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Boris Novakovic, Andreas Schlitzer, Giuseppe Matarese, Zahi A. Fayad, Willem J. M. Mulder, Henk Stunnenberg, Andrew R. DiNardo, Niels P. Riksen, Joachim L. Schultze, Christine Stabell Benn, Joseph C. Sun, Eva Kaufmann, Shabaana A. Khader, Michael H. Sieweke, Siroon Bekkering, Stephanie Fanucchi, Luis B. Barreiro, Maziar Divangahi, Mihai G. Netea, Reinout van Crevel, Jordi Ochando, Peter Aaby, Shruti Naik, Leo A. B. Joosten, Triantafyllos Chavakis, Musa M. Mhlanga, Eicke Latz, David L. Williams, Jos W. M. van der Meer, Luke A. J. O'Neill, Ramnik J. Xavier, Nigel Curtis, Robert W. Sauerwein, Kate L. Jeffrey, Edward R. Sherwood, Elaine Fuchs, Sebastian Weis, Nargis Khan, Melanie Hamon, Raphael Duivenwoorden, Keiko Ozato, Simone J.C.F.M. Moorlag, Jorge Domínguez-Andrés, Frank L. van de Veerdonk, Precision Medicine, ICMS Core, McGill University Health Center [Montreal] (MUHC), Bandim Health Project, International Network for the Demographic Evaluation of Populations and Their Health (INDEPTH Network), Washington University in Saint Louis (WUSTL), The University of Chicago Medicine [Chicago], Radboud University Medical Center [Nijmegen], Technische Universität Dresden = Dresden University of Technology (TU Dresden), University of Melbourne, Baylor College of Medicine (BCM), Baylor University, Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York] (MSSM), Eindhoven University of Technology [Eindhoven] (TU/e), University of Cape Town, Rockefeller University [New York], Chromatine et Infection - Chromatin and Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP), Harvard Medical School [Boston] (HMS), German Research Center for Neurodegenerative Diseases - Deutsches Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen (DZNE), Institute of Experimental Endocrinology and Oncology (IEOS), National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), New York University School of Medicine (NYU), New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU), Trinity Biomedical Sciences Institute, School of Biochemistry & Immunology, National Institute of Child Health and Human Development [Bethesda], National Institutes of Health, Vanderbilt University Medical Center [Nashville], Vanderbilt University [Nashville], Universität Bonn = University of Bonn, Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biotechnology Center, and Center for Regenerative Therapies Dresden (CRTD), Max Delbrück Centrum für Molekulare Medizin (MDC), University of Southern Denmark (SDU), Radboud University [Nijmegen], Memorial Sloane Kettering Cancer Center [New York], Weill Medical College of Cornell University [New York], Jena University Hospital [Jena], East Tennessee State University (ETSU), Broad Institute of MIT and Harvard (BROAD INSTITUTE), Harvard Medical School [Boston] (HMS)-Massachusetts Institute of Technology (MIT)-Massachusetts General Hospital [Boston], Massachusetts Institute of Technology (MIT), Divangahi, M., Aaby, P., Khader, S. A., Barreiro, L. B., Bekkering, S., Chavakis, T., van Crevel, R., Curtis, N., Dinardo, A. R., Dominguez-Andres, J., Duivenwoorden, R., Fanucchi, S., Fayad, Z., Fuchs, E., Hamon, M., Jeffrey, K. L., Khan, N., Joosten, L. A. B., Kaufmann, E., Latz, E., Matarese, G., van der Meer, J. W. M., Mhlanga, M., Moorlag, S. J. C. F. M., Mulder, W. J. M., Naik, S., Novakovic, B., O'Neill, L., Ochando, J., Ozato, K., Riksen, N. P., Sauerwein, R., Sherwood, E. R., Schlitzer, A., Schultze, J. L., Sieweke, M. H., Benn, C. S., Stunnenberg, H., Sun, J., van de Veerdonk, F. L., Weis, S., Williams, D. L., Xavier, R., Netea, M. G., Institut Pasteur [Paris], Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), University of Bonn, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin in der Helmholtzgemeinschaft, Radboud university [Nijmegen], Hamon, Melanie, and ACS - Atherosclerosis & ischemic syndromes

Laurent Abel, Laurie H. Glimcher, Lluis Quintana-Murci, Nico Marr, Fatima Al Ali, Jean Marc Doisne, David Langlais, Jacinta Bustamante, Marc Weisshaar, Jing Han, Jamila El Baghdadi, Frédéric Batteux, Manon Roynard, Yichao Shen, Mathieu Bourgey, Flore Rozenberg, Federica Sallusto, Peng Zhang, David Jarrossay, Carmen Oleaga-Quintas, Jean-Laurent Casanova, Daniela Latorre, Gaspard Kerner, Mahbuba Rahman, Houda Elarabi, Federico Mele, Yoann Seeleuthner, James P. Di Santo, Stuart G. Tangye, Michael S. Kobor, Janet Markle, Dusan Bogunovic, Stéphanie Boisson-Dupuis, Julia L. Maclsaac, Lucas T. Husquin, Lisa Worley, Conor Gruber, Cindy S. Ma, Jérémie Rosain, Taushif Khan, Thomas L. Carroll, Mohamed Jeljeli, Abderrahmane Errami, Anne Puel, Qiang Pan-Hammarström, Philippe Gros, Ibithal Benhsaien, Aziz Bousfiha, Fatima Ailal, Carys A. Croft, Rui Yang, Masato Ogishi, Rockefeller University [New York], Università della Svizzera italiana = University of Italian Switzerland (USI), Garvan Institute of medical research, McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases (Necker Branch - INSERM U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Université Hassan II [Casablanca] (UH2MC), Immunité Innée - Innate Immunity, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Cité (UPCité), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York] (MSSM), We thank the patients and families, members of the laboratory, Cecilia Lindestam Arlehamn and Alessandro Sette, NIH Tetramer Core Facility (NTCF), James McCluskey, Jamie Rossjohn, and David Fairlie, the Genomics and the Flow Cytometry Resource Center of Rockefeller University, National Center for Advancing Translational Sciences of the National Institutes of Health (UL1TR001866 to Rockefeller University), Steven Elledge, National Institute of Allergy and Infectious Diseases (R37AI095983 to J.L.C. and U19AI118626 to F.S.), Sackler Center for Biomedicine and Nutrition at the Center for Clinical and Translational Science (CCTS), Shapiro-Silverberg Fund for the Advancement of Translational Research at CCTS, Rockefeller University (to R.Y.), Research Grant Program of the Immune Deficiency Foundation (to R.Y.), Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), French National Research Agency under the 'Investments for the future' program (ANR-10-IAHU-01), ANR-GENMSMD (ANR-16-CE17-0005-01 to J.B.), ANR-LTh-MSMD-CMCD (ANR-18-CE93-0008-01 to A.P and F.S.), Fonds de Recherche en Santé Respiratoire (SRC2017 to J.B.), French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the SCOR Corporate Foundation for Science, ECOS Nord (C19S01-63407 to J.B.), Swiss National Science Foundation (310030L_182728 to F.S.), French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), Helmut Horten Foundation, Canadian Center for Computational Genomics (C3G), Genomics Technology Platform (GTP), and Genome Canada. J. R. was supported by INSERM Poste d’accueil and and Imagine Institute, T.K. by Qatar National Research Fund (PPM1-1220-150017). S.G.T. by Program grant (1113904), Principal Research Fellowship (1042925), and Leadership 3 Investigator grant (1176665) from the National Health and Medical Research Council of Australia, C.S.M. by an Early/Mid-Career Development Research Fellowship, Ministry of Health, NSW Government, R.Y. by Stony Wold-Herbert Fund., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-16-CE17-0005,GENMSMD,Dissection génétique de la Susceptibilité Mendélienne aux infections mycobactériennes chez l'homme(2016), ANR-18-CE93-0008,LTh-MSMD-CMCD,Différenciation des lymphocytes T-helper (Th) dans les défauts génétiques de l'immunité contre Mycobacterium et/ou Candida species.(2018), Garvan Institute of Medical Research [Darlinghurst, Australia], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Paris (UP)

Philippe J. Sansonetti, Fatoumata Samassa, Armelle Phalipon, Katja Brunner, Pathogénie microbienne moléculaire, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Collège de France - Chaire Microbiologie et Maladies infectieuses, Collège de France (CdF (institution)), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Chaire Microbiologie et Maladies infectieuses, and Phalipon, Armelle

Trottein, François, Paget, Christophe, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL], Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires (CEPR), UMR 1100 [CEPR], Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), CHU Lille, Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires (CEPR), UMR 1100 (CEPR), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This work was supported by the Inserm, the CNRS, the University of Lille Nord de France, the Pasteur Institute of Lille, and the Institut National du Cancer (INCa, under reference R08046EE/RPT08003EEA and R13071EE/RPT13001EEA)., We apologize to colleagues whose works could not be cited due to space constraints. CP is supported by the INSERM and FT by the CNRS., Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and TROTTEIN, François

Félix G Delgado, Anavaj Sakuntabhai, Etienne Simon-Loriere, Claude Roth, Delgado Tiria, Felix Giovanni [0000-0001-6685-7507], Génétique fonctionnelle des maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Universidad El Bosque [Bogota], ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 282378,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2011-single-stage,DENFREE(2012), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Howard, Jennifer, Zaidi, Irfan, Loizon, Séverine, Mercereau-Puijalon, Odile, Déchanet-Merville, Julie, Mamani-Matsuda, Maria, National Institute of Allergy and Infectious Diseases [Bethesda] (NIAID-NIH), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Immunology from Concept and Experiments to Translation (ImmunoConcept), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB), Département Parasites et Insectes vecteurs - Department of Parasites and Insect Vectors, Institut Pasteur [Paris], This work was supported in part by grants from the Centre National de la Recherche Scientifique, the French Research Agency [ANR-12-Blanc-GDSTRESS] and the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM, équipe labellisée). JH and IZ are supported by the Intramural Research Program of the National Institute of Allergy and Infectious Disease, NIH., ANR-12-BSV3-0024,GDSTRESS,Détection du stress cellulaire par les lymphocytes T gamma/delta humains(2012), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Pinaud, Laurie, Samassa, Fatoumata, Porat, Ziv, Ferrari, Mariana L., Belotserkovsky, Ilia, Parsot, Claude, Sansonetti, Philippe J., Campbell-Valois, François-Xavier, Phalipon, Armelle, Pathogénie microbienne moléculaire, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël], Chaire Microbiologie et Maladies infectieuses, Collège de France (CdF (institution)), This study was supported by the French Ministry of Higher Education and Research (L.P. and F.S.), French Medical Research Foundation Grants FDT20150532160 and SPF20121226366 (to L.P., M.L.F., and F.-X.C.-V.), European Research Council Grants 232798 and 339579 (to M.L.F. and I.B.), the Marie Curie Fellowship Program (to F.-X.C.-V.), the National Science and Engineering Research Council of Canada and the Faculty of Science of the University of Ottawa (F.-X.C.-V.), and the French Government’s Investissement d’Avenir Program, Laboratoire d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (Grant ANR-10-LABX-62-IBEID)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 232798,EC:FP7:ERC,ERC-2008-AdG,HOMEOEPITH(2009), European Project: 339579,EC:FP7:ERC,ERC-2013-ADG,DECRYPT(2014), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Collège de France - Chaire Microbiologie et Maladies infectieuses

Anavaj Sakuntabhai, Arnaud Tarantola, Veasna Duong, Philippe Buchy, Noémie Courtejoie, Philippe Dussart, Ahmed Tawfik, Sivlin Ung, Kevin Bleakley, Etienne Simon-Loriere, Sowath Ly, Matthieu Prot, Isabelle Casademont, Tineke Cantaert, Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Unité d'Épidémiologie et de Santé Publique [Phnom Penh], Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Laboratoire de Mathématiques d'Orsay (LM-Orsay), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), GlaxoSmithKline, Glaxo Smith Kline, Unité de Virologie / Virology Unit [Phnom Penh], This work was supported by the European Union Seventh Framework Programme (FP7/2007-2011) under grant agreement 282378 and the PTR373 funding of Institut Pasteur International Network., European Project: 282378, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Pasteur du Cambodge-Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ), Unité d'Épidémiologie et de Santé Publique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Département de Mathématiques [ORSAY], Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), GlaxoSmithKline (GSK) Vaccine, European Project : 282378, and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Tobias C. Kunz, Flávia Viana, Carmen Buchrieser, Pedro Escoll, Biologie des Bactéries intracellulaires - Biology of Intracellular Bacteria, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Work in CB laboratory is financed by the Institut Pasteur, the Institut Carnot-Pasteur MI, theFrench Region Ile de France (DIM Malinf) and the grant n°ANR-10-LABX-62-IBEID. FV was funded by the Infect-ERA project EUGENPATH (ANR-13-IFEC-0003-02), PE by the Fondation pour la Recherche Médicale, grant N° DEQ20120323697., Pedro Escoll, ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-13-IFEC-0003,EUGENPATH,Eukaryotic genes in vacuolar pathogens and symbionts - Implications for virulence, metabolism and ecology(2013), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Lu Ni, Siyuan Wan, Xiaohu Wang, Xiao Ding, Anne Dejean, Chen Dong, Xiaohong Zhao, Tsinghua University [Beijing] (THU), Organisation Nucléaire et Oncogenèse / Nuclear Organization and Oncogenesis, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), This work was supported by grants from the National Key Research and Development Program of China (2016YFC0906200 to C.D.), the National Natural Science Foundation of China (31630022, 31991173, 31821003, and 91642201 to C.D., 31570884 to X.W.), Beijing Municipal Commission of Science and Technology, China (Z181100001318007, Z181100006318015, and Z171100000417005 to C.D.), and Beijing Natural Science Foundation, China (5172017 to X.W.)., We thank all the Dong lab members for their help., and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Mihai G. Netea, Peter Aaby, Jessica Quintin, Joke van Loenhout, Johanneke Kleinnijenhuis, Jos W. M. van der Meer, Leo A. B. Joosten, Christine Stabell Benn, Frank Preijers, Reinout van Crevel, Cor Jacobs, Ramnik J. Xavier, Radboud University Medical Center [Nijmegen], Statens Serum Institut [Copenhagen], GGD Rotterdam-Rijnmond, Massachusetts General Hospital [Boston], Broad Institute of MIT and Harvard (BROAD INSTITUTE), and Harvard Medical School [Boston] (HMS)-Massachusetts Institute of Technology (MIT)-Massachusetts General Hospital [Boston]

Roel G. J. Klein Wolterink, Wei Xu, Naoko Satoh-Takayama, Rudi W. Hendriks, Christian A. J. Vosshenrich, James P. Di Santo, Nicolas Serafini, Immunité Innée - Innate Immunity, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Pulmonary Medicine, Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC), R.G.J. Klein Wolterink is supported by a scholarship from the Ligue Nationale Contre le Cancer (LNCC, France). This work is supported by grants from the Institut Pasteur, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, LNCC (Equipe Labellisée Ligue Contre le Cancer), and Agence National pour la Recherche (Program 'Blanc' Gut_ILC)., Pulmonary Medicine, Di Santo, James, and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Heng-Kuan Wong, Françoise Dantzer, Valérie Schreiber, Aurélia Noll, Bernardo Reina-San-Martin, José Yélamos, Léa Gaudot, Isabelle Robert, Biotechnologie et signalisation cellulaire (BSC), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche de l'Ecole de biotechnologie de Strasbourg (IREBS)

Maya Chrabieh, Ying Wang, Sandra K. Weller, Elisabeth Israelsson, Katarzyna Bulek, Damien Chaussabel, Nicole Lemmens, Vincent Pedergnana, Laura Israel, Michael Levin, Jethro Herberg, Théo Lasseau, Carolina Prando, Andrew Moran, Vanessa Sancho-Shimizu, Zhao Zhang, François Vandenesch, Leonard E. Weisman, Jean-Laurent Casanova, Ling Yun, Erika Della Mina, Aziz Belkadi, Yuval Itan, Marc Descatoire, Lazaro Lorenzo, Willem J. B. van Wamel, Bruce Beutler, Avinash Abhyankar, Capucine Picard, Xiaoxia Li, Anne Puel, Peter D. Arkwright, Laurent Abel, Frédéric Batteux, Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Texas Southwestern Medical Center [Dallas], Cleveland Clinic, Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC), Imperial College London, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Benaroya Research Institute [Seattle] (BRI), Manchester Royal Infirmary, University of Manchester [Manchester], Texas Children's Hospital [Houston, USA], Hospices Civils de Lyon (HCL), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Herrada, Anthony, and Medical Microbiology & Infectious Diseases

Lucas, Cecily, BARNICH, Nicolas, Nguyen, Hang Thi Thu, Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne), Ministere de la Recherche et de la Technologie, Inserm UMR1071, INRA (USC), European Union FP7 People Marie Curie International Incoming Fellowship, 'Nouveau chercheur' grant from Region Auvergne, Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte - Clermont Auvergne (M2iSH), Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)

Alessandro Moretta, Wayne M. Yokoyama, Eric Vivier, David H. Raulet, Laurence Zitvogel, Michael A. Caligiuri, Lewis L. Lanier, Sophie Ugolini, Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Chirurgie, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hospices Civiles de Marseille-Hôpital de la Conception [CHU - APHM] (LA CONCEPTION), Cancer Research Laboratory [Berkeley] (CRI), University of California [Berkeley], University of California-University of California, Dipartimento di Medicina Sperimentale, Universita degli studi di Genova, Comprehensive Cancer Center, Ohio State University [Columbus] (OSU), Immunologie des tumeurs et immunothérapie (UMR 1015), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre d'Investigation Clinique en Biotherapie des cancers (CIC 1428 , CBT 507 ), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), School of Medicine, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), University of California SF (UNIVERSITY OF CALIFORNIA), University of California, Howard Hughes Medical Institute [Chevy Chase] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), University of California [Berkeley] (UC Berkeley), University of California (UC)-University of California (UC), Università degli studi di Genova = University of Genoa (UniGe), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and University of California (UC)

Carla A. Da Silva, Jack A. Elias, Pierre Pochard, Chun Geun Lee, Institut de Génomique d'Evry (IG), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Department of Immunobiology, Yale School of Medicine [New Haven, Connecticut] (YSM), Animal, Food and Health Sciences, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra] (CSIRO), Laboratoire d'Informatique Paris Descartes (LIPADE - EA 2517), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Yale University School of Medicine, CEA-Institut de génomique-genoscope, Yale School of Medicine, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation, and Michel, Geneviève

Felix G. Delgado, Anavaj Sakuntabhai, Jaime E. Castellanos, Etienne Simon-Loriere, Claude Roth, Consuelo Romero-Sánchez, Karina I. Torres, Castellanos, Jaime [0000-0003-1596-8383], Romero-Sánchez, Consuelo [0000-0002-6973-7639], Delgado Tiria, Felix Giovanni [0000-0001-6685-7507], Universidad El Bosque [Bogota], Génétique fonctionnelle des maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The research leading to these results has received funding from the 'Integrative Biology of Emerging Infectious Disease' Labex (Laboratoire d’excellence) under Grant Agreement number ANR-10-LABX-62-IBEID (French Government’s 'Investissements d’Avenir' program), from the European Commission Seventh Framework Program [FP7/20072–013] for the DENFREE project under Grant Agreement no. 282378, and from the Prix Duquesne. F.G.D. is registered in the Ecole Doctorale BioSPC (Université Paris Diderot) and has a PhD grant from the Colombian Department of Sciences, Technology, and Innovation (COLCIENCIAS) through the doctoral scholarship program number 679., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 282378,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2011-single-stage,DENFREE(2012), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]

Eugene V. Koonin, Mart Krupovic, National Center for Biotechnology Information (NCBI), Biologie Moléculaire du Gène chez les Extrêmophiles (BMGE), Institut Pasteur [Paris], E.V.K is supported by intramural funds of the US Department of Health and Human Services (to the National Library of Medicine)., The authors thank K. Makarova for critical reading of the manuscript and comments, and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Kleinnijenhuis, J., Quintin, J., Preijers, F.W., Stabell Benn, C., Joosten, L.A.B., Jacobs, C, Xavier, R.J., Aaby, P., Meer, J.W.M. van der, Crevel, R. van, Netea, M.G., Radboud University Medical Center [Nijmegen], Massachusetts General Hospital [Boston], Broad Institute of MIT and Harvard (BROAD INSTITUTE), and Harvard Medical School [Boston] (HMS)-Massachusetts Institute of Technology (MIT)-Massachusetts General Hospital [Boston]

Ivo Gomperts-Boneca, Ludovic Deriano, Spencer L. Shorte, Annick Dubois, Anavaj Sakuntabhai, Claude Leclerc, Caroline Demangel, Ana Cumano, Lluis Quintana-Murci, Matthew L. Albert, Antonio A. Freitas, Antoine Toubert, Lars Rogge, Manfred Schmolz, Gérard Eberl, Vincent Rouilly, Valentina Libri, Alejandra Urrutia, James P. Di Santo, Eric Tartour, Marie-Noëlle Ungeheuer, Françoise Dromer, Hugo Mouquet, Olivier Schwartz, Benoit Beitz, Mikael David, Olivier Lantz, Stéphanie Thomas, Ivo G. Boneca, Philippe Bousso, Laurent Abel, Vassili Soumelis, Cécile Delval, Darragh Duffy, Benno Schwikowski, Frédéric Tangy, Serge Hercberg, Jost Enninga, Milena Hasan, Samuel S.T. LaBrie, Sandra Pellegrini, Aurélie Bisiaux, Stanislas Pol, Marc Daëron, Andrés Alcover, Immunobiologie des Cellules dendritiques, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche Translationnelle - Center for Translational Science (CRT), Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre d'Immunologie Humaine (CIH), Substances Lichéniques et Photoprotection, Université de Rennes (UR), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunobiologie des Cellules Dendritiques, Myriad rules based medicine, Chambre Régionale d'Agriculture des Pays de la Loire, Biologie et Génétique de la Paroi bactérienne - Biology and Genetics of Bacterial Cell Wall (BGPB), Laboratoire de géographie physique : Environnements Quaternaires et Actuels (LGP), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département d'Immunologie - Department of Immunology, Immunorégulation, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Laboratory of Cellular Physiology and Immunology and Chris Browne Center, Rockefeller University [New York], St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Dynamiques des Réponses Immunes, Lymphopoïèse (Lymphopoïèse (UMR_1223 / U1223 / U-Pasteur_4)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Cellule Pasteur, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-PRES Sorbonne Paris Cité, Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunobiologie de l'Infection - Immunobiology of Infection, Département de Génomes et Génétique - Department of Genomes and Genetics, Mycologie moléculaire, Centre National de Référence Mycologie et Antifongiques-Mycologie Moléculaire (CNRMA), Microenvironnement et Immunité - Microenvironment and Immunity, Dynamique des Interactions Hôte-Pathogène - Dynamics of Host-Pathogen Interactions, Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de formation en masso-kinésithérapie (IFMK Brest), Université de Brest (UBO)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Réponse humorale aux pathogènes, Signalisation des Cytokines - Cytokine Signaling, Service d'hépatologie médicale [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Centre de recherche sur les liens sociaux (CERLIS - UMR 8070), Université Sorbonne Nouvelle - Paris 3-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie systémique - Systems Biology, Imagopole (CITECH), Laboratoire d'Immunologie Clinique, Institut Curie [Paris], Génomique virale et vaccination, Cytokines et Immunologie des Tumeurs Humaines (U753), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), This work benefited from support of the French government’s Invest in the Future Program, managed by the Agence Nationale de la Recherche (ANR, reference 10-LABX-69-01). We also acknowledge A. Pugsley for his support in obtaining funding and the logistical aspects of initiating the project, Milieu Intérieur Consortium (32 collaborateurs) : Abel L, Alcover A, Bousso P, Cumano A, Daëron M, Delval C, Demangel C, Deriano L, Di Santo J, Dromer F, Eberl G, Enninga J, Freitas A, Gomperts-Boneca I, Hercberg S, Lantz O, Leclerc C, Mouquet H, Pellegrini S, Pol S, Rogge L, Sakuntabhai A, Schwartz O, Schwikowski B, Shorte S, Soumelis V, Tangy F, Tartour E, Toubert A, Ungeheuer MN, Quintana-Murci L, Albert ML., ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Paris 13 (UP13)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest)-Université de Brest (UBO), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre de Recherche Translationnelle ( CRT ), Centre d'Immunologie Humaine ( CIH ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses ( CIMI ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie et Génétique de la Paroi bactérienne, Laboratoire de géographie physique ( LGP ), Université Panthéon-Sorbonne ( UP1 ) -Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Département d'Immunologie, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), rockefeller university, St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller Branch, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie Cellulaire des Lymphocytes, Lymphopoïèse, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -PRES Sorbonne Paris Cité, Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy ( CIML ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Immunobiologie de l'Infection, Département de Génomes et Génétique, Centre National de Référence Mycologie et Antifongiques-Mycologie Moléculaire ( CNRMA ), Microenvironnement et Immunité, Dynamique des Interactions Hôte-Pathogène, Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle ( CRESS - U1153 ), Université Paris 13 ( UP13 ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ) -Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité ( CRESS (U1153 / UMR_A 1125) ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut de formation en masso-kinésithérapie ( IFMK Brest ), Université de Brest ( UBO ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest ( CHRU Brest ), Signalisation des Cytokines, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Cochin [AP-HP], Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses, CERLIS - Centre de recherche sur les liens sociaux - UMR 8070 ( CERLIS - UMR 8070 ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université Sorbonne Nouvelle - Paris 3, Biologie systémique, Imagopole ( CITECH ), Institut Curie, Institut Curie-Institut Curie, Cytokines et Immunologie des Tumeurs Humaines ( U753 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources ( ICAReB ), ANR : 10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE ( 2010 ), Centre de Recherche Translationnelle (CRT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Panthéon-Sorbonne (UP1), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), CHU Cochin [AP-HP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), and ANR: 10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010)

Christophe Fermé, Aurélie Cobat, Vincent Pedergnana, Laurent Abel, Corinne Amiel, Patrice Carde, Catherine Le Pendeven, Alexandre Alcaïs, Ioannis Theodorou, Laurène Syx, Olivier Hermine, Caroline Besson, Pauline Brice, Yassine Taoufik, Julien Guergnon, Génétique Humaine des Maladies Infectieuses (Inserm U980), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Immunité et Infection, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR113-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'hématologie-oncologie adultes, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut Gustave Roussy (IGR), Département d'hématologie [Gustave Roussy], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], CHU Tenon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Régulation de la réponse immune, infection VIH-1 et autoimmunité, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Bicêtre, Rockefeller University [New York], and Herrada, Anthony

Armelle Phalipon, Philippe J. Sansonetti, Ellen T. Arena, Philippe Bousso, Katharina Nothelfer, Gernot Sellge, Wilmara Salgado-Pabón, Elisabetta Frigimelica, Susanna Celli, Pascal Roux, Pathogénie Microbienne Moléculaire, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Dynamiques des Réponses immunes - Dynamics of Immune Responses, Imagerie Dynamique (Plate-Forme) (PFID), Institut Pasteur [Paris] (IP), Collège de France - Chaire Microbiologie et Maladies infectieuses, Collège de France (CdF (institution)), This work was supported by Institut Pasteur Programme Transversal de Recherche project no. 251, the Domaine d'Intérêt Majeur Malinf-Région Île de France, Agence Nationale de la Recherche project 'PATHIMMUN,' Ministère des Affaires Etrangères Projet P2R, Pasteur Foundation (W.S.-P.), and Philippe Foundation (W.S.-P.). P.J.S. is supported by the European Research Council (ERC) (project Homeopith), he is a Howard Hughes Medical Institute Foreign Scholar., We thank the members of the Pathogénie Microbienne Moléculaire unit for helpful discussions, in particular Claude Parsot and Ilia Belotserkovsky, Patrick M. Schlievert (University of Iowa) for advice and critical reading of the manuscript, Emmanuelle Perret and Anne Danckaert (Platform for Dynamic Imaging Studies) for imaging and data analysis support, Gerald Eberl and Shinichiro Sawa (Institut Pasteur) for reagents and help with fluorescence immunohistochemistry, Sabrina Nabti (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Unit U932, Institut Curie) for the initial Rag−/− OT-II T-cell receptor transgenic mouse breeding pairs, and Cecile Arrieumerlou and Dirk Bumann (Biozentrum, University Basel) for pMW211 plasmid., Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris], and Chaire Microbiologie et Maladies infectieuses

Andrea Tubaro, Guido Gambara, Paola De Cesaris, Elio Ziparo, Antonio Filippini, Anna Riccioli, Cosimo De Nunzio, Department of Anatomy, Histology, Forensic Medicine and Orthopedic [Roma] (DAHFMO), Institut Pasteur, Fondation Cenci Bolognetti - Istituto Pasteur Italia, Fondazione Cenci Bolognetti, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome], Department of Biotechnological and Applied Clinical Sciences, Università degli Studi dell'Aquila (UNIVAQ), Department of Urology, Sant'Andrea Hospital - Sapienza University of Rome, Department of Clinical & Experimental Medicine, and Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome]

Glen D Houston, Ketan Patel, Jacen S. Maier-Moore, Rajaram Gopalakrishnan, Deborah S. Cunninghame Graham, Erna Harboe, Pamela J. Hughes, Roald Omdal, Corinne Miceli-Richard, Wan-Fai Ng, Patrick M. Gaffney, A. Darise Farris, Kenneth M. Kaufman, Courtney G. Montgomery, Gunnel Nordmark, Mikhail G. Dozmorov, Joel M. Guthridge, James A. Lessard, David M Lewis, Kathy L. Sivils, Per Eriksson, Juan-Manuel Anaya, Maureen Rischmueller, Barbara M. Segal, Xavier Mariette, Jonathan D. Wren, Simon J. Bowman, Adam Adler, Johan G. Brun, Kiely Grundahl, Lasse G. Gøransson, Astrid Rasmussen, Nelson L. Rhodus, Abu N. M. Nazmul-Hossain, Michael D. Rohrer, Michael T. Brennan, James Chodosh, He Li, Jennifer A. Kelly, Kimberly S. Hefner, Torsten Witte, Gabor G. Illei, Judith A. James, Susan C. Lester, R. Hal Scofield, Roland Jonsson, Indra Adrianto, Christopher J. Lessard, Marie Wahren-Herlenius, Maija-Leena Eloranta, Lida Radfar, Lars Rönnblom, Martha E. Grandits, John A. Ice, Donald U. Stone, Andrew J.W. Huang, Helmi Jazebi, John B. Harley, Marika Kvarnström, Timothy J. Vyse, University of Oklahoma Health Sciences Center (OUHSC), Macquarie University, Service de rhumatologie, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, New Queen Elizabeth Hospital (NQEH - BIRMINGHAM), New Queen Elisabeth Hospital, Marine Science Institute, University of California, Department of Medical Sciences, Université de Genève (UNIGE), Institute of Sound and Vibration Research, University of Southampton, Centre for Cybersecurity and Cybercrime Investigation [Dublin] (CCI ), University College Dublin [Dublin] (UCD), Computing and Mathematical Sciences [Pasadena]], California Institute of Technology (CALTECH), Zhejiang University, Laboratoire de l'intégration, du matériau au système (IMS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Climate Systems Analysis Group [Cape Town] (CSAG), University of Cape Town, Faculty of Medicine, Section of Rheumatology, Imperial College London, Department of Pathology, University of California [San Diego] (UC San Diego), University of California-University of California, Department of Pathology, Immunology and Microbiology, University of California [Davis] (UC Davis), Swedish Defence Research Agency [Stockholm] (FOI), Department of Public Health & Policy, London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), University of Alberta, Centre d'Investigation Clinique (CIC - Brest), Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Lymphocytes B, Autoimmunité et Immunothérapies (LBAI), Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-LabEX IGO Immunothérapie Grand Ouest-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO), CHRU Brest - Service de Rhumatologie (CHU - BREST - Rhumato), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Hôpital Bicêtre-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Lymphocyte B et Auto-immunité (LBAI), and Université de Brest (UBO)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM)

Hirsch, Etienne, Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (CRICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), and Aouinat, Farid

Benoit Rannou, Maël Jégo, Emmanuelle Gilot-Fromont, Jean-Michel Gaillard, Philippe Gibert, François Klein, Christophe Bonenfant, Biodémographie évolutive, Département écologie évolutive [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Ingénieur pour l'Environnement - UMR 7356 (LaSIE), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CNERA Cervidés Sanglier (ONCFS), Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage, and Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Christophe Guilhot, Meghan A. Kirksey, Roxane Simeone, Anna D. Tischler, John D. McKinney, Katherine B. Hisert, Swapna Uplekar, Rockefeller University [New York], Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and This work was supported by a Robert D. Watkins Graduate Fellowship from the American Society for Microbiology (M.A.K.), the William Randolph Hearst Endowed Scholarship Fund (K.B.H.), NIH MSTP grant GM07739 (M.A.K. and K.B.H.) for the Tri-Institutional MD/PhD Program of Weill-Cornell Medical School, Rockefeller University, and the Sloan-Kettering Institute, an Irvington Institute Postdoctoral Fellowship of the Cancer Research Institute (A.D.T.), SystemsX, The Swiss Initiative in Systems Biology (S.U.), and National Institutes of Health grant AI046392 (J.D.M.).

Mihai G. Netea, Jessica Quintin, Jos W. M. van der Meer, and Radboud University Medical Center [Nijmegen]

Pierre Bruhns, David A. Mancardi, Lydie Cassard, Fariel Dif, Marc Daëron, Cécile Schiffer, Odile Malbec, Ana Inés Lalanne, Martin, Marie, Allergologie Moléculaire et Cellulaire, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Danone Research, Groupe DANONE, This work was supported by Danone Research, Institut Pasteur, Inserm, Agence Nationale pour la Recherche, and Fondation pour la Recherche Médicale. C.S. and A.I.L. were supported by Danone Research. L.C. was supported by the Fondation pour la Recherche Médicale., and Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Ivo J. Huijbers, Benoît Van den Eynde, Lionel Chasson, Saïdi M. Soudja, Anne-Marie Schmitt-Verhulst, Amandine Mas, Maria Wehbe, Céline Powis de Tenbossche, Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Ludwig Institute for Cancer Research Ltd., and Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Françoise Gabert, Joel Plumas, Jean-Paul Molens, Dalil Hannani, Olivier Hequet, David Laurin, Laurence Chaperot, Mariam Sall, Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), EFS Rhône-Alpes, EFS, INSERM U823, équipe 9 (Immunobiologie et Immunothérapie des Cancers), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS Rhône-Alpes, and Etablissement Français du Sang et Association Recherche et Transfusion.

Hannani, Dalil, Gabert, Françoise, Laurin, David, Sall, Mariam, Molens, Jean-Paul, Hequet, Olivier, Chaperot, Laurence, Plumas, Joël, Chaperot, Laurence, Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), EFS Rhône-Alpes, EFS, INSERM U823, équipe 9 (Immunobiologie et Immunothérapie des Cancers), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS Rhône-Alpes, and Etablissement Français du Sang et Association Recherche et Transfusion.

Samantha Brandler, Olivier Schwartz, Florence Guivel-Benhassine, Arnaud Moris, Nicoletta Casartelli, Romain Bouziat, Virus et Immunité, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunité Cellulaire Antivirale, Institut Pasteur [Paris] (IP), This work was supported by grants from the Agence Nationale de Recherche sur le SIDA (ANRS), SIDACTION, the Centre National de la Recherche Scientifique, the European Community, Institut Pasteur, and Janssen-Cilag. N. Casartelli is a fellow of SIDACTION funding. S. Brandler is a Fellow of the ANRS vaccine network (AHVN)., Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], and Institut Pasteur [Paris]