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1. Peptides derived from evolutionarily conserved domains in Beclin-1 and Beclin-2 enhance the entry of lentiviral vectors into human cells

Author: Sophie Frin, Nathalie Chazal, Saliha Majdoul, Lucile Espert, Laurence Briant, David Fenard, Nathalie Holic, Jérémie Cosette, Anne Galy, Ababacar K. Seye, Eric Bernard, Approches génétiques intégrées et nouvelles thérapies pour les maladies rares (INTEGRARE), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Généthon, Généthon, Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay-Généthon, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), École pratique des hautes études (EPHE), Immunologie moléculaire et biothérapies innovantes, École pratique des hautes études (EPHE)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Genethon, Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S 872)), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections rétrovirales et signalisation cellulaire (IRSC), Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe Immunologie et Thérapie Génique, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Généthon, Evry, Genethon, Centre d’études d’Agents Pathogènes et Biotechologies pour la Santé (CPBS), Genethon - Inserm UMR_S951, École pratique des hautes études (EPHE)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Genethon-École pratique des hautes études (EPHE)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Genethon-Généthon, Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon), Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon), École pratique des hautes études ( EPHE ) -Université d'Évry-Val-d'Essonne ( UEVE ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Genethon, Centre de Recherche des Cordeliers ( CRC (UMR_S 872) ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier ( IRIM ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Infections rétrovirales et signalisation cellulaire ( IRSC ), Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), and Chazal, Nathalie
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Genetic enhancement, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biochemistry, Transduction (genetics), 0302 clinical medicine, Cells, Cultured, Conserved Sequence, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Cell Line, Transformed, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Hematopoietic Stem Cell Transplantation, Intracellular Signaling Peptides and Proteins, Specific Pathogen-Free Organisms, Up-Regulation, 3. Good health, Cell biology, 030220 oncology & carcinogenesis, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Beclin-1, tat Gene Products, Human Immunodeficiency Virus, Recombinant Fusion Proteins, Protein domain, Mice, Transgenic, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biology, [ SDV.MP.VIR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Viral vector, 03 medical and health sciences, Viral entry, Cell Line, Tumor, Autophagy, Animals, Humans, Amino Acid Sequence, Progenitor cell, Enhancer, Molecular Biology, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Lentivirus, Genetic Therapy, Cell Biology, Virus Internalization, Hematopoietic Stem Cells, Virology, Peptide Fragments, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, 030104 developmental biology, HIV-1
Abstract: International audience; Autophagy-related proteins such as Beclin-1 are involved in an array of complex processes, including antiviral responses, and may also modulate the efficiency of gene therapy viral vectors. The Tat-Beclin-1 (TB1) peptide has been reported as an autophagy-inducing factor inhibiting the replication of pathogens such as HIV, type 1 (HIV-1). However, autophagy-related proteins are also essential for the early steps of HIV-1 infection. Therefore, we examined the effects of the Beclin-1 evolution-arily conserved domain in TB1 on viral transduction and autophagy in single-round HIV infection or with nonreplicative HIV-1-derived lentiviral vectors. TB1 enhanced transduction with various pseudotypes but without inducing the autophagy process. TB1 augmented the transduction of human CD34؉ hematopoietic stem/progenitor cells while maintaining their capacity to engraft in vivo into humanized mice. TB1 was as effective as other transduction additives and functioned by enhancing the adhesion and fusion of viral particles with target cells but not their aggregation. We also found that the N-terminal L1 loop was critical for TB1 transduction-enhancing activity. Interestingly, the Tat-Beclin-2 (TB2) peptide, derived from the human Beclin-2 protein, was even more potent than TB1 in promoting viral transduction and infection. Taken together, our findings suggest that the TB1 and TB2 peptides enhance the viral entry step. Tat-Beclin peptides therefore represent a new family of viral transduction enhancers for potential use in gene therapy.
Published: 2017

2. A gene-based map of the Nod factor-independent Aeschynomene evenia sheds new light on the evolution of nodulation and legume genomes

Author: Joël Fardoux, Jean-François Rami, Jérôme Gouzy, Fabienne Cartieaux, Philippe Leleux, Pascal Ratet, David J. Bertioli, Djamel Gully, Jean-François Arrighi, Dany Severac, Hugues Parrinello, Pierre Mournet, Pierre Czernic, Christophe Klopp, Guillaume Martin, Delphine Patrel, William Ribière, Eric Giraud, Brigitte Courtois, Marc Boursot, Clémence Chaintreuil, Ronan Rivallan, Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT) (UBIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie Computationnelle (IBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des sciences du végétal (ISV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Développement et amélioration des plantes (UMR DAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche rétrospective de Marseille (CRRM), Université Paul Cézanne - Aix-Marseille 3, Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle de Toulouse [Castanet-Tolosan] (UBIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme bioinformatique du GIS GENOTOUL - Génopole Toulouse Midi-Pyrénées, Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - 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Génopole Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Aeschynomene evenia, symbiosis, legume, genetic map, comparative genomics, LOTUS-JAPONICUS, MEDICAGO-TRUNCATULA, RHIZOBIAL SYMBIOSIS, LINKAGE MAP, MODEL, COMMON, DIFFERENTIATION, CONSERVATION, DIVERSITY, INFECTION, Genetic Linkage, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, Context (language use), Genomics, Genes, Plant, Plant Root Nodulation, 01 natural sciences, Genome, Genetic analysis, DNA sequencing, Arachis duranensis, F30 - Génétique et amélioration des plantes, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, F01 - Culture des plantes, Genetics, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, education, Molecular Biology, Comparative genomics, education.field_of_study, Polymorphism, Genetic, biology, Fabaceae, General Medicine, Full Papers, biology.organism_classification, 030104 developmental biology, Transcriptome, Genome, Plant, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; Aeschynomene evenia has emerged as a new model legume for the deciphering of the molecular mechanisms of an alternative symbiotic process that is independent of the Nod factors. Whereas most of the research on nitrogen-fixing symbiosis, legume genetics and genomics has so far fo-cused on Galegoid and Phaseolid legumes, A. evenia falls in the more basal and understudied Dalbergioid clade along with peanut (Arachis hypogaea). To provide insights into the symbiotic genes content and the structure of the A. evenia genome, we established a gene-based genetic map for this species. Firstly, an RNAseq analysis was performed on the two parental lines selected to generate a F 2 mapping population. The transcriptomic data were used to develop molecular markers and they allowed the identification of most symbiotic genes. The resulting map comprised 364 markers arranged in 10 linkage groups (2n ¼ 20). A comparative analysis with the sequenced genomes of Arachis duranensis and A. ipaensis, the diploid ancestors of peanut, indicated blocks of conserved macrosynteny. Altogether, these results provided important clues regarding the evolution of symbiotic genes in a Nod factor-independent context. They provide a Downloaded from https://academic.oup.com/dnaresearch/article-abstract/23/4/365/2469965 by BIU Montpellier user on 12 March 2020 basis for a genome sequencing project and pave the way for forward genetic analysis of symbio-sis in A. evenia.
Published: 2016

3. GNL3 regulates replication origin firing and protects stalled replication forks

Author: Lebdy, Rana, Canut, Marine, Patouillard, Julie, Cadoret, Jean-Charles, Letessier, Anne, Ammar, Josiane, Basbous, Jihane, Urbach, Serge, Miotto, Benoit, Constantinou, Angelos, Abou Merhi, Raghida, Ribeyre, Cyril, Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Infections rétrovirales et signalisation cellulaire (IRSC), Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de génétique et physiologie du développement (LGPD), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Américaine de Beyrouth, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Faculty of Medical Sciences [Lebanese University], Lebanese University [Beirut] (LU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), and Ribeyre, Cyril
Subjects: [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology
Abstract: DNA replication by the replisome requires specific proteins that protect replication forks and so prevent the formation of DNA lesions that may damage the genome. Here, we show that human GNL3/nucleostemin, a GTP-binding protein localized in the nucleolus and the nucleoplasm, is a new component of the replisome. Depletion of GNL3 reduces fork speed but increases replication origin firing. When subjected to replication stress, the nascent DNA of GNL3-depleted cells undergoes nuclease-dependent resection, a source of DNA lesions. Inhibition of origin firing decreases this resection, indicating that the increased replication origin firing seen upon GNL3 depletion mainly accounts for the observed DNA resection. We show that GNL3 and DNA replication initiation factor ORC2 interact in the nucleolus, and that GNL3 regulates ORC2 subnuclear localization. The accumulation of GNL3 in the nucleolus is thus required to limit DNA resection in response to replicative stress, potentially through the regulation of ORC2 functions.
Published: 2022

4. F-2-isoprostanes: review of analytical methods

Author: Jean-Luc Cracowski, Olivier Scruel, Thierry Durand, Olivier Berdeaux, FLAveur, VIsion et Comportement du consommateur (FLAVIC), Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Chimie biomoléculaire et des interactions biologiques (CBIB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 1 (UM1), Université Montpellier 1 (UM1), Laboratoire de Pharmacologie (LABORATOIRE DE PHARMACOLOGIE), Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ProdInra, Migration, Carles, Brigitte, FLAveur, VIsion et Comportement du consommateur ( FLAVIC ), Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon ( ENESAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ), Laboratoire de Pharmacologie ( LABORATOIRE DE PHARMACOLOGIE ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ), Chimie biomoléculaire et des interactions biologiques ( CBIB ), and Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: MASS SPECTROMETRY, Isoprostane, Biophysics, Pharmaceutical Science, Mass spectrometry, 01 natural sciences, Biochemistry, IMMUNOASSAY, chemistry.chemical_compound, [ CHIM.ORGA ] Chemical Sciences/Organic chemistry, Plasma lipids, QUANTITATIVE ANALYSIS, NEUROPROSTANE, Sample preparation, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Chromatography, 010405 organic chemistry, Chemistry, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, L IPID PEROXIDATION, 010401 analytical chemistry, Extraction (chemistry), [SDV.SP]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences, [CHIM.ORGA] Chemical Sciences/Organic chemistry, 3. Good health, 0104 chemical sciences, Clinical Practice, [SDV.SP] Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences, F2-Isoprostanes, Molecular Medicine, Free form, ISOPROSTANE
Abstract: International audience; F2-isoprostanes (F2-isoPs) represent a new family of biomarkers for oxidative stress generated by free radical attack of membrane-bounded arachidonic acid. Esterified F2-isoPs can be found in tissue or plasma lipids whereas the free form F2-isoPs, hydrolyzed by phospholipase, is mainly present in body fluids. The extent of systematic damage due to oxidative stress within the body can be assessed by the determination of plasma or urine F2-isoPs. The determination of F2-isoPs in clinical practice is not often used due to the complexity to extract the compounds from their biologic matrixes before the analysis step. In most of published protocols, extraction procedure is critical and timeconsuming, requiring successive chromatographic steps. Moreover, some of these procedures lead to a substantial loss of target compounds. In order to improve sample preparation steps and final recovery, others methods have been developed and optimized. For detection of F2-isoPs, two main analytical approaches have been adopted. The first one involves immunological methods and the second approach is based on chromatographic separation and detection by mass spectrometry. A large amount of works has been done in the field of isoprostane analysis, but until now, no standardized method seems to emerge. Indeed, described methodologies differ either in the sample preparation steps or in the detection techniques or both. In the present review, the most commonly used methods are presented and compared in terms of extraction, purification, and analysis of F2-isoPs, taking into account the various origins of biological samples
Published: 2006

5. The HBZ factor of human T-cell leukemia virus type I dimerizes with transcription factors JunB and c-Jun and modulates their transcriptional activity

Author: Marc Piechaczyk, Jean-Michel Mesnard, Charlotte Arpin, Gilles Gaudray, Christian Devaux, Jihane Basbous, Infections rétrovirales et signalisation cellulaire ( IRSC ), Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier ( IGMM ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ARC, Infections rétrovirales et signalisation cellulaire (IRSC), Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: Transcription, Genetic, MESH : Hela Cells, Proto-Oncogene Proteins c-jun, Retroviridae Proteins, MESH: Streptavidin, MESH : Blotting, Western, Biochemistry, MESH: Down-Regulation, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, MESH: Protein Structure, Tertiary, 0302 clinical medicine, Transcription (biology), Genes, Reporter, MESH: Gene Products, tax, MESH : Trans-Activation (Genetics), MESH: Animals, MESH : Viral Proteins, 0303 health sciences, c-jun, MESH : Protein Binding, MESH: Transcription Factors, MESH : beta-Galactosidase, MESH : Precipitin Tests, MESH : Human T-lymphotropic virus 1, MESH: Transcription Factor AP-1, MESH: Leucine Zippers, 3. Good health, MESH: COS Cells, MESH: Promoter Regions (Genetics), Basic-Leucine Zipper Transcription Factors, MESH : Transcription Factor AP-1, 030220 oncology & carcinogenesis, COS Cells, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, JunB, MESH : Protein Structure, Tertiary, MESH : Proto-Oncogene Proteins c-jun, Transcriptional Activation, MESH : Glutathione Transferase, Blotting, Western, Biotin, Down-Regulation, MESH: Basic-Leucine Zipper Transcription Factors, Transfection, [ SDV.MP.VIR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, 03 medical and health sciences, Viral Proteins, MESH : Basic-Leucine Zipper Transcription Factors, Humans, MESH: Protein Binding, MESH: Blotting, Western, Collagenases, E2F, Molecular Biology, MESH: Glutathione Transferase, MESH: Human T-lymphotropic virus 1, MESH: Humans, MESH: Proto-Oncogene Proteins c-jun, MESH: Genes, Reporter, MESH : Humans, Precipitin Tests, MESH : Promoter Regions (Genetics), Protein Structure, Tertiary, MESH : Streptavidin, Microscopy, Fluorescence, MESH: Binding Sites, HTLV-1, MESH: Luciferases, HeLa Cells, Transcription Factors, Time Factors, MESH : Transcription Factors, MESH : Microscopy, Fluorescence, MESH : DNA, Complementary, MESH: Collagenases, MESH: Microscopy, Fluorescence, MESH : Biotin, MESH : Down-Regulation, Transactivation, hemic and lymphatic diseases, MESH : RNA, MESH: Precipitin Tests, Luciferases, Promoter Regions, Genetic, Glutathione Transferase, Human T-lymphotropic virus 1, MESH : Collagenases, Gene Products, tax, MESH : Genes, Reporter, MESH: beta-Galactosidase, MESH : Dimerization, MESH: Genome, Viral, MESH : Transfection, MESH : COS Cells, Dimerization, MESH : Genome, Viral, Protein Binding, MESH : Time Factors, Leucine zipper, DNA, Complementary, JUNB, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Genome, Viral, Biology, MESH: Two-Hybrid System Techniques, MESH: RNA, Two-Hybrid System Techniques, MESH: Biotin, Animals, Transcription factor, 030304 developmental biology, MESH : Luciferases, Leucine Zippers, Binding Sites, Activator (genetics), MESH : Gene Products, tax, MESH: Transcription, Genetic, MESH: Transfection, MESH: Time Factors, c-Jun, MESH : Transcription, Genetic, Cell Biology, MESH: DNA, Complementary, beta-Galactosidase, AP-1, Molecular biology, MESH: Viral Proteins, Transcription Factor AP-1, MESH: Hela Cells, MESH: Dimerization, MESH : Two-Hybrid System Techniques, MESH: Trans-Activation (Genetics), RNA, MESH : Leucine Zippers, Streptavidin, MESH : Animals, MESH : Binding Sites
Abstract: The human T-cell leukemia virus type I (HTLV-I)-encoded Tax protein activates transcription from the viral promoter via association with the cellular basic leucine zipper factor cAMP-response element-binding protein-2. Tax is also able to induce cellular transformation of T lymphocytes probably by modulating transcriptional activity of cellular factors, including nuclear factor-kappaB, E2F, activator protein-1 (AP-1), and p53. Recently, we characterized in HTLV-I-infected cells the presence of a novel viral protein, HBZ, encoded by the complementary strand of the HTLV-I RNA genome (Gaudray, G., Gachon, F., Basbous, J., Biard-Piechaczyk, M., Devaux, C., and Mesnard, J.-M. (2002) J. Virol. 76, 12813-12822). HBZ is a nuclear basic leucine zipper protein that down-regulates Tax-dependent viral transcription by inhibiting the binding of cAMP-response element-binding protein-2 to the HTLV-I promoter. In searching for other cellular targets of HBZ, we identified two members of the Jun family, JunB and c-Jun. Co-immunoprecipitation and cellular colocalization confirmed that HBZ interacts in vivo with JunB and c-Jun. When transiently introduced into CEM cells with a reporter gene containing the AP-1 site from the collagenase promoter, HBZ suppressed transactivation by c-Jun. On the other hand, the combination of HBZ with Jun-B had higher transcriptional activity than JunB alone. Consistent with the structure of its basic domain, we demonstrate that HBZ decreases the DNA-binding activity of c-Jun and JunB. Last, we show that c-Jun is no longer capable of activating the basal expression of the HTLV-I promoter in the presence of HBZ in vivo. Our results support the hypothesis that HBZ could be a negative modulator of the Tax effect by controlling Tax expression at the transcriptional level and by attenuating activation of AP-1 by Tax.
Published: 2003

6. The PIWI protein Aubergine recruits eIF3 to activate translation in the germ plasm

Author: Aymeric Chartier, Rima Naït-Saïdi, Jeremy Dufourt, Martine Simonelig, Mathilde Decourcelle, Vipul Patel, Amandine Bastide, Anne Ramat, Julie Cremaschi, Celine Garret, Maria-Rosa Garcia-Silva, François Juge, Camille Jahan, Institut de génétique humaine (IGH), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Simonelig, Martine, BioCampus (BCM), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Transposable element, endocrine system, Eukaryotic Initiation Factor-3, RNA Stability, [SDV]Life Sciences [q-bio], Piwi-interacting RNA, Biology, Poly(A)-Binding Proteins, Article, Cell Line, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Peptide Initiation Factors, Polysome, Developmental biology, Animals, Drosophila Proteins, RNA, Messenger, RNA, Small Interfering, Molecular Biology, 030304 developmental biology, Germ plasm, 0303 health sciences, Messenger RNA, urogenital system, Binding protein, Embryo, Cell Biology, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Drosophila melanogaster, Germ Cells, Argonaute Proteins, Piwi RNAs, Translational Activation, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Piwi-interacting RNAs (piRNAs) and PIWI proteins are essential in germ cells to repress transposons and regulate mRNAs. InDrosophila, piRNAs bound to the PIWI protein Aubergine (Aub) are transferred maternally to the embryo and regulate maternal mRNA stability through two opposite roles. They target mRNAs by incomplete base pairing, leading to their destabilization in the soma and stabilization in the germ plasm. Here, we report a function of Aub in translation. Aub is required for translational activation ofnanosmRNA, a key determinant of the germ plasm. Aub physically interacts with the poly(A)-binding protein (PABP) and the translation initiation factor eIF3. Polysome gradient profiling reveals the role of Aub at the initiation step of translation. In the germ plasm, PABP and eIF3d assemble in foci that surround Aub-containing germ granules, and Aub acts with eIF3d to promotenanostranslation. These results identify translational activation as a new mode of mRNA regulation by Aub, highlighting the versatility of PIWI proteins in mRNA regulation.
Published: 2020

7. Du poids des paradis (artificiels)

Author: Clément, Éloi, Université de Montpellier (UM), Dynamiques du droit (DD), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 1 (UM1), collaboration or project value, Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Liberté de la preuve, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, Pesée, Destruction, Preuve, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Stupéfiants
Abstract: International audience
Published: 2020

8. iPSC line derived from a Bloom syndrome patient retains an increased disease-specific sister-chromatid exchange activity

Author: Vincent Gatinois, Romain Desprat, Fabienne Becker, Lydiane Pichard, Florence Bernex, Bertrand Isidor, Franck Pellestor, Jean-Marc Lemaitre, Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes], Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)
Subjects: lcsh:Biology (General), Adolescent, Induced Pluripotent Stem Cells, Animals, Humans, Female, lcsh:QH301-705.5, Sister Chromatid Exchange, Bloom Syndrome, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Bloom syndrome is characterized by severe pre- and postnatal growth deficiency, immune abnormalities, sensitivity to sunlight, insulin resistance, and a high risk for many cancers that occur at an early age. The diagnosis is established on characteristic clinical features and/or presence of biallelic pathogenic variants in the BLM gene. An increased frequency of sister-chromatid exchanges is also observed and can be useful to diagnose BS patients with weak or no clinical features. For the first time, we derived an induced pluripotent cell line from a Bloom syndrome patient retaining the specific sister-chromatid exchange feature as a unique tool to model the pathology.
Published: 2020

9. Near-chromosome level genome assembly of the fruit pest Drosophila suzukii using long-read sequencing

Author: Mathieu Gautier, Nicolas Gompel, Roxane Boyer, Jack E. Green, Arnaud Estoup, Hugues Parinello, Rita Jaenichen, Jochen B. W. Wolf, Marianthi Karageorgi, Mathilde Cagnon, Mathilde Paris, Benjamin Prud'homme, Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Inflammasome NLRP3 – NLRP3 Inflammasome, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Uppsala University, University of California [Berkeley] (UC Berkeley), University of California (UC), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), ANR-16-CE02-0015,SWING,Invasion mondiale de la drosophile à aile tachetée: Génétique, plasticité et potentiel évolutif(2016), European Project: 615789,EC:FP7:ERC,ERC-2013-CoG,SPOT.COM(2014), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of California [Berkeley], University of California, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Male, 0106 biological sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Genome, Insect, Sequence assembly, lcsh:Medicine, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Genome, Article, Evolutionsbiologi, Contig Mapping, 03 medical and health sciences, Genetics, Animals, Genetik, Drosophila suzukii, lcsh:Science, Drosophila, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Evolutionary Biology, Polymorphism, Genetic, Invasive species, Whole Genome Sequencing, Contig, Comparative genomics, Strain (biology), lcsh:R, Ecological genetics, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Chromosome, Genomics, Gene Annotation, Genetic hybridization, biology.organism_classification, Chromosomes, Insect, DNA transposable elements, Evolutionary biology, Fruit, Female, lcsh:Q, Structural variation
Abstract: Over the past decade, the spotted wing Drosophila, Drosophila suzukii, has invaded Europe and America and has become a major agricultural pest in these areas, thereby prompting intense research activities to better understand its biology. Two draft genome assemblies based on short-read sequencing were released in 2013 for this species. Although valuable, these resources contain pervasive assembly errors and are highly fragmented, two features limiting their values. Our purpose here was to improve the assembly of the D. suzukii genome. For this, we generated PacBio long-read sequencing data at 160X sequence coverage and assembled a novel, contiguous D. suzukii genome. We obtained a high-quality assembly of 270 Mb (with 546 contigs, a N50 of 2.6Mb, a L50 of 15, and a BUSCO score of 95%) that we called WT3-2.0. We found that despite 16 rounds of full-sib crossings the D. suzukii strain that we sequenced has maintained high levels of polymorphism in some regions of its genome (ca. 19Mb). As a consequence, the quality of the assembly of these regions was reduced. We explored possible origins of this high residual diversity, including the presence of structural variants and a possible heterogeneous admixture pattern of North American and Asian ancestry. Overall, our WT3-2.0 assembly provides a higher quality genomic resource compared to the previous one in terms of general assembly statistics, sequence quality and gene annotation. This new D. suzukii genome assembly is therefore an improved resource for high-throughput sequencing approaches, as well as manipulative genetic technologies to study D. suzukii.
Published: 2020

10. Dihydropyrimidinase protects from DNA replication stress caused by cytotoxic metabolites

Author: Zellweger, Ralph, Chauvin, Maëva, Bec, Nicole, Larroque, Christian, Lopes, Massimo, Basbous, Jihane, Aze, Antoine, CHALOIN, Laurent, Lebdy, Rana, Hodroj, Dana, Ribeyre, Cyril, Larroque, Marion, Shepard, Caitlin, Kim, Baek, Pruvost, Alain, Moreaux, Jérôme, Maiorano, Domenico, Méchali, Marcel, Constantinou, Angelos, Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM), Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut du Cancer de Montpellier (ICM), Emory University School of Medicine, Emory University [Atlanta, GA], Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ribeyre, Cyril, Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de recherche en cancérologie de Montpellier (IRCM - U896 Inserm - UM1), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1), Infections rétrovirales et signalisation cellulaire (IRSC), Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of Rochester Medical Center, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: DNA Replication, endocrine system, Transcription, Genetic, Xenopus, Antineoplastic Agents, DNA polymerase eta, Genome Integrity, Repair and Replication, law.invention, Amidohydrolases, Xenopus laevis, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Plasmid, Downregulation and upregulation, law, Transcription (biology), Neoplasms, Genetics, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Animals, Humans, Dihydrothymine, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Cytotoxicity, Uracil, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, DNA replication, biology.organism_classification, 3. Good health, Cell Transformation, Neoplastic, chemistry, Biochemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, Dihydropyrimidinase, Cancer cell, Recombinant DNA, DNA
Abstract: Metabolic alterations support cellular transformation. Noticeably, cellular transformation and cancer progression is associated with accumulation of dihydrouracil and dihydrothymine. However, it remains elusive how dihydropyrimidine metabolites affect cellular phenotypes. Dihydropyrimidines are degraded by dihydropyrimidinase (DHP). This zinc metalloenzyme is upregulated in solid tumors but not in the corresponding normal tissues. Here we show that DHP silencing in transformed cell lines is cytotoxic. Increasing the level of dihydropyrimidines inhibited DNA replication and transcription. It induced replication stress signaling by ATR and p53 stabilization. Remarkably, cells lacking DHP accumulated DNA-protein crosslinks (DPCs). Among DPCs, covalently trapped translesion DNA polymerase eta contributed to the cytotoxicity of dihydropyrimidines. Furthermore, we show that the plant flavonoid dihydromyricetin inhibits the activity of recombinant human DHP. Cellular treatment with dihydromyricetin triggered DPCs-dependent DNA replication stress. This study defines dihydropyrimidines as potentially cytotoxic metabolites that may offer an opportunity for therapeutic-targeting of DHP activity in solid tumors.
Published: 2020

11. Sex chromosome and sex locus characterization in goldfish, Carassius auratus (Linnaeus, 1758)

Author: Ming, Wen, Romain, Feron, Qiaowei, Pan, Justine, Guguin, Elodie, Jouanno, Amaury, Herpin, Christophe, Klopp, Cedric, Cabau, Margot, Zahm, Hugues, Parrinello, Laurent, Journot, Shawn M, Burgess, Yoshihiro, Omori, John H, Postlethwait, Manfred, Schartl, Yann, Guiguen, Hunan Normal University, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), University of Lausanne, Lausanne, Switzerland, Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne (UNIL), Plateforme Bio-Informatique - Génotoul, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), National Human Genome Research Institute (NHGRI), Nagahama Institute of Bioscience and Technology, Osaka University [Osaka], University of Oregon [Eugene], University of Würzburg, Texas State University, Grant-in-Aid for Scientific Research (19 K22426) - Grants: R01OD011116 and 5R01GM085318 from the USA National Institutes of Health - ANAEE-France National infrastructure, ANR-13-ISV7-0005,PhyloSex,Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons.(2013), ANR-10- INBS0009,INBS,France-Génomique, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, Hunan University [Changsha] (HNU), University of Lausanne (UNIL), Département d'écologie et évolution [Lausanne] (DEE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1), Institute for Protein Research [Osaka], Nagahama Institute of Bio-Science and Technology, Oregon State University (OSU), 'Agence Nationale de la Recherche' and the 'Deutsche Forschungsgemeinschaft' (ANR/DFG,PhyloSex project, 2014–2016) to MS and YG. Montpellier Genomics (MGX)facility was supported by France Génomique National infrastructure, fundedas part of 'Investissement d’avenir' program managed by Agence Nationalepour la Recherche (contract ANR-10-INBS-09). This work was also supportedby Grant-in-Aid for Scientific Research (19 K22426) to YO, and grantsR01OD011116 and 5R01GM085318 from the USA National Institutes of Healthto JHP. INRAE-U3E was supported by a PEARL INRAE 1036 U3E funding fromthe ANAEE-France National infrastructure., ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Naudinat, Carine, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, and Blanc – Accords bilatéraux 2013 - Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons. - - PhyloSex2013 - ANR-13-ISV7-0005 - Blanc – Accords bilatéraux 2013 - VALID
Subjects: Male, Male genome assembly, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Sex Chromosomes, lcsh:QH426-470, Sex markers, Genetic Linkage, [SDV.OT] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], lcsh:Biotechnology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Poolseq, RADseq, Sex Determination Processes, Sex determination, [SDV] Life Sciences [q-bio], lcsh:Genetics, Y Chromosome, lcsh:TP248.13-248.65, Goldfish, Animals, Female, Goldfish/genetics, Sex Chromosomes/genetics, Sex Determination Processes/genetics, Research Article
Abstract: International audience; Background - Goldfish is an important model for various areas of research, including neural development and behavior and a species of significant importance in aquaculture, especially as an ornamental species. It has a male heterogametic (XX/XY) sex determination system that relies on both genetic and environmental factors, with high temperatures being able to produce female-to-male sex reversal. Little, however, is currently known on the molecular basis of genetic sex determination in this important cyprinid model. Here we used sequencing approaches to better characterize sex determination and sex-chromosomes in an experimental strain of goldfish. Results - Our results confirmed that sex determination in goldfish is a mix of environmental and genetic factors and that its sex determination system is male heterogametic (XX/XY). Using reduced representation (RAD-seq) and whole genome (pool-seq) approaches, we characterized sex-linked polymorphisms and developed male specific genetic markers. These male specific markers were used to distinguish sex-reversed XX neomales from XY males and to demonstrate that XX female-to-male sex reversal could even occur at a relatively low rearing temperature (18 °C), for which sex reversal has been previously shown to be close to zero. We also characterized a relatively large non-recombining region (~ 11.7 Mb) on goldfish linkage group 22 (LG22) that contained a high-density of male-biased genetic polymorphisms. This large LG22 region harbors 373 genes, including a single candidate as a potential master sex gene, i.e., the anti-Mullerian hormone gene (amh). However, no sex-linked polymorphisms were detected in the coding DNA sequence of the goldfish amh gene. Conclusions - These results show that our goldfish strain has a relatively large sex locus on LG22, which is likely the Y chromosome of this experimental population. The presence of a few XX males even at low temperature also suggests that other environmental factors in addition to temperature could trigger female-to-male sex reversal. Finally, we also developed sex-linked genetic markers, which will be important tools for future research on sex determination in our experimental goldfish population. However, additional work would be needed to explore whether this sex locus is conserved in other populations of goldfish.
Published: 2020

12. The evolution of resistance and tolerance as cancer defences

Author: Aurélie Tasiemski, Mathieu Giraudeau, Benjamin Roche, Pascal Pujol, Laurent Dormont, Beata Ujvari, Florence Bernex, Flora Gouzerh, Rodrigo Hamede, Jens Osterkamp, Antonio Maraver, Emilie Bousquet, Frédéric Thomas, François Renaud, Justine Boutry, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre de Recherches Ecologiques et Evolutives sur le Cancer (MIVEGEC-CREEC), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Hôpital Arnaud de Villeneuve, Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Deakin University, Burwood, Australia, Deakin University [Burwood], Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre de Recherches Ecologiques et Evolutives sur le Cancer (CREEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Resistance, Review Article, Biology, Bioinformatics, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Host-Parasite Interactions, 03 medical and health sciences, Focal element, Neoplasms, Antibiosis, Cancer burden, medicine, Immune Tolerance, Animals, 030304 developmental biology, Cancer, 0303 health sciences, Resistance (ecology), medicine.disease, Biological Evolution, Infectious Diseases, Animal Science and Zoology, Parasitology, Evolutionary ecology, Tolerance
Abstract: Although there is a plethora of cancer associated-factors that can ultimately culminate in death (cachexia, organ impairment, metastases, opportunistic infections, etc.), the focal element of every terminal malignancy is the failure of our natural defences to control unlimited cell proliferation. The reasons why our defences apparently lack efficiency is a complex question, potentially indicating that, under Darwinian terms, solutions other than preventing cancer progression are also important contributors. In analogy with host-parasite systems, we propose to call this latter option ‘tolerance’ to cancer. Here, we argue that the ubiquity of oncogenic processes among metazoans is at least partially attributable to both the limitations of resistance mechanisms and to the evolution of tolerance to cancer. Deciphering the ecological contexts of alternative responses to the cancer burden is not a semantic question, but rather a focal point in understanding the evolutionary ecology of host-tumour relationships, the evolution of our defences, as well as why and when certain cancers are likely to be detrimental for survival.
Published: 2019

13. P-cadherin-induced decorin secretion is required for collagen fiber alignment and directional collective cell migration

Author: Cédric Plutoni, Franck Comunale, Evgeny V. Denisov, Stéphane Bodin, Elsa Bazellières, Maïlys Le Borgne-Rochet, L. A. Tashireva, Ivan Bièche, Cécile Gauthier-Rouvière, Martial Séveno, Lucie Angevin, Vladimir M. Perelmuter, Laura Ordas, Sophie Vacher, Centre de recherche en Biologie Cellulaire (CRBM), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Molecular Oncology and Immunology - Cancer Institute, National Research Tomsk State University, Department of General and Molecular Pathology, Genetique Moleculaire des Cancers d'Origine Epitheliale, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Curie [Paris], Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie du Développement de Marseille-Luminy (IBDML), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en Biologie cellulaire de Montpellier (CRBM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherches de biochimie macromoléculaire (CRBM), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-IFR122-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: Decorin, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cell, Morphogenesis, CDC42, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, CDH1, Extracellular matrix, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Cell Movement, medicine, Cell Adhesion, Humans, cdc42 GTP-Binding Protein, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Mechanical Phenomena, 0303 health sciences, biology, Cell migration, Cell Biology, Cadherins, Cell biology, Extracellular Matrix, medicine.anatomical_structure, Proteoglycan, biology.protein, Collagen, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Directional collective cell migration (DCCM) is crucial for morphogenesis and cancer metastasis. P-cadherin (also known as CDH3), which is a cell–cell adhesion protein expressed in carcinoma and aggressive sarcoma cells and associated with poor prognosis, is a major DCCM regulator. However, it is unclear how P-cadherin-mediated mechanical coupling between migrating cells influences force transmission to the extracellular matrix (ECM). Here, we found that decorin, a small proteoglycan that binds to and organizes collagen fibers, is specifically expressed and secreted upon P-cadherin, but not E- and R-cadherin (also known as CDH1 and CDH4, respectively) expression. Through cell biological and biophysical approaches, we demonstrated that decorin is required for P-cadherin-mediated DCCM and collagen fiber orientation in the migration direction in 2D and 3D matrices. Moreover, P-cadherin, through decorin-mediated collagen fiber reorientation, promotes the activation of β1 integrin and of the β-Pix (ARHGEF7)/CDC42 axis, which increases traction forces, allowing DCCM. Our results identify a novel P-cadherin-mediated mechanism to promote DCCM through ECM remodeling and ECM-guided cell migration.
Published: 2019

14. Ki-67 supports global gene expression programmes driving tumourigenesis 2

Author: Mrouj, K, Singh, P., Sobecki, M, Dubra, G, Ghoul, Al, Aznar, A, Prieto, Susana, Vincent, C, Bernex, F, Bordignon, B, Zimmerman, V, Dardalhon, V, Villalba, M, Krasinska, L, Fisher, D, Department of Mechanical Engineering, New Jersey Institute of Technology [Newark] (NJIT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), and Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Published: 2019

15. Arsenic Response of Three Altiplanic Exiguobacterium Strains With Different Tolerance Levels Against the Metalloid Species: A Proteomics Study

Author: Juan Castro-Severyn, Coral Pardo-Esté, Yoelvis Sulbaran, Carolina Cabezas, Valentina Gariazzo, Alan Briones, Naiyulin Morales, Martial Séveno, Mathilde Decourcelle, Nicolas Salvetat, Francisco Remonsellez, Eduardo Castro-Nallar, Franck Molina, Laurence Molina, Claudia P. Saavedra, Universidad Andrés Bello [Santiago] (UNAB), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sys2Diag-Modélisation et Ingénierie des Systèmes Complexes Biologiques pour le Diagnostic (Sys2Diag), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Alcediag, Universidad Católica del Norte [Antofagasta], This research was sponsored by CONICYT (Comisión Nacional para la Investigación Científica y Tecnológica de Chile) grants and theCentre National de la Recherche Scientifique (CNRS – France). CPS was funded by CONICYT FONDECYT 1160315, ECOS-CONICYT 170023and Universidad Andrés Bello Núcleo DI-3-17/N UNAB, FR was funded by CONICYT FONDECYT 11100414, ECN was funded by CONICYTFONDECYT Inicio 11160905. JCS, CPE, YS, CC and AB were founded by CONICYT National Doctoral Fellowship. The funders had no rolein study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: Microbiology (medical), lcsh:QR1-502, chemistry.chemical_element, Context (language use), Microbiology, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, Exiguobacterium, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Protein purification, proteomic, Arsenic, Original Research, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, tolerance, Two-dimensional gel electrophoresis, biology, 030306 microbiology, Chemistry, arsenic, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Biochemistry, Efflux, Ars operon, polyextremophile, Bacteria
Abstract: International audience; Exiguobacterium is a polyextremophile bacterial genus with a physiology that allows it to develop in different adverse environments. The Salar de Huasco is one of these environments due to its altitude, atmospheric pressure, solar radiation, temperature variations, pH, salinity, and the presence of toxic compounds such as arsenic. However, the physiological and/or molecular mechanisms that enable them to prosper in these environments have not yet been described. Our research group has isolated several strains of Exiguobacterium genus from different sites of Salar de Huasco, which show diferent resistance levels to As(III) and As(V). In this work, we compare the protein expression patterns of the three strains in response to arsenic by a proteomic approach; strains were grown in absence of the metalloid and in presence of As(III) and As(V) sublethal concentrations and the protein separation was carried out in 2D electrophoresis gels (2D-GE). In total, 999 spots were detected, between 77 and 173 of which showed significant changes for As(III) among the three strains, and between 90 and 143 for As(V) respectively compared to the corresponding control condition. Twenty-eight of those were identified by mass spectrometry (MS). Among these identified proteins, the ArsA (ATPase from the As(III) efflux pump) was found to be up-regulated in response to both arsenic conditions in the three strains, as well as the Co-enzyme A disulfide reductase (Cdr) in the two more resistant strains. Interestingly, in this genus the gene that codifies for Cdr is found within the genic context of the ars operon. We suggest that this protein could be restoring antioxidants molecules, necessary for the As(V) reduction. Additionally, among the proteins that change their expression against As, we found several with functions relevant to stress response, e.g. Hpf, LuxS, GLpX, GlnE and Fur. This study allowed us to shed light into the physiology necessary for these bacteria to be able to tolerate the toxicity and stress generated by the presence of arsenic in their niche.
Published: 2019

16. Interaction of a Densovirus with Glycans of the Peritrophic Matrix Mediates Oral Infection of the Lepidopteran Pest Spodoptera frugiperda

Author: Pigeyre, Laetitia, Schatz, Malvina, Ravallec, Marc, Gasmi, Leila, Nègre, Nicolas, Clouet, Cécile, Seveno, Martial, El Koulali, Khadija, Decourcelle, Mathilde, Guerardel, Yann, Cot, Didier, Dupressoir, Thierry, Gosselin-Grenet, Anne-Sophie, Ogliastro, Mylène, Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes - Insectes [Montpellier] (DGIMI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM), Estructura de Recerca Interdisciplinar en Biotecnologia I Biomedicina (ERI-BIOTECMED, Department of Genetics Faculty of Biological Sciences, Universidad de Valencia, BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Européen des membranes (IEM), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), EPHE, Plant Health and Environment INRA division (SPE), H2020-EU VIROPLANT grant [773567], Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Estructura de Recerca Interdisciplinar en Biotecnologia I Biomedicina (ERI-BIOTECMED, Deaprtment of Genetics Faculty of Biological Sciences, BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM), Université de Lille, CNRS, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 [UGSF], Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF) - UMR 8576, and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: Proteomics, 0301 basic medicine, parvoviruses, Biodiversité et Ecologie, Viral pathogenesis, peritrophins, 030106 microbiology, lcsh:QR1-502, virus, Spodoptera, chitin, insect, Lepidoptera, insect parvovirus, glycans, biocontrol, digestive system, Article, densovirus, lcsh:Microbiology, Biodiversity and Ecology, 03 medical and health sciences, Polysaccharides, Virology, Extracellular, Animals, Peritrophic matrix, Pest Control, Biological, chemistry.chemical_classification, biology, Gene Expression Profiling, Mucin, fungi, Midgut, spodoptera frugiperda, biology.organism_classification, Cell biology, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, chemistry, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Glycoprotein, Densovirus
Abstract: The success of oral infection by viruses depends on their capacity to overcome the gut epithelial barrier of their host to crossing over apical, mucous extracellular matrices. As orally transmitted viruses, densoviruses, are also challenged by the complexity of the insect gut barriers, more specifically by the chitinous peritrophic matrix, that lines and protects the midgut epithelium, how capsids stick to and cross these barriers to reach their final cell destination where replication goes has been poorly studied in insects. Here, we analyzed the early interaction of the Junonia coenia densovirus (JcDV) with the midgut barriers of caterpillars from the pest Spodoptera frugiperda. Using combination of imaging, biochemical, proteomic and transcriptomic analyses, we examined in vitro, ex vivo and in vivo the early interaction of the capsids with the peritrophic matrix and the consequence of early oral infection on the overall gut function. We show that the JcDV particle rapidly adheres to the peritrophic matrix through interaction with different glycans including chitin and glycoproteins, and that these interactions are necessary for oral infection. Proteomic analyses of JcDV binding proteins of the peritrophic matrix revealed mucins and non-mucins proteins including enzymes already known to act as receptors for several insect pathogens. In addition, we show that JcDV early infection results in an arrest of N-Acetylglucosamine secretion and a disruption in the integrity of the peritrophic matrix, which may help viral particles to pass through. Finally, JcDV early infection induces changes in midgut genes expression favoring an increased metabolism including an increased translational activity. These dysregulations probably participate to the overall dysfunction of the gut barrier in the early steps of viral pathogenesis. A better understanding of early steps of densovirus infection process is crucial to build biocontrol strategies against major insect pests.
Published: 2019
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17. The sterlet sturgeon genome sequence and the mechanisms of segmental rediploidization

Author: Romain Feron, Mateus Contar Adolfi, Matthias Stöck, Chad Tomlinson, Ingo Braasch, Wesley C. Warren, Kang Du, John H. Postlethwait, Dmitry Yu Prokopov, Hugues Parrinello, Heiner Kuhl, Susanne Kneitz, Petra Fischer, Manfred Schartl, Yann Guiguen, Cédric Cabau, Axel Meyer, I. G. Kichigin, Vladimir A. Trifonov, Jörn Gessner, Alexey I. Makunin, Laurent Journot, Sven Wuertz, Carole Iampietro, Christophe Klopp, Werner Kloas, Joost M. Woltering, Cornelia Schmidt, University of Würzburg = Universität Würzburg, Leibniz Institute of Freshwater Ecology and Inland Fisheries (IGB), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Universität Konstanz, Université de Lausanne (UNIL), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Novosibirsk State University (NSU), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1), Washington University School of Medecine [Saint Louis, MO], University of Oregon [Eugene], Michigan State University [East Lansing], Michigan State University System, Novosibirsk State Technical University, University of Missouri [Columbia] (Mizzou), University of Missouri System, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Texas State University, German Research Foundation (DFG) /DFG SCHA 408/14-1 /SCHA 408/10-1 / Scha408/16-1 /DFG WO-2165/2-1 /DFG Me1725/24-1Russian Science Foundation (RSF) /RSF 18-44-04007German Federal Ministry of Food and Agriculture through the Federal Office for Agriculture and Food / 2816ERA04G, ANR-13-ISV7-0005,PhyloSex,Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons.(2013), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Washington University School of Medicine [Saint Louis, MO], Naudinat, Carine, Blanc – Accords bilatéraux 2013 - Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons. - - PhyloSex2013 - ANR-13-ISV7-0005 - Blanc – Accords bilatéraux 2013 - VALID, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Genome evolution, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Low protein, Lineage (evolution), Genome, Chromosomes, Article, Evolutionary genetics, Polyploidy, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Sturgeon, ddc:570, Animals, 14. Life underwater, Acipenser ruthenus, Coelacanth, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Phylogeny, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Ecology, biology, Fishes/genetics, [SDV.OT] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Comparative genomics, Fishes, biology.organism_classification, Evolutionary biology, Molecular evolution, 030217 neurology & neurosurgery, Ichthyology, Reference genome
Abstract: Sturgeons seem to be frozen in time. The archaic characteristics of this ancient fish lineage place it in a key phylogenetic position at the base of the ~30,000 modern teleost fish species. Moreover, sturgeons are notoriously polyploid, providing unique opportunities to investigate the evolution of polyploid genomes. We assembled a high-quality chromosome-level reference genome for the sterlet, Acipenser ruthenus. Our analysis revealed a very low protein evolution rate that is at least as slow as in other deep branches of the vertebrate tree, such as that of the coelacanth. We uncovered a whole-genome duplication that occurred in the Jurassic, early in the evolution of the entire sturgeon lineage. Following this polyploidization, the rediploidization of the genome included the loss of whole chromosomes in a segmental deduplication process. While known adaptive processes helped conserve a high degree of structural and functional tetraploidy over more than 180 million years, the reduction of redundancy of the polyploid genome seems to have been remarkably random., A genome assembly of the sterlet, Acipenser ruthenus, reveals a whole-genome duplication early in the evolution of the entire sturgeon lineage and provides details about the rediploidization of the genome.
Published: 2019

18. Genome sequence of the euryhaline Javafish medaka, Oryzias javanicus: a small aquarium fish model for studies on adaptation to salinity

Author: Amaury Herpin, Manfred Schartl, Shigeki Yasumasu, Cédric Cabau, Koji Inoue, Margot Zahm, Kiyoshi Naruse, Céline Roques, Célia Barrachina, Cécile Donnadieu, Yusuke Takehana, Christophe Klopp, Yann Guiguen, Mari Kawaguchi, Chuya Shinzato, Olivier Bouchez, Laurent Journot, Satoshi Ansai, Nagahama Institute of Bio-Science and Technology, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sophia University, Laboratory of Bioresources, National Institute for Basic Biology [Okazaki], Atmosphere and Ocean Research Institute [Kashiwa-shi] (AORI), The University of Tokyo (UTokyo), Developmental Biochemistry, Biocenter, Julius-Maximilians-Universität Würzburg (JMU), Comprehensive Cancer Center Mainfranken, University Hospital, Hagler Institute for Advanced Study and Department of Biology, Texas A&M University System, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Hunan Normal University (HNU), This work was supported by a 'Projet Incitatif PHASE department 2015' grant (Grant ID ACI_PHASE, Institut National de la Recherche Agronomique) to AH, a NIBB Collaborative Research Initiative to KN, NIBB individual Collaboration Research Project to MK, and Grants-in-Aid for Young Scientists to YT (Grant ID 16K18590) and MK (Grant ID 16K18593). The GeT and MGX core facilities were supported by France Génomique National infrastructure, funded as partof 'Investissement d’avenir' program managed by Agence Nationale pour la Recherche (contract ANR-10-INBS-09). The GeT core facility was also supported by the 409 GET-PACBIO program (« Programme operationnel FEDER-FSE MIDI-PYRENEES ET GARONNE 2014-2020 »), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-16-COFA-0004,AquaCrispr,Optimization of the CRISPR/Cas9 knock-in technology and application in salmon and trout(2016), ProdInra, Migration, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, Optimization of the CRISPR/Cas9 knock-in technology and application in salmon and trout - - AquaCrispr2016 - ANR-16-COFA-0004 - COFA - VALID, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique, Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The University of Tokyo, Julius-Maximilians-Universität Würzburg [Wurtzbourg, Allemagne] (JMU), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Hunan Normal University, This work was supported by a 'Projet Incitatif PHASE department 2015' grant (Grant ID ACI_PHASE, INRAE) to AH, a NIBB Collaborative Research Initiative to KN, NIBB individual Collaboration Research Project to MK, and Grants-in-Aid for Young Scientists to YT (Grant ID 16K18590) and MK (Grant ID 16K18593). AH was additionally funded by the project AquaCRISPR (ANR-16-COFA-0004-01). The GeT and MGX core facilities were supported by France Génomique National infrastructure, funded as part of 'Investissement d’avenir' program managed by Agence Nationale pour la Recherche (contract ANR-10-INBS-09). The GeT core facility was also supported by the GET-PACBIO program (« Programme opérationnel FEDER-FSE Midi-Pyrénées et Garonne 2014-2020 »), ANR-10- INBS0009,INBS,France-Génomique, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), This work was supported by a 'Projet Incitatif PHASE department 2015' grant (Grant ID ACI_PHASE, INRAE) to AH, a NIBB Collaborative Research Initiative to KN, NIBB individual Collaboration Research Project to MK, and Grants-in-Aid for Young Scientists to YT (Grant ID 16K18590) and MK (Grant ID 16K18593). AH was additionally funded by the project AquaCRISPR (ANR-16-COFA-0004-01). The GeT and MGX core facilities were supported by France Génomique National infrastructure, funded as part of 'Investissement d’avenir' program managed by Agence Nationale pour la Recherche (contract ANR-10-INBS-09). The GeT core facility was also supported by the GET-PACBIO program (« Programme operationnel FEDER-FSE MIDI-PYRENEES ET GARONNE 2014-2020 »), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1), and Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE)
Subjects: 0106 biological sciences, Salinity, carte génétique, Evolution, [SDV]Life Sciences [q-bio], séquençage du génome complet, Sequence assembly, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, QH426-470, Long reads, [INFO] Computer Science [cs], 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Genome, identification de gènes, adaptation comportementale, 03 medical and health sciences, Genetic map, Genome editing, poisson, Genetics, [INFO]Computer Science [cs], 14. Life underwater, adrianichthyidae, Adaptation, 030304 developmental biology, Whole genome sequencing, tolérance à la salinité, 0303 health sciences, whole genome sequencing, Whole genome sequencing WGS, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Phylogenetic tree, biology, Euryhaline, biology.organism_classification, Medaka, osmorégulation, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, espèce modèle, séquençage du génome, eau de mer, Evolutionary biology, Oryzias javanicus, Transcriptome
Abstract: BackgroundThe genus Oryzias is constituted of 35 medaka-fish species each exhibiting various ecological, morphological and physiological peculiarities and adaptations. Beyond of being a comprehensive phylogenetic group for studying intra-genus evolution of several traits like sex determination, behaviour, morphology or adaptation through comparative genomic approaches, all medaka species share many advantages of experimental model organisms including small size and short generation time, transparent embryos and genome editing tools for reverse and forward genetic studies. The Java medaka, Oryzias javanicus, is one of the two species of medaka perfectly adapted for living in brackish/sea-waters. Being an important component of the mangrove ecosystem, O. javanicus is also used as a valuable marine test-fish for ecotoxicology studies. Here, we sequenced and assembled the whole genome of O. javanicus, and anticipate this resource will be catalytic for a wide range of comparative genomic, phylogenetic and functional studies.FindingsComplementary sequencing approaches including long-read technology and data integration with a genetic map allowed the final assembly of 908 Mbp of the O. javanicus genome. Further analyses estimate that the O. javanicus genome contains 33% of repeat sequences and has a heterozygosity of 0.96%. The achieved draft assembly contains 525 scaffolds with a total length of 809.7 Mbp, a N50 of 6.3 Mbp and a L50 of 37 scaffolds. We identified 21454 expressed transcripts for a total transcriptome size of 57, 146, 583 bps.ConclusionsWe provide here a high-quality draft genome assembly of the euryhaline Javafish medaka, and give emphasis on the evolutionary adaptation to salinity.
Published: 2019

19. MCM8-and MCM9 Deficiencies Cause Lifelong Increased Hematopoietic DNA Damage Driving p53- Dependent Myeloid Tumors

Author: Jean-Sébastien Hoffmann, Marie Tosolini, Cindy da Costa de Jesus, Malik Lutzmann, Caroline Marty, Dana Hodroj, Candice Marchive, Marcel Méchali, Caroline Bret, William Vainchenker, Isabelle Plo, Luc Forichon, Florence Bernex, Sophie Queille, Lutzmann, Malik, Unraveling the code of DNA replication origins and its link with cell identity - ORICODE - - EC:FP7:ERC2009-02-01 - 2014-01-31 - 233339 - VALID, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hématopoïèse normale et pathologique (U1170 Inserm), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département d'hématologie biologique[Montpellier], Université Montpellier 1 (UM1)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Saint Eloi (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Our research received funding from the INCA-Cancero- pole Emergence program and from the European Research Council (FP7/ 2007-2013, grant agreement 233339),as well as from Laboratoire d’Excellence Toulouse-Cancer (TOUCAN). This work was also supported by Agence Nationale de la Recherche (ANR), Fondation ARC pour la Recherche sur le Cancer, Ligue Nationale Contre le Cancer (LNCC), and Ligue Régionale Contre le Cancer Haute Garonne., European Project: 233339,EC:FP7:ERC,ERC-2008-AdG,ORICODE(2009), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Université de Bordeaux (UB), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Montpellier 1 (UM1)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-CHU Saint-Eloi, Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-16-CE12-0011,2R-POL,ADN polymérase theta : lien entre réplication et réparation de l'ADN(2016)
Subjects: 0301 basic medicine, Aging, Myeloid, DNA damage, DNA repair, Apoptosis, homologous recombination, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], medicine.disease_cause, Retinoblastoma Protein, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Mice, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Bone Marrow, medicine, [SDV.BC.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], Animals, cancer, MCM8, lcsh:QH301-705.5, MCM9, Cell Proliferation, Mice, Knockout, Minichromosome Maintenance Proteins, Gene Expression Regulation, Leukemic, business.industry, Myelodysplastic syndromes, Cell Differentiation, Cell cycle, medicine.disease, hematopoiesis, 3. Good health, myelodysplastic syndrome, Haematopoiesis, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, lcsh:Biology (General), Hematologic Neoplasms, Splenomegaly, Cancer research, Bone marrow, Tumor Suppressor Protein p53, Carcinogenesis, business, 030217 neurology & neurosurgery, Signal Transduction
Abstract: Summary: Hematopoiesis is particularly sensitive to DNA damage. Myeloid tumor incidence increases in patients with DNA repair defects and after chemotherapy. It is not known why hematopoietic cells are highly vulnerable to DNA damage. Addressing this question is complicated by the paucity of mouse models of hematopoietic malignancies due to defective DNA repair. We show that DNA repair-deficient Mcm8- and Mcm9-knockout mice develop myeloid tumors, phenocopying prevalent myelodysplastic syndromes. We demonstrate that these tumors are preceded by a lifelong DNA damage burden in bone marrow and that they acquire proliferative capacity by suppressing signaling of the tumor suppressor and cell cycle controller RB, as often seen in patients. Finally, we found that absence of MCM9 and the tumor suppressor Tp53 switches tumorigenesis to lymphoid tumors without precedent myeloid malignancy. Our results demonstrate that MCM8/9 deficiency drives myeloid tumor development and establishes a DNA damage burdened mouse model for hematopoietic malignancies. : Lutzmann et al. show that MCM8- or MCM9-deficient mice suffer chronic DNA damage, causing myeloid tumors, resembling human myelodysplastic syndromes, during aging. These tumors lose RB-mediated cell cycle control, cause splenomegaly, and preclude progressively normal hematopoiesis. Additional loss of the tumor suppressor Tp53 switches tumor development to T cell lymphoma. Keywords: MCM8, MCM9, DNA damage, DNA repair, myelodysplastic syndrome, cancer, homologous recombination, hematopoiesis
Published: 2019

20. Enhanced Renewal of Erythroid Progenitors in Myelodysplastic Anemia by Peripheral Serotonin

Author: Selin Topçu, Luc Maroteaux, Jacques Callebert, Jean-Marie Launay, Olivier Hermine, Elisa Bayard, Guillemette Fouquet, Mathilde Lamarque, Cathy Vaillancourt, Laetitia Laurent, Michael Dussiot, Julien Rossignol, Kathy Deroy, Francine Côté, David Sibon, Rachel Rignault, Tereza Coman, Geneviève Courtois, Florence Bernex, Sophie Georgin-Lavialle, Olivier Kosmider, Michaela Fontenay, Pierre Bonneau, Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Département d'hématologie [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Armand Frappier (INRS-IAF), Institut National de la Recherche Scientifique [Québec] (INRS)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Biomarqueurs CArdioNeuroVASCulaires (BioCANVAS), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Lariboisière, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Médecine Interne [CHU Tenon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU), Institut du Fer à Moulin, Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Recherche Scientifique [Québec] (INRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Lariboisière-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Tenon [APHP], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Kynurenine pathway, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], Serotonergic, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Mice, 0302 clinical medicine, [SDV.SP.MED]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Medication, hemic and lymphatic diseases, Tph1, Medicine, Animals, Humans, SSRI, lcsh:QH301-705.5, Erythroid Precursor Cells, Mice, Knockout, TPH1, business.industry, Myelodysplastic syndromes, [SDV.MHEP.HEM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hematology, medicine.disease, anemia, 3. Good health, serotonin, myelodysplastic syndrome, Serotonin pathway, 030104 developmental biology, chemistry, lcsh:Biology (General), Erythropoietin, Myelodysplastic Syndromes, Cancer research, Erythropoiesis, Female, business, 030217 neurology & neurosurgery, Kynurenine, erythropoiesis, medicine.drug
Abstract: Summary: Tryptophan as the precursor of several active compounds, including kynurenine and serotonin, is critical for numerous important metabolic functions. Enhanced tryptophan metabolism toward the kynurenine pathway has been associated with myelodysplastic syndromes (MDSs), which are preleukemic clonal diseases characterized by dysplastic bone marrow and cytopenias. Here, we reveal a fundamental role for tryptophan metabolized along the serotonin pathway in normal erythropoiesis and in the physiopathology of MDS-related anemia. We identify, both in human and murine erythroid progenitors, a functional cell-autonomous serotonergic network with pro-survival and proliferative functions. In vivo studies demonstrate that pharmacological increase of serotonin levels using fluoxetine, a common antidepressant, has the potential to become an important therapeutic strategy in low-risk MDS anemia refractory to erythropoietin. : Sibon et al. identify a cell-autonomous serotonergic network in human and mouse erythroid progenitors. Reduced levels of serotonin lead to decreased proliferation and survival of erythroid progenitors. Increasing serotonin’s concentration through fluoxetine, commonly used to treat depression, could be a valuable therapeutic intervention to correct myelodysplastic-syndrome-related anemia. Keywords: serotonin, Tph1, erythropoiesis, myelodysplastic syndrome, anemia, SSRI
Published: 2019

21. The genome of the arapaima (Arapaima gigas) provides insights into gigantism, fast growth and chromosomal sex determination system

Author: Du, Kang, Wuertz, Sven, Adolfi, Mateus, Kneitz, Susanne, Stöck, Matthias, Oliveira, Marcos, Nóbrega, Rafael, Ormanns, Jenny, Kloas, Werner, Feron, Romain, Klopp, Christophe, Parrinello, Hugues, Journot, Laurent, He, Shunping, Postlethwait, John, Meyer, Axel, Guiguen, Yann, Schartl, Manfred, Physiological Chemistry, Biocenter, University of Würzburg = Universität Würzburg, Key Laboratory of Aquatic Biodiversity and Conservation of the Chinese Academy of Sciences, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Leibniz Institute of Freshwater Ecology and Inland Fisheries (IGB), Reproductive and Molecular Biology Group, Department of Morphology, State University of São Paulo at Botucatu, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho = São Paulo State University (UNESP), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Neuroscience, Hospital Clinic-IDIBAPS - CIBERSAM - ENBREC-University of Barcelona, Lehrstuhl für Zoologie und Evolutionsbiologie, Department of Biology, University of Konstanz, Comprehensive Cancer Center Mainfranken, Julius-Maximilians-Universität Würzburg [Wurtzbourg, Allemagne] (JMU), Hagler Institute for Advanced Study and Department of Biology, Texas A&M University System, This project was supported by funds from the 'Agence nationale de la recherché' (France) and the Deutsche Forschungsgemeinschaf (ANR/DGF, PhyloSex project 2014–216) and the IGB seed funding project AraAqua. This publication was funded by the German Research Foundation (DFG) and the University of Wuerzburg in the funding programme Open Access Publishing. Du Kang was supported by the State Scholarship Fund from China Scholarship Council. Marcos Oliveira and Rafael Nóbrega were supported by São Paulo Research Foundation – FAPESP (project number 2014/25313-4, 2014/07620-7 and 2015/15631-1) and SPRINT/BAYLAT (2014/50602-0)., ANR-13-ISV7-0005,PhyloSex,Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons.(2013), Biocenter, IGB, Universidade Estadual Paulista (Unesp), Fish Physiology and Genomics, CS 52627, 141 rue de la cardonille, Eugene, Universitätstraße 10, University Hospital, Texas A&M University, University of Wuerzburg, Sao Paulo State Univ UNESP, BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), This project was supported by funds from the 'Agence nationale de la recherche' (France) and the Deutsche Forschungsgemeinschaf (ANR/DGF, PhyloSex project 2014–216) and the IGB seed funding project AraAqua., and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: Male, Arapaima, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, Fresh Water, Osteoglossidae, analyse phylogénétique, Article, Gigantism, analyse phylogénomique, reproduction, famille de gènes conservée, poisson, ddc:570, séquençage, Animals, ddc:610, analyse du transcriptome, lcsh:Science, fish, détermination du sexe, Genome, Behavior, Animal, Whole Genome Sequencing, lcsh:R, Fishes, Molecular Sequence Annotation, Sex Determination Processes, genome, genomics, séquençage du génome, Female, lcsh:Q, Transcriptome, poisson d'eau douce, expression des gènes
Abstract: Made available in DSpace on 2019-10-06T15:38:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2019-12-01 We have sequenced the genome of the largest freshwater fish species of the world, the arapaima. Analysis of gene family dynamics and signatures of positive selection identified genes involved in the specific adaptations and unique features of this iconic species, in particular it’s large size and fast growth. Genome sequences from both sexes combined with RAD-tag analyses from other males and females led to the isolation of male-specific scaffolds and supports an XY sex determination system in arapaima. Whole transcriptome sequencing showed that the product of the gland-like secretory organ on the head surface of males and females may not only provide nutritional fluid for sex-unbiased parental care, but that the organ itself has a more specific function in males, which engage more in parental care. University of Wuerzburg Physiological Chemistry Biocenter Key Laboratory of Aquatic Biodiversity and Conservation of the Chinese Academy of Sciences Institute of Hydrobiology Chinese Academy of Sciences University of Chinese Academy of Sciences Leibniz-Institute of Freshwater Ecology and Inland Fisheries IGB, Müggelseedamm 301 Reproductive and Molecular Biology Group Departament of Morphology Institute of Biosciences UNESP INRA UR1037 LPGP Fish Physiology and Genomics MIAT INRA Toulouse CS 52627 Montpellier GenomiX (MGX) c/o Institut de Génomique Fonctionnelle 141 rue de la cardonille Institute of Neuroscience University of Oregon Eugene Lehrstuhl für Zoologie und Evolutionsbiologie Department of Biology University of Konstanz Universitätstraße 10 Comprehensive Cancer Center Mainfranken University Hospital Hagler Institute for Advanced Study and Department of Biology Texas A&M University Reproductive and Molecular Biology Group Departament of Morphology Institute of Biosciences UNESP
Published: 2019

22. Characterization and expression profiling of microRNAs in response to plant feeding in two host-plant strains of the lepidopteran pest Spodoptera frugiperda

Author: Yves, Moné, Sandra, Nhim, Sylvie, Gimenez, Fabrice, Legeai, Imène, Seninet, Hugues, Parrinello, Nicolas, Nègre, Emmanuelle, d'Alençon, Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes - Insectes [Montpellier] (DGIMI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-INBS-09, Agence Nationale de la Recherche, ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Biologie Intégrative et Virologie des Insectes [Univ. de Montpellier II] (BIVI), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)
Subjects: lcsh:QH426-470, Gene Expression Profiling, lcsh:Biotechnology, [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, Computational Biology, High-Throughput Nucleotide Sequencing, food and beverages, Oryza, Feeding Behavior, Phenotypic plasticity, Spodoptera, Zea mays, Host Specificity, Insect plant interaction, microRNAs, lcsh:Genetics, Larva, lcsh:TP248.13-248.65, Animals, Insect Proteins, Regulation of gene expression, Adaptation, Research Article
Abstract: Background A change in the environment may impair development or survival of living organisms leading them to adapt to the change. The resulting adaptation trait may reverse, or become fixed in the population leading to evolution of species. Deciphering the molecular basis of adaptive traits can thus give evolutionary clues. In phytophagous insects, a change in host-plant range can lead to emergence of new species. Among them, Spodoptera frugiperda is a major agricultural lepidopteran pest consisting of two host-plant strains having diverged 3 MA, based on mitochondrial markers. In this paper, we address the role of microRNAs, important gene expression regulators, in response to host-plant change and in adaptive evolution. Results Using small RNA sequencing, we characterized miRNA repertoires of the corn (C) and rice (R) strains of S. frugiperda, expressed during larval development on two different host-plants, corn and rice, in the frame of reciprocal transplant experiments. We provide evidence for 76 and 68 known miRNAs in C and R strains and 139 and 171 novel miRNAs. Based on read counts analysis, 34 of the microRNAs were differentially expressed in the C strain larvae fed on rice as compared to the C strain larvae fed on corn. Twenty one were differentially expressed on rice compared to corn in R strain. Nine were differentially expressed in the R strain compared to C strain when reared on corn. A similar ratio of microRNAs was differentially expressed between strains on rice. We could validate experimentally by QPCR, variation in expression of the most differentially expressed candidates. We used bioinformatics methods to determine the target mRNAs of known microRNAs. Comparison with the mRNA expression profile during similar reciprocal transplant experiment revealed potential mRNA targets of these host-plant regulated miRNAs. Conclusions In the current study, we performed the first systematic analysis of miRNAs in Lepidopteran pests feeding on host-plants. We identified a set of the differentially expressed miRNAs that respond to the plant diet, or differ constitutively between the two host plant strains. Among the latter, the ones that are also deregulated in response to host-plant are molecular candidates underlying a complex adaptive trait. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s12864-018-5119-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2018

23. Addition of high-dose cytarabine to immunochemotherapy before autologous stem-cell transplantation in patients aged 65 years or younger with mantle cell lymphoma (MCL Younger): a randomised, open-label, phase 3 trial of the European Mantle Cell Lymphoma Network

Author: Georg Maschmeyer, Bernd Metzner, Corinne Haioun, Richard Delarue, Thomas Fischer, Ulrich Dührsen, Michal Szymczyk, Jan Walewski, Mathias Hänel, Michael Unterhalt, Catherine Thieblemont, Norma Peter, Kamal Bouabdallah, Christiane Pott, Michael Hallek, Vincent Ribrag, Stephan Stilgenbauer, André Bosly, Catherine Sebban, Josef Birkmann, Christian Schmidt, Marie-Hélène Delfau-Larue, Jürgen Finke, Wolfgang Hiddemann, Nicole Brousse, Elizabeth Macintyre, Gilles Salles, Pierre Feugier, Wolfram Klapper, Roswitha Forstpointner, Eva Hoster, Michael Kneba, Rene-Olivier Casasnovas, Martin Dreyling, Lothar Kanz, Reda Bouabdallah, Olivier Hermine, Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Department of Internal Medicine III, University of Munich, Institute of Oncology, Maria Sklodowska-Curie Memorial Cancer Center and Institute of Oncology ( MCMCC ), CHU Dinant-Godinne UCL Namur, Internal Medicine III, Universität Ulm, APHP Hôpital Saint Louis, Institut Charles Gerhardt Montpellier - Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux de Montpellier ( ICGM ICMMM ), Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier ( ENSCM ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Département d'Hematologie, Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), Second Medical Department, University Hospital Schleswig-Holstein, University of Cologne, Service d'hématologie [Hôpital Edouard Herriot - HCL], Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux ( NGERE ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Lorraine ( UL ), Hématologie, Département de médecine oncologique [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ), Paracelsus Medical University, Ludwig-Maximilians University Hospital, Service d'hématologie clinique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Klinikum Chemnitz, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), University Hospital Freiburg, Carl Thiem Hospital Cottbus, Université Mohamed Boudiaf de M'sila, Centre Léon Bérard [Lyon], Agence départementale d’architecture et d’urbanisme du Haut-Rhin ( ADAUHR ), University Hospital Essen, Medizinische Klinik, Hämatologie und Onkologie, Klinikum Ernst von Bergmann, Department of Internal Medicine II (Oncology, Hematology, Immunology, Rheumatology, Pulmonology), University Hospital Tuebingen, Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Laboratoire d'anatomie pathologique [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Department of Pathology, Hematopathology Section and Lymph Node Registry, Universityhospital Schleswig-Holstein, Campus Kiel, Institut Mondor de Recherche Biomédicale ( IMRB ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Service d'immunologie biologique, University Hospital Schleswig–Holstein, III. Medizinische Klinik, Technische Universität München [München] ( TUM ), Institut Imagine (UMR 1163), Laboratory of Cellular and Molecular Mechanisms of Hemathological Disorders and Therapeutic Implication, Maria Sklodowska-Curie Memorial Cancer Center, Institut Charles Gerhardt - Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux de Montpellier (ICG ICMMM), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM) - Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2) - Université Montpellier 1 (UM1) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Paoli Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC) - Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), Service de Radio-Oncologie [Lyon], Hospices Civils de Lyon - Centre Hospitalier Lyon Sud [Pierre Bénite], Hôpital Edouard Herriot, Hospices Civils de Lyon - Hôpital Edouard Herriot, Institut Gustave Roussy (IGR), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) - Hôpital Henri Mondor - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Service d'Hématologie Clinique (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), University Medical Centre Freiburg, Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux, Agence départementale d’architecture et d’urbanisme du Haut-Rhin (ADAUHR), Laboratoire d'Informatique de l'Université du Maine (LIUM), Université du Maine (UM), Service d'hématologie biologique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) - Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5) - AP-HP Hôpital Necker - Enfants Malades [Paris], AP-HP Hôpital Necker - Enfants Malades [Paris], Service hématologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) - Groupe Hospitalier Necker-Enfants Malades, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - IFR10 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), and Technische Universität München [München] (TUM)
Subjects: Adult, Male, medicine.medical_specialty, Vincristine, Transplantation Conditioning, Medizin, Lymphoma, Mantle-Cell, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Autologous stem-cell transplantation, International Prognostic Index, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Internal medicine, Antineoplastic Combined Chemotherapy Protocols, medicine, Humans, Treatment Failure, Cyclophosphamide, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, business.industry, Cytarabine, Hematopoietic Stem Cell Transplantation, General Medicine, Middle Aged, medicine.disease, Combined Modality Therapy, Surgery, Transplantation, Doxorubicin, 030220 oncology & carcinogenesis, Prednisone, Female, Rituximab, Mantle cell lymphoma, Immunotherapy, business, Immunosuppressive Agents, Febrile neutropenia, 030215 immunology, medicine.drug
Abstract: Summary Background Mantle cell lymphoma is characterised by a poor long-term prognosis. The European Mantle Cell Lymphoma Network aimed to investigate whether the introduction of high-dose cytarabine to immunochemotherapy before autologous stem-cell transplantation (ASCT) improves outcome. Methods This randomised, open-label, parallel-group, phase 3 trial was done in 128 haemato-oncological hospital departments or private practices in Germany, France, Belgium, and Poland. Patients aged 65 years or younger with untreated stage II–IV mantle cell lymphoma were centrally randomised (1:1), with computer-assisted random block selection, to receive either six courses of R-CHOP (rituximab plus cyclophosphamide, doxorubicin, vincristine, and prednisone) followed by myeloablative radiochemotherapy and ASCT (control group), or six courses of alternating R-CHOP or R-DHAP (rituximab plus dexamethasone, high-dose cytarabine, and cisplatin) followed by a high-dose cytarabine-containing conditioning regimen and ASCT (cytarabine group). Patients were stratified by study group and international prognostic index. The primary outcome was time to treatment failure from randomisation to stable disease after at least four induction cycles, progression, or death from any cause. Patients with stage II–IV mantle cell lymphoma were included in the primary analysis if treatment was started according to randomisation. For safety analyses, patients were assessed according to the treatment actually started. This study is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT00209222. Findings Of 497 patients (median age 55 years [IQR 49–60]) randomised from July 20, 2004, to March 18, 2010, 234 of 249 in the control group and 232 of 248 in the cytarabine group were included in the primary analysis. After a median follow-up of 6·1 years (95% CI 5·4–6·4), time to treatment failure was significantly longer in the cytarabine group (median 9·1 years [95% CI 6·3–not reached], 5 year rate 65% [95% CI 57–71]) than in the control group (3·9 years [3·2–4·4], 40% [33–46]; hazard ratio 0·56; p=0·038). During induction immunochemotherapy, patients who received high-dose cytarabine had increased grade 3 or 4 haematological toxicity (haemoglobin 71 [29%] of 241m vs 19 [8%] of 227 controls; platelets 176 [73%] of 240 vs 21 [9%] of 225), grade 3 or 4 febrile neutropenia (39 [17%] of 230 vs 19 [8%] of 224), and grade 1 or 2 renal toxicity (creatinine 102 [43%] of 236 vs 22 [10%] of 224). The number of ASCT-related deaths was similar (eight [3·4%]) in both groups. Interpretation Immunochemotherapy containing high-dose cytarabine followed by ASCT should be considered standard of care in patients aged 65 years or younger with mantle cell lymphoma. Funding European Commission, Lymphoma Research Foundation, and Roche.
Published: 2016

24. Post-production modifications of murine mesenchymal stem cell (mMSC) derived extracellular vesicles (EVs) and impact on their cellular interaction

Author: Sarah Le Saux, Simon George, Orestis Faklaris, Patrick Bron, Hanna Aarrass, Jean Armengaud, Justine Bertrand-Michel, Jean-Marie Devoisselle, Emeric Dubois, Philippe Legrand, Joséphine Lai-Kee-Him, Marie Morille, Guylaine Miotello, Joël Chopineau, Institut Charles Gerhardt Montpellier - Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux de Montpellier (ICGM), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Biochimie Structurale [Montpellier] (CBS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biochimie des Systèmes Perturbés (LBSP), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic (LI2D), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul Lipidomics, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus (BCM), Université de Nîmes (UNIMES), Institut Charles Gerhardt Montpellier - Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux de Montpellier (ICGM ICMMM), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Plateau MetaToul-LIPIDOMIQUE = MetaToul-Lipidomics, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), CCSD, Accord Elsevier, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaToul-MetaboHUB, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], Endocytic cycle, Biophysics, Bioengineering, Endocytosis Pathway, 02 engineering and technology, Biomaterials, Extracellular Vesicles, Mice, 03 medical and health sciences, Drug Delivery Systems, Caveolae, Animals, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Liposome, Chemistry, Vesicle, Mesenchymal stem cell, Mesenchymal Stem Cells, 021001 nanoscience & nanotechnology, Microvesicles, Cell biology, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, [SDV] Life Sciences [q-bio], Freeze Drying, Mechanics of Materials, Liposomes, Drug delivery, Ceramics and Composites, 0210 nano-technology
Abstract: International audience; In regards to their key role in intercellular communication, extracellular vesicles (EVs) have a strong potential as bio-inspired drug delivery systems (DDS). With the aim of circumventing some of their well-known issues (production yield, drug loading yield, pharmacokinetics), we specifically focused on switching the biological vision of these entities to a more physico-chemical one, and to consider and fine-tune EVs as synthetic vectors. To allow a rational use, we first performed a full physico-chemical (size, concentration, surface charge, cryoTEM), biochemical (western blot, proteomics, lipidomics, transcriptomics) and biological (cell internalisation) characterisation of murine mesenchymal stem cell (mMSC)-derived EVs. A stability study based on evaluating the colloidal behaviour of obtained vesicles was performed in order to identify optimal storage conditions. We evidenced the interest of using EVs instead of liposomes, in regards to target cell internalisation efficiency. EVs were shown to be internalised through a caveolae and cholesterol-dependent pathway, following a different endocytic route than liposomes. Then, we characterised the effect of physical methods scarcely investigated with EVs (extrusion through 50 nm membranes, freeze-drying, sonication) on EV size, concentration, structure and cell internalisation properties. Our extensive characterisation of the effect of these physical processes highlights their promise as loading methods to make EVs efficient delivery vehicles.
Published: 2020

25. Lysosomal and network alterations in human mucopolysaccharidosis type VII iPSC-derived neurons

Author: Marina Lavigne, Christina Begon-Pescia, Eric J. Kremer, Philippe Lory, Antonella Consiglio, Sara Salinas, Assumpció Bosch, Sophie Creyssels, Ana Maria Cuervo, Daniel Simão, Neus Bayó-Puxan, Florence Bernex, Thierry Levade, Vasiliki Kalatzis, Ana Paula Terrasso, Catarina Brito, Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica (IBET), Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier (ITQB), Universidade Nova de Lisboa (NOVA), Pathogénèse et contrôle des infections chroniques (PCCI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Center of Animal Biotechnology and Gene Therapy (CBATEG), Universitat Autònoma de Barcelona [Barcelona] (UAB), Institut des Neurosciences de Montpellier - Déficits sensoriels et moteurs (INM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Albert Einstein College of Medicine, Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Molecular and Translational Medicine, University of Brescia, Universidade Nova de Lisboa = NOVA University Lisbon (NOVA), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), and Albert Einstein College of Medicine [New York]
Subjects: Case-Control Studies, Cell Differentiation, Cells, Cultured, Glycosaminoglycans, Humans, Induced Pluripotent Stem Cells, Lysosomes, Mucopolysaccharidosis VII, Neurons, Stem Cells, Neural Pathways, Lysosomal Storage Disorders (LSD), 0301 basic medicine, Cells, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Mucopolysaccharidosis, lcsh:Medicine, Mucopolysaccharides, Biology, Article, Lipofuscin, Lysosome-associated Membrane Protein (LAMP1), 03 medical and health sciences, Cognition, SDG 3 - Good Health and Well-being, Downregulation and upregulation, Lysosome, Lysosomal storage disease, medicine, Premovement neuronal activity, GABAergic Neurons, General, lcsh:Science, Cultured, Multidisciplinary, lcsh:R, Enzyme replacement therapy, medicine.disease, 3. Good health, Cell biology, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Mucopolisacàrids, EGFR Degradation, Ipsc Clones, Cognició, lcsh:Q, Astrocyte
Abstract: International audience; Mucopolysaccharidosis type VII (MPS VII) is a lysosomal storage disease caused by deficient β-glucuronidase (β-gluc) activity. Significantly reduced β-gluc activity leads to accumulation of glycosaminoglycans (GAGs) in many tissues, including the brain. Numerous combinations of mutations in GUSB (the gene that codes for β-gluc) cause a range of neurological features that make disease prognosis and treatment challenging. Currently, there is little understanding of the molecular basis for MPS VII brain anomalies. To identify a neuronal phenotype that could be used to complement genetic analyses, we generated two iPSC clones derived from skin fibroblasts of an MPS VII patient. We found that MPS VII neurons exhibited reduced β-gluc activity and showed previously established disease-associated phenotypes, including GAGs accumulation, expanded endocytic compartments, accumulation of lipofuscin granules, more autophagosomes, and altered lysosome function. Addition of recombinant β-gluc to MPS VII neurons, which mimics enzyme replacement therapy, restored disease-associated phenotypes to levels similar to the healthy control. MPS VII neural cells cultured as 3D neurospheroids showed upregulated GFAP gene expression, which was associated with astrocyte reactivity, and downregulation of GABAergic neuron markers. Spontaneous calcium imaging analysis of MPS VII neurospheroids showed reduced neuronal activity and altered network connectivity in patient-derived neurospheroids compared to a healthy control. These results demonstrate the interplay between reduced β-gluc activity, GAG accumulation and alterations in neuronal activity, and provide a human experimental model for elucidating the bases of MPS VII-associated cognitive defects. Lysosomal storage disorders (LSD) are caused by intra-and extracellular accumulation of undigested macromol-ecules that induce dysfunction of the greater lysosomal system. Among LSD, mucopolysaccharidoses (MPS) are caused by deficiency in enzymatic activities that degrade glycosaminoglycans (GAGs). GAGs are the most abundant polysaccharides of the extracellular matrix (ECM) and, with the exception of hyaluronic acid, are covalently attached to protein moieties to form proteoglycans 1. β-glucuronidase (β-gluc, EC 3.2.1.31), is found in lysosomes
Published: 2018

26. Combined strategy of siRNA and osteoclast actin cytoskeleton automated imaging to identify novel regulators of bone resorption shows a non-mitotic function for anillin

Author: Anne Morel, Pierre Jurdic, Virginie Vives, Anne Blangy, Irma Machuca-Gayet, Justine Maurin, Cedric Hassen-Khodja, Centre de recherche en Biologie Cellulaire (CRBM), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), IGFL - Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon, Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en Biologie cellulaire de Montpellier (CRBM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)
Subjects: 0301 basic medicine, musculoskeletal diseases, Histology, RHOA, Podosome, Mitosis, Osteoclasts, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Actin cytoskeleton organization, Bone resorption, Pathology and Forensic Medicine, 03 medical and health sciences, Automation, 0302 clinical medicine, Contractile Proteins, Imaging, Three-Dimensional, Osteoclast, medicine, Animals, Gene Silencing, Bone Resorption, RNA, Small Interfering, Cytoskeleton, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, 030102 biochemistry & molecular biology, biology, Cell Biology, General Medicine, Actin cytoskeleton, 3. Good health, Cell biology, Resorption, Mice, Inbred C57BL, Actin Cytoskeleton, Cytoskeletal Proteins, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Podosomes, biology.protein, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Osteoclasts are the main cells responsible for the resorption of mineralized extracellular matrices. They are the major targets for anti-resorptive therapies to manage osteoporosis, a major public health problem. Osteoclasts are giant multinucleated cells that can organize their a unique adhesion structure based on a belt of podosomes, which is the keystone of the bone resorption apparatus. We combined differential transcriptomics and siRNA screening approaches to get a broader view of cytoskeletal regulators that participate in the control of osteoclast cytoskeleton and identify novel regulators of bone resorption by osteoclasts. We identified 20 new candidate regulators of osteoclasts cytoskeleton including Fkbp15, Spire1, Tacc2 and RalA, for which we confirmed they are necessary for proper organization of the podosome belt. We also showed that Anillin, well known for its role during cytokinesis, is essential in osteoclasts for correct podosome patterning and efficient bone resorption. In particular, Anillin controls the levels of the GTPase RhoA, a known regulator of osteoclast cytoskeleton and resorption activity. Finally, we set up and validated an automated imaging strategy based on open-source software for automatic and objective measurement of actin cytoskeleton organization in osteoclasts. We provide these pipelines that are useful to automatically assess the effect of collections of siRNAs or chemical compounds on osteoclast cytoskeleton or differentiation.
Published: 2018

27. L’approche par les Communs pour la prise en compte de l’intégrité fonctionnelle du pastoralisme dans les politiques publiques

Author: Aubert, Sigrid, Dutilly, Céline, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Dynamiques du droit (DD), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 1 (UM1), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), MSH-Sud, Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2018

28. The genomic basis of colour pattern polymorphism in the harlequin ladybird

Author: Benjamin Prud'homme, Aurelien Ausset, Arnaud Estoup, Hélène Bergès, Cécile Donnadieu, Julien Foucaud, Junichi Yamaguchi, Heiko Vogel, Danny Severac, Jacques Lagnel, Céline Lopez-Roques, Lian-Sheng Zang, B Gschloessl, Etienne Loire, Anne Loiseau, Benoit Facon, Lori Lawson-Handley, Maxime Manno, Karim Gharbi, Mathieu Gautier, Hugues Parrinello, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM), Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de Ressources Génomiques Végétales (CNRGV), Edinburgh Genomics, University of Edinburgh, Norwich Research Park, Evolutionary and Environmental Genomics Group, School of Environmental Sciences, University of Hull, Jilin Agricultural University (JAU), Department of Entomology, Michigan State University [East Lansing], Michigan State University System-Michigan State University System, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ProdInra, Migration, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, biology, Locus (genetics), biology.organism_classification, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Phenotype, Harmonia axyridis, Population genomics, 03 medical and health sciences, Taxon, Evolutionary biology, Coccinellidae, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Allele, Gene, 030304 developmental biology
Abstract: Many animal species are comprised of discrete phenotypic forms. Understanding the genetic mechanisms generating and maintaining such phenotypic variation within species is essential to comprehending morphological diversity. A common and conspicuous example of discrete phenotypic variation in natural populations of insects is the occurrence of different colour patterns, which has motivated a rich body of ecological and genetic research1–6. The occurrence of dark, i.e. melanic, forms, displaying discrete colour patterns, is found across multiple taxa, but the underlying genomic basis remains poorly characterized. In numerous ladybird species (Coccinellidae), the spatial arrangement of black and orange patches on adult elytra varies wildly within species, forming strikingly different complex colour patterns7,8. In the harlequin ladybirdHarmonia axyridis, more than 200 distinct colour forms have been described, which classic genetic studies suggest result from allelic variation at a single, unknown, locus9,10. Here, we combined whole-genome sequencing, population genomics, gene expression and functional analyses, to establish that the genepanniercontrols melanic pattern polymorphism inH. axyridis. We show thatpannier, which encodes an evolutionary conserved transcription factor, is necessary for the formation of melanic elements on the elytra. Allelic variation inpannierleads to protein expression in distinct domains on the elytra, and thus determines the distinct colour patterns inH. axyridis. Recombination betweenpannieralleles may be reduced by a highly divergent sequence of ca. 170 kb in thecis-regulatory regions ofpannierwith a 50 kb inversion between colour forms. This likely helps maintaining the distinct alleles found in natural populations. Thus we propose that highly variable discrete colour forms can arise in natural populations throughcis-regulatory allelic variation of a single gene.
Published: 2018
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29. « Intégrer la magistrature coloniale à l'époque de l'Ancien Régime : conditions normatives et réalités ultra-marines »

Author: Wenzel, Eric, Dynamiques du droit (DD), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 1 (UM1), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, histoire, Magistrature coloniale, magistrature, droit colonial, [SHS.HIST]Humanities and Social Sciences/History, Outre-mer, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: International audience
Published: 2018

30. Genome-wide approaches to elucidate evolution of sex determination systems and sex determining genes in fish

Author: Pan, Qiaowei, Feron, Romain, Jouanno, Elodie, Wen, Ming, Imarazene, Boudjema, Anderson, Jennifer, Kottler, Verena A., Santacruz Roco, Alvaro, Du, Kang, Kneitz, Suzanne, Wang, Zhongwei, Adolfi, Mateus C., Wilson, Catherine, McCluskey, Braedan M., Amores, Angel, Desvignes, Thomas, Klopp, Christophe, Lopez-Roques, Celine, Chabrol, Olivier, Donnadieu, Cecile, Parrinello, Hugues, Journot, Laurent, Herpin, Amaury, Postlethwait, John H, Schartl, Manfred, Guiguen, Yann, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiological Chemistry, Biocenter, Julius-Maximilians-Universität Würzburg [Wurtzbourg, Allemagne] (JMU), Institute of Neuroscience, University of Oregon [Eugene], Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)
Subjects: détermination du sexe, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, GeneralLiterature_INTRODUCTORYANDSURVEY, [SDV]Life Sciences [q-bio], gène déterminant majeur du sexe, approche génomique, GeneralLiterature_MISCELLANEOUS, reproduction, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, séquençage du génome, poisson, ComputerApplications_MISCELLANEOUS, phylogénie, ComputingMilieux_COMPUTERSANDEDUCATION, chromosome sexuel, [INFO]Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: [YG: Invited Keynote Lecture]; International audience
Published: 2018

31. Larval transcriptomic response to host plants in two related phytophagous lepidopteran species: implications for host specialization and species divergence

Author: Orsucci, M., Audiot, P., Dorkeld, F., Pommier, A., Vabre, M., Gschloessl, B., Rialle, S., Severac, D., Bourguet, D., Streiff, R., Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes - Insectes [Montpellier] (DGIMI), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Ecology and Genetics [Uppsala] (EBC), Uppsala University, Domaine expérimental de Melgueil (MONTP MELGUEIL UE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), ANR Adapt-Ome, ANR-13-BSV7-0012-01, INRA department 'Sante des Plantes et Environnement', University of Montpellier, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-13-BSV7-0012,Adapt-Ome,Contributions du genome, du transcriptome et de l'épigénome à l'adaptation de lépidoptères (Ostrinia spp.) à leurs plantes hôtes(2013), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: lcsh:QH426-470, Plasticity, lcsh:Biotechnology, Microorganisms, Zea mays, Host Specificity, specialization, plant-insect interactions, species divergence, plasticity, gene expression, microorganisms, Species divergence, Evolution, Molecular, lcsh:TP248.13-248.65, Biologie animale, Genetics, Animals, Genetik, Animal biology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, fungi, Molecular Sequence Annotation, Feeding Behavior, Adaptation, Physiological, lcsh:Genetics, Artemisia, Plant-insect interactions, Larva, Gene expression, Rhopalocera, lepidoptera, Transcriptome, insecte phytophage, Specialization, Research Article
Abstract: Background Most phytophagous insects have morphological, behavioral and physiological adaptations allowing them to specialize on one or a few plant species. Identifying the mechanisms involved in host plant specialization is crucial to understand the role of divergent selection between different environments in species diversification, and to identify sustainable targets for the management of insect pest species. In the present study, we measured larval phenotypic and transcriptomic responses to host plants in two related phytophagous lepidopteran species: the European corn borer (ECB), a worldwide pest of maize, and the adzuki bean borer (ABB), which feeds of various dicotyledons. Our aim was to identify the genes and functions underlying host specialization and/or divergence between ECB and ABB. Results At the phenotypic level, we observed contrasted patterns of survival, weight gain and developmental time between ECB and ABB, and within ECB and ABB reared on two different host plants. At the transcriptomic level, around 8% of the genes were differentially expressed (DE) between species and/or host plant. 70% of these DE genes displayed a divergent pattern of expression between ECB and ABB, regardless of the host, while the remaining 30% were involved in the plastic response between hosts. We further categorized plastic DE genes according to their parallel or opposite pattern between ECB and ABB to specifically identify candidate genes involved in the species divergence by host specialization. These candidates highlighted a comprehensive response, involving functions related to plant recognition, digestion, detoxification, immunity and development. Last, we detected viral, bacterial, and yeast genes whose incidence contrasted ECB and ABB samples, and maize and mugwort conditions. We suggest that these microorganism communities might influence the survival, metabolism and defense patterns observed in ECB and ABB larvae. Conclusions The comprehensive approach developed in the present study allowed to identify phenotypic specialization patterns and underlying candidate molecular mechanisms, and highlighted the putative role of microorganisms in the insect-host plant interaction. These findings offer the opportunity to pinpoint specific and sustainable molecular or physiological targets for the regulation of ECB pest populations. Electronic supplementary material The online version of this article (10.1186/s12864-018-4589-x) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2018

32. Sample Pooling and Inflammation Linked to the False Selection of Biomarkers for Neurodegenerative Diseases in Top–Down Proteomics: A Pilot Study

Author: Nicolas Molinari, Stéphane Roche, Katell Peoc’h, Laurent Tiers, Martial Séveno, Christophe Hirtz, Sylvain Lehmann, Université de Montpellier (UM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Plateforme de Protéomique Clinique, CHU Saint-Eloi, Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus (BCM), Hôpital Beaujon, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Population, Pooling, sample pooling, Sample (statistics), Computational biology, Disease, Top-down proteomics, Proteomics, lcsh:RC321-571, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, 0302 clinical medicine, neurodegenerative disease, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Medicine, education, Molecular Biology, lcsh:Neurosciences. Biological psychiatry. Neuropsychiatry, Original Research, top–down, education.field_of_study, business.industry, SAA, 3. Good health, 030104 developmental biology, clinical proteomics, Outlier, top-down, Biomarker (medicine), business, CRP, serum, 030217 neurology & neurosurgery, Neuroscience
Abstract: International audience; Proteomic technologies have been recently adapted to the new field of clinical proteomics. The origin of errors and biases has been well-identified in the pre-analytical steps, leading to the measurement of clinical analytes. One possible source of inadequacy in clinical proteomics is linked to sample pooling. This practice is usually related to low sample availability, variability, experiment time/cost. In this study, we first asked whether sample pooling in top-down proteomics is suitable to obtain a relevant biological average. Our second objective was to identify inflammatory biomarkers of outlier samples in our population of Creutzfeldt-Jakob disease patients. Our results demonstrated that, in a proteomics study, sample pooling as well as the inflammation status was an important source of errors: missed detection of biomarkers and false identification of others. Pooled samples were not equivalent to the average of biological values. In addition, this procedure reduced the statistical value of the identified biomarkers due to a stabilization of their standard deviation and rendered outlier samples difficult to detect. We identified serum amyloid A as a candidate biomarker of outlier samples. The presence of this protein, which could be explained by inflammatory processes, induced major modifications in the sample profiles.
Published: 2018

33. Transcriptome Profiles of Nod Factor-independent Symbiosis in the Tropical Legume Aeschynomene evenia

Author: Gully, Djamel, Czernic, Pierre, Cruveiller, Stéphane, Mahé, Frédéric, Longin, Cyrille, Vallenet, David, François, Philippe, Nidelet, Sabine, Rialle, Stéphanie, Giraud, Eric, Arrighi, Jean-François, DasGupta, Maitrayee, Cartieaux, Fabienne, Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université de Montpellier (UM), Analyse Bio-Informatique pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Calcutta, French National Research Agency [ANR-SESAM-2010-BLAN-170801], Govt. of India: IFCPAR/CEFIPRA [IFC/5103-4/2014/543], Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), and Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Time Factors, expression génique, F60 - Physiologie et biochimie végétale, Biodiversité et Ecologie, lcsh:Medicine, Plant Root Nodulation, Plant Roots, Article, F30 - Génétique et amélioration des plantes, Biodiversity and Ecology, Gene Expression Regulation, Plant, Nitrogen Fixation, symbiose rhizobium legumineuse, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], lcsh:Science, Symbiosis, Plant Proteins, Tropical Climate, bradyrhizobium, Sequence Analysis, RNA, Gene Expression Profiling, lcsh:R, infection bactérienne, Fabaceae, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, lcsh:Q
Abstract: International audience; Nod factors (NF) were assumed to be indispensable for the establishment of a rhizobium-legume symbiosis until the discovery that certain Bradyrhizobium strains interacting with certain Aeschynomene species lack the canonical nodABC genes required for their synthesis. So far, the molecular dialogue between Aeschynomene and its symbionts remains an open question. Here we report a time course transcriptional analysis of Aeschynomene evenia in response to inoculation with Bradyrhizobium ORS278. The NF-independent symbiotic process was monitored at five time points between bacterial infection and nodule maturity. The five time points correspond to three specific events, root infection by crack entry, nodule organogenesis, and the establishment of the nitrogen fixing process. During the third stage, about 80 NCR-like genes and eight symbiotic genes known to be involved in signaling, bacterial infection or nodulation regulation were highly expressed. Comparative gene expression analyses at the five time points also enabled the selection of genes with an expression profile that makes them promising markers to monitor early plant responses to bacteria. Such markers could be used in bioassays to identify the nature of the bacterial signal(s). Our data represent valuable resources for investigation of this Nod factor-independent symbiosis.
Published: 2018

34. Mechanical and radiological behavior of a bioresorbable polymer during in vivo degradation. An in vivo rat study to develop an Internal biliary stent to reduce biliary complications after liver transplantation

Author: Edouard Girard, Benjamin Nottelet, Alexis Broisat, Audrey Soubies, Hugo Gil, François Boucher, Grégory Chagnon, Chagnon, Grégory, Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Ingénierie Biomédicale et Mécanique des Matériaux (TIMC-IMAG-BioMMat), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Centre de recherche sur les biopolymères artificiels (CRBA), Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Radiopharmaceutiques biocliniques, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Radiopharmaceutiques biocliniques (LRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), and Physiologie cardio-Respiratoire Expérimentale Théorique et Appliquée (TIMC-IMAG-PRETA)
Subjects: [PHYS.MECA.MEMA]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Mechanics of materials [physics.class-ph], [PHYS.MECA.MEMA] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Mechanics of materials [physics.class-ph]
Abstract: International audience; Background:Benefit of implantation of an internal biliary stent (IBS) during liver transplantation to reduce biliary complications was recently demonstrated [1]. Silicone IBS was used in practice, which require an endoscopic ablation procedure, a potentially morbid intervention for the patient [2]. In order to avoid this, and to reduce biliary complications after liver transplantation we develop a resorbable IBS, made from a radiopaque and degradable polymer visualizable by X-ray. The objective of this study was to evaluate mechanical and radiological behavior of this polymer during in vivo degradation after rats implantation.Methods: PLA50-PEG-PLA50 triblock copolymer was used as polymer matrix, in which was incorporated the X-ray visible triiodobenzoate-poly(e-caprolactone) copolymer (PCL-TIB/PLA50-PEG-PLA50) component in order to make the compound visible by X-rays [3]. Polymer sample corresponding to a dogbone tensile specimen (36x6x0.6mm) were implanted in the abdomen of 17 rats. At each degradation time (1 week, 1 month, 2 months, 3 months and 6 months), a X-ray scanner was performed with contrast intensity and implant volume measurements. The specimens were then explanted to perform ex-vivo biomechanical tests. The mechanical tests consist in a load at two strain levels (5% and 10%) with a strain rate during loading of 1% per second followed by a tensile relaxation test. There were realised with a Mechanical Tensile ServiceÒ machine with a load cell of 25N, in physiological conditions (physiological serum immersed tests at controlled temperature of 37°C). A histological study at 3 and 6 months was also performed.Results: About radiological characteristics during degradation, the contrast intensity and the implant volume were stable over time up to 6 months (between 1000 and 2000 Hounsfield Units for the contrast intensity and 75 mm3 of median volume). The mechanical properties were tested between zero and 2 months, the evolution of the viscoelasticity of the materials was studied. After this period, mechanical tests were impossible due to the extreme brittleness of the specimens. Histological analysis indicated good tissue integration without major inflammation.Conclusion: In this study, radiological and mechanical behaviour of PCL-TIB/PLA50-PEG-PLA50 biopolymer was describe during in vivo degradation, in order to allow development of an IBS to reduce biliary complications after liver transplantation.References: 1. Tranchart H, Zalinski S, Sepulveda A, et al (2012) Removable intraductal stenting in duct-to-duct biliary reconstruction in liver transplantation. Transpl Int 25:19–24 .2. Girard E Evaluation de l’implantation peropératoire d’un Drain Biliaire Interne cholédochocholédocien en Transplantation Hépatique Orthotopique: étude comparative rétrospective à propos de 294 patients. https://hal.archives-ouvertes.fr/3. Samuel R, Girard E, Chagnon G, et al (2015) Radiopaque poly(ε-caprolactone) as additive for X-ray imaging of temporary implantable medical devices. RSC Adv 5:84125–84133 .
Published: 2018

35. RACK1 cooperates with NRASQ61K to promote melanoma in vivo

Author: Campagne, Cécile, Reyes Gomez, Edouard, Picco, M.E., Loiodice, Sophia, Salaun, Paul, Ezagal, Jacky, Bernex, Florence, Commere, P.H., Pons, Stéphanie, Esquerre, Diane, Bourneuf, Emmanuelle, Maskof, Uwe, Lopez-Bergami, P., Aubin-Houzelstein, Genevieve, Panthier, Jean-Jacques, Egidy Maskos, Giorgia, Génétique Moléculaire et Cellulaire (UGMC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Instituto de Biología y Medicina Experimental [Buenos Aires] (IBYME), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cytométrie (Plate-forme), Institut Pasteur [Paris] (IP), Neurobiologie intégrative des Systèmes cholinergiques (NISC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, LREG, CEA, CEA, Centro de Estudios Biomédicos, Biotecnológicos, Ambientales y Diagnóstico [Buenos Aires] (CEBBAD), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)-Universidad Maimónides [Buenos Aires] (UMAI), Génétique fonctionnelle de la Souris, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR 09-EBIO-006-01, Ecos Sud, ARC 99/7468, 1002, INRA Crédits incitatifs DGA, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut Pasteur [Paris], Neurobiologie intégrative des Systèmes cholinergiques, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: angiogenesis, melanocyte, [SDV]Life Sciences [q-bio], mapk pathways, jnk, scaffold, stat3
Abstract: Notice à reprendre pas de clé UT le 30 mai 2017; International audience; Melanoma is the deadliest skin cancer. RACK1 (Receptor for activated protein kinase C) protein was proposed as a biological marker of melanoma in human and domestic animal species harboring spontaneous melanomas. As a scaffold protein, RACK1 is able to coordinate the interaction of key signaling molecules implicated in both physiological cellular functions and tumorigenesis. A role for RACK1 in rewiring ERK and JNK signaling pathways in melanoma cell lines had been proposed. Here, we used a genetic approach to test this hypothesis in vivo in the mouse. We show that Rack1 knock-down in the mouse melanoma cell line B16 reduces invasiveness and induces cell differentiation. We have developed the first mouse model for RACK1 gain of function, Tyr::Rack1-HA transgenic mice, targeting RACK1 to melanocytes in vivo. RACK1 overexpression was not sufficient to initiate melanomas despite activated ERK and AKT. However, in a context of melanoma predisposition, RACK1 overexpression reduced latency and increased incidence and metastatic rate. In primary melanoma cells from Tyr::Rack1-HA, Tyr::NRasQ61K mice, activated JNK (c-Jun N-terminal kinase) and activated STAT3 (signal transducer and activator of transcription 3) acted as RACK1 oncogenic partners in tumoral progression. A sequential and coordinated activation of ERK, JNK and STAT3 with RACK1 is shown to accelerate aggressive melanoma development in vivo.
Published: 2017

36. Immunomodulatory Effects of Amblyomma variegatum Saliva on Bovine Cells: Characterization of Cellular Responses and Identification of Molecular Determinants

Author: Rodrigues, V., Fernandez, B., Vercoutere, A., Chamayou, L., Andersen, A., Vigy, Oana, Demettre, Edith, Seveno, Martial, Aprelon, Rosalie, Giraud-Girard, K., Stachurski, F., Loire, E., Vachiery, N., Holzmuller, P., Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and This research was supported by CIRAD and INRA and a collaborative project on A. variegatum with USDA-Agricultural Research Service. This study was partly conducted in the framework of the project MALIN 'Surveillance, diagnosis, control and impact of infectious diseases of humans, animals and plants in tropical islands' supported by the European Regional Development Fund (ERDF) and the Regional Council of Guadeloupe
Subjects: Ixodidae, Macrophages, [SDV]Life Sciences [q-bio], PBMC, Histocompatibility Antigens Class II, Amblyomma variegatum, tick saliva, L73 - Maladies des animaux, Nitric Oxide, immuno-modulation, Microbiology, proteomics, Antigens, CD, Leukocytes, Mononuclear, Animals, Cytokines, Immunologic Factors, Cattle, Salivary Proteins and Peptides, Saliva, Cells, Cultured, Original Research, Cell Proliferation
Abstract: International audience; The tropical bont tick, Amblyomma variegatum, is a tick species of veterinary importance and is considered as one of major pest of ruminants in Africa and in the Caribbean. It causes direct skin lesions, transmits heartwater, and reactivates bovine dermatophilosis. Tick saliva is reported to affect overall host responses through immunomodulatory and anti-inflammatory molecules, among other bioactive molecules. The general objective of this study was to better understand the role of saliva in interaction between the Amblyomma tick and the host using cellular biology approaches and proteomics, and to discuss its impact on disease transmission and/or activation. We first focused on the immuno-modulating effects of semi-fed A. variegatum female saliva on bovine peripheral blood mononuclear cells (PBMC) and monocyte-derived macrophages in vitro. We analyzed its immuno-suppressive properties by measuring the effect of saliva on PBMC proliferation, and observed a significant decrease in ConA-stimulated PBMC lymphoproliferation. We then studied the effect of saliva on bovine macrophages using flow cytometry to analyze the expression of MHC-II and co-stimulation molecules (CD40, CD80, and CD86) and by measuring the production of nitric oxide (NO) and pro- or anti-inflammatory cytokines. We observed a significant decrease in the expression of MHC-II, CD40, and CD80 molecules, associated with decreased levels of IL-12-p40 and TNF-α and increased level of IL-10, which could explain the saliva-induced modulation of NO. To elucidate these immunomodulatory effects, crude saliva proteins were analyzed using proteomics with an Orbitrap Elite mass spectrometer. Among the 336 proteins identified in A. variegatum saliva, we evidenced bioactive molecules exhibiting anti-inflammatory, immuno-modulatory, and anti-oxidant properties (e.g., serpins, phospholipases A2, heme lipoprotein). We also characterized an intriguing ubiquitination complex that could be involved in saliva-induced immune modulation of the host. We propose a model for the interaction between A. variegatum saliva and host immune cells that could have an effect during tick feeding by favoring pathogen dissemination or activation by reducing the efficiency of host immune response to the corresponding tick-borne diseases.
Published: 2017

37. TEMPO-mediated oxidation of polysaccharides: An ongoing story

Author: Yves M. Galante, Cédric Delattre, Andrea Fiorati, Carlo Punta, Lucio Melone, Nadia Pastori, Pascal Dubessay, Guillaume Pierre, Philippe Michaud, Institut Pascal (IP), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Chemistry, Materials, and Chemical Engineering 'G. Natta' and Local Unit INSTM, Politecnico di Milano [Milan] (POLIMI), Biologie moléculaire et génome des protozoaires parasites (BMGPP), Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Istituto di Chimica del Riconoscimento Molecolare, Università cattolica del Sacro Cuore [Milano] (Unicatt), and SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])
Subjects: chemistry.chemical_classification, Polymers and Plastics, Organic Chemistry, Laccase, TEMPO-enzyme systems, Nanofibers, MESH: TEMPO Selective C-6 oxidation TEMPO-enzyme systems Polysaccharides Laccase Nanofibers, Selective C-6 oxidation, 02 engineering and technology, Primary alcohol, 010402 general chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, Polysaccharide, 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, chemistry.chemical_compound, chemistry, Polysaccharides, Materials Chemistry, Organic chemistry, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Cellulose, 0210 nano-technology, TEMPO
Abstract: International audience; The oxidation of natural polysaccharides by TEMPO has become by now an “old chemical reaction” which led to numerous studies mainly conducted on cellulose. This regioselective oxidation of primary alcohol groups of neutral polysaccharides has generated a new class of polyuronides not identified before in nature, even if the discovery of enzymes promoting an analogous oxidation has been more recently reported. Around the same time, the scientific community discovered the surprising biological and techno-functional properties of these anionic macromolecules with a high potential of application in numerous industrial fields. The objective of this review is to establish the state of the art of TEMPO chemistry applied to polysaccharide oxidation, its history, the resulting products, their applications and the associated modifying enzymes.
Published: 2017
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38. Vers une gestion territorialisée de la chasse villageoise et des systèmes alimentaires carnés en Afrique Centrale

Author: Aubert, Sigrid, Cornelis, D., Le bel, S., Mikolasek, Olivier, Caron, Alexandre, Karpe, P., Müller, Jean-Pierre, Gestion des ressources renouvelables et environnement (UPR GREEN), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Dynamiques du droit (DD), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Van Vliet Nathalie, CIFOR (IDN) Nguinguiri Jean Claude, FAO (GAB) Cornélis Daniel, CIRAD-BIOS-UMR ASTRE (FRA) Le Bel Sébastien, CIRAD-ES-UPR BSef (FRA), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 1 (UM1), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Gestion des ressources renouvelables et environnement (Cirad-Es-UPR 47 GREEN), Département Environnements et Sociétés (Cirad-ES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: S01 - Nutrition humaine - Considérations générales, Chasse, Viande, gestion des ressources naturelles, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, Produit carné, Gouvernance, Pêche continentale, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, territoire, L01 - Élevage - Considérations générales, Consommation alimentaire, Animal sauvage, Animal domestique, Viande de gibier, Développement durable, P01 - Conservation de la nature et ressources foncières, E73 - Économie de la consommation, Faune
Abstract: La chasse villageoise contribue, a des degrés divers selon le contexte, aux systèmes alimentaires en Afrique centrale. Ce chapitre prospecte des pistes d'intervention pour réguler l'offre et la demande en viandes sauvages et domestiques dans une perspective conjointe de sécurité alimentaire et économique des populations rurales, et de conservation de la biodiversité. Apres une analyse des filières animales du système alimentaire en Afrique centrale, nous analysons les niveaux d'échelle et d'organisation les plus pertinents pour piloter les systèmes alimentaires carnes sauvages et domestiques. Nous examinons ensuite les voies et moyens pour initier des modèles d'exploitation durable de la faune sauvage et développer l'offre et la demande en produits et activités de substitution. Sur cette base, nous discutons la pertinence et la faisabilité de promouvoir des systèmes alimentaires territorialises centres sur les villes de province comme instrument d'une gouvernance alimentaire intégrant les composantes domestique et sauvage. Les systèmes alimentaires carnes territorialises étant par nature complexes et dynamiques, nous proposons enfin des outils d'intégration permettant de mieux les appréhender et les piloter.
Published: 2017

39. Adaptation of Propionibacterium freudenreichii to long-term survival under gradual nutritional shortage

Author: Yves Le Loir, Vasco Azevedo, Gwénaële Henry, Hélène Falentin, Eric Beaucher, Sandrine Parayre, Muriel Cocaign-Bousquet, Marie-Noelle Madec, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Marie-Bernadette Maillard, Anne Thierry, Marine Rohmer, Flávia Figueira Aburjaile, Anderson Miyoshi, Hugues Parrinello, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Federal University of Minas Gerais, BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chercheur indépendant, Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), INRA and CAPES COFECUB, Department of General Biology, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidade Federal de Minas Gerais [Belo Horizonte] (UFMG), BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Ingénierie des aliments, phase stationnaire, affinage, Oxidative Phosphorylation, law.invention, Probiotic, adaptation au milieu, law, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, fromage suisse, industrie laitière, Incubation, glycolyse, adaptation métabolique, 2. Zero hunger, biology, Propionibacterium freudenreichii, Microbiology and Parasitology, swiss cheese, Hydrogen-Ion Concentration, Adaptation, Physiological, Microbiologie et Parasitologie, milk industry, RNA, Bacterial, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Biochemistry, phosphorylation oxydative, Alimentation et Nutrition, Metabolome, alanine, cycle de Wood-Werkman, Glycolysis, Biotechnology, Research Article, 030106 microbiology, Down-Regulation, glutamate, Oxidative phosphorylation, Long-term survival, Stationary phase, RNA-seq, Adaptation, produit laitier, alanine l-isomer, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, Genetics, propionibacterium freudenreichii, Yeast extract, Food and Nutrition, Food engineering, Microaerophile, bactérie d'affinage, Sequence Analysis, RNA, screening, analyse de la survie, Metabolism, biology.organism_classification, Carbon, Culture Media, Oxygen, 030104 developmental biology, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Bacteria, phosphorisation, glycine
Abstract: 1- Introduction: Propionibacterium freudenreichii is an Actinobacterium widely used in the dairy industry as a ripening culture for Swiss-type cheeses, for vitamin B12 production and some strains display probiotic properties. It is reportedly a hardy bacterium, able to survive the cheese-making process and digestive stresses. 2- Objectives : The aim of the study was to decipher metabolic adaptations of P. freudenrechii responsible for long-term survival under gradual nutritional shortage. 3- Materials & methods: For 11 days, in a non-nutrient supplemented culture medium, eight strains were monitored by measuring their optical density, counting colony-forming units (CFU) and using LIVE/DEAD staining and microscopy observation. The strain with the highest survival rate was incubated for 11 days (9 days after entry into stationary phase) in Yeast Extract Lactate medium at 30 °C under microaerophilic conditions, without any adjunct during the incubation. Its physiological adaptation was investigated by RNA-seq analysis. The carbon and free amino acids sources available in the medium, and the organic acids produced by the strain, were monitored throughout growth and survival. 4- Results: Under these conditions, the eight studied strains displayed high survival rates, their culturability reaching more than 9 log 10 CFU/ml after 2 days. After 11 days, this value ranged from 7.8 to 8.2 log 10 CFU/ml depending on the strain, and at least 50% of the P. freudenreichii population displayed an intact envelope. P. freudenreichii with the highest survival rate was CIRM-BIA 138 (alias ITG P9). Although lactate (the preferred carbon source for P. freudenreichii) was exhausted three days after inoculation, the CIRM-BIA 138 strain sustained a high population level of 9.3 log 10 CFU/mL and revealed a complete disruption of metabolism at the entry into stationary phase as compared to exponential phase. 5- Conclusions: P. freudenreichii adapts its metabolism during entry into stationary phase by down-regulating oxidative phosphorylation, glycolysis, and the Wood-Werkman cycle, by exploiting new nitrogen (glutamate, glycine, alanine) sources, by down-regulating the transcription, translation and secretion of protein. Utilization of polyphosphates was suggested.
Published: 2016

40. Fluorescence-Activated Nucleolus Sorting in Arabidopsis

Author: Frédéric Pontvianne, Julio Sáez-Vásquez, Myriam Boyer-Clavel, Laboratoire Génome et développement des plantes (LGDP), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), and Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Fibrillarin, biology, Nucleolus, Chemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, food and beverages, Cell sorting, biology.organism_classification, 01 natural sciences, Copurification, Green fluorescent protein, Cell biology, 03 medical and health sciences, 030104 developmental biology, Arabidopsis, Arabidopsis thaliana, Centrifugation, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 010606 plant biology & botany
Abstract: Nucleolar isolation allows exhaustive characterization of the nucleolar content. Centrifugation-based protocols are not adapted to isolation of nucleoli directly from a plant tissue because of copurification of cellular debris. We describe here a method that allows the purification of nucleoli using fluorescent-activated cell sorting from Arabidopsis thaliana leaves. This approach requires the expression of a specific nucleolar protein such as fibrillarin fused to green fluorescent protein in planta.
Published: 2016

41. Estimating travel mode choice, including rail in regional area, based on a new family of regression models

Author: Bouscasse, Hélène, Joly, Iragaël, Peyhardi, Jean, Laboratoire d'Economie Appliquée de Grenoble (GAEL), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Laboratoire Aménagement Économie Transports (LAET), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), and Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance
Abstract: In this paper, we model mode choice with the new specification of generalized linear models proposed by Peyhardi et al. (2015). In logit models used by economists, the link function can be decomposed into the reference ratio of probabilities and a cumulative distribution function (cdf). Alternative cdfs (Student, Cauchy, Gumbel, Gompertz, Laplace, Normal) can be used. These cdfs differ in their symmetry (symetric or asymetric distributions) and in their tails (heavy or thin tails), each allowing a different distribution of behaviors. We test the statistic and economic implications of changing the cdf. First, we investigate the goodness-of-fit indicators (AIC, BIC, Mc-Fadden R 2). Then, we compare estimated parameters in terms of sign and significativity. And finally, we look at behavioural outputs such as value of time and demand elasticities. We use a recent stated preferences survey conducted by the author in the Rhône-Alpes Région (France). Its specificity is to specifically address the question of mode choice (rail, coach and car) in a regional context. Attributes include travel time, cost and comfort. We also investigate the cross effect of travel time and comfort. Comparisons between cdfs are made on the basis of three models, including only attributes variables or only individual variables or both. Our results show that the different cdfs provide quite similar results. But, in our estimations, the logistic cdf never ranks among the best options. In terms of significance and sign of coefficients, parameters' estimation are globally the same even if some special features can be noticed. Looking at time equivalence of comfort, we notice that in the model without individual variables, the cdf has a major influence on outputs. In particular, the Student cdf provides very consistent results while some other cdfs (e.g. Gompertz, Logistic, Normal) are extreme.
Published: 2016

42. Cloning, expression, molecular characterization and preliminary studies on immunomodulating properties of recombinant Trypanosoma congolense calreticulin

Author: Géraldine Bossard, David Berthier, Sophie Thevenon, Philippe Holzmuller, Martial Séveno, Pascal Grébaut, Interactions hôtes-vecteurs-parasites-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatides (UMR INTERTRYP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Bordeaux (UB), BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), This work was supported by CIRAD and IRD (CIRAD-IRD UMR INTERTRYP-214679), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université de Bordeaux (UB), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), and Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Protozoan Vaccines, 0301 basic medicine, Trypanosoma congolense, Protozoan Proteins, Parasitemia, L73 - Maladies des animaux, immunomodulation, law.invention, caractérisation moléculaire, calreticulin, Mice, 0302 clinical medicine, law, Immunologie, Expression des gènes, antibodies, calregulin, Cloning, Molecular, animal african trypanosomosis, Mice, Inbred BALB C, Animal African Trypanosomosis, Virulence, biology, santé animale, Trypanosomose africaine, Protéine, Phenotype, Recombinant Proteins, 3. Good health, Infectious Diseases, réaction de défense des animaux, Recombinant DNA, Female, Antibody, L72 - Organismes nuisibles des animaux, Souris, Microbiology (medical), calreticuline, Relation hôte parasite, 030231 tropical medicine, cloning, Microbiology, Antibodies, Immunomodulation, Clonage moléculaire, 03 medical and health sciences, Immune system, parasitic diseases, Genetics, medicine, Animals, Molecular Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, trypanosoma, Génie génétique, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, animal health, Anticorps, Biologie moléculaire, biology.organism_classification, medicine.disease, Virology, trypanosoma congolense, Recombinaison, Trypanosomiasis, African, 030104 developmental biology, Trypanosoma, biology.protein, clonage, Cattle, Calreticulin
Abstract: Trypanosomes are bloodstream protozoan parasites, which are pathogens of veterinary and medical importance. Several mammalian species, including humans, can be infected by different species of the genus Trypanosoma (T. congolense, T. evansi, T. brucei, T. vivax) exhibiting more or less virulent and pathogenic phenotypes. A previous screening of the excreted-secreted proteins of T. congolense demonstrated an overexpression of several proteins correlated with the virulence and pathogenicity of the strain. Of these proteins, calreticulin (CRT) has shown differential expression between two T. congolense strains with opposite infectious behavior and has been selected as a target molecule based on its immune potential functions in parasitic diseases. In this study, we set out to determine the role of T. congolense calreticulin as an immune target. Immunization of mice with recombinant T. congolense calreticulin induced antibody production, which was associated with delayed parasitemia and increased survival of the challenged animal. These results strongly suggest that some excreted-secreted proteins of T. congolense are a worthwhile target candidate to interfere with the infectious process.
Published: 2016

43. E4F1 controls a transcriptional program essential for pyruvate dehydrogenase activity

Author: Matthieu Lacroix, Laurence Pessemesse, Geneviève Rodier, Maud Heuillet, Hélène Delpech, Audrey Boutron, Charlene Berthet, François Casas, Florence Bernex, Berfin Seyran, Olivier Kirsh, Michèle Brivet, Jean-Charles Portais, Laurent Le Cam, Claude Sardet, Thibault Houlès, Laurie Gayte, Floriant Bellvert, Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Montpellier (UM), Equipe labellisée Ligue contre le Cancer, Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Paris Cite, CNRS, Epigenet & Cell Fate UMR7216, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Dynamique Musculaire et Métabolisme (DMEM), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UMR 5504, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, BioCampus Montpellier (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Dept Biochem, Universidade Federal de Pernambuco [Recife] (UFPE), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre épigénétique et destin cellulaire (EDC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Université de Toulouse (UT), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), BioCampus (BCM), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Pyruvate decarboxylation, Pyruvate dehydrogenase lipoamide kinase isozyme 1, Pyruvate dehydrogenase kinase, Transcription, Genetic, e4f1, muscle, Ubiquitin-Protein Ligases, Muscle Fibers, Skeletal, pyruvate, Pyruvate Dehydrogenase Complex, Biology, Pyruvate dehydrogenase phosphatase, Models, Biological, 03 medical and health sciences, Pyruvic Acid, [SDV.MHEP.PHY]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], Animals, Dihydrolipoyl transacetylase, Mice, Knockout, endurance, Multidisciplinary, Base Sequence, Biological Sciences, Pyruvate dehydrogenase complex, Muscle, Striated, pdh, Pyruvate carboxylase, DNA-Binding Proteins, Mice, Inbred C57BL, Repressor Proteins, Phenotype, 030104 developmental biology, Biochemistry, Diet, Ketogenic, Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase complex, Transcription Factors
Abstract: The mitochondrial pyruvate dehydrogenase (PDH) complex (PDC) acts as a central metabolic node that mediates pyruvate oxidation and fuels the tricarboxylic acid cycle to meet energy demand. Here, we reveal another level of regulation of the pyruvate oxidation pathway in mammals implicating the E4 transcription factor 1 (E4F1). E4F1 controls a set of four genes [dihydrolipoamide acetlytransferase (Dlat), dihydrolipoyl dehydrogenase (Dld), mitochondrial pyruvate carrier 1 (Mpc1), and solute carrier family 25 member 19 (Slc25a19)] involved in pyruvate oxidation and reported to be individually mutated in human metabolic syndromes. E4F1 dysfunction results in 80% decrease of PDH activity and alterations of pyruvate metabolism. Genetic inactivation of murine E4f1 in striated muscles results in viable animals that show low muscle PDH activity, severe endurance defects, and chronic lactic acidemia, recapitulating some clinical symptoms described in PDC-deficient patients. These phenotypes were attenuated by pharmacological stimulation of PDH or by a ketogenic diet, two treatments used for PDH deficiencies. Taken together, these data identify E4F1 as a master regulator of the PDC.
Published: 2016

44. La gestion inclusive des forêts d'Afrique centrale. Passer de la participation au partage des pouvoirs

Author: Aubert, Sigrid, BUTTOUD, G., NGUINGUIRI, J.C., Bakouma, J., Karsenty, A., BUTTOUD, I., Lescuyer, G., Gestion des ressources renouvelables et environnement (UPR GREEN), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Dynamiques du droit (DD), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 1 (UM1), Département Environnements et Sociétés (Cirad-ES), Laboratoire d'Economie Forestière (LEF), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Forêts et Sociétés (UPR Forêts et Sociétés), Buttoud, G., Nguinguiri, J-C., (eds.), Gestion des ressources renouvelables et environnement (Cirad-Es-UPR 47 GREEN), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: D50 - Législation, Économie rurale, Gestion foncière durable, forêt tropicale, gestion des ressources naturelles, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, E14 - Économie et politique du développement, Développement forestier, K01 - Foresterie - Considérations générales, E50 - Sociologie rurale, Gouvernance, droit d'usage, Utilisation des terres, Communauté rurale, K10 - Production forestière, E11 - Économie et politique foncières, Réglementation forestière, foresterie communautaire, approches participatives, Gestion foncière, gestion forestière
Abstract: International audience; En Afrique centrale comme dans d'autres parties du monde, différentes formes d’inclusion des acteurs dans la gestion et la politique des forêts se sont développées au cours des vingt dernières années : les exemples de gestion communautaire et communale, et plus généralement d'une consultation des intéressés aux décisions concernant la forêt, se sont multipliés. Pourtant, en dépit de certains succès, les changements apportés par cette foresterie participative et communautaire restent la plupart du temps encore faibles. Le partenariat public-privé a peu avancé, et le droit des parties prenantes demeure encore mal assuré. Qu’on parle de gestion comme de politique, l’administration en charge des forêts reste le plus souvent la seule à prendre les décisions finales, avec ou sans participation des intéressés.Cet ouvrage collectif, fruit de la collaboration d'une trentaine de chercheurs et praticiens du développement forestier, s’attache à dresser un constat des forces et faiblesses de la gestion participative et communautaire des forêts d’Afrique centrale. Mobilisant leurs disciplines respectives pour construire ensemble un constat global, spécialistes de la gestion et de l’administration, économistes, sociologues, juristes et politologues vont au plus près du terrain, et en produisent une évaluation contrastée de la situation en Afrique centrale. Des pistes d’amélioration, en forme parfois de recommandations, constituent le résultat de cette analyse critique. Elles portent principalement sur une plus grande prise en compte des aspects fonciers, sur la nécessité de penser les formules d’inclusion en termes d’économie sociale, sur l’intérêt de considérer l’association des acteurs locaux en rapport avec la réforme du système des concessions, ainsi que sur un changement des modalités de décisions dans le cadre de plateformes multiacteurs regroupant l’État et les autres intérêts.
Published: 2016

45. Identification of a Tsal1(52-75) salivary synthetic peptide to monitor cattle exposure to tsetse flies

Author: Sylvie Cornelie, Zakaria Bengaly, Martin Bienvenu Somda, Franck Remoue, Bruno Bucheton, Antoine Sanon, Jeremy Bouyer, Anne Poinsignon, Françoise Mathieu-Daudé, Edith Demettre, Martial Séveno, Emilie Dama, Issa Sidibé, Université Polytechnique Nazi Boni Bobo-Dioulasso (UNB), Centre international de recherche-développement sur l'élevage en zone sub-humide (CIRDES), Vector Control Group (MIVEGEC-VCG), Evolution des Systèmes Vectoriels (ESV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Transmission-Interactions-Adaptations hôtes/vecteurs/pathogènes (MIVEGEC-TRIAD), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Interactions hôtes-vecteurs-parasites-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatides (UMR INTERTRYP), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Projet de Création de Zones Libérées Durablement de Tsé-tsé et de Trypanosomoses (PCZLD), Veterinary Services Department of the Ministry of Food and Agriculture, Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UFR/SVT, Laboratoire d’Entomologie Fondamentale et Appliquée (LEFA), Université Joseph Ki-Zerbo [Ouagadougou] (UJZK), French Ministry of Foreign Affairs (AIRES-Sud project), 'Institut de Recherche pour le Developpment' (IRD), International Atomic Energy Agency (IAEA), International Foundation for Science (IFS), 'Service de Cooperation et d'Action Culturelle' from the French Embassy in Burkina Faso, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université de Bordeaux (UB), Université de Ouagadougou, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus (BCM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Bordeaux (UB), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: éradication, Stomoxys, Ectoparasitic Infestations, livestock raising, Epitopes, 0302 clinical medicine, Indicateur biologique, synthetic peptide, bioinformatique, indirect elisa, immunoblotting, African Animal Trypanosomosis, L72 - Organismes nuisibles des animaux, Bétail, Tsetse Flies, Cattle Diseases, Glossina morsitans, tsetse flies, Microbiology, immunoblot analysis, Biodiversity and Ecology, 03 medical and health sciences, Surveillance épidémiologique, Salivary Proteins and Peptides, Test biologique, Linear epitope, Anopheles gambiae, 030104 developmental biology, Parasitology, Immunology, Biomarker of Exposure, Cattle, 0301 basic medicine, Saliva, Identification, glossina, Biodiversité et Ecologie, L73 - Maladies des animaux, biodiversité, antibody, Immunologie, Tabanidae, tsetse fly, 2. Zero hunger, Salive, Amblyomma variegatum, Infectious Diseases, Test ELISA, protéine, african animal trypanosomosis, Peptide, anticorps, biomarker of exposure, Trypanosoma, 030231 tropical medicine, Enzyme-Linked Immunosorbent Assay, Biology, betail, cattle, composition de la salive, Synthetic Peptide, Animals, technique elisa, Bovin, Research, Technique immunologique, Tsetse fly, mouche tsé tsé, biology.organism_classification, Immunoglobulin G, U30 - Méthodes de recherche, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, protein
Abstract: Background The saliva of tsetse flies contains a cocktail of bioactive molecules inducing specific antibody responses in hosts exposed to bites. We have previously shown that an indirect-ELISA test using whole salivary extracts from Glossina morsitans submorsitans was able to discriminate between (i) cattle from tsetse infested and tsetse free areas and (ii) animals experimentally exposed to low or high numbers of tsetse flies. In the present study, our aim was to identify specific salivary synthetic peptides that could be used to develop simple immunoassays to measure cattle exposure to tsetse flies. Methods In a first step, 2D-electrophoresis immunoblotting, using sera from animals exposed to a variety of bloodsucking arthropods, was performed to identify specific salivary proteins recognised in cattle exposed to tsetse bites. Linear epitope prediction software and Blast analysis were then used to design synthetic peptides within the identified salivary proteins. Finally, candidate peptides were tested by indirect-ELISA on serum samples from tsetse infested and tsetse free areas, and from exposure experiments. Results The combined immunoblotting and bioinformatics analyses led to the identification of five peptides carrying putative linear epitopes within two salivary proteins: the tsetse salivary gland protein 1 (Tsal1) and the Salivary Secreted Adenosine (SSA). Of these, two were synthesised and tested further based on the absence of sequence homology with other arthropods or pathogen species. IgG responses to the Tsal152–75 synthetic peptide were shown to be specific of tsetse exposure in both naturally and experimentally exposed hosts. Nevertheless, anti-Tsal152–75 IgG responses were absent in animals exposed to high tsetse biting rates. Conclusions These results suggest that Tsal152–75 specific antibodies represent a biomarker of low cattle exposure to tsetse fly. These results are discussed in the light of the other available tsetse saliva based-immunoassays and in the perspective of developing a simple serological tool for tsetse eradication campaigns to assess the tsetse free status or to detect tsetse reemergence in previously cleared areas. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s13071-016-1414-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2016

46. Metabolic engineering of astaxanthin biosynthesis in maize endosperm and characterization of a prototype high oil hybrid

Author: Gerhard Sandmann, Paul Christou, Sonia Hem, Changfu Zhu, Paul D. Fraser, Teresa Capell, Mathilde Decourcelle, Jürgen Breitenbach, Laura Perez-Fons, Gemma Farré, Department of Plant Production and Forestry Science, Universitat de Lleida, School of Biological Sciences, Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biosynthesis Group (Institute of Molecular Biosciences), Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA), Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Proteome, Biology, Xanthophylls, 01 natural sciences, Zea mays, Endosperm, Metabolic engineering, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Astaxanthin, Gene Expression Regulation, Plant, Genetics, Metabolomics, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Transcriptomics, Carotenoid, Amino acid synthesis, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, Phytoene synthase, GM maize, Plants, Genetically Modified, Carotenoids, Genetically engineered carotenoid biosynthesis, Citric acid cycle, 030104 developmental biology, chemistry, Biochemistry, Metabolic Engineering, Xanthophyll, biology.protein, Metabolome, Animal Science and Zoology, Agronomy and Crop Science, 010606 plant biology & botany, Biotechnology
Abstract: Maize was genetically engineered for the biosynthesis of the high value carotenoid astaxanthin in the kernel endosperm. Introduction of a β-carotene hydroxylase and a β-carotene ketolase into a white maize genetic background extended the carotenoid pathway to astaxanthin. Simultaneously, phytoene synthase, the controlling enzyme of carotenogenesis, was over-expressed for enhanced carotenoid production and lycopene ε-cyclase was knocked-down to direct more precursors into the β-branch of the extended ketocarotenoid pathway which ends with astaxanthin. This astaxanthin-accumulating transgenic line was crossed into a high oil- maize genotype in order to increase the storage capacity for lipophilic astaxanthin. The high oil astaxanthin hybrid was compared to its astaxanthin producing parent. We report an in depth metabolomic and proteomic analysis which revealed major up- or down- regulation of genes involved in primary metabolism. Specifically, amino acid biosynthesis and the citric acid cycle which compete with the synthesis or utilization of pyruvate and glyceraldehyde 3-phosphate, the precursors for carotenogenesis, were down-regulated. Nevertheless, principal component analysis demonstrated that this compositional change is within the range of the two wild type parents used to generate the high oil producing astaxanthin hybrid.
Published: 2016

47. Differential effects of lenalidomide during plasma cell differentiation

Author: Maïlys Cren, Jean-François Rossi, Michel Jourdan, Rajesh Chopra, Peter H. Schafer, Laure Vincent, Nicolas Robert, Jérôme Moreaux, Patrice Ceballos, Bernard Klein, Guillaume Cartron, Christophe Duperray, Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cellules souches normales et cancéreuses, Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Celgene Corporation, Département d'hématologie biologique[Montpellier], Université Montpellier 1 (UM1)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-CHU Saint-Eloi, Institut de recherche en biothérapie (IRB), Université Montpellier 1 (UM1)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Université Montpellier 1 (UM1), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université de Montpellier (UM), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: Neoplasm, Residual, plasma cell, [SDV]Life Sciences [q-bio], Plasma Cells, lenalidomide, Antineoplastic Agents, Plasma cell, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Plasma cell differentiation, medicine, Humans, Multiple myeloma, Cells, Cultured, Lenalidomide, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, business.industry, Hematopoietic Stem Cell Transplantation, Cell Differentiation, IKZF3, differentiation, medicine.disease, Pomalidomide, IKZF1, 3. Good health, Thalidomide, medicine.anatomical_structure, Oncology, 030220 oncology & carcinogenesis, Immunology, Bone marrow, business, Multiple Myeloma, 030215 immunology, medicine.drug, Research Paper
Abstract: International audience; Thalidomide, lenalidomide and pomalidomide have greatly improved the outcome of patients with multiple myeloma. However, their effects on plasma cells, the healthy counterpart of myeloma cells, are unknown. Here, we investigated lenalidomide effects on normal human plasma cell generation using an in vitro model. Lenalidomide inhibited the generation of pre-plasmablasts and early plasma cells, while it moderately affected plasmablast production. It also reduced the expression level of Ikaros, Aiolos, and IRF4 transcription factors, in plasmablasts and early plasma cells. This suggests that their differential sensitivity to lenalidomide is not due to a difference in Ikaros or Aiolos degradation. Lenalidomide also inhibited long-lived plasma cell generation, but did not impair their long-term survival once generated. This last observation is in agreement with the finding that lenalidomide treatment for 3-18 months did not affect the bone marrow healthy plasma cell count in allografted patients with multiple myeloma. Our findings should prompt to investigate whether lenalidomide resistance in patients with multiple myeloma could be associated with the emergence of malignant plasmablasts or long-lived plasma cells that are less sensitive to lenalidomide.
Published: 2016

48. Making Sense out of Antisense Transcription in Human T-Cell Lymphotropic Viruses (HTLVs)

Author: Benoit Barbeau, Jean-Michel Mesnard, Département des Sciences Biologiques [Montréal], Université du Québec à Montréal = University of Québec in Montréal (UQAM), Infections rétrovirales et signalisation cellulaire (IRSC), and Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Gene Expression Regulation, Viral, antisense transcription, Transcription, Genetic, viruses, LTR, lcsh:QR1-502, Review, CREB, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, Retrovirus, HBZ, Transcription (biology), Virology, Gene expression, Sense (molecular biology), Animals, Humans, RNA, Antisense, 030304 developmental biology, Human T-lymphotropic virus 1, 0303 health sciences, biology, 030302 biochemistry & molecular biology, HTLV, biology.organism_classification, chronic infection, HTLV-I Infections, Molecular biology, Long terminal repeat, 3. Good health, Antisense RNA, Infectious Diseases, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, biology.protein, RNA, Viral
Abstract: International audience; Retroviral gene expression generally depends on a full-length transcript that initiates in the 5'long terminal repeat (LTR), which is eitherunspliced or alternatively spliced. We and others have demonstrated the existence of an antisense transcript initiating in the 3'LTR of the Human T-cell Leukemia Virus type 1 (HTLV-1) that isinvolved in the production of HBZ (HTLV-1 basic leucine zipper (bZIP) factor). HBZ is a Fos-like factorcapable of inhibiting Tax-mediated activation of the HTLV-1 LTRby interacting with the cellular transcription factor cAMP-response element-binding protein (CREB) and the pleiotropic cellular coactivators p300/CBP. HBZ can also activate cellular transcriptionthrough its interaction with p300/CBP. Interestingly, HBZ has also been found to promote T-lymphocyte proliferation.By down-regulating viral expression and by stimulating T-cell proliferation, HBZ could be essential inthe establishment of a chronic infection. Antisense transcription also occurs in the closely related HTLV-2 retrovirus as well as in the recently discovered HTLV-3 and HTLV-4. These antisense transcripts are also involved in the production of retroviral proteinsthat we have termedAntisenseProtein of HTLVs (APH). Like HBZ, the APH proteinsarelocalized in the nucleus of transfected cells andrepress Tax-mediated viral transcription.
Published: 2011

49. Diversity and evolution of methods and practices for the molecular diagnosis of congenital toxoplasmosis in France: a 4-year survey

Author: Sterkers, Y., Varlet-Marie, E., Marty, P., Bastien, P., Toxoplasma-Pcr Quality Control Group, Anofel, Biologie, Génétique et Pathologie des Pathogènes Eucaryotes (MIVEGEC-BioGEPPE), Pathogènes, Environnement, Santé Humaine (EPATH), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Nice, Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Neuroépidémiologie Tropicale et Comparée (NETEC), Université de Limoges (UNILIM)-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-Université Côte d'Azur (UCA), and Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])
Subjects: Molecular Diagnostic Method, MESH: Molecular Diagnostic Techniques, molecular methods, Polymerase Chain Reaction, Toxoplasmosis, Congenital, MESH: Pregnancy, 0302 clinical medicine, Pregnancy, Surveys and Questionnaires, Diagnosis, Medicine, 030212 general & internal medicine, 0303 health sciences, General Medicine, Congenital toxoplasmosis, 3. Good health, PCR, Infectious Diseases, Molecular Diagnostic Techniques, Female, France, toxoplasmosis, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, MEDLINE, MESH: Parasitology, Prenatal diagnosis, MESH: Patient Care, 03 medical and health sciences, External quality assessment, Humans, National level, MESH: Humans, 030306 microbiology, business.industry, MESH: Questionnaires, MESH: Polymerase Chain Reaction, external quality assessment, MESH: Toxoplasmosis, Congenital, medicine.disease, Toxoplasmosis, Surgery, MESH: France, Family medicine, Parasitology, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Patient Care, business, MESH: Female, Diversity (business)
Abstract: International audience; The prenatal diagnosis of congenital toxoplasmosis is currently based upon molecular biology using a sample of amniotic fluid. The vast majority of centres globally (and all centres in France) performing this diagnosis use 'in house' or laboratory-developed PCR assays. This may be the source of considerable inter-laboratory variation in the performances of the assays, hampering any valuable comparison of data among different centres. The present study was based upon questionnaires that were sent to 21-25 centres between 2002 and 2005 enquiring about methods and practices of the PCR-based prenatal diagnosis of congenital toxoplasmosis. An extreme diversity of PCR methods and practices was observed. Thus, in 2005, 35 PCR methods, differing in one of the main steps of the whole process, were reported as being in use for routine diagnosis, with nine centres using two or three methods. We provide comprehensive information on the extraction methods, DNA targets, primer pairs and detection methods used for this diagnosis, as well as their evolution, during the period of study. Interestingly, in this period (2002-2005), a rapid progression of the number of laboratories using real-time PCR technology, which increased from four to 19, was observed. We also studied general PCR practices concerning, for example, the number of reaction tubes used for each biological sample and the inclusion of controls. The return of information in a yearly report provided the opportunity for writing proposals aiming to improve laboratory practices for this diagnosis at the national level. The high diversity of methods and practices currently used emphasizes the need for external quality assessment of the performances of the molecular diagnostic methods.
Published: 2010
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50. Nano-scale control of cellular environment to drive embryonic stem cells selfrenewal and fate

Author: Marianne Louis-Tisserand, Nassrine Lablack, Catherine Picart, Claire Nicolas, Guillaume Blin, Michel Pucéat, Avenir Team stem cell and cardiogenesis, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Dynamique des interactions membranaires normales et pathologiques (DIMNP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Montpellier 1 (UM1), Laboratoire des matériaux et du génie physique (LMGP ), Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IMBM, Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Dynamique des interactions membranaires normales et pathologiques (DIMNP), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Montpellier 1 (UM1)
Subjects: Cellular differentiation, Rex1, Biophysics, Biocompatible Materials, Bioengineering, 02 engineering and technology, Embryoid body, Biology, Biomaterials, Mice, 03 medical and health sciences, Cell Adhesion, medicine, Animals, Cell Lineage, Polylysine, Polyelectrolytes multilayers film, Hyaluronic Acid, Cell potency, Embryonic Stem Cells, Cell niche, reproductive and urinary physiology, Cell Proliferation, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Stem cell, Epiblast, Cell Differentiation, Nanofilm, 021001 nanoscience & nanotechnology, Embryonic stem cell, ICM, Nanostructures, Cell biology, Cross-Linking Reagents, medicine.anatomical_structure, Mechanics of Materials, embryonic structures, Ceramics and Composites, Endoderm, 0210 nano-technology
Abstract: International audience; Embryonic stem cells (ESC) are pluripotent cells capable to give rise to any embryonic cell lineage. In culture, these cells form colonies creating their own niche. Depending upon the molecular and physico-chemical environment, the pluripotent cells oscillate between two metastable states of pluripotency either reminiscent of the inner cell mass of the embryo or the epiblast, a stage of development which give rise to the three embryonic layers, ectoderm, endoderm and mesoderm. Herein, we used PLL/HA nanofilms cross-linked to various degrees to modulate the nanoenvironment of ESCs. Adhesion of ESC on nanofilms increased from native films to highly cross-linked films. The adhesion process was associated with cell proliferation. Expression of genes markers of the ICM decreased with adhesion of cells to cross-linked films. In parallel, genes more reminiscent of the epiblast, were turned on. ESC differentiation within embryoid bodies further revealed that cell pluripotency was better retained when cells did not adhere on native films. We further report that both the stiffness and the chemistry of nanofilms play a key role in modulating the niche of ESC and in turn govern their selfrenewal and fate.
Published: 2010

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