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The Haemaphysalis genus (Acari, Ixodidae) in Senegal is reviewed. This embodies a summary of specimens collected from vertebrate hosts over three decades. 454 collections were performed over this period (408 from mammals and 46 from birds), representing a total of 5752 ticks in different developmental stages. Seven Haemaphysalis spp. were collected, identified, and inventoried including: H. (Kaiseriana) rugosa, H. (Ornithophysalis) hoodi, H. (Rhipistoma) houyi, as well as four other species belonging to the leachi group, namely H. (Rhipistoma) leachi, H. (Rh.) moreli, H. (Rh.) muhsamae and H. (Rh.) spinulosa. Vertebrate hosts of Haemaphysalis species were identified and listed in different ecological zones of Senegal. An identification key of the haemaphysalids of Senegal is proposed, which is also applicable to the haemaphysalid fauna of the Occidental sub-region of the Afrotropical zoogeographical region. The role of these species as potential vectors of zoonotic diseases in Senegal is also discussed., Acarologia, 58, 928-945

International audience; This study assesses changes in subtidal benthic communities on the largest reef flat in Reunion, Saint-Gilles La Saline, using several types of surveys. Temporal and spatial trends are documented over a 22 year period (1987-2009), thus spanning the 1998 and 2000s bleaching events. The most plausible explanations for the observed trends are proposed. We chose two sites that are characterized by two types of community and metabolism: (1) an oligotrophic site dominated by Acropora corals (Site-Toboggan), where sea-urchins are numerous and macroalgae rare and (2) a dystrophic site dominated by non-Acropora corals, mostly massive and submassive, where macroalgae abound and sea-urchins are almost absent (Site-Planch'Alizés). Results are presented in three parts : Part 1 : general trends of the communities, part 2 : primary producers, part 3 : living corals. Part 1 presents three surveys. Survey 1 reports status and trends across the reef flats in 1993, 1996, and 2002, with all attached benthic components reported at the level of the species where possible. Survey 2 reports composition and changes in associated sedentary organisms such as sea urchins, holothurids, and the Pomacentridae fish Stegastes. Survey 3 focuses on the period 1998 to 2009 on permanent transects established in 1987 and monitored periodically, partly as a contribution to the Global Coral Reef Monitoring Network (GCRMN). In general, community structures at both locations remained stable, with primary producer coverage around 5% at Toboggan (T) and around 60% at Planch'Alizés (P). Living coral coverage averaged around 17% at both sites, but it was dominated by Acropora on Site-T (68%) and by massive corals on Site-P (88%). Regular echinoids were very abundant at T but almost absent from P, while the opposite was true for holothurids. The territorial damselfish Stegastes was of comparable abundance at both sites (

The spatial and temporal patterns of variation of a tropical soft-bottom fish community sampled by a shrimp trawl and a fish trawl were compared at two sites, North and South Bay, of St Vincent Bay, New Caledonia. Results indicated that the species richness and particularly the species composition were related to the type of trawl. However, the overall density and biomass, species diversity, and evenness did not vary significantly as a function of gear type. The same species dominated the catches of the two trawl types, but differences appeared between density, biomass and mean weight of particular species, calculated from the shrimp and the fish trawl catches. The spatial variations of the community structure were comparable between the two gear types, though the composition of the species assemblages were not the same. Differences appeared for the temporal structures. These differences were insignificant in one of the sampled sites (North Bay), but more important in the other site (South Bay), where species diversity, size range of the individuals, and shape diversity of fishes were more important. However, the major differences between the community structures remained the same, independent of sampling gear type. These results validate studies comparing spatial and temporal patterns of variations in general characteristics (i.e. number of species per haul, density, biomass, species diversity and evenness) of tropical soft-bottom fish communities determined by shrimp and fish demersal otter trawls. This also validates the determination of species assemblages especially spatial assemblages. However, important problems may arise when more particular points are studied, such as species composition of the communities, determination of the characteristic species of the assemblages, or study of a particular species.

Le projet AGROECOTROP concerne directement l’agriculture des Antilles françaises, mais les recherches proposées répondent à des questions qui se posent à l’ensemble des régions tropicales humides. En effet, face aux défis du XXIème siècle en matière de sécurité alimentaire de réduction des coûts de production et de protection de l’environnement, la recherche d’alternatives aux systèmes de cultures conventionnels est un impératif.L’innovation principale du projet repose sur l’étude des possibilités offertes par la substitution d’intrants chimiques potentiellement polluants par l’association d’espèces végétales et animales pour la levée de certaines contraintes conditionnant le maintien de la fertilité des sols, le recyclage des éléments, le contrôle des parasites et la productivité.Or les connaissances scientifiques et techniques dans ce domaine sont fragmentaires et insuffisantes dans les zones tropicales. Le projet consiste donc à dimensionner et à réaliser plusieurs pilotes pour rechercher les solutions les plus adaptées à nos conditions agropédoclimatiques, acquérir des connaissances et construire des références liées à nos particularités, et ensuite les communiquer aux partenaires agricoles.Le dossier concerne la première tranche 2008-2010 du volet INRA du projet AGROECOTROP. Il vient en complémentarité des dossiers concernant les volets CIRAD et de l’UAG. La synergie des compétences proposée apporte une forte valeur ajoutée au projet et permet une approche pluridisciplinaire. Les équipes (INRA-CIRAD-UAG) qui travailleront à la réussite de ce projet sont titulaires d’une expertise reconnue dans le domaine de la socioéconomie,de l’agronomie, de l’élevage et de la protection des plantes.

Cyanobacteria have dominated marine environments and have been reef builders on Earth for more than three million years (myr). Cyanobacteria still play an essential role in modern coral reef ecosystems by forming a major component of epiphytic, epilithic, and endolithic communities as well as of microbial mats. Cyanobacteria are grazed by reef organisms and also provide nitrogen to the coral reef ecosystems through nitrogen fixation. Recently, new unicellular cyanobacteria that express nitrogenase were found in the open ocean and in coral reef lagoons. Furthermore, cyanobacteria are important in calcification and decalcification. All limestone surfaces have a layer of boring algae in which cyanobacteria often play a dominant role. Cyanobacterial symbioses are abundant in coral reefs; the most common hosts are sponges and ascidians. Cyanobacteria use tactics beyond space occupation to inhibit coral recruitment. Cyanobacteria can also form pathogenic microbial consortia in association with other microbes on living coral tissues, causing coral tissue lysis and death, and considerable declines in coral reefs. In deep lagoons, coccoid cyanobacteria are abundant and are grazed by ciliates, heteroflagellates, and the benthic coral reef community. Cyanobacteria produce metabolites that act as attractants for some species and deterrents for some grazers of the reef communities.

International audience; Coral reef growth and development depend on several environmental factors, including tectonic and climatic parameters and local ecological drivers. Reef growth is especially sensitive to sea-level variations. Paleo-water depth reconstructions are essential tools used to determine reef growth patterns during different periods of reef growth. Assemblages of corals and/or coralline algae have been commonly used in such paleodepth reconstructions. This study shows that using microendolith ichnocoenoses can sometimes provide better accuracy than traditional coralgal analyses, particularly in the depth-range 0-10 m where coralgal assemblages usually show broad distribution ranges. Holocene and Pleistocene cores from two barrier reef sites on the west coast of Grande Terre in New Caledonia are examined here. Holocene reef development at these sites feature examples of microendolith ichnocoenoses that document rapid environmental changes and small sea-level variations of about 2-5 m in amplitude, and record these changes with more accuracy than coral and coralline algae assemblages which are highly dependant on the hydrodynamic energy of the setting. During the Pleistocene, which was less chronologically constrained, the microendolith ichnocoenoses also reflect paleo-water depths and reef-growth patterns at different periods of reef history.

La prise en compte de critères biologiques lors de la mise en place de réseaux d'aires marines protégées (AMP) permet d'augmenter leur efficacité mais nécessite des inventaires coûteux et localisés. Dans cette étude centrée sur le site de Port-Bouquet en Nouvelle-Calédonie, nous proposons dans un premier temps d'évaluer si les habitats peuvent servir de substituts efficaces à la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés de poissons en milieu corallien. 11 niveaux de caractérisation d'habitats et 9 échelles spatiales différentes ont été testés par analyse de corrélation et de substitution, de manière à déterminer les conditions optimales pour lesquelles la richesse, la diversité, et la rareté des habitats permettent une bonne représentation de la richesse, la diversité, et la rareté des groupes taxonomiques et fonctionnels de poissons. Notre étude suggère que l'approche par substitution est la plus appropriée lorsqu'il s'agit d'établir un réseau d'AMP, puisque s'appui directement sur les algorithmes de sélection des sites candidats. Les algorithmes dits de « Richesse-complémentarité » et de « Rareté » utilisés dans cette étude se sont avérés sensibles aux effets du hasard et de l'échantillonnage. Des résultats encourageant ont en revanche été obtenus pour un scénario de «Diversité-complémentarité» et a pu être utilisé pour proposer un réseau d'AMP, établis sur la base de la topographie des habitats, efficace d'un point de vue de la représentativité taxonomique et fonctionnelle des poissons. (Résumé d'auteur)

International audience

Les assemblages d’invertébrés benthiques sont particulièrement vulnérables aux changements de l’environnement et leur gestion nécessite la prise en compte des divers facteurs naturels et anthropiques, comme la pêche. L’objectif de cette thèse était d’étudier l’influence de la pêche à pied et des facteurs de l’environnement sur les assemblages d’invertébrés des platiers en Nouvelle-Calédonie. La pression de pêche, les variables environnementales ainsi que les assemblages d’invertébrés (substrats durs et meubles) ont été caractérisés sur huit stations, quatre en zone pêchée et quatre en zone AMP à deux saisons pendant deux années. Les assemblages sont apparus diversifiés (371 espèces recensées), dominés par les mollusques, polychètes, crustacés et échinodermes. Une soixantaine d’espèces ont été définies comme ciblées par les pêcheurs qui fréquentent les platiers pendant cinq mois (d’avril à août) et capturent ~9 tonnes d’invertébrés par an. Lors des analyses, la pêche a été définie comme le facteur majeur influençant les assemblages d’invertébrés, les variables environnementales agissant à une échelle plus locale. L’impact de la pêche sur les populations cibles majeures s’est révélé moins drastique qu’escompté en raison d’un nombre élevé de reproducteurs permettant un renouvellement des stocks. L’effet de la pêche sur les assemblages s’est en revanche manifesté de manière marquée notamment en termes de composition spécifique et écologique (traits biologiques). Les AMP se sont avérées être des outils de gestion efficaces pour les invertébrés des fonds durs, nettement moins pour ceux des fonds sédimentaires, suggérant une gestion par habitat des ressources d’invertébrés tropicaux.

Preuss, B., Pelletier, D., Wantiez, L., Letourneur, Y., Sarramégna, S., Kulbicki, M., Galzin, R., and Ferraris, J. 2009. Considering multiple-species attributes to understand better the effects of successive changes in protection status on a coral reef fish assemblage. – ICES Journal of Marine Science, 66: 170–179. The response of fish assemblages to changes in protection status is a major issue for both biodiversity conservation and fishery management. In New Caledonia, the Aboré reef marine reserve harbours more than 500 fish species, and has been subjected to changes in protection status since 1988. The present study investigates the impact of these changes on a wide subset of species (213), based on underwater visual counts collected before the opening and after the closure to fishing of this marine protected area (MPA). We analysed the spatial and temporal variability in fish assemblage attributable to protection status, explicitly considering habitat. To understand the successive responses of fish assemblage to fishing and protection, the assessment models included four criteria defining species groups that partition the fish assemblage: trophic regime, adult size, mobility, and interest for fishing. We could therefore identify the negative impact of opening the MPA to fishing on piscivores and highly mobile species. Surprisingly, target species were not affected more than non-target species. Model results were used to identify species groups that respond to fishing and protection. These results utilize fisheries-related criteria to provide new insight into the response of fish assemblages to protection from the perspective of MPA monitoring.

A previous study of the spatial patterns of Borassus aethiopum (a humid savanna palm tree) led to the following predictions: H I. Trees and termite mounds positively influence all developmental stages; H2. There is intense competition between B. aethiopum juveniles; H3. Juvenile and seedling survival and growth rates are higher away from mother plants; H4. Mound positive effect overwhelms the effect of intraspecific competition for very young B. aethiopum individuals, the reverse applies to older, non-reproductive individuals. To test for these hypotheses the potential positive and negative neighbourhood effects were analysed. Progression of seedlings into the juvenile stage and juvenile growth were analysed through logistic regression models including the effects of four neighbourhood indices designed to model the respective influence of B. aethiopum juveniles and adults, trees and termite mounds. Statistical results explain the observed spatial pattern and reveal two main neighbourhood effects that influence both B. aethiopum juveniles and seedlings: a positive effect of mounds due to the fact that they constitute nutrient-rich soil patches, and a negative effect of juveniles due to intraspecific competition. Seedlings would be mostly affected by the mound positive effect, whereas juveniles would be mostly affected by competition.

La perspective de développement durable des milieux rurax tropicaux passe par une intensification raisonnée et viable à long terme de l'agriculture. L'agriculture devient un domaine privilégié d'appréciation des avancées de la biologie moderne et des biotechnologies. Le développement durable n'est toutefois pas réductible à l'amélioration d'un facteur de production, mais dépend de la combinaison de l'ensemble des facteurs dans un cadre social et économique défini. Accroître la productivité et la qualité des produits reste l'objectif principal des agronomes. Il passe par la sélection génétique et les études sur le génome ainsi que la compréhension du fonctionnement des populations et des écosystèmes, mais il ne peut, dans les milieux tropicaux, avoir de sens en l'absence d'une analyse détaillée des systèmes agraires existants et des options nouvelles offertes par les avancées techniques. Ces options nouvelles doivent s'accompagner de l'utilisation de techniques adaptées de nutrition et de protection intégrée des plantes et des animaux ainsi que de soins particuliers sur la qualité des produits. Accroître la productivité de façon durable ne peut toutefois se faire sans une gestion améliorée des ressources naturelles. Cette gestion passe par l'utilisation des prédictions climatiques en agriculture, la gestion/conservation des sols, une meilleure utilisation des ressources en eau, un maintien de la biodiversité et du patrimoine génétique et une gestion des écosystèmes. Cet accroissement durable de la productivité passe aussi par une réduction des risques environnementaux et de santé liés à l'agriculture. Améliorer la qualité des eaux, se protéger contre les risques liés à l'utilisation des pesticides ou contre les invasions biologiques sont quelques-uns des enjeux du 21e siècle... (D'après résumé d'auteur)

Des récoltes de Trichoptères #Hydropsychidae$ and #Philopotamidae$, déterminées au niveau de l'espèce, ont été menées au sein de la Réserve naturelle intégrale d'Andohahela et à sa périphérie. Le traitement des données au moyen de l'analyse des correspondances met en evidence une nette séparation entre les faunes de l'habitat humide de l'Est et celle colonisant la zone aride de l'Ouest. (Résumé d'auteur)

The coralgal framework within the outer reef margin of many Indo-Pacific reefs exhibits three main shallow-water communities, the environmental significance of which can be inferred by comparison with their modern counterparts. A community dominated by tabular Acropora gr. hyacinthus/cytherea with branching Pocillopora damicornis, P. eydouxi, Montipora digitata, occasional domal faviids and mm-thick crusts of the coralline algae Lithophyllum and Mesophyllum (mainly), typical of the 6 – 15 m paleodepth range; a community including robust-branching Acropora gr. danai/robusta, A. humilis, A. digitifera and subordinate Favia stelligera, Echinopora gemmacea, associated to vermetid gastropods and thick coralline crusts of Hydrolithon cf. onkodes and Neogoniolithon cf. fosliei flourishing in depths less than 6 m; in medium-to-high water-energy settings, a community composed of domal Porites cf. lutea and P. cf. lobata with occasional Acropora gr. danai/robusta and cm-thick crusts of coralline algae in sheltered habitats in depths less than 10 m. These biological assemblages allow us to determine relationships between reef growth and paleobathymetry and, consequently, to reconstruct regional relative sea-level curves. High water-energy reefal assemblages provide stronger evidence for reconstructing sea-level curves than low-energy buildups, because they have generally been controlled by a keep-up growth mode. Subsiding reef sites seem to be more reliable indicators of sea-level variations because they usually present expanded reef sequences.

Sur les plateaux du sud du Bénin, avec une pluviométrie annuelle de 1000 à 1200 millimètres, l'agriculture est l'activité principale. La forte pression démographique a entraîné la dégradation des sols. Cette étude présente un nouveau système de culture fondé sur une association et rotation entre le maïs et une légumineuse de couverture, #Mucuna pruriens$ var. #utilis$. Ce système, testé depuis 1988, consiste à semer le maïs dans le paillis de mucuna de l'année précédente. Le mucuna atteint sa pleine croissance après la récolte du maïs et n'entre pas en compétition avec celui-ci. Ce système permet d'augmenter notablement le rendement en maïs et d'améliorer les propriétés physico-chimiques et biologiques des sols. Déjà acceptée en milieu paysan, cette technique donne de grands espoirs pour la restauration des terres de barre. (Résumé d'auteur)

Tsetse fly guilds usually comprise two or three species. However, the presence of only one species often indicates that anthropic modifications have occurred in the habitat. On the other hand, more than three species are seldom observed in the same zone and the presence of five is extremely rare. Previous detailed studies have always focused on a single species, without taking into account interactions between species. The authors present the results of observations carried out in Cote d'Ivoire on a guild consisting of Glossina palpalis, G. pallicera, G. nigrofusca, G. longipalpis and G. fusca. Glossina have unusual physiological characteristics: both sexes feed exclusively on blood, they have a highly developed larviparity associated with a slow rhythm of reproduction (one larva about every ten days) and a long life expectancy (up to nine months). The authors report on the size of the flies, the hosts, feeding habits, ecodistribution, resting-places, flying heights, circadian activity and seasonal dynamics of tsetse fly populations in order to understand the organization of this guild. Each species feeds indiscriminately on a wide spectrum of hosts without a particular preference. Different species shared habitat (ecodistribution) and time (circadian and annual cycles). Thus, during an annual cycle, there is always a slight time-lag between the density peaks of G. palpalis and G. pallicera, the peak of the dominant species immediately preceding that of the dominated species. In a village area, 77% of the variations in density of G. pallicera were accounted for by the previous variations in density of the dominant species (G. palpalis). Experiments show that G. pallicera and G. nigrofusca immediately invade anthropic areas from which G. palpalis has been partially removed by trapping. These species thus appear to confront each other in a global dynamic equilibrium. This suggests that there is a ‘conflicting coexistence’ between the cohabiting species. Whereas the reason for such a process is quite obvious, how it occurs still remains to be explained. Other observations may provide a clue. For example, the sex ratios of both the main species fluctuate in opposite phases during the annual cycle. This strongly suggests that interspecific interactions occur through sexual mediation. Finally, the authors discuss the consequences of dynamic cohabitation on disease systems (trypanosomes, tsetse flies, hosts) and on control possibilities.

The rain forest on ultramafic slopes in the Southern Massif of New Caledonia develops under various soil conditions : eroded peridotites, ferralitic ferritic colluvia and hypermagnesic soil derived from serpentinites. These soil types frequently occur as a mosaic in the rain forest and some distinctive structural and floristic characters of the forest are associated with each one. Palms are abundant in the understorey of the forest and are very good indicators of these variations. There is one species typically associated with one type of soil and the structure of the whole palm community (up to 6 species and 3500 plants per ha) gives information about the ecology of the forest, including degree of disturbance. Within primary rain forests, we can recognize three main palm community types. On ferralitic ferritic colluvia, #Cyphokentia macrostachya$ Brong. is dominant, with secondly #Basselinia pancheri$ (Brong. & Gris) Vieill. and #Brongniartikentia vaginata$ (Brong.) Becc. On eroded peridotites, #Campecarpus fulcitus$ (Brong.) Wendl. ex Becc. grows in large number together with #Actinokentia divaricata$ (Brong. & Gris) Dammer. #Campecarpus$ is well adapted to this rocky environment, developing long stilt roots between the huge blocks of peridotite. #Actinokentia$ is relatively heliophilous and profits by the clearer canopy of these forests. On serpentinite, the palm community is dominated by #Burretiokentia$ sp. nov., which is restricted to soils rich in magnesium, and #Chambeyronia macrocarpa$ (Brong.) Vieill. ex Becc. Within secondary forest types, either mixed or monodominant, the same pattern of palm community is observed, with #Basselinia pancheri$, #Actinokentia divaricata$ and/or #Brongniartikentia vaginata$. (Résumé d'auteur)

The effect of marine reserve protection on coral reef fish communities was studied on five islands located in the southwest lagoon of New Caledonia. Commercial fish communities and Chaetodontidae, sampled before fishing prohibition and after five years of protection, were compared. Reference stations were also sampled to assess variability in unprotected communities on the same time scale. The hypothesis that marine reserves protect and develop fish stocks was confirmed. Species richness, density and biomass of fish on the protected reefs increased respectively by 67%, 160% and 246%. This increase was statistically significant, whereas the reference stations showed only a small increase in density. There were significant increases in the species richness, density and biomass of the major exploited fish families (Serranidae, Lutjanidae, Lethrinidae, Mullidae, Labridae, Scaridae, Siganidae and Acanthuridae) and also of the Chaetodontidae. No significant increase in the mean lengths of fishes was noted among the main species, with the exception of one species of Siganid. Size structure changed for most of the main species, as the proportion of small individuals increased after five years of protection. Detrended correspondance analysis indicated that marine reserve protection was the most important determinant of the fish community structure. The second determinant was the position along an inshore-offshore gradient. Marine reserve protection resulted in an increase in the relative abundance and species richness of large edible species within the assemblages.

Dans la région de Nosy Bé, Madagascar, 244 espèces de copépodes s'associent aux 270 espèces d'invertébrés marins, de la zone intertidale jusqu'à une profondeur de 50 mètres. Une liste de ces copépodes avec leurs hôtes et localités est présentée. (Résumé d'auteur)

Un second représentant actuel des Sphinctozoaires, importants constructeurs de récifs au Permo-Trias, a été découvert dans la zone bathyale de la NouvelleCalédonie. Contrairement au survivant déjà connu, #Valecetia crypta$, il a conservé le mode de croissance colonial et les capacités constructrices de ses analogues fossiles. Sa croissance est bien plus lente que celle des coraux récifaux actuels. La base d'une construction de 10 cm d'épaisseur a été datée de 700 ans. (Résumé d'auteur)

Des travaux récents ont été réalisés sur le rôle des bactéries associées aux dinoflagellés. Ils tendent à montrer que les bactéries seraient impliquées dans la production de toxine, voire qu'elles en seraient les productrices. Aucun travail n'ayant à ce jour été réalisé sur les bactéries associées aux dinoflagellés responsables d'intoxication DSP, nous avons extrapolé ces données à ce type de dinoflagellé afin d'évaluer le rôle des bactéries associées à deux dinoflagellés producteurs de DSP (#Prorocentrum lima$ et #Dinophysis spp$) dans la production de toxines. Une étude ultrastructure de ces deux dinoflagellés au MEB a permis de visualiser les très nombreuses bactéries de forme hélicoïdale fixées aux cellules de #P. lima$, ainsi que le faible nombre de bactéries, de forme classique, fixées sur les cellules de #Dinophysis$. Une recherche d'acide okadaïque par dosage HPLC dans les bactéries libres (non fixées aux cellules phytoplanctoniques) a été entreprise dans les cultures de #P. lima$. Les premiers résultats montrent que les bactéries libres associées à #P. lima$ contiendraient une faible quantité d'acide okadaïque; et que la stimulation de la croissance de ces bactéries n'augmente pas la teneur en toxine dans les bactéries libres. (Résumé d'auteur)