Search

Bu tez çalışmasında klasik ve biyoteknolojik yöntemler kullanılarak bazıturunçgillerden sekonder metabolitlerin üretilmesi ve sentezinde rol oynayangenlerin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Klasik yöntemlerle mandarin, limon,portakal, turunç ve altıntop çeşitlerine ait meyve kabuklarından esansiyel yağlarelde edilerek kimyasal bileşimleri analiz edilmiştir. D-limonenin major bileşik veportakallarda daha yüksek olduğu bulunmuştur. Portakal ve altıntop meyveeksplantları, kallus kültürlerinde kullanılmıştır. Metabolitlerin biyoteknolojiküretiminde farklı bitki büyüme düzenleyicileri ile desteklenmiş katı ve süspansiyonMurashige & Tucker (MT) ortamı kullanılmıştır. Metabolit üretimini artırmakamacı ile sakkaroz, metil jasmonat (MeJA) ve karanlık uygulaması yapılmıştır.Kalluslardan metabolitler ekstrakte edilip toplam fenolik ve naringin miktarlarıenstrumental analizler ile yapılmıştır. Sonuç olarak, altıntopun ve albedoeksplantının daha uygun olduğu gözlemlenmiştir. Elisitör uygulamalarında 40g/Lsakkaroz daha az etkili olurken 20-30g/L sakkaroz ile 10 μM MeJA'nın metabolitüretimde daha etkili olduğu tespit edilmiştir. Sentezde rol oynayan genlerin tespitiiçin Illumina HiSeqTM 2000 ile RNA-Seq analizleri yapılmıştır. In this thesis, the production of secondary metabolites in some citrus fruitsusing classical and biotechnological methods and the genes playing a role insynthesis were investigated. Essential oils were obtained from peels of the varietiesof mandarin, lemon, orange, sour orange and grapefruit and their chemicalcompositions were analyzed. D-lemonene was the major compound and found tobe higher in oranges. It was found that d-limonene was the major compound andwas higher in oranges. Grapefruit and orange fruit explants have been used incallus cultures. In the biotechnological production of the metabolites, solid andsuspension Murashige & Tucker (MT) media supplemented with different plantgrowth regulators were used. To increase the production of metabolites, sucrose,methyl jasmonate (MeJA) and darkness were applied. The metabolites wereextracted from the callus and the total phenolic and naringin amounts wereanalyzed by instrumental analysis. As a result, it has been observed that grapefruitand albedo explants are more appropriate. It has been found that sucrose 40 g/Lwas less effective in elicitor applications, while 20-30 g/L sucrose and 10 μMMeJA were more effective in metabolite production. RNA-Seq analyses wereperformed with Illumina HiSeqTM 2000 for the detection of genes involved in thesynthesis. 229

Metisiline dirençli S.aureus (MRSA), hastane ve toplum kökenli infeksiyonlardan sorumlu olan en önemli ajanlardan biridir. Çoğu ülkede MRSA'nın yayılımı sürekli artış göstermektedir ve bazı bölgelerde, hastanelerde S.aureus'un neden olduğu infeksiyonlara ait tüm izolatların yarısından çoğu MRSA'dır. MRSA izolatlarında çoklu direnç gün geçtikçe artmaktadır. 30 yıldan daha uzun süre MRSA tedavisinde kullanılan vankomisine de bu günlerde direnç gelişmiştir.MDR-MRSA ve Hastane Enfeksiyonlarını kontrol çabalarının başarısı büyük ölçüde, etkenin tespiti ve klonal özellikleri, muhtemel bulaş kaynağı ve taşıyıcılar ile bulaş yolu gibi lokal epidemiyolojik özelliklerin tespitine bağlıdır.Tiplendirme yöntemlerinden fenotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirlik düzeyleri düşük ve ayrım güçleri zayıftır. Ayrıca fenotipik olarak aynı fakat genotipik olarak farklı olan suşları ayırt edememektedir. Bu yüzden son yıllarda tekrarlanabilirliği ve ayrım gücü yüksek olan genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu yöntemler içerisinde PFGE yöntemi hastane kökenli MRSA suşlarının klonal ilişkilerinin tespitinde altın standart olarak kabul edilmiştir.Bu çalışmada Ç.Ü. Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi kliniklerinde yatan hastalarda görülen hastane infeksiyonlarından izole edilen MDR-MRSA suşlarının klonal ilişkileri PFGE ve spa dizi analizi yöntemi ile tespit edilmeye çalışılmıştır. Çalışmada 2008-2009 yılları arasında MDR-MRSA' nın neden olduğu enfeksiyon hastalıklardan izole edilen 27 örnek kullanıldı. İzolatlara Kirby-Bauer yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testi yapıldı ve oluşan profillere göre antibiyotipleme uygulandı. Daha sonra suşlar PFGE ve spa tiplendirme yöntemi ile genotipik olarak incelendi. DNA bant profillerine göre suşlar tiplendirildi.Sonuç olarak çalışılan 27 örnek antibiyotipleme ile 6 ve PFGE ile 10 tipe ayrılmıştır. spa tiplendirme sonuçunda ise çalışılan suşların hemen hepsinde Protein A' nın varlığı tespit edildi. 27 izolattan sadece 5'i spa tip t190 iken diğer 22 izolat tip t030 olarak tiplendirildi. Çalıştığımız suşların tiplendirilmesinde genotipik yöntemlerin daha duyarlı olduğu ve bu yöntemlerden PFGE'in klonal ilişkinin araştırılmasında daha önemli olduğu sonucuna varıldı. Sadece spa tiplendirme yönteminin taşınabilirlik, tekrarlanabilirlik ve sonuçların kolay karşılaştırılabiliyor olmasından dolayı PFGE' ye göre daha iyi olduğu gözlemlendi. Methicillin-resistant S.aureus is one of the most significant agent of community-acquired and hospital-acquired infections. The prevalence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in many countries increases consistently and, more than half of all S. aureus disease isolates are MRSA in hospitals and in some areas. MRSA strains are becoming increasingly multiresistant, and have recently developed resistance to vancomycin, usedsuccessfully to treat MRSA for more than 30 years.Finding of infections and clonal specialities, source of infections and carrier with transmission ways are important because successfully controling of MDR-MRSA and hospital-acquired infections.Reproducibility and discriminatory of phenotypic identification methods which is a typing method are poor. Also, phenotypic identification methods could not distinguish similar phenotypic strains with different genotypes. Therefore, recently, genotyping methods which have high reproducibility and discriminatory are used for identifications. PFGE which is genotypig methods have consented the ?gold standard? of molecular typing at klonal relations establishing of hospital-acquired MRSAIn this study, it has been tried for identification of at klonal relations establishing of MDR-MRSA that isolated from hospital-acquired infections in clinics of Ç.Ü. Faculty of Medicine Balcalı Hospital with PFGE and spa typing method. In this study, it has been used 27 izolates that izolated from hospital infections determined by MDR-MRSA between 2008-2009. Isolates were characterized by antibiotyping as determined by the disk diffusion method (Kirby-Bauer). Later, isolates were investigated with PFGE and spa typing metod and typed in accordance with their DNA bant profiles.As a result, of 27 MRSA isolates, 6 types were evaluated with antibiotyping and 10 type with PFGE methods. It was substantiated that all of isolates had protein A. 5 of 27 isolates were spa tip t190 and 22 isolate were spa tip t030. In typing of searching isolates, genotyping metods were found more sensitivite and it was deduced that PFGE was more importand at klonal relation establishing. It was observed that spa typing metod was better than other metods because of reproducibility, transportability and comparability of results. 95