1. Multiplex targeted high‐throughput sequencing in a series of 352 patients with congenital limb malformations
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Florence Petit, Clémence Vanlerberghe, Thomas Smol, Fabienne Giuliano, M.F. Odou, Sylvie Manouvrier-Hanu, Perrine Brunelle, William Dufour, Malika Balduyck, Fabienne Escande, Jamal Ghoumid, Marion Gérard, Philippe Khau Van Kien, Gilles Morin, Cindy Colson, Alice Goldenberg, Elise Brischoux-Boucher, Anne Dieux, Daphné Lehalle, Anne-Sophie Jourdain, Sébastien Moutton, Simon Boussion, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Maladies RAres du DEveloppement embryonnaire et du MEtabolisme : du Phénotype au Génotype et à la Fonction - ULR 7364 (RADEME), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Laboratoire de dynamique des systèmes neuroendocriniens, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Lille, Laboratoire Pierre Süe (LPS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre de génétique humaine [CHRU Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Service de Génétique [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Biologie, génétique et thérapies ostéoarticulaires et respiratoires (BIOTARGEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Dpt génétique médicale [CHU Nice], Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Service de génétique [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Laboratoire de génétique des maladies rares. Pathologie moleculaire, etudes fonctionnelles et banque de données génétiques (LGMR), IFR3, Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Equipe GAD (LNC - U1231), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Université Montpellier 1 (UM1)-IFR3, Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Inserm, Université de Lille, Maladies Rares du Développement : Génétique, Régulation et Protéomique (RADEME) - ULR 7364, Institut de Recherche Translationnelle sur l'Inflammation (INFINITE) - U1286, Maladies RAres du DÉveloppement embryonnaire et du Métabolisme : du phénotype au génotype et à la Fonction (RADEME) - ULR 7364, CIC CHU ( Lille)/inserm, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon [CHRU Besançon], Service de Génétique Clinique [CHU Caen], Université de Lausanne = University of Lausanne [UNIL], Hôpital Universitaire Carémeau [Nîmes] [CHU Nîmes], Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand [CHU Dijon], Unité de génétique médicale et oncogénétique [CHU Amiens Picardie], Maladies RAres du DEveloppement embryonnaire et du MEtabolisme : du Phénotype au Génotype et à la Fonction - ULR 7364 [RADEME], and Richard, Nicolas
- Subjects
Male ,Candidate gene ,limb malformation ,molecular diagnosis ,targeted high-throughput sequencing ,genetics ,DNA Copy Number Variations ,DNA Mutational Analysis ,Limb Deformities, Congenital ,[SDV.GEN.GH] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics ,Biology ,Real-Time Polymerase Chain Reaction ,Bioinformatics ,DNA sequencing ,03 medical and health sciences ,Humans ,Genetic Predisposition to Disease ,Multiplex ,Genetic Testing ,Uncertain significance ,Gene ,Alleles ,Genetic Association Studies ,Genetics (clinical) ,Likely pathogenic ,030304 developmental biology ,0303 health sciences ,030305 genetics & heredity ,High-Throughput Nucleotide Sequencing ,Phenotype ,3. Good health ,Radiography ,Clinical Practice ,[SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics ,Mutation ,Female - Abstract
International audience; Congenital limb malformations (CLM) comprise many conditions affecting limbs and more than 150 associated genes have been reported. Due to this large heterogeneity, a high proportion of patients remains without a molecular diagnosis. In the last two decades, advances in high throughput sequencing have allowed new methodological strategies in clinical practice. Herein, we report the screening of 52 genes/regulatory sequences by multiplex high-throughput targeted sequencing, in a series of 352 patients affected with various CLM, over a 3-year period of time. Patients underwent a clinical triage by expert geneticists in CLM. A definitive diagnosis was achieved in 35.2% of patients, the yield varying considerably, depending on the phenotype. We identified 112 single nucleotide variants and 26 copy-number variations, of which 52 are novel pathogenic or likely pathogenic variants. In 6% of patients, variants of uncertain significance have been found in good candidate genes. We showed that multiplex targeted high-throughput sequencing works as an efficient and cost-effective tool in clinical practice for molecular diagnosis of congenital limb malformations. Careful clinical evaluation of patients may maximize the yield of CLM panel testing.
- Published
- 2020