Search

Bu çalışma; Türkiye'de üretim iznine sahip mercimek çeşitlerini DNA barkodları ile tanımlamak amacıyla yapılmıştır. Çalışmada 34 adet Türkiye ve 1 adet Kanada menşeli çeşit kullanılmıştır. Barkod geni olarak `CBOL (The Barcode of Life Data) Bitki Grubu` tarafından önerilen rbcL, matK ve trnH-psbA kloroplast genleri seçilmiştir. 3 lokus da evrensel primerler kullanılarak PCR ile başarılı bir şekilde çoğaltılmıştır. Ancak PCR ürünlerinin dizilenmesinde sorun yaşanmıştır. Dizileme sorunlarının muhtemel sebepleri öngörülerek alternatif yöntemler uygulanmıştır. Uygulanan yöntemler sonucunda trnH-psbA lokusu %100 başarı ile dizilenmiştir. Başarı oranı matK lokusu için %75, rbcL lokusunda ise dizileme sorunları çözülememiştir. trnH-psbA ve matK lokusundan elde edilen dizi bilgileri `Mega X` programında `ClustalW alignment` metodu ile hizalanmış ve `UPGMA` metoduna göre filogenetik ağaç oluşturulmuştur. rbcL lokusuna ait verilerin yetersiz olması sebebiyle filogenetik analizlere dahil edilmemiştir. Çeşitlerden elde edilen diziler kırmızı ve yeşil taneli olmak üzere iki grupta incelenmiş toplamda çeşitleri tanımlayıcı 18 haplotip elde edilmiştir. This study was conducted in order to identify lentil varieties with DNA barcodes that have permission to be produced in Turkey. 34 varieties originating from Turkey and 1 species originating from Canada were used in the study. The rbcL, matK and trnH-psbA chloroplast genes proposed by the `CBOL (the Barcode of life data) Plant group` were selected as the barcode gene. 3 loci have also been successfully replicated with PCR using universal primers. However, there has been trouble sequencing of PCR products. Alternative methods were applied in anticipation of possible causes of sequencing problems. The trnH-psbA locus was sequenced with 100% success as a result of the methods applied. The success rate is 75% for the matK locus and the sequencing problems for the rbcL locus have not been solved. The sequence information from the trnH-psbA and matK locus is aligned with the `ClustalW alignment` method in the `Mega X` program and the phylogenetic tree is formed according to the `UPGMA` method. It was not included in phylogenetic analyses due to insufficient data on loci rbcL. The sequences obtained from the cultivars were examined in two groups as red and green grains. A total of 18 haplotypes were obtained to describe the cultivars. 111

Kolorektal kanser dünyada ve Türkiye'de en yaygın kanser tiplerinden biridir ve kansere bağlı ölümler arasında dünyada 3. sırada yer almaktadır. Güncel olarak kolerektal kanserlerin tiplendirilmesinde ve immun terapi etkinliğin belirlenmesinde kullanılan genetik mutasyon temelli testler vardır. Ancak bunlar tedavinin başlangıç aşamasında kullanılabilirdir ve hastalık prognozu ve tedavi arasındaki ilişkiyi göstermezler. Bu sebeple, kolorektal kanserlerinde kan bazlı diagnostik ve prognostik biyomarkerların belirlenmesi günümüzde en çok çalışılan konulardan birisidir.Bu tezin amacı, kolorektal kanserinin patofizyolojisinde önemli olan moleküler sinyal yolaklarındaki gen ekspresyon profilini belirlemek, bu gen ekspresyonları ile farklı tedavi uygulamalarının etkinliğini analiz etmek, son olarak tedavilerin etkinliğini ortaya koyabilecek biyomarkerları belirlemektir. Bu amaçla, tez kapsamında Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne başvuran kolorektal kanser tanılı hastalardan, sırasıyla kemoradyoterapi öncesi, kemoradyoterapi sonrası, cerrahi operasyon öncesi ve cerrahi operasyon sonrası kan ve serum örnekleri alınmıştır. Çalışmada ayrıca verilerin normalize edilmesi için 10 adet sağlıklı kontrol kullanılmıştır. Alınan bu kanlarda, rutin biyokimya testleri oto-analizörlerde yapılmıştır. Tam kan dokularında, antioksidan savunma, DNA tamir, ısı şok cevabı, endoplasmik retikulum stres (ER stres), hipoksi, JAK/STAT, mitokondrial disfonksiyon, otofaji ve apoptoz yolaklarında önemli görevleri olan 87 adet gen ekspresyonu, aynı zamanda miR-21-5p ve miR-16-5p seviyeleri, kontrol numunelerine kıyasla qRT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. Serum örneğinde, survivin ve IRE1α seviyelerinin belirlenmesinde ELISA kullanılmıştır.Çalışma sonucunda rutin kan parametrelerinde, tedavi grupları arasında anlamlı düzeyde değişim gösteren tüm parametrelerin, hastalığa spesifik markerlar olmadığı belirlenmiştir. Yapılan tam kan gen ekspresyon analizinde, uygulanan tedavi rejiminin, hastalarda güçlü bir oksidatif stres, buna bağlı DNA hasarı aynı zamanda yanlış-hatalı katlanmış protein cevabı oluşturduğu görülmüştür. Bu durum kan dokusunda, güçlü bir mitokondrial disfonksiyon ve özellikle içsel apoptoz yolağı aktivasyonu ile kendini göstermiştir. Proje kapsamında tüm genler kullanılarak yapılan başlıca bileşen analizi sonucunda (PCA), hasta kanlarında kansere bağlı gen ekspresyon profilinin, kontrole kıyasla önemli düzeyde farklı olduğunu, kemoradyoterapi sonrası oksidatif hasar, DNA hasarı, hücre siklus tutuklanması ve ölüm sinyalinin hızla arttığını, ancak özellikle cerrahi operasyon sonrası tedavi alan hastaların kontrol ile istatistik olarak aynı gruba girdiği belirlenmiştir. PCA analizi aynı zamanda kullanılan moleküler yolakların hastalık prognozunu anlamlı düzeyde yansıttığını ortaya koymuştur. FDR ve SAM analizleri bu yolaklarda 22 adet gen ekspresyonunun tedaviye bağlı hastalık prognozu ile ilişkili olduğunu göstermiştir. Yapılan AUROC analizi, antioksidan savunma yolağından CuZn-SOD (AUC=0.964), DNA tamir yolağından CHOP (AUC=0.865), EXO1 (AUC=1) ve XRCC1 (AUC=0.859), ER stres yolağından XBP1 (AUC=0.960) ve IRE1α (AUC=0.77), ısı şok ailesinden HSP70 (AUC=0.931) ve HSP90 (AUC=0.942), çoklu ilaç direnci proteinlerinden, Pgp (AUC=0.816) ve LRP (AUC=0.875), anjiyogenez yolağından, IGFR (AUC=884), apoptoz yolağından TRAIL (AUC=1), TNFα (AUC=0.933), BID (AUC=0.925), PUMA (AUC=0.749), Survivin (AUC=0.983) ve JAK/STAT yolağından IFNG (AUC=0.833), STAT3 (AUC=0.938), STAT4 (AUC=0.894) ve SOCs3 (AUC=0.895) ve PI3K (AUC=0.804) genlerinin istatistik olarak anlamlı düzeyde seçicilik ve duyarlılık gösterdiğini ortaya koymuştur.Sonuç olarak, tez bulgularımız, kolorektal kanser hastalarının tam kan dokularında belirlediğimiz 22 genlik biyomarker panelinin, öncelikle sağlıklı bireyleri ve kanser hastalarını başarılı bir şekilde ayırdığını, sonrasında uygulanan farklı tedaviler sonrasında hastalık prognozunu da monitörize edebildiği göstermiştir. Bununla birlikte tek merkezli ve az sayıda hasta ile yapmış olduğumuz çalışma bulgularımızın, çok merkezli, farklı yaş aralıklarında ve fazla sayıda hasta ile doğrulanmasının gerekli olduğu düşünülmektedir. Colorectal cancer is one of the most common cancer types in Turkey and it is ranks in the third place cancer-related deaths in worldwide. Currently, several tests exist based on genetic mutations in order to determine immune-therapy efficacy and to classify colorectal cancer types. However, these tests can only be used at the initial stage of treatment and can not show the relationship between the therapy and the prognosis. Therefore, determination of blood-based diagnostic and prognostic biomarkers in colorectal cancer is one of the most studied subjects.The aim of this thesis is to determine the gene expression profile in molecular signaling pathways that are important in the pathophysiology of colorectal cancer, to analyze the effectiveness of these gene expressions and different treatment applications, and finally to determine the biomarkers that can demonstrate the efficacy of treatments.For this purpose, blood and serum samples were collected respectively before and after chemotherapy, preoperative and postoperative period from the patients diagnosed with colorectal cancer who applied to Trakya University Faculty of Medicine. In the study, additionally 10 healthy controls were used to normalize of the obtained data. In these blood samples, routine biochemical tests were performed by autoanalyser. Expression profiles of 87 genes that have important roles in antioxidant defense, DNA repair, heat-shock response, ER stress, hypoxy, JAK/STAT, mitochondrial disfunction, autophagy and apoptosis pathways and also miR-21-5p ve miR-16-5p levels were determined by using qRT-PCR in whole blood samples, ELISA method was used for the determination of survivin and IRE1α levels in serum tissue.Our result determined that biochemical blood parameters that shows significant changes between treatment groups were not disease-specific markers. Whole blood gene expression analysis showed that the treatment regimen caused a strong oxidative stress and/or related DNA damage as well as unfolded/misfolded protein response. This situation had manifested by strong mitochondrial dysfunction and especially activation of the intrinsic apoptosis pathway in blood tissue. The PCA analysis determined that there are significant differences between control and cancer groups in whole blood gene expression profiles, oxidative damage, DNA damage, cell cycle arrest and death signal increased rapidly after chemoradiotherapy, however, the resulting cellular signal regressed to the same level as the control group after surgery. PCA analysis, also showed that the molecular pathways used in the study significantly reflect disease prognosis. FDR and SAM analysis showed that 22 gene expression in these pathways was associated with treatment-related disease prognosis. AUROC analysis showed that CuZn-SOD (AUC=0.964) from antioxidant defense pathway, CHOP (AUC=0.865), EXO1 (AUC=1) and XRCC1 (AUC=0.859) from DNA repair pathway, XBP1 (AUC=0.960) ve IRE1α (AUC=0.77) from ER stress pathway, HSP70 (AUC=0.931) and HSP90 (AUC=0.942) from the heat shock family, Pgp (AUC=0.816) and LRP (AUC=0.875) from multiple drug resistance proteins, IGFR (AUC=0.884) from the angiogenesis pathway, TRAIL (AUC=1), TNFα (AUC=0.933), BID (AUC=0.925), PUMA (AUC = 0.749), Survivin (AUC=0.983) from the apoptosis pathway and IFNG (AUC=0.833) STAT3 (AUC=0.938), STAT4 (AUC=0.894) and SOCs3 (AUC=0.895) and PI3K (AUC=0.804) JAK/STAT pathway genes have statistically significant selectivity and sensitivity.In conclusion, our thesis findings showed that the biomarker panel, which contains 22 genes identified in whole blood tissues of colorectal cancer patients, successfully separates healthy individuals and cancer patients primarily and can monitor the prognosis of the disease after different treatments. However, it is thought that, results of our single-centered study with a small number of patients should be confirm by future studies on multicentre, different age ranges and a large number of patients. 305

Hipotoni, beyin, beyin sapı, spinal kord, motor nöronlar, ön boynuz hücreleri, periferik sinirler ve kaslarda nörolojik fonksiyon bozukluğu sonucu ortaya çıkan nörolojik bir bulgudur. Üst ve alt ekstremitelerde, gövdede ya da kraniyofasiyal iskelet kaslarında azalan tonusu ifade etmek için yaygın olarak kullanılmaktadır. Hipotonik olguların %60 kadarını genetik-metabolik etiyolojilerin oluşturduğu ve bunların önemli bir bölümünün genetik hastalıklardan kaynaklandığı bildirilmiştir. Tüm hipotonik olguların %15-30'unu oluşturan periferal hipotoni olgularında genetik sonuçlar ile klinik bulgular desteklenebilse de tüm olgularda fenotip-genotip ilişkisi kurulamamaktadır.Çalışmamızın amacı, konvansiyonel sitogenetik, moleküler sitogenetik ve Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification yöntemleri uygulanarak tanı konulamayan periferal hipotoni olgularında, periferal hipotoni ile ilişkili olduğu düşünülen genleri içeren, özgün tasarlanmış çoklu gen paneli (ACTA1, CCDC78, DYNC1H1, GARS, RYR1, COL6A1, COL6A2, COL6A3, FKRP, FKTN, IGHMBP2, LMNA, LAMA2, LARGE1, MTM1, NEM, POMGnT1, POMT1, POMT2, SEPN1) kullanılarak yeni nesil dizi analizi (NGS) teknolojisiyle genetik etiyolojinin araştırılmasıdır.Çalışmaya Trakya Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi Çocuk Nöroloji Bilim Dalı Polikliniğinden hipotoni ön tanısı ile Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Genetik Hastalıklar Tanı Merkezine yönlendirilen, klasik sitogenetik ve moleküler yöntemler ile nedeni açıklanamayan, periferal hipotoniye sahip 18 hasta (6 ay ile 7 yaş arasında) dahil edildi.Çalışmamızda 18 hastanın 11'inde (%61) on üç varyant saptandı. Bu varyantlardan ikisi LAMA2, biri COL6A2, üçü COL6A3, üçü RYR1, biri POMT1 ve üçü POMGnT1 genlerinde yer almaktadır. ACMG-2015 kriterlerine göre on üç varyantın ikisi patojenik, üçü muhtemel patojenik, sekizi klinik önemi belirsiz varyant olarak değerlendirildi.Nedeni açıklanamayan periferal hipotoniye sahip bir hastamızda POMGnT1 geninde homozigot, c.1649G>A, p.(Ser550Asn) varyasyonu saptandı. Bu varyasyon literatürde Kas-Göz-Beyin (MEB) Hastalıkları fenotipi ile ilişkilendirilmiştir. Hastamıza ait fizik muayene bulguları ve görüntüleme sonuçları incelendiğinde, hastanın kliniğinin MEB fenotipi ile uyumlu olduğu görüldü. Diğer bir hastamızda ise RYR1 geninde daha önce literatürde ve açık erişimli veri tabanlarında rapor edilmeyen, `klinik önemi belirsiz` olarak sınıflandırılan yeni bir varyasyon saptandı.Ülkemizde hipotonik olguların belirli algoritmalar kullanılarak tanımlanmasına yönelik farklı çalışmalar olmakla birlikte, nedeni açıklanamayan periferal hipotoni olgularının NGS yöntemiyle genetik etiyolojisinin araştırılmasına yönelik bir başka çalışma literatürde bildirilmemiştir. Özgün tasarlanmış gen paneli ile nedeni açıklanamayan periferal hipotoniye sahip on sekiz hastamızın birinde tespit edilen varyasyon, hastanın fenotipi ile uyumlu olarak saptandı. Bu sonuçlara göre, periferal hipotoni etiyolojisinde özgün tasarlanmış gen panelinin klinik tanıya katkı oranı % 5,5'tir. Sonuç olarak, hedefe yönelik tasarlanmış çoklu gen panelinin daha uzun zaman dilimi içerisinde, örneklem büyüklüğünün arttırılarak NGS yöntemi ile çalışılması durumunda, klinik tanıya önemli katkılar sağlayacağı öngörüsündeyiz. Hypotonia is a neurological finding that occurs as a result of neurological dysfunction in the brain, brainstem, spinal cord, motor neurons, anterior horn cells, peripheral nerves, and muscles. It is widely used to express reduced mucle tone in the upper and lower extremities, in the body, or in the craniofacial muscles. It has been reported that up to 60% of hypotonic cases have genetic-metabolic etiologies and a significant proportion of these cases are caused by genetic diseases. Even the genotype-phenotype correlation may be established in some patients with peripheral hypotonia constituting the 15-30 % of all hypotonia patients, it is difficult to correlate in most of the cases.The aim of our study is to investigate genetic etiology using Next Generation Sequencing Analysis (NGS) technology with in-house designed multi-gene panels (ACTA1, CCDC78, DYNC1H1, GARS, RYR1, COL6A1, COL6A2, COL6A3, FKRP, FKTN, IGHMBP2, LMNA, LAMA2, LARGE1, MTM1, NEB, POMGnT1, POMT1, POMT2, SEPN1), containing genes thought to be associated with peripheral hypotonia in cases of peripheral hypotonia that cannot be diagnosed using conventional cytogenetics, molecular cytogenetics and Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification.Eighteen cytogenetically and molecularly unexplained pediatric peripheral hypotonia patients (between 6 months and 7 years), referred with the pre-diagnosis of hypotonia from Trakya University Health Research and Training Center, Division of Pediatric Neurology to the Department of Medical Genetics Diagnosis Center were included in our study.In our study, we found thirteen variants in 11 (61%) out of 18 patients. Two of these variants were in the LAMA2, one in COL6A2, three in COL6A3, one in POMT1 and three in the POMGnT1 genes. According to ACMG-2015 criteria, two of the thirteen variants were evaluated as pathogenic, three as likely pathogenic, and eight as variants of uncertain clinical significance.A homozygous, c.1649G>A, p.(Ser550Asn) variation was detected in the POMGnT1 gene in a patient with unexplained peripheral hypotonia. This variation has been associated with the Muscle-Eye-Brain (MEB) Diseases phenotype in the literature. The physical examination findings and screening results of our patient was consistent with the MEB phenotype reported in the literature. We detected a novel variation in another patient, classified as `uncertain significance` in the RYR1 gene, which was not previously reported in the literature and open access databases.Although there are different studies aimed to identify hypotonic cases using certain algorithms in our country, there are no studies in the literature investigating the genetic etiology of unexplained peripheral hypotonia cases with the use of NGS method. With the in-house designed gene panel, a phenotype-genotype relationship was revealed in one of our eighteen patients with unexplained peripheral hypotonia. According to these results, the contribution of in-house designed gene panel in the etiology of peripheral hypotonia to clinical diagnosis is 5.5%.As a result, we suggest that if the targeted multi-gene panels are studied by increasing the sample size in a longer period of time with NGS method, it will make significant contributions to the clinical diagnosis. 148

Ayçiçeği ülkemizin en önemli yağ bitkisidir. Yazlık ekilmesi ve ülkemizde genelde kuru tarım yapılması nedeniyle, bazı yıllarda yaşanan kuraklık vb. abiyotik stres koşullarının yanında orobanş, mildiyö vb. biyotik streslerden de fazlaca etkilenmektedir. Bu nedenler ve son yıllarda artan küresel ısınma nedeniyle de, yeni geliştirilecek ayçiçeği hibritlerinin bu stres koşullarına dayanıklı olması mutlak gereklidir. Bunun yanında, hibrit ıslahında yüksek heterosis elde etmek için ebeveynlerin birbirine genetik uzaklıklarını bilmek son derece yüksek önem arz etmektedir. Ayçiçeği (Helianthus spp) cinsinin anavatanı Amerika olup, 37 çok yıllık ve 14 tek yıllık türden oluşmaktadır. Yabani ayçiçeği (Helianthus spp) türleri biyotik ve abiyotik stres koşullarına dayanıklı birçok gen kaynağına sahip olup, bu dayanıklılık genlerinin kültürü yapılan ayçiçeğine aktarılmasında sürekli bir dayanıklılık sağlanması için büyük önem arz etmektedir. Bu hedefler doğrultusunda çalışmanın amacı, ülkemiz koşullarında durumlarını belirlemek için yurt dışından getirilen 13 türe ait tek yıllık 70 yabani ayçiçeği (Helianthus spp.) elde edilmiş türünün çekirdek DNA içeriklerini flow sitometri ile belirleyerek, aksesyonların ploidi düzeylerini ortaya çıkarmaktır. Çalışmada genetik materyal olarak özellikle, başta orobanş olmak üzere, kuraklığa dayanıklılık ve ayçiçeğinde birçok hastalığa dayanıklı genlere sahip tek yıllık yabani ayçiçeği türleri seçilmiştir. Bu genetik materyallerde, daha sonra başta yüksek heterosis eldesi için ebeveynlerin seçimi olmak üzere, ayçiçeğinde yabanilerle yapılacak diğer çalışmalara temel olması amacıyla, Flow Sitometri yöntemiyle bu yabani türlerin DNA içerikleri ölçülerek ploidi düzeyleri belirlenmiştir. Araştırma verilerine göre; çekirdek DNA içerikleri arasında değişimlerin ayçiçeği türlerinin istatistiki olarak önemli olduğu saptanmıştır. Çalışmada elde edilen sonuçlara göre, kullanılan ayçiçeği türlerinin ortalama 2C çekirdek DNA içerikleri 6,2 pg/2C (H. neglectus ) ile 23,6 pg/2C (H. agrestis) arasında değişmektedir. Yapılan sitolojik incelemelerde kromozomları sayılan iki türün de 2n=2X=34 ile diploid oldukları görülmüştür. Çalışmada, doğru ve güvenilir bir yöntemle, dünyada ilk defa yabani ayçiçeği türlerin DNA içerikleri belirlenmiştir. Sonuç olarak, uygun olan yöntem florasan boya, standart ve örnek hazırlama tekniği kullanmak suretiyle, flow sitometri ile yapılmış çekirdek DNA analizi sonucu elde edilmiş çekirdek DNA bilgisi cinsin içerisinde yer alan türlerin taksonomik teşhisi, sınıflandırılması, ploidi analizi, genom yapı, ilişki ve evrimlerinin incelenmesi, ıslah programları ve türler arası melezlerde hibritlerin teşhisinde ve incelenmesinde yararlı olacağı saptanmıştır. Bunun yanında flow sitometri analizinin ıslah ve taksonomik çalışmalarda morfolojik gözlemlerde tespit edilmesi mümkün olmayan tür karışıklıklarının belirlenmesinde ve heterojen yapıda olanların tespitinde kullanılabileceği ortaya konulmuştur. Sunflower is the most important oil crop in Turkey. Because of being spring crop and dry cultivation, it is affected much by biotic stresses such as broomrape, mildew etc. as well as abiotic stress conditions such as drought in some years. Therefore, for these reasons and the increasing global warming recently, the new sunflower hybrids have to resistant to these stress conditions. In addition, it is extremely important to know the genetic distance of parents to obtain high heterosis in hybrid breeding. Sunflower genus (Helianthus spp) is originated to America, consists of 37 perennials and 14 annual species. Wild sunflower (Helianthus spp) species have many gene sources that are resistant to biotic and abiotic stress conditions, and these resistance genes are of great importance for providing continuous resistance to the cultivated sunflower. Based on these targets, the aim of the study is to determine the ploidy levels of accessories utilizing flow cytometry by measuring the core DNA contents of 70 wild sunflowers (Helianthus spp.) obtained from 13 annual species brought from abroad. In this study, annual wild sunflower species which have resistance to many diseases, broomrape and drought were selected as genetic material. In order to be the basis of other studies with wild animals in sunflower, especially the selection of parents for obtaining high heterosis in used genetic materials, ploidi levels of these wild species were determined by Flow Cytometry method. According to study data; the changes among the core DNA contents of sunflower species were found to be statistically significant. Based on the results obtained in the study, the average 2C core DNA contents of sunflower species ranged from 6.2 pg /2C (H. neglectus) to 23.6 pg /2C (H. agrestis). Cytological examinations revealed that these two species were diploid chromosomes with 2n = 2X = 34. The DNA contents of wild sunflowers were determined for the first time in the world by an accurate and reliable method in the study. Consequently, for taxonomic identification, classification, ploid analysis, genome structure, relationship and evolution of the species within the genus, nucleic DNA analysis obtained by flow cytometry using fluorescent dye, standard and sample preparation techniques could be useful for breeding programs and also examining and diagnosing of interspecific hybrids. Besides, it has been demonstrated that flow cytometry analysis could be used in breeding and taxonomic studies to identify mixed wild species that cannot be detected in morphological observations and to identify heterogeneous ones among them.

Dünya'da en sık görülen kalıtsal kan hastalıkları Hemoglobinopatiler iki ana gruba ayrılır; Talasemiler ve anormal hemoglobinler. Talasemiler hemoglobinin yapısında yer alan globin zincirin olması gerekenden az sentezlenmesi ya da hiç sentezlenememesi sonucu meydana gelen otozomal resesif hastalıklardır. Alfa globin zincirinde meydana gelen anomaliler sonucu Alfa Talasemi'ler ortaya çıkar. Türkiye'deα-globin Strip Assay yöntemi kullanılarak gerçekleştirilen birçok çalışmada en sık olarak α3,7 ve α4,2 tek gen delesyonlarına rastlandığı bildirilmiştir.Çalışmalarda Alfa Talasemi taşıyıcı sıklıları ve varyasyonların frekansları belirlenmiş, literatürde yerini almıştır. Fakat literatürde, Trakya popülasyonunda Alfa Talasemi taşıyıcı sıklığı ya da varyasyon frekansı ile ilgili veriler bulunmamaktadır.Bu çalışmada Trakya popülasyonunda yaşayan, alfa talasemi ön tanısına sahip, birbirleri ile akrabalık bağı bulunmayan, demir eksikliği anemisi ve Beta Talasemi yönünden dışlanmış, daha önce MLPA yöntemi ile çalışılan ve herhangi bir Alfa Talasemi mutasyonu saptanmayan olguların Strip Assay yöntemi ile Alfa Talasemi varyasyonlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada 59 olgunun 3'ünde MED çift gen delesyonu, 1'inde α ααanti3,7 gen triplikasyonu ve 1'inde α20,5 çift gen delesyonu tespit edilmiştir. Daha önce MLPA ile herhangi bir varyasyon saptanmayan 59 olgunun 5'inde, Strip Assay ile varyasyon saptanmıştır. Elde edilen veriler doğrultusunda, Alfa talasemi varyasyonlarının saptanmasında Strip Assayyöntemini, MLPA yöntemine %8,47 oranında katkıda bulunduğu tespit edilmiştir. Hemoglobinopathies are the most common hereditary blood diseases in the world. Hemoglobinopathies are divided into two groups; Thalassemias and abnormal hemoglobin. Thalassemias are autosomal recessive diseases that occur as a result of less expression or no synthesis of the globin chain in the hemoglobin structure. Alpha-thalassemia occurs as a result of anomalies in the alpha globin chain. In many studies carried out using α-globin strip assay method in Turkey, it has been reported most frequently encountered α3,7 and α4,2 single gene deletions. In the previous studies, frequencies of Alpha thalassemia carriers and the frequencies of variations have been determined and have taken place in the literature. However, in the literature, there is no data on the frequency of alpha thalassemia carriers or the frequency of variation in the Thrace population. The aim of this study was to determine Alpha Talasemia variations with Strip Assay method in Thracean patients, who had a diagnosis of alpha thalassemia, were not related to each other, excluded from anemia and Beta-thalassemia, also had previously been studied with MLPA method and did not have any Alpha Thalassemia mutation with this method. As a result 3 of the 59 cases had MED double gene deletion, 1 αααanti3,7 gene triplicationand 1 α20,5 double gene deletion.In 5 of 59 patients who could not detected any variation with MLPA, variation was determined by Strip Assay method.In terms of the data obtained, the Strip Assay method contributes 8,47% to the MLPA method for the detection of Alpha thalassemia variations. 98

Kronik Lenfositik Lösemi (KLL), yetişkinlerde en sık görülen lösemi tipidir. KLL'nin nedeni hala tam olarak bilinmemektedir. SF3B1 geninde p.K700E(rs559063155) varyasyonu ve MYD88 geninde ki p.L265P(rs387907272) varyasyonu KLL hastalığının kötü seyri ile ilişkilidir. SF3B1 ve MYD88 genlerinin KLL riski ile genetik ilişkisini incelemek için 58 KLL hastası ve 100 sağlıklı kontrol ile Real Time-PCR çalışması yapıldı. Çalışmamızda sadece bir hastada SF3B1 p.K700E varyasyonu gözlemlendi, MYD88 p.L265P varyasyonu gözlenmemiş olup tüm hasta ve sağlıklı kontrollerde wild type olduğu saptandı. Çalışmamızın sonucu, KLL hastalarının sayısının az olması nedeniyle istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is the most frequent leukemia in adults. The causes of CLL is still clearly unknown. p.K700E(rs559063155) mutation in SF3B1 gene and p.L265P(rs387907272) mutation in MYD88 gene have been associated with poor prognosis in CLL. To refine the genetic association SF3B1 and MYD88 genes with CLL risk, we conducted Real Time-PCR of in CLL 58 cases and 100 controls. In our study, SF3B1 p.K700E variation was observed in only one patient. No variation of MYD88 p.L265P was observed and wild type was detected in all patient and healthy controls. The results of our study were not statistically significant because of the small number of patients with CLL. 68

İnsektisitler, insan ve çevre sağlığını olumsuz yönde etkileyen zararlılarla mücadelede kullanılan kimyasal savaş etmenleridir. İnsektisitlere karşı direnç, pestisitlerin etkili dozunun ya da daha yüksek dozlarınının kullanılması sonucu hedef zararlı popülasyonunun genetik değişikliklerle kullanılan insektisite karşı duyarlılığında azalma oluşturarak tarım zararlıları, hastalık vektörleri ve halk sağlığı zararlılarıyla mücadeleyi zorlaştırmaktadır. Direnç gelişimi, entegre zararlı mücadele yönetimi stratejilerini olumsuz etkileyerek, dirençli böceklerle mücadelede daha fazla miktarlarda pestisit kullanımını gerektirmekte ve bu da su, toprak ve hava kirliliğine neden olmaktadır. Piretroid sınıfı, Deltamethrin ve Neonikotinoid insektisit sınıfından Thiamethoxam, çeşitli ev, çevre ve tarımsal zararlılara karşı yoğun olarak kullanılmakta olan insektisitlerdir. İnsektisit uygulaması yapılan zararlı böcek popülasyonlarının büyük bir kısmı birkaç gün içinde ölürken detoksifikasyon yeteneği geliştirebilen dirençli böcekler hayatta kalabilmektedir. Çalışmalar, zararlı böcek popülasyonlarının güçlü bir ilaç direnç mekanizması geliştirebildiğini göstermiş olmasına rağmen direnç mekanizmaları hala tam olarak anlaşılamamıştır. Bununla birlikte, yapılan çalışmalar insektisitlere uzun süreli ve tekrarlayan subletal dozlarda yaşam boyu maruziyetin çoklu ilaç direncinin gelişmesinde hücresel mikro çevrenin, transkripsiyonel düzenlemenin, metabolik aktivite ve bu gibi hücresel değişikliklerin bir cevap oluşturabileceğini göstermiştir. Son çalışmalar, böceklerdeki çoklu ilaç direnç mekanizmalarında Sitokrom P-450 Monooksijenaz, Glutatyon S-Transferaz enzimleri ve ABC (ATP bağlayıcı kaset) taşıyıcı proteinlerinin önemli bir rol oynadığını göstermiştir.Bu tezin amacı Deltamethrin ve Thiamethoxam'ın tekli ve kombine olarak uygulamalarının normal ve dirençli Drosophila melanogaster bireylerinde çoklu ilaç direncine neden olan moleküler mekanizmaları açıklamak ve pestisit uygulamalarının antioksidan, ısı şok proteinleri ve apoptoz gibi önemli hayati sinyal yolları üzerindeki etkilerini araştırmaktır. Bu kapsamda, her iki insektisitin dirençli ve normal Drosophila melanogaster bireylerinde çoklu ilaç direnci, böcek canlılığı, oksidatif stres, ısı şoku ve apoptozun tepkisini qRT-PCR analiz yöntemi ile, morfolojik analizler ise stereo mikroskop ile görüntülenerek analiz edilmiştir..Deltamethrin ve Thiamethoxam'ın tekli ve kombine olarak uygulamalarının multijenerasyonel sonucu olarak, Drosophila melanogaster dirençli bireylerinde kontrollere kıyasla LD50 seviyeleri Deltamethrin'de 1.92 kat, Thiamethoxam'da 9.2 kat ve Deltamethrin+Thiamethoam'da 2.4 kat artış oluştuğu belirlenmiştir. Sonuçlarımız, CYP6A2, GSTE1 ve SUR genlerinin LD50 dozlarındaki Deltamethrin ve Thimethoxamın tekli ve kombine olarak uygulamalarında Drosophila melanogaster erginlerinde gelişen çoklu ilaç direncinde, sırasıyla P450 detoksifikasyon mekanizması, S-transferaz ve ABC kaset protein pompalarını aktif hale geçirerek önemli bir rol oynadığını göstermiştir. İlave olarak, kontrollere kıyasla dirençli sineklerde güçlü antioksidan savunma sinyalleri, ısı şoku tepkisi ve apoptoz regülasyonu belirlenmiştir.Sonuç olarak, tez bulgularımızın Drosophila melanogaster sineklerinin çoklu ilaç direnci ve altında yatan moleküler mekanizmalarının daha derinden anlaşılması için temel teşkil edeceğini ve önemli zararlı böceklerde çoklu ilaç direnci konusunda daha ileri araştırmalar yapmak ve yeni ve etkili pestisit geliştirme stratejilerini geliştirmek için kullanılacağını düşündük. Insecticides are an indispensable pest control agents and well known environmental pollutant which is lethally affect several biological live form as well as human. Resistance to insecticides is a heritable genetic change in the sensitivity of a target insect population that is responses in the repeated failure of effective dose of pesticides, and is main reason in collapse of control strategies for insect pests, plant diseases vector and household insect pests. Resistance development, as it adversely affects the all pest management strategies, pesticides used in large amounts to control resistant widely insects lead to water, soil and air pollution. Deltamethrin is one of used synthetic pyretroid and Thiamethoxam, main member of neonicotinoids are intensively used against various household, environmental and agricultural pests. In this sprayed area, the vast majority of pest population die within a few days, but remain insects with detoxification capable can survive. Studies indicated that these pest populations can develop a strong drug resistance mechanism. And yet, the cause of this resistance-mechanism has not been clearly understood. However, the latest studies showed that as well as exposure to contact with insecticides, long-term treatments, and repetitive subletal doses of pesticide applications during a lifespan may change the conditions of cellular microenvironment, transcriptional regulation, metabolic activity and these alterations might create a cellular condition responsible for the development of multidrug resistance. Recent studies have shown that cytochrome P-450 monooxygenase, glutathione S-transferase enzymes and ABC (ATP binding cassette) carrier proteins play an important role in multiple drug resistance mechanisms in insects.The aim of this thesis to explain the possible molecular mechanisms by which single and combined application of Deltamethrin and Thiamethoxam results in multi drug resistance and to investigate the effects of pesticide applications on important vital signalling pathways such as antioxidant, heat shock proteins and apoptosis in both normal and drug resistance Drosophila melanogaster populations. We analysed the cellular and molecular effects of both insecticides on multidrug resistance, insect viability, oxidative stress, heat shock response, and induction of apoptosis in resistance and normal Drosophila melanogaster population using stereo microscope, morphometric analysis and qRT-PCR assays.As a result of multigeneration single and combined applications of Deltamethrin and Thiamethoxam, the LD50 level increased 1.92 fold for Deltamethrin, 9.2 fold for Thiamethoxam and 2.4 times for Deltamethrin + Thiamethoxam compared to their respective control of Drosophila flies. Our result indicated that the CYP6A2, GSTE1 and SUR genes played major role of multidrug resistance mechanisms to Deltamethrin and Thiamethoxam in Drosophila melanogaster flies via activating P450 detoxification pathway, cellular S-transferase and cassette protein pumps. Additionally, the strong antioxidant defence signals, heat shock response and regulation of apoptosis were clearly determined particularly in resistance flies compared to controls.In conclusion we thought that, our result will form the baseline for a deeper understanding of the multidrug resistance and underlying molecular mechanisms of Drosophila melanogaster flies and will be used to further studies on multidrug resistance in important insect pests and improve new and effective pesticide development strategies. 155

İnsana ait interlökin 7 (IL-7) immünolojide uzun süredir T hücreleri ve B hücreleri üzerindeki etkileri bilinen bir sitokindir. IL-7'nin B ve T hücresi proliferasyonu için gerekli olduğu ve IL-7'nin eksikliğinin immün sistem hücrelerinin gelişimin durmasına neden olduğu bilinmektedir. Ayrıca yapılan çalışmalar, IL-7'nin antijene spesifik T-hücre yanıtlarını uyarma veya arttırma kabiliyeti ve geniş sitotoksik aktiviteleri nedeniyle antitümör ve antiviral tedavi için in vitro kullanılabileceğini ortaya konmuştur. Ek olarak hematopoetik kök hücreleri mobilize etme kabiliyeti sayesinde, radyasyona maruz kalma, kemoterapi ve kemik iliği/kök hücre nakli sonrası T-hücre homeostazisinin rekonstrüksiyonuna önemli bir katkı sağladığı da gösterilmiştir. Bu araştırmalar sonucu IL-7'nin, T hücresi azalmış/tükenmiş hastalarda (kanser, kemik iliği nakli ve AIDS) umut verici bir potansiyele sahip olduğu ve bu hastalarda terapötik bir ajan olarak kullanılabileceğini ortaya koymuştur.Bu tez çalışmasında; IL-7'ye olan talep göz önüne alınarak IL7'nin Escherichia coli (E.coli) bakterisine klonlanması hedeflenmiştir. Bu amaçla; IL7'nin insan mononükleer beyaz kan hücrelerinden izolasyonu yapılmış ve iki farklı klonlama vektörü (pCR-BluntII-TOPO ve pJET 1.2/Blunt) kullanılmıştır. hIL7 DNA'sı yerleştirilmiş rekombinant vektörlerin, E. coli bakterisinin DH5α suşuna transformasyonu gerçekleştirilmiştir. Trasformasyon sonucu elde edilen olası transgenik bakteri kolonileri, moleküler analizlerle doğrulanmaya çalışılmış ve hIL7 taşıyan 3 adet E.coli bakteri kolonisi elde edilmiştir. Tez çalışması ile IL-7'nin bakteriyel sistemler tarafından rekombinant üretimi için gerekli ilk adımı oluşturulmuş ayrıca bilgi ve kaynak yaratılmak istenmiştir. Human interleukin 7 (IL-7) is a cytokine whose effects on T cells and B cells have long been known in immunology. It is known that IL-7 is necessary for B and T cell proliferation and that the deficiency of IL-7 causes the development of the immune system cells to halt. Furthermore, studies have shown that IL-7 can be used in vitro for antitumor and antiviral therapy because of its ability to stimulate or enhance antigen-specific T-cell responses and its broad cytotoxic activities. In addition, its ability to mobilize hematopoietic stem cells has been shown to make a significant contribution to the reconstruction of T-cell homeostasis after radiation exposure, chemotherapy and bone marrow/stem cell transplantation. These studies have shown that IL-7 has a promising potential in T-cell depleted/depleted patients (cancer, bone marrow transplantation and AIDS) and can be used as a therapeutic agent in these patients. In this thesis; in view of the demand for IL-7, it was aimed to clone the IL7 into Escherichia coli (E.coli). For this purpose; The IL7 was isolated from human mononuclear white blood cells and two different cloning vectors (pCR-BluntII-TOPO and pJET 1.2/Blunt) were used. Recombinant vectors with IL7 DNA insert were transformed into the DH5α strain of E. coli. Possible transgenic bacterial colonies obtained from the transformation were tried to be confirmed by molecular analysis and three E. coli bacterial colonies bearing the IL7 were obtained. In this thesis, the first step of IL-7 for recombinant production by bacterial systems was accomplished and intended for information and resource to create. 75

Bu çalışmada, birçok gıdalarımızda renklendirici olarak kullanılan ve Brilliant blue (E133) olarak bilinen mavi gıda boyası, laboratuvar ortamında Drosophila .melanogaster besiyerlerine eklenerek, boyanın bu sineklerdeki sitotoksik ve genotoksik etkisi araştırılmıştır. Çalışmanın ilk kısmında, mavi boya yüksek dozda (2gr/Lt) standart Drosophila besiyerlere eklenmiştir. Bu besiyerlerde yetiştirilen larva, pupa ve ergin sayıları kontrol gruplarıyla (Distile su ve hidrojen peroksit) karşılaştırılmıştır. Yavru sayıları karşılaştırılan gruplarda istatistiki testler anlamlı bir sonuç vermediğinden (P >0.05) mavi boyanın yavru veriminde herhangi negatif bir etki göstermediği görüşüne varılmıştır. Çalışmanın ikinci kısmında, mavi boyanın Drosophila melanogaster'deki genotoksik etkisi SMART (Somatik Mutasyon ve Rekombinasyon Testi) yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Larva aşamasında yoğun mavi boya ile muamele edilen besiyerlerden elde edilen ergin sineklerin kanatlarında mutasyon sonucu ortaya çıkan anormal beneklenmelerin sayıları, kontrol grubundaki sineklerin kanatlarındakilerden oldukça fazla olması (P 0.05) among the fly numbers in appropriate groups. Thus, it seemed that blue food colouring agent has no decreasing effect on the fly numbers.The second part of the work, the genotoxic effects of the blue colouring agent was examined using SMART (Somatic Mutation and Rekombination Test) technique on Drosophila melanogaster. The larvae were chronically fed in the mediums where blue colouring agent were experimentally applied. The results showed that this food additive has highly significant effects (P < 0.001) for inducing the number of mutant wing spots compared to control groups. Thus, it seemed that the blue food colouring is a highly mutagenic agent on Drosophila melanogaster offspring in the laboratory conditions. 72

Bu tez çalışmasında probiyotik bir bakteri olan Lactobacillus rhamnosus'un immobilize edilmesi, immobilizasyon şartlarının optimizasyonu, farklı koşullarda bakterilerin hayatta kalabilme yeteneklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Probiyotik bakterilerin immobilize edilmelerindeki en önemli nedenler; eklendiği gıdadaki canlı kaldığı süreyi uzatmak ve bağırsağa maksimum sayıda mikroorganizma geçebilmesini sağlayabilmektir. Lactobacillus rhamnosus'un immobilize edildiği bu çalışmada sodyum alginat, karragenan ve pektin farklı destek materyalleri olarak denenmiştir. İmmobilizasyonun optimize edilmesi çalışmalarında ise alginat ve CaCl2 yüzdesinin, yüklenen mikroorganizma sayısının etkileri araştırılmıştır. İmmobilizasyonda elde edilen boncuklarda tutulan canlı probiyotik mikroorganizma sayısını belirlemek üzere yapılacak çalışmalar için boncuk patlatma yöntemlerinin (vortex, stomacher, homojenizatör, çalkalamalı inkübatör) etkisi de araştırılmıştır. Ayrıca immobilize bakterinin çeşitli pH değerlerine duyarlılığı, mide asidi ve safraya direnci; serbest haldeki bakteriler kontrol olarak kullanılarak saptanmıştır.Yapılan deneyler sonucunda, en uygun destek materyalinin immobilizasyon etkinliği %89.76 olan sodyum alginat olduğu belirlernmiştir. Optimum parametreler bakteri sayısı 7.46 log CFU/g ile %2'lik alginat, bakteri sayısı 7.47 log CFU/g ile %3'lük CaCl2 ve %25'lik bakteri yüzdesi şeçilmiştir. Mikroorganizmaların boncuklardan çıkarılmasında en etkili yöntemin 7.46 log CFU/g koloni sayısı ile ultrasonik homojenizatör ile patlatma olduğu belirlenmiştir. Serbest haldeki bakterilerin mide asidi ve safra ile muamele edildikten sonra hiç üreyemedikleri, immobilize bakterilerin yapay mide suyunda %68.39, safra tuzunda %58.82 oranında hayatta kaldıkları gözlenmiştir. Sonuç olarak yapılan bu çalışma ile L.rhamnosus'un alginata immobilizasyonu yüksek etkinlik ile gerçekleştirilmiş, immobilizasyon koşulları optimize edilmiş ve immobilizasyonun bakterilerin hayatta kalabilirliği üzerine etkili olduğu saptanmıştır. In this study, it is aimed to immobilize probiotic bacteria Lactobacillus rhamnosus, to optimize immobilization conditions, to investigate the survival ability of bacteria under different conditions. The most important reasons for the immobilization of probiotic bacteria are extending the period of the food in which it is added and allowing the maximum number of microorganisms passing through the intestine.In this study in which Lactobacillus rhamnosus was immobilized, sodium alginate, carrageenan and pectin were tested as different supportive materials. In the optimization studies for immobilization, the impacts of percentage of alginate and CaCl2 and the number of microorganisms loaded were investigated. The effect of bead blasting methods (vortex, stomacher, homogenizer, shaking incubator) on the studies which determine the number of viable probiotic microorganisms retained in beads obtained from immobilization was investigated. In addition, susceptibility of immobilized bacteria to various pH values, resistance to gastric acid and bile were detected by using free bacteria as a control.As a result of the experiments, it was determined that the most suitable supportive material was sodium alginate which had an immobilization efficiency of 89.76%. The optimum parameters were found to be 2% alginate with 7.46 log CFU / g, 3% CaCl2 and 25% bacteria with 7.47 log CFU / g. The most effective method for removing microorganisms from beads was detonation with an ultrasonic homogenizer with a colony number of 7.46 log CFU / g. It was observed that free bacteria could not survived after treatment with gastric acid and bile, whereas immobilized bacteria survived 68.39% in artificial gastric juice and 58.82% in bile salt.As a result of this study, immobilization of L. rhamnosus by alginate was performed with high efficiency, the conditions of the immobilization were optimized and the immobilization was found to be effective on the viability of the bacteria. 81

Ayçiçeği ülkemizde en çok tercih edilen bitkisel yağ olması ve rotasyonda ana ürün olması nedeniyle Türkiye'nin en önemli yağ bitkilerinden biridir. Bununla birlikte, Türkiye'deki yağlı tohum üretimi, yerel tüketim için yeterli değildir ve bu boşluk, yağlı tohum veya ham yağ ithalatıyla yüksek maliyetle (örn; 2014 yılında 4,3 milyar $) tedarik edilmektedir. Bu sebeple ayçiçeği üretiminin artması, mevcut boşluğun azaltılması stratejik ve ekonomik açıdan hayati önem taşımaktadır. Ayçiçeği genelde kurak koşullarda ve yazlık ekilen bir bitkidir ve çevre koşullarından oldukça etkilenir. Ayçiçeği su temin edemediğinde kuraklık stresi yaşar. Kurak ve yarı kurak iklimlerde kök yapısı zorlanır, terleme hızı çok yüksek olur ve bu iki koşula sıklıkla rastlanır. Bu sebeple, ayçiçeğinde tane ve yağ verimini ve de kalitesini azaltan faktörleri belirlemek, stres koşullarında ayçiçeği verimini arttırmak için ve verime etki eden diğer özelliklerin stres faktörlerine karşı tepkilerinin anlaşılması açısından önemlidir. Ayrıca, çalışma sonuçları yetiştiricilere kuraklık stresine toleranslı yeni ayçiçeği hibritleri geliştirmeye yardımcı olacaktır. Araştırmada, Türkiye'deki en fazla ayçiçeği üretimi yapılan Trakya Bölgesi'nde iki ayrı lokasyonda kurulan verim denemelerinde kuraklık için bazı biyolojik ve morfolojik indeksler kullanılarak ayçiçeği hibritlerinde tohum verimi ve kalitesinin belirlenmesinde rol oynayan önemli faktörler değerlendirilmiştir.Elde edilen bulgulara göre tane verimi, yağ verimi, yağ oranı, bitki boyu, klorofil miktarı, yeşil ve kuru kök ağırlıkları, yaprak sayısı, yaprak alanı, hektolitre ağırlığı ve hibritlerin canavar otuna (Orobanche spp.) dayanıklılığı her iki lokasyonda da önemli bulunmuştur.Araştırmada iki lokasyonun ve iki farklı grupta yer alan ayçiçeği hibritlerinin ortalamalarına bakılarak en yüksek tane verimine; IMI herbisitlerine dayanıklı ayçiçeği hibritlerinden DT5234 CLP (260,1 kg/da) ve IMIO44A X IMI-NI (240,2 kg/da) hibritleri, en yüksek yağ oranına ise DT5234 CLP (%42,9) hibriti olarak belirlenmiştir. Klasik ayçiçeği hibritlerinde en yüksek tane verimi 9718 X RHA64DMR (194,5 kg/da) ve 1563 çeşidi (190,0 kg/da) hibritlerinde, en yüksek yağ oranı ise 9718 X RHA64DMR (%46,9) hibritinde ölçülmüştür.Trakya Bölgesi'nde kuraklık, hibritlerin tane ve yağ verimlerini etkilemiş olup, seçilmiş kuraklığa toleranslı çeşitler gelecekteki ıslah araştırmalarında toleranslı ayçiçeği hibritleri geliştirmek için kullanılabilir. 2017 yılında bir yıllık denemedeki performanslarına göre yapılan değerlendirmeler sonucunda ve verim sonuçlarına göre; IMI denemelerinde yer alan IMIO44A x IMI-NI ve DT5234 CLP aday hibriti ve klasik çeşitlerden 9718xRHA64DMR ve 1563 aday hibrilerinin değişik lokasyonlarda gelecek yıllarda da denenerek performanslarını tekrar test edilmesi gereklidir. Sunflower is the most important oil crop in Turkey because of that both being most preferable vegetable oil and also one the main crop in the rotation in many regions. However Turkish oilseed production is not enough for domestic consumption and this relevant gap is supplied by oilseed or crude oil imports with paying higher cost (4,3 billion $ at 2014). Therefore, the increasing of sunflower production and diminishing the current gap is vital in both strategical and economical aspects. Sunflower is a spring crop so it is highly influenced by environmental conditions. Plant coincides in drought stress when the water supply to roots were not enough and when the transpiration rate was higher generally in arid and semiarid environments. Therefore, to determine reducing factors of sunflower seed and oil yield and quality then understand the mechanism and their reaction to stress factors over other yield traits is so important to know for staying stable and increasing sunflower yield in that kind of conditions. Furthermore, the study results will help to breeders to develop new stress tolerant sunflower varieties. In the research, the important factors playing significant role on determining seed yield and quality in sunflower hybrids will be evaluated utilizing some biological and morphological indices for drought in yield trials conducted in two locations in Trakya Region which is the largest sunflower planting areas in Turkey. According to the findings, grain yield, oil yield, oil ratio, plant height, chlorophyll amount, green and dry root weights, number of leaves, leaf area, hectolitre weight and resistance of hybrid varieties to Monster Grass (Orobanche spp.) In both locations significant. According to the average of two locations and two different groups ofsunflower varieties in the study, the highest grain yield in IMI resistant sunflower DT5234 CLP (260.1 kg / da) and IMIO44A X IMI-NI (240.2 kg / da), the highest variety with oil content DT5234 CLP (42.9%) was determined. In classical sunflower hybrids, the highest grain yield was determined as 9718 X RHA64DMR (194.5 kg / da) and 1563 varieties (190.0 kg / da) with the highest oil content as 9718 X RHA64DMR (46.9%).Drought in the Thrace Region has affected the grain and oil yields of the hybrids, and selected drought tolerant varieties can be used to develop tolerant sunflower hybrids in future breeding research. As a result of the evaluations made in 2017 according to their performance in one year trial and according to the yield results; IMIO44A x IMI-NI and DT5234 CLP candidate hybrid and 9718 x RHA64DMR and 1563 candidate hybrid varieties which are included in IMI trials will be suitable for fuure studies in different. 90

Tez kapsamında, Edirne ilinde Holstein-Fresian Ruminant Hayvanlarda rasyondan kaynaklı ağır metal stresinin kan dokusunda genotoksik etkileri araştırılmıştır. Rasyon şu an için hayvan yetiştiriciliğinde, oldukça büyük bütçeler harcanarak oluşturulan çalışmaların ve bunun yanında güncel bilimsel verilerin, hayvanların fizyolojik özellikleri ile birleştirilerek oluşturulan özel bir besleme ürünüdür. Ancak yapılan onca çalışmaya rağmen, rasyon önemli ölçüde doğada yetişen yem bitkisi ürünlerine bağımlıdır. Bu sebeple günümüzde insanlığı tehdit eden en büyük sağlık problemi olan çevre kirliliğinden önemli düzeyde etkilenmektedir. Çevre kirliliği toprak, hava, su temel bileşenleri, sonrasında birincil etkilenen grup yem bitkileri, bir sonraki aşama, bu bitkilerle beslenen birincil tüketiciler son olarak son tüketici ekseninde incelenmesi gereken bir konudur. Bu sebeple tez kapsamında ağır metal döngüsünün bu 3 kaynağına da vurgu yapılmıştır. Bu tezin amacı Edirne bölgesinde ağır metallere maruz kalmış Holstein-Fresian ırkı sığırlarda ortaya çıkabilecek antioksidanlardan sorumlu [Mn-SOD, Katalaz(CAT) ve glutatyon sentataz (GS)] ve HSP genleri gen ekspresyonlarını araştırmak ve RAPD (rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA) yöntemiyle toplam DNA üzerine ağır metallerin genotoksik etkilerini değerlendirmektir. Tez kapsamında Edirne bölgesinde yapılan rasyonlarda tüm element içerikleri analiz ettirilmiştir. Analiz edilen rasyonların hemen tümünde düşük ya da yüksek düzeyde bir ağır metal kalıntısı belirlenmiştir. Çalışmamızda kullandığımız ve ekosistemde ikincil tüketici olan Holstein-Fresian Ruminant hayvanlarda metal birikimlerinin bölgelere göre farklılık gösterdiği, genellikle en fazla birikimin tarımsal faaliyetlerin yoğun olarak yapıldığı alanlarda oluştuğu gözlemlenmiştir. Tez çalışmasında kan örneklemesi yapılan hayvanlarda ağır metal miktarları analiz edilmiş ve kanda taşıdığı ağır metal miktarlarına göre hayvanlar 3 farklı gruba ayrılmıştır. Düşük-orta ve yüksek düzey olarak belirlenen bu hayvanlar, diğer çalışmalarda toksik düzey olarak gösterilen ağır metal birikimleri kullanılarak gruplanmışlardır. Yapılan gruplama sonunda genomik ve proteomik analizler gerçekleştirilmiştir.Sonuç olarak tez bulgularımız, Edirne Bölgesi ruminantlarında, henüz akut bir tehlike yaratacak düzeyde bir ağır metal kirliliğinin oluşmadığını, ancak farklı bölgelerde yapılan yoğun tarımsal faaliyetler ve diğer antropojenik etkiler sebebiyle bu bölgelerde yaşayan hayvanlarda ağır metal birikiminin ve bu birikimin sebebp olduğu genotoksitenin dikkat çekici boyuta ulaştığını göstermektedir. Bu sebeple özellikle yem bitkilerinin temiz alanlarda yetiştirilmesine dikkat edilmesi, yem analizlerinde özellikle ağır metal pestisit gibi, bölgede yüksek risk taşıyan kirleticilerinde takip edilmesinin önemli olduğu düşünülmektedir In this work, genotoxic effects of heavy metal stress in the diet of Holstein-Fresian ruminants were investigated in the province of Edirne. The ration is a special feed that combines the latest scientific data with the physiological characteristics of the animals. Despite all studies, the ration is heavily dependent on naturally grown forage crops. For this reason, ration is severely affected by pollution, which is today the biggest health problem for humanity. Pollution is the main constituent of soil, air, water, then the primary concern group of forage crops, and the next stage is the primary consumers fed by these crops, finally an issue to be explored on the latest consumer's axis. For this reason, these three sources of the heavy metal cycle are highlighted in this work. We suggest that more attention should be given to investigating the genotoxic effects of environmental pollutants. The aims of the present thesis will be to investigate the responses of Holstein-Fresian ruminants upon exposure to a heavy metals with reference to changes in antioxidant-responsible gene expression [Mn-superoxide dismutase (Mn-SOD), catalase (CAT), and glutathione synthetase (GS)] and HSPs family genes and to assess the genotoxic effects of a heavy metals on total DNA with random amplified polymorphic DNA (RAPD) assay in Edirne province. We analyzed all elemental content in rations in the Edirne region. We found that in almost whole ration contain low or high levels of heavy metal residues.In our study, it has been observed that metal enrichment in Holstein-Fresian ruminants, which are the secondary consumers in the ecosystem, varies by region and, in general, the greatest heavy metal accumulation occurs in areas with intensive agricultural activities. In this study, amount of heavy metals in whole blood samples were analyzed and the animals were divided into 3 different groups according to the amount of heavy metals in blood. These animals identified as low-medium and high-grade, were grouped using heavy metal accumulation level that have been shown to be toxic in other studies. At the end of the grouping process, genomic and proteomic analyzes were performed.In conclusion, our results indicate that there is no acute risk of heavy metal contamination in ruminants in the Edirne region, but that the heavy metal accumulation and genotoxicity caused by this accumulation in animals in these regions has reached a notable level due to intense stress on agricultural activities and other anthropogenic effects in different regions shows. For this reason, it is important to consider the cultivation of fodder crops in clean areas. And also in feed analysis, is important to monitor high risk pollutants in the region, especially heavy metal pesticides. 80

daha sonra doldurulacaktır daha sonra doldurulacaktır 0

Otizm spektrum bozukluğu; sosyal etkileşimde bozulma, sözel ve sözel olmayan iletişimde anormallik, ilgi ve etkinliklerde sınırlılık, kısıtlı ve tekrarlayıcı davranışlarla karakterize ve erken çocukluk döneminde belirtilerin ortaya çıktığı nöro-gelişimsel bir bozukluk ve özel eğitim kategorisidir. OSB'nin etiyolojisi henüz aydınlatılamamıştır. Çevresel toksinlere maruziyet, ailesel faktörler, immün sistemdeki bozukluklar hastalığın gelişiminde rol oynayan faktörler olarak öne sürülmektedir. Ancak bu etkenler arasında ağırlıklı rolü genetik etmenlerin oynadığı düşünülmektedir. Hastalığın etiyopatogenezinde rol alabileceği düşünülen bir gen araştırılacaktır. Otizm spektrum bozukluğu ile ilgili olarak yapılan tüm gen analiz çalışmalarında POGZ (pogo transposable element with zing finger domain) geni dikkat çekmektedir. POGZ'nin nükleus içerisindeki fonksiyonu tam olarak bilinmemesine rağmen heterokromatin yapılanmasında ve mitotik süreç içerisindeki kromozomal ayrım mekanizmalarında etkili olduğu bilinmektedir. Bu gen varyantlarının otizm spektrum bozukluğunun oluşumunda etkili olup olmadığının araştırılması amaçlanmaktadır. Autism spectrum disorder (ASD) is a neurodevelopmental disorder with unknown ethiology that is characterized by impaired social interaction, poor verbal and nonverbal communication, abnormal sensitivity to sensory stimuli, stereotypic/repetitive and self-injurious behaviors. Recent studies demonstrated that the etiology of autism includes both genetic and environmental components. Several large scale genetic studies as meta-analysis that shown some single nucleotide variations, copy-number variations and de novo mutations are risk factors for ASD. The aim of this thesis is investigating the relationship between POGZ gene variants and the ASD. This gene is previously suggested with meta-analysis studies. In this study, POGZ gene variants will be determined with next generation sequencing and will be compared with age and gender matched healthy controls. 50

Bu çalışma 2018 yılında bazı çerezlik kabak hat ve hibritlerinde heterosis ile Genel ve Özel Kombinasyon kabiliyetlerini araştırmak amacıyla yürütülmüştür. Heterosis çalışması için 20 F1 hibrit ve bu hibritlerin ebeveynleri, Genel ve Özel Kombinasyon kabiliyetleri ile ilgili çalışmada ise 10 kendilenmiş hat kullanılmıştır. Araştırmada her parsele 14 bitki ekilmiş ve her parselden üçer bitkide gözlem alınmıştır. Heterosisle ilgili çalışmada en yüksek heterosis oranları; yaprak uzunluğu % 44.71, yaprak genişliği % 34.46, kol uzunluğu % -36.68, meyve uzunluğu % 29.98, meyve eni % 24.14, meyve et kalınlığı % -21.21, meyve çapı % 24.14, meyve başına tohum sayısı %124.46, meyve başına tohum verimi % 185.1, 1000 tohum ağırlığı % 51.76, tohum uzunluğu % 34.69, tohum eni % 21.87 olarak; heterobeltiosis oranları ise; yaprak uzunluğu % 41.32, yaprak genişliği % 27.74, kol uzunluğu % -63.93, meyve uzunluğu % 13.48, meyve eni % 14.79, meyve et kalınlığı % -26.83, meyve çapı % 14.80, meyve başına tohum sayısı % 87.23, meyve başına tohum verimi % 168.45, 1000 tohum ağırlığı % 49.68, tohum uzunluğu % 27.59 ve tohum eni % 19.66 olarak gözlemlenmiştir. Yapılan kombinasyon kabiliyeti analizinde; yaprak uzunluğu, kol uzunluğu, meyve uzunluğu, meyve genişliği, meyve et kalınlığı, meyve başına tohum sayısı, 1000 dane ağırlığı, tohum eni ve tohum uzunluğu bakımından Genel Kombinasyon kabiliyeti en yüksek hat TGK-9 olurken, yaprak genişliği bakımından TGK-3, meyve çapı bakımından TGK-7, meyve başına tohum verimi bakımından TGK-8 en yüksek Genel Kombinasyon Kabiliyetine sahip olmuşlardır. Özel kombinasyon kabiliyetine bakıldığında ise, yaprak uzunluğu, yaprak genişliği, meyve uzunluğu, meyve et kalınlığı, meyve çapı ve 1000 dane ağırlığında TGK-3xTGK-5 melezi; kol uzunluğu, meyve genişliği, meyve başına tohum sayısı ve tohum eninde TGK-1xTGK-13 melezi; meyve başına tohum verimi ve tohum uzunluğunda ise TGK-1xTGK12 melezi en yüksek ÖKK sahip olmuştur. This study was carried out to investigate heterosis and combining ability of confectionary pumpkin (Cucurbita pepo l.) inbred lines and their F1 hybrids for agronomic and quality characteristics. 20 F1 hybrids and their parents were used to investigate heterosis, while 10 inbred lines were used to investigate General and Specific Combining ability. The highest heterosis were for leaf length 44.71 %, leaf width 34.46 %, branching length -36.68 %, fruit length 29.98 %, fruit width 24.52 %, flesh thickness -21.21 %, fruit diameter 24.14 %, number of seeds per fruit with 124.46 %, seed weight per fruit with 185.1 %, 1000 kernel weight 51.76%, seed length 34.69% and seed width 21.87%. The highest heterobeltiosis; leaf length 41.32 %, leaf width 27.74 %, branching length -63.93 %, fruit length 13.48 %, fruit width 14.79 %, flesh thickness -26.83 %, fruit diameter 7.89 %, number of seeds per fruit with 87.33 %, seed yield per fruit 168.45 %, 1000 kernel weight 49.68 %, seed length 27.59 % and seed width 19.66 %. At the combining study TGK-9 inbred line had the highest General Combining ability for leaf length, branching length, fruit length, fruit width, flesh thickness, number of seeds per fruit with, 1000 kernel weight, seed length and seed width. For leaf width TGK-3 and fruit diameter TGK-7 had the highest General Combiningh ability, while TGK-8 had the highest Combining ability at the seed yield per fruit. The highest special combining ability for leaf length, leaf width, fruit length, flesh thickness, fruit diameter and 1000 kernel weight TGK-3xTGK-5 hybrids. For branching length, fruit width, number of seeds per fruit with and seed width TGK-1xTGK-13 hybrids the highest special combining ability, while TGK-1xTGK-12 hybrids the highest special combining ability seed yield per fruit and seed length. 85

Sığır etlerinin, tüketicilerin istediği ölçüde kaliteli olmaması önemli bir sorundur. Bu sorun, çevre koşullarının yanı sıra hayvanın genotipi ile yakından ilişkilidir. Etin kalitesinin belirlenmesinde etkili olan en önemli özellikler etin gevrekliği ve etin mozaikleşmesidir. Et kalitesi üzerine çeşitli genetik çalışmalar yapılmış ve tek nükleotid polimorfizmi ile (SNP) doğrusal korelasyon ilişkileri saptanmıştır. Leptin (LEP) ile Tiroglobulin (TG) geni; mozaikleşme, sırt yağ kalınlığı, et tekstürü, et verimi ve et kalitesi ile ilişkilidir. Edirne'deki besi işletmelerinden 100 baş Türk Holstein sığır örneğinde LEP ile TG genlerinde çalışılmıştır. `Polimeraz Zincir Reaksiyonu–Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (PCR-RFLP)` metodu ile LEP geni 2. Ekzon da iki (E2JW, E2FB) ve TG geni 5' Promotor bölgesinde bir (TG5) SNP markörü incelenmiştir. Çalışmamızda genotiplendirme `Gelişmiş Analitik Fragman Analizörü Kılcal (Kapiller) Elektroforezi` metoduyla yapılmıştır. Et kalitesini belirlemede etkili olan bu üç markörle, mozaikleşme, renk analizi, pH ve etin gevrekliği ile ilgili SNP allelleri belirlenmiştir. Türk Holstein sığırlarında LEP E2JW'de 3 farklı genotip, LEP E2FB'de ise 2 farklı genotip gözlenmiştir. TG geni monomorfik bulunmuştur. Türk Holstein sığırının LEP ve TG geninde 3 SNP bakımından genetik karakterizasyonu belirlenmiştir. LEP E2JW'deki AA, AT ve TT genotipli sığırların frekansları sırasıyla 0,56, 0,38 ve 0,06 olarak gözlenmiştir. LEP E2FB'de CT ve TT genotipinde sığırlar gözlenmiştir ve frekansları sırasıyla 0,94 ve 0,06 olarak belirlenmiştir. TG5 (C422T) 'de CC genotipli sığırların frekansı 1 olarak bulunmuştur. LEP E2JW'deki A ve T allel gen frekansları sırasıyla 0,75 ve 0,25 olarak gözlenmiştir. LEP E2FB'de C ve T allel gen frekansları sırasıyla 0,47 ve 0,53 olarak belirlenmiştir. Türk Hostein ırkında LEP E2JW lokusunda pişmiş et rengi parlaklığı (L*) bakımından AA, AT ve TT genotipindeki sığır etlerinde istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilmiş olup farklar önemli bulunmuştur (p0,05). Türk Holstein sığırların CA, SKA ve MS ile LEP E2JW, E2FB ve TG5 markör genotipleri arasında olumlu bir ilişki kurulamamıştır (p>0,05). Yine TG TG5 lokusunda da L* a* b*, SF ve pH ile Türk Holstein sığırlarının genotipleri arasında olumlu bir ilişki kurulamamıştır. Sonuç olarak; Türk Holstein sığırlarında et gevrekliği için LEP E2JW lokusu T allelinin diğer araştırmacıların aksine olumlu etkisinin olmadığı anlaşılmış ve MDS çalışmalarına A allelinin olumlu katkısı olacağı söylenebilir. TG5/LEP E2JW/E2FB markör lokusları bakımından sırasıyla CC/AA/CT veya CC/AT/CT genotipindeki Türk Holstein sığırların daha kaliteli et ürettiği belirlenmiştir. Yıl: 2019Sayfa Sayısı: 144Anahtar Kelimeler: LEP geni, TG geni, SNP, Et kalitesi, Mozaikleşme, Tekstür, Renk, pH, Türk Holstein SığırDoctorate's Thesis It is an important problem that beef does not have enough quality that consumers request want. This problem is closely related to the animal's genotype as well as to environmental conditions. The most important characteristics that are effective in determining the quality of meat are the tenderness of meat and the mosaicization of the meat. Various genetic studies on meat quality were made and linear correlation correlations with single nucleotide polymorphisms (SNP) were determined. Leptin (LEP) and the thyroglobulin (TG) gene; is associated with mosaicization, back fat thickness, meat texture, meat yield and meat quality. LEP and TG genes of cattle were investigated in 100 head of Turkish Holstein in the beef feedlots of Edirne. Two SNP markers (E2JW and E2FB) in exon 2 of the leptin gene and one SNP marker (TG5) in 5' promoter region of TG gene were investigated with 'Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP)' method. In our study, genotyping was performed by `Advance Analytical Fragment Analyzer Capillary Electrophoresis` method. The SNP alleles with regard to marbling, colour analysis, pH and tenderness of the meat were determined with these three markers which are effective on detecting quality of the meat. Three different genotypes in LEP E2JW and 2 different genotypes in LEP E2FB were observed Turkish Holstein cattle. TG5 (C422T) was found monoforphic. Genetic characterization of 3 SNPs in LEP and TG gene of Turkish Holstein cattle were determined. The frequencies of AA, AT and TT genotyped cattle in LEP E2JW were observed as 0,56, 0,38 and 0,06, respectively. CT and TT genotypes were observed in LEP E2FB and their frequencies were determined as 0,94 and 0,06, respectively. The frequencies of CC genotyped cattle were found in TG5 (C422T) as 1. The frequencies of A and T alleles in LEP E2JW were observed as 0,75 ve 0,25, respectively. The frequencies of C and T alleles in LEP E2FB were determined as 0,47 and 0,53, respectively. In the LEP E2JW loci of the Turkish Holstein breed, with regard to cooked meat color brightness(L*) statistically significant correlation was found in the beef with AA, AT and TT genotype (p0,05). There was no positive relationship between CA, SKA and MS of Turkish Holstein cattle and LEP E2JW, E2FB and TG5 marker genotypes (p>0,05). Again, in the TG TG5 loci there was no positive relationship between L*a*b*, SF and pH and genotypes of Turkish Holstein cattle.Concequently; It was understood that the T allele of the LEP E2JW loci for meat texture in Turkish Holstein cattle has no positive effect as opposed to other researchers and it can be said that the A allele will contribute to the MDS studies. It has been identified that Turkish Holstein cattles with the CC/AA/CT or CC/AT/CT genotypes produce higher quality meat for TG5 / LEP E2JW / E2FB marker loci.Year: 2019Number of page: 144Keywords: LEP gene, TG gene, SNP, Meat quality, Marbling, Tenderness, Colour, pH, Holstein Cattle 166

Ağır metaller en yaygın kirletici maddeler olup, özgül ağırlıkları 5 g cm-3 den fazla olan maddelerdir. İnsanların ağır metallere maruziyeti en fazla ağır metal içeren yiyecek ve suların tüketimi ile olmaktadır. İçme suyu ile alınan metaller vücutta genotoksisite ve çeşitli hastalıklara neden olabilmektedir. Bu nedenle insani tüketim amaçlı kullanılan sularda izin verilen ağır metal limitleri yasa ve yönetmeliklerle belirlenmiştir. Çalışmamızda insan sağlıklı aorta düz kas hücrelerinde (TG-HA-VSMC) içme sularında izin verilen limitlerde metal karışımı (Cu, Zn, Pb ve Fe) uygulamalarının etkilerinin moleküler düzeyde belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla hücrelere içme sularında izin verilen konsantrasyon ve 10 kat yüksek konsantrasyonda metal karışımı 24 ve 48 saat süre ile uygulandı ve antioksidan enzimler, ısı şok proteinleri ve apoptoz yolak genlerinin ifadeleri ile DNA polimorfizmi belirlendi. Çalışma sonucunda ağır metal karışımına maruz kalan hücrelerde DNA polimorfizminin arttığı, antioksidan enzim gen ifadelerinin ve apoptotik hücre oranı ile birlikte apoptoz yolak genlerinin ifadelerinde artışın olduğu saptandı. Sonuç olarak, içme sularında izin verilen limitlerde ağır metal karışımının aorta düz kas hücrelerinde oksidatif stres, genotoksisite ve apoptoza neden olduğu belirlendi. Vasküler düz kas hücrelerinde apoptozun arteroskleroz, hipertansiyon gibi hastalıkların patofizyolojisinde rol oynadığı göz önünde bulundurulduğunda bu limitlerin daha kapsamlı çalışmalarda araştırılarak değerlendirilmesi gerektiği düşünüldü. Heavy metals are the most common pollutants with specific gravity greater than 5 g cm-3. Exposure of people to heavy metals is mostly caused by the consumption of food and water containing heavy metals. Metals taken with drinking water can cause genotoxicity and various diseases in the body. For this reason, the permissible heavy metal limits in water used for human consumption have been determined by laws and regulations. In our study, it was aimed to determine the effects of metal mixture (Cu, Zn, Pb and Fe) application at the limits allowed in drinking water of human healthy aorta smooth muscle cells (TG-HA-VSMC) at the molecular level. For this purpose, the mixture of metal in the drinking water and the ten fold higher concentration in the drinking water was applied for 24 and 48 hours and DNA polymorphism was detected with the expressions of antioxidant enzymes, heat shock proteins and apoptosis pathway genes. At the end of the research it was stated that the expression of DNA polymorphism, antioxidant enzyme gene expression and apoptotic cell ratio as well as apoptosis pathway genes were increased in cells exposed to heavy metal mixture. As a result, it was determined that heavy metal mixture caused oxidative stress, genotoxicity and apoptosis in aorta smooth muscle cells at the limits allowed in drinking water. Considering that it played a role in the pathophysiology of diseases such as apoptosis arthrosclerosis and hypertension in vascular smooth muscle cells, it was thought that these limits should be investigated and evaluated in more comprehensive studies. 99

Ülkemizde sürdürülebilir çeltik üretimi, üretici ve tüketicilerin beklentilerine uygun yeni çeşitlerin geliştirilmesi için mevcut yerel çeşitlerde genetik kimliklendirme ve agronomik karakterizasyona gereksinim vardır. Oysa günümüzde yerel çeşitlerin agronomik ve moleküler karakterizasyonu ve birbirleri ile olan genetik ilişkileri yeterli düzeyde araştırılmamıştır. Bu çalışmada; Türkiye'deki yerel çeltik çeşitlerinde hem agronomik karakterizasyon hem de moleküler karakterizasyon yapılarak çeşitlerin tanımlanması hedeflenmiştir. Yerel çeşitlerin karakterizasyonunda ABD gen bankaları ve Türkiye'den temin edilen 147 yerel çeltik çeşidi materyal olarak kullanılmıştır. Agronomik karakterizasyon için Uluslararası Yeni Çeşitleri Koruma Birliği'nin (UPOV) belirlediği standart gözlem skalaları kullanılmıştır. Bu skalaya uygun olarak gerçekleştirilen çalışmalar sonucunda belirlenen örneklerin en fazla frekansta aldığı morfolojik özellikler; %52'si yeşil yaprak rengi, %45'i olgunlaşma gün sayısı, %37'si çok yüksek bindane ağırlığı, %56'sı çok geniş çeltik dane genişliği ve %43'ü uzun kavuzsuz tane uzunluğu olmuştur. Morfolojik karakterizasyonda çeşit tanımlamada en önemli özelliklerden olan salkım fotoğrafı, tane ve kavuzsuz tane fotoğrafları çekilerek araştırma sonucunda hem tez hem de proje raporuna katalog şeklinde sunulmuştur. Moleküler karakterizasyon kapsamında; ön çalışmalar sonucu belirlenen polimorfizm oranı yüksek 13 SSR markırı DNA profilleme amaçlı kullanılmıştır. SSR lokusları PCR ile çoğaltılarak kapiller elektroforez sisteminde analiz edilmiştir. Çalışma sonucunda 3 SSR markırı efektif bulunmamış ve değerlendirmeler 10 SSR lokusu açısından gerçekleştirilmiş, 147 çeşitte toplam 105 allel elde edilmiştir. Kullanılan SSR'lar arasında en çok allel (20) RM552 markırında görülmüştür. RM259 markırı ise 16 allel ile oldukça yüksek polimorfizm gösteren diğer SSR markırıdır ve ortalama allel sayısı ise 10,5'tir. Allel frekansları ve bireyler arasındaki genetik benzerlik/uzaklık değerleri GenAlex 6.5 programı kullanılarak hesaplanmıştır. Ayrıca bazı çeşitlerde çeşide özgü alleler belirlenmiştir. Bütün lokuslar ele alındığında çalışmadan elde edilen sonuçlar tohumluk safiyet testleri, ıslah programları ve çeşit geliştirilmesinde kullanılabilecek niteliktedir. For sustainable rice production in our country, it is very important to develop new varieties suitable for producers and consumers' expectations. For this reason, genetic identification and agronomic characterization are needed in existing local varieties. To this day, agronomic and molecular characterization was carried out in small collections by various working groups. However, such a study has not been done in a large group of materials that would almost cover all varieties in our country. In this study, both agronomic and molecular characterization were performed in 147 local rice cultivars and their genetic similarities / distances were identified.147 local rice varieties that were obtained from Turkey and USA gene banks, were used as material for characterization studies. Standard observational scales established by the Union for the Conservation of New Varieties (UPOV) were used for agronomic characterization. As a results of the studies which were carried out in accordance with this scale, obtained morphological characteristics are; 52% green leaf color, 45% ripening days, 37% very high grab weight, 56% very large rice paddy width and 43% length of long graze. The photographs of grape-shaped, grained and unguarded grains which are most important features in the definition of varieties morphologic ally characterisation were presented in catalog form at the end of thesis as a attachment.For molecular characterization studies, first of all genomic DNAs were isolated from leaf samples of each individual. According to the the preliminary studies, high polymorphic 13 SSR markers were used for DNA profiling. The SSR loci were amplified by PCR and analyzed in capillary electrophoresis system. As a result of the study, 3 SSR markers were found to be unsuccessful and eliminated. The evaluations were carried out for 10 SSR loci. With these SSR markers, a total of 105 alleles in 147 varieties were obtained. Among the used SSRs, most allelic variations were observed in RM552 with 20 allelles, RM259 with 16 allelles. Average allel number was found as 10.5 for 10 SSR loci. Allel frequency and genetic distance/identity between individuals were calculated by GenAlex 6.5 programeIn addition some markers have been observed only in certain varieties and have been designated as variety-specific alleles.The results obtained from this study can be used effectively in the rice diversity analysis, seed purity tests, breeding programs and variety development. 196

İmmün Trombositopenik Purpura (İTP), trombositlere karşı oluşan otoantikorlar nedeniyle trombositlerin parçalanması ve ortadan kaldırılması sonucu trombositopeni gelişmesi ile karakterize edinsel bir hastalıktır. İTP hastalığının otoimmün mekanizmalar sonucu geliştiği bilinmesine rağmen hastalığın kesin sebebi henüz tam olarak bilinmemektedir. Trombositler kanama bölgesinde bir tıkaç oluşturarak kanamanın engellenmesinde rol oynamaktadırlar. Kanama olan bölgelerde birbirine yapışarak fizyolojik bir tıkaç oluştururlar. İTP çocuklarda çoğunlukla bir enfeksiyon hastalığı ya da aşı uygulaması sonrasında aniden ortaya çıkmakta, kısa sürede kendiliğinden iyileşmektedir. Fakat yetişkinlerde İTP genelde kronik bir hastalık şeklinde ortaya çıkmaktadır. Bu sebeple yetişkin ve çocuk hastalarda hastalığın tedavisi farklılıklar göstermektedir. Günümüz şartlarında İTP tanısını kesinleştirecek bir laboratuar testi mevcut değildir. İTP tanısı ilk olarak diğer trombosit düşüklüğüne neden olan faktörlerin dışlanması ile konmaktadır. İTP hastaları ile sağlıklı kontroller arasında yapılan karşılaştırmalarda T hücreleri ve sitokin profillerini içeren birçok immün parametrede farklılıklar olduğu bildirilmiştir. İTP hastalarında kontrollere göre T ve NK hücre sayılarında artış gözlenmezken, hücre aktivitesinde ve fonksiyonlarında azalma olduğu bildirilmiştir. T ve NK hücrelerindeki aktivite azalması, B hücreden otoantikor yapımının tetiklenmesine neden olabilir. Çünkü T hücrelerinin B hücre fonksiyonları üzerinde düzenleyici etkiye sahip olduğu özellikle antikor yapım mekanizmaları üzerinde rolü olduğu bilinmektedir. T hücre reseptörü sinyal yolaklarından kaynaklanan aksaklıkların İTP patogenezindeki yeri henüz tam olarak açığa çıkartılmamıştır. Bu bağlamda yapılacak çalışmalar İTP patogenezinin açığa çıkartılmasına katkıda bulunacaktır. Bu tez çalışmasında T hücre reseptörünün antijenine bağlandığında hücre içine sinyal iletimi yapan CD3 zeta zinciri genindeki polimorfizmler araştırılacaktır. Bu gen üzerinde bulunan bu polimorfizmlerin romatoid artrit ve sistemik lupus eritematozus gibi otoimmün hastalıkların patogenezine katkısı olabileceği yapılan çalışmalar ile ileri sürülmüştür. İTP gelişimine otoantikorlar sebebiyle trombosit yıkımı neden olmaktadır, bu nedenle otoimmün bir hastalık olarak kabul edilmektedir. Otoimmün hastalık temelindeki otoantikor yapım süreçleri T hücre sinyal iletisindeki bozukluklar nedeniyle olabilir. Çalışma kapsamında 55 İTP’ li, 53 sağlıklı kontrol grubu olmak üzere toplam 108 gönüllüden kan alınmıştır. Grupların DNA izolasyon işlemleri QIAGEN EZ1 Advanced XL (Seri No: L122A1010) DNA izolasyon cihazında yapılmıştır. RealTime PCR analizleri ise AB Applied Biosystems PCR cihazında yapılmıştır (Seri No: 2720010807). Test analizleri IBM istatistik programında yapılmış olup çalışma yaptığımız gruplar arasında rs858554 ve rs 704848 polimorfizmleri için İTP patogenezi açısından anlamlı bir fark bulunamamıştır. Çalışma kapsamında sağlıklı kontrol grupları ile İTP hastalarından elde edilen veriler karşılaştırılmış ve incelenen polimorfizmlerin hastalığın patogenezine doğrudan katkısının olmadığı tespit edilmiştir. Immune (idiopathic) Thrombocytopenic Purpura (ITP) is an acquired disorder characterized by thrombocytopenia due to destruction and removal of platelets caused by antiplatelet autoantibodies. Although it is known that ITP develops by autoimmune mechanisms, the precise cause of the disease is not fully known yet. Platelets play an essential role to stop bleeding. They form a plug by sticking each other in the bleeding areas. ITP usually occurs acutely in children after an infection or vaccination and tends to recover spontaneously in a short time. Whereas ITP is usually a chronic disease in adults. Therefore treatment approaches differ in adults and children. Currently, there is no laboratory test to confirm the diagnosis of ITP. The diagnosis of ITP is primarily based on the exclusion of other causes of thrombocytopenia. Comparisons between ITP patients and healthy controls have reported differences in many immunological parameters including T cells and cytokine profiles. It has been reported that there is no increase in number of T and NK cell, but there is a decrease in cell activity and function in ITP patients compared with controls. Decreased activity in T and NK cells may trigger production of autoantibodies by B cells. Because it is known that T cells have a regulatory role on B cell functions, especially on antibody production mechanisms. The role of disruptions caused by T-cell receptor signaling pathways, in the pathogenesis of ITP has not been fully elucidated yet. Studies in this area will contribute to the clarification of pathogenesis of ITP. In this thesis study, we investigate polymorphisms in CD3 zeta-chain gene that transmit signals into the cell when it binds to T cell receptor antigens. It has been suggested that these polymorphisms on this gene may contribute to the pathogenesis of autoimmune diseases such as rheumatoid arthritis and systemic lupus erythematosus. Because destruction of platelets due to autoantibodies causes ITP, it is considered as an autoimmune disease. Autoantibody production processes that cause autoimmune disease may be due to impairment in T cell signaling. Blood samples were collected from 55 ITP and 53 healthy controls, a total of 108 volunteers. DNA isolation of the groups was performed on the DNA isolation device QIAGEN EZ1 Advanced XL (Serial No: L122A1010). Real-Time PCR analyzes were performed on the AB Applied Biosystems PCR (Serial No: 2720010807). Test analysis was performed in IBM statistics program and no significant difference was found between the groups in the pathogenesis of ITP for rs858554 and rs 704848 polymorphisms. In the study, the data obtained from healthy control groups and ITP patients were compared and it was determined that the investigated polymorphisms did not directly contribute to the pathogenesis of the disease.

Tekrarlayan gebelik kaybı, ard arda yaşanan 20. hafta ve öncesinde, uterus dışında gelişimini devam ettiremeyen fetusun spondan kaybı olarak ifade edilmektedir. Ebeveyn kromozomal anomalileri ve trombofili gibi fetomaternal dolaşımı yetersizleştiren pıhtı sorunları yanında pek çok etken bu kayıplardan sorumlu tutulmaktadır. Kromozom anomalilerine sahip fetusların büyük bir kısmı doğuma ulaşmadan spontan abortusla sonuçlanmaktadır. Ebeveynlerin somatik hücrelerinde dengeli olan yapısal kromozomal anomalileri üreme hücrelerinin dengesiz segregasyona uğrayarak önemli bir risk faktörü oluşturabilmektedir. Aynı zamanda gebeliğin devamı için sağlıklı fetomaternal dolaşım birçok otoritenin kabul ettiği önemli bir etkendir. Yeterince perfüzyonu sağlanamayan fetus gelişemez, yeterli implantasyonu sağlanamaz ve spontan olarak kaybedilmeye adaydır. Tez çalışmamızda Nisan 2014 ile Temmuz 2017 tarihleri arasında Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi (TÜTF) Tıbbi Genetik Anabilim Dalı-Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi'ne tekrarlayan gebelik kaybı öyküsü ile başvuran 726 çift geriye dönük olarak değerlendirildi. Hasta dosya verileri taranarak pedigrileri üzerinden akrabalık ilişkileri olmadığı belirlenen toplam 258 kişinin karyotip sonuçları değerlendirildi. Çalışmanın devamında 129 tekrarlayan gebelik kaybı öyküsü olan kadın güncel kaynaklarda belirtilen trombofili paneli gen varyasyonları taşıyıcılık açısından değerlendirildi. Trombofili panelinde anlamlı kabul edilen varyasyonlar ile sayısal ve/veya yapısal kromozomal anomali sıklığı çalışmaya dahil edilen hastalarda istatistiksel olarak belirlendi. Çalışmaya dahil edilen 129 çiftten %2,33'ünde yapısal kromozomal anomali, %0,39'unda sayısal kromozomal anomalisi saptandı. %20,93 hastada farklı kromozomal polimorfik varyantlar belirlenirken, en sık (%7,75) saptanan kromozomal polimorfik varyant 9qh+ olarak saptandı. Trombofili panelinde yer alan protrombin (20210 G>A), Faktör V Leiden (1691G>A), metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR) 677C>T ve 1298A>C, PAI-1 4G/4G, Beta Fibrinojen -455G>A, Faktör XIII Val34Leu, GPIIIa Leu33Pro gen varyasyonları değerlendi. 129 kadın hastada en sık PAI-1 4G/4G (%27,13) varyasyonu saptandı. Homozigot Faktör XIII Val34Leu varyasyonu %5,43, homozigot GPIIIa Leu33Pro varyasyonu %1,55, heterozigot Faktör V Leiden varyasyonu %12,40 ve heterozigot protrombin 20210 G>A varyasyonu %6,98, homozigot MTHFR 677C>T varyasyonu %9,30, homozigot MTHFR 1298 A>C varyasyonu %9,30, homozigot beta fibrinojn -455 G>A varyasyonu ise %4,65 olarak saptandı. Recurrent pregnancy loss is expressed as the loss of spontaneous of the fetus which can not continue to develop outside the uterus at 20 weeks and before. Many factors are responsible for these miscarriage, as well as clot problems that defeat fetomaternal circulation such as parental chromosomal anomalies and thrombophilia. Most fetuses with chromosomal anomalies result in spontaneous abortion without reaching birth. Structural chromosomal abnormalities, which are balanced in the somatic cells of parents, can be a significant risk factor for reproductive cells undergoing unbalanced segregation.At the same time, the healthy fetomaternal circulation for the continuation of your pregnancy is an important influence that many authorities have adopted. The fetus, which is not perfused enough, can not develop, can not be adequately implanted and is spontaneously lost.In our thesis study, 726 couples who were referred to Trakya University Medical Faculty (TÜTF) Medical Genetics Department-Genetic Diseases Diagnosis Center with recurrent pregnancy loss story were evaluated retrospectively between April 2014 and July 2017. Patient files were scanned and karyotype results were evaluated for a total of 258 patients who were found to have no kin relationship through their pedigrees. The thrombophilia panel gene variants mentioned in the current sources of women with recurrent pregnancy loss narratives in the continuation of the study were evaluated for carriage. Significantly accepted variations in the thrombophilia panel and numerical and/or structural chromosomal anomalies were statistically determined in the patients included in the study.Structural chromosomal anomaly and numerical chromosomal anomaly in 0.39% were detected in 2.33% of the 129 pairs included in the study. While 20.93% of patients had different chromosomal polymorphic variants, the chromosomal polymorphic variant detected as 9qh + was the most common (7.75%). Prothrombin (20210G>A), Factor V Leiden (1691G>A), methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) 677C>T and 1298A> C, PAI-1 4G/4G, Beta Fibrinogen -455G>A, Factor XIII Val34Leu, GPIIIa Leu33Pro gene variants were assessed. The most frequent PAI-1 4G/4G (27,13%) variation was detected in 129 female patients. Homozygote Factor XIII Val34Leu 5,43% homozygote GPIIIa Leu33Pro 1,55% heterozygote Factor V Leiden variation 12,40% heterozygous prothrombin 20210 G>A variation 6,98% homozygote MTHFR 677C>T variation 9% 30, homozygous MTHFR 1298 A>C variation of 9.30%, homozygous beta fibrinogen-455 G>A variation of 4.65% was detected. 105

daha sonra doldurulacaktır. daha sonra doldurulacaktır. 0

daha sonra doldurulacaktır daha sonra doldurulacaktır 0

Ayçiçeği (Helianthus annuus), Compositae ( Asteraceae) familyasına ait tek yıllık bir yağ bitkisidir. Ayçiçeği dünyada yenebilir bitkisel yağ bakımından 4. sırada yer almakta olup, dünyadaki ayçiçeği ekim alanlarının yaklaşık 60% ı Karadeniz bölgesi ülkelerinde bulunmaktadır.. Ayçeğini ülkemizde önemli kılan kısım ise ülkemizin birçok bölgesinde yetiştirilebilir olmasıdır. Ürettiğimiz bitkisel yağ artan nüfusa yetmemekte ve zaten olan yağ açığımız yıldan yıla artmaktadır. Bu yağ açığı verim artışına alternatif olarak yağ kalitesi iyileştirme çalışmalarıyla azaltılabilir. Oleik asit içerikli ayçiçeği yağı üreterek özellikle kızartma sanainde yağ tüketimini azaltmak mümkündür. Yüksek oleik asit içeren çeşitler geliştirmek için klasik yöntemlerle yapılan ıslah hem zor hemde biyotik ve abiyotik stres koşullarından etkilendiği için doğruluk derecesi düşük olmaktadır. Ancak yüksek oleik asit içerikli bitki ıslahında biyoteknolojik yöntemler ile moleküler markır destekli seleksiyon (MAS) kullanılarak daha hızlı ve daha tutarlı sonuçlar elde etmek mümkündür. MAS yöntemi iş gücünü azaltma, daha hassas ve güvenilir sonuçlar elde etme gibi birçok avantaj sunmaktadır. Bu çalışmada F3 kademesindeki 40 birey ve genetik çeşitliliğe olan seçiciliğini ölçmek için 55 adet yüksek oleik, orta oleik ve linoleik patentli çeşitler oleik asit ile bağlantılı olduğu saptanan FAD2 gen bölgesinden 3 SSR ve 6 İNDEL markırı olmak üzere toplamda 9 markır ile tarama yapılmıştır. Markırların seleksiyon etkinliğini saptamak için tüm örneklerin yağ asitleri bakımından analizi Gas Kromotografi (GC) cihazında yapılarak karşılaştırılmıştır. Bu çalışmalar sonucunda 4 yüksek oleik asit karakterini selekte edebilen 4 markır tespit edilmiştir. Sunflower (Helianthus annuus), is an oil crop plant belonging to family of Compositae (Asteraceae) and is the fourth in the world in terms of edible oil. Main sunflower planted areas in the world existing in Black Sea regional countries which has over 60% of world sunflower planted areas and production. Sunflower is growing almost all parts of Turkey due to higher adaptation capability. The amount of vegetable oil produced in Turkey is not enough for our domestic consumption and this existing deficit is increasing year by year. Improving the oil quality is one of alternative options for reducing this oil deficit because higher sunflower oleic type oils which has higher burning point could exist in the domestic market. The selection utilizing with classical breeding methods to develop varieties containing high oleic acid is both hard and low in precision level because it is affected more by biotic and abiotic stress. However, it is possible to obtain faster and more consistent results in plant breeding containing high oleic acid by using biotechnological methods and selections supported by molecular marker (MAS). This biotechnological methods has many advantages including reducing the workers and obtainining more precise results. In this study, the screening has been performed for 9 markers total which are 3 SSR and 6 INDEL markers from the FAD2 gene section that were detected to be related to high oleic acid. All the samples has been compared with analysis in terms of oil acids in gas chromatography device in order to detect if the markers have done the selection correctly or not. As a result of this study, 4 markers which can select the characteristic of high oleic acid were found. 58

Trigliseritlerin ester bağlarının hidrolizini katalizleyen lipazlar (E.C.3.1.1.3), çeşitli endüstriyel uygulamalarda yaygın olarak kullanılmaktadırlar. Lipaz üretimi için, mikrobiyal kaynakların taranması önemli bir konudur. Yine bu üretimde çeşitli tarımsal atıkların substrat olarak kullanılabilirliği de biyoteknolojik açıdan önem arz etmektedir. Bu çalışmada, daha önceden izole edilip tanımlanmış olan 85 adet mikrofungus suşunun lipolitik aktivite açısından taranması, en iyi lipaz aktivitesi gösteren suşun tarımsal atıkların substrat olarak kullanıldığı katı substrat fermantasyonu (SSF) yöntemi ile üretilmesi, fungal lipaz üretimi ve SSF kültür ortam koşullarının optimizasyonu amaçlanmıştır. En iyi lipaz aktivitesine sahip mikrofungusun Penicillium aurantiogriseum olduğu belirlenmiş ve lipaz kaynağı olarak kullanılmıştır. Ayçiçeği, mısır küspesi ve buğday kepeğinin substrat olarak kullanıldığı SSF ortamlarında en iyi katı substratın ayçiçeği küspesi olduğu belirlenmiştir. Lipaz üretimi için SSF kültür ortam koşulları optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. Optimum fermantasyon koşulları; 6 gün inkübasyon süresi, 25 o C inkübasyon sıcaklığı, nemlendirme sıvısı pH: 5.5 (distile su), başlangıç nem düzeyi %75 (w/v), başlangıç aşı konsantrasyonu 1 ml (1x10 6 spor/ml) ve karbon kaynağı olarak %1 susam yağı ilavesi şeklinde belirlenmiştir. Sağlanan optimum koşullar sonucunda volüm aktivite 0,4 U/ml, spesifik aktivite ise 1,13 U/mg olarak kaydedilmiştir. Sonuç olarak tarımsal atıkların substrat olarak kullanıldığı SSF yöntemi ile fungal lipaz üretimi çalışmaları, çevreye ve ekonomiye büyük katkı sağlayacak çevre dostu, ucuz ve kolay enzim üretimine olanak sağlayabilir. Lipases (E.C.3.1.1.3) that catalyze the hydrolysis of ester bonds of triglycerides are widely used in various industrial applications. So it is a important issue that screening of microbial sources for production of lipases. In this production, the availability of various agriculturel wastes as substrates is also biotechnologically important. In this study, it was aimed to screen on 85 microfungus strains that previously isolated and identified for lipolytic activity, to produce of strain showing the best lipolytic activity by solid substrate fermentation (SSF) method which is used as substrate of agricultural wastes, fungal lipase production and, optimization of SSF culture media conditions. Penicillium aurantiogriseum was determined as microfungus with the best lipase activity and used as lipase source. It has been determined that the best solid substrate is sunflower pulp in SSF media where sunflower pulp, wheat bran and corn pulp is used as substrate. Optimization of SSF culture medium were performed for lipase production. Optimum fermentation conditions was found as; 6 days of incubation time, 25 o C incubation temperature, moisturizing liquid pH: 5.5 (distilled water), initial moisture level 75% (w/v), initial inoculum concentration 1 ml (1x10 6 spores / ml) and 1% sesame oil as carbon source. As a result of the optimum conditions, the volume activity was recorded as 0.4 U / ml and the specific activity was recorded as 1.13 U / mg. As a result, fungal lipase production studies using SSF as a substrate of agricultural wastes can provide environment friendly, cheap and easy enzyme production which will make great contribution to the environment and economy.

Ayçiçeği (Helianthus annuus L.), dünyada ve ülkemizde en önemli bitkisel yağ kaynaklarından biridir. Ülkemiz insanının bitkisel yağ tüketiminde çoğunlukla ayçiçeği yağını tercih etmesi ve son yıllarda artan yağ açığımız, ayçiçeğinin önemini giderek arttırmaktadır. Ayçiçeği yetiştiriciliğinde tohum verimini ve yağ oranını düşüren en önemli sınırlayıcı faktör mantari hastalıklar olup, etmeni Plasmopara halstedii olan mildiyö hastalığı ayçiçeği üretiminde %100'lere varan kayıplara neden olmaktadır. Ayçiçeği üretimini kısıtlayan mildiyö hastalığına karşı dayanıklı çeşitlerin geliştirilmesi ve kullanılması, ekonomik açıdan ülkesel ayçiçeği üretim kaybını önemli derecede önleyecektir. Mildiyö hastalığına dayanıklı çeşitlerin klasik ıslah yöntemleri ile geliştirilmesi hem masraflı hem de uzun bir süreçtir. Dayanıklı çeşit geliştirme çalışmalarında, biyoteknolojik yöntemlerle moleküler markır destekli seleksiyon (MAS) kullanılarak hızlı, etkili ve kesin seleksiyon yapılabilmektedir. Bu nedenle yapılan bu çalışmadaTrakya Bölgesindeki tüm mildiyö ırklarına dayanıklılık sağlayan Pl6 ve PlArg dayanıklılık genlerinin seleksiyonunda kullanılabilecek moleküler markırların belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü'nden temin edilen, Pl6 ve PlArggenlerini taşıyan dayanıklı çeşitlerin hassas çeşitler ile melezlenmesi sonucu elde edilen farklı kademedeki 120'şer genotipte mildiyö hastalığına dayanıklılık testleri yapılmış ve aynı örneklerde Pl6 ve PlArg dayanıklılık genlerinin varlığı moleküler markırlar ile tespit edilmeye çalışılmıştır. Çalışma sonucunda iki markırın Pl6geni ile yakın bağlantılı olduğu ve ıslah çalışmalarında seleksiyon amaçlı kullanılabileceği tespit edilmiştir.PlArg geni için ise bu çalışmada kullanılan ve literatürde sunulan markırların hiç biri yeterince ayırıcı bulunmamıştır. Sunflower (Helianthus annuus L.) is one of the most important vegetable oil sources in the world and in our country. The preference of sunflower oil in the consumption of vegetable oil increases the importance of sunflower in our country. Sixty percent of the total sunflower is produced in Trakya Region. Therefore each factor for limiting sunflower yield is serious problem for regional economy. Fungal disease, downy mildew, is one of them caused by the Plasmopara halstedii. Development and use of resistant varieties are safe and economic way for long term controlling of the disease. Several downy mildew resistance genes (Pl) have been identified and used in breeding for resistance cultivars. In Trakya region Pl6 and PlArg genes confer effective resistance against to regional virulent strains. In thisthesis, reported molecular markers related to Pl6 and Plarg genes were investigated for their selection properties for MAS. For this, Pl6 and PlArg genes source cultivars were crossed with susceptible sunflower varieties. Parents and their BC4 level 120 individuals were used for molecular marker studies. All plant materials were also screened phenotypically by inoculation with pathogen spores. Produced DNA fragments by each markers were analysed by AATI capillary electrophoresis system. Two markers for Pl6 gene were detected as useful for MAS. 75

Nöroblastom beş yaşın altındaki çocuklarda görülen bir kanser türüdür. Kemoterapi (doksorubisin, sisplatin ve etoposid), cerrahi, radyasyon ve kök hücre transplantasyonuna ek olarak tedavi için kullanılır. Kemoterapötik ajanların yan etkileri nedeniyle, sağlıklı hücrelerin korunması için bazı bitki türevli bileşenler kullanılmaktadır. Naringin turunçgillerde bulunan ve antioksidan, apoptotik, antiinflamatuar özelliklere sahip bir flavonoiddir. Bu çalışmada, naringin ve kemoterapi ajanlarının (doksorubisin ve sisplatin) nöroblastom ve astrosit hücre serilerinde tek ve kombine etkilerinin belirlenmesini amaçladık. Bu amaçla, kombinasyonların sıralı ve aynı anda uygulamalarının apoptotik etkileri görüntü tabanlı sitometre ve apoptoz yolağının gen ekspresyonu ile analiz edilmiştir. Çalışma sonuçlarına göre naringin, nöroblastom hücrelerinde p53, Bax, Cyc-c ve kaspaz-3’ü indükleyerek intrinsik apoptoz yolağını tetiklemiştir. Buna ilaveten, naringinin kemoterapi ajanı ile önce veya sonra uygulanması farklı apoptotik etkilere neden olmuştur. Sonuç olarak, naringinin sisplatinden önce ve doksorubisinden sonra uygulanması nöroblastom hücrelerinde daha fazla apoptozise neden olmuştur. Ayrıca, naringinin ön-uygulaması astrosit hücre serilerinde sisplatin toksisitesine karşı koruyucu etki göstermiştir. Abstract ; Neuroblastoma is a cancer type seen in children under five years old. Chemotherapy (doxorubicin, cisplatin and etoposide) use for the treatment in addition to surgery, radiation and stem cell transplantation. Because of the side effects of chemotherapeutic agents, some plant-derived components are used for protecting healthy cells. Naringin is a citrus flavonoid have antioxidant, apoptotic, antiinflamatuar properties. In this study, we aimed that the determination of single and combine effects of naringin and chemotherapy agents (doxorubicin and cisplatin) in neuroblastoma and astrocyte cell lines. With this aim, the effects of the combinations following exposure to the sequentially and simultaneously on apoptosis analyzed by image-based cytometer and gene expressions of apoptosis pathway. According to results of the study, naringin induced intrinsic apoptosis pathway as evidenced by the induction of p53, Bax, Cyt-c and caspase-3 in neuroblastoma cells. In addition, pre- or post treatment of naringin with chemotherapy agent caused different apoptotic effects.In conclusion, naringin treatment before cisplatin and after doxorubicin caused more apoptosis in neuroblastoma cells. Furthermore pretreatment of naringin showed protective effect against cisplatin toxicity in astrocyte cell lines.

Kadmiyum (Cd) toksik ve kanserojen bir ağır metaldir. İnsanların Cd'ye maruziyeti en fazla Cd içeren yiyecek ve suların tüketimi ile olmaktadır. Vücutta biriken Cd insanlarda toksisite ve kalıcı hasarlara neden olabilmektedir. Bu nedenle gıda maddelerinde izin verilen maksimum Cd limitleri yasa ve yönetmeliklerle belirlenmiştir. Bu çalışmada bazı gıdalarda izin verilen limitlerin (0.1 ve 0.2 ppm) Drosophila melanogaster bireylerinde multijenerasyonel etkilerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla D. melanogaster üç jenerasyon süresince bu limitleri içeren besin ile beslendi ve her bir jenerasyonda Cd birikimi, süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (KAT), glutatyon sentaz (GS) gen ifadeleri, RAPD-DNA polimorfizmi ve mitokondriyal NADH dehidrojenaz 2 bölgesinin sekansı belirlendi. Çalışma sonucunda birinci jenerasyon ile karşılaştırıldığında ikinci ve üçüncü jenerasyonlarda Cd birikimlerinde ve antioksidan enzimlerin gen ifadelerinde azalma olduğu saptandı. RAPD-DNA profillerinde bant değişimlerinin ve NADH dehidrojenaz 2 gen bölgesinde baz değişimlerinin ise en fazla üçüncü jenerasyon bireylerde olduğu belirlendi. Sonuç olarak, gıdalarda izin verilen limitlerde multijenerasyonel Cd maruziyetinin D. melanogaster'de potansiyel olarak genotoksik olduğu ve yapılacak ileri çalışmaların sonucuna göre yeni ve daha düşük limitlerin belirlenmesi gerektiği düşünüldü. Cadmium is a toxic and carcinogenic heavy metal. Human exposure to Cd mainly via consumption of Cd containing food and drinking water. Cd accumulation in human body can cause toxicity and permanent damage. Therefore, maximum permissible Cd limits for food are determined by regulations. In this study, we aimed that the determination of multigenerational effect of Cd in permissible limits for some food (0.1 and 0.2 ppm) on Drosophila melanogaster individuals. With this aim, D. melanogaster fed with media containing Cd at permissible limits during three generations and Cd accumulation, expressions of superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), glutathione synthase (GS), RAPD-DNA polymorphism and mitochondrial NADH dehydrogenase 2 sequence were determined. According to results of the study, compared to first generation, the decreases in Cd accumulation and gene expressions of antioxidant enzymes were determined at the second and third generations. The maximum band alterations in RAPD-DNA profiles and base changes in the mtNADH dehydrogenase 2 region were detected at the third generation. In conclusion, we thought that multigenerational Cd exposure in permissible limits for food potentially genotoxic for D. melanogaster and these limits should be revised based on the results of further studies. 113

Bu çalışmada, buğday çim ekstresi (BÇE)'nin farklı konsantrasyonlarının MCF-7 insan meme kanser hücre dizisinde sitotoksik ve apoptotik etkileri araştırıldı. Ekstrenin sitotoksik etkileri MTT yöntemi ile değerlendirildi. Apoptotik aktivitesi Tali yöntemi kullanılarak belirlendi. Apoptotik etkinin detaylanması amacıyla MCF-7 hücre hatlarında P53, Bax, Bcl-2, Sitokrom-c, Apaf-1 ve Kaspaz-3 gen ekspresyonları RT-PCR ile incelendi.Hem 24 hem de 48 saat uygulanan BÇE'nin konsantrasyona bağlı olarak MCF- 7 hücreleri üzerinde önemli sitotoksik aktivite gösterdiği belirlendi. Apoptotik aktivite de, sitotoksik aktiviteye paralel olarak 24 ve 48nci saatlerde 20k ve 40k dilue BÇE konsantrasyonlarında önemli artış gösterdi. RT-PCR'da elde edilen sonuçlar, BÇE'nin mitokondrial apoptozisi indüklediğini destekler yöndedir. BÇE ile muamele edilmiş MCF-7 hücrelerindeki en önemli gen ekspresyonu değişiminin 48 saatlik periyot için Apaf-1 ve Kaspaz-3 gen ifadelerinin artışı yönünde iken, 24 saatlik periyot için ise Bcl-2 gen ifadesinin azalışı (P

Aspir (Carthamus tinctorius L.), Compositae (Asteraceae) familyasına ait tek yıllık bir yağ bitkisi olup kuraklığa dayanıklılığı ile dikkat çekmektedir. Sap, yaprak, tohum ve çiçekleri farklı amaçlarla kullanılan önemli bir endüstri bitkisidir. Dünyada oleik tipteki yağlar kızartmaya uygunluğu ile ön plana çıkarak tüketiciler tarafından tercih edilmektedir.Aspirde oleik asit önemli bir karakter olmasına rağmen ülkemizde sadece hasat sonrasında taneden belirlenmekte, bu durum da ıslah çalışmalarının bir yıl sonra yürütülmesine ve gecikmesine neden olmaktadır. Yüksek oleik asit özelliği yapılacak seleksiyonda bitkiler çiçeklenmeden ve döllenme gerçekleşmeden belirlenemediğinden bu durum ıslah çalışmalarını yavaşlatma ve maliyetleri arttırmaktadır.Çeşit geliştirme çalışmalarında biyoteknolojik yöntemlerden yararlananılarak özellikle de marköre dayalı seleksiyon kullanılarak daha hızlı ve güvenli bir sonuca ulaşılabilmektedir. Bu çalışmada; yüksek ve düşük oleik yağ asidi içeren aspir genotiplerini birbirinden ayırt edebilecek moleküler markör belirlenmesine çalışılmıştır. Çalışmada yüksek ve düşük oleik yağ asidi içeren iki aspir hattı melezlenmiş veF2 jenerasyonunda işaretlenen bitkilerin yaprak dokularından DNA izolasyonu yapılmıştır. Literatürde, aspirde yağ içeriğini kontrol eden FAD2 ve Ol genleri ile bağlantılı olarak haritalanmış SCAR markörleri seçilerek bu markörlerle tarama yapılmıştır. Seçilen ebeveyn çeşitler ve F2 bitkilerinin yağ içeriği ile moleküler markörlerden elde edilen bant profilleri eşleştirilerek değerlendirilmiş ve ıslahta seleksiyon amaçlı kullanılabilecek bir markör belirlenmeye çalışılmıştır. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda IASCA 73 SCAR markörü, bireyler arasında seçicilik gösteren kodominant özellikte bir markör olarak belirlenmiş ancak yağ içeriği ile bağlantı göstermemiştir. Markörün seçiciliğinin aynı bölgede bulunan erkek kısırlığından sorumlu gen (Ms) ile bağlantılı olabileceği öngörülmektedir. abstract The safflower (Carthamus tinctorius L.) which belongs to Compositae family is an annual oil plant which is noted for its drought resistance.The stems, leaves, flowers and seeds of the safflower have been used in different areas.Oleic types of oils has a higher smoke points. For that reason, types of oleic oils (Omega-9) are prefered by consumers for healthy frying oil around the world. High oleic safflower oil can be developed classical plant breeding studies, but this process involves a long period of time. Biotechnological methods especially marker assisted selection (MAS) could be used fast and efficiently in the development of new varieties. In this study; it’s aimed to determined molecular markers which are detect high and low oleic safflower genotypes.High and low oleic type two safflower lines hybridized and DNA was isolated from leaves of their selected F2offspring seedlings. In the literature, SCAR markers linked to FAD2 and Ol genes which controls safflower oil contents were selected for this study and plant materials were scanned by these markers.Results of the oil content analysis and SCAR marker bant profiles of the parents and theirF2 individuals were matched and evaluated for detection of the selective markers that can be used for breeding. Theobtained results from our studies show that IASCA 73 SCAR markers was codominant selective marker between genotypes however it was not related to oil traits. It is expected that the selectivity of the markers can berelated to male sterility gene (Ms) in the same loci.

Yüksek Lisans Tezi Ghrelin, hayvanlarda yem tüketimi ve büyüme hormonu salgılanmasını uyaran önemli bir hormondur. Sığırlarda, karkas kompozisyonu, süt verimi ve yemden yararlanma ile olumlu ilişkisi vardır. Plazmadaki aktif ghrelin (açil ghrelin) konsantrasyonun, sığır ırkları arasında farklı olması, GHRL (ghrelin) genindeki varyasyonların aktif ghrelin konsantrasyonu ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Ghrelin genindeki polimorfizmlerin tespit edilerek, kantitatif özellikler ile ilişkisinin kurulması seleksiyon çalışmaları yönünden önemlidir. Çalışmada, GHRL geninin 4. intronunda bulunan, rs110968631 C>T tek nükleotid polimorfizmini (TNP) tespit etmek amacıyla, Amplifikasyon Refrakter Mutasyon Sistem-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (ARMS-PCR) ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Restiriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi (PCR-RFLP) metotları tasarlanmıştır. Çalışmada, 75 Bozırk sığır örneğini, ARMS-PCR metodu ile çalıştıktan sonra, her genotipi içeren rastgele seçilmiş 20 örnekte PCR-RFLP metodu ile sonuçların doğrulamasını yaptık. Tasarlamış olduğumuz metotların güvenirliğini test ettiğimiz bu çalışma sonucunda, her iki metot ile de aynı sonuçlara ulaşılmıştır. Çalışma sonucunda, Bozırk sığırlarda rs110968631 C>T polimorfizmi yönünden 3 genotipide (CC, CT, TT) tespit edildi. CC, CT, TT genotipindeki birey sayısı sırasıyla; 1, 9 ve 65 olarak tespit edildi. Allel frekansları ise, C ve T allelleri için sırasıyla; 0,073, 0,927 olarak tahmin edilmiştir. Abstract Ghrelin is an important hormone that stimulates feed consumption and growth hormone secretion of animals. Ghrelin is associated with feed efficiency traits, milk yield and carcass composition of cattle. Active ghrelin concentrations and the ratio of active/total ghrelin differs between breeds, indicating that genetics have an effect on the amount and form of circulating ghrelin. Detection of polymorphisms in the GHRL gene and establishment of relations with the quantitative characteristic is important in the breeding studies. In this study, we have designed two methods for the detection of rs110968631 C> T single nucleotide polymorphism (SNP) in intron 4 of GHRL gene; Amplificationrefractory mutation system-Polymerase chain reaction (ARMS-PCR) and Polymerase chain reaction-Restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). We have used the ARMS-PCR method in example 75 Bozırk cattle and we- confirmed the results by the PCR-RFLP method. We obtained similar results when we- tested the reliability of designed method by using both ARMS-PCR and PCR-RFLP methods. In our study, CC, CT, TT genotypes were detected in 1, 9 and 65 individuals respectively. Allele frequency were estimated as 0,073 and 0,927 for C and T alleles respectively.