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12 results on '"ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018)"'

1. About versioning ontologies or any digital objects with clear semantics

Author

Jonquet, Clement, Poveda-Villalon, María, WEB Architecture x Semantic WEB x WEB of Data (WEB3), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (MISTEA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Universidad Politécnica de Madrid (UPM), COGITO project (grant # 958310), Leyla Jael Castro, Sonja Schimmler, Jens Dierkes, Danilo Dessì, Dietrich Rebholz-Schuhmann, ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018), and European Project: 101057344,FAIR-IMPACT

Subjects
versioning, ontologies, semantic artefacts, metadata, [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, [INFO]Computer Science [cs], [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI]
Abstract

International audience; The article discusses the process of versioning for ontologies and semantic artefacts developed using Semantic Web technologies. We describe methods for encoding versioning and other relevant information in metadata properties and we illustrate with examples from the MOD2.0 specification. Building on our experiences with the AgroPortal ontology repository and the Linked Open Vocabulary, we raise several questions, such as which metadata properties to use, how metadata values should be coordinated, and what stay the same over versions, and what should change. We propose recommendations for better versioning ontologies with clear semantics-identifiers, descriptions, status, dates, links-and suggests that the recommendations can be generalized to any digital objects that need to be versioned and semantically described.

Published
2023

2. Ontology Repositories and Semantic Artefact Catalogues with the OntoPortal Technology

Author

Jonquet, Clement, Graybeal, John, Bouazzouni, Syphax, Dorf, Michael, Fiore, Nicola, Kechagioglou, Xeni, Redmond, Timothy, Rosati, Ilaria, Skrenchuk, Alex, Vendetti, Jennifer L., Musen, Mark, WEB Architecture x Semantic WEB x WEB of Data (WEB3), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (MISTEA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Stanford Center for BioMedical Informatics Research (BMIR), Stanford University, LifeWatch ERIC, Research Institute on Terrestrial Ecosystems [CNR, Italy] (IRET), National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), LifeWatch Italy, U.S. National Institutes of Health BioPortal U24 grant (1U24GM143402), OntoPortal Alliance, ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018), ANR-10-LABX-0020,NUMEV,Digital and Hardware Solutions and Modeling for the Environement and Life Sciences(2010), and European Project: 101057344,FAIR-IMPACT

Subjects
[INFO.INFO-TT]Computer Science [cs]/Document and Text Processing, semantic artefact catalogue, ontology services, vocabulary server, [INFO.INFO-IR]Computer Science [cs]/Information Retrieval [cs.IR], [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, terminology service, ontologies, ontology registry, ontology repository, semantic artefacts, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI]
Abstract

Members of the OntoPortal Alliance; There is an explosion in the number of ontologies and semantic artefacts being produced in science. This paper discusses the need for common platforms to receive, host, serve, align, and enable their reuse. Ontology repositories and semantic artefact catalogues are necessary to address this need and to make ontologies FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable). The OntoPortal Alliance (https://ontoportal.org) is a consortium of research and infrastructure teams dedicated to promoting the development of such repositories based on the open, collaboratively developed OntoPortal software. We present the OntoPortal technology as a generic resource to build ontology repositories and semantic artefact catalogues that can support resources ranging from SKOS thesauri to OBO, RDF-S, and OWL ontologies. The paper reviews the features of OntoPortal and presents the current and forthcoming public and open repositories built with the technology maintained by the Alliance.

Published
2023

3. Semantic artefact and ontology services for long-term data interpretation

Author

Jonquet, Clement, WEB Architecture x Semantic WEB x WEB of Data (WEB3), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (MISTEA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018), ANR-10-LABX-0020,NUMEV,Digital and Hardware Solutions and Modeling for the Environement and Life Sciences(2010), and European Project: 101057344,FAIR-IMPACT

Subjects
semantics artefacts, [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, long-term data interpretation, ontologies and metadata, [INFO]Computer Science [cs], ontology repositories, data annotation
Abstract

International audience; What would happen if we would be able to preserve data for so long but we would have lost the ways to interpret the knowledge contained in these data? Exactly for the same reason we need to save the specific encoding format and/or software used to read the data (e.g., in which version of PDF a document was encoded and which PDF reader is necessary to open it), we need a way to decouple the model from the data and save this model for future interpretation. As data become more and more complex, the knowledge they incorporate become harder to express. The separation of the data and the model is often made by annotating or describing data with semantic standards spanning from simple metadata schemas to complex and rich ontologies. Indeed, semantic artefacts – a broader term to include ontologies, terminologies, taxonomies, thesauri, vocabularies, metadata schemas and standards – are keys for adopting the FAIR Principles (FAIR Principle I2) [1]. In the processes of archiving and long-term preservation, when used to annotate or describe data, semantic artefacts ensure the data will be stored in a standardized, broadly shared and accessible way that will guaranty long term “interpretation” of these data. Furthermore, semantic artefacts have themselves to be long-term archived and preserved. We therefore argue for two statements:(i)Because they are needed for long term interpretation of the data, we need to develop services to adopt and facilitate semantic artefacts use when archiving data. For instance, a semantic annotation is a link from an ontology term to a data element, indicating that the data element (e.g., article, experiment, clinical trial, medical record) refers to the concept [2]. These annotations can then be used to build semantic indexes to leverage the knowledge inside the ontologies for better information mining and retrieval.(ii)Semantic artefacts are themselves data that need to be archived and preserved with the same arguments as for any other data. Thus, we need to develop long term repositories for archiving semantic artefacts. Indeed, the number of these artefact now grow to numbers for which machines are mandatory to index, search and select them. They are spread out all over the Web, in different formats, of different size, with different structures and from overlapping domains. But as any research objects capturing the knowledge of experts at a certain time, for a certain use case, they need to be preserved.In the context of multiple research projects in different scientific domains (e.g., NCBO, SIFR, D2KAB, OntoCommons, NFDI, FAIR-IMPACT), we develop an open-source semantic artefact and ontology repository technology called OntoPortal (https://ontoportal.org) [3] shared and maintained by multiple communities to ensure cataloguing, harmonized and rich metadata descriptions, and serving the content of semantic artefacts with multiples generic services including for annotation and indexing. These ontology repositories include BioPortal, the primary and historical source of OntoPortal code developed in the biomedical domain, AgroPortal, the reference for agri-food [4] and more. They help address the challenges of sharing semantic artefacts and using them to describe data and enhance the quality of the data by making them more interpretable and interoperable. These semantic artefact catalogues are also designed to archive their content for long term preservation and scientific valorization.

Published
2023

4. IndeGx: A Model and a Framework for Indexing RDF Knowledge Graphs with SPARQL-based Test Suits

Author

Pierre Maillot, Olivier Corby, Catherine Faron, Fabien Gandon, Franck Michel, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Web-Instrumented Man-Machine Interactions, Communities and Semantics (WIMMICS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Knowledge acquisition for aided design through agent interaction (ACACIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe KEWI, Université Côte d'Azur (UCA), ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018), ANR-19-CE23-0014,DeKaloG,Graphes de connaissances décentralisés(2019), and ANR-19-P3IA-0002,3IA@cote d'azur,3IA Côte d'Azur(2019)

Subjects
Human-Computer Interaction, knowledge graph, Computer Networks and Communications, [INFO.INFO-IR]Computer Science [cs]/Information Retrieval [cs.IR], endpoint description, [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, dataset description, metadata extraction, semantic index, Software, [INFO.INFO-SI]Computer Science [cs]/Social and Information Networks [cs.SI]
Abstract

International audience; In recent years, a large number of RDF datasets have been built and published on the Web in fields as diverse as linguistics or life sciences, as well as general datasets such as DBpedia or Wikidata. The joint exploitation of these datasets requires specific knowledge about their content, access points, and commonalities. However, not all datasets contain a self-description, and not all access points can handle the complex queries used to generate such a description. In this article, we provide a standard-based approach to generate the description of a dataset. The generated descriptions as well as the process of their computation are expressed using standard vocabularies and languages. We implemented our approach into a framework, called IndeGx, where each indexing feature and its computation is collaboratively and declaratively defined in a GitHub repository. We have experimented IndeGx on a set of 339 RDF datasets with endpoints listed in public catalogs, over 8 months. The results show that we can collect, as much as possible, important characteristics of the datasets depending on their availability and capacities. The resulting index captures the commonalities, variety and disparity in the offered content and services and it provides an important support to any application designed to query RDF datasets.

Published
2023

5. WeKG-MF: a Knowledge Graph of Observational Weather Data

Author

Yacoubi Ayadi, Nadia, Faron, Catherine, Michel, Franck, Gandon, Fabien, Corby, Olivier, Web-Instrumented Man-Machine Interactions, Communities and Semantics (WIMMICS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Université Côte d'Azur (UCA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018)

Subjects
Meteorology, Observational Data, Knowledge Graph, Linked Data, [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, Semantic Modelling, [INFO]Computer Science [cs]
Abstract

International audience; In this paper, we present the WeKG-MF Knowledge Graph constructed from open weather observations published by Météo-France institution. WeKG-MF relies on a semantic model that formalizes knowledge about meteorological observational data. The model is generic enough to be adopted and extended by meteorological data providers to publish and integrate their sources while complying with Linked Data principles. WeKG-MF offers access to a large number of meteorological variables described through spatial and temporal dimensions and thus has the potential to serve several scientific case studies from different domains including agriculture, agronomy, environment, climate change and natural disasters.

Published
2022

6. Common Minimum Metadata for FAIR Semantic Artefacts

Author

Jonquet, Clement, Dutta, Biswanath, Santos, Luiz O. Bonino da Silva, Pergl, Robert, Le Franc, Yann, WEB Architecture x Semantic WEB x WEB of Data (WEB3), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (MISTEA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Indian Statistical Institute [Bangalore] (ISI), University of Twente, Leiden University Medical Center (LUMC), Universiteit Leiden, Czech Technical University in Prague (CTU), e-Science Data Factory [Paris] (e-SDF), RDA Vocabulary Semantic Services Interest Group, ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018), European Project: 831558,FAIRsFAIR, and European Project: 101057344,FAIR-IMPACT

Subjects
[INFO.INFO-TT]Computer Science [cs]/Document and Text Processing, Metadata, Minimal metadata model, [INFO.INFO-IR]Computer Science [cs]/Information Retrieval [cs.IR], [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, Ontologies, Semantic artefacts, FAIRness assessment, Vocabularies, FAIR, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI]
Abstract

Semantic interoperability is crucial for the FAIR Principles and strongly relies on Semantic Artefacts that also need to be FAIR. To achieve this, semantic artefacts require rich, structured, and interoperable metadata. The challenge lies in determining the threshold for "rich metadata" and agreeing on a common minimum set. The H2020 FAIRsFAIR project and the RDA Vocabulary Semantic Services Interest Group addressed this question by developing a "minimal metadata model" for semantic artefacts. In this paper, we present background information, methodology, discussions and workshops which contribute to the establishment of the FAIRsFAIR minimum metadata profile for semantic artefacts. We present an extension of the Metadata for Ontology Description and Publication Ontology (MOD2.0) incorporating this profile as well as its implementation (SemanticDCAT-AP) and its use to build FAIRcat, a prototype of a FAIR Data Point harvesting the content of multiple semantic artefact catalogues.

Published
2022

7. KartoGraphI: Drawing a Map of Linked Data

Author

Maillot, Pierre, Corby, Olivier, Faron, Catherine, Gandon, Fabien, Michel, Franck, Maillot, Pierre, Graphes de connaissances décentralisés - - DeKaloG2019 - ANR-19-CE23-0014 - AAPG2019 - VALID, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité - - D2KAB2018 - ANR-18-CE23-0017 - AAPG2018 - VALID, 3IA Côte d'Azur - - 3IA@cote d'azur2019 - ANR-19-P3IA-0002 - P3IA - VALID, Web-Instrumented Man-Machine Interactions, Communities and Semantics (WIMMICS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), DeKaloG, D2KAB, ANR-19-CE23-0014,DeKaloG,Graphes de connaissances décentralisés(2019), ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018), and ANR-19-P3IA-0002,3IA@cote d'azur,3IA Côte d'Azur(2019)

Subjects
[INFO.INFO-DB]Computer Science [cs]/Databases [cs.DB], semantic web, [INFO.INFO-WB] Computer Science [cs]/Web, [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, [INFO.INFO-DB] Computer Science [cs]/Databases [cs.DB], [INFO]Computer Science [cs], linked data, [INFO] Computer Science [cs]
Abstract

International audience; A large number of semantic Web knowledge bases have been developed and published on the Web. To help the user identify the knowledge bases relevant for a given problem, and estimate their usability, we propose a declarative indexing framework and an associated visualization Web application, KartoGraphI. It provides an overview of important characteristics for more than 400 knowledge bases including, for instance, dataset location, SPARQL compatibility level, shared vocabularies, etc.

Published
2022

8. AgroLD: une base de connaissances pour l'étude du phénome des plantes cultivées

Author

Larmande, Pierre, Gildas, Tagny, Ruiz, Manuel, Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), WEB-CUBE, Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), ANR-19-DATA-0019,FooSIN,Participation française au GO FAIR Food Systems Implementation Network(2019), ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), WEB Architecture x Semantic WEB x WEB of Data (WEB3), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[INFO.INFO-DB]Computer Science [cs]/Databases [cs.DB], [INFO.INFO-IR]Computer Science [cs]/Information Retrieval [cs.IR], [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, [INFO]Computer Science [cs], [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
Abstract

International audience; Recent advances in high-throughput technologies have resulted in tremendous increase in the amount of data in the agronomic domain. There is an urgent need to effectively integrate complementary information to understand the biological system in its entirety. We have devel- oped AgroLD, a knowledge graph that exploits the Semantic Web technology and some of the relevant standard domain ontologies, to integrate information on plant species and in this way facilitating the formulation of new scientific hypotheses. We present some integration results of the project, which initially focused on genomics, proteomics and phenomics.; Les récents progrès des technologies à haut débit ont entraîné une explosion de la quantité de données dans le domaine agronomique. Il est urgent d'intégrer efficacement des informations complémentaires pour comprendre le système biologique dans sa globalité. Nous avons développé AgroLD, une base de connaissances qui exploite la technologie du Web sémantique et des ontologies du domaine biologique pertinentes, pour intégrer les informations sur les espèces végétales et faciliter ainsi la formulation de nouvelles hypothèses scientifiques. Nous présentons des résultats sur le processus d'intégration et sur la plateforme visualisation des données, qui était initialement axé sur la génomique, la protéomique et la phénomique.

Published
2021

9. Semantic Description of Plant Phenological Development Stages, Starting with Grapevine

Author

Roussey, Catherine, Delpuech, Xavier, Amardeilh, Florence, Bernard, Stephan, Jonquet, Clement, Technologies et systèmes d'information pour les agrosystèmes (UR TSCF), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV), Elzeard, WEB-CUBE, Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (MISTEA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR-18-CE23-0017, Emmanouel Garoufallou, María-Antonia Ovalle-Perandones, ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018), ANR-19-DATA-0019,FooSIN,Participation française au GO FAIR Food Systems Implementation Network(2019), and Fuzziness, Alignments, Data & Ontologies (FADO)

Subjects
0106 biological sciences, Semantic resource, Vine, Computer science, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, phenology, 01 natural sciences, Article, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], ACM: I.: Computing Methodologies/I.2: ARTIFICIAL INTELLIGENCE/I.2.4: Knowledge Representation Formalisms and Methods/I.2.4.6: Semantic networks, Development (topology), Phenological stages, RDF vocabularies, Semantics resources, RDF, 2. Zero hunger, Phenology, business.industry, Semantic description, [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, 04 agricultural and veterinary sciences, computer.file_format, 15. Life on land, agricultural semantics, Data science, grapevine, Plant development, Agriculture, 040103 agronomy & agriculture, Ontology, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, business, computer, 010606 plant biology & botany
Abstract

The final authenticated version is available online at https://doi.org/10.1007/978-3-030-71903-6_25; International audience; The French project Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity (D2KAB) will make available a semantically-enabled Frenchagricultural alert newsletter. In order to describe/annotate crop phenological development stages in the newsletters, we need a specific semanticresource to semantically represent each stages. Several scales already exist to describe plant phenological development stages. BBCH, considereda reference, offers several sets of stages –one per crop called ’individual scales’– and a general one. The French Wine and Vine Institute (IFV)has aligned several existing scales in order to identify the most useful grapevine development stages for agricultural practices. Unfortunatelythese scales are not available in a semantic form preventing their use in agricultural semantic applications. In this paper, we present our work ofcreating an ontological framework for semantic description of plant development stages and transforming specific scales into RDF vocabularies;we introduce the BBCH-based Plant Phenological Description Ontology and we illustrate this framework with four scales related to grapevine.

Published
2021

10. Improving data identification and tagging for more effective decision making in agriculture

Author

Pascal Neveu, Romain DAVID, Clement Jonquet, Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (MISTEA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Fuzziness, Alignments, Data & Ontologies (FADO), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Leisa Armstrong, ANR-18-CE23-0017,D2KAB,DATA TO KNOWLEDGE IN AGRICULTURE AND BIODIVERSITY(2018), European Project: 284443,EC:FP7:INFRA,FP7-INFRASTRUCTURES-2011-1,EPPN(2012), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), WEB-CUBE, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and WEB Architecture x Semantic WEB x WEB of Data (WEB3)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, data identification, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, interoperability, [SDV.SA.AEP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics, semantic tagging, semantic annotation, plant phenotyping, agricultural data sources, identifier, semantic, identification, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience; Data integration, data analytics and decision support methods can help increase agriculture challenges such as climate change adaptation or food security. In this context, smart data acquisition systems, interoperable information systems and frameworks for data structuring are required. In this chapter we describe methods for data identification and provide some recommendations. We also describe how to enrich data with semantics and a way to tag data with the relevant ontology. We illustrate the proposed approach in a case of high-throughput plant phenotyping.

Published
2020

11. D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity

Author

Aubin, Sophie, Adam-Blondon, Anne-Francoise, Alaux, Michael, Ba, Mouhamadou, Bernard, Stéphan, Bisquert, Pierre, Bossy, Robert, Brun, François, Buche, Patrice, Castelltort, Arnaud, Corby, Olivier, Cufi, Julien, David, Romain, Deleger, Louise, Dzale Yeumo, Esther, Faron Zucker, Catherine, Eric, Garnier, Graybeal, John, Haezebrouck, Théo-Paul, Larmande, Pierre, Menut, Luc, Michel, Franck, Musen, Mark, Nédellec, Claire, Pichot, Christian, Pinet, François, Pommier, Cyril, Roumet, Catherine, Roussey, Catherine, Todorov, Konstantin, Toulet, Anne, Jonquet, Clement, DIST Délégation Information Scientifique et Technique (DV-IST), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Technologies et systèmes d'information pour les agrosystèmes (UR TSCF), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Ingénierie des Agro-polymères et Technologies Émergentes (UMR IATE), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Association de Coordination Technique Agricole (ACTA), Fuzziness, Alignments, Data & Ontologies (FADO), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Web-Instrumented Man-Machine Interactions, Communities and Semantics (WIMMICS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (MISTEA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Côte d'Azur (UCA), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Stanford Center for BioMedical Informatics Research (BMIR), Stanford University [Stanford], API-AGRO, Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Ecologie des Forêts Méditerranéennes [Avignon] (URFM 629), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Research Data Alliance, D2KAB, ANR-18-CE23-0017,D2KAB,DATA TO KNOWLEDGE IN AGRICULTURE AND BIODIVERSITY(2018), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), WEB-CUBE, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Stanford University, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Ecologie des Forêts Méditerranéennes (URFM), Délégation à l’information scientifique et technique (Cirad -Dgdrs-DIST), Direction Générale Déléguée à la Recherche et à la Stratégie (Cirad-Dgdrs), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Les instituts techniques agricoles (Acta), WEB Architecture x Semantic WEB x WEB of Data (WEB3), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)

Subjects
2. Zero hunger, Ontology alignment, [INFO.INFO-DB]Computer Science [cs]/Databases [cs.DB], Text mining, [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, Agriculture, Biodiversity, 15. Life on land, Agronomy, 12. Responsible consumption, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], Ontology repository, 13. Climate action, Knowledge graphs, Ontologies, Data integration, Linked open data, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Semantic Web, Ontologies, Ontology repository, Ontology alignment, Linked open data, Knowledge graphs, Data integration, Text mining, Agronomy, Agriculture, Biodiversity, Ecosystem, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Ecosystem, Semantic Web
Abstract

Agronomy/agriculture and biodiversity (ag & biodiv) communities face several major societal, economic, and environmental challenges that data science approaches will help address. To achieve their goals, researchers of these communities must be able to rapidly discover, aggregate, integrate, and analyse different types of data and information sources. Semantic technologies, combined to open, FAIR data and services, is one of the answers to fully knowledge-driven, and transparent science and innovation. The D2KAB project (www.d2kab.org) aims to create a framework to turn agronomy and biodiversity data into knowledge – semantically described, interoperable, actionable, open – and investigate the scientific methods and tools to exploit this knowledge for applications in agriculture and biodiversity sciences. This project, funded by French ANR (2019-2023), will provide the means –ontologies and linked open data– for ag & biodiv to embrace semantic Web technologies in order to produce and exploit FAIR data and services. To do so, D2KAB will develop new original methods and algorithms in the following areas: data integration, text mining, semantic annotation, ontology alignment and linked data exploitation and visualization. D2KAB project brings together a unique multidisciplinary consortium of 12 partners to achieve this objective: 2 informatics research units (LIRMM, I3S); 6 INRA/IRSTEA/IRD research units at the interface of computer science and ag & biodiv (URGI, MaIAGE, IATE, DIST, TSCF, DIADE) specialized in agronomy or agriculture; 2 labs in biodiversity and ecosystem research (CEFE, URFM); 1 association of agriculture stakeholders (ACTA); and 1 partnership with Stanford BMIR department. Three main goals drive D2KAB’s roadmap: To develop state-of-the-art methods and technologies for ontology lifecycle and alignment. To build the agronomy, agriculture and biodiversity Linked Open Data cloud. To enable new semantically driven agronomy and biodiversity science. The work is starting from the recommendations of several RDA WG and IG already published or in progress (e.g. Agrisemantic WG, Vocabulary Services IG, Wheat and Rice Data Interoperability WGs, Agricultural Data IG, SHARC IG). Some of the key technological building blocks of D2KAB are AgroPortal, a reference repository for ontologies and vocabularies in agronomy; AgroLD, a semantic Web knowledge base that integrates agronomic data from public databases including GO associations, Gramene, UniprotKB, and OryGenesDB ; Corese, a semantic Web factory that implements the W3C standards RDF, RDFS, OWL-RL and SPARQL, and LDScript, a Linked Data Script Language, and STTL, the SPARQL Template Transformation Language for RDF; and Alvis, a text mining for semantic normalisation of free text by ontologies. D2KAB will allow the valorization of ag & biodiv data into real world applications leading to economic impact, smart agriculture and ecological preservation. Five driving scenarios are planned: development of an ontology-based expert system to select food packaging solutions; creation of an augmented semantic reader for Plant Health Bulletins; advanced integration of textual and experimental data on wheat phenotypes; development of new ontologies on plant root traits and extension of the Thesaurus Of Plant Characteristics; integration of plant functional biogeography data related to the Mediterranean Basin. Each of the project scenarios will have a significant impact and produce concrete outcomes for ag & biodiv scientific communities and socio-economic stakeholders in agriculture.

Published
2019

12. Adoption of BioPortal's Ontology Registry Software: The Emerging OntoPortal Community

Author

Graybeal, John, Jonquet, Clement, Fiore, Nicola, Musen, Mark, Stanford Center for BioMedical Informatics Research (BMIR), Stanford University, WEB-CUBE, Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Web-Instrumented Man-Machine Interactions, Communities and Semantics (WIMMICS), Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S - SPARKS), Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), LifeWatch ERIC, RDA, SIFRm, ANR-18-CE23-0017,D2KAB,Des Données aux Connaissances en Agronomie et Biodiversité(2018), European Project: 701771,H2020,H2020-MSCA-IF-2015,SIFRm(2016), WEB Architecture x Semantic WEB x WEB of Data (WEB3), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), and COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)

Subjects
Ontology repository, Ontology registry, [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, Ontologies, ComputerApplications_COMPUTERSINOTHERSYSTEMS, Vocabularies
Abstract

Poster session; International audience; A key BioPortal deliverable has been the Virtual Appliance, which any community can deploy to create their own repository of ontologies and vocabularies. Adoption of the Virtual Appliance has increased significantly, with many developers, operators, and end users adopting and improving the code. We now present this software stack as OntoPortal, and release it as the OntoPortal Virtual Appliance.

Published
2019

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