1. Cell-Type-Specific Gene Expression Profiling in Adult Mouse Brain Reveals Normal and Disease-State Signatures
- Author
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Merienne, Nicolas, Meunier, Cécile, Schneider, Anne, Seguin, Jonathan, Nair, Satish, Rocher, Anne, Le Gras, Stéphanie, Keime, Celine, Faull, Richard, Pellerin, Luc, Chatton, Jean-Yves, Neri, Christian, Mérienne, Karine, Déglon, Nicole, Centre Hospitalier Universitaire Vaudois [Lausanne] (CHUV), Université de Lausanne (UNIL), Laboratoire de neurosciences cognitives et adaptatives (LNCA), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU), Adaptation Biologique et Vieillissement = Biological Adaptation and Ageing (B2A), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Auckland [Auckland], Centre de résonance magnétique des systèmes biologiques (CRMSB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB), Résonance magnétique des systèmes biologiques (RMSB), Université Bordeaux Segalen - 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- Subjects
Male ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,striatum ,[SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology ,HD patients ,Mice, Transgenic ,Laser Capture Microdissection ,Epigenesis, Genetic ,Mice ,transcriptomics ,[SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN] ,Animals ,Humans ,RNA, Messenger ,epigenetics ,HD transgenic mice ,Brain/metabolism ,DNA/chemistry ,Gene Expression Profiling/methods ,Huntington Disease/genetics ,Huntington Disease/metabolism ,Laser Capture Microdissection/methods ,MicroRNAs/metabolism ,Nucleic Acid Conformation ,RNA, Messenger/metabolism ,Transcription Factors/metabolism ,Huntington’s disease ,cell-type-specific profiling ,Gene Expression Profiling ,Brain ,DNA ,MicroRNAs ,Huntington Disease ,Transcription Factors - Abstract
International audience; The role of brain cell-type-specific functions and profiles in pathological and non-pathological contexts is still poorly defined. Such cell-type-specific gene expression profiles in solid, adult tissues would benefit from approaches that avoid cellular stress during isolation. Here, we developed such an approach and identified highly selective transcriptomic signatures in adult mouse striatal direct and indirect spiny projection neurons, astrocytes, and microglia. Integrating transcriptomic and epigenetic data, we obtained a comprehensive model for cell-type-specific regulation of gene expression in the mouse striatum. A cross-analysis with transcriptomic and epigenomic data generated from mouse and human Huntington’s disease (HD) brains shows that opposite epigenetic mechanisms govern the transcriptional regulation of striatal neurons and glial cells and may contribute to pathogenic and compensatory mechanisms. Overall, these data validate this less stressful method for the investigation of cellular specificity in the adult mouse brain and demonstrate the potential of integrative studies using multiple databases.
- Published
- 2019