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This study aimed to assess the genetic differentiation and relationship among five sea cucumber species from the Red Sea in Egypt, namely Holothuria atra, H. impatiens, H. leucospilota, Actinopyga crassa and A. mauritiana, using Inter Simple Sequence Repeated (ISSR) and Start Codon Targeted (SCoT) markers. A collection of 100 specimens, with 20 individuals per species, was gathered for the analysis. With ten ISSR primers, 135 amplified bands were detected, including 11 distinct species-specific bands, indicating high-level polymorphism among species. Using ten SCoT primers, 151 amplicons were generated, including 30 species-specific bands, with 52% polymorphic bands indicating high-level polymorphism among species. The degree of genetic similarity (GS) among the different genotypes of species was calculated based on ISSR bands analysis, which ranged from 93% between H. atra and H. impatiens to 86% between H. atra and A. crassa. The highest genetic similarity was observed between H. atra and H. impatiens (90%), while the lowest was identified between A. crassa and A. mauritiana (75%) using SCoT bands. Notably, the ISSR and SCoT-based DNA analysis revealed similar genetic relationships between H. atra and H. impatiens compared to other sea cucumber species studied. This study provides new insights into the genetic diversity and relationship among sea cucumber species in the Red Sea, which could have implications for their conservation and management. Resumo Este estudo teve como objetivo avaliar a diferenciação genética e a relação entre cinco espécies de pepinos-do-mar do Mar Vermelho no Egito, quais sejam, Holothuria atra, Holothuria impatiens, Holothuria leucospilota, Actinopyga crassa e Actinopyga mauritiana, usando marcadores Inter Simple Sequence Repeated (ISSR) e Start Codon Targeted (SCoT). Uma coleção de 100 espécimes, com 20 indivíduos por espécie, foi reunida para análise. Com 10 primers ISSR, 135 bandas amplificadas foram detectadas, incluindo 11 bandas específicas de espécies distintas, indicando polimorfismo de alto nível entre as espécies. Usando 10 primers SCoT, 151 amplicons foram gerados, incluindo 30 bandas específicas da espécie, com 52% de bandas polimórficas indicando polimorfismo de alto nível entre as espécies. O grau de similaridade genética (GS) entre os diferentes genótipos das espécies foi calculado com base na análise das bandas ISSR, que variou de 93% entre H. atra e H. impatiens a 86% entre H. atra e A. crassa. A maior similaridade genética foi observada entre H. atra e H. impatiens (90%), enquanto a menor foi identificada entre A. crassa e A. mauritiana (75%) usando bandas SCoT. Notavelmente, a análise de DNA baseada em ISSR e SCoT revelou relações genéticas semelhantes entre H. atra e H. impatiens em comparação com outras espécies de pepino-do-mar estudadas. Este estudo fornece novas informações sobre a diversidade genética e a relação entre as espécies de pepino-do-mar no Mar Vermelho, o que pode ter implicações para sua conservação e manejo.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Apomixis is an asexual mechanism of reproduction through seed formation with clonal embryos. The high rate of polyembryonic seeds is usually an indicative for the occurrence of sporophytic apomixis and in Bignoniaceae the expression of sporophytic apomixis seems to be related to polyploidy. Handroanthus ochraceus and H. chrysotrichus are two tree species of Bignoniaceae that area morphologically related, which usually leads to identification problems. Handroanthus ochraceus has self-incompatible non-apomictic and monoembryonic populations and self-fertile sporophytic apomictic and polyembryonic populations. H. chrysotrichus has only self-fertile, sporophytic apomictic and polyembryonic populations recognized until now. To understand the genetic and phenotypic consequences of this reproductive mosaic in these populations it were conducted molecular and morphological analysis in the present study. The aims of molecular analyzes were to verify the genetic variability of H. ochraceus populations, compare the genetic diversity parameters investigating the propose of a possible relationship between the reproductive systems and genetic diversity in this species and still understand the possible relationships between apomictic and non-apomictic populations. The ten primers resulted in 104 fragments and the genetic diversity parameters showed a high mean for the populations (P = 66.35%, I = 0.341 and He = 0.227). In this study no clones were detected. The AMOVA analysis showed the higher variation within populations (61%), like allogamous populations. Cluster analysis and Bayesian analysis of genetic assignment determined two distinct groups, one consisting of two non-apomictic populations, Pires do Rio and Biribiri, and other gathering the apomictic populations and the non-apomictic from Uberlândia. The strong relationship between the self-incompatible population of Uberlândia and the apomictic populations indicates separate origins for non-apomictic populations of H. ochraceus. This relationship between self-incompatible population of Uberlândia and self-fertile populations suggest that these non-apomictic individuals may have the same genetic constitution of a possible ancestral population of self-fertile populations. The morphological analysis aimed to find differences between monoembryonic and polyembryonic populations of H. and morphological traits to separate the H. chrysotrichus and H. ochraceus. With this purpose non-apomictic monoembryonic populations and apomictic polyembryonic populations of H. ochraceus and an apomictic polyembryonic population of H. chrysotrichus were analyzed. Qualitative and quantitative morphological characteristics of leaf, flower and fruit were evaluated through univariate and multivariate analyzes. The pollen grain area, the length of peduncles, the width of stigma and the number of extrafloral nectaries in the calyx showed higher values for polyembryonic populations of H. ochraceus so they could be an evidence of polyploidy in H. ochraceus, since these larger measures may be associated with the cell volume increase usually entailed by polyploidy. Several morphological characters separated H. ochraceus from H. chrysotrichus, which can support the identification of individuals and the distinction between the two species. Therefore, the morphometric analysis determined that morphological features can make a distinction between mono and polyembryonic populations of H. ochraceus and the association of this methodology with reproductive biology analysis can be a complement for the determination of ploidies and reproductive system in both species. A apomixia é um mecanismo de reprodução assexuada através da formação de sementes com embriões clonais. A elevada taxa de sementes poliembriônicas é um indicativo da ocorrência da apomixia esporofítica e, em Bignoniaceae a expressão da apomixia esporofítica parece estar vinculada à poliploidia. Handroanthus ochraceus e H. chrysotrichus são duas espécies arbóreas de Bignoniaceae morfologicamente semelhantes, o que normalmente ocasiona problemas de identificação. Handroanthus ochraceus apresenta populações autoincompatíveis, não apomíticas e monoembriônicas, e populações autoférteis, apomíticas esporofíticas e poliembriônicas. Já H. chrysotrichus apresenta apenas populações autoférteis, apomíticas esporofíticas e poliembriônicas conhecidas. Para compreender as consequências genéticas e fenotípicas deste mosaico reprodutivo foram realizadas análises moleculares e morfológicas. As análises moleculares tiveram por objetivos determinar a variabilidade genética de populações de H. ochraceus, comparar os parâmetros de diversidade genética, averiguar a possível relação entre os sistemas reprodutivos e a diversidade genética na espécie e ainda compreender as possíveis relações entre populações apomíticas e não apomíticas. Os dez primers ISSR utilizados resultaram em 104 bandas e os parâmetros de diversidade genética apresentaram uma média elevada para as populações (P = 66,35%, I = 0,341 e He = 0,227). Não foram detectados clones nas amostras populacionais. O cálculo da AMOVA demonstrou alta variação genética dentro das populações (61%), semelhante a populações alógamas. A análise de agrupamento e a análise Bayesiana de atribuição genética determinaram a formação de dois grupos distintos, um constituído por duas populações não apomíticas, Pires do Rio e Biribiri, e o outro reunindo as populações apomíticas e a não apomítica de Uberlândia. A forte relação entre a população autoincompatível de Uberlândia e as apomíticas indica origens distintas para as populações não apomíticas de H. ochraceus. Esta relação entre a população autoincompatível de Uberlândia e as populações autoférteis permite supor que os indivíduos não apomíticos dessa população apresentem a mesma constituição genética de uma possível população ancestral das populações autoférteis. As análises morfológicas tiveram por objetivo buscar diferenças entre populações mono e poliembriônicas de H. ochraceus e determinar características morfológicas que auxiliam na separação de H. ochraceus e H. chrysotrichus, para isso populações reconhecidamente monoembriônicas não apomíticas e poliembriônicas apomíticas de H. ochraceus e uma população poliembriônica apomítica de H. chrysotrichus foram analisadas. Características qualitativas e quantitativas de folha, flor e fruto foram avaliadas utilizando análises estatísticas univariadas e multivariadas. As características área do grão de pólen, comprimento do pedicelo, largura do estigma e número de nectários extraflorais no cálice apresentaram maiores valores para populações poliembriônicas de H. ochraceus e poderiam ser uma evidencia de poliploidia em H. ochraceus, pois, podem estar associadas ao aumento do volume celular geralmente acarretado pela poliploidia. Diferentes características morfológicas separaram as populações de H. ochraceus da população de H. chrysotrichus, as quais podem auxiliar na identificação de indivíduos e na distinção das espécies. Assim as análises morfométricas determinaram que características morfológicas de alguma forma podem distinguir populações mono e poliembriônicas de H. ochraceus, e em conjunto com análises de biologia reprodutiva podem ser uma metodologia auxiliar na determinação da ploidia e sistema reprodutivo. Mestre em Genética e Bioquímica

The municipality of Luiz Alves/SC maintains familiar traditions of ‘cachaça’ and ‘aguardente’ production by artisanal alembics, demanding Geographic Identification processes for the valorization of local products and protection of associated traditional knowledge. Aiming to subsidize the Geographical Identification of the products, the objective of this work was to characterize, by molecular basis, the native yeasts used by six alembics in the region. Analysis of three genomic regions (ITS, LSU and interdelta) were performed for comparison with the commercial yeast UFLA CA-11. Despite the similarity (BLAST) of the LSU/ITS sequences of all yeasts with Saccharomyces cerevisiae, both phylogenetic inferences and principal component analyzes recovered important genetic differentiation in relation to commercial yeast, along with the uniqueness between samples from different establishments. The results present herein are pioneering in molecular characterization of yeasts used in production processes of cachaça in SC aiming Geographic Identification of Luiz Alves products and highlights the potential use of those molecular markers in the process. O município de Luiz Alves, SC, mantém tradições familiares na produção de cachaça e aguardente por alambiques artesanais, demandando processos de Identificação Geográfica para valorização do produto local e proteção do conhecimento tradicional associado. A fim de subsidiar a Identificação Geográfica dos produtos, o objetivo deste trabalho foi caracterizar, por bases moleculares, as leveduras nativas utilizadas por seis alambiques da região. Foram realizadas análises de três regiões genômicas: internal transcribed spacer (ITS), large subunit rRNA (LSU) e interdelta para comparação com a levedura comercial UFLA CA-11. Apesar da similaridade das sequências LSU/ITS de todas as leveduras nativas com Saccharomyces cerevisiae, inferências filogenéticas e análises de componentes principais da região interdelta demonstram diferenciação genética importante em relação à levedura comercial, além da singularidade entre as amostras de diferentes estabelecimentos. Os resultados apresentados são pioneiros na caracterização molecular de leveduras utilizadas no processo de produção de cachaças em SC visando à Identificação Geográfica dos produtos de Luiz Alves, e traz o potencial de uso destes marcadores moleculares no processo.

The species Melipona rufiventris Lepeletier, 1836 is a Brazilian native stingless bee that is part of a species complex known as the &lsquo, rufiventris group&rsquo, making it difficult to distinguish between the different species. Populations in this group are facing a severe decline, leading to the risk of local extinction, and therefore, their conservation should be treated as a major concern. This study describes the first set of tri- and tetranucleotide microsatellite markers, using next-generation sequencing technology for use in the identification of genetic diversity and population structure in the &lsquo, A total of 16 microsatellite loci displayed polymorphism. Analysis of the whole data set (n = 50) detected 63 alleles in all loci, ranging from 2 to 7 with a mean of 3.9 alleles/locus. A genetic diversity analysis revealed high values for population differentiation estimates (FST = 0.252, RST = 0.317, and DEST = 0.284) between the Atlantic Forest, Cerrado, and Caatinga biomes. An additional evidence for genetic divergence among populations was also found in the &rsquo, these should be treated as separate conservation units or even as separate species. These microsatellite markers have demonstrated a strong potential for assessing population discrimination in this threatened stingless bee group.

Submitted by MURILO DA SERRA SILVA (mserrasilva@yahoo.com.br) on 2019-04-20T02:52:59Z No. of bitstreams: 1 Da Serra Silva_Murilo DR v_final.pdf: 2683285 bytes, checksum: 1d127dfe26961790a826c233c354aa48 (MD5) Approved for entry into archive by Cristina Alexandra de Godoy null (cristina@adm.feis.unesp.br) on 2019-04-22T13:16:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_ms_dr_ilha.pdf: 2683285 bytes, checksum: 1d127dfe26961790a826c233c354aa48 (MD5) Made available in DSpace on 2019-04-22T13:16:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_ms_dr_ilha.pdf: 2683285 bytes, checksum: 1d127dfe26961790a826c233c354aa48 (MD5) Previous issue date: 2019-02-28 Este estudo teve como finalidade conhecer a diversidade genética de duas populações de Hevea brasiliensis, conservadas ex situ em Selvíria-MS e Marabá-PA, bem como estimar os parâmetros genéticos e medidas de dissimilaridade de suas progênies. Foram utilizados15 locos microssatélites para investigar a diversidade e estrutura genética e o parentesco de 18 matrizes da POP SEL e 46 da POP MAB. No ano de 2016, foi instalado em Selvíria-MS um teste de progênies a partir de sementes das referidas matrizes. As progênies foram avaliadas por meio de cinco variáveis silviculturais e oito morfológicas. A população de Selvíria apresentou número total de alelos (100) menor do que a população Marabá (179), com a média por locos de 6,7 e 11,9, respectivamente. A heterozigosidade esperada (He ), heterozigosidade observada ( Ho) e o índice de fixação (F) foram semelhantes entre populações, mas a riqueza alélica (R ) foi maior em Selvíria. A diferenciação genética entre as populações ( = 0,28) revelou que 72% da diversidade genética está distribuída dentro das populações. O coeficiente médio de coancestria dentro de ambas as populações foi positivo, mas os valores foram próximos de zero (< 0,08) e considerando indivíduos de ambas as populações, a coancestria media foi zero (-0,001). A estimativa de parâmetros genéticos utilizando o modelo linear misto univariado aditivo REML/BLUP, demonstrou que a herdabilidade individual não foi significativa para a maioria das variáveis observadas nas progênies. Contudo, apresentaram herdabilidades das médias de progênies para variáveis silviculturais de moderada a alta (0,40 a 0,63) na POP MAB e baixa a alta (0,23 a 0,62) na POP SEL, promovendo os maiores valores de acurácia. Entre as estimativas por técnicas multivariadas, a variável perímetro do caule foi a que mais contribuiu para explicar a variação total na POP MAB e POP SEL, respectivamente 41,3% e 43,2%. As distâncias generalizadas de Mahalanobis determinaram que a maior distância genética (81,9), bem como a menor (1,1) são de combinações das progênies da POP MAB: 45 e 42 e 34 e 13 respectivamente. A técnica de agrupamento de Tocher formou 7 grupos de divergência genética na POP MAB, 9 na POP SEL e 5 considerando as duas populações. Análises moleculares e quantitativas sugerem que há diversidade, tanto nos parentais quanto nas progênies, portanto são de interesse para programas de conservação e melhoramento genético. This study aimed to know the diversity, genetic structure and kinship of genotypes of two populations of Hevea brasiliensis, conserved ex situ in Selvíria-MS and Marabá-PA, as well as to evaluate the genetic parameters and measures of dissimilarity of their progenies. 15 microsatellite loci were used to investigate the diversity and genetic structure and kinship of 18 matrices from Selvíria-MS and 46 from Marabá-PA. In the year 2016, a progeny test was installed in Selvíria-MS from seeds of said matrices. The progenies were evaluated by means of five silvicultural variables and eight morphological variables. The population of Selvíria presented a total number of alleles (100) smaller than the Marabá population (179) with the average per locos of 6,7 and 11,9 respectively. The expected heterozygosity (eH), observed heterozygosity (oH) and fixation index (F) were similar among populations, but allelic richness (R) was higher in Selvíria. Genetic differentiation among populations (Gst = 0.28) revealed that 72% of genetic diversity is distributed within populations. The mean coefficient of coancestria within both populations was positive, but values were close to zero (

SEKINE, Elizabete Satsuki; PRIOLI, Alberto José; PRIOLI, Sônia Maria Alves Pinto; JÚLIO JÚNIOR, Horácio Ferreira. Genetic differentiation among populations of Pseudoplatystoma corruscans (Agassiz, 1829) (Osteichthyes, Pimelodidae) isolated by the Guaíra Falls in the Paraná River. Acta Scientiarum, Maringá, v.24, n.2, p.507-512, 2002. Until 1982, the Guaíra Falls, also named the Seven Falls, constituted a barrier to the dispersion of migratory fish in the Paraná River. The objective of this work was to verify if populations of Pseudoplatystoma corruscans (Osteichthyes, Pimelodidae) were isolated by the Guaíra Falls. Samples from the Upper Paraná River floodplain (PL), the Itaipu reservoir (IT), and downstream Yacyretá reservoir (YA) were compared by RAPD markers. Lynch's FST was significant between PL and IT (0.090), and PL and YA (0.112). Estimated gene flow (Nm) varied from 2.0 between PL and YA to 8.1 between IT and YA. Nei's genetic distance varied from D = 0.0638 between PL and YA to D = 0.0174 between IT and YA. These results indicate the existence of genetic differentiation and that, possibly, the Guaíra Falls isolated the populations reproductively. They also suggest the possibility of different spawning areas, partially avoiding the genetic homogenization of the IT and PL populations. Resumo: Os saltos de Guaíra, também denominados Sete Quedas, constituíam até 1982 uma barreira para a dispersão de peixes migradores. Este trabalho teve por objetivo verificar se populações de Pseudoplatystoma corruscans (Osteichthyes, Pimelodidae) eram isoladas pelos saltos de Guaíra. Amostras provenientes da planície de inundação do alto rio Paraná (PL), do reservatório Itaipu (IT) e de jusante de Yacyretá (YA), foram comparadas por RAPD. O FST de Lynch foi significativo entre PL e IT (0,090) e PL e YA (0,112). O fluxo gênico estimado (Nm) variou de 2,0 entre PL e YA a 8,1 entre IT e YA, e a distância genética de Nei de D = 0,0638 entre PL e YA a D = 0,0174 entre IT e YA. Estes resultados indicam existência de diferenciação genética e que, possivelmente, Sete Quedas isolavam reprodutivamente as populações. Sugerem, também, a possibilidade de áreas diferentes de desova, impedindo parcialmente a homogeneização genética das populações IT e PL. Os saltos de Guaíra, também denominados Sete Quedas, constituíam até 1982 uma barreira para a dispersão de peixes migradores. Este trabalho teve por objetivo verificar se populações de Pseudoplatystoma corruscans (Osteichthyes, Pimelodidae) eram isoladas pelos saltos de Guaíra. Amostras provenientes da planície de inundação do alto rio Paraná (PL), do reservatório Itaipu (IT) e de jusante de Yacyretá (YA), foram comparadas por RAPD. O FST de Lynch foi significativo entre PL e IT (0,090) e PL e YA (0,112). O fluxo gênico estimado (Nm) variou de 2,0 entre PL e YA a 8,1 entre IT e YA, e a distância genética de Nei de D = 0,0638 entre PL e YA a D = 0,0174 entre IT e YA. Estes resultados indicam existência de diferenciação genética e que, possivelmente, Sete Quedas isolavam reprodutivamente as populações. Sugerem, também, a possibilidade de áreas diferentes de desova, impedindo parcialmente a homogeneização genética das populações IT e PL.

Hymenaea stigonocarpa é uma espécie amplamente distribuída nas regiões do Cerrado brasileiro. Em função de diferenças morfológicas nas folhas, a literatura reconhece três variedades botânicas para esta espécie. Essas variedades são: H. stigonocarpa var. stigonocarpa, com folhas lisas; H. stigonocarpa var. pubescens, com folhas pilosas e H. stigonocarpa var. brevipetiolata, apresentando pecíolo curto, com folhas lisas ou pilosas. O conhecimento da divergência genética intervarietal e análise da estrutura genética espacial é interessante para entender o comportamento dessa espécie em subpopulações naturais e como os processos microevolutivos atuam na organização da sua variabilidade genética. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi verificar o nível de diferenciação genética existente entre as variedades botânicas, a magnitude da variabilidade genética entre e dentro as subpopulações de H. stigonocarpa, bem como o padrão espacial da variabilidade genética encontrada. Para tanto, foram realizadas expedições de coleta em regiões do Cerrado, onde amostrou tecido foliar de 32 subpopulações de H. stigonocarpa, num total de 1.034 indivíduos. A variabilidade genética foi acessada por meio de nove locos microssatélites, em que todas as subpopulações foram caracterizadas geneticamente por meio das estatísticas descritivas. A divergência genética entre variedades foi avaliada com a AMOVA, técnicas de agrupamento multivariadas e inferência Bayesiana. A estrutura genética foi estimada dentro e entre as 32 subpopulações de H. stigonocarpa. Estatísticas espaciais foram realizadas para avaliar a existência de padrões espaciais na variabilidade genética. Além disso, análises de complementariedade genética foram utilizadas para selecionar subpopulações potenciais para conservação. Os nove locos microssatélites foram polimórficos, apresentando níveis moderados de diversidade genética. A AMOVA revelou divergência genética considerável entre as variedades botânicas e aliada às análises de agrupamento indica que a variedade brevipetiolata é a mais diferente geneticamente quando comparado às variedades stigonocarpa e pubescens, que formaram um único grupo. As 32 subpopulações apresentaram baixa endogamia (f= 0,082; p

Os saltos de Guaíra, também denominados Sete Quedas, constituíam até 1982 uma barreira para a dispersão de peixes migradores. Este trabalho teve por objetivo verificar se populações de Pseudoplatystoma corruscans (Osteichthyes, Pimelodidae) eram isoladas pelos saltos de Guaíra. Amostras provenientes da planície de inundação do alto rio Paraná (PL), do reservatório Itaipu (IT) e de jusante de Yacyretá (YA), foram comparadas por RAPD. O FST de Lynch foi significativo entre PL e IT (0,090) e PL e YA (0,112). O fluxo gênico estimado (Nm) variou de 2,0 entre PL e YA a 8,1 entre IT e YA, e a distância genética de Nei de D = 0,0638 entre PL e YA a D = 0,0174 entre IT e YA. Estes resultados indicam existência de diferenciação genética e que, possivelmente, Sete Quedas isolavam reprodutivamente as populações. Sugerem, também, a possibilidade de áreas diferentes de desova, impedindo parcialmente a homogeneização genética das populações IT e PL.Until 1982, the Guaíra Falls, also named the Seven Falls, constituted a barrier to the dispersion of migratory fish in the Paraná River. The objective of this work was to verify if populations of Pseudoplatystoma corruscans (Osteichthyes, Pimelodidae) were isolated by the Guaíra Falls. Samples from the Upper Paraná River floodplain (PL), the Itaipu reservoir (IT), and downstream Yacyretá reservoir (YA) were compared by RAPD markers. Lynch's FST was significant between PL and IT (0.090), and PL and YA (0.112). Estimated gene flow (Nm) varied from 2.0 between PL and YA to 8.1 between IT and YA. Nei's genetic distance varied from D = 0.0638 between PL and YA to D = 0.0174 between IT and YA. These results indicate the existence of genetic differentiation and that, possibly, the Guaíra Falls isolated the populations reproductively. They also suggest the possibility of different spawning areas, partially avoiding the genetic homogenization of the IT and PL populations.

Glossina palpalis gambiensis é o principal vector de Tripanossomose Humana Africana (THA) na África Ocidental e a mosca tsé-tsé mais comum na Guiné-Bissau. Apesar da sua ampla distribuição, nenhum caso de THA tem sido reportado no país desde finais dos anos 70 do século XX. Populações naturais do Grupo palpalis demonstraram diferentes níveis de variação intraespecífica que podem influenciar a sua capacidade vectorial. Portanto, o conhecimento exacto acerca da identidade das espécies e estrutura populacional é essencial para prever o possível restabelecimento e propagação da transmissão de THA na Guiné-Bissau. A variação genética foi analisada em amostras de Glossina palpalis gambiensis de cinco regiões da Guiné-Bissau, com recurso a microssatélites. Três das regiões pertencem à parte continental e duas representam a parte insular do país. No total, 261 moscas tsé-tsé do sexo feminino foram genotipadas para 11 loci microssatélites. Baixos níveis de diferenciação genética foram observados entre as populações de G. p. gambiensis da Guiné-Bissau (FST = 0,006, P = 0,002). Este resultado está de acordo com a análise de agrupamentos, que revelou a presença de um único cluster agrupando todas as amostras, independentemente da origem geográfica. De um modo geral, estes resultados sugerem uma baixa subestruturação populacional em G. p. gambiensis nesta região. Análises de equilíbrio mutação-deriva sugerem ainda a ocorrência de expansão populacional recente. As evidências genéticas sugerem consideráveis níveis de fluxo genético entre as populações continentais e entre as populações insulares e continentais da Guiné-Bissau. No caso do restabelecimento de focos de transmissão de THA, a possibilidade de disseminação do protozoário Trypanosoma, através da dispersão activa das moscas tsé-tsé, deve ser tida em conta no planeamento de estratégias de controlo vectorial na Guiné-Bissau. Glossina palpalis gambiensis is the most common tsetse fly in Guinea-Bissau and a major vector of Human African Trypanosomiasis in West Africa (HAT). Despite its widespread distribution, no vector-mediated HAT transmission has been reported in the country since the late 1970s. Wild populations of the palpalis group display different levels of intraspecific variation that may influence vectorial capacity. Therefore, accurate knowledge on species identity and population structure is essential to predict the possible reestablishment and spread of HAT transmission in Guinea-Bissau. Genetic variation was analyzed in Glossina palpalis gambiensis samples from five regions of Guinea Bissau. Three of the regions are in the mainland and two represent the insular part of the country. A total of 261 female tsetse flies were genotyped for 11 microsatellite loci. Low levels of genetic differentiation were observed among G. p. gambiensis populations from Guinea-Bissau (FST = 0.006, P = 0,002). This result is in agreement with model-based clustering analyses that revealed the presence of a single population cluster grouping all samples, regardless of geographic origin. These results suggest very little population substructure in G. p. gambiensis from this region. Mutation-drift equilibrium analysis suggests the occurrence of a recent population expansion. Genetic evidence suggests considerable gene flow among G. palpalis gambiensis populations within mainland and between islands and mainland Guinea-Bissau. In the case of focal reestablishment of HAT transmission, the possibility of Trypanosoma dissemination through tsetse fly active dispersal should be taken into account when planning vector control actions in Guinea-Bissau.

CNPQ Podocarpus sellowii, única conífera nativa do Nordeste brasileiro, é descrita atualmente para apenas três pequenas populações em brejos de altitude na Região. O baixo número de indivíduos adultos, somado ao longo isolamento geográfico dessas populações, pode estar levando a um aumento nas taxas de endogamia e consequentemente a uma redução na variabilidade genética dessas populações e de sua viabilidade a longo prazo. O objetivo desse trabalho foi analisar a variabilidade genética de P. sellowii a partir de marcadores moleculares do tipo microssatélites, a fim de investigar a estruturação genética dessas populações e subsequentemente propor estratégias de conservação para a espécie. Foi observada uma alta proporção de loci monomórficos (57%) que, aliada ao baixo número de alelos por loci polimórficos encontrado (2,33) sugere uma baixa variabilidade genética para as populações analisadas. A diversidade gênica (HE) abaixo do normalmente encontrado para arbóreas dióicas e coníferas enfatiza essa observação. É possível que a mortalidade de indivíduos com alelos letais e subletais e a deriva genética estejam levando ao excesso de heterozigotos observado pelos valores negativos de FIS. A maior parte da variação genética foi encontrada dentro das populações, como esperado para espécies arbóreas perenes dióicas. Por outro lado, altos índices de diferenciação genética (FST) e um baixo número de migrantes (Nm) foram encontrados entre a população de Baturité (BT) e as demais. O isolamento dessa população também foi revelado pela presença de dois alelos exclusivos (28% do total de alelos encontrados) na mesma. Nossos dados revelaram a necessidade de aumentar a variabilidade genética nas populações nordestinas, sem desconsiderar a diferenciação acentuada já existente entre as populações remanescentes.

The freshwater stingrays from the Potamotrygonidae family are cartilaginous fish of marine origins that invaded the Amazon basin during the Miocene. There are other freshwater species, such as from the Dasyatidae family, but only the stingrays of the Potamotrygonidae are fully adapted and have all their life cycle in freshwater. There are three genus in Potamotrygonidae. Paratrygon and Plesiotrygon with only one species each, and Potamotrygon with 18 species and others to be described. The Amazon basin has the highest diversity of species, with 13 described species, while the Paraná- Paraguay basin has seven species. Most species are endemic, with few species inhabiting more than one basin, for example, P. motoro. In the Upper Paraná River, there are now two species, P. motoro and P. falkneri, which invaded this environment after the construction of Itaipu. In this study we evaluated the genetic variability and genetic differentiation of the potamotrygonids in the Upper Paraná River, the possibility of interspecific hybridization and comparison between populations of P. motoro from the Upper Paraná River, Orinoco River and the Amazon basin. Both species, P. motoro and P. falkneri showed low genetic diversity, however, with some molecular markers, two groups were identified in P. falkneri. More studies are required to confirm this result. The genetic differentiation between the two species was also very low, emphasizing the recent speciation of these two species. Hybrid individuals were detected between P. motoro and P. falkneri in the Upper Paraná River. The analysis between the populations of P. motoro from the Upper Paraná River, Orinoco River and the Amazon basin showed that these populations do not belong to the same species. Therefore, P. motoro should be considered a species complex, and their identification restricted to the Paraná-Paraguay basin, where were described. As raias da família Potamotrygonidae são peixes cartilaginosos de origem marinha que invadiram a bacia Amazônica durante o mioceno. Existem outras espécies de água doce, como por exemplo, as raias da família Dasyatidae, mas apenas as raias da família Potamotrygonidae estão totalmente adaptadas e apresentam todo seu ciclo de vida em água doce. Existem três gêneros em Potamotrygonidae. Paratrygon e Plesiotrygon com apenas uma espécies cada, e Potamotrygon com 18 espécies e outras a serem descritas. A bacia amazônica apresenta a maior diversidade de espécies, com 13 espécies descritas, enquanto que a bacia Paraná- Paraguai apresenta sete espécies. A maioria das espécies são endêmicas, com poucas espécies habitando mais de uma bacia hidrográfica, como por exemplo, P. motoro. No alto rio Paraná existem duas espécies, P. motoro e P. falkneri, que invadiram esse ambiente após a construção de Itaipu. No presente trabalho foram avaliadas a variabilidade genética e a diferenciação genética das espécies presentes no alto rio Paraná, a possibilidade de hibridação inter-específica e a comparação entre indivíduos de P. motoro do alto rio Paraná com indivíduos do rio Orinoco e da bacia Amazônica. Ambas as espécies, P. motoro e P. falkneri, apresentaram baixa diversidade genética, entretanto, com alguns marcadores moleculares, foram identificados dois grupos bem diferenciados em P. falkneri. Esse resultado deve ser melhor estudado para confirmar a sua validade. A diferenciação genética entre as duas espécies também foi muito baixa, fato que ressalta a especiação recente dessas duas espécies. Foram detectados indivíduos híbridos entre P. motoro e P. falkneri no alto rio Paraná. A comparação entre as populações de P. motoro do alto rio Paraná, rio Orinoco e bacia Amazônica mostrou que estas populações não pertencem à mesma espécie. Portanto, P. motoro deve ser considerado um complexo de espécies, e sua identificação restrita a populações da bacia Paraná- Paraguai, local de sua descrição. 61 f

O objetivo deste trabalho foi estimar a diversidade genética de populações de Zabrotes subfasciatus, por meio de marcadores moleculares ISSR. Foram avaliadas 12 populações, provenientes de oito estados brasileiros, no total de 269 indivíduos. Cinco iniciadores ISSR permitiram a obtenção do total de 51 fragmentos polimórficos. A percentagem média de locos polimórficos, dentro de cada população, foi de 83,8%. A heterozigosidade corrigida de Nei esperada variou de 0,23 a 0,33, com média de 0,29, e o índice de diversidade genética de Shannon e Weaver variou de 0,29 a 0,48, com média de 0,42. No nível de espécie, estes dois índices apresentaram valores de 0,36 e 0,54, respectivamente. A análise de variância molecular mostrou que 66% da variância molecular total pode ser atribuída a diferenças intrapopulacionais e que os 34% restantes podem ser atribuídos a diferenças interpopulacionais. O teste de Mantel mostrou baixa correlação entre: distância geográfica e diferenciação genética, identidade genética e diferenciação genética e, distância genética de Nei e diferenciação genética. As populações brasileiras de Z. subfasciatus possuem baixa diferenciação genética e fraca estruturação geográfica. The objective of this work was to evaluate the genetic diversity of populations of Zabrotes subfasciatus through ISSR molecular markers. Twelve populations from eight Brazilian states were sampled in the total of 269 individuals. Five ISSR primers were used and a total of 51 polymorphic bands were obtained. The percentage of polymorphism within population averaged 83.8%. Nei’s unbiased expected heterozygosity ranged from 0.23 to 0.33, with an average of 0.29, and the Shannon & Weaver’s index of gene diversity varied from 0.29 to 0.48, with an average of 0.42. At species level, these two indexes were 0.36 and 0.54, respectively. The analysis of molecular variance showed that 66% of the total molecular variance can be attributed to differences within population, while 34% was apportioned among populations. Mantel’s test showed a low correlation between: geographic distance and genetic differentiation, genetic identity and genetic differentiation, and Nei’s genetic distance and genetic differentiation. The genetic differentiation in Brazilian populations of Z. subfasciatus is low and geographic structuring is weak.

Until 1982, the Guaíra Falls, also named the Seven Falls, constituted a barrier to the dispersion of migratory fish in the Paraná River. The objective of this work was to verify if populations of Pseudoplatystoma corruscans (Osteichthyes, Pimelodidae) were isolated by the Guaíra Falls. Samples from the Upper Paraná River floodplain (PL), the Itaipu reservoir (IT), and downstream Yacyretá reservoir (YA) were compared by RAPD markers. Lynch's FST was significant between PL and IT (0.090), and PL and YA (0.112). Estimated gene flow (Nm) varied from 2.0 between PL and YA to 8.1 between IT and YA. Nei's genetic distance varied from D = 0.0638 between PL and YA to D = 0.0174 between IT and YA. These results indicate the existence of genetic differentiation and that, possibly, the Guaíra Falls isolated the populations reproductively. They also suggest the possibility of different spawning areas, partially avoiding the genetic homogenization of the IT and PL populations. Os saltos de Guaíra, também denominados Sete Quedas, constituíam até 1982 uma barreira para a dispersão de peixes migradores. Este trabalho teve por objetivo verificar se populações de Pseudoplatystoma corruscans (Osteichthyes, Pimelodidae) eram isoladas pelos saltos de Guaíra. Amostras provenientes da planície de inundação do alto rio Paraná (PL), do reservatório Itaipu (IT) e de jusante de Yacyretá (YA), foram comparadas por RAPD. O FST de Lynch foi significativo entre PL e IT (0,090) e PL e YA (0,112). O fluxo gênico estimado (Nm) variou de 2,0 entre PL e YA a 8,1 entre IT e YA, e a distância genética de Nei de D = 0,0638 entre PL e YA a D = 0,0174 entre IT e YA. Estes resultados indicam existência de diferenciação genética e que, possivelmente, Sete Quedas isolavam reprodutivamente as populações. Sugerem, também, a possibilidade de áreas diferentes de desova, impedindo parcialmente a homogeneização genética das populações IT e PL.

Dissertação de Mestrado em Genética Molecular Comparativa e Tecnológica Em Portugal, a Ruditapes decussatus, amêijoa-boa (Bivalvia, Veneridae) tem uma distribuição geográfica ampla, sendo essencialmente no Sul de Portugal que o seu valor e procura são mais elevados. Apesar da sua importância económica e comercial, sobretudo para o desenvolvimento local e regional, nenhum estudo populacional genético em populações portuguesas de R. decussatus foi, até hoje realizado. Esta dissertação de Mestrado teve dois objectivos gerais, o primeiro referente ao desenvolvimento de um método de extracção de DNA em bivalves, em que a qualidade e quantidade do DNA obtido fosse elevada. O método descrito neste trabalho baseia-se no uso do sistema automático de extracção de ácidos nucleicos QuickGene-800 e no “kit” QuickGene DNA Tissue desenvolvido pela FUJIFILM LIFE SCIENCE. O segundo objectivo foi o estudo da variabilidade inter e intra-populacional de duas populações (Alvor e Faro) de R. decussatus, através da utilização de RAPDs. A escolha de RAPDs como marcador molecular para o estudo da diversidade genética de e entre populações reside sobretudo no facto de os resultados gerados por este marcador molecular serem muito confiáveis, pois os genótipos são analisados no âmbito molecular. Isso significa que toda a variação detectada é de causa genética, anulando a influência do ambiente. A quantificação da diversidade e diferenciação genética das populações de R. decussatus foi o próximo passo da investigação. Os dados de RAPDs obtidos foram então analisados bioinformaticamente, recorrendo-se aos softwares POPGENE 1.32 e TFPGA 1.3, os quais estimaram diversos parâmetros sobre a diversidade genética dentro e entre as populações de R. decussatus em análise. A diversidade genética intra-populacional estimada em cada uma das populações foi bastante elevada, enquanto que a diferenciação genética entre as populações apresentou valores muito baixos. As conclusões retiradas da análise dos resultados permitem afirmar que estas duas populações poderiam ser usadas no repovoamento e melhoramento genético de populações da espécie. In Portugal, Ruditapes decussatus (“groovedcarpet shell”, Bivalvia, Veneridae) is among the most common clam species found in the market for human consumption, taking a great commercial and economic importance. However, and in spite of the great commercial importance of the several clam species, specially the groovedcarpet shell, almost any selection study or genetic improvement was made, to the moment, in this group of species, being that in the Portuguese populations of R. decussatus its scarcity is high. Such commercial and economic importance demands knowledge of the genetic variability and of of the phylogenetic relationships of the different species, together with data regarding the biology, ecology and morphology of the species. This work had two general objectives, the first regarding the establishment of a method for optimal DNA extraction, that would attain a high purity molecular DNA and low chaotropic salt contamination based on the use of the automatic system machine QuickGene-800 and the QuickGene DNA Tissue kit developed by FUJIFILM Life Sciene. The second objective was the study of variability in two Portuguese populations of R. decussatus (Alvor and Faro) through the use of RAPDs. The choice of these molecular markers for this study is based in the fact that results for population diversity generated by RAPDs, are very trustworthy, because the genotypes are analyzed at the molecular level. This means that all variation detected is of genetic cause, annulling the influence of the environment. The diversity and genetic differentiation analysis in R. decussatus populations of was the next step in this investigation. The data obtained by RAPDs was then bioinformatically analysed using the softwares POPGENE 1.32 and TFPGA 1.3, which estimated several genetic parameters for diversity and differentiation of these populations. The estimated genetic diversity of each one of the two populations was elevated in contrast with the genetic differentiation between the two populations that displayed very low differentiation values. The results’ analysis allowed concluding that these two populations can be used in the restocking and genetic improvement of populations of the same species with no risk of an environmental and genetic disaster for this species.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-10-15Bitstream added on 2014-06-13T20:33:51Z : No. of bitstreams: 1 silva_pvc_me_jabo.pdf: 474489 bytes, checksum: 1d66e81d39696776d2b564803c77e0a8 (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Universidade Estadual Paulista (UNESP) A ocorrência de híbridos entre javalis e suínos, tanto na natureza como em cativeiro, é bastante comum. Assim, tem-se detectado polimorfismo em javalis, variando o número de cromossomos de 36 a 38. Nesse sentido, objetivou-se, com este trabalho, caracterizar geneticamente javalis (Sus scrofa scrofa) puros e híbridos criados no Brasil, por meio de loci de microssatélites (STRs) do suíno doméstico (Sus scrofa domestica). Para efeito de classificação, os animais foram agrupados, segundo análise de pedigree e número diplóide (2n), em 5 grupos genéticos: grupo I, constituído de 59 suínos domésticos; grupo II, formado por 46 javalis puros de origem; grupo III, constituído de 3 híbridos, com 2n=36, provenientes de acasalamentos entre híbridos e retrocruzamentos; grupo IV, representando 30 híbridos com suíno doméstico de ploidia igual a 37 cromossomos; e grupo V, constituídos de 10 híbridos também com o doméstico, porém com 2n=38, conhecidos popularmente como Javaporcos, devido à similaridade cariotípica e fenotípica com o suíno doméstico. O DNA genômico foi extraído e, posteriormente, amplificou-se, pela técnica de PCR, os fragmentos desses microssatélites - IGF1, ACTG2, TNFB -, os quais foram desenvolvidos para a subespécie Sus scrofa domestica. As condições de amplificação foram padronizadas para as amostras de javali realizadas em um termociclador, com as temperaturas de anelamento variando para cada primer. Ao final das amplificações, os produtos dos microssatélites foram colocados em um seqüenciador capilar modelo ABI 3100 Avant (Applied Biosystems). A partir dos resultados obtidos no presente trabalho, concluiu-se que os microssatélites IGF1, ACTG2 e TNFB, usados em suínos, são eficiente na amplificação heteróloga e podem ser aplicados em javali. Os javalis puros se diferenciam geneticamente dos suínos e dos híbridos... The occurrence of crossbred animals between wild boar and pigs, both in nature and in captivity, is quite common. Thus, polymorphism has been detected among wild boar, varying chromosomes from 36 to 38. Considering this, the objective of the present work was to perform a genetic characterization of wild boar and crossbred boars raised in Brazil, through. the microsatellites loci (STRs) of the domestic pig (Sus scrofa domestica). For classification purposes, the animals were grouped according to pedigree analysis and diploid number (2n) into 5 genetic groups: group I, composed of 59 domestic pigs with 2n = 38; group II, composed of 46 wild boar with 2n = 36 imported from France in 1997; group III, composed of 3 crossbred animals with 2n = 36 from the crossing between crossbred and backcrossing animals; group IV, composed of 30 crossbred animals with domestic pig with ploidy equal to 37 chromosomes and group V, composed of 10 crossbred animals also with domestic pig, but with 2n = 38, popularly known as “Boarpigs” due to their karyotypic and phenotypic similarity with the domestic pig. The genomic DNA was extracted and, after that, the fragments of these microsatellites - IGF1, ACTG2, TNFB - were amplified through the PCR technique, which were developed for the Sus scrofa domestica species. The amplification conditions were standardized for wild boar samples and performed in a thermocycler with the annealing temperatures varying for each primer. At the end of amplifications, the products of microsatellites were placed in a genetic analyzer model ABI 3100 Avant (Applied Biosystems). Considering the results of this research, the microsatellites IGF1, ACTG2 and TNFB used for pigs, were considered to be efficient on the heterologous amplifications and can also be applied on wild boar. The wild boar differs genetically from pigs and crossbreds... (Complete abstract, click electronic access below)

Foram analisadas nove espécies de Anopheles dos subgêneros Nyssorhynchus e Anopheles, utilizando-se marcadores isoenzimático e a região controle do DNA mitocondrial para verificar as diferenças genéticas intra e interespecífica que possam estar relacionadas à capacidade vetorial de cada espécie, e tentar compreender as relações de parentescos entre elas. Para a análise isoenzimática foram empregados oito sistemas (EST, LAP, IDH, MDH, HK, ME, PGM e PGI), em gel de amido e amido-agarose com tampões e colorações específicas. Os resultados revelaram que dos 13 locos analisados, nove mostraram-se polimórficos (EST1, EST5, LAP1, LAP2, IDH1, MDH1, HK3, ME1, PGM). Das nove espécies estudadas, A. albitarsis de Maruanum-AP apresentou o maior polimorfismo (P = 53.8%). No entanto, A. darlingi de Macapá-AP mostrou maior heterozigosidade (Ho = 0,167 ± 0,071 e He = 0,173 ± 0,061). A análise da estrutura genética, com base nas estatísticas de Wright para as populações de A. albitarsis, A. darlingi e A. benarrochi mostraram que os locos apresentaram elevada estruturação genética (Fst = 0,082, Fst = 0,110 e Fst = 0,016, respectivamente). No entanto, a distância genética nas populações de A. darlingi, A. albitarsis e A. benarrochi mostrou grande similaridade. Considerando todas as populações das espécies analisadas, a distância genética foi maior, variando de 0,003 a 1,144. Os dados da região controle do DNA mitocondrial mostraram pouca diferença sendo observada variação na composição nucleotídica quanto ao conteúdo de adenina (A) e timina (T) nas espécies dos dois subgêneros. O subgênero Nyssorhynchus foi o que apresentou maior composição de A e T indicando maior polimorfismo, decorrente, possivelmente de uma maior taxa de mutação. A distância nucleotidica interespecífica variou de 0,6 a 44,2%, indicando maior divergência genética quando comparada aos dados isoenzimáticos. Os dados isoenzimáticos e do DNA mitocondrial das espécies estudadas mostraram que A. oswaldoi e A. rangeli foram as mais similares geneticamente. Nine species of Anopheles of the subgenera Nyssorhynchus and Anopheles were analysed using isoenzymatic markers and the DNA mitochondrial control region in order to ascertain the intra e inter-specific genetic differences that may be related to each species vectoring ability, and to try to understand the parental relationships among them. Eight systems (EST, LAP, IDH, MDH, HK, ME, PGM and PGI), in starch and starch-agarose gel with specific buffers and staining were employed for the isoenzymatic analysis. The findings revealed that of the 13 analysed loci, nine were polymorphic (EST1, EST5, LAP1, LAP2, IDH1, MDH1, HK3, ME1, PGM). Of the nine studied species, A. albitarsis from Maruanum presented the highest polymorphism (P = 53.8%). Nevertheless, A. darlingi from Macapá showed higher heterosygosity (Ho = 0.167 ± 0.071 and He = 0.173 ± 0.061). The genetic structure analysis, based on the Wright statistics for the populations of A. albitarsis, A. darlingi and A. benarrochi showed that the loci presented high genetic structuring (Fst = 0.082, Fst = 0.110 and Fst = 0.016, respectively). Nonetheless, the genetic distance in populations of A. darlingi, A. albitarsis and A. benarrochi showed great similarity. Considering all analysed species populations, the genetic distance was greater, ranging from 0.003 to 1.144. Mitochondrial DNA control region data showed little difference being variation observed on the nucleotidic composition as to the adenine (A) and timine (T) content in the species of the two subgenera. Subgenus Nyssorhynchus was the one presenting higher A and T composition indicating higher polymorphism, due possibly to a higher mutation rate. Inter-specifics nucleotidic distance ranged from 0.6 to 44.2%, indicating higher genetic divergence when compared with the isoenzymatic data. Mitochondrial DNA and isoenzymatic data from the studied species showed that A. oswaldoi and A. rangeli were the most genetically similar.