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Escherichia coli O157:H7 is a foodborne pathogen implicated in numerous outbreaks worldwide that has the ability to cause extra-intestinal complications in humans. The Enteropathogens Division of the Central Public Health Laboratory (CPHL) in Paraguay is working to improve the genomic characterization of Shiga toxin-producing E. coli (STEC) to enhance laboratory-based surveillance and investigation of foodborne disease outbreaks. Whole genome sequencing (WGS) is proposed worldwide to be used in the routine laboratory as a high-resolution tool that allows to have all the results in a single workflow. This study aimed to carry out for the first time, the genomic characterization by WGS of nine STEC O157:H7 strains isolated from human samples in Paraguay. We were able to identify virulence and resistance mechanisms, MLST subtype, and even establish the phylogenetic relationships between isolates. Furthermore, we detected the presence of strains belonging to hypervirulent clade 8 in most of the isolates studied.

RESUMEN Introducción: Las enfermedades diarreicas agudas (EDA) constituyen un problema de salud pública y son una de las causas más importantes de mortalidad y morbilidad en niños a nivel mundial. Objetivo: Determinar la prevalencia de enteropatógenos causantes de EDA en el área metropolitana de Asunción y Central. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional, descriptivo de corte transverso. Se analizaron 743 muestras de heces diarreicas, en las cuales se investigó la presencia de Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Escherichia coli diarreigénicas y Rotavirus, utilizando técnicas de referencia. Resultados: En el 31,2% (232/743) de las muestras fue posible identificar al menos uno de los patógenos entéricos investigados, siendo las E. coli diarreigénicas fueron las bacterias identificadas con mayor frecuencia, seguido por Rotavirus, Campylobacter spp., Shigella spp. y en último lugar, Salmonella spp. Conclusión: La población más afectada corresponde a niños menores de 5 años. El principal patógeno identificado como agente causal de diarreas fueron las E. coli diarreigénicas en primer lugar, seguido por Rotavirus, Campylobacter spp., Shigella spp. y Salmonella spp. En algunas muestras se detectaron más de un patógeno entérico, encontrando incluso casos de coinfección con hasta cuatro patógenos diferentes. ABSTRACT: Introduction: Acute diarrheal diseases (ADD) constitute a public health problem and are one of the most important causes of mortality and morbidity in children worldwide. Objective: To determine the prevalence of enteropathogens causing ADD in the metropolitan area of Asunción and Central. Materials and methods: An observational, descriptive cross-sectional study was conducted. 743 samples of diarrheic feces were analyzed, in which the presence of Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Escherichia coli diarreigenic and Rotavirus was investigated, using reference techniques. Results: In 31.2% (232/743) of the samples it was possible to identify at least one of the enteric pathogens investigated, being the diarrhenetic E. coli were the most frequently identified bacteria, followed by Rotavirus, Campylobacter spp., Shigella spp. and lastly, Salmonella spp. Conclusion: The most affected population corresponds to children under 5 years of age. The main pathogen identified as the causative agent of diarrhea was diarrigenic E. coli, followed by Rotavirus, Campylobacter spp., Shigella spp. and Salmonella spp. In some samples more than one enteric pathogen was detected, even finding cases of coinfection with up to four different pathogens.

RESUMEN Salmonella enterica es un patógeno transmitido por alimentos y agente etiológico de brotes alimentarios de gran impacto en la salud humana. El aumento de la resistencia bacteriana constituye una amenaza a la salud pública, la aparición de cepas de Salmonella con resistencia a múltiples antimicrobianos (MDR) fue descrita en humanos, alimentos y animales para consumo; por ello se considera muy importante conocer la situación epidemiológica local. El objetivo de este trabajo fue generar información sobre los serotipos circulantes, resistencia a los antibióticos y presencia de resistencia simultánea a múltiples fármacos en Salmonella provenientes de muestras clínicas humanas y muestras de alimentos en el periodo desde 2017 a 2019. Fueron analizadas un total de 668 cepas de Salmonella aisladas en los años 2017, 2018 y 2019 a partir de muestras clínicas humanas y de alimentos, en el Laboratorio Central de Salud Pública y/o remitidas por Laboratorios de la Red de Enteropatógenos. Se observaron serotipos muy diversos con prevalencia del serovar Heidelberg en alimentos y Typhimurium en muestras de humanos. Se encontró que el 45,4% de las cepas fueron sensibles a todos los antibióticos (ATB), el 35,6% fueron resistentes de 1 a 6 ATB y el 19% con sensibilidad intermedia; observándose mayor resistencia a Tetraciclina, Ác. Nalidíxico, Ampicilina y Nitrofurantoína, en menor grado se evidenció resistencia a cefalosporinas (C3ªG) y a ciprofloxacina. El 16.9% de las cepas presentaron resistencia múltiple (3 o más antibióticos) con 37 fenotipos distintos. Las serovariedades que presentaron mayor resistencia a los antimicrobianos fueron Heidelberg, Schwarzengrund y Typhimurium. ABSTRACT Salmonella enterica is a foodborne pathogen and etiological agent of food outbreaks with a great impact on human health. The increase in bacterial resistance constitutes a threat to public health. The appearance of Salmonella strains with resistance to multiple antimicrobials (MDR) has already been described in humans, food and animals for consumption; for this reason, it is considered very important to know the local epidemiological situation. The target of this work was to generate information on circulating serotypes, antibiotic resistance and the presence of simultaneous resistance to multiple drugs in Salmonella from human clinical samples and food samples in the period from 2017 to 2019. A total of 668 Salmonella strains isolated in the years 2017, 2018 and 2019 were analyzed from human and food clinical samples, at the Central Public Health Laboratory and / or sent by Laboratories of the Enteropathogens Network. Very diverse serotypes were observed with prevalence of Heidelberg serovar in food and Typhimurium in human samples .It was found that 45,4% of the strains were sensitive to all antibiotics (ATB), 35,6% were resistant from 1 to 6 ATB and 19% with intermediate sensitivity; observing greater resistance to Tetracycline, Ác. Nalidixic, Ampicillin and Nitrofurantoin, to a lesser degree resistance to cephalosporins (C3ªG) and ciprofloxacin was evidenced. The 16.9% the strains presented multiple resistance (3 or more antibiotics) with 37 different phenotypes. The serovars with the highest antimicrobial resistance were Heidelberg, Schwarzengrund and Typhimurium.

Las Enfermedades de Transmisión Alimentaria (ETA) son un problema de salud pública con altos índices de morbilidad y mortalidad a nivel global. La vigilancia y estudio de brotes de las ETA a través de Electroforesis de Campo Pulsado (PFGE) constituye un soporte fundamental para la investigación epidemiológica. El objetivo del estudio es presentar la base de datos de perfiles genéticos bacterianos y analizar brotes de enfermedades transmitidas por alimentos empleando Electroforesis de Campo Pulsado. Estudio descriptivo observacional de carácter retrospectivo, muestreo por conveniencia en el que fueron estudiados 778 aislamientos bacterianos causantes de ETA. La Base de Datos Nacional (BDN) quedó conformada por los siguientes patógenos entéricos; Salmonella spp., Shigella sonnei, Vibrio cholerae, Campylobacter spp., Escherichia coli O157:H7 y Escherichia coli no O157 caracterizados por una diversidad de patrones únicos, clusters y brotes. La BDN de Salmonella spp., quedó representada por un total de 558 cepas con 248 PUN, de las cuales 22,6% (126 cepas) corresponden a Salmonella enterica ser. Typhimurium, 20,6% (115 cepas) a Salmonella enterica ser. Enteritidis, 9,1% (51 cepas) a Salmonella enterica ser. Newport, 1,6% (9 cepas) a Salmonella enterica ser. Muenchen, que al mismo tiempo son los serotipos que están asociados a brotes. Fueron confirmados un total de 13 brotes causados por Salmonella spp.; Shigella sonnei con 113 cepas estudiadas, 57 patrones únicos y 19 clusters detectados. Se identificaron 3 patrones PYJ16X01.0012, PYJ16X01.0034 y PYJ16X01.0014 como los predominantes. Vibrio cholerae con 18 cepas estudiadas, 9 patrones únicos y 4 clusters detectados. Se pudo establecer una relación genética del 100% entre cepas de Vibrio cholerae O1 biotipo El Tor serotipo Ogawa productora de toxinas ctxA y tcpA aislada del caso índice del brote de cólera. Campylobacter spp., con 62 cepas estudiadas, 42 patrones únicos y 10 clusters detectados. La BDN de E. coli productor de toxina shiga O157 y no O157, con 9 y 20 cepas de origen humano respectivamente, caracterizadas según sus factores de virulencia y subtipos. Se reconocieron 8 patrones electroforéticos PUN y 1 cluster para E. coli productor de toxina shiga O157, y 18 PUN y 1 clúster para E. coli productor de toxina shiga no O157.La disponibilidad de una Base de Datos Nacional de patógenos bacterianos transmitidos por alimentos constituye un importante avance para la salud pública, con un gran aporte en la vigilancia y epidemiología del país permitiendo la confirmación y detección de brotes discriminando aislamientos relacionados genéticamente y por consiguiente el estudio de relaciones clonales y probable origen

RESUMEN La infección causada por Salmonella spp. y por Campylobacter spp. son las enfermedades transmitidas por alimentos (ETA) reportadas más frecuentemente en el mundo, siendo la carne de pollo uno de los vehículos alimentarios más importantes para ambas. Se presenta los primeros resultados de la vigilancia antimicrobiana integrada de las ETA de Salmonella spp. y Campylobacter spp. en tres poblaciones. En este estudio descriptivo de corte transverso, de casos consecutivos, se recolectaron muestras de diversos orígenes de carne de pollo y distintas poblaciones para su aislamiento, caracterización y perfil de resistencia. Se observó una prevalencia de Campylobacter spp. del 13% en alimentos, 20% en muestras clínicas y 55% en heces cloacales de aves, con alta prevalencia de Campylobacter jejuni en las tres poblaciones; de Salmonella spp fue 6% en alimentos, 13% en muestras clínicas y 3% en heces cloacales de aves, con predominio del serotipo Salmonella ser. Enteritidis en las muestras clínicas y heces cloacales de aves. La resistencia a ciprofloxacina de Campylobacter spp., entre 59-81% se destacó en las tres poblaciones estudiadas. Para Salmonella spp. se observó una resistencia a nitrofurantoina del 73% en heces cloacales de aves, 55% en alimentos y 19,4% en humanos; a tetraciclina, 42% en alimentos, 5% en muestras clínicas y 9% en heces cloacales; para el ácido nalidíxico la resistencia fue del 72% en animales y 53% en muestras clínicas. Es importante fortalecer la vigilancia integrada de la resistencia antimicrobiana en estas tres poblaciones de manera a detectar en forma oportuna mecanismos de resistencia que pudieran afectar al ser humano a través de la cadena alimentaria. ABSTRACT Infection caused by Salmonella ssp. and Campylobacter spp. are the foodborne diseases reported most frequently throughout the world, and chicken meat is considered one of the most important food vehicles for both. The objective was to present the first results obtained from the integrated antimicrobial surveillance of foodborne diseases of Salmonella spp. and Campylobacter spp in three populations. In this descriptive cross - sectional of consecutive sampling, samples were collected from different sources of chicken meat and different populations for isolation, characterization and resistance profile. A prevalence of 13% in food, 20% in clinical samples and 55% in cloacal feces was observed in the isolation of Campylobacter spp. with high prevalence of Campylobacter jejuni in all three populations followed by 6% in food, 13% in clinical samples and 3% in birds cloacal feces of Salmonella spp. with predominance in the isolation of the serotype Salmonella ser. Enteritidis in clinical sample populations and birds cloacal feces. The resistance of Campylobacter spp. to ciprofloxacin of 59-81%, stood out in the three populations under study, in contrast to Salmonella spp. A high resistance to nitrofurantoin of 73% was observed in poultry feces, 55% in foods and 19.4% in humans. Resistance to tetracycline was found in foods (42%), 5% in clinical samples and 9% in cloacal feces. A resistance of 72% was observed in animals and 53% in clinical samples for nalidixic acid. It is important to strengthen the integrated surveillance of antimicrobial resistance in these three populations in order to timely detect mechanisms of resistance that can affect the human being through the food chain.