1. Validation of a clinical practice-based algorithm for the diagnosis of autosomal recessive cerebellar ataxias based on NGS identified cases
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Martial Mallaret, Mathilde Renaud, Claire Redin, Nathalie Drouot, Jean Muller, Francois Severac, Jean Louis Mandel, Wahiba Hamza, Traki Benhassine, Lamia Ali-Pacha, Meriem Tazir, Alexandra Durr, Marie-Lorraine Monin, Cyril Mignot, Perrine Charles, Lionel Van Maldergem, Ludivine Chamard, Christel Thauvin-Robinet, Vincent Laugel, Lydie Burglen, Patrick Calvas, Marie-Céline Fleury, Christine Tranchant, Mathieu Anheim, Michel Koenig, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire ( IGBMC ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Biologie Cellulaire et Moléculaire, Université des Sciences et de la Technologie Houari Boumediene [Alger] ( USTHB ), Service de Neurologie, CHU Mustapha, Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute ( ICM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Service de Génétique et Cytogénétique [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Centre de Référence des Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Service de neurologie 1 [CHU Pitié-Salpétrière], Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Génétique des Anomalies du Développement ( GAD ), Université de Bourgogne ( UB ) -IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Service de neuropédiatrie et pathologie du développement, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Service de Génétique et d'Embryologie Médicale, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse, Ipsen Merz Actelion, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université des Sciences et de la Technologie Houari Boumediene [Alger] (USTHB), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Génétique des Anomalies du Développement (GAD), IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC-Université de Bourgogne (UB), CHU Trousseau [APHP], Université des Sciences et de la Technologie Houari Boumediene = University of Sciences and Technology Houari Boumediene [Alger] (USTHB), Université de Bourgogne (UB)-IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Neurologie [CHU Pitié-Salpêtrière], and IFR70-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
- Subjects
Male ,0301 basic medicine ,Neurology ,Bioinformatics ,form ,0302 clinical medicine ,Databases, Genetic ,Recessive ataxia ,Age of Onset ,Neurogenetics ,Neuroradiology ,medicine.diagnostic_test ,High-Throughput Nucleotide Sequencing ,deficiency ,cohort ,Middle Aged ,adck3 ,3. Good health ,Female ,medicine.symptom ,Algorithm ,Algorithms ,Adult ,medicine.medical_specialty ,Ataxia ,Adolescent ,Cerebellar Ataxia ,Genes, Recessive ,Physical examination ,[SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology ,cabc1/adck3 ,Young Adult ,03 medical and health sciences ,atrophy ,Next generation sequencing ,medicine ,Humans ,gene ,Aged ,Retrospective Studies ,Cerebellar ataxia ,business.industry ,Electromyography ,[ SDV.BC ] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology ,Reproducibility of Results ,mutations ,030104 developmental biology ,phenotypic variability ,Neurology (clinical) ,Age of onset ,business ,030217 neurology & neurosurgery ,ADCK3 - Abstract
International audience; Establishing a molecular diagnosis of autosomal recessive cerebellar ataxias (ARCA) is challenging due to phenotype and genotype heterogeneity. We report the validation of a previously published clinical practice-based algorithm to diagnose ARCA. Two assessors performed a blind analysis to determine the most probable mutated gene based on comprehensive clinical and paraclinical data, without knowing the molecular diagnosis of 23 patients diagnosed by targeted capture of 57 ataxia genes and high-throughput sequencing coming from a 145 patients series. The correct gene was predicted in 61 and 78 % of the cases by the two assessors, respectively. There was a high inter-rater agreement [K = 0.85 (0.55-0.98) p < 0.001] confirming the algorithm's reproducibility. Phenotyping patients with proper clinical examination, imaging, biochemical investigations and nerve conduction studies remain crucial for the guidance of molecular analysis and to interpret next generation sequencing results. The proposed algorithm should be helpful for diagnosing ARCA in clinical practice.
- Published
- 2016
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