Search

[eng] The tracheal (respiratory) system of the Drosophila embryo is a network of interconnected epithelial tubes that supplies and exchanges the gas to maintain the homeostasis of the entire organism. Maintaining a controlled tube diameter and fitting tube length are two major requirements for proper tube function. The Epidermal growth factor receptor (EGFR), a Tyrosine Kinase Receptor (RTK), triggers one of the principal conserved signalling pathways operating in development and homeostasis. EGFR is known to be use reiteratively for organ and tissue formation in the fruitfly. One of the aims of this work was to gain new insights into the activity of EGFR during Drosophila development. We focused on the requirements of EGFR during the formation of the tracheal system. EGFR was previously known to be required for different aspects of tracheal development, such as for invagination, branching and epithelial integrity. In this work, we identify a new requirement for EGFR during tracheal formation in controlling the length of the tracheal tubes. We found that EGFR regulates the size of the Dorsal trunk (DT), the main branch of the Drosophila tracheal network. The constitutively activation of EGFR (EGFRCA) displays shorter tubes whereas a downregulation of EGFR (EGFRDN) activity leads to an overelongated and convoluted DT. This phenotype correlates with cell shape regulation, resulting in more cuboidal cells in the case of EGFRCA and more elongated cells in EGFRDN. This work shows that EGFR act as a hub to coordinate cell intrinsic and extrinsic tube elongation mechanisms. This role is performed through the regulation of the luminal deposition of the extracellular matrix regulator Serpentine (Serp) (extrinsic factor) and of the apical determinant Crumbs (Crb) in the DT (intrinsic factor). In EGFR downregulation conditions the accumulation of both proteins is altered, and this may lead to the defective control of tube size observed. We show that Crb and Serp are loaded in common endosomes, which require EGFR activity for the proper organisation, ensuring delivery of both cargoes to their final destination. The regulation of endosomal sorting of cargoes could be one of the molecular mechanisms downstream of EGFR, and therefore could regulate different morphogenetic and pathological EGFR-mediated events. We also report that during tracheal development Crb undergoes a complex pattern of recycling, which involves internalisation and different sorting pathways that ensures its apical subcellular accumulation. We propose that Crb recycles using the Rab11-Recycling Endosome route to accumulate preferentially to the Subapical Region (SAR) and a Rab4/Retromer short-loop from the endosome to the plasma membrane to enrich in the Apical free region (AFR). Concerning the accumulation of Crb in the SAR, our results indicate that Crb is not equally distributed in all cellular junctions, but instead it is more clearly accumulated in longitudinal cell junctions (LCJ) than in circumferential cell junctions (CCJ). Crb has been proposed to control tube length through apical membrane expansion, so we hypothesize that Crb promotes a polarised longitudinal/axial tube growth. Because Src42A was previously proposed to mediate polarised cell shape changes in DT cells by regulating membrane growth in the longitudinal/axial axis, we evaluated a possible Crb/Src42A interaction. We find that in loss of function conditions for Src42A, in which the DT remains shorter, Crb is more evenly distributed in all cellular junctions. The results suggest that Src42A may contribute to Crb preferential accumulation in the LCJ. FRAP experiments point to a role of Src42A in controlling the dynamics of Crb protein accumulation in junctions. Conversely, in conditions of constitutive activation of Src42A, where there is an overelongation of the DT, we find that Crb is lost from all junctions. In addition, Serp accumulation in the lumen is also severely affected. Altogether, these results suggest a possible role for Src42A in regulating trafficking., [spa] El sistema traqueal embrionario de Drosophila está compuesto por una red de tubos epiteliales interconectados, los cuales necesitan una regulación constante tanto del diámetro como de la longitud para su correcto funcionamiento. Durante el desarrollo traqueal, el receptor de EGF (Epidermal Growth Factor Receptor) está implicado en la regulación de la invaginación e integridad epitelial de las diferentes ramas traqueales. Uno de los principales objetivos de este trabajo es obtener nuevos conocimientos sobre la implicación de EGFR en el desarrollo traqueal. Nuestros datos indican que EGFR regula la longitud del tronco dorsal (DT), ya que en embriones con una disminución de su actividad (EGFRDN), la longitud del DT se ve afectada produciendo una elongación de éste. Asimismo, cuando alteramos la actividad de EGFR, observamos que la localización apical de Crumbs (Crb) y la acumulación luminal de Serpentine (Serp), dos proteínas que regulan el crecimiento del DT, se ven afectadas. La alteración en la acumulación de ambas proteínas desencadena un defecto en el control de la elongación del tubo, tal y como se observa en embriones EGFRDN. Observamos que Crb y Serp localizan en endosomas comunes que necesitan de la actividad de EGFR para organizarse correctamente y transportar las proteínas a su destino final. Además, nuestros resultados demuestran que Crb sufre un complejo proceso de transporte y reciclaje durante el desarrollo traqueal. En estadios tardíos de la embriogénesis, Crb se localiza en la región Subapical (SAR) pero lo hace de manera anisotrópica: Crb presenta mayor acumulación en las uniones longitudinales (LCJ) que en las circunferenciales (CCJ). Cuando disminuimos la actividad de Src42A, un regulador axial del crecimiento del tubo, Crb se distribuye homogéneamente, pero en condiciones de sobreactividad, Crb desaparece de esas uniones. Nuestros resultados indican que Src42A contribuye a una mayor acumulación de Crb en las LCJ regulando su dinámica, y sugieren una posible implicación de Src42A en el reciclaje de proteínas.

Trabajo presentado en la 3rd Spanish Conference of Molecular Cellular and Developmental Biology of Drosophila, celebrada en Begur, Girona, del 25 al 27 de septiembre de 2016

En la actualidad, la enfermedad de Alzheimer es una de las prioridades de la sanidad pública. El diagnóstico se produce en un estado muy avanzado y no existe una evaluación o prueba específica. En los últimos años, los estudios de investigación se han centrado en la búsqueda e identificación de biomarcadores de Alzheimer para el diagnóstico precoz. Gracias al avance en investigación biomédica, el incremento de estudios publicados y depositados en repositorios públicos es posible realizar nuevos análisis bioinformáticos. El presente estudio identifica genes expresados diferencialmente (DEG) mediante el metaanálisis de 6 series de expresión (GSE127711, GSE109887, GSE118553, GSE132903, GSE29378 y GSE63060) y posterior enriquecimiento de ontología génica de GO y KEGG. Los genes identificados (LPAR4, TRIP10, GPR4, SYDE1, PSD2, PLCE1, PDGFRB, ITSN1, ITPKB, PSD4, ACTR10 y HINT1) como punto de partida para un análisis en mayor profundidad como posibles biomarcadores de diagnóstico para EA. Actualment, la malaltia d'Alzheimer és una de les prioritats de la sanitat pública. El diagnòstic es produeix en un estat molt avançat i no hi ha una avaluació o prova específica. En els darrers anys, els estudis de recerca s'han centrat en la cerca i la identificació de biomarcadors d'Alzheimer per al diagnòstic precoç. Gràcies a l'avenç en recerca biomèdica, l'increment d'estudis publicats i dipositats en repositoris públics és possible fer noves anàlisis bioinformàtiques. Aquest estudi identifica gens expressats diferencialment (DEG) mitjançant la metaanàlisi de 6 sèries d'expressió (GSE127711, GSE109887, GSE118553, GSE132903, GSE29378 i GSE63060) i posterior enriquiment d'ontologia gènica de GO y KEGG. Els gens identificats (LPAR4, TRIP10, GPR4, SYDE1, PSD2, PLCE1, PDGFRB, ITSN1, ITPKB, PSD4, ACTR10 i HINT1) com a punt de partida per a una anàlisi en major profunditat com a possibles biomarcadors de diagnòstic per a MA. Nowadays, Alzheimer's disease is one of the priorities of public health. Diagnosis happens at a very advanced stage and there is no specific evaluation or test. In recent years, research studies has been focused on the search and identification of Alzheimer's biomarkers for early diagnosis. Because of the development in biomedical research, the increase in published studies and deposited in public repositories enable new bioinformatic analyzes. The present study identifies differentially expressed genes (DEGs) through the meta-analysis of 6 expression series (GSE127711, GSE109887, GSE118553, GSE132903, GSE29378 and GSE63060) and subsequent gene ontology enrichment analysis with GO and KEGG. The genes identified (LPAR4, TRIP10, GPR4, SYDE1, PSD2, PLCE1, PDGFRB, ITSN1, ITPKB, PSD4, ACTR10 and HINT1) as a starting point for further analysis as possible diagnostic biomarkers for AD.

Breast cancer is the most commonly diagnosed cancer in the world, with a prevalence that is only increasing. Therefore, it is urgent to find novel therapies for its treatment. The MAPK (mitogen activated protein kinase) signalling pathway is one of the most well-studied pathways in cancer biology, with its hyper-activation accounting for more than 40% of all cancer cases in humans. In this work, after a bibliographical research of breast cancer, the MAPK signalling pathway, its implication with carcinogenesis and current therapies; an R pipeline for RNA-Seq data analysis of TNBC (Triple Negative Breast cancer) samples treated or not with an MAPK signalling pathway inhibitor (Trametinib) is performed. Differentially expressed genes identified in the basal-like subtype include CALCB, CCL28, IVL, KRT6A, ADD2, HSD17B4 and PSCA, among others. In the mesenchymal subtype, FAM83A, GPX3, KRT13, KRT6A and TACSTD2 were found. The only gene significantly differentially expressed in both subtypes was KRT6A. The genes found in the two basal-like cell lines were linked to similar processes: nuclear division, chromosome segregation, sister chromatid segregation and mitotic sister chromatid segregation. In the mesenchymal subtype, the most enriched categories found were blood vessel development, blood vessel morphogenesis, tissue morphogenesis and angiogenesis. These findings may imply that treating TNBC with an MAPK inhibitor may affect the cancer cells’ proliferation rate, notably in the basal-like subtype. Therefore, it is concluded that inhibiting the MAPK signalling pathway is a promising technique for treating breast cancer, so further investigation is needed. El càncer de mama és el càncer més diagnosticat al món, amb una prevalença en augment. Per tant, és urgent trobar noves teràpies per al seu tractament. La via de senyalització MAPK (proteïna quinasa activada amb mitogen) és una de les vies més ben estudiades en biologia del càncer, ja que la seva hiperactivació representa més del 40% de tots els casos de càncer en humans. En aquest treball, després d'una investigació bibliogràfica del càncer de mama, la via de senyalització MAPK, la seva implicació amb la carcinogènesi i les teràpies actuals, una pipeline en R ha estat desenvolupada per a l'anàlisi de dades d'ARNSeq de mostres de TNBC (càncer de mama triple negatiu) tractades o no amb un inhibidor de la via MAPK (Trametinib). Els gens expressats de manera diferenciada identificats en el subtipus basal inclouen CALCB, CCL28, IVL, KRT6A, ADD2, HSD17B4 i PSCA, entre d'altres. En el subtipus mesenquimal, s'hi ha trobat els gens FAM83A, GPX3, KRT13, KRT6A i TACSTD2. L'únic gen expressat de manera diferencial en ambdós subtipus és el KRT6A. Els gens trobats a les dues línies cel·lulars de tipus basal estan relacionats amb processos similars: divisió nuclear, segregació de cromosomes, segregació de cromàtides germanes i segregació de cromàtides germanes mitòtiques. En el subtipus mesenquimal, les categories més enriquides trobades han estat el desenvolupament de vasos sanguinis, la morfogènesi de vasos sanguinis, la morfogènesi dels teixits i l'angiogènesi. Aquestes troballes poden implicar que el tractament de TNBC amb un inhibidor de MAPK pot afectar la taxa de proliferació de cèl·lules canceroses, sobretot en el subtipus basal. Per tant, es conclou que la inhibició de la via de senyalització MAPK és una t'tècnica prometedora per tractar el càncer de mama, per la qual cosa cal investigar més. El cáncer de mama es el cáncer más diagnosticado en el mundo, con una prevalencia en aumento. Por lo tanto, es urgente encontrar nuevas terapias para su tratamiento. La vía de señalización MAPK (proteína quinasa activada con mitógeno) es una de las vías mejor estudiadas en biología del cáncer, puesto que su hiperactivación representa más del 40% de todos los casos de cáncer en humanos. En este trabajo, después de una investigación bibliográfica del cáncer de mama, la vía de señalización MAPK, su implicación con la carcinogénesis y las terapias actuales, una pipeline en R ha sido desarrollada para el análisis de datos de ARNSeq de muestras de TNBC (cáncer de mama triple negativo) tratadas o no con un inhibidor de la vía MAPK (Trametinib). Los genes expresados de manera diferenciada identificados en el subtipo basal incluyen CALCB, CCL28, IVL, KRT6A, ADD2, HSD17B4 y PSCA, entre otros. En el subtipo mesenquimal, se ha encontrado los genes FAM83A, GPX3, KRT13, KRT6A y TACSTD2. El único gen expresado de manera diferencial en ambos subtipos es lo KRT6A. Los genes encontrados a las dos líneas celulares de tipo basal están relacionados con procesos similares: división nuclear, segregación de cromosomas, segregación de cromátidas hermanas y segregación de cromátidas hermanas mitóticas. En el subtipo mesenquimal, las categorías más enriquecidas encuentros han sido el desarrollo de vasos sanguíneos, la morfogénesis de vasos sanguíneos, la morfogénesis de los tejidos y el angiogénesis. Estos hallazgos pueden implicar que el tratamiento de TNBC con un inhibidor de MAPK puede afectar la tasa de proliferación de células cancerosas, sobre todo en el subtipo basal. Por lo tanto, se concluye que la inhibición de la vía de señalización MAPK es una te técnica prometedora para tratar el cáncer de mama, por lo cual hay que investigar más.

La enfermedad de Alzheimer es la forma más común de demencia que existe. Algunos estudios sugieren que el género de las personas puede ser un factor de riesgo para su prevalencia y desarrollo. Con este proyecto se pretende valorar si realmente el sexo puede influir en la clínica o la genética de los pacientes. Para ello se realiza un análisis estadístico donde se valoran las diferencias clínicas significativas entre hombres y mujeres afectados por la enfermedad. A continuación, se realiza un análisis de expresión diferencial de dos zonas cerebrales también incluidas en el análisis estadístico: hipocampo y corteza entorrinal. Se valora en ambas zonas cerebrales, qué genes se expresan de forma diferencial en hombres y mujeres. Por último, se realiza un análisis de pathways sobre los genes destacados y, finalmente, se lleva a cabo un análisis comparativo con el objetivo de relacionar los resultados de los dos análisis anteriormente realizados. Los resultados obtenidos indican que las mujeres con Alzheimer tienen un volumen cerebral general inferior al de los hombres, especialmente la zona del hipocampo, que es la única zona que se confirma en ambos análisis. En esta zona cerebral se detectan varios genes diferencialmente expresados, siendo los más significativos Sp1, MBLN1 y ALCAM. Adicionalmente también se observa una disminución del volumen del hipocampo a medida que aumenta la edad de los pacientes. Como conclusión, se identifican diferencias clínicas entre sexos en pacientes con Alzheimer y también genes diferencialmente expresados en el hipocampo. Indicando todo esto, que existen disparidades de género en la enfermedad de Alzheimer. La malaltia d'Alzheimer és la forma més comuna de demència que existeix. Alguns estudis suggereixen que el gènere de les persones pot ser un factor de risc per a la seva prevalença i desenvolupament. Amb aquest projecte es pretén valorar si realment el sexe pot influir en la clínica o la genètica dels pacients. Per a això es realitza una anàlisi estadística on es valoren les diferències clíniques significatives entre homes i dones afectats per la malaltia. A continuació, es realitza una anàlisi d'expressió diferencial de dues zones cerebrals també incloses en l'anàlisi estadística: hipocamp i escorça entorrinal. Es valora en ambdues zones cerebrals, quins gens s'expressen de forma diferencial en homes i dones. Finalment, es realitza una anàlisi de pathways sobre els gens destacats i, finalment, es porta a terme una anàlisi comparativa amb l'objectiu de relacionar els resultats de les dues anàlisis anteriorment realitzats. Els resultats obtinguts indiquen que les dones amb Alzheimer tenen un volum cerebral general inferior a el dels homes, especialment la zona de l'hipocamp, que és l'única zona que es confirma en tots dos anàlisi. En aquesta zona cerebral es detecten diversos gens diferencialment expressats, sent els més significatius Sp1, MBLN1 i ALCAM. Addicionalment també s'observa una disminució de l'volum de l'hipocamp a mesura que augmenta l'edat dels pacients. Com a conclusió, s'identifiquen diferències clíniques entre sexes en pacients amb Alzheimer i també gens diferencialment expressats en l'hipocamp. Indicant tot això, que hi ha disparitats de gènere en la malaltia d'Alzheimer. Alzheimer's disease is the most common existing form of dementia. Some research studies suggest that people's gender may be a risk factor for its prevalence and development. This project aims to assess whether sex can influence the clinic or the genetics of patients. For this, a statistical analysis is carried out where the significant clinical differences between men and women affected by the disease are assessed. This is followed by differential expression analysis of two brain areas also included in the statistical analysis: hippocampus and entorhinal cortex. It is assessed in both brain areas, which genes are expressed differentially in men and women. Pathway analysis is executed on the identified genes. Finally, a comparative analysis is carried out to relate the results of the two previously performed analyzes. The results obtained indicate that women with Alzheimer's have a lower general brain volume than men, especially the hippocampus area. This is the only area with confirmed gender differences in both analyzes and where several differentially expressed genes are detected, the most significant being Sp1, MBLN1, and ALCAM. Additionally, a decrease in the hippocampus volume is observed as the patients' age increases. In conclusion, clinical differences between sexes in Alzheimer's patients, and genes differentially expressed in the hippocampus are identified. All this indicating, that there are gender disparities in Alzheimer's disease.

Actualmente, el desarrollo de nuevas tecnologías como es el caso del machine learning (ML) ha provocado un aluvión de posibilidades de uso para la resolución de problemas. En nuestro trabajo, utilizaremos esta tecnología para hacer un estudio sobre la enfermedad del Alzheimer que abarca: un análisis para conocer los diferentes factores de riesgo, la aplicación de algoritmos de ML para prevenir la enfermedad a partir del estudio de estos factores y la detección de enfermos a partir de imágenes de resonancia magnética (MRI) mediante una red neuronal convolucional (CNN). Con ello, se busca una mejora en la detección temprana y prevención de la enfermedad lo que nos permitiría aplicar los tratamientos existentes para tratar de ralentizar su avance. Este tipo de métodos tal vez no son del todo eficientes por sí solos, ya que obtuvimos unos valores de precisión de aproximadamente el 60 %, pero al ser combinados con otro tipo de pruebas (neuropsicológicas, marcadores de fluidos, etc.) dan buen resultado. Nowadays, the development of new technologies such as machine learning (ML) has caused a flood of possibilities of use for solving problems. In our work, we will use this technology to carry out a study on Alzheimer's disease that includes: an analysis to know the different risk factors, the application of ML algorithms to prevent the disease from the study of these factors and the detection of patients from magnetic resonance imaging (MRI) using a convolutional neural network (CNN). With this, an improvement in the early detection and prevention of the disease is sought, which would allow us to apply the existing treatments to try to slow down its progress. This type of method may not be efficient on its own, because we obtained accuracies of approximately 60 %, but when combined with other types of tests (neuropsychological, fluid markers, etc.) they give good results. Actualment, el desenvolupament de noves tecnologies com és el cas del machine learning (ML) ha provocat una pluja de possibilitats d'ús per a la resolució de problemes. En el nostre treball, utilitzarem aquesta tecnologia per a fer un estudi sobre la malaltia de l'Alzheimer que abasta: una anàlisi per a conèixer els diferents factors de risc, l'aplicació d'algorismes de ML per a prevenir la malaltia a partir de l'estudi d'aquests factors i la detecció de malalts a partir d'imatges de ressonància magnètica (MRI) mitjançant una xarxa neuronal convolucional (CNN). Amb això, es busca una millora en la detecció primerenca i prevenció de la malaltia cosa que ens permetrà aplicar els tractaments existents per a tractar d'alentir el seu avanç. Aquest tipus de mètodes tal vegada no són del tot eficients per si sols, ja que vam obtenir uns valors de precisió d'aproximadament el 60%, però en ser combinats amb una altra mena de proves (neuropsicologies, marcadors de fluids, etc.) donen bon resultat.

Aquest treball se centra en la recerca de possibles biomarcadors bioquímics que poden estar presents en mostres biològiques de fàcil obtenció com el plasma, el líquid cefalorraquidi i la saliva. S'utilitzen dades procedents de l'estudi observacional BioFIND i els resultats s'obtenen mitjançant estadística inferencial i R. En aquest estudi s'obté la importància de la proteïna alfa-sinucleïna com a potencial biomarcador tant en plasma com en líquid cefalorraquidi. A més, s'observen clarament nivells més elevats de B1-42 amiloide comparat amb tau total i tau fosforilada. Finalment, es troben diferències significatives entre PINK1 i fractalquina en mostres de plasma entre els dos gèneres. Este trabajo se centra en la búsqueda de posibles biomarcadores bioquímicos que pueden estar presentes en muestras biológicas de fácil obtención como el plasma, el líquido cefalorraquídeo y la saliva. Se utilizan datos procedentes del estudio observacional BioFIND y los resultados se obtienen mediante estadística inferencial y R. En este estudio se obtiene la importancia de la proteína alfa-sinucleína como potencial biomarcador tanto en plasma como en líquido cefalorraquídeo. Además, se observan claramente niveles más elevados de B1-42 amieloide comparado con tau total y tau fosforilada. Por último, se encuentran diferencias significativas entre PINK1 y fractalquina en muestras de plasma entre los dos géneros. This work focuses on the search for possible biochemical biomarkers that may be present in readily available biological samples such as plasma, cerebrospinal fluid and saliva. Data from the BioFIND observational study are used and the results are obtained by inferential statistics and R. In this study we obtain the importance of the alpha-synuclein protein as a potential biomarker in both plasma and cerebrospinal fluid samples. In addition, higher levels of amyloid B1-42 compared to total tau and phosphorylated tau are clearly observed. Finally, significant differences between PINK1 and fractalkine are found between genders in plasma samples.

El cáncer de páncreas presenta una alta tasa de mortalidad en la población mundial. Se caracteriza por presentar en el 90% de los casos, la presencia de una mutación en la proteína KRAS. En el presente trabajo se realiza un análisis descriptivo y un estudio poblacional de las secuencias de pacientes con carcinoma de páncreas y otro tipo de carcinomas, para valorar las mutaciones que presentan en el exón 2, del codón 12, del cromosoma 12 del gen KRAS. Se realiza un estudio con 95 secuencias de ADN. 26 de estas secuencias pertenecen a carcinoma de páncreas y 69 a otro tipo de carcinomas. Todas las secuencias son descargadas de los bancos de datos genómicos.Los resultados demuestran que las medias de las mutaciones en carcinoma de páncreas son superiores a los carcinomas de otra índole, obteniendo unas diferencias estadísticamente significativas en los pacientes con carcinoma de páncreas a través del tanto por cierto de las mutaciones según su longitud en la secuencia. A través del estudio filogenético, se observan como se agrupan por enfermedades, apreciando la unión entre las muestras pancreáticas sin mutaciones y la dispersión en el árbol de las demás secuencias pancreáticas. Principalmente, se ponen de manifiesto mutaciones de repetición en las muestras pancreáticas, merecedoras de futuros estudios, para poder observar su potencial influencia para desarrollar cáncer pancreático. Se observan resultados de mutaciones de repetición interesantes para estudios posteriores. El estudio de estos cambios genéticos podría ayudar en el diagnóstico temprano, nuevas terapias más efectivas y mejora del pronóstico de los pacientes con carcinoma de páncreas. Pancreas cancer has a high mortality rate among the world population. In 90 % of the cases appears as a consequence of the mutation in the KRAS protein. In this work, a descriptive analysis a population study of the sequences of patients with pancreas carcinomas and other types of carcinomas have been carried out in order to evaluate the mutations that appear in the 2nd exon chromosome´s 12 codon 12 the KRAS gene. A study has been done with of DNA where 26 of these sequences belong to pancreatic carcinoma and 69 belong to other types of carcimomas. All the sequences are discharged from the bank of genomics information. The results show that the averages of the mutations in pancreas carninomas are higher than in other kinds of carcinomas obtaining statistically significant differences The results show that the averages of the mutations in pancreas carninomas are higher than in other kinds of carcinomas obtaining statistically significant differences in patients with pancreatic carcinoma through a percentage of the mutations depending on the length of the sequence. In the phylogenetic study, the mutations are grouped by diseases, appreciating the union between the pancreatic samples without mutations and the dispersion in the tree of the other pancreatic sequences, where there is more diversity in genetic changes. Repetitive mutations are shown mainly in pancreatic samples. These results demonstrate their potential influence to develop pancreatic cancer worthy of further studies. The study of these genetic changes could help in early diagnosis, new more effective therapies and improve the prognosis of patients. El càncer de pàncrees presenta una alta taxa de mortalitat en la població mundial. Es caracteritza per presentar en el 90% dels casos, la presència d'una mutació en la proteïna KRAS. En el present treball es realitza una anàlisi descriptiva i un estudi poblacional de les seqüències de pacients amb carcinoma de pàncrees i un altre tipus de carcinomes, per a valorar les mutacions que presenten en l'exó 2, del codó 12, del cromosoma 12 del gen KRAS. Es realitza un estudi amb 95 seqüències d'ADN. 26 d'aquestes seqüències pertanyen a carcinoma de pàncrees i 69 a un altre tipus de carcinomes. Totes les seqüències són descarregades dels bancs de dades genómicos.Els resultats demostren que les mitjanes de les mutacions en carcinoma de pàncrees són superiors als carcinomes d'una altra índole, obtenint unes diferències estadísticament significatives en els pacients amb carcinoma de pàncrees a través del punt per cert de les mutacions segons la seva longitud en la seqüència. A través de l'estudi filogenètic, s'observen com s'agrupen per malalties, apreciant la unió entre les mostres pancreàtiques sense mutacions i la dispersió en l'arbre de les altres seqüències pancreàtiques. Principalment, es posen de manifest mutacions de repetició en les mostres pancreàtiques, mereixedores de futurs estudis, per a poder observar la seva potencial influència per a desenvolupar càncer pancreàtic. S'observen resultats de mutacions de repetició interessants per a estudis posteriors. L'estudi d'aquests canvis genètics podria ajudar en el diagnòstic primerenc, noves teràpies més efectives i millora del pronòstic dels pacients amb carcinoma de pàncrees.

El Alzheimer es la más común de las demencias. Se caracteriza principalmente por una pérdida progresiva cognitiva y neurodegenerativa. Epidemiológicamente representa un problema ya que a mediados del siglo XXI constituirá un problema socio-sanitario y es un índice de mortalidad, por lo que es esencial poder determinar la etiología de la enfermedad. Para valorar molecularmente la enfermedad del Alzheimer se realiza el siguiente estudio donde se seleccionan, de Gene Expression Omnibus (del dataset GSE84422), seis tejidos, de distintas regiones corticales y subcorticales, relacionados patognomónicamente con el Alzheimer. En este estudio se han detectado genes con los tres métodos de análisis propuestos y, algunos, están asociados a la enfermedad Neurodegenerativa del Alzheimer. Alzheimer's is the most common dementia. Mainly a progressive cognitive and neurodegenerative loss characcteriza Alzheimer´s disease. Epidemiologically, Alzheimer represents a problem since in the middle of the 21st century it will constitute a socio-sanitary problem and it will be an index of mortality, so it is essential to be able to determine the etiology of the disease. In order to molecularly assess Alzheimer's disease, the following study was carried out, selecting from Gene Expression Omnibus (from dataset GSE84422) six tissues from different cortical and subcortical regions, pathognomonicly related to Alzheimer's. Genes have been detected with the three methods of analysis proposed and, some others, are associated with the neurodegenerative disease of Alzheimer. L'Alzheimer és la més comuna de les demències. Es caracteritza principalment per una pèrdua progressiva cognitiva i neurodegenerativa. Epidemiológicamente representa un problema ja que a mitjan segle XXI constituirà un problema soci-sanitari i és un índex de mortalitat, per la qual cosa és essencial poder determinar l'etiologia de la malaltia. Per valorar molecularment la malaltia de l'Alzheimer es realitza el següent estudi on se seleccionen, de Gene Expression Omnibus (del dataset GSE84422), sis teixits, de diferents regions corticales i subcorticales, relacionats patognomónicamente amb l'Alzheimer. En aquest estudi s'han detectat gens amb els tres mètodes d'anàlisis proposades i, alguns, estan associats a la malaltia Neurodegenerativa de l'Alzheimer.

El cáncer de pulmón es uno de los cinco cánceres que producen más muertes en la población en Europa en la actualidad, cerca del 20,1%. Las mutaciones génicas en el gen RAS (K-RAS, N-RAS y H-RAS) afectan a los sistemas de señalización celular, dotando a las células tumorales de algunas características que hacen que su comportamiento se transforme en maligno. La vía MAPK/ERK es una de las vías de señalización, junto con la isoforma K-RAS mutada, que está implicada en la oncogénesis y desarrollo del Cáncer de Pulmón Célula No Pequeña (NSCLC). Dada la complejidad del funcionamiento de la red de las vías de señalización celulares y sus líneas de retroalimentación, es necesario identificar proteínas/genes que tengan influencia en este tipo de cáncer (NSCLC) y en el funcionamiento de las terapias aplicadas a los pacientes que son portadores del gen mutado KRAS. Por ello, este trabajo se ha centrado en el estudio de la vía MAPK/ERK, en las mutaciones de KRAS y en la expresión de ocho genes implicados en estas vías, efectuando un estudio sobre 30 pacientes con este tipo de cáncer y KRAS mutado, analizando la influencia de cada gen en el pronóstico de los pacientes a través de un análisis exhaustivo de supervivencia. En el estudio se demuestra que las variaciones de las expresiones en algunos de los genes presentan evidencia significativa al 5% de que influyen en el tiempo de supervivencia de los pacientes que tienen este tipo de cáncer y en la efectividad de las terapias utilizadas. Lung cancer is one of the five cancers that cause the most deaths in the population in Europe today, about 20.1%. Gene mutations in the RAS gene (K-RAS, N-RAS and H-RAS) affect cellular signaling systems, giving the tumor cells some characteristics that cause their behavior to become malignant. The MAPK / ERK pathway is one of the signaling pathways, together with the mutated K-RAS isoform, that is involved in the oncogenesis and development of Non-Small Cell Lung Cancer (NSCLC). Given the complexity of the functioning of the network of cellular signaling pathways and their feedback lines, it is necessary to identify proteins / genes that have an influence on this type of cancer (NSCLC) and on the functioning of the therapies applied to patients who are carriers of the mutated KRAS gene. Therefore, this work has focused on the study of the MAPK / ERK pathway, on KRAS mutations and on the expression of eight genes involved in these pathways, carrying out a study on 30 patients with this type of cancer and mutated KRAS, analyzing the influence of each gene on the prognosis of patients through a comprehensive analysis of survival. The study demonstrates that the variations of the expressions in some of the genes present significant evidence at 5% that influence the survival time of patients with this type of cancer and the effectiveness of the therapies used. El càncer de pulmó és un dels cinc càncers que produeixen més morts a la població a Europa en l'actualitat, prop del 20,1%. Les mutacions gèniques en el gen RAS (K-RAS, N-RAS i H-RAS) afecten els sistemes de senyalització cel·lular, dotant a les cèl·lules tumorals d'algunes característiques que fan que el seu comportament es transformi en maligne. La via MAPK / ERK és una de les vies de senyalització, juntament amb la isoforma K-RAS mutada, que està implicada en l'oncogènesi i desenvolupament del Càncer de Pulmó Cèl·lula No Petita (NSCLC). Donada la complexitat del funcionament de la xarxa de les vies de senyalització cel·lulars i les seves línies de retroalimentació, cal identificar proteïnes / gens que tinguin influència en aquest tipus de càncer (NSCLC) i en el funcionament de les teràpies aplicades als pacients que són portadors del gen mutat KRAS. Per això, aquest treball s'ha centrat en l'estudi de la via MAPK / ERK, en les mutacions de KRAS i en l'expressió de vuit gens implicats en aquestes vies, efectuant un estudi sobre 30 pacients amb aquest tipus de càncer i KRAS mutat, analitzant la influència de cada gen en el pronòstic dels pacients a través d'una anàlisi exhaustiva de supervivència. En l'estudi es demostra que les variacions de les expressions en alguns dels gens presenten evidència significativa al 5% que influeixen en el temps de supervivència dels pacients que tenen aquest tipus de càncer i en l'efectivitat de les teràpies utilitzades.

El trabajo búsqueda de nuevas dianas terapéuticas en psoriasis. Papel de la terapia biológica se centra dentro del programa biología del desarrollo, cáncer, biología molecular y farmacología. Estudiaremos las dianas terapéuticas implicadas en esta patología para decidir el tratamiento más específico a cada paciente. El descubrimiento de este tipo de terapias ha supuesto grandes avances en investigación, todavía queda mucho camino para su utilización en la práctica clínica habitual. El treball cerca de noves dianes terapèutiques en psoriasis. Paper de la teràpia biològica se centra dins del programa biologia del desenvolupament, càncer, biologia molecular i farmacologia. Estudiarem les dianes terapèutiques implicades en aquesta patologia per decidir el tractament més específic a cada pacient. El descobriment d'aquest tipus de teràpies ha suposat grans avanços en recerca, encara queda molt camí per a la seva utilització en la pràctica clínica habitual. The work search for new therapeutic targets in psoriasis. The role of biological therapy is centered within the biology of development, cancer, molecular biology and pharmacology. We will study the therapeutic targets involved in this pathology to decide the most specific treatment for each patient. The discovery of this type of therapy has led to great advances in research, there is still a long way to go for its use in routine clinical practice.

La herramienta CRISPR-Cas9 permite la edición genómica de un sitio específico del DNA en células individuales u organismos complejos. La modificación de la nucleasa Cas9 ha permitido la utilización de esta técnica para crear distintos modelos celulares, animales, hacer screenings funcionales o realizar terapia génica en tan solo 5 años después de su descripción. Actualmente se está empezando a utilizar en clínica, se han aprobado ya dos terapias, en China y Estados Unidos. Debido a su auge el conocimiento de esta técnica es imprescindible para cualquier investigador. En este trabajo se presentan los tipos de mutaciones que permite realizar CRISPR-Cas9, su aplicación en el descubrimiento de fármacos, la generación de modelos animales para el estudio de enfermedades y los últimos avances logrados en terapia génica. The CRISPR-Cas9 tool allows the genomic editing of a specific DNA site in individual cells or complex organisms. The modification of Cas9 nuclease allowed the use of this technique to create different cellular models, animal models, make functional screenings or perform gene therapy in only 5 years since its description. Currently CRISPR is being used in clinical practice, two therapies have already been approved in China and the United States. Due to its boom, the knowledge of this technique is required for any researcher. In this paper we present the types of mutations performed with CRISPR-Cas9, its application in drug discovery, the generation of disease animal models and the latest advances in gene therapy. L'eina CRISPR-Cas9 permet l'edició genòmica d'un lloc específic del DNA en cèl·lules individuals o organismes complexos. La modificació de la nucleasa Cas9 ha permès la utilització d'aquesta tècnica per crear diferents models cel·lulars, animals, fer screenings funcionals o realitzar teràpia gènica en tan sol 5 anys després de la seva descripció. Actualment s'està començant a utilitzar en clínica, s'han aprovat ja dues teràpies, a Xina i Estats Units. A causa del seu auge el coneixement d'aquesta tècnica és imprescindible per a qualsevol investigador. En aquest treball es presenten els tipus de mutacions que permet realitzar CRISPR-Cas9, la seva aplicació en el descobriment de fàrmacs, la generació de models animals per a l'estudi de malalties i els últims avanços assolits en teràpia gènica.

En aquest projecte es pretén avaluar l'efecte de la inhibició de V600EBRAF la mutació més freqüent de B-Raf detectada en melanomes- utilitzant el fàrmac vemurafenib, el qual és específic per a aquesta mutació. Per fer-ho s'han dut a terme dos anàlisis estadístics utilitzant el llenguatge de programació R, un a nivell d'expressió gènica i l'altre a nivell poblacional. En este proyecto se pretende evaluar el efecto de la inhibición de V600EBRAF ¿la mutación más frecuente de B-Raf detectada en melanomas- utilizando el fármaco vemurafenib, el cual es específico para esta mutación. Para hacerlo se han llevado a cabo dos análisis estadísticos utilizando el lenguaje de programación R, uno a nivel de expresión génica y el otro a nivel poblacional. This project aims to assess the effect of V600EBRAF inhibition -the most frequent B-Raf mutation detected in melanomas- using the vemurafenib drug, which is specific for this mutation. To do this, we did two statistical analysis using the R programming language, one at genetic expression level and other at the population level.

En este TFM se han estudiado cuatro líneas resistentes a fármacos contra la leishmaniasis. Para evaluar alteraciones a nivel del genoma, se ha llevado a cabo una búsqueda de CNVs a nivel genómico con la que se han estimado los cambios de somía entre líneas resistentes y línea WT. También, se ha realizado una búsqueda de CNVs a nivel de regiones cromosómicas mediante el análisis, por ventanas, de las coberturas de las líneas resistentes frente a la línea parental, identificando 377 CNVs. En aquest TFM s'han estudiat quatre línies resistents a fàrmacs contra la leishmaniasis. Per a avaluar alteracions a nivell del genoma, s'ha dut a terme una cerca de CNVs a nivell genómico amb la qual s'han estimat els canvis de somía entre línies resistents i línia WT. També, s'ha realitzat una cerca de CNVs a nivell de regions cromosòmiques mitjançant l'anàlisi, per finestres, de les cobertures de les línies resistents enfront de la línia parental, identificant 377 CNVs. In this TFM, four drug resistant lines, together with the parental line of Leishmania donovani HU3 strain, have been studied. In order to evaluate genomic alterations, a CNVs search along the genomes was carried out; several somy changes between resistant lines and the parental line have been evidenced. Also, CNVs searches have been done at the chromosomal level by comparing the reads coverage, within discrete chromosomal windows, in the resistant lines regarding the parental one. As a result, 377 CNVs were identified.

Este trabajo se centra en la búsqueda de dianas terapéuticas para poder diseñar terapias dirigidas para combatir tipos específicos de células cancerígenas, causando menor daño en las células sanas. Aquest treball se centra en la cerca de dianes terapèutiques per a poder dissenyar teràpies dirigides per a combatre tipus específics de cèl·lules cancerígenas, causant menor dany en les cèl·lules sanes. The present work focuses on the search for therapeutic targets, which are able to design targeted therapies to combat only the cancer cells and being less harmful to the healthy ones.