In 2015, the Zika virus was introduced in Colombia. The emergence of this arbovirus is a public health challenge for the country, considering the association between the infection and congenital disorders such as microcephaly. Thus, we estimated the burden of disease due to microcephaly associated with Zika in Colombia and its administrative subdivisions for the period 2015-2016. We conducted an exploratory ecological study, using as unit of measurement disability-adjusted life years (DALYs). The cases of microcephaly were obtained from the Zika national and departmental databases built by the National Public Health Surveillance System (SIVIGILA). Deaths attributed to microcephaly were estimated from previous studies. Finally, we calculated mortality rates and incidences, then we performed a sensitivity analysis under three scenarios (conservative, medium, and extreme) to estimate the DALYs. In the 2015-2016 period, 10,609.4 DALYs were caused by microcephaly associated with Zika in Colombia. 71% of the total DALYs were years of life lost and 29% were years lived with disability. Five out of 32 departments (Meta, Córdoba, Tolima, Valle del Cauca, and Norte de Santander) contributed 71% of total DALYs. The burden of microcephaly associated with Zika outweighed the burden of other congenital anomalies such as neural tube defects and Down syndrome in children aged between 0 and 4 years in Colombia. Public health efforts must be made to prevent and monitor these cases. En 2015, el virus del Zika fue introducido en Colombia. La aparición de este arbovirus es un desafío para el sistema de salud pública del país, debido a la asociación entre la infección y alteraciones congénitas como la microcefalia. Por estas razones, se estimó la carga de la enfermedad, debido a la microcefalia asociada al Zika en Colombia, así como en sus subdivisiones administrativas en el periodo 2015-2016. Se realizó un estudio ecológico de tipo exploratorio, usando como unidad de medida los años de vida ajustados por discapacidad (DALYs, por sus siglas en inglés). Los casos de microcefalia debidos al Zika se obtuvieron de bases de datos nacionales y departamentales, construidas por el Sistema Nacional de Vigilancia en Salud Pública (SIVIGILA). Finalmente, se calcularon las tasas de mortalidad e incidencias, y posteriormente realizamos un análisis de sensibilidad bajo tres escenarios (conservador, medio y extremo), con el fin de estimar los DALYs. Durante el período de 2015-2016, se estimaron 10.609, 4 DALYs por microcefalia asociada con el Zika en Colombia. El 71% de los DALYs correspondieron a los años de vida perdidos y; el restante 29%, a los años vividos con discapacidad. Cinco de los 32 departamentos de Colombia (Meta, Córdoba, Tolima, Valle del Cauca y Norte de Santander) aportaron el 71% del total de DALYs. La carga de microcefalia asociada al Zika superó con creces la carga de otras alteraciones congénitas tales como defectos del tubo neural y síndrome de Down en niños entre los 0-4 años en Colombia. Se deben realizar esfuerzos en salud pública para prevenir y monitorear estos casos. O vírus Zika foi introduzido na Colômbia em 2015. O surgimento dessa arbovirose é um desafio para a saúde pública do país, devido à associação entre a infecção e as anomalias congênitas como a microcefalia. Portanto, o estudo buscou estimar a carga de doença pela microcefalia associada ao vírus Zika na Colômbia como um todo e em duas subdivisões administrativas nos anos de 2015 e 2016. Foi realizado um estudo ecológico de tipo exploratório, usando como unidade de medida os anos de vida ajustados para incapacidade (AVAIs). Os casos de microcefalia foram coletados das bases de dados nacionais e departamentais construídos por do Sistema Nacional de Vigilância em Saúde Pública (SIVIGILA). Os óbitos por microcefalia foram estimados a partir de estudos anteriores. Através dos coeficientes de mortalidade e de incidência, realizamos uma análise de sensibilidade em três cenários distintos (conservador, médio e extremo) para estimar os AVAIs. No período de 2015-2016, foram estimados 10.609,4 AVAIs pela microcefalia associada ao Zika na Colômbia. 71% dos AVAIs correspondiam aos anos de vida perdidos, e os outros 29% representavam os anos vividos com incapacidade. Cinco dos 32 departamentos (Meta, Córdoba, Tolima, Valle del Cauca e Norte de Santander) contribuíram com 71% do total de AVAIs. A carga da microcefalia associada ao Zika ultrapassou a carga por outras anomalias congênitas, como os defeitos do tubo neural e a síndrome de Down em crianças de 0 a 4 anos na Colômbia. São necessárias medidas de saúde pública para prevenir e acompanhar esses casos.