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144 results on '"Pleydell, David"'

1. The African swine fever modelling challenge: Model comparison and lessons learnt

Author

Ezanno, Pauline, Picault, Sébastien, Bareille, Servane, Beaunée, Gaël, Boender, Gert Jan, Dankwa, Emmanuelle A., Deslandes, François, Donnelly, Christl A., Hagenaars, Thomas J., Hayes, Sarah, Jori, Ferran, Lambert, Sébastien, Mancini, Matthieu, Munoz, Facundo, Pleydell, David R.J., Thompson, Robin N., Vergu, Elisabeta, Vignes, Matthieu, and Vergne, Timothée

Published
2022
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4. A Bayesian analysis of birth pulse effects on the probability of detecting Ebola virus in fruit bats

Author

Pleydell, David R.J., Ndong Bass, Innocent, Mba Djondzo, Flaubert Auguste, Meta Djomsi, Dowbiss, Kouanfack, Charles, Peeters, Martine, Cappelle, Julien, Pleydell, David R.J., Ndong Bass, Innocent, Mba Djondzo, Flaubert Auguste, Meta Djomsi, Dowbiss, Kouanfack, Charles, Peeters, Martine, and Cappelle, Julien

Abstract

Since 1976 various species of Ebolavirus have caused a series of zoonotic outbreaks and public health crises in Africa. Bats have long been hypothesised to function as important hosts for ebolavirus maintenance, however the transmission ecology for these viruses remains poorly understood. Several studies have demonstrated rapid seroconversion for ebolavirus antibodies in young bats, yet paradoxically few PCR studies have confirmed the identity of the circulating viral species causing these seroconversions. The current study presents an age-structured epidemiological model that characterises the effects of seasonal birth pulses on ebolavirus transmission within a colony of African straw-coloured fruit bats (Eidolon helvum). Bayesian calibration is performed using previously published serological data collected from Cameroon, and age-structure data from Ghana. The model predicts that annual birth pulses most likely give rise to annual outbreaks, although more complex dynamic patterns – including skip years, multi-annual cycles and chaos – may be possible. Weeks 30 to 31 of each year were estimated to be the most likely period for isolating the circulating virus in Cameroon. The probability that a previous PCR campaign failed to detect Ebola virus, assuming that it was circulating, was estimated to be one in two thousand. This raises questions such as (1) what can we actually learn from ebolavirus serology tests performed without positive controls? (2) are current PCR tests sufficiently sensitive? (3) are swab samples really appropriate for ebolavirus detection? The current results provide important insights for the design of future field studies aiming to detect Ebola viruses from sylvatic hosts, and can contribute to risk assessments concerning the timing of zoonotic outbreaks.

Published
2024

7. Landscape composition and the spatial distribution of Echinococcus multilocularis in foxes and humans

Author

Pleydell, David

Subjects
614.554
Abstract

The life-cycle of the tapeworm Echinococcus multilocularis is dependent upon the predator - prey relationship between canids (e.g. Vulpes sp) and small mammals. Accidental ingestion of E. multilocularis eggs can lead to the rare but fatal zoonotic disease alveolar echinococcosis (AE) in humans. Detecting early asymptomatic infections greatly increases patients' life expectancy. Mass-screening detect unknown cases using ultrasonography. Reliable predictive methods could help medics target resources. Here epidemiology, landscape ecology, satellite remote sensing and spatial modelling are integrated for the purposes of analytical inference and spatial prediction.

Published
2005

15. Community surveys and risk factor analysis of human alveolar and cystic echinococcosis in Ningxia Hui autonomous region, China/Enquetes en communaute et analyse des facteurs de risque pour les echinococcoses alveolaire et cystique humaines dans la region autonome du Ningxia Hui, Chine/Encuestas comunitarias y analisis de los factores de riesgo de la equinococosis alveolar y quistica humana en la Region Autonoma de Ningxia Hui, China

Author

Yang, Yu Rong, Sun, Tao, Li, Zhengzhi, Zhang, Jianzhong, Teng, Jing, Liu, Xongzhou, Liu, Ruiqi, Zhao, Rui, Jones, Malcolm K., Wang, Yunhai, Wen, Hao, Feng, Xiaohui, Zhao, Qin, Zhao, Yumin, Shi, Dazhong, Bartholomot, Brigitte, Vuitton, Dominique A., Pleydell, David, Giraudoux, Patrick, Ito, Akira, Danson, Mark F., Boufana, Belchis, Craig, Philip S., Williams, Gail M., and McManus, Donald P.

Subjects
Pulmonary alveolar proteinosis -- Causes of, Pulmonary alveolar proteinosis -- Development and progression, Pulmonary alveolar proteinosis -- Risk factors, Echinococcosis -- Causes of, Echinococcosis -- Development and progression, Echinococcosis -- Risk factors, Demographic surveys
Abstract

Objective To determine the true community prevalence of human cystic (CE) and alveolar (AE) echinococcosis (hydatid disease) in a highly endemic region in Ningxia Hut, China, by detecting asymptomatic cases. Methods Using hospital records and "AE-risk" landscape patterns we selected study communities predicted to be at risk of human echinococcosis in Guyuan, Longde and Xiji counties. We conducted community surveys of 4773 individuals from 26 villages in 2002 and 2003 using questionnaire analysis, ultrasound examination and serology: Findings Ultrasound and serology showed a range of prevalences for AE (0-8.1%; mean 2%) and CE (0-7.4%; mean 1.6%), with the highest prevalence in Xiji (2% for CE, 2.50 for AE). There were significant differences in the prevalence of CE, AE and total echinococcosis between the three counties and villages (with multiple degrees of freedom). While hospital records showed 96% of echinococcosis cases attributable to CE, our survey showed a higher prevalence of human AE (56%) compared to CE (44%). Questionnaire analysis revealed that key risk factors for infection were age and dog ownership for both CE and AE, and Hut ethnicity and being female for AE. Drinking well-water decreased the risk for both AE and CE. Conclusions Echinococcosis continues to be a severe public health problem in this part of China because of unhygienic practices/ habits and poor knowledge among the communities regarding this disease. Objectif Determiner la prevalence reelle dans les communautes des echinococcoses cystique (EC) et alveolaire (EA) humaines (hydatidose) dans une region chinoise de forte endemicite (Ningxia) par detection des cas asymptomatiques. Methodes A partir des registres hospitaliers et des types paysagers associes a un risque d'EA, on a selectionne, dans les comtes de Guyuan, Longde et Xiji, une serie de communautes a etudier, pour lesquelles on prevoyait un risque accru d'echinococcose humaine. Des enquetes en communaute ont ete effectuees en 2002 et 2003 sur 4773 individus issus de 26 villages, par application d'un questionnaire, exploration par ultrasons et analyse serologique. Resultats Les explorations par ultrasons et les analyses serologiques ont mis en evidence les valeurs de prevalence suivantes pour l'EA (0- 8,1%, moyenne : 2 %) et la CE (0 -7,4 %, moyenne : 1,6 %), les niveaux de prevalence les plus eleves etant atteints dans le comte du Xiji (2 % pour l'EC et 2,5 % pour l'EA). On a constate des differences importantes dans la prevalence de l'EC, de l'EA et de l'ensemble des echinococcoses entre les trois comtes et les villages (plusieurs degres de liberte etant releves). Bien que les registres hospitaliers recensent une proportion des cas d'echinococcose attribuables a l'EC de 96 %, la presente enquete a fait ressortir une plus forte prevalence de l'EA (56 %) par rapport a l'EC (44 %). L'analyse par questionnaire a revele que les principaux facteurs de risque d'infection etaient l'age et la possession d'un chien pour l'EC et l'EA, et l'appartenance a l'ethnie Hui et au sexe feminin pour l'EA. La consommation d'eau provenant d'un puits semblait reduire le risque d'EA et d'EC. Conclusions L'echinococcose reste un grave probleme de sante publique dans cette partie de la Chine en raison des pratiques et des habitudes peu hygieniques et du manque de connaissances sur la maladie parmi les communautes. Objetivo Determinar la verdadera prevalencia comunitaria de la equinococosis (hidatidosis) alveolar (EA) y quistica (EQ) humana en una regi6n de alta endemicidad de la enfermedad en Ningxia, China, detectando para ello los casos asintomaticos. Metodos A partir de registros hospitalarios y patrones de paisaje de la EA, seleccionamos varias comunidades de estudio con riesgo probable de equinococosis humana en los cantones de Guyuan, Longde y Xiji. En 2002 y 2003 realizamos encuestas comunitarias entre 4773 personas de 26 aldeas, utilizando cuestionarios, ecografias y analisis serologicos. Resultados La ecografia y la serologia revelaron un intervalo de prevalencias de EA (0% - 8,1%; media: 2%) y EQ (0% - 7,4%; media: 1,6%), con la prevalencia mas alta en Xiji (2% para la EQ, 2,5% para la EA). Habia diferencias importantes de la prevalencia de EQ, EA y equinococosis total entre los tres cantones y aldeas (con varios grados de libertad). Aunque los registros hospitalarios mostraron un 96% de casos de equinococosis atribuibles a EQ, nuestra encuesta mostro una prevalencia de EA humana (56%) superior a la de EQ (44%). El analisis de los cuestionarios revelo que los factores de riesgo de infeccion mas importantes eran la edad y el hecho de tener perro, tanto para la EQ como para la EA; y la pertenencia al grupo etnico Hui y el sexo femenino para la EA. Beber agua de pozo reducia el riesgo tanto de EA como de EQ. Conclusion La equinococosis sigue siendo un grave problema de salud publica en esa parte de China, debido a unos habitos y practicas poco higienicos y al escaso conocimiento de la enfermedad entre las comunidades., Introduction Echinococcosis is caused by adult or larval stages of cestodes belonging to the genus Echinococcus (Taeniidae). Larval infection (hydatid disease; hydatidosis) is characterized by long-term growth of metacestode (hydatid) [...]

Published
2006

17. Correction: Estimation of the dispersal distances of an aphid-borne virus in a patchy landscape

Author

Pleydell, David R.J., Pleydell, David, Soubeyrand, Samuel, Dallot, Sylvie, LABONNE, Gérard, Chadoeuf, Joel, Jacquot, Emmanuel, Thébaud, Gael, Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), European Project: 204429,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2007-1,SHARCO(2008), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biostatistique et Processus Spatiaux (BIOSP), and University of Zagreb

Subjects
0106 biological sciences, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Epidemiology, Kernel Functions, Virologie, Plant Science, 01 natural sciences, Medicine and Health Sciences, Pox virus, Biology (General), Operator Theory, pathologie végétale, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, 0303 health sciences, Aphid, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], biology, Ecology, food and beverages, Agriculture, Disease control, 3. Good health, Infectious Diseases, Physical Sciences, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, aphidae, Prunus, Orchards, Algorithms, Research Article, Farms, Infectious Disease Control, QH301-705.5, Phytopathology and phytopharmacy, [MATH.MATH-DS]Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], Disease Surveillance, Models, Biological, Infectious Disease Epidemiology, 03 medical and health sciences, Virology, Animals, Computer Simulation, plum pox virus, Plant Diseases, 030304 developmental biology, Estimation, Correction, Computational Biology, Biology and Life Sciences, Bayes Theorem, Plant Pathology, biology.organism_classification, Probability Theory, Probability Distribution, Phytopathologie et phytopharmacie, Insect Vectors, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Probability Density, Aphids, Infectious Disease Surveillance, maladie virale, Biological dispersal, Bayesian framework, Scale (map), [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Mathematics, 010606 plant biology & botany, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Characterising the spatio-temporal dynamics of pathogens in natura is key to ensuring their efficient prevention and control. However, it is notoriously difficult to estimate dispersal parameters at scales that are relevant to real epidemics. Epidemiological surveys can provide informative data, but parameter estimation can be hampered when the timing of the epidemiological events is uncertain, and in the presence of interactions between disease spread, surveillance, and control. Further complications arise from imperfect detection of disease and from the huge number of data on individual hosts arising from landscape-level surveys. Here, we present a Bayesian framework that overcomes these barriers by integrating over associated uncertainties in a model explicitly combining the processes of disease dispersal, surveillance and control. Using a novel computationally efficient approach to account for patch geometry, we demonstrate that disease dispersal distances can be estimated accurately in a patchy (i.e. fragmented) landscape when disease control is ongoing. Applying this model to data for an aphid-borne virus (Plum pox virus) surveyed for 15 years in 605 orchards, we obtain the first estimate of the distribution of flight distances of infectious aphids at the landscape scale. About 50% of aphid flights terminate beyond 90 m, which implies that most infectious aphids leaving a tree land outside the bounds of a 1-ha orchard. Moreover, long-distance flights are not rare–10% of flights exceed 1 km. By their impact on our quantitative understanding of winged aphid dispersal, these results can inform the design of management strategies for plant viruses, which are mainly aphid-borne., Author summary In spatial epidemiology, dispersal kernels quantify how the probability of pathogen dissemination varies with distance from an infection source. Spatial models of pathogen spread are sensitive to kernel parameters; yet these parameters have rarely been estimated using field data gathered at relevant scales. Robust estimation is rendered difficult by practical constraints limiting the number of surveyed individuals, and uncertainties concerning their disease status. Here, we present a framework that overcomes these barriers to permit inference for a between-patch transmission model. Extensive simulations show that dispersal kernels can be estimated from epidemiological surveillance data. When applied to such data collected from more than 600 orchards during 15 years of a plant virus epidemic our approach enables the estimation of the dispersal kernel of infectious winged aphids. This kernel is long-tailed, as 50% of infectious aphids leaving a tree terminate their infectious flight beyond 90 m whilst 10% fly beyond 1 km. This first estimate of flight distances at the landscape scale for aphids–a group of vectors transmitting numerous viruses–is crucial for the science-based design of control strategies targeting plant virus epidemics.

Published
2018

18. De l’inférence de la fonction de dispersion des pucerons à l’optimisation conjointe de la gestion de la sharka et de l’allocation de variétés résistantes

Author

PICARD, Coralie, Pleydell, David, Rimbaud, Loup, Picheny, Victor, Dallot, Sylvie, Jacquot, Emmanuel, Soubeyrand, Samuel, Thébaud, Gael, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

National audience; Les modèles permettent d’estimer des paramètres épidémiologiques, d’évaluer l’efficacité de différentes stratégies de gestion, et de les optimiser. A cette fin, nous avons développé le cadre PESO (parameter estimation–simulation–optimization), que nous avons appliqué à la gestion de la sharka (causée par le Plum pox virus ; PPV), la plus grave maladie des Prunus. Nous avons tout d’abord démontré que les paramètres épidémiologiques de la sharka peuvent être estimés précisément même en présence d’une lutte active contre la maladie. Ainsi, les données de surveillance collectées pendant 15 ans ont, entre autres, permis d’obtenir la première estimation des distances de vol des pucerons à l’échelle du paysage. Un modèle de simulation a ainsi pu être paramétré afin de simuler la dispersion et la gestion de la sharka (incluant la surveillance des vergers, l’arrachage d’arbres à risque, des interdictions de plantation, et le remplacement de vergers sensibles par des variétés résistantes). Nous avons ainsi défini la répartition de vergers résistants minimisant l’impact économique de la sharka dans des paysages plus ou moins agrégés, et nous avons montré que l’optimisation conjointe de la lutte contre la maladie et de la répartition des variétés résistantes peut améliorer l’efficience économique globale de la gestion de la sharka.

Published
2019

19. Model-based estimation of aphid dispersal distances and its use to co-optimize sharka management strategies and the allocation of resistant cultivars

Author

PICARD, Coralie, Pleydell, David, Rimbaud, Loup, Picheny, Victor, Dallot, Sylvie, Jacquot, Emmanuel, Soubeyrand, Samuel, Thébaud, Gael, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

National audience

Published
2019

20. Biopesticides improve efficiency of the sterile insect technique for controlling mosquito-driven dengue epidemics

Author

Pleydell, David, Bouyer, Jérémy, Pleydell, David, and Bouyer, Jérémy

Abstract

Various mosquito control methods use factory raised males to suppress vector densities. But the efficiency of these methods is currently insufficient to prevent epidemics of arbovirus diseases such as dengue, chikungunya or Zika. Suggestions that the sterile insect technique (SIT) could be “boosted” by applying biopesticides to sterile males remain unquantified. Here, we assess mathematically the gains to SIT for Aedes control of either: boosting with the pupicide pyriproxifen (BSIT); or, contaminating mosquitoes at auto-dissemination stations. Thresholds in sterile male release rate and competitiveness are identified, above which mosquitoes are eliminated asymptotically. Boosting reduces these thresholds and aids population destabilisation, even at sub-threshold release rates. No equivalent bifurcation exists in the auto-dissemination sub-model. Analysis suggests that BSIT can reduce by over 95% the total release required to circumvent dengue epidemics compared to SIT. We conclude, BSIT provides a powerful new tool for the integrated management of mosquito borne diseases.

Published
2019

21. A framework for estimating the effects of sequential reproductive barriers: implementation using Bayesian models with field data from cryptic species : Estimation of sequential reproductive barriers

Author

Peccoud, Jean, Pleydell, David, and Sauvion, Nicolas

Subjects
reproductive isolation, hybridization, Bayesian modeling, finite mixture models, asymmetrical isolation, gene flow
Abstract

Determining how reproductive barriers modulate gene flow between populations represents a major step towards understanding the factors shaping the course of speciation. Although many indices quantifying reproductive isolation (RI) have been proposed, they do not permit the quantification of cross direction-specific RI under varying species frequencies and over arbitrary sequences of barriers. Furthermore, techniques quantifying associated uncertainties are lacking, and statistical methods unrelated to biological process are still preferred for obtaining confidence intervals and p-values. To address these shortcomings, we provide new RI indices that model changes in gene flow for both directions of hybridization, and we implement them in a Bayesian model. We use this model to quantify RI between two species of the psyllid Cacopsylla pruni based on field genotypic data for mating individuals, inseminated spermatophores and progeny. The results showed that pre-insemination isolation was strong, mildly asymmetric and indistinguishably different between study sites despite large differences in species frequencies; that postinsemination isolation strongly affected the more common hybrid type; and that cumulative isolation was close to complete. In the light of these results, we discuss how these developments can strengthen comparative RI studies.

Published
2018

27. Why is living together so difficult? The romantic tragedy of two Amblyomma species in Mozambique

Author

Bournez, Laure, Pradel, Jennifer, Pleydell, David, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2015

28. Epidemic reconstruction for the inference of vector dispersal in fragmented landscapes

Author

Pleydell, David, Soubeyrand, Samuel, Dallot, Sylvie, Labonne, Gerard, Chadoeuf, Joel, Thébaud, Gael, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Université des Antilles et de la Guyane (UAG). Pointe-à-Pitre, FRA., Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
Vegetal Biology, Virologie, Virology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, épidémie, pathologie végétale, Biologie végétale, maladie des plantes, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2015

29. Bayesian inference for individual variation in arthropod maturation times

Author

Castaño, Soledad, Guis, Hélène, Pleydell, David, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université des Antilles et de la Guyane (UAG). FRA., and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2015

30. Bayesian prediction of Amblyomma variegatum dynamics using hidden process models

Author

Pleydell, David, Sanford, Bryan, Powell, Patricia, Castaño, Soledad, Pradel, Jennifer, Pegram, Rupert, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Food and Agriculture Organization, Veterinary services, Partenaires INRAE, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Caribbean Amblymma Programme, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

31. Towards the analysis of ecological time series using state-space models

Author

Castaño, Soledad, Guis, Hélène, Vaillant, Jean, Balenghien, Thomas, Delécolle, Jean-Claude, Baldet, Thierry, Pleydell, David, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université des Antilles (UA), Göteborg University. SWE., and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

32. Epidemic reconstruction in fragmented landscapes

Author

Pleydell, David, Soubeyrand, Samuel, Dallot, Sylvie, LABONNE, Gérard, Chadoeuf, Joël, Thébaud, Gael, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biostatistique et Processus Spatiaux (BIOSP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université des Antilles et de la Guyane (UAG). Pointe-à-Pitre, FRA., Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut Pasteur [Paris]. Pointe-à-Pitre, Guadeloupe, FRA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)

Subjects
Vegetal Biology, probabilité, probabilities, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, plum pox virus, plum pox, épidémiologie végétale, simulation, pathologie végétale, Biologie végétale, maladie des plantes, sharka, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

BGPI : équipe 6; Epidemic reconstruction in fragmented landscapes. Rencontres Santé-Environnement, Carrefour des Sciences et de l’Innovation (Rencontres SECSI)

Published
2014

33. Did vaccination slow the spread of bluetongue in France?

Author

Pioz, Maryline, Guis, Hélène, Pleydell, David, Gay, Emilie, Calavas, Didier, Durand, Benoit, Ducrot, Christian, Lancelot, Renaud, Sutton, Richard, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Unité Epidémiologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Santé Animale, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and European Project: 261504,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,EDENEXT(2011)

Subjects
Veterinary medicine, Spatial Epidemiology, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Velocity, Population Modeling, lcsh:Medicine, Ceratopogonidae, L73 - Maladies des animaux, lcsh:Science, Epidemiological Methods, Vaccines, Multidisciplinary, Viral Vaccine, Statistics, Vaccination, Contrôle de maladies, Culicoides, Ruminants, Facteur du milieu, 3. Good health, Infectious Diseases, Veterinary Diseases, Vaccination and immunization, Medicine, Livestock, France, Seasons, Fièvre catarrhale du mouton, Research Article, Bétail, Modèle, Infectious Disease Control, Ruminant, Animal Types, Cattle Diseases, Context (language use), Biology, Biostatistics, Large Animals, Environment, Epizootics, Microbiology, Bluetongue, Infectious Disease Epidemiology, Veterinary Epidemiology, Sérologie, Virus bluetongue, Virology, Microbial Control, medicine, Animals, Bluetongue virus serotype, Statistical Methods, Epizootic, Transmission des maladies, Models, Statistical, Sheep, Population Biology, business.industry, lcsh:R, Cattle, Outbreak, Computational Biology, Viral Vaccines, L70 - Sciences et hygiène vétérinaires - Considérations générales, Veterinary Virology, medicine.disease, Insect Vectors, Vector (epidemiology), Veterinary Science, lcsh:Q, business, Infectious Disease Modeling, Mathematics, Bluetongue virus
Abstract

International audience; Vaccination is one of the most efficient ways to control the spread of infectious diseases. Simulations are now widely used to assess how vaccination can limit disease spread as well as mitigate morbidity or mortality in susceptible populations. However, field studies investigating how much vaccines decrease the velocity of epizootic wave-fronts during outbreaks are rare. This study aimed at investigating the effect of vaccination on the propagation of bluetongue, a vector-borne disease of ruminants. We used data from the 2008 bluetongue virus serotype 1 (BTV-1) epizootic of southwest France. As the virus was newly introduced in this area, natural immunity of livestock was absent. This allowed determination of the role of vaccination in changing the velocity of bluetongue spread while accounting for environmental factors that possibly influenced it. The average estimated velocity across the country despite restriction on animal movements was 5.4 km/day, which is very similar to the velocity of spread of the bluetongue virus serotype 8 epizootic in France also estimated in a context of restrictions on animal movements. Vaccination significantly reduced the propagation velocity of BTV-1. In comparison to municipalities with no vaccine coverage, the velocity of BTV-1 spread decreased by 1.7 km/day in municipalities with immunized animals. For the first time, the effect of vaccination has been quantified using data from a real epizootic whilst accounting for environmental factors known to modify the velocity of bluetongue spread. Our findings emphasize the importance of vaccination in limiting disease spread across natural landscape. Finally, environmental factors, specifically those related to vector abundance and activity, were found to be good predictors of the velocity of BTV-1 spread, indicating that these variables need to be adequately accounted for when evaluating the role of vaccination on bluetongue spread.

Published
2014

34. Analysis of ecological time series using state-space models

Author

Guis, Hélène, Vaillant, Jean, Balenghien, Thomas, Delecolle, Jean Claude, Baldet, Thierry, and Pleydell, David

Subjects
U10 - Méthodes mathématiques et statistiques, L72 - Organismes nuisibles des animaux, L20 - Ecologie animale
Abstract

Prediction of population level responses to global change is the holy grail of population dynamics. Ecological time series provide incomplete snapshots of the state of a system and fitting dynamic models to such data necessitates the inclusion of stochastic elements to account for the influence of unmodeled processes. In ecology, state-space models (SSM) are used to couple stochastic dynamic models of populations (the "state-space") with models accounting for incomplete observation of underlying processes. Ecological SSMs are typically non-linear and non-Gaussian making conventional parameter estimation methods inapplicable. Markov chain Monte Carlo (MCMC) methods are widely used for parameter estimation of missing data problems, but it has not been obvious how to sample state-space trajectories and obtain efficient MCMC mixing for SSMs. Particle Markov chain Monte Carlo (PMCMC) algorithms were recently proposed as a solution to this problem (Andrieu, Doucet & Holstein et al. 2010). These algorithms utilise sequential Monte Carlo (a.k.a. particle filtering) to generate efficient proposal distributions that enable the sampling of state-space trajectories within standard MCMC routines -an advance that could potentially revolutionize ecological time series analysis. The French National Culicoides Surveillance Network has collected more than five million biting midges of 80 different species from 160 sites over 4 to 7 years. We explore the use of PMCMC to fit simple dynamic models to a relatively small subset of this data and attempt to assess the potential of upscaling to an analysis of the entire data set. We fit a number of different models with various levels of biological detail and seek a compromise between biological detail, computation time and predictive power. Implications of our results on ecological forecasting and the relative efficiency of PMCMC algorithms are discussed. (Texte intégral)

Published
2014

35. Are distributions of Amblyomma variegatum and Amblyomma hebraeum limited by interspecific competition?

Author

Bournez, Laure, Cangi, N., Lancelot, Renaud, Pleydell, David, Stachurski, Frédéric, Martinez, Dominique, Lefrançois, Thierry, Neves, Luis, and Pradel, Jennifer

Subjects
000 - Autres thèmes, L20 - Écologie animale, L72 - Organismes nuisibles des animaux
Abstract

Ticks, vectors of numerous pathogens, are of primary importance in animal and human health. Understanding the factors explaining their distribution is a pre-requisite for the study of the diseases they transmit. The role of biotic interactions such as competition between tick species has been poorly studied. Our objective is to assess the role of interspecific competition in the delimitation of the range limits of A. variegatum and A. hebraeum, two ticks of veterinary importance in south-east Africa having a parapatric distribution. A survey was conducted in Mozambique to better assess the relative distribution of the two species and the degree of their interactions. Habitat suitability was predicted for both species, using the environmental niche model Maxent. Our results showed that co-occurrences in the field were rare. Few areas of sympatry were predicted by the environmental niche models. In view of these results, the relative contribution of environment and interspecific competition to the delimitation of the parapatric boundary between A. variegatum and A. hebraeum is discussed.

Published
2014

36. Parapatric distribution and sexual competition between two tick species, Amblyomma variegatum and A. hebraeum (Acari, Ixodidae), in Mozambique

Author

Bournez, Laure, Cangi, N., Lancelot, Renaud, Pleydell, David, Stachurski, Frédéric, Bouyer, Jérémy, Martinez, Dominique, Lefrançois, Thierry, Neves, Luis, Pradel, Jennifer, Bournez, Laure, Cangi, N., Lancelot, Renaud, Pleydell, David, Stachurski, Frédéric, Bouyer, Jérémy, Martinez, Dominique, Lefrançois, Thierry, Neves, Luis, and Pradel, Jennifer

Abstract

Background Amblyomma variegatum and A. hebraeum are two ticks of veterinary and human health importance in south-east Africa. In Zimbabwe they occupy parapatric (marginally overlapping and juxtaposed) distributions. Understanding the mechanisms behind this parapatry is essential for predicting the spatio-temporal dynamics of Amblyomma spp. and the impacts of associated diseases. It has been hypothesized that exclusive competition between these species results from competition at the levels of male signal reception (attraction-aggregation-attachment pheromones) or sexual competition for mates. This hypothesis predicts that the parapatry described in Zimbabwe could also be present in other countries in the region. Methods To explore this competitive exclusion hypothesis we conducted field surveys at the two species' range limits in Mozambique to identify areas of sympatry (overlapping areas) and to study potential interactions (communicative and reproductive interference effects) in those areas. At sympatric sites, hetero-specific mating pairs were collected and inter-specific attractiveness/repellent effects acting at long and short distances were assessed by analyzing species co-occurrences on co-infested herds and co-infested hosts. Results Co-occurrences of both species at sampling sites were infrequent and localized in areas where both tick and host densities were low. At sympatric sites, high percentages of individuals of both species shared attachment sites on hosts and inter-specific mating rates were high. Although cross-mating rates were not significantly different for A. variegatum and A. hebraeum females, attraction towards hetero-specific males was greater for A. hebraeum females than for A. variegatum females and we observed small asymmetrical repellent effects between males at attachment sites. Conclusions Our observations suggest near-symmetrical reproductive interference between A. variegatum and A. hebraeum, despite between-species differences in the

Published
2015

37. A framework for estimating the effects of sequential reproductive barriers: Implementation using Bayesian models with field data from cryptic species

Author

Peccoud, Jean, Pleydell, David R. J., Sauvion, Nicolas, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecologie et biologie des interactions (EBI), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecologie, Evolution, Symbiose (EES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers, Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
0106 biological sciences, Gene Flow, Male, Species complex, Reproductive Isolation, [SDV]Life Sciences [q-bio], Bayesian probability, Biology, Bayesian inference, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, [SDV.BDLR.RS]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology/Sexual reproduction, Gene flow, Hemiptera, 03 medical and health sciences, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, Genetic algorithm, Animals, Mating, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], 0303 health sciences, Bayes Theorem, Reproductive isolation, Sequence Analysis, DNA, Confidence interval, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, [STAT]Statistics [stat], Evolutionary biology, Hybridization, Genetic, Female, France, [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Determining how reproductive barriers modulate gene flow between populations represents a major step towards understanding the factors shaping the course of speciation. Although many indices quantifying reproductive isolation (RI) have been proposed, they do not permit the quantification of cross direction-specific RI under varying species frequencies and over arbitrary sequences of barriers. Furthermore, techniques quantifying associated uncertainties are lacking, and statistical methods unrelated to biological process are still preferred for obtaining confidence intervals and p-values. To address these shortcomings, we provide new RI indices that model changes in gene flow for both directions of hybridization, and we implement them in a Bayesian model. We use this model to quantify RI between two species of the psyllid Cacopsylla pruni based on field genotypic data for mating individuals, inseminated spermatophores and progeny. The results showed that pre-insemination isolation was strong, mildly asymmetric and undistinguishably different between study sites despite large differences in species frequencies; that post-insemination isolation strongly affected the more common hybrid type; and that cumulative isolation was close to complete. In the light of these results, we discuss how these developments can strengthen comparative RI studies.Author contributionsJP and NS initiated the study and obtained biological data. JP and DRJP developed the porosity-based approach. DRJP conceived the Bayesian implementation and code. JP, DRJP and NS wrote the manuscript.Data availabilityMitochondrial sequence data will be available at Genbank, source code is available at xxx.

Published
2013

38. Prédiction et l'incertitude dans l'écologie des maladies infectieuse

Author

Pleydell, David, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UFC, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], modelling, [SDV]Life Sciences [q-bio], biomathematics
Abstract

A compléter au vu du document; Prédiction et l'incertitude dans l'écologie des maladies infectieuse. Journées de Modélisation BioMathémathique de Besançon (MB2)

Published
2013

39. Culicoides et virus transmis : compréhension de la dynamique des populations de vecteurs et des mécanismes de circulation de la fièvre catarrhale ovine

Author

Garros, Claire, Guis, Hélène, Pleydell, David, Jacquet, Stéphanie, Pioz, Maryline, Castano Faynot, Maria Soledad, Lancelot, Renaud, Lefrançois, Thierry, and Balenghien, Thomas

Subjects
L73 - Maladies des animaux, L72 - Organismes nuisibles des animaux
Abstract

Les organisations de santé animale et humaine sont aujourd'hui confrontées à des crises sanitaires importantes liées à l'émergence, ou la ré-émergence, des maladies à transmission vectorielle. Avec l'accroissement des échanges et des mouvements d'animaux et des changements environnementaux, ces risques sanitaires dépassent le clivage Nord/Sud. C'est le cas du virus de la fièvre catarrhale ovine, transmis aux ruminants sauvages et domestiques par des moucherons hématophages du genre Culicoides, parfait exemple de virus émergent en Europe. Considérée comme exotique jusqu'en 1998, la fièvre catarrhale ovine est désormais présente dans tout le bassin méditerranéen avec plusieurs sérotypes viraux, conséquence d'une extension vers le nord de Culicoides imicola, son principal vecteur afro-asiatique. À partir d'août 2006, le sérotype 8 s'est introduit dans le nord de l'Europe, alors que C. imicola en est absent, transmis par les populations autochtones de Culicoides. La FCO correspond donc à un double enjeu, à la fois sanitaire et scientifique, avec l'étude de la propagation rapide d'une maladie vectorielle émergente dans des régions jusqu'alors indemnes. Les questions de recherches qui intéressent l'unité sont: -l'étude des patrons de distribution spatio-temporelle des espèces paléarctiques. A partir des données du réseau de surveillance entomologique des Culicoides (160 pièges couvrant le territoire métropolitain et la Corse, opérés à un rythme hebdomadaire ou mensuel pendant 4 années), développer des modèles multi-espèces permettant de décrire, comprendre et prédire la dynamique spatio-temporelle des principales espèces vectrices afin de mieux évaluer le risque de transmission de pathogènes. - la dynamique du moucheron C. imicola dans le bassin méditerranéen: Déterminer et comprendre les caractéristiques démographiques, historiques et évolutives ayant conduit à la répartition actuelle de C. imicola, et d'autre part, la structuration et la dynamique des populations dans les territoires nouvellement colonisés du sud de l'Europe. Une approche multi-marqueurs est en cours réalisée à différentes échelles : globale, sur toute l'aire de distribution de C. imicola, régionale, dans le bassin méditerranéen, et locale, entre Corse et le département du Var. - la dynamique de circulation de la maladie. Des travaux ont été réalisés sur les 2 sérotypes du virus de la FCO, les sérotypes 1 et 8 qui se sont propagés massivement en France continentale de 2006 à 2008. Ces travaux ont permis de déterminer la vitesse à laquelle la FCO a progressé et d'identifier les facteurs environnementaux ayant influencé sa progression. La complémentarité des approches permet d'envisager la mise au point de nouveaux outils pour améliorer la compréhension des mécanismes de transmission de la maladie étudiée et les stratégies de lutte. (Texte intégral)

Published
2013

40. Modélisation et optimisation de stratégies de gestion spatialisées de la sharka

Author

Thébaud, Gael, Soubeyrand, Samuel, Paire, Roland, Pleydell, David, BONNOT, FRANCOIS, Dallot, Sylvie, Bruchou, Claude, Labonne, Gérard, Jacquot, Emmanuel, Biologie et Génétique des interactions Plantes-parasites pour la Protection Intégrée, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biostatistique et Processus Spatiaux (BIOSP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Université de Rennes (UR), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

BGPI : équipe 6; National audience

Published
2012

41. The functional response of metamorphosis rates to climatic variation: A case study with Amblyomma variegatum

Author

Pleydell, David, Guinat, Claire, Lancelot, Renaud, Rahajarison, Patrick, and Stachurski, Frédéric

Subjects
L73 - Maladies des animaux, L72 - Organismes nuisibles des animaux
Abstract

Amblyomma variegatum is a three host hard tick that has demonstrated extensive range expansion over the last 150 years. This _Tropical Bont Tick_ vectors a number of economically important bacterial diseases of ruminants including the pathogen Ehrlichia ruminantium, causative agent of the highly virulent disease heartwater. Control of A. variegatum populations and it's associated diseases would be easier if population dynamic models were capable of predicting tick densities across heterogeneous environments and in response to a number of candidate control measures. Mechanistic population dynamic models describing the life cycle of the tick are known to be sensitive to both parameterisation and the choice of functional response linking demographic rates to environmental, and in particular climatic, variation. Prediction accuracy therefore depends fundamentally on the choice of functional response used within population dynamic models. We use field experiment data to compare the explicative power of competing hypotheses of functional response in a hybrid mechanistic-statistical modeling framework targeting the developmental and metamorphosis process undergone by engorged nymphs on passage to adult stage. Engorged nymphs were placed in cages at various altitudes in the mountains of Madagascar and the data used to parameterise a mechanistic model. The observed metamorphosis rate was modelled as a function of temperature data measured every 15 minutes at six sites using Tiny Tag climatic loggers. Various hypotheses linking metamorphosis rates to thermal accumulation are tested in a Bayesian framework. Results indicate that important non-linear relationships are identifiable in a mechanistically rich Bayesian approach using experimental data obtained in natura. We discuss the importance of the identified functional responses and remaining uncertainties in the context of predictive population dynamic models. A number of key outstanding research questions targeting key transitions in the A. variegatum life cycle are presented.. (Texte intégral)

Published
2012

42. Estimating risk factors for virus dissemination from incomplete epidemiological surveillance data

Author

Pleydell, David, Thébaud, Gael, Soubeyrand, Samuel, Dallot, Sylvie, Grizard, Sylvain, Chadoeuf, Joel, Labonne, Gerard, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie et Génétique des interactions Plantes-parasites pour la Protection Intégrée, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2011

43. Estimating risk factors for PPV dissemination from incomplete epidemiological surveillance data

Author

Pleydell, David, Thébaud, Gael, Soubeyrand, Samuel, Dallot, Sylvie, Grizard, Sylvain, Chadoeuf, Joel, Labonne, Gerard, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie et Génétique des Interactions Plantes-Agents Pathogènes, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Montpellier (ENSA M)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2010

44. Grass height and transmission ecology of Echinococcus multilocularis in Tibetan communities, China

Author

Wang , Qian, Raoul , Francis, Budke , Christine, Craig , Philip S, Xiao , Yong-Fu, Vuitton , Dominique A, Campos-Ponce , Maiza, Qiu , Dong-Chuan, Pleydell , David, Giraudoux , Patrick, Sichuan Provincial Center for Diseases Control and Prevention, Sichuan Government, Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), College of Veterinary Medicine and Biomedical Sciences, A&M University, Biomedical Sciences Research Institute, University of Salford, WHO Collaborating Center on Prevention and Treatment of Human Echinococcosis, SERF Unit, Université de Franche-Comté ( UFC ), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC ( CEF2P / CARCINO ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Faculty of Earth and Life Sciences, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Texas A&M University System, Université de Franche-Comté (UFC), Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Faculty of Earth and Life Sciences [Amsterdam] (FALW), Vrije Universiteit Amsterdam [Amsterdam] (VU), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UFC (UMR 6249) (LCE), WHO Collaborating Center on Prevention and Treatment of Human Echinococcosis, Earth and Life Sciences, VU University, Amsterdam, and VU University

Subjects
MESH: Ecology, China, MESH: Dog Diseases, grass height, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, MESH : Echinococcus multilocularis, Poaceae, Tibet, MESH : Echinococcosis, [ SDV.EE.SANT ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, MESH: Dogs, MESH: Echinococcosis, Dogs, MESH: Poaceae, MESH : Dogs, Echinococcosis, small mammals, parasitic diseases, Animals, MESH : China, MESH: Animals, Dog Diseases, MESH: Echinococcus multilocularis, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, MESH : Poaceae, Ecology, MESH : Tibet, MESH: Tibet, transmission, MESH: China, MESH : Dog Diseases, Echinococcosis multilocularis, MESH : Ecology, alveolar echinococcosis, overgrazing, Echinococcus multilocularis, MESH : Animals
Abstract

International audience; BACKGROUND: Alveolar echinococcosis is a major zoonosis of public health significance in western China. Overgrazing was recently assumed as a potential risk factor for transmission of alveolar echinococcosis. The research was designed to further test the overgrazing hypothesis by investigating how overgrazing influenced the burrow density of intermediate host small mammals and how the burrow density of small mammals was associated with dog Echinococcus multilocularis infection. METHODS: The study sites were chosen by previous studies which found areas where the alveolar echinococcosis was prevalent. The data, including grass height, burrow density of intermediate host small mammals, dog and fox fecal samples as well as Global Positioning System (GPS) position, were collected from field investigations in Shiqu County, Sichuan Province, China. The fecal samples were analyzed using copro-PCR. The worms, teeth, bones and hairs in the fecal samples were visually examined. Single factor and multifactor analyses tools including chi square and generalized linear models were applied to these data. RESULTS: By using grass height as a proxy of grazing pressure in the homogenous pasture, this study found that taller grass in the pasture led to lower small mammals' burrow density (chi(2) = 4.670, P = 0.031, coefficient = -1.570). The Echinococcus multilocularis worm burden in dogs was statistically significantly related to the maximum density of the intermediate host Ochotona spp. (chi(2) = 5.250, P = 0.022, coefficient = 0.028). The prevalence in owned dogs was positively correlated to the number of stray dogs seen within a 200 meter radius (Wald chi(2) = 8.375, P = 0.004, odds ratio = 1.198). CONCLUSIONS: Our findings support the hypothesis that overgrazing promotes transmission of alveolar echinococcosis and confirm the role of stray dogs in the transmission of alveolar echinococcosis.

Published
2010

45. Caractérisation d'espèces cryptiques du psylle Cacopsylla pruni, insecte vecteur d'une maladie des Prunus

Author

Sauvion, Nicolas, Peccoud, Jean, Pleydell, David, Marie-Jeanne, Véronique, Limon, Patrick, Peyre, Josiane, Labonne, Gerard, ProdInra, Archive Ouverte, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, prunus, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, zoology, cacopsylla pruni, protection des cultures, zoologie, insecte arboricole
Abstract

BGPI : équipe 6; Caractérisation d'espèces cryptiques du psylle Cacopsylla pruni, insecte vecteur d'une maladie des Prunus. Ecologie 2010, session " Adaptation des bioagresseurs de plantes à leur environnement biotique et abiotique "

Published
2010

46. A random forest approach for predicting the presence of Echinococcus multilocularis intermediate host Ochotona spp. presence in relation to landscape characteristics in western China

Author

Marston, Christopher, Danson, F. Mark, Armitage, Richard P., Giraudoux, Patrick, Pleydell, David R.J., Wang, Qian, Qiu, Jaimin, Craig, Philip S., Marston, Christopher, Danson, F. Mark, Armitage, Richard P., Giraudoux, Patrick, Pleydell, David R.J., Wang, Qian, Qiu, Jaimin, and Craig, Philip S.

Abstract

Understanding distribution patterns of hosts implicated in the transmission of zoonotic disease remains a key goal of parasitology. Here, random forests are employed to model spatial patterns of the presence of the plateau pika (. Ochotona spp.) small mammal intermediate host for the parasitic tapeworm Echinococcus multilocularis which is responsible for a significant burden of human zoonoses in western China. Landsat ETM+satellite imagery and digital elevation model data were utilized to generate quantified measures of environmental characteristics across a study area in Sichuan Province, China. Land cover maps were generated identifying the distribution of specific land cover types, with landscape metrics employed to describe the spatial organisation of land cover patches. Random forests were used to model spatial patterns of Ochotona spp. presence, enabling the relative importance of the environmental characteristics in relation to Ochotona spp. presence to be ranked. An index of habitat aggregation was identified as the most important variable in influencing Ochotona spp. presence, with area of degraded grassland the most important land cover class variable. 71% of the variance in Ochotona spp. presence was explained, with a 90.98% accuracy rate as determined by 'out-of-bag' error assessment. Identification of the environmental characteristics influencing Ochotona spp. presence enables us to better understand distribution patterns of hosts implicated in the transmission of Em. The predictive mapping of this Em host enables the identification of human populations at increased risk of infection, enabling preventative strategies to be adopted.

Published
2014

47. Vitesse de progression du front des épizooties de fièvre catarrhale ovine en France

Author

Pioz, Maryline, Guis, Hélène, Gay, Emilie, Durand, Benoit, Pleydell, David, Abrial, David, Calavas, Didier, Lancelot, Renaud, Ducrot, Christian, Pioz, Maryline, Guis, Hélène, Gay, Emilie, Durand, Benoit, Pleydell, David, Abrial, David, Calavas, Didier, Lancelot, Renaud, and Ducrot, Christian

Abstract

La vitesse de progression du front des deux épizooties de fièvre catarrhale ovine (FCO) que la France a connu entre 2006 et 2009 a été modélisée à l'aide d'un modèle statistique d'analyse de surface de tendance, combiné avec un modèle spatial autorégressif simultané pour tenir compte de l'autocorrélation spatiale résiduelle. Ces modèles ont été appliqués aux dates de première suspicion clinique confirmée de FCO dans chaque commune (BTV-8 en 2007-2008 et BTV-1 en 2008). Le front des deux épizooties a progressé à des vitesses comparables, en moyenne de 5,6 km/jour pour BTV-8, avec des extrêmes entre 2,1 et 9,3 km/jour selon le lieu et la période, et de 5,4 km/jour pour BTV-1, avec 90% des communes présentant une vitesse ?10 km/jour. Cette vitesse a été influencée par l'altitude, les conditions météorologiques et la disponibilité en hôtes. La vaccination (au moins une partie des animaux immunisés lors de l'arrivée du front) s'est traduite par un ralentissement moyen de 1,7 km/jour du front de l'épizootie due à BTV-1.

Published
2014

48. Intégrer biologie, génétique et modélisation pour gérer les maladies émergentes à transmission vectorielle

Author

Thébaud, Gael, Pleydell, David, Lett, Jean-Michel, Biologie et Génétique des Interactions Plantes-Agents Pathogènes, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Montpellier (ENSA M)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD). Montpellier, FRA., and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

National audience

Published
2009

49. Habitat modelling of small mammals assemblages in Western Sichuan (China): from locally trained models at landscape scale to regional predictive mapping

Author

Vaniscotte, Amélie, Raoul, Francis, Pleydell, David R J, Giraudoux, Patrick, Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Breuste J, Kozova M, Finka M, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Breuste J, Kozova M, and Finka M

Subjects
[SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [ SDV.BID ] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [ SDV.EE ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment
Abstract

International audience; Building predictive maps of assemblage habitat, a widely used method in conservation and landscape management, is based on fitting habitat model on a training area, corresponding to a limited region in the environmental space. Model predictive performances need to be robustly evaluated on test data set. This is often realized at the landscape level, i.e taking as test data set one part of the original sample or a resampling one. Predicting assemblage occurrences at a regional level requires a step further in the modelling validation stage: testing model extrapolation performances. We estimated and compared the predictive performances of two scales of predictive mapping of small mammals assemblages in a remote area of Sichuan province. Small mammal assemblages were defined in two distant areas and differed between both areas. Their habitats were modelled, predicted and mapped using ETM bands at two different spatial scales: local (in each area) versus regional (including both areas). While locally trained models provided large predictive errors on independent data sets, the regionally trained model more accurately predicted assemblage occurrences and could be considered at this state of the research as an appropriate method to map assemblage regionally.

Published
2009

50. Integrating landscape ecology and epidemiology

Author

Giraudoux , Patrick, Raoul , Francis, Pleydell , David R J, Vaniscotte , Amélie, Yang , Yurong, Danson , Mark, Craig , Philip S, Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Ningxia Medical College, Centre for Environmental Systems Research, University of Salford, Biomedical Sciences Research Institute, Breuste J., Kozova M., Finka M., Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Breuste J., Kozova M., and Finka M.

Subjects
small mammal, population dynamics, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Echinococcus multilocularis, [ SDV.SPEE ] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, [ SDE.ES ] Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract

International audience; Biological mechanisms known to affect space-time dynamics of infectious diseases may be impacted by ecosystem change and the last 50 years have seen the greatest changes in ecosystem structure and function in human history (Patz and Confalonieri 2005). Alveolar echinococcosis (AE) is a disease lethal to humans caused by a Cestod parasite. The parasite is transmitted through a life-cycle including small mammal intermediate hosts (rodents and lagomorphs) and carnivore definitive hosts, mostly foxes and domestic dogs. Over the last 15 years it appears that the parasite has spread its geographic range in the red fox populations of western and eastern Europe and large foci of AE have been discovered in Western China at the Eastern border of the Tibetan plateau. Transmission systems have been studied in eastern France and Western China combining quantified analysis of landscape changes, small mammal communities and AE prevalence in humans and foxes (Giraudoux et al. 2002; Giraudoux et al. 2006). Evidence has been provided that at the regional scale landscape can affect human disease distribution through interaction with small mammal communities and their population dynamics. Regional models have been proposed where satellite imagery was used to describe landscapes and evaluate transmission risk. Here we review those studies and discuss their results with perspectives for studies of pathogenic organism transmission grounded on systems approach and landscape ecology concepts.

Published
2009

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Books, media, physical & digital resources
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