90.3’ünün 1 SS’nin içerisinde yer aldığı görülmüştür. Bu proje ile Türkiye’de HBV DNA ve HCV RNA ile ilgili ilk kez ulusal bir DKK programı hazırlanmış ve başarıyla uygulanmıştır. MOTAKK, DKK programı sonuç raporlarında sağlanan bilgiler, yurt dışından sağlanan kalite kontrol programı sonuç raporlarının sağladığı tüm bilgileri karşılamakta; ek olarak kullanılan teknolojilerin ve ticari ürünlerin sağlıklı karşılaştırmalarına olanak sağlamaktadır. MOTAKK, as a national external quality control program has been launched to evaluate the molecular detection of viral infections including HBV DNA and HCV RNA in molecular microbiology diagnostic laboratories in Turkey. This program is prepared in compliance with ISO 17043:2010 (Conformity assessment general requirements for proficiency testing) standards, and aims to take the place of external quality control programs from abroad, contributing to standardization and accuracy of molecular diagnostic tests in our country. The aim of this study was to evaluate 2015 and 2016 results of the MOTAKK External Quality Control Program for HBV DNA and HCV RNA viral load . The calls were announced on the web page of MOTAKK (www.motakk.org). The quality control samples were sent to participating laboratories in 2015 and 2016. Main stocks were prepared from patients with chronic hepatitis B and C who had viral load detection with reference methods according to WHO reference materials for viral load studies to improve quality control sera. From these main stocks, samples with different viral loads were prepared from dilutions of plasma with HBV, HCV, HAV, HIV, Parvovirus B19 and CMV negative serologic markers. Quality control samples were sent to the participating laboratories along with the negative samples in the cold chain. The laboratories accomplished the related tests within 2-3 weeks and entered their results on the MOTAKK web page. These results were analysed according to ISO 13528 (Statistical methods for use in proficiency testing by interlaboratory comparison) and scoring reports were created by a software developed by MOTAKK and sent to participating labs. Each laboratory evaluated their own results in comparison with the other laboratory results, reassessed the tests via observing the distance from the mean result and the reference values. The number of laboratories participating in the HBV DNA and HCV RNA external quality control program was 70-73 in 2015-2016. Participants were able to comply with the program tools, registering, entering results and receiving the results reports without problem. In HBV panel, 72.6-89.1% and 84.7-90.3% of the participant laboratories were in 1 standard deviation (SD) in 2015-2016, respectively. In HCV panel, 70.8-89.1% and 84.7-90.3% of the participant laboratories were in 1 SD in 2015-2016, respectively. A national external quality control program for HBV DNA and HCV RNA in Turkey has been prepared for the first time with this project and implemented successfully. All the data provided in the MOTAKK external quality control program final report, compensate all the data provided by the quality control program final reports from abroad; additionally, the report allows comparison of used technologies and commercial products.

On-chip detection of biological analytes can enable diagnosis at the point of care. Combining the advantages of microelectromechanical system (MEMS) technology and molecular methods, we present the design of an integrated microfluidic platform, a microelectrochemical sensor (mu ECS), and its implementation for the detection of methicillin resistance in Staphylococcus aureus. This platform is capable of electrochemically sensing the target analyte in a microfluidic reactor without the usage of bulky electrodes, rendering it useful for in vitro diagnostics. In our experiments, the functionality of the sensor was tested for detecting specific DNA sequences of mecA gene (an indicator of methicillin resistance) over a range of concentrations of DNA (down to 10 pM). Synthetic oligonucleotides and bacterial PCR product were used as a target analyte in Hoechst 33258 marker-based detection and horseradish peroxidase-based detection, respectively. The results revealed that this platform has high sensitivity and selectivity. Also, its compatibility to MEMS processes enables its use with different applications ranging from detecting various types of cancers to endemics. The designed mu ECS can enable the detection of biological analytes of interest at low cost and high throughput.

This research was planned and carried out in order to determine Staphylococcus aureus and Staphylococcal Enterotoxin A presence quickly in meatball meals cooked in two different hospitals with two different cooking systems by using molecular and classical microbiological methods. Total 60 samples of meals with meatballs (30 samples from each hospital) were included in the research. S.aureus and S.aureus Enterotoxin A producing bacteria was detected in 6.6% of the samples of hospital A which used new production techniques by using both molecular and classic microbiologic methods. S.aureus and S.aureus Enterotoxin A producing bacteria was detected in 9.9% of samples of Hospital B which used traditional methods by using both microbiologic methods. No statistical difference was found out between two microbiologic methods in terms of S.aureus identification. Consequently, hygienic rules must be obeyed during all phases, the conditions must be improved and sustainable training of personnel must be ensured in order to prevent food poisoning cases in hospital food service systems. Also, molecular microbiologic methods used for determination of nutrient pathogens are faster and more functional, so usage of these methods is crucial.

Bu çalışmanın amacı, dirençli tüberküloz hastalarından izole edilen 101 M. tuberculosis klinik izolatının bedaquiline ve delamanid minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerlerinin fenotipik olarak MGIT-960 otomatize sıvı kültür sisteminde bir araştırma yazılımı olan TB/eXİST ile saptanması ve dirence neden olan mutasyonların Sanger dizileme ve tüm genom analizi (WGS) yöntemleriyle genotipik olarak araştırılmasıdır. Suşların 31'i İsviçre Zürih Üniversitesi'nde, 70'i ise Türkiye'deki hastalardan izole edilmiştir. İsviçre suşlarında bedaquiline ve klofazimin arasında çapraz direnç varlığı da araştırılmıştır. Fenotipik duyarlılık sonuçlarına göre İsviçre ve Türkiye suşlarının bedaquiline, delamanid ve yalnızca İsviçre suşlarının klofazimin MİK dağılımları ve ortalama MİK değerleri sırasıyla

WOS: 000345825900004, PubMed ID: 24849547, We aimed to provide data on the diagnosis of tuberculous meningitis (TBM) in this largest case series ever reported. The Haydarpasa-1 study involved patients with microbiologically confirmed TBM in Albania, Croatia, Denmark, Egypt, France, Hungary, Iraq, Italy, Macedonia, Romania, Serbia, Slovenia, Syria and Turkey between 2000 and 2012. A positive culture, PCR or Ehrlich-Ziehl-Neelsen staining (EZNs) from the cerebrospinal fluid (CSF) was mandatory for inclusion of meningitis patients. A total of 506 TBM patients were included. The sensitivities of the tests were as follows: interferon- release assay (Quantiferon TB gold in tube) 90.2%, automated culture systems (ACS) 81.8%, Lowenstein Jensen medium (L-J) 72.7%, adenosine deaminase (ADA) 29.9% and EZNs 27.3%. CSF-ACS was superior to CSF L-J culture and CSF-PCR (p

Bu araştırma iki farklı yemek üretimi ile hizmet veren iki farklı yataklı tedavi kurumunda (A kurumu ? kendi personeli ile yeni üretim sistemi, B kurumu ? özel firmadan yerinde geleneksel üretim sistemi) üretilen köfteli yemeklerde Staphylococcus aureus ve Enteroktoksin A varlığının moleküler mikrobiyolojik yöntemlerle hızlı bir şekilde tanımlanması amacıyla planlanmış ve yürütülmüştür. Çalışmaya her kurumdan 30'ar olmak üzere toplam 60 köfteli yemek örneği dahil edilmiştir. Araştırma sonunda, geleneksel üretim sistemiyle hizmet veren B kurumunun mutfak bölümlerden et hazırlama ve sebze hazırlama bölümlerinin yüzey toplam bakteriyel yük skorları sırasıyla A=610.80 ? B=26745, A=62.40 ? B=5316 olmak üzere A kurumuna göre anlamlı şekilde (p0.05). Sonuç olarak, toplu beslenme sistemlerinde besin zehirlenmelerinin önüne geçilebilmesi için tüm aşamalarda hijyen kurallarına uyulması gerekmektedir. Bunun için de koşulların iyileştirilmesinin yanı sıra personelin eğitimlerinin sürekliliği sağlanmalıdır. Aynı zamanda besin patojenlerinin saptanması için daha hızlı ve pratik olması açısından moleküler mikrobiyolojik yöntemlerin kullanımının önemli olduğu sonucuna da varılmıştır. This research was planned and carried out in order to determine Staphylococcus aureus and Staphylococcal Enterotoxin A presence quickly in meatball meals cooked in two different hospitals (hospital A- new production system with its own staff, hospital B-traditional production system from private sector) with two different cooking systems by using molecular and classical microbiological methods. Total 60 samples of meals with meatballs (30 samples from each hospital) were included in the research. At the end of the research, it was found out that surface total bacterial load scores (respectively; A=610.80 ? B=26745, A=62.40 ? B=5316) of meat and vegetable preparation areas in the kitchen of hospital B which used traditional cooking systems were considerably (p

Tüberküloz hastalığı, tedavide kullanılan birincil ilaçlara karşı gelişen dirençten dolayı günümüzde önemli bir sağlık sorunu olmaya devam etmektedir. Dünya Sağlık Örgütü, özellikle çok ilaca dirençli olgularda umut vaad eden kinolon grubu antibiyotiklerin kullanılmasını önermektedir. Bu çalışmaya, 59'u çok ilaca dirençli, 41'i birincil ilaçlardan en az birine dirençli olan 100 Mycobacterium tuberculosis klinik izolatı dahil edilerek, siprofloksasin, sparfloksasin ve moksifloksasinin bu izolatlara olan etkinliği test edilmiştir. Agar dilüsyon yöntemi sonucunda üç kinolon birlikte değerlendirildiğinde, 100 izolatın 6'sının dirençli, 35'inin orta derecede dirençli, 59'unun ise duyarlı olduğu belirlenmiştir. MİK değerleri ile dirençli izolatlar ve orta derecede dirençli izolatların sayıları dikkate alındığında, sparfloksasin ve moksifloksasinin, siprofloksasine göre daha etkili olduğu görülmüştür. Mycobacterium tuberculosis'de kinolon direncine en sık neden olan gyrA genindeki mutasyonların saptanması için DNA dizi analizi yapılmış ve 6 dirençli izolatın birinde Ala90Glu ve Asp94Gly, diğerinde ise Met81Leu mutasyonu saptanmıştır. Orta derecede dirençli olan izolatların ise birinde Tyr84Asp, diğerinde His87Asn mutasyonu saptanmıştır. Ser95Thr polimorfizmi, DNA dizi analizi yapılan izolatların %80'inde saptanmıştır. Ayrıca, bu izolatların % 73'ünde saptanan Asp120Gly dönüşümünün 4 duyarlı izolatın 3'ünde de görülmesi, bunun da bir polimorfizm olduğunu düşündürmektedir. Dirençli ve orta derecede dirençli izolatların çoğunda, sadece bu polimorfizmlerin oluşması, özellikle düşük düzey dirençli izolatlarda kinolon direncinin, ilacın hücre içinde birikimini engelleyen başka bir mutasyon sonucu oluştuğu fikrini vermektedir. Bu çalışmada ayrıca, kısa sürede sonuç verebilen floresans rezonans enerji transferi teknolojisinin uygulandığı real-time PCR yönteminin Mycobacterium tuberculosis'de kinolon direncini belirlemedeki etkinliği araştırılmıştır. Dirençli, orta derecede dirençli ve duyarlı izolatların EST değerlerinin benzer oranlarda dağılım göstermesinden dolayı bu yöntemin kinolon direncini saptama konusunda tek başına yeterli olmadığı sonucuna varılmıştır. Tuberculosis continues to be a serious health issue due to the resistance of the infecting organism against the first line drugs being used in the therapy. World Health Organisation recommends the fluoroquinolones as alternative optimising drugs especially in the treatment of multi-drug resistant cases. One hundred Mycobacterium tuberculosis clinical isolates, of which 59 were multi-drug resistant and 41 were resistant to at least one of the first line drugs, were included in this study and the activity of ciprofloxacin, sparfloxacin and moxifloxacin against these isolates was studied. By the agar proportion method, 6 isolates were determined as resistant, and 35 were classified as moderately resistant. The remaining 59 isolates were susceptible against the fluoroquinolones tested. According to the MIC results and the number of resistant and moderately resistant isolates, sparfloxacin and moxifloxacin were found to be more active than ciprofloxacin. In order to detect the mutations in the gyrA gene, which remains as the major cause of the fluoroquinolone resistane, DNA sequencing procedure was performed. Among the 6 resistant isolates, Ala90Glu and Asp94Gly were detected in one isolate and Met81Leu in the other. Tyr84Asp was detected in one isolate and His87Asn was detected in the other among the moderately resistant isolates. The natural Ser95Thr polymorphism was detected in 80% of the isolates sequenced. Moreover, Asp120Gly which was detected in 73% of these isolates, was also detected in 3 of 4 susceptible isolates, suggesting that this is another polymorphism. The detection of these polymorphisms as the most common mutations also suggests that, fluoroquinolone resistance may possibly develop due to another mechanism which prevents the accumulation of the drug in the cell. In this study, the ability of real-time PCR- fluorescence resonance energy transfer technology in detection of fluoroquinolone resistance of Mycobacterium tuberculosis was also examined. Since the melting temperatures of resistant, moderately resistant and susceptible isolates were similar to each other, this method alone was not able to detect the fluoroquinolone resistance. 97