Author: "Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM)" - Searchworks@Jio Institute Digital Library Search Results

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1. Calcein+/PI- as an early apoptotic feature in Leishmania

Author: Louise Basmaciyan, Magali Casanova, Nadine Azas, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), and Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM )
Subjects: 0301 basic medicine, Cell Membranes, lcsh:Medicine, Apoptosis, DNA fragmentation, Pathology and Laboratory Medicine, Biochemistry, chemistry.chemical_compound, Fluorescence Microscopy, Annexin, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Medicine and Health Sciences, lcsh:Science, Caspase, Protozoans, Leishmania, Staining, Microscopy, Multidisciplinary, medicine.diagnostic_test, biology, Cell Death, Donovani promastigotes, Eukaryota, Light Microscopy, Cell Staining, Flow Cytometry, Fluoresceins, 3. Good health, Cell biology, Nucleic acids, Annexin-v, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Cell Processes, Cellular Structures and Organelles, Research Article, Programmed cell death, Imaging Techniques, 030106 microbiology, Research and Analysis Methods, Flow cytometry, 03 medical and health sciences, Necrosis, Signs and Symptoms, Diagnostic Medicine, parasitic diseases, Fluorescence Imaging, medicine, Genetics, In Situ Nick-End Labeling, Animals, Propidium iodide, Fluorescent Dyes, Markers, lcsh:R, Organisms, Biology and Life Sciences, Cell Biology, DNA, biology.organism_classification, Parasitic Protozoans, AM, 030104 developmental biology, chemistry, Specimen Preparation and Treatment, biology.protein, lcsh:Q, Therapy, Cell-death
Abstract: International audience; Although leishmaniases are responsible for high morbidity and mortality all over the world, no really satisfying treatment exists. Furthermore, the corresponding parasite Leishmania undergoes a very characteristic form of programmed cell death. Indeed, different stimuli can induce morphological and biochemical apoptotic-like features. However, the key proteins involved in mammal apoptosis, such as caspases and death receptors, are not encoded in the genome of this parasite. Currently, little is known about Leishmania apoptosis, notably owing to the lack of specific tools for programmed cell death analysis in these parasites. Furthermore, there is a need for a better understanding of Leishmania programmed cell death in order (i) to better understand the role of apoptosis in unicellular organisms, (ii) to better understand apoptosis in general through the study of an ancestral eukaryote, and (iii) to identify new therapeutic targets against leishmaniases. To advance understanding of apoptosis in Leishmania, in this study we developed a new tool based on the quantification of calcein and propidium iodide by flow cytometry. This double labeling can be employed to distinguish early apoptosis, late apoptosis and necrosis in Leishmania live cells with a very simple and rapid assay. This paper should, therefore, be of interest for people working on Leishmania and related parasites.
Published: 2017

2. Quantification des Brettanomyces par qPCR

Author: Longin, Cédric, Julliat, Frédérique, Serpaggi, Virginie, Maupeu, Julie, Bourbon, Geoffrey, Rousseaux, Sandrine, Guilloux-Benatier, Michèle, Alexandre, Hervé, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Inter-Rhône [Interprofession des Vins AOC Côtes du Rhône et Vallée du Rhône], LEB Aquitaine Transfert-ADERA, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and université de Bourgogne, PAM
Subjects: Laboratoire, kits commerciaux, PCR quantitative, Vin rouge, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Extraction d'ADN, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Bordeaux, Côtes-du-Rhône, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Brettanomycesbruxellensis, Bourgogne, Fiabilité, Répétabilité, Reproductibilité
Abstract: International audience; Brettanomyces bruxellensis est une levure d’altération du vin avec de faibles besoins nutritionnels, résistante à l’éthanol et aux faibles pH, lui permettant une implantation en vin durant ou après la fermentation alcoolique (Conterno et al., 2006). B. bruxellensis est capable de produire des phénols volatils (éthyl-4-phénol, éthyl-4-gaïacol et éthyl-4-catéchol) (Oelofse et al., 2008). Ces molécules volatiles odorantes amènent un caractère phénolé et animal au vin connu sous le nom de « caractère Brett ». D’autres molécules (2-acétyltétrahydropyridine et 2-éthyltétrahydropyridine) produites par B. bruxellensis sont également responsables d’une déviation organoleptique appelée communément « goût de souris ».La détection et la quantification de cette levure sont donc nécessaires afin d’éviter l’altération du vin. L’isolement de cette levure sur milieu gélosé est utilisé en routine par les laboratoires spécialisés en œnologie. Cette méthode nécessite un temps d’incubation très long (> 7 jours) mais ne permet pas la quantification des cellules viables non cultivables. Des cultures en milieu liquide contenant les précurseurs des phénols volatils sont parfois effectuées afin de déterminer si les vins testés contiennent ou non B. bruxellensis. L’apparition de l’odeur « Brett » plus ou moins rapide permet d’avoir une estimation sur la quantité de cellules présentes. La cytométrie en flux est également un outil utilisé par les laboratoires afin de quantifier de manière spécifique B. bruxellensis : sonde spécifique fluorescente (Serpaggi et al., 2010), anticorps. En France comme à l’étranger, la principale méthode moléculaire utilisée est la PCR quantitative (qPCR). De nombreuses études portant sur cette dernière ont permis le développement de kits commerciaux afin de dénombrer spécifiquement B. bruxellensis dans le vin. Cependant, aucune étude n’a été effectuée sur la fiabilité, la répétabilité et la reproductibilité de ces kits.C’est pourquoi, dans cette étude, nous avons comparé les résultats obtenus en utilisant trois kits qPCR commerciaux permettant d’extraire l’ADN des cellules et de quantifier B. bruxellensis en vin rouge. Les analyses ont été effectuées par trois laboratoires sélectionnés, spécialisés en analyses œnologiques et sur trois vins rouges élaborés dans 3 régions différentes.
Published: 2017

3. Metschnikowia pulcherrima Influences the Expression of Genes Involved in PDH Bypass and Glyceropyruvic Fermentation in Saccharomyces cerevisiae

Author: Sadoudi, Mohand, Rousseaux, Sandrine, David, Vanessa, Alexandre, Hervé, Tourdot-Maréchal, Raphaëlle, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Regional Council of Burgundy, SPINDAL-AEB group, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Glycerol, Acetaldehyde dehydrogenase, Molecular-cloning, Mixed cultures, Aldehyde dehydrogenases, lcsh:QR1-502, Oenococcus-oeni, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, food and beverages, Quantitative RT-PCR, Acetic-acid, Sequential culture Metschnikowia pulcherrima/Saccharomyces cerevisiae, Acetic acid, Yeast pyruvate decarboxylase, Microbiology, lcsh:Microbiology, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Volatile acidity, Wine fermentation, Alcoholic fermentation, Original Research
Abstract: International audience; Previous studies reported that the use of Metschnikowia pulcherrima in sequential culture fermentation with Saccharomyces cerevisiae mainly induced a reduction of volatile acidity in wine. The impact of the presence of this yeast on the metabolic pathway involved in pyruvate dehydrogenase (PDH) bypass and glycerol production in S. cerevisiae has never been investigated. In this work, we compared acetic acid and glycerol production kinetics between pure S. cerevisiae culture and its sequential culture with M. pulcherrima during alcoholic fermentation. In parallel, the expression levels of the principal genes involved in PDH bypass and glyceropyruvic fermentation in S. cerevisiae were investigated. A sequential culture of M. pulcherrima/S. cerevisiae at an inoculation ratio of 10: 1 produced 40% less acetic acid than pure S. cerevisiae culture and led to the enhancement of glycerol content (12% higher). High expression levels of pyruvate decarboxylase PDC1 and PDC5, acetaldehyde dehydrogenase ALD6, alcohol dehydrogenase ADH1 and glycerol-3-phosphate dehydrogenase PDC1 genes during the first 3 days of fermentation in sequential culture conditions are highlighted. Despite the complexity of correlating gene expression levels to acetic acid formation kinetics, we demonstrate that the acetic acid production pathway is altered by sequential culture conditions. Moreover, we show for the first time that the entire acetic acid and glycerol metabolic pathway can be modulated in S. cerevisiae by the presence of M. pulcherrima at the beginning of fermentation.
Published: 2017

4. L’efficacité du sulfite sur Brettanomyces bruxellensis dépend de la population présente

Author: Longin , Cédric, Degueurce , Claudine, Julliat , Frédérique, Guilloux-Benatier , Michèle, Rousseaux , Sandrine, Alexandre , Hervé, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), and université de Bourgogne, PAM
Subjects: Population cultivable, Sulfite, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Vin rouge, Brettanomyces, Levure, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Population viable, bruxellensis
Abstract: International audience; Brettanomyces bruxellensis est une levure d’altération du vin avec de faibles besoins nutritionnels, résistante à l’éthanol et aux faibles pH, lui permettant une implantation en vin durant ou après la fermentation alcoolique (Conterno et al., 2006). B. bruxellensis est capable de produire des phénols volatils (éthyl-4-phénol, éthyl-4-gaïacol et éthyl-4-catéchol) (Oelofse et al., 2008). Ces molécules volatiles odorantes amènent un caractère phénolé et animal au vin connu sous le nom de « caractère Brett ». D’autres molécules (2-acetyltetrahydropyridine and 2-ethyltetrahydropyridine) produites par B. bruxellensis sont également responsables d’une déviation organoleptique appelée communément « goût de souris ». C’est pourquoi, différents traitements sont disponibles pour prévenir les contaminations par B. bruxellensis. Le sulfite reste le principal adjuvant utilisé pour éviter le développement de B. bruxellensis. Cependant, l’évaluation de l’efficacité du sulfite est complexe car cette levure peut être plus ou moins tolérante à ce traitement et l’efficacité est connue pour être souche dépendante (Barata et al., 2008).
Published: 2017

5. Wine microbiology is driven by vineyard and winery anthropogenic factors

Author: Michèle Guilloux-Benatier, Chloé Roullier-Gall, Cédric Grangeteau, Philippe Schmitt-Kopplin, Sandrine Rousseaux, Hervé Alexandre, Régis D. Gougeon, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Research Unit Analytical BioGeoChemistry ( BGC ), Helmholtz-Zentrum München ( HZM ), Chair of Analytical Food Chemistry, Technische Universität München [München] ( TUM ), Procédés Alimentaires et Physico-Chimie ( PAPC ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Regional Council of Burgundy, Interprofessional Office of Burgundy, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Research Unit Analytical BioGeoChemistry (BGC), Helmholtz-Zentrum München (HZM), Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM), Procédés Alimentaires et Physico-Chimie (PAPC), and Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0301 basic medicine, Grape berries, Farms, Fungicide treatments, 030106 microbiology, Population, Biodiversity, Non-saccharomyces, Bioengineering, Kloeckera-apiculata, Ethanol fermentation, Biology, Phenolic content, Applied Microbiology and Biotechnology, Biochemistry, Vineyard, Microbiology, 03 medical and health sciences, Anti-Infective Agents, Antioxidant activity, Yeast population-dynamics, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Botrytis-cinerea, Sulfur Dioxide, Vitis, education, Research Articles, Phytosanitary certification, Wine, education.field_of_study, Fungi, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, food and beverages, Agriculture, Biota, Sulfur-dioxide, Winery, 030104 developmental biology, Fermentation, Research Article, Biotechnology
Abstract: International audience; The effects of different anthropic activities (vineyard: phytosanitary protection; winery: pressing and sulfiting) on the fungal populations of grape berries were studied. The global diversity of fungal populations (moulds and yeasts) was performed by pyrosequencing. The anthropic activities studied modified fungal diversity. Thus, a decrease in biodiversity was measured for three successive vintages for the grapes of the plot cultivated with Organic protection compared to plots treated with Conventional and Ecophyto protections. The fungal populations were then considerably modified by the pressing-clarification step. The addition of sulfur dioxide also modified population dynamics and favoured the domination of the species Saccharomyces cerevisiae during fermentation. The non-targeted chemical analysis of musts and wines by FT-ICR-MS showed that the wines could be discriminated at the end of alcoholic fermentation as a function of adding SO2 or not, but also and above all as a function of phytosanitary protection, regardless of whether these fermentations took place in the presence of SO2 or not. Thus, the existence of signatures in wines of chemical diversity and microbiology linked to vineyard protection has been highlighted.
Published: 2017

6. Origines des levures Saccharomyces et non-Saccharomyces présentes dans le moût : Vignoble ou cuverie ?

Author: Rousseaux, Sandrine, Grangeteau, Cédric, Gerhards, Daniel, von Wallbrunn, Christian, Alexandre, Hervé, Guilloux-Benatier, Michèle, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie (IMB), Hochschule Geisenheim University, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie ( IMB ), and université de Bourgogne, PAM
Subjects: Laboratoire, Moût, Levures Saccharomyces, Fermentation, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Souches de levure, Levures non-Saccharomyces, Saccharomyces cerevisiae, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Cuverie
Abstract: International audience; Les levures de l’espèce Saccharomyces cerevisiae ont longtemps été considérées comme les seules responsables du processus de fermentation. On sait aujourd’hui que différentes espèces de levures Saccharomyces et non-Saccharomyces (NS) sont présentes dans les moûts et qu’un certain nombre d’entre elles participe à la fermentation alcoolique (FA). Bien qu’il soit aujourd’hui largement admis que les principales sources de levures dans le moût de raisin sont les baies de raisin et le matériel de vinification (Fleet et Heard, 1993 ; Mortimer et Polsinelli, 1999) (figure 1), la part apportée par chacune de ces deux sources est encore mal définie. De plus, d’autres sources potentielles comme l’air, les insectes ou le vinificateur lui-même ont été pour le moment peu ou pas étudiées.
Published: 2017

7. Evaluation of three Brettanomyces qPCR commercial kits: results from an interlaboratory study

Author: LONGIN, Cedric, JULLIAT, Frederique, SERPAGGI, Virginie, MAUPEU, Julie, BOURBON, Geoffrey, ROUSSEAUX, Sandrine, GUILLOUX-BENATIER, Michele, ALEXANDRE, Herve, Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Inter-Rhône [Interprofession des Vins AOC Côtes du Rhône et Vallée du Rhône], Unité de Recherche Oenologie [Villenave d'Ornon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Regional Council of Burgundy, Interprofessional Office of Burgundy Wines E110CVPARI, FranceAgriMer (GNBrett project) 7120164497, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bordeaux ( UB ) -Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), and Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC )
Subjects: Identification, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Dekkera-bruxellensis, lcsh:S, Volatile phenols, food and beverages, Ribosomal-rna, commercial kits, red wine, lcsh:QK1-989, Gradient gel-electrophoresis, lcsh:Agriculture, Brettanomyces bruxellensis, Sp yeasts, Quantification, lcsh:Botany, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, quantitative PCR, rettanomyces bruxellensis, Time pcr assay, DNA extraction
Abstract: International audience; Aim: Brettanomyces bruxellensis is well adapted to high ethanol concentrations and low pH which allows it to develop in difficult environments, such as wine. B. bruxellensis is mainly found in red wine and is regarded as a spoilage yeast due to its production of ethylphenols and other compounds responsible for organoleptic defects. The detection and quantification of this yeast is essential to preventing wine spoilage. Several specific detection and quantification kits based on real time quantitative PCR (qPCR) are commercially available. Although these kits are frequently used by private enological and research laboratories, no scientific reports on the reliability and performance of these kits, including interlaboratory and interassay comparisons, have been published. The aim of this work was to compare commercially available kits for the quantification of B. bruxellensis in red wine to classical method (plate counting on selective medium) in an interlaboratory study.Methods and results: Three different commercial kits were tested on three different wines from Bordeaux, Cotes du Rhone, and Burgundy inoculated with B. bruxellensis at four different concentrations. Five naturally contaminated wines from different French wine regions were also tested. Our results suggest that all the kits tested probably over or underestimate the quantity of B. bruxellensis in red wine and, under specific conditions, give false positives.Conclusion: Quantification may be very heterogeneous depending on the wine, laboratory, or population level. Underestimations or false negative results may have serious consequences for winemakers. Overestimation may be partly due to the quantification of dead cells by qPCR.Significance and impact of the study: This study highlights that quantification of B. bruxellensis in red wine using commercial kits requires a high level of expertise in molecular biology. We recommend that all users use a microbiological internal control to validate DNA extraction yield.
Published: 2016

8. Is It Time to Include CT 'Reverse Halo Sign' and qPCR Targeting Mucorales in Serum to EORTC-MSG Criteria for the Diagnosis of Pulmonary Mucormycosis in Leukemia Patients ?

Author: Laurence Million, Denis Caillot, Marie Lorraine Chretien, Frédéric Dalle, Ingrid Lafon, Alexandre Payssot, Louise Basmaciyan, Stéphane Valot, Marc Sautour, Caroline Legouge, Service d'Hématologie Clinique (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), Laboratoire d'Excellence : Lipoprotéines et Santé : prévention et Traitement des maladies Inflammatoires et du Cancer (LabEx LipSTIC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École pratique des hautes études (EPHE)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] (EFS [Bourgogne-France-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service de parasitologie et mycologie [CHU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-Université de Montpellier (UM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Laboratoire d'Excellence : Lipoprotéines et Santé : prévention et Traitement des maladies Inflammatoires et du Cancer ( LabEx LipSTIC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ) -Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc ( CRLCC - CGFL ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] ( EFS [Bourgogne-France-Comté] ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Montpellier (UM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Mucorales, Pathology, medicine.medical_specialty, 030106 microbiology, Computed tomography, law.invention, Reversed halo sign, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, law, Quantitative polymerase chain reaction, medicine, 030212 general & internal medicine, Pulmonary mucormycosis, Halo sign, Polymerase chain reaction, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Leukemia, biology, medicine.diagnostic_test, business.industry, Brief Report, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, biology.organism_classification, medicine.disease, Early diagnosis, 3. Good health, Infectious Diseases, Real-time polymerase chain reaction, Oncology, medicine.symptom, Erratum, business
Abstract: In 23 leukemia patients with proven (n = 17) or possible (n = 6) pulmonary mucormycosis (PM), the presence of reversed halo sign on computed tomography was strongly associated with the positivity of quantitative polymerase chain reaction assays targeting Mucorales in the serum, confirming the value of these two tools for the diagnosis of PM in this setting.
Published: 2016

9. Multi-criteria framework as an innovative tradeoff approach to determine the shelf-life of high pressure-treated poultry

Author: Jeanne-Marie Membré, R. Chéret, V. Anthoine, Hélène Simonin, Marion Lerasle, Sandrine Guillou, Michel Federighi, Sécurité des Aliments (SECALIM), Ecole Nationale Vétérinaire de Nantes-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, UMR 1014 SECurité des ALIments et Microbiologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Centre Technique de la Conservation des Produits Agricole, Site Agroparc (CTCPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Nantes, Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Département Microbiologie et Chaîne Alimentaire (MICA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-SECurité des ALIments et Microbiologie (SECALIM), L'Université Nantes Angers Le Mans ( LUNAM ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Microbiologie et Chaîne Alimentaire ( MICA ) -Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique ( ONIRIS ) -SECurité des ALIments et Microbiologie ( SECALIM ), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques ( PMB ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), and Centre Technique de la Conservation des Produits Agricole, Site Agroparc ( CTCPA )
Subjects: 0301 basic medicine, Organoleptic, Hydrostatic pressure, Sodium lactate, Escherichia-coli, Poultry, lLsteria-monocytogenes, Inactivation, chemistry.chemical_compound, Salmonella, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Food science, Cooking, Poultry Products, Potassium lactate, Mathematics, 2. Zero hunger, High hydrostatic-pressure, Poultry product, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Risk-risk trade-off, Lactate, Food hygiene, Food safety, Sensorial quality, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, 040401 food science, Meat Products, Cured beef carpaccio, Taste, In-ground beef, Meat-products, 030106 microbiology, Shelf life, Microbiology, 03 medical and health sciences, 0404 agricultural biotechnology, Chicken meat, Food Preservation, Escherichia coli, Hydrostatic Pressure, Food microbiology, Animals, Humans, Exposure assessment, business.industry, Different temperatures, Listeria monocytogenes, chemistry, Food Storage, Consumer Product Safety, business, Food Science
Abstract: International audience; A multi-criteria framework combining safety, hygiene and sensorial quality was developed to investigate the possibility of extending the shelf-life and/or removing lactate by applying High Hydrostatic Pressure (HHP) in a ready-to-cook (RTC) poultry product. For this purpose, Salmonella and Listeria monocytogenes were considered as safety indicators and Escherichia coli as hygienic indicator. Predictive modeling was used to determine the influence of HHP and lactate concentration on microbial growth and survival of these indicators. To that end, probabilistic assessment exposure models developed in a previous study (Lerasle, M., Guillou, S., Simonin, H., Anthoine, V., Cheret, It, Federighi, M., Membre, J.M. 2014. Assessment of Salmonella and L. monocytogenes level in ready-to-cook poultry meat: Effect of various high pressure treatments and potassium lactate concentrations. International Journal of Food Microbiology 186, 74-83) were used for L. monocytogenes and Salmonella. Besides, for E. coli; an exposure assessment model was built by modeling data from challenge-test experiments. Finally, sensory tests and color measurements were performed to evaluate the effect of HHP on the organoleptic quality of an RTC product. Quantitative rules of derision based on safety, hygienic and organoleptic criteria were set. Hygienic and safety criteria were associated with probability to exceed maximum contamination levels of L. monocytogenes, Salmonella and E. coli at the end of the shelf-life whereas organoleptic criteria corresponded to absence of statistical difference between pressurized and unpressurized products. A tradeoff between safety and hygienic risk, color and taste, was then applied to define process and formulation enabling shelf-life extension. In the resulting operating window, one condition was experimentally assayed on naturally contaminated RTC products to validate the multi-criteria approach. As a conclusion, the framework was validated; it was possible to extend the shelf-life of an RTC poultry product containing 1.8% (w/w) lactate by one week, despite slight color alteration. This approach could be profitably implemented by food processors as a decision support tool for shelf-life determination.
Published: 2016

10. Rapid non-invasive quality control of semi-finished products for the food industry by direct injection mass spectrometry headspace analysis: the case of milk powder, whey powder and anhydrous milk fat

Author: Makhoul, S., Yener, S., Khomenko, I., Capozzi, V., Cappellin, L., Aprea, E., Scampicchio, M., Gasperi, F., Biasioli, F., Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Department of Chemistry [Balamand], University of Balamand - UOB (LIBAN), Centro Ricerca e Innovazione - Research and Innovation Centre [FEM - Italie], Fondazione Edmund Mach - Edmund Mach Foundation [Italie] ( FEM ), Institut für Ionenphysik und Angewandte Physik - Institute for Ion Physics and Applied Physics [Innsbruck], Leopold Franzens Universität Innsbruck - University of Innsbruck, Free University of Bozen-Bolzano, FIRS>T doctoral school of Fondazione Edmund Mach, European Project : 287382,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2011-ITN,PIMMS ( 2012 ), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), University of Balamand [Liban] (UOB), Fondazione Edmund Mach - Edmund Mach Foundation [Italie] (FEM), and European Project: 287382,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2011-ITN,PIMMS(2012)
Subjects: Component, Settore CHIM/01 - CHIMICA ANALITICA, Whole, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, VOCs, whey powder, Gas-chromatography, Storage, anhydrous milk fat, Flavor stability, PTR-MS, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Volatile organic-compounds, milk powder, Profile, Online, PTR-ToF-MS, Partition
Abstract: International audience; In this study, we demonstrated the suitability of direct injection mass spectrometry headspace analysis for rapid non-invasive quality control of semi-finished dairy ingredients, such as skim milk powder (SMP), whole milk powder (WMP), whey powder (WP) and anhydrous milk fat (AMF), which are widely used as ingredients in the food industry. In this work, for the first time, we applied proton transfer reaction-mass spectrometry (PTR-MS) with a time-of-flight (ToF) analyzer for the rapid and non-invasive analysis of volatile compounds in different samples of SMP, WMP, WP and AMF. We selected different dairy ingredients in various concrete situations (e.g. same producer and different expiration times, different producers and same days of storage, different producers) based on their sensory evaluation. PTR-ToF-MS allowed the separation and characterization of different samples based on the volatile organic compound (VOC) profiles. Statistically significant differences in VOC content were generally coherent with differences in sensory evaluation, particularly for SMP, WMP and WP. The good separation of SMP samples from WMP samples suggested the possible application of PTR-ToF-MS to detect possible cases of adulteration of dairy ingredients for the food industry. Our findings demonstrate the efficient and rapid differentiation of dairy ingredients on the basis of the released VOCs via PTR-ToF-MS analysis and suggest this method as a versatile tool (1) for the facilitation/optimization of the selection of dairy ingredients in the food industry and (2) and for the prompt innovation in the production of dairy ingredients
Published: 2016

11. Design and Performance Testing of a DNA Extraction Assay for Sensitive and Reliable Quantification of Acetic Acid Bacteria Directly in Red Wine Using Real Time PCR

Author: Cédric Longin, Hervé Alexandre, Michèle Guilloux-Benatier, Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Polyvinylpolypyrrolidone, 030106 microbiology, Population, Food spoilage, lcsh:QR1-502, Biology, Microbiology, lcsh:Microbiology, Matrix (chemical analysis), 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, education, Acetic acid bacteria, DNA extraction, Original Research, Wine, education.field_of_study, Chromatography, Red wine, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, biology.organism_classification, 3. Good health, Microbiological internal control, Real time PCR, Real-time polymerase chain reaction, chemistry, Biochemistry
Abstract: International audience; Although strategies exist to prevent AAB contamination, the increased interest for wines with low sulfite addition leads to greater AAB spoilage. Hence, there is a real need for a rapid, specific, sensitive, and reliable method for detecting these spoilage bacteria. All these requirements are met by real time Polymerase Chain Reaction (or quantitative PCR; qPCR). Here, we compare existing methods of isolating DNA and their adaptation to a red wine matrix. Two different protocols for isolating DNA and three PCR mix compositions were tested to select the best method. The addition of insoluble polyvinylpolypyrrolidone (PVPP) at 1% (v/v) during DNA extraction using a protocol succeeded in eliminating PCR inhibitors from red wine. We developed a bacterial internal control which was efficient in avoiding false negative results due to decreases in the efficiency of DNA isolation and/or amplification. The specificity, linearity, repeatability, and reproducibility of the method were evaluated. A standard curve was established for the enumeration of AAB inoculated into red wines. The limit of quantification in red wine was 3.7 log AAB/mL and about 2.8 log AAB/mL when the volume of the samples was increased from 1 to 10 mL. Thus, the DNA extraction method developed in this paper allows sensitive and reliable AAB quantification without underestimation thanks to the presence of an internal control. Moreover, monitoring of both the AAB population and the amount of acetic acid in ethanol medium and red wine highlighted that a minimum about 6.0 log cells/mL of AAB is needed to significantly increase the production of acetic acid leading to spoilage.
Published: 2016

12. A Peptidoglycan-Remodeling Enzyme Is Critical for Bacteroid Differentiation in Bradyrhizobium spp. During Legume Symbiosis

Author: Daniel Gargani, Djamel Gully, Clémence Chaintreuil, Peter Mergaert, Katia Bonaldi, Joël Fardoux, Cédric Grangeteau, Roberta Marchetti, Eric Giraud, Nico Nouwen, Antonio Molinaro, Phuong Nguyen, Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Center for Chronobiology, Division of Biological Sciences, University of California [San Diego] (UC San Diego), University of California-University of California, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Dipartimento di Scienze Chimiche, Complesso Universitario Monte Sant'Angelo, Università di Napoli Federico II, Intéractions Plantes-Bactéries (PBI), Département Microbiologie (Dpt Microbio), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-13-BSV7-0013,BugsInACell,Accommodation intracellulaire des bactéries symbiotiques fixatrices d'azote(2013), University of California (UC)-University of California (UC), University of Naples Federico II = Università degli studi di Napoli Federico II, Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes ( LSTM ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite ( BGPI ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), University of California [San Diego] ( UC San Diego ), Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Intéractions Plantes-Bactéries ( PBI ), Département Microbiologie ( Dpt Microbio ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Gully, Djamel, Gargani, Daniel, Bonaldi, Katia, Grangeteau, Cédric, Chaintreuil, Clémence, Fardoux, Joël, Nguyen, Phuong, Marchetti, Roberta, Nouwen, Nico, Molinaro, Antonio, Mergaert, Peter, and Giraud, Eric
Subjects: 0301 basic medicine, Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Mutant, nodosité racinaire, chemistry.chemical_compound, Bacteroides, Bradyrhizobium, Photosynthesis, Photosynthèse, Différenciation cellulaire, 2. Zero hunger, food and beverages, Fabaceae, General Medicine, Polyploïdie, Code génétique, Rhizobium, Symbiosi, F60 - Physiologie et biochimie végétale, Symbiose, Bacterial Protein, Peptidoglycan, Biology, Microbiology, 03 medical and health sciences, Photosynthesi, Bacterial Proteins, Symbiosis, Peptidase, Binding Sites, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Binding Site, P34 - Biologie du sol, Aeschynomene, Gene Expression Regulation, Bacterial, biology.organism_classification, 030104 developmental biology, chemistry, Enzyme, Mutation, Agronomy and Crop Science, Bacteria
Abstract: International audience; In response to the presence of compatible rhizobium bacteria, legumes form symbiotic organs called nodules on their roots. These nodules house nitrogen-fixing bacteroids that are a differentiated form of the rhizobium bacteria. In some legumes, the bacteroid differentiation comprises a dramatic cell enlargement, polyploidization, and other morphological changes. Here, we demonstrate that a peptidoglycan-modifying enzyme in Bradyrhizobium strains, a DD-carboxypeptidase that contains a peptidoglycan-binding SPOR domain, is essential for normal bacteroid differentiation in Aeschynomene species. The corresponding mutants formed bacteroids that are malformed and hypertrophied. However, in soybean, a plant that does not induce morphological differentiation of its symbiont, the mutation does not affect the bacteroids. Remarkably, the mutation also leads to necrosis in a large fraction of the Aeschynomene nodules, indicating that a normally formed peptidoglycan layer is essential for avoiding the induction of plant immune responses by the invading bacteria. In addition to exopolysaccharides, capsular polysaccharides, and lipopolysaccharides, whose role during symbiosis is well defined, our work demonstrates an essential role in symbiosis for yet another rhizobial envelope component, the peptidoglycan layer.
Published: 2016

13. Persistence of Two Non-Saccharomyces Yeasts (Hanseniaspora and Starmerella) in the Cellar

Author: Cédric Grangeteau, Daniel Gerhards, Christian von Wallbrunn, Sandrine Rousseaux, Hervé Alexandre, Michèle Guilloux-Benatier, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie ( IMB ), Hochschule Geisenheim University, Regional Council of Burgundy, Interprofessional Office of Burgundy wines, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie (IMB)
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Grape berries, Cerevisiae, Wine yeast, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, 030106 microbiology, Starmerella, lcsh:QR1-502, Strains, Candida-stellata, Hanseniaspora, Microbiology, Saccharomyces, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, cellar, Botany, Original Research, Winemaking, Diversity, biology, fungi, food and beverages, persistence, Enological properties, biology.organism_classification, Sulfur-dioxide, Yeast, Candida zemplinina, Yeast in winemaking, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, non-Saccharomyces strains, Hanseniaspora guilliermondii, Alcoholic fermentation, Population-dynamics
Abstract: International audience; Different genera and/or species of yeasts present on grape berries, in musts and wines are widely described. Nevertheless, the community of non-Saccharomyces yeasts present in the cellar is still given little attention. Thus it is not known if the cellar is a real ecological niche for these yeasts or if it is merely a transient habitat for populations brought in by grape berries during the winemaking period. This study focused on three species of non-Saccharomyces yeasts commonly encountered during vinification: Starmerella bacillaris (synonymy with Candida zemplinina), Hanseniaspora guilliermondii and Hanseniaspora uvarum. More than 1200 isolates were identified at the strain level by FT-IR spectroscopy (207 different FTIR strain pattern). Only a small proportion of non-Saccharomyces yeasts present in musts came directly from grape berries for the three species studied. Some strains were found in the must in two consecutive years and some of them were also found in the cellar environment before the arrival of the harvest of second vintage. This study demonstrates for the first time the persistence of non-Saccharomyces yeast strains from year to year in the cellar. Sulfur dioxide can affect yeast populations in the must and therefore their persistence in the cellar environment.
Published: 2016

14. Effect of Biofilm Formation by Oenococcus oeni on Malolactic Fermentation and the Release of Aromatic Compounds in Wine

Author: Christian Coelho, Jean Guzzo, Romain Briandet, Stéphanie Weidmann, Hervé Alexandre, Alexis Canette, Alexandre Bastard, Régis D. Gougeon, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Alimentaires et Physico-Chimie (PAPC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Conseil Regional de Bourgogne, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Weidmann, Stephanie, Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Procédés Alimentaires et Physico-Chimie ( PAPC ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé humaine ( MICALIS ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, lcsh:QR1-502, Ethanol fermentation, Stress-response, Lactic-acid bacteria, Microbiology, Wine color, lcsh:Microbiology, biofilm, 03 medical and health sciences, Immobilized yeast, oak, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Malolactic fermentation, Food science, Gene-expression, Microbial biofilms, wine, Oenococcus oeni, Winemaking, Original Research, Wine, Leuconostoc-oenos, biology, Chemistry, Aging of wine, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Biofilm, food and beverages, biology.organism_classification, Stainless-steel, malolactic fermentation, Heat-shock-protein
Abstract: The winemaking process involves the alcoholic fermentation of must, often followed by malolactic fermentation. The latter, mainly carried out by the lactic acid bacterium Oenococcus oeni, is used to improve wine quality when acidity reduction is required. Moreover, it prevents microbial spoilage and improves the wine’s organoleptic profile. Prior observations showed that O. oeni is able to resist several months in harsh wine conditions when adhered on oak barrels. Since biofilm is a prevailing microbial lifestyle in natural environments, the capacity of O. oeni to form biofilms was investigated on winemaking material such as stainless steel and oak chips. Scanning Electron Microscopy and Confocal Laser Scanning Microscopy showed that O. oeni was able to adhere to these surfaces and form spatially organized microcolonies embedded in extracellular substances. To assess the competitive advantage of this mode of life in wine, the properties of biofilm and planktonic cells were compared after inoculation in a fermented must (pH 3.5 or 3.2 and 12% ethanol) The results indicated that the biofilm culture of O. oeni conferred (i) increased tolerance to wine stress, and (ii) functional performance with effective malolactic activities. Relative gene expression focusing on stress genes and genes involved in EPS synthesis was investigated in a mature biofilm and emphasized the role of the matrix in increased biofilm resistance.As oak is commonly used in wine aging, we focused on the O. oeni biofilm on this material and its contribution to the development of wine color and the release of aromatic compounds. Analytical chromatography was used to target the main oak aging compounds such as vanillin, gaiacol, eugenol, whisky-lactones and furfural. The results reveal that O. oeni biofilm developed on oak can modulate the wood-wine transfer of volatile aromatic compounds during malolactic fermentation and aging by decreasing furfural, gaiacol and eugenol in particular.This work showed that O. oeni forms biofilms consisting of stress-tolerant cells capable of efficient malolactic fermentation under winemaking conditions. Therefore surface-associated behaviors should be considered in the development of improved strategies for the control of malolactic fermentation in wine.
Published: 2016

15. FT-IR spectroscopy : A powerful tool for studying the inter- and intraspecific biodiversity of cultivable non-Saccharomyces yeasts isolated from grape must

Author: Sébastien Terrat, Sandrine Rousseaux, Christian von Wallbrunn, Michèle Guilloux-Benatier, Daniel Gerhards, Hervé Alexandre, Samuel Dequiedt, Cédric Grangeteau, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie (IMB), Hochschule Geisenheim University, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Regional Council of Burgundy, Interprofessional Office of Burgundy wines, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Institut für Mikrobiologie & Biochemie, Zentrum für Analytische Chemie und Mikrobiologie ( IMB ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0301 basic medicine, Identification, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Biodiversity, Wine, Hanseniaspora, Saccharomyces, Microbial ecology, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Yeasts, Spectroscopy, Fourier Transform Infrared, Vitis, DNA, Fungal, Mycological Typing Techniques, Phylogeny, Candida, Intragenomic variation, biology, Sp-nov, Pyrolysis mass-spectrometry, Pyrosequencing, Candida zemplinina, Yeast in winemaking, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, FT-IR spectroscopy, Metschnikowia, Alcoholic fermentation, Microbiology (medical), food.ingredient, Wine yeast, 030106 microbiology, Microbiology, Intraspecific competition, Candida-zemplinina, 03 medical and health sciences, food, Botany, RNA, Ribosomal, 18S, Molecular Biology, Base Sequence, Computational Biology, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, Green lacewings, Strain typing, Transform-infrared-spectroscopy, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Botrytis-affected wine
Abstract: International audience; The efficiency of the FT-IR technique for studying the inter- and intra biodiversity of cultivable non-Saccharomyces yeasts (NS) present in different must samples was examined. In first, the capacity of the technique FF-IR to study the global diversity of a given sample was compared to the pyrosequencing method, used as a reference technique. Seven different genera (Aureobasidium, Candida, Cryptococcus, Hanseniaspora, Issatchenkia, Metschnikowia and Pichia) were identified by FT-IR and also by pyrosequencing. Thirty-eight other genera were identified by pyrosequencing, but together they represented less than 6% of the average total population of 6 musts. Among the species identified, some of them present organoleptic potentials in winemaking, particularly Starmerella bacillaris (synonym Candida zemplinina). So in a second time, we evaluated the capacity of the FT-IR technique to discriminate the isolates of this species because few techniques were able to study intraspecific NS yeast biodiversity. The results obtained were validated by using a classic method as ITS sequencing. Biodiversity at strain level was high: 19 different strains were identified from 58 isolates. So, FT-IR spectroscopy seems to be an accurate and reliable method for identifying major genera present in the musts. The two biggest advantages of the FT-IR are the capacity to characterize intraspecific biodiversity of non-Saccharomyces yeasts and the possibility to discriminate a lot of strains.
Published: 2016

16. The Antisense RNA Approach: a New Application for In Vivo Investigation of the Stress Response of Oenococcus oeni, a Wine-Associated Lactic Acid Bacterium

Author: Tarek Msadek, Maud Darsonval, Cosette Grandvalet, Hervé Alexandre, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Biologie des Bactéries pathogènes à Gram-positif, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Universitaire de la Vigne et du Vin 'Jules Guyot' ( IUVV Jules Guyot ), Université de Bourgogne ( UB ), Ministère de la Recherche et de l'Enseignement Supérieur (France), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire de la Vigne et du Vin 'Jules Guyot' (IUVV Jules Guyot), Université de Bourgogne (UB), Ministere de la Recherche et de l'Enseignement Superieur (France), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, 030106 microbiology, Lactobacillus-plantarum, Wine, Escherichia-coli, Applied Microbiology and Biotechnology, molecular characterization, 03 medical and health sciences, Growth-phase, Bacterial Proteins, Membrane stabilization, Heat shock protein, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Antisense Technology, Gene expression, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Malolactic fermentation, Environmental Microbiology, RNA, Antisense, Gene-expression, Lactic Acid, Heat-Shock Proteins, Oenococcus, Oenococcus oeni, Leuconostoc-oenos, Ecology, biology, Ethanol, Lactococcus lactis, [ SDV.BIO ] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Gene Expression Regulation, Bacterial, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Antisense RNA, Biochemistry, Lactococcus-lactis, Heat-shock-protein, Fermentation, Food Science, Biotechnology
Abstract: Oenococcus oeni is a wine-associated lactic acid bacterium mostly responsible for malolactic fermentation in wine. In wine, O. oeni grows in an environment hostile to bacterial growth (low pH, low temperature, and ethanol) that induces stress response mechanisms. To survive, O. oeni is known to set up transitional stress response mechanisms through the synthesis of heat stress proteins (HSPs) encoded by the hsp genes, notably a unique small HSP named Lo18. Despite the availability of the genome sequence, characterization of O. oeni genes is limited, and little is known about the in vivo role of Lo18. Due to the lack of genetic tools for O. oeni , an efficient expression vector in O. oeni is still lacking, and deletion or inactivation of the hsp18 gene is not presently practicable. As an alternative approach, with the goal of understanding the biological function of the O. oeni hsp18 gene in vivo , we have developed an expression vector to produce antisense RNA targeting of hsp18 mRNA. Recombinant strains were exposed to multiple stresses inducing hsp18 gene expression: heat shock and acid shock. We showed that antisense attenuation of hsp18 affects O. oeni survival under stress conditions. These results confirm the involvement of Lo18 in heat and acid tolerance of O. oeni . Results of anisotropy experiments also confirm a membrane-protective role for Lo18, as previous observations had already suggested. This study describes a new, efficient tool to demonstrate the use of antisense technology for modulating gene expression in O. oeni .
Published: 2015

17. Synchronization and fluctuations for interacting stochastic systems with individual and collective reinforcement

Author: Pierre-Yves Louis, Meghdad Mirebrahimi, Mirebrahimi, Meghdad, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de Mathématiques et Applications (LMA-Poitiers), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Mathématiques de Bourgogne [Dijon] (IMB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)
Subjects: [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], Interacting random systems, synchronisation, [MATH] Mathematics [math], Almost sure convergence, Reinforced stochastic processes, [MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], 62P35, Secondary 62L20, 60F05, Central limit theorems, Fluctuations, Fluctuations MSC2010 Classification Primary 60K35, 60F15, [MATH]Mathematics [math], stable convergence
Abstract: The Pólya urn is the paradigmatic example of a reinforced stochastic process. It leads to a random (non degenerated) time-limit. The Friedman urn is a natural generalization whose a.s. time-limit is not random anymore. In this work, in the stream of previous recent works, we introduce a new family of (finite) systems of reinforced stochastic processes, interacting through an additional collective reinforcement of mean field type. The two reinforcement rules strengths (one componentwise, one collective) are tuned through (possibly) different rates n −γ. In the case the reinforcement rates are like n −1 , these reinforcements are of Pólya or Friedman type as in urn contexts and may thus lead to limits which may be random or not. Different parameter regimes needs to be considered. We state two kind of results. First, we study the time-asymptotics and show that L 2 and almost sure convergence always holds. Moreover all the components share the same time-limit (so called synchronization). We study the nature of the limit (random/deterministic) according to the parameters' regime considered. Second, we study fluctuations by proving central limit theorems. Scaling coefficients vary according to the regime considered. This gives insights into the different rates of convergence.
Published: 2023

18. Ultra-high irradiance (UHI) blue light: highlighting the potential of a novel LED-based device for short antifungal treatments of food contact surfaces

Author: Emilie Lang, Thibaut Thery, Caroline Peltier, Florent Colliau, Jérémy Adamuz, Cédric Grangeteau, Sébastien Dupont, Laurent Beney, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), NLX-Next Lighting eXperience, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ANR-18-CE21-0004,GreenDeconta,Procédé vert de décontamination microbienne par la maîtrise de la lumière et de l'humidité(2018)
Subjects: 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Antifungal Agents, Microbial Viability, Light, 030306 microbiology, LED, S. cerevisiae, Saccharomyces cerevisiae, General Medicine, High irradiance, Applied Microbiology and Biotechnology, Disinfection, 03 medical and health sciences, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, 13. Climate action, 405 nm, Blue light, 030304 developmental biology, Biotechnology
Abstract: International audience; Microbial food spoilage is an important cause of health and economic issues and can occur via resilient contamination of food surfaces. Novel technologies, such as the use of visible light, have seen the light of day to overcome the drawbacks associated with surface disinfection treatments. However, most studies report that photo-inactivation of microorganisms with visible light requires long time treatments. In the present study, a novel light electroluminescent diode (LED)-based device was designed to generate irradiation at an ultra-high power density (901.1 mW/cm2). The efficacy of this technology was investigated with the inactivation of the yeast S. cerevisiae. Short-time treatments (below 10 min) at 405 nm induced a ~4.5 log reduction rate of the cultivable yeast population. The rate of inactivation was positively correlated to the overall energy received by the sample and, at a similar energy, to the power density dispatched by the lamp. A successful disinfection of several food contact surfaces (stainless steel, glass, polypropylene, polyethylene) was achieved as S. cerevisiae was completely inactivated within 5 min of treatments. The disinfection of stainless steel was particularly effective with a complete inactivation of the yeast after 2 min of treatment. This ultra-high irradiance technology could represent a novel cost- and time-effective candidate for microbial inactivation of food surfaces. These treatments could see applications beyond the food industry, in segments such as healthcare or public transport. KEY POINTS : • A novel LED-based device was designed to emit ultra-high irradiance blue light • Short time treatments induced high rate of inhibition of S. cerevisiae • Multiple food contact surfaces were entirely disinfected with 5-min treatments.
Published: 2021

19. Effect of devitrification on the survival and resistance of dried Saccharomyces cerevisiae yeast

Author: Sébastien Dupont, Laurent Beney, Pauline Ribert, Gaëlle Roudaut, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Phileo Lesaffre Animal Care, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physico-Chimie de l'Aliment et du Vin (PCAV), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0106 biological sciences, Water activity, Saccharomyces cerevisiae, Supercooled state, 01 natural sciences, Applied Microbiology and Biotechnology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Differential scanning calorimetry, Yeast, Dried, 010608 biotechnology, Transition Temperature, Active dry yeast, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Food science, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, Temperature, Devitrification, Water, food and beverages, Trehalose, Humidity, General Medicine, biology.organism_classification, Yeast, chemistry, Desiccation, Glass transition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Biotechnology
Abstract: Yeasts are anhydrobiotes that accumulate large amounts of trehalose, which is involved in the vitrification of the cytoplasm during drastic desiccation. The effect of devitrification, which can be induced by the transient exposure of desiccated yeasts to increased humidity or elevated temperature, on the survival of yeast has been studied. A glass transition temperature (Tg)/water activity (aw) diagram of yeast was constructed based on differential scanning calorimetry analysis. The survival rate of yeasts that were equilibrated at different relative humidities (RHs) and temperature values over their Tg range was measured. The results revealed a long period of cell preservation at an intermediate RH (55%), with 100% survival observed after 3 months, a loss of 1.24 log colony-forming units/g recorded after 1 year at 25 °C and full preservation of viability at 75 °C for 60 min and at 100 °C and 12% RH for up to 10 min. These findings led us to conclude that dried yeast can resist low or intermediate RH values and elevated temperatures in the devitrified state. Considering the thermal and humidity fluctuations occurring in the yeast environments, we hypothesized that the supercooled state, which occurs immediately above the Tg after rehydration or heating, is a protective state that is involved in the persistence of yeasts at intermediate humidity levels. KEY POINTS: • Yeast survival for months in a supercooled state is observed at room temperature. • Dried yeasts survive a 10-min exposure to 100 °C in the supercooled state. • The supercooled state is suitable for yeast preservation.
Published: 2021

20. Moringa oleifera Lam.: A comparative survey on consumer knowledge, usage, attitude and belief in Africa and India

Author: Amel Hedhili, Babatope Ebenezer Akinyemi, Gloria Aderonke Otunola, Priscilla Adei Ashie-Nikoi, Mitali Kulkarni, Florence Husson, Dominique Valentin, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Michigan State University [East Lansing], Michigan State University System, University of Fort Hare, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and AgroSup Dijon, the Embassy of Tunisia in France and the program PHC Protea.
Subjects: sampling, familiarity, behavior, India, Nigeria, Plant Science, Moringa Oleifera, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, [SHS.ANTHRO-SE]Humanities and Social Sciences/Social Anthropology and ethnology, usage, Ghana, information, South Africa, attitudes and beliefs, consumer knowledge, Africa, online survey, survey, comparative study
Abstract: International audience; Native to India, Moringa oleifera Lam. is a plant with high nutritional value, which is now grown across the world, especially in tropical and subtropical regions. This study determined the knowledge, consumption, attitudes and beliefs toward Moringa oleifera in some African countries (Nigeria, Ghana, and South Africa) and in India to gain a better understanding of why this plant is widely consumed in India but less so in Africa. An online survey was conducted using a snowball sampling procedure with 258 respondents who are consumers of Moringa (124 are Indians and 134 are Africans; 54% are Male and 46% are Female). We hypothesized that the differences in patterns of Moringa consumption in India and Africa might be due to differences in knowledge, attitudes and beliefs towards Moringa. In particular, we expected Indian respondents to have a better knowledge and more positive attitudes and beliefs towards Moringa than African respondents. Based on our study sample, we observed differences in terms of knowledge and consumption of Moringa between Indian and African respondents. However, these differences could not be explained in terms of beliefs and attitudes: No significant difference was found between African and Indian respondents’ beliefs towards Moringa. Having positive attitudes and beliefs is not enough to change Moringa consumption behavior. Past behavior seems to be a better predictor of Moringa consumption behavior. As Moringa is not yet anchored in African families and cultural practices, especially in South Africa, providing only nutritional and health information is not enough to promote Moringa consumption in Africa. A better option would be to increase the familiarity of Moringa by incorporating it into familiar local foods with a high satiating power. Family also seems to be an important driver of Moringa consumption that needs to be taken into account.
Published: 2022

21. Description of a Newly Isolated Blautia faecis Strain and Its Benefit in Mouse Models of Post-Influenza Secondary Enteric and Pulmonary Infections

Author: Sophie Verstraeten, Valentin Sencio, Audrey Raise, Eugénie Huillet, Séverine Layec, Lucie Deruyter, Séverine Heumel, Sandrine Auger, Véronique Robert, Philippe Langella, Laurent Beney, François Trottein, Muriel Thomas, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Paris Center for Microbiome Medicine, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut Agro Dijon, ANR-17-CE15-0020,ACROBAT,Rôle de l'axe poumon/intestin/moelle osseuse et du microbiote au cours de la grippe(2017), ANR-16-CE29-0020,DOPEOS,Développement et Optimisation d'un Procédé de Production de Bactéries Extrêmement Sensibles à l'Oxygène pour leur Exploitation Industrielle(2016), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, LAYEC, Séverine, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé [MICALIS], Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 [CIIL], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] [CHRU Lille], Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] [PAM], and Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques [PMB]
Subjects: Nutrition and Dietetics, extremely oxygen-sensitive probiotics, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Blautia faecis, acetate, post-influenza, pulmonary and enteric superinfection, anti-inflammatory, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Food Science
Abstract: International audience; The expanding knowledge on the systemic influence of the human microbiome suggests that fecal samples are underexploited sources of new beneficial strains for extra-intestinal health. We have recently shown that acetate, a main circulating microbiota-derived molecule, reduces the deleterious effects of pulmonary Streptococcus pneumoniae and enteric Salmonella enterica serovar Typhimurium bacterial post-influenza superinfections. Considering the beneficial and broad effects of acetate, we intended to isolate a commensal strain, producing acetate and potentially exploitable in the context of respiratory infections. We designed successive steps to select intestinal commensals that are extremely oxygen-sensitive, cultivable after a freezing process, without a proinflammatory effect on IL-8 induction, and producing acetate. We have identified the Blautia faecis DSM33383 strain, which decreased the TNFα-induced production of IL-8 by the intestinal epithelial cell line HT-29. The beneficial effect of this bacterial strain was further studied in two preclinical models of post-influenza Streptococcus pneumoniae (S.p) and Salmonella enterica serovar Typhimurium (S.t) superinfection. The intragastrical administration of Blautia faecis DSM33383 led to protection in influenza-infected mice suffering from an S.p. and, to a lesser extent, from an S.t secondary infection. Altogether, this study showed that Blautia faecis DSM33383 could be a promising candidate for preventive management of respiratory infectious diseases.
Published: 2022

22. The establishment of a fungal consortium in a new winery

Author: Abdo, Hany, Catacchio, Claudia Rita, Ventura, Mario, D'Addabbo, Pietro, Alexandre, Hervé, Guilloux-Benatier, Michèle, Rousseaux, Sandrine, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Department of Biology [University of Bari], and Università degli studi di Bari Aldo Moro (UNIBA)
Subjects: lcsh:R, Fungi, lcsh:Medicine, Wine, Biodiversity, Food microbiology, Biological Evolution, Article, Microbial ecology, Fermentation, lcsh:Q, Fungal ecology, lcsh:Science, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; The biodiversity and evolution of fungal communities were monitored over a period of 3 vintages in a new winery. Samples were collected before grape receipt and 3 months after fermentation from 3 different wine related environments (WRE): floor, walls and equipment and analyzed using Illumina Mi-Seq. Genera of mold and filamentous fungi (294), non-enological (10) and wine-associated yeasts (25) were detected on all WREs before the arrival of the first harvest. Among them, genera like Alternaria and Aureobasidium persisted during two vintages. Therefore, these genera are not specific to winery environment and appear to be adapted to natural or anthropic environments due to their ubiquitous character. Some genera like Candida were also detected before the first harvest but only on one WREs, whereas, on the other WREs they were found after the harvest. The ubiquitous character and phenotypic traits of these fungal genera can explain their dynamics. After the first harvest and during 3 vintages the initial consortium was enriched by oenological genera like Starmerella introduced either by harvest or by potential transfers between the different WREs. However, these establishing genera, including Saccharomyces, do not appear to persist due to their low adaptation to the stressful conditions of winery environment.
Published: 2020

23. Pisum sativum vs Glycine max, a comparative review of nutritional, physicochemical, and sensory properties for food uses

Author: Estelle Fischer, Nathalie Cayot, Rémy Cachon, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physico-Chimie de l'Aliment et du Vin (PCAV), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)
Subjects: 0301 basic medicine, Glycine max, Lipoxygenase, Vegetable Proteins, Pisum, Crop, 03 medical and health sciences, 0404 agricultural biotechnology, Sativum, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Food science, Functionality, Eating habits, Pisum sativum, Legume, 2. Zero hunger, 030109 nutrition & dietetics, biology, Protein, fungi, food and beverages, 04 agricultural and veterinary sciences, biology.organism_classification, 040401 food science, Enzymes, Glycine, Food Science, Biotechnology
Abstract: International audience; Background; Current issues surrounding meat consumption and changes in eating habits have motivated the development of meat substitutes. Vegetable proteins, especially legume proteins, are of interest. Soybean is the most widely used legume crop for food, but due to some negative aspects, it may be relevant to develop soybean substitutes.Scope and approach; Pea is a possible alternative to soybean and the latter was thus compared with pea to determine if pea would be a good substitute. This review provides a brief insight into the similarities and differences between soybean and pea regarding composition and nutrition as well as physicochemical and sensory aspects impacting their food uses.Key findings and conclusions; As pea is less allergenic than soybean but has similar nutritional and functional properties, it could be a great alternative to soybean. Nevertheless, some particularities of the pea composition can lead to a stronger “beany” off-flavor and so a less acceptable product. In addition, the isoenzymes involved in the development of off-flavor are more varied in the pea. The pea off-flavor may thus be more complicated to control.
Published: 2020

24. Surface properties of cork: Is cork a hydrophobic material?

Author: Jean-Pierre Bellat, Thomas Karbowiak, Yiqian Wang, Julie Chanut, Irene Dal Cin, Eric Ferret, Régis D. Gougeon, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne [Dijon] (LICB), Université de Bourgogne (UB)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut Universitaire de la Vigne et du Vin 'Jules Guyot' (IUVV Jules Guyot), Université de Bourgogne (UB), Physico-Chimie de l'Aliment et du Vin (PCAV), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Materials science, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Surface Properties, Capillary action, Hydrophobicity, 02 engineering and technology, Surface finish, Cork, engineering.material, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biomaterials, Contact angle, Surface tension, Colloid and Surface Chemistry, Sessile drop technique, Surface roughness, Composite material, Water, 021001 nanoscience & nanotechnology, 0104 chemical sciences, Surfaces, Coatings and Films, Electronic, Optical and Magnetic Materials, Capillary rise, engineering, Wettability, Wetting, 0210 nano-technology, Hydrophobic and Hydrophilic Interactions
Abstract: International audience; Knowledge of the surface tension of cork and its hydrophobicity is of critical importance in many applications of this material at the interface with solid or liquid phases. The conventional technique based on contact angle measurement by sessile drop is not adapted to this naturally textured material and does not allow to accurately determine its hydrophobic character. A study based on capillary rise measurement is reported. A statistical distribution of the surface tension of cork is obtained, based on experiments performed on cork powder with various liquids and using a specific data processing to take into account the intrinsic heterogeneity of cork. This gives a surface tension of 22.6 (±1.2) mN·m−1, with a polar component at 5.2 (±0.5) mN·m−1 and a dispersive component at 17.4 (±1.6) mN·m−1. With a water contact angle of around 90°, cork shows an intermediate hydrophobic/hydrophilic behaviour. Locally, the specific surface texture and chemical composition can reinforce either the hydrophobic or the hydrophilic character. This critical analysis invites reflection on the notion of surface hydrophobicity as it can be determined macroscopically by a contact angle measurement and as defined at the molecular level by the free enthalpy of sorption of water.
Published: 2022

25. Membrane protective role of autophagic machinery during infection of epithelial cells by Candida albicans

Author: Pierre Lapaquette, Amandine Ducreux, Louise Basmaciyan, Tracy Paradis, Fabienne Bon, Amandine Bataille, Pascale Winckler, Bernhard Hube, Christophe d’Enfert, Audrey Esclatine, Elisabeth Dubus, Marie-Agnès Bringer, Etienne Morel, Frédéric Dalle, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Plateforme d'Imagerie Cellulaire [Dijon] (CellImaP), Université de Bourgogne (UB)-IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Dispositif Inter-régional d'Imagerie Cellulaire [Dijon] (DImaCell), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ingénierie et biologie cellulaire et tissulaire (IBCT (ex IFR133)), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS BFC)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS BFC)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology (Hans Knoell Institute), Friedrich-Schiller-Universität = Friedrich Schiller University Jena [Jena, Germany], Biologie et Pathogénicité fongiques - Fungal Biology and Pathogenicity (BPF), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by the Regional Council of Bourgogne – Franche Comté, the 'Fonds Européen de DEveloppement Régional (FEDER), the Institut Carnot Qualiment, the University of Burgundy and the Hôpital du Bocage, Dijon, France. This work was supported by grants from the Agence Nationale de la Recherche (KANJI, ANR‐08‐MIEN‐ 033‐01) and a BIOASTER‐Sanofi‐Alliance pour les Sciences de la Vie et de la Santé (AVIESAN) joint program (Candida ‐ BAP110) to Frederic Dalle and Christophe d’Enfert., ANR-08-MIEN-0033,KANJI,Colonisation et invasion de la muqueuse digestive par le champignon pathogène de l'homme Candida albicans(2008), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Dijon, Institut Agro, and Maladies Infectieuses et environnement - Colonisation et invasion de la muqueuse digestive par le champignon pathogène de l'homme Candida albicans - - KANJI2008 - ANR-08-MIEN-0033 - MIE - VALID
Subjects: Microbiology (medical), autophagy, Gastroenterology, RC799-869, [SDV.BC.IC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], Diseases of the digestive system. Gastroenterology, lysosomal exocytosis, [SDV.MP.MYC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Microbiology, epithelial cells, plasma membrane damage, Infectious Diseases, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, candida albicans, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology
Abstract: International audience; Candida albicans (C. albicans) is an opportunistic pathogen causing infections ranging from superficial to life-threatening disseminated infections. In a susceptible host, C. albicans is able to translocate through the gut barrier, promoting its dissemination into deeper organs. C. albicans hyphae can invade human epithelial cells by two well-documented mechanisms: epithelial-driven endocytosis and C. albicans-driven active penetration. One mechanism by which host cells protect themselves against intracellular C. albicans is termed autophagy. The protective role of autophagy during C. albicans infection has been investigated in myeloid cells; however, far less is known regarding the role of this process during the infection of epithelial cells. In the present study, we investigated the role of autophagy-related proteins during the infection of epithelial cells, including intestinal epithelial cells and gut explants, by C. albicans. Using cell imaging, we show that key molecular players of the autophagy machinery (LC3-II, PI3P, ATG16L1, and WIPI2) were recruited at Candida invasion sites. We deepened these observations by electron microscopy analyses that reveal the presence of autophagosomes in the vicinity of invading hyphae. Importantly, these events occur during active penetration of C. albicans into host cells and are associated with plasma membrane damage. In this context, we show that the autophagy-related key proteins ATG5 and ATG16L1 contribute to plasma membrane repair mediated by lysosomal exocytosis and participate in protecting epithelial cells against C. albicans-induced cell death. Our findings provide a novel mechanism by which epithelial cells, forming the first line of defense against C. albicans in the gut, can react to limit C. albicans invasion.
Published: 2022

26. Four hundred years of cork imaging: New advances in the characterization of the cork structure

Author: Zi Wang, Jean-Pierre Bellat, Julie Chanut, Aurélie Lagorce, Pascale Winckler, Pieter Verboven, Kevin Crouvisier-Urion, Jeannine Lherminier, Thomas Karbowiak, Bart Nicolai, Eric Ferret, Régis D. Gougeon, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne [Dijon] (LICB), Université de Bourgogne (UB)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Dispositif Inter-régional d'Imagerie Cellulaire [Dijon] (DImaCell), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ingénierie et biologie cellulaire et tissulaire (IBCT (ex IFR133)), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), BIOSYST - MeBioS, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut Universitaire de la Vigne et du Vin 'Jules Guyot' (IUVV Jules Guyot), Université de Bourgogne (UB), Physico-Chimie de l'Aliment et du Vin (PCAV), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0106 biological sciences, Materials science, PLASMODESMATA, lcsh:Medicine, Nanotechnology, 02 engineering and technology, Cork, engineering.material, SUBERIN, 01 natural sciences, Article, OXYGEN, [SPI]Engineering Sciences [physics], Suberin, QUALITY, WATER, PERMEABILITY, DEPOSITION, lcsh:Science, Multidisciplinary, Cell layer, Science & Technology, Hexagonal crystal system, lcsh:R, 021001 nanoscience & nanotechnology, DIFFUSION, TRANSPORT, Characterization (materials science), Multidisciplinary Sciences, CELLS, engineering, Science & Technology - Other Topics, Cork cambium, lcsh:Q, Biomaterials - cells, Plant sciences, 0210 nano-technology, 010606 plant biology & botany
Abstract: In 1665, Robert Hooke was the first to observe cork cells and their characteristic hexagonal shape, using the first optical microscope, which was invented by him at that time. With the evolution of imaging techniques, the structure of cork has been analysed with greater accuracy over time. This work presents the latest advances in the characterization of this unique material through a multiscale approach. Such investigation brings new insight into the architecture of cork, particularly the differences between the cells of the phellem and those bordering the lenticels. In the latter case, cell differentiation from the lenticular phellogen was restricted to one cell layer, which leads to a cell wall that is 10 times thicker for lenticels. They also displayed a different chemical composition because of unsuberization and a high lignin content in lenticels. Such advances in the knowledge of the structure and composition of cork cells contributes to a better understanding of the macroporosity of cork, down to the nanoscale. ispartof: SCIENTIFIC REPORTS vol:9 issue:1 ispartof: location:England status: published
Published: 2019

27. Design of a new lyoprotectant increasing freeze-dried Lactobacillus strain survival to long-term storage

Author: Patrick Gervais, Audrey Jossier, Aurore Bodzen, Sébastien Dupont, Sophie Lafay, Laurent Beney, Pierre-Yves Mousset, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Indigo Therapeutics, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0106 biological sciences, Sucrose, Lactiplantibacillus, Water activity, Inulin, Micellar casein, Biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Freeze-drying, Whey, 010608 biotechnology, Bound water, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Food science, Water content, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, Long-term storage, 0303 health sciences, Microbial Viability, Research, Lyoprotectant, biology.organism_classification, Lactic acid, Lactobacillus, Freeze Drying, chemistry, TP248.13-248.65, Bacteria, Biotechnology
Abstract: Background Stabilization of freeze-dried lactic acid bacteria during long-term storage is challenging for the food industry. Water activity of the lyophilizates is clearly related to the water availability and maintaining a low aw during storage allows to increase bacteria viability. The aim of this study was to achieve a low water activity after freeze-drying and subsequently during long-term storage through the design of a lyoprotectant. Indeed, for the same water content as sucrose (commonly used lyoprotectant), water activity is lower for some components such as whey, micellar casein or inulin. We hypothesized that the addition of these components in a lyoprotectant, with a higher bound water content than sucrose would improve lactobacilli strains survival to long-term storage. Therefore, in this study, 5% whey (w/v), 5% micellar casein (w/v) or 5% inulin (w/v) were added to a 5% sucrose solution (w/v) and compared with a lyoprotectant only composed of 5% sucrose (w/v). Protective effect of the four lyoprotectants was assessed measuring Lactiplantibacillus plantarum CNCM I-4459 survival and water activity after freeze-drying and during 9 months storage at 25 °C. Results The addition whey and inulin were not effective in increasing Lactiplantibacillus plantarum CNCM I-4459 survival to long-term-storage (4 log reduction at 9 months storage). However, the addition of micellar casein to sucrose increased drastically the protective effect of the lyoprotectant (3.6 log i.e. 0.4 log reduction at 9 months storage). Comparing to a lyoprotectant containing whey or inulin, a lyoprotectant containing micellar casein resulted in a lower water activity after freeze-drying and its maintenance during storage (0.13 ± 0.05). Conclusions The addition of micellar casein to a sucrose solution, contrary to the addition of whey and inulin, resulted in a higher bacterial viability to long-term storage. Indeed, for the same water content as the others lyoprotectants, a significant lower water activity was obtained with micellar casein during storage. Probably due to high bound water content of micellar casein, less water could be available for chemical degradation reactions, responsible for bacterial damages during long-term storage. Therefore, the addition of this component to a sucrose solution could be an effective strategy for dried bacteria stabilization during long-term storage.
Published: 2021

28. Donor variability alters differentiation and mechanical cohesion of tissue-engineered constructs with human endothelial/MSC co-culture

Author: Marie Naudot, Sébastien Dupont, Cécile Legallais, Bernard Devauchelle, Timothée Baudequin, Fahmi Bedoui, Sylvie Testelin, Jean-Pierre Marolleau, Biomécanique et Bioingénierie (BMBI), Université de Technologie de Compiègne (UTC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Service de Stomatologie et Chirurgie Maxillo-facial [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université de Technologie de Compiègne (UTC), and Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Subjects: Cell type, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cell, Biomedical Engineering, Medicine (miscellaneous), Bioengineering, 02 engineering and technology, Matrix (biology), Biomaterials, 03 medical and health sciences, Tissue engineering, Osteogenesis, medicine, Humans, Viability assay, Primary cell, Bone, Cells, Cultured, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, mesenchymal stem cells, Tissue Engineering, Chemistry, Cell growth, Mesenchymal stem cell, donor variability, Cell Differentiation, General Medicine, 021001 nanoscience & nanotechnology, Coculture Techniques, endothelial cells, Cell biology, medicine.anatomical_structure, 0210 nano-technology, coculture
Abstract: International audience; To move towards clinical applications, tissue engineering (TE) should be validated with human primary cells and offer easy connection to the native vascularisation. Based on a sheet-like bone substitute developed previously, we investigated a mesenchymal stem cells/endothelial cells (MSCs/ECs) coculture to enhance pre-vascularisation. Using MSCs from six independent donors whose differentiation potential was assessed towards two lineages, we focused on donor variability and cell crosstalk regarding bone differentiation. Coculture was performed on calcium phosphate granules in a specific chamber during 1 month. MSCs were seeded first then ECs were added after 2 weeks, with respective monocultures as control groups. Cell viability and organisation (fluorescence, electronic microscopy), differentiation (ALP staining/activity, RT-qPCR) and mechanical cohesion were analysed. Adaptation of the protocol to coculture was validated (high cell viability and proliferation). Activity and differentiation showed strong trends towards synergistic effects between cell types. MSCs reached early mineralisation stage of maturation. The delayed addition of ECs allowed for their attachment on developed MSCs’ matrix. The main impact of donor variability could be here the lack of cell proliferation potential with some donors, leading to low differentiation and mechanical cohesion and therefore absence of sheet-like shape successfully obtained with others. We suggest therefore adapting protocols to cell proliferation potentials from one batch of cells to the other in a patient-specific approach.
Published: 2021

29. Management of Listeria monocytogenes on Surfaces via Relative Air Humidity: Key Role of Cell Envelope

Author: Brigitte Carpentier, Sébastien Dupont, Cosette Grandvalet, Fiona Zoz, Mélanie Ragon, Eric Lesniewska, Stéphane Guyot, Laurent Beney, Olivier Firmesse, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Mérieux NutriSciences, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne [Dijon] (LICB), Université de Bourgogne (UB)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort (LSAl), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Work carried out at UMR PAM (Dijon, France) was part of the project ALIM+, 2016 supported by the Conseil Régional de Bourgogne-Franche Comté and the European Union through the PO FEDER-FSE Bourgogne 2014/2020 programs., and ANR-12-ALID-0005,EcoSec,Réduction de l'impact environnemental des opérations d'hygiène dans les ateliers agro-alimentaires réfrigérés par une utilisation optimale de la déshumidification de l'air(2012)
Subjects: Health (social science), Membrane permeability, Food industry, medicine.medical_treatment, TP1-1185, Plant Science, medicine.disease_cause, Health Professions (miscellaneous), Microbiology, Cultivability, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Listeria monocytogenes, [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], medicine, Food science, Dehydration, Saline, 030304 developmental biology, Envelope integrity, 0303 health sciences, 030306 microbiology, business.industry, Chemical technology, Rehydration, medicine.disease, 6. Clean water, Surface, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, chemistry, Distilled water, Peptidoglycan, Cell envelope, business, Food Science
Abstract: International audience; Although relative air humidity (RH) strongly influences microbial survival, its use for fighting surface pathogens in the food industry has been inadequately considered. We asked whether RH control could destroy Listeria monocytogenes EGDe by envelope damage. The impact of dehydration in phosphate-buffered saline (PBS) at 75%, 68%, 43% and 11% RH on the bacterial envelope was investigated using flow cytometry and atomic force microscopy. Changes after rehydration in the protein secondary structure and peptidoglycan were investigated by infrared spectroscopy. Complementary cultivability measurements were performed by running dehydration–rehydration with combinations of NaCl (3–0.01%), distilled water, city water and PBS. The main results show that cell membrane permeability and cell envelope were greatly altered during dehydration in PBS at 68% RH followed by rapid rehydration. This damage led cells to recover only 67% of their initial volume after rehydration. Moreover, the most efficient way to destroy cells was dehydration and rehydration in city water. Our study indicates that rehydration of dried, sullied foods on surfaces may improve current cleaning procedures in the food industry.
Published: 2021

30. Prediction of Genetic Groups within Brettanomyces bruxellensis through Cell Morphology Using a Deep Learning Tool

Author: Emmanuel Denimal, Sandrine Rousseaux, Hervé Alexandre, Ambroise Marin, Déborah De Oliveira, Stéphanie Weidmann, Manon Lebleux, Nicolas Desroche, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Service d’Appui à la Recherche - AgroSup Dijon, AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Dispositif Inter-régional d'Imagerie Cellulaire [Dijon] (DImaCell), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ingénierie et biologie cellulaire et tissulaire (IBCT (ex IFR133)), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), NEXIDIA, AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Microbiology (medical), RAPD-PCR, QH301-705.5, genetic groups, [SDV]Life Sciences [q-bio], Brettanomyces bruxellensis, Plant Science, Computational biology, Biology, Cell morphology, Intraspecific competition, 03 medical and health sciences, morphology, Biology (General), Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, Oenology, Winemaking, Wine, 0303 health sciences, 030306 microbiology, Strain (biology), deep learning, biology.organism_classification, RAPD
Abstract: Brettanomyces bruxellensis is described as a wine spoilage yeast with many mainly strain-dependent genetic characteristics, bestowing tolerance against environmental stresses and persistence during the winemaking process. Thus, it is essential to discriminate B. bruxellensis isolates at the strain level in order to predict their stress resistance capacities. Few predictive tools are available to reveal intraspecific diversity within B. bruxellensis species, also, they require expertise and can be expensive. In this study, a Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adapted PCR method was used with three different primers to discriminate 74 different B. bruxellensis isolates. High correlation between the results of this method using the primer OPA-09 and those of a previous microsatellite analysis was obtained, allowing us to cluster the isolates among four genetic groups more quickly and cheaply than microsatellite analysis. To make analysis even faster, we further investigated the correlation suggested in a previous study between genetic groups and cell polymorphism using the analysis of optical microscopy images via deep learning. A Convolutional Neural Network (CNN) was trained to predict the genetic group of B. bruxellensis isolates with 96.6% accuracy. These methods make intraspecific discrimination among B. bruxellensis species faster, simpler and less costly. These results open up very promising new perspectives in oenology for the study of microbial ecosystems.
Published: 2021

31. Shedding Light on the Formation and Structure of Kombucha Biofilm Using Two-Photon Fluorescence Microscopy

Author: Thierry Tran, Cosette Grandvalet, Pascale Winckler, François Verdier, Antoine Martin, Hervé Alexandre, Raphaëlle Tourdot-Maréchal, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Dispositif Inter-régional d'Imagerie Cellulaire [Dijon] (DImaCell), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ingénierie et biologie cellulaire et tissulaire (IBCT (ex IFR133)), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Biomère SA
Subjects: 0106 biological sciences, Microbiology (medical), Kombucha, two-photon fluorescence microscopy, interaction, 01 natural sciences, Microbiology, biofilm, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, [SPI]Engineering Sciences [physics], 010608 biotechnology, Microscopy, Cellulose, Acetic acid bacteria, 030304 developmental biology, Original Research, 0303 health sciences, biology, Biofilm, biology.organism_classification, Two photon fluorescence, Yeast, QR1-502, cellulose, chemistry, Bacterial cellulose, Biophysics, kombucha, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Kombucha pellicles are often used as inoculum to produce this beverage and have become a signature feature. This cellulosic biofilm produced by acetic acid bacteria (AAB) involves yeasts, which are also part of the kombucha consortia. The role of microbial interactions in thede novoformation and structure of kombucha pellicles was investigated during the 3 days following inoculation, using two-photon microscopy coupled with fluorescent staining. Aggregated yeast cells appear to serve as scaffolding to which bacterial cellulose accumulates. This initial foundation leads to a layered structure characterized by a top cellulose-rich layer and a biomass-rich sublayer. This sublayer is expected to be the microbiologically active site for cellulose production and spatial optimization of yeast–AAB metabolic interactions. The pellicles then grow in thickness while expanding their layered organization. A comparison with pellicles grown from pure AAB cultures shows differences in consistency and structure that highlight the impact of yeasts on the structure and properties of kombucha pellicles.
Published: 2021

32. Antioxidant Properties of Ergosterol and Its Role in Yeast Resistance to Oxidation

Author: Céline Lafarge, Odonírio Abrahão Júnior, Patricia Gerbeau-Pissot, Cédric Grangeteau, Sébastien Dupont, Patrick Gervais, Richtier Gonçalves da Cruz, Fairouz Yahou, Paul Fleurat-Lessard, Françoise Simon-Plas, Laurent Beney, Philippe Cayot, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Escola Superior de Agricultura 'Luiz de Queiroz' (ESALQ), Universidade de São Paulo (USP), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Universidade Federal do Triângulo Mineiro [Uberaba, Brazil] (UFTM), Physico-Chimie de l'Aliment et du Vin (PCAV), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 0301 basic medicine, Antioxidant, antioxidant, Physiology, oxidation, In silico, medicine.medical_treatment, Clinical Biochemistry, Oxidative phosphorylation, RM1-950, yeast, 010402 general chemistry, plasma membrane, 01 natural sciences, Biochemistry, Article, lipids, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, sterol, In vivo, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, medicine, polycyclic compounds, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Molecular Biology, OXIDAÇÃO, Ergosterol, Chemistry, Cell Biology, Sterol, In vitro, Yeast, 0104 chemical sciences, 030104 developmental biology, lipids (amino acids, peptides, and proteins), Therapeutics. Pharmacology
Abstract: International audience; Although the functions and structural roles of sterols have been the subject of numerous studies, the reasons for the diversity of sterols in the different eukaryotic kingdoms remain unclear. It is thought that the specificity of sterols is linked to unidentified supplementary functions that could enable organisms to be better adapted to their environment. Ergosterol is accumulated by late branching fungi that encounter oxidative perturbations in their interfacial habitats. Here, we investigated the antioxidant properties of ergosterol using in vivo, in vitro, and in silico approaches. The results showed that ergosterol is involved in yeast resistance to tert-butyl hydroperoxide and protects lipids against oxidation in liposomes. A computational study based on quantum chemistry revealed that this protection could be related to its antioxidant properties operating through an electron transfer followed by a proton transfer mechanism. This study demonstrates the antioxidant role of ergosterol and proposes knowledge elements to explain the specific accumulation of this sterol in late branching fungi. Ergosterol, as a natural antioxidant molecule, could also play a role in the incompletely understood beneficial effects of some mushrooms on health.
Published: 2021

33. Efficient stabilisation of curcumin microencapsulated into yeast cells via osmoporation

Author: Fábio Gonçalves Macêdo de Medeiros, Sébastien Dupont, Roberta Targino Hoskin, Gaëlle Roudaut, Laurent Beney, Márcia Regina da Silva Pedrini, Departamento de Engenharia Química - Laboratório de Bioprocessos [Natal], Universidade Federal do Rio Grande do Norte [Natal] (UFRN), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physico-Chimie de l'Aliment et du Vin (PCAV), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Cell Membrane Permeability, Curcumin, Antioxidant, medicine.medical_treatment, Saccharomyces cerevisiae, S. cerevisiae, Thermal treatment, Applied Microbiology and Biotechnology, Osmoporation, Industrial Microbiology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Differential scanning calorimetry, Antioxidant activity, Osmotic Pressure, medicine, Microencapsulation, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Ethanol, Artificial light, biology, 030306 microbiology, General Medicine, biology.organism_classification, Yeast, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, chemistry, Stability, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Biotechnology, Nuclear chemistry
Abstract: International audience; This study proposes the investigation of curcumin encapsulation into Saccharomyces cerevisiae cells through osmoporation as an efficient way of increasing curcumin stability. The influence of three process parameters (cell, ethanol and curcumin concentrations) on the encapsulation process was evaluated, and the obtained biocapsules were characterised for physical and photochemical stabilisation. Results showed that encapsulation efficiency was favoured by the increase of cells/curcumin ratio and ethanol concentration up to 60%. Differential scanning calorimetry (DSC) curves revealed that yeast encapsulation delayed the curcumin melting point up to 207 °C. Encapsulated curcumin retained over 80% of antioxidant activity after thermal treatment (150 °C) and over 70% after a 50-day exposure to artificial light. Photochemical stability of yeast-encapsulated curcumin was increased by 5.7-fold, and half-life time reached 181 days under illumination conditions. Overall, osmoporation-produced yeast biocapsules confirmed the versatility of osmoporation as an encapsulation technique and successfully improved curcumin stability.
Published: 2019

34. Oxidative stress resistance during dehydration of three non-Saccharomyces wine yeast strains

Author: Florence Husson, Pierre-André Marechal, Antonio de Anchieta Câmara, Raphaëlle Tourdot-Maréchal, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 030309 nutrition & dietetics, Wine, Torulaspora delbrueckii, Metschnikowia, Saccharomyces, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0404 agricultural biotechnology, Yeast, Dried, Lachancea thermotolerans, Lipid oxidation, Malondialdehyde, ROS accumulation, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Food science, 0303 health sciences, Growth medium, Microbial Viability, Dehydration, biology, Chemistry, Torulaspora, 04 agricultural and veterinary sciences, Metschnikowia pulcherrima, biology.organism_classification, 040401 food science, Yeast, Oxidative Stress, Yeast in winemaking, Evaluation Studies as Topic, Fermentation, Saccharomycetales, Lipid Peroxidation, Reactive Oxygen Species, Food Science
Abstract: International audience; The development of new fermented foods and beverages requires more and more the use of new dehydrated yeasts species. In this context, the non-Saccharomyces (NS) yeasts Torulaspora delbrueckii, Metschnikowia pulcherrima and Lachancea thermotolerans are developed especially in winemaking as co-culture in the fermentation of the must or for the must bioprotection. However, during formulation-dehydration the yeast cells are exposed to several stresses that reduce cellular activity. Among these, the oxidative stress induced by the stabilization processes has been described as one of the main causes of cell death. In this study, we analyzed the effects of growth medium associated with two dehydration kinetics on the accumulation of reactive oxygen species (ROS) and lipid peroxidation levels. The cultivability of tested yeast strains was dependent on growth and dehydration conditions. The L. thermotolerans strain was the most sensible to dehydration when growing in nutrient-poor media, which was characterized by high levels of ROS, lipid peroxidation and reduced cultivability. In contrast, this yeast was able to restore its cultivability when growing in nutrient-rich medium before dehydration. The other NS yeast strains acquired resistance to oxidative stress similarly but in a growth-dehydration condition less dependent manner. These results showed that modulation of growing medium composition is a simple way to improve resistance to oxidative attack imposed by dehydration in NS yeasts. This was the first time that multiple quantitative and qualitative indicators of oxidative stress response in these three NS yeast strains were explored.
Published: 2019

35. Comparison of the antioxidant property of acerola extracts with synthetic antioxidants using an in vivo method with yeasts

Author: Laurent Beney, Thais Maria Ferreira de Souza Vieira, Patrick Gervais, Sébastien Dupont, Simone Possedente de Lira, Richtier Gonçalves da Cruz, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Luiz de Queiroz College of Agriculture, University of São Paulo, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Antioxidant, DPPH, medicine.medical_treatment, Saccharomyces cerevisiae, 01 natural sciences, Antioxidants, Scavenger, Analytical Chemistry, chemistry.chemical_compound, 0404 agricultural biotechnology, Phenols, In vivo, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, medicine, Acerola extracts, Food science, ABTS, Plant Extracts, Chemistry, 010401 analytical chemistry, Vitamin K 3, Hydrogen Peroxide, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, Ascorbic acid, 040401 food science, Yeast, Phenolic compounds, In vitro, 0104 chemical sciences, LEVEDURAS, Reactive Oxygen Species, Malpighiaceae, Food Science
Abstract: International audience; In this study, we compared the antioxidant activity of ripe and unripe acerola extracts with synthetic antioxidants (BHA and BHT). This activity was assessed by classical approaches (DPPH and ABTS) and by an in vivo method using yeasts. Acerola extracts contain phenolic compounds and ascorbic acid that exhibit radical scavenger capacity and reducing power. The results obtained with yeasts revealed that the acerola extracts and BHT either acted as antioxidants or presented no activity depending on the nature of the oxidant molecule used. BHA decreased yeast resistance to oxidative treatments and also showed deleterious effects even when oxidative treatments were not applied. The unripe acerola was the most efficient antioxidant in the in vitro experiments but not necessarily in the in vivo assays, showing the weakness of in vitro systems in predicting antioxidant responses for biological purposes. BHA presented cell damaging effects even in the absence of oxidizing reagents.
Published: 2019

36. Anhydrobiosis: Inside yeast cells

Author: Patrick Gervais, Laurent Beney, Sébastien Dupont, Elena A. Golovina, Alexander Rapoport, University of Latvia (LU), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, TW-LV-LT Foundation for Scientific Cooperation grant 2016-2018, STW Stichting voor de Technische Wetenschappen [2014-2018], Regional Council of Bourgogne - Franche Comte, and 'Fonds Europeen de Developpement Regional (FEDER)' 2016-2017
Subjects: 0106 biological sciences, lipid-phase, Cell Survival, desiccation tolerance, Microorganism, Biophysics, Bioengineering, Saccharomyces cerevisiae, Biology, 01 natural sciences, Applied Microbiology and Biotechnology, Dehydration-rehydration, Desiccation tolerance, 03 medical and health sciences, wine yeast, Intracellular protective reactions, 010608 biotechnology, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Organelle, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, water replacement hypothesis, Laboratorium voor Plantenfysiologie, Desiccation, Cryptobiosis, membrane phase-transitions, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Dehydration, Water, endoplasmic-reticulum, plasma-membrane, Anhydrobiosis, Yeast, Dehydration–rehydration, Yeast in winemaking, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Biofysica, Cellular Microenvironment, Intracellular changes, Biochemistry, glass-transition, candida-utilis cells, EPS, Adaptation, saccharomyces-cerevisiae cells, Laboratory of Plant Physiology, Biotechnology
Abstract: International audience; Under natural conditions yeast cells as well as other microorganisms are regularly subjected to the influence of severe drought, which leads to their serious dehydration. The dry seasons are then changed by rains and there is a restoration of normal water potential inside the cells. To survive such seasonal changes a lot of vegetative microbial cells, which belong to various genera and species, may be able to enter into a state of anhydrobiosis, in which their metabolism is temporarily and reversibly suspended or delayed. This evolutionarily developed adaptation to extreme conditions of the environment is widely used for practical goals - for conservation of microorganisms in collections, for maintenance and long storage of different important strain-producers and for other various biotechnological purposes. This current review presents the most important data obtained mainly in the studies of the structural and functional changes in yeast cells during dehydration. It describes the changes of the main organelles of eukaryotic cells and their role in cell survival in a dry state. The review provides information regarding the role of water in the structure and functions of biological macromolecules and membranes. Some important intracellular protective reactions of eukaryotic organisms, which were revealed in these studies and may have more general importance, are also discussed. The results of the studies of yeast anhydrobiosis summarized in the review show the possibilities of improving the conservation and long-term storage of various microorganisms and of increasing the quality of industrially produced dry microbial preparations.
Published: 2019

37. Interlaboratory evaluation of Mucorales PCR assays for testing serum specimens: a study by the fungal PCR Initiative and the Modimucor study group

Author: Rosemary Ann Barnes, J.P. Donnelly, Valérie Letscher-Bru, S Fuchs, Emeline Scherer, Maud Gits-Muselli, Birgit Willinger, Boualem Sendid, Massimo Cogliati, Ferry Hagen, R Hare, Stéphane Bretagne, Carlo Mengoli, Steffi Rocchi, Martina Lengerová, Michaela Lackner, Julie Denis, J. Loeffler, Alexandre Alanio, Wilfried Posch, P. L. White, Jan Springer, Laurence Millon, Françoise Botterel, Frédéric Dalle, Marie-Elisabeth Bougnoux, Xavier Iriart, C Klaassen, Céline Nourrisson, Céline Damiani, Florent Morio, Marjorie Cornu, Catriona Halliday, Mario Cruciani, Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de parasitologie et de mycologie médicales [CHU Amiens], CHU Amiens-Picardie, Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie Médicale [Strasbourg], Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Service de Parasitologie et Mycologie, CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Medical Microbiology & Infectious Diseases, University of Padova Medical School, Génomique évolutive, modélisation et santé (CNRS-UMR2000), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), CHU Henri Mondor, Unité de Parasitologie-Mycologie, Service de Microbiologie [Hôpital Necker-Enfants-Malades, Paris], Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques - National Reference Center Invasive Mycoses & Antifungals (CNRMA), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie [CHU Saint Louis, Paris], Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Westerdijk Fungal Biodiversity Institute, and Westerdijk Fungal Biodiversity Institute - Medical Mycology
Subjects: 0301 basic medicine, Mucorales, Veterinary medicine, Lichtheimia corymbifera, 030106 microbiology, Pcr assay, Mucorales PCR, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Real-Time Polymerase Chain Reaction, law.invention, Rhizomucor pusillus, Hospitals, University, 03 medical and health sciences, interlaboratory assay, 0302 clinical medicine, SDG 3 - Good Health and Well-being, law, Humans, Mucormycosis, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, 030212 general & internal medicine, DNA, Fungal, Polymerase chain reaction, Observer Variation, standardization, biology, Clinical Laboratory Techniques, Reproducibility of Results, General Medicine, circulating DNA, biology.organism_classification, University hospital, Diagnostic strategy, DNA extraction, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Infectious Diseases, Molecular Diagnostic Techniques, France, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: Interlaboratory evaluations of Mucorales qPCR assays were developed to assess the reproducibility and performance of methods currently used. The participants comprised 12 laboratories from French university hospitals (nine of them participating in the Modimucor study) and 11 laboratories participating in the Fungal PCR Initiative. For panel 1, three sera were each spiked with DNA from three different species (Rhizomucor pusillus, Lichtheimia corymbifera, Rhizopus oryzae). For panel 2, six sera with three concentrations of R. pusillus and L. corymbifera (1, 10, and 100 genomes/ml) were prepared. Each panel included a blind negative-control serum. A form was distributed with each panel to collect results and required technical information, including DNA extraction method, sample volume used, DNA elution volume, qPCR method, qPCR template input volume, qPCR total reaction volume, qPCR platform, and qPCR reagents used. For panel 1, assessing 18 different protocols, qualitative results (positive or negative) were correct in 97% of cases (70/72). A very low interlaboratory variability in Cq values (SD = 1.89 cycles) were observed. For panel 2 assessing 26 different protocols, the detection rates were high (77–100%) for 5/6 of spiked serum. There was a significant association between the qPCR platform and performance. However, certain technical steps and optimal combinations of factors may also impact performance. The good reproducibility and performance demonstrated in this study support the use of Mucorales qPCR as part of the diagnostic strategy for mucormycosis.
Published: 2021

38. Interlaboratory evaluation of Mucorales PCR assays for testing serum specimens: A study by the fungal PCR Initiative and the Modimucor study group

Author: Rocchi, S, Scherer, E, Mengoli, C, Alanio, A, Botterel, F, Bougnoux, M, Bretagne, S, Cogliati, M, Cornu, M, Dalle, Frédéric, Damiani, Céline, Denis, J, Fuchs, S, Gits-Muselli, M, Hagen, F, Halliday, C, Hare, R, Iriart, Xavier, Klaassen, C, Lackner, M, Lengerova, M, Letscher-Bru, V, Morio, F, Nourrisson, C, Posch, W, Sendid, B, Springer, J, Willinger, B, White, P, Barnes, R, Cruciani, M, Donnelly, J, Loeffler, J, Millon, L, Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Università degli Studi di Padova = University of Padua (Unipd), Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques - National Reference Center Invasive Mycoses & Antifungals (CNRMA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Mycologie moléculaire - Molecular Mycology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpitaux Universitaire Saint-Louis, Lariboisière, Fernand-Widal, Université Paris Cité (UPCité), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Faculté de médecine (UPEC Médecine), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), CHU Henri Mondor [Créteil], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Biologie et Pathogénicité fongiques (BPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris] (IP), Università degli Studi di Milano = University of Milan (UNIMI), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de parasitologie et de mycologie médicales [CHU Amiens], CHU Amiens-Picardie, Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie Médicale [Strasbourg], Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Leopold Franzens Universität Innsbruck - University of Innsbruck, UFR Médecine [Santé] - Université Paris Cité (UFR Médecine UPCité), Univ Utrecht, Westerdijk Fungal Biodivers Inst, Fungal Physiol, Uppsalalaan 8, NL-3584 CT Utrecht, Netherlands, Partenaires INRAE, University Medical Center [Utrecht], Shanghai Key Laboratory of Molecular Medical Mycology, Changzheng Hospital, Second Military Medical University, Statens Serum Institut [Copenhagen], Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Erasmus University Medical Center [Rotterdam] (Erasmus MC), Innsbruck Medical University = Medizinische Universität Innsbruck (IMU), University Hospital Brno, CHU Strasbourg, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), CHU Clermont-Ferrand, University Hospital Wuerzburg / Universitätsklinikum Würzburg, Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna, Public Health Wales [Cardiff, Royaume uni], University of Texas Health Science Center at San Antonio [San Antonio, Tx, USA], This work was supported by a grant from the French Ministry of Health PHRC (Projet Hospitalier de Recherche Clinique) national-ModiMucor 2014-A00580-47., Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Génomique évolutive, modélisation et santé (CNRS-UMR2000), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité - UFR Médecine [Santé] (UPCité UFR Médecine), CHU Henri Mondor, Biologie des ARN des Pathogènes fongiques - RNA Biology of Fungal Pathogens, Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité), University of Innsbruck, Service de Parasitologie et Mycologie, CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie et Pathogénicité fongiques - Fungal Biology and Pathogenicity (BPF), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Padova Medical School, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Université Paris Cité - UFR Médecine Paris Centre [Santé] (UPC Médecine Paris Centre), Université Paris Cité (UPC), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPC), and Università degli Studi di Milano [Milano] (UNIMI)
Subjects: standardization, MESH: Clinical Laboratory Techniques / instrumentation, MESH: Humans, MESH: Mucorales / genetics, Mucorales PCR, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, circulating DNA, MESH: Molecular Diagnostic Techniques / standards, MESH: Observer Variation, MESH: Mucormycosis / blood, MESH: Reproducibility of Results, MESH: France, interlaboratory assay, MESH: Real-Time Polymerase Chain Reaction / standards, MESH: Hospitals, University / statistics & numerical data, MESH: Clinical Laboratory Techniques / standards, MESH: DNA, Fungal / genetics, MESH: Clinical Laboratory Techniques / methods, MESH: Mucormycosis / diagnosis, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Interlaboratory evaluations of Mucorales qPCR assays were developed to assess the reproducibility and performance of methods currently used. The participants comprised 12 laboratories from French university hospitals (nine of them participating in the Modimucor study) and 11 laboratories participating in the Fungal PCR Initiative. For panel 1, three sera were each spiked with DNA from three different species (Rhizomucor pusillus, Lichtheimia corymbifera, Rhizopus oryzae). For panel 2, six sera with three concentrations of R. pusillus and L. corymbifera (1, 10, and 100 genomes/ml) were prepared. Each panel included a blind negative-control serum. A form was distributed with each panel to collect results and required technical information, including DNA extraction method, sample volume used, DNA elution volume, qPCR method, qPCR template input volume, qPCR total reaction volume, qPCR platform, and qPCR reagents used. For panel 1, assessing 18 different protocols, qualitative results (positive or negative) were correct in 97% of cases (70/72). A very low interlaboratory variability in Cq values (SD = 1.89 cycles) were observed. For panel 2 assessing 26 different protocols, the detection rates were high (77-100%) for 5/6 of spiked serum. There was a significant association between the qPCR platform and performance. However, certain technical steps and optimal combinations of factors may also impact performance. The good reproducibility and performance demonstrated in this study support the use of Mucorales qPCR as part of the diagnostic strategy for mucormycosis.
Published: 2021

39. Cardiolipin content controls mitochondrial coupling and energetic efficiency in muscle

Author: Serge Luquet, Vladimir Veksler, Céline Henry, Alexandre Prola, Marie Maurer, Alexandra Malgoyre, Hadrien Chauvin, Stéphane Guyot, Jordan Blondelle, Audrey Solgadi, Frédéric Relaix, Frederic Joubert, Fanny Pilot-Storck, Cindy Gallerne, Jean Demarquoy, Geneviève Derumeaux, F. Dumont, Laurent Guillaud, Laurent Tiret, Julien Ternacle, Mélanie Gressette, Arnaud Mourier, Aymeline Vandestienne, Guillaume Courtin, Marie-France Giraud, Nathalie Koulmann, Nahed Khadhraoui, Jérôme Piquereau, Raphaël G. P. Denis, Julien Castel, Thibaut Molinié, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Signalisation et physiopathologie cardiovasculaire (CARPAT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative (BFA (UMR_8251 / U1133)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de biochimie et génétique cellulaires (IBGC), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ingénierie et Plateformes au Service de l'Innovation Thérapeutique (IPSIT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de Biologie de l'Exercice pour la Performance et la Santé (LBEPS), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), École du Val de Grâce (EVDG), Service de Santé des Armées, Université Paris-Saclay, Faculté de Pharmacie, 92290 Châtenay-Malabry, France, Plateforme d'Analyse Protéomique de Paris Sud Ouest (PAPPSO), AFM-Téléthon Translamuscle I (#19507) & Translamuscle II (#22946), ANR-12-JSV1-0005,LipidoMyo,Rôle des acides gras à très longue chaîne dans la physiopathologie musculaire(2012), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Dijon, Institut Agro, and Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)
Subjects: muscle, [SDV]Life Sciences [q-bio], Respiratory chain, Diseases and Disorders, Oxidative phosphorylation, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, 030204 cardiovascular system & hematology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, medicine, Cardiolipin, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Inner mitochondrial membrane, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Research Articles, Fatty acid synthesis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Multidisciplinary, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, ATP synthase, biology, fungi, food and beverages, SciAdv r-articles, Skeletal muscle, Fatty acid, Cell Biology, mitochondrial, Cell biology, medicine.anatomical_structure, chemistry, biology.protein, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Research Article
Abstract: Decreasing mitochondrial energy-production efficiency in skeletal muscle can confer protection against diet-induced obesity., Unbalanced energy partitioning participates in the rise of obesity, a major public health concern in many countries. Increasing basal energy expenditure has been proposed as a strategy to fight obesity yet raises efficiency and safety concerns. Here, we show that mice deficient for a muscle-specific enzyme of very-long-chain fatty acid synthesis display increased basal energy expenditure and protection against high-fat diet–induced obesity. Mechanistically, muscle-specific modulation of the very-long-chain fatty acid pathway was associated with a reduced content of the inner mitochondrial membrane phospholipid cardiolipin and a blunted coupling efficiency between the respiratory chain and adenosine 5′-triphosphate (ATP) synthase, which was restored by cardiolipin enrichment. Our study reveals that selective increase of lipid oxidative capacities in skeletal muscle, through the cardiolipin-dependent lowering of mitochondrial ATP production, provides an effective option against obesity at the whole-body level.
Published: 2021

40. Urn models with random multiple drawing and random addition

Author: Crimaldi, Irene, LOUIS, Pierre-Yves, Minelli, Ida, IMT Institute for Advanced Studies [Lucca], Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Mathématiques de Bourgogne [Dijon] (IMB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB), Dipartimento di Ingegneria e Scienze dell’Informazione e Matematica Università degli Studi dell’Aquila L’Aquila Italy, Department of Information Engineering, Computer Science and Mathematics = Dipartimento di Ingegneria e Scienze dell'Informazione e Matematica [L'Aquila] (DISIM), and Università degli Studi dell'Aquila (UNIVAQ)
Subjects: [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], Probability (math.PR), Urn models, Mathematics - Statistics Theory, Statistics Theory (math.ST), randomly reinforced urns, 60B10, 60F05, 60F15, 60G42, 62P25, 91D30, 92C60, central limit theorems, Reinforcement, [MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], Urn and balls model, Mathematics::Probability, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], FOS: Mathematics, opinion dynamics, epidemic models, stable convergence, Mathematics - Probability
Abstract: We consider an urn model with multiple drawing and random time-dependent addition matrix. The model is very general with respect to previous literature: the number of sampled balls at each time-step is random, the addition matrix has general random entries. For the proportion of balls of a given color, we prove almost sure convergence results and fluctuation theorems (through CLTs in the sense of stable convergence and of almost sure conditional convergence, which are stronger than convergence in distribution). Asymptotic confidence intervals are given for the limit proportion, whose distribution is generally unknown.
Published: 2021
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41. Inhibitory effect of high hydrostatic pressure, nisin, and moderate heating on the inactivation of Paenibacillus sp. and Terribacillus aidingensis spores isolated from UHT milk

Author: Chedia Aouadhi, Abderrazak Maaroufi, Souhir Kmiha, Slah Mejri, Chloé Modugno, Hélène Simonin, Jean-Marie Perrier-Cornet, University of Tunis El Manar, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratory of Animal Resources and Food, National Institute of Agronomy, University Carthage, Tunis, Tunisia, and Université de Carthage - University of Carthage
Subjects: 0303 health sciences, 030306 microbiology, Hydrostatic pressure, fungi, food and beverages, Germination, Bacillus spore, Condensed Matter Physics, Inactivation, Spore, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, High pressure, Terribacillus aidingensis, chemistry, Paenibacillus sp, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Food science, Inhibitory effect, Nisin, 030304 developmental biology
Abstract: International audience; The sensitivity of Paenibacillus sp. and Terribacillus aidingensis spores to combined action of HP, nisin and moderate heating were investigated for the first time. The results showed that the effect of HP on spores varies with pressure level, treatment temperature, spore species and presence of nisin. T. aidingensis spores were more resistant than Paenibacillus sp., whatever the treatment applied. The inactivation rates of both spore species did not exceed 2.7log (CFU/mL) after HP treatment at 600 MPa/50°C/10 min. However, a high synergistic effect of nisin and HP was observed after a treatment at 500 MPa/10 min/50°C with addition of nisin during HP and into the recovery medium, leading to 6log (CFU/mL) and 4log (CFU/mL) reduction for Paenibacillus and Terribacillus spores, respectively. Finally, the fraction of germinated spores by HP was measured and the results showed that germination induction is not the only underlying mechanisms of nisin sensitization by HP.
Published: 2021

42. Increased xerotolerance of Saccharomyces cerevisiae during an osmotic pressure ramp over several generations

Author: Lucie Bertheau, Patrick Gervais, Jennifer Dumont, Mélanie Ragon, Emmanuel Denimal, Laurence Pottier, John E. Hallsworth, Ambroise Marin, Eminence Dorelle Hondjuila Miokono, Sébastien Dupont, Stéphane Guyot, Laurent Beney, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de génie des procédés - environnement - agroalimentaire (GEPEA), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - Nantes (IUT Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie Saint-Nazaire (IUT Saint-Nazaire), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - La Roche-sur-Yon (IUT La Roche-sur-Yon), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, University Marien Ngouabi of Brazzaville (umng), Service d’Appui à la Recherche - AgroSup Dijon, AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institute for Global Food Security [Belfast], and Queen's University [Belfast] (QUB)
Subjects: Glycerol, Molar concentration, Water activity, Saccharomyces cerevisiae, Bioengineering, Applied Microbiology and Biotechnology, Biochemistry, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Osmotic Pressure, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Osmotic pressure, Research article, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Food science, Research Articles, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Chemistry, Water, biology.organism_classification, Glucose, 13. Climate action, Gradual increase, Osmotic challenge, TP248.13-248.65, Biotechnology, Research Article
Abstract: Summary Although mechanisms involved in response of Saccharomyces cerevisiae to osmotic challenge are well described for low and sudden stresses, little is known about how cells respond to a gradual increase of the osmotic pressure (reduced water activity; aw) over several generations as it could encounter during drying in nature or in food processes. Using glycerol as a stressor, we propagated S. cerevisiae through a ramp of the osmotic pressure (up to high molar concentrations to achieve testing‐to‐destruction) at the rate of 1.5 MPa day‐1 from 1.38 to 58.5 MPa (0.990–0.635 aw). Cultivability (measured at 1.38 MPa and at the harvest osmotic pressure) and glucose consumption compared with the corresponding sudden stress showed that yeasts were able to grow until about 10.5 MPa (0.926 aw) and to survive until about 58.5 MPa, whereas glucose consumption occurred until 13.5 MPa (about 0.915 aw). Nevertheless, the ramp conferred an advantage since yeasts harvested at 10.5 and 34.5 MPa (0.778 aw) showed a greater cultivability than glycerol‐shocked cells after a subsequent shock at 200 MPa (0.234 aw) for 2 days. FTIR analysis revealed structural changes in wall and proteins in the range 1.38–10.5 MPa, which would be likely to be involved in the resistance at extreme osmotic pressure., Using glycerol as a stressor, we propagated S. cerevisiae through a ramp of the osmotic pressure (up to high molar concentrations to achieve testing‐to‐destruction) at the rate of 1.5 MPa day‐1 from 1.38 to 58.5 MPa. The ramp conferred an advantage since yeasts harvested at 10.5 and 34.5 MPa showed a greater cultivability than glycerol‐shocked cells after a subsequent shock at 200 MPa for 2 days. FTIR analysis revealed structural changes in wall and proteins in the range 1.38–10.5 MPa, which would be likely to be involved in the resistance at extreme osmotic pressure.
Published: 2021

43. Multicenter Comparative Study of Six Cryptosporidium parvum DNA Extraction Protocols Including Mechanical Pretreatment from Stool Samples

Author: Damien Costa, Louise Basmaciyan, Philippe Poirier, Romy Razakandrainibe, Loïc Favennec, Florence Robert-Gangneux, Anne Vincent, Stéphane Valot, Céline Nourrisson, Frédéric Dalle, Nicolas Valeix, Bruno Pereira, Emilie Fréalle, Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Centre national de référence des Cryptosporidioses, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire de Parasitologie et Mycologie [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU LIlle], Institut de Microbiologie [CHRU Lille], Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This research was funded by Sante Publique France., Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), and Chard-Hutchinson, Xavier
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Lysis, [SDV]Life Sciences [q-bio], animal diseases, 030106 microbiology, 030231 tropical medicine, Cryptosporidium parvum, Microbiology, stool samples, Matrix (chemical analysis), 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, fluids and secretions, Virology, parasitic diseases, molecular diagnosis, lcsh:QH301-705.5, DNA extraction, Feces, Chromatography, biology, Chemistry, Extraction (chemistry), digestive, oral, and skin physiology, Cryptosporidium, biology.organism_classification, grinding, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Real-time polymerase chain reaction, lcsh:Biology (General), real-time PCR
Abstract: Background: Nowadays, many commercial kits allow the detection of Cryptosporidium sp. in stool samples after deoxyribonucleic acid (DNA) extraction. Protocols of stool pretreatment have been proposed to optimize oocysts&rsquo, DNA extraction. Among them, mechanical grinding was reported to improve the performance of Cryptosporidium oocysts&rsquo, DNA extraction. Methods: A multicenter comparative study was conducted within the framework of the French National Reference Center-Expert Laboratory for Cryptosporidiosis. Six extraction systems (i.e., manual or automated) associated with various mechanical pretreatment protocols, were compared for the Cryptosporidium parvum oocyst&rsquo, DNA extraction, before amplification using the same real-time PCR method targeting. Results: The sensitivity of real-time PCR assay was unequally impacted by the pretreatment/extraction protocol. We observed significant differences for the lowest concentrations of C. parvum oocysts (i.e., 0&ndash, 94.4% and 33.3&ndash, 100% respectively for 10 and 50 oocysts/mL). All in all, the protocol using Quick DNA Fecal/Soil Microbe-Miniprep&reg, manual kit showed the best performances. In addition, optimal performances of mechanical pretreatment were obtained by combining a grinding duration of 60 s with a speed of 4 m/s using Fastprep24&reg, with Lysing Matrix E&reg, Conclusions: Sample pretreatment, as well as the extraction method, needs to be properly adapted to improve the diagnostic performances of the C. parvum DNA amplification methods.
Published: 2020
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44. Highlighting Protective Effect of Encapsulation on Yeast Cell Response to Dehydration Using Synchrotron Infrared Microspectroscopy at the Single-Cell Level

Author: Fernanda Fonseca, Stéphane Guyot, Rémi Saurel, Florence Husson, Caroline Pénicaud, Christophe Sandt, Stéphanie Passot, Thanh Dat Nguyen, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Paris-Saclay Food and Bioproduct Engineering (SayFood), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), SMIS Beamline, Synchrotron SOLEIL, Physico-Chimie de l'Aliment et du Vin (PCAV), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Conseil Regional de Bourgogne through the 'plan d'actions regional pour l'innovation' (PARI), European Project: PO FEDER-FSE Bourgogne 2014/2020, Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)
Subjects: Microbiology (medical), Infrared, Kinetics, lcsh:QR1-502, yeast, Microbiology, lcsh:Microbiology, law.invention, 03 medical and health sciences, law, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Membrane fluidity, medicine, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Dehydration, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Original Research, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, response, synchrotron FTIR, 030306 microbiology, Chemistry, Layer by layer, dehydration, medicine.disease, Yeast, Synchrotron, [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, Biophysics, encapsulation, Cell response, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; In the present paper, the Layer by Layer (LbL) method using beta-lactoglobulin and sodium alginate was performed to individually encapsulateSaccharomyces cerevisiaecells in microorganized shells in order to protect them against stresses during dehydration. Higher survival (similar to 1 log) for encapsulated yeast cells was effectively observed after air dehydration at 45 degrees C. For the first time, the potentiality of Synchrotron-Fourier Transform InfraRed microspectroscopy (S-FTIR) was used at the single-cell level in order to analyze the contribution of the biochemical composition of non-encapsulated vs. encapsulated cells in response to dehydration. The microspectroscopy measurements clearly differentiated between non-encapsulated and encapsulated yeast cells in the amide band region. In the spectral region specific to lipids, the S-FTIR results indicated probably the decrease in membrane fluidity of yeast after dehydration without significant distinction between the two samples. These data suggested minor apparent chemical changes in cell attributable to the LbL system upon dehydration. More insights are expected regarding the lower mortality among encapsulated cells. Indeed the hypothesis that the biopolymeric layers could induce less damage in cell by affecting the transfer kinetics during dehydration-rehydration cycle, should be verified in further work.
Published: 2020

45. Interacting non-linear reinforced stochastic processes: synchronization and no-synchronization

Author: Crimaldi, Irene, Louis, Pierre-Yves, Minelli, Ida Germana, IMT Institute for Advanced Studies [Lucca], Laboratoire de Mathématiques et Applications (LMA-Poitiers), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Mathématiques de Bourgogne [Dijon] (IMB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB), and University of L'Aquila [Italy] (UNIVAQ)
Subjects: Generalized Pólya urn, Physics - Physics and Society, Stochastic approximation, Reinforced stochastic process, FOS: Physical sciences, Physics and Society (physics.soc-ph), Technological dynamics, Evolutionary-game theory, Reinforcement learning, FOS: Mathematics, MSC2010 Classification.91A12, 91D30, 62L20, 60K35, 60F15, 62P25, 62P20, Coordination games, Urn model, Interacting stochastic processes, JEL: C - Mathematical and Quantitative Methods, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], [INFO.INFO-GT]Computer Science [cs]/Computer Science and Game Theory [cs.GT], 91A12, 91D30, 62L20, 60K35, 60F15, 62P25, 62P20, Non-linear Pólya urn, Probability (math.PR), Interacting agents, Nonlinear Sciences - Adaptation and Self-Organizing Systems, [MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], JEL: C - Mathematical and Quantitative Methods/C.C6 - Mathematical Methods • Programming Models • Mathematical and Simulation Modeling, Adaptation and Self-Organizing Systems (nlin.AO), Mathematics - Probability, CODA models
Abstract: 'Rich get richer' rule comforts previously often chosen actions. What is happening to the evolution of individual inclinations to choose an action when agents do interact ? Interaction tends to homogenize while each individual dynamics tends to reinforce its own position. Interacting stochastic systems of reinforced processes were recently considered in many papers, where the asymptotic behavior was proven to exhibit a.s. synchronization. We consider in this paper models where, even if interaction among agents is present, absence of synchronization may happen due to the choice of an individual non-linear reinforcement. We show how these systems can naturally be considered as models for coordination games, technological or opinion dynamics.
Published: 2020

46. Microbial Dynamics between Yeasts and Acetic Acid Bacteria in Kombucha: Impacts on the Chemical Composition of the Beverage

Author: Raphaëlle Tourdot-Maréchal, Antoine Martin, François Verdier, Thierry Tran, Hervé Alexandre, Cosette Grandvalet, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Biomère SA
Subjects: Kombucha, Health (social science), Brettanomyces, yeasts, Plant Science, lcsh:Chemical technology, Hanseniaspora, Health Professions (miscellaneous), Microbiology, Saccharomyces, Article, 03 medical and health sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, lcsh:TP1-1185, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, acetic acid bacteria, Food science, Acetic acid bacteria, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Chemistry, pellicle, Microbial consortium, interactions, biology.organism_classification, sucrose hydrolysis, Yeast, symbiosis, kombucha, Acetobacter, Food Science
Abstract: Kombucha is a traditional low-alcoholic beverage made from sugared tea and transformed by a complex microbial consortium including yeasts and acetic acid bacteria (AAB). To study the microbial interactions and their impact on the chemical composition of the beverage, an experimental design with nine couples associating one yeast strain and one AAB strain isolated from original black tea kombucha was set up. Three yeast strains belonging to the genera Brettanomyces, Hanseniaspora, and Saccharomyces and three strains of Acetobacter and Komagataeibacter species were chosen. Monocultures in sugared tea were analyzed to determine their individual microbial behaviors. Then, cultivation of the original kombucha consortium and cocultures in sugared tea were compared to determine the interactive microbial effects during successive phases in open and closed incubation conditions. The results highlight the main impact of yeast metabolism on the product&rsquo, s chemical composition and the secondary impact of bacterial species on the composition in organic acids. The uncovered microbial interactions can be explained by different strategies for the utilization of sucrose. Yeasts and AAB unable to perform efficient sucrose hydrolysis rely on yeasts with high invertase activity to access released monosaccharides. Moreover, the presence of AAB rerouted the metabolism of Saccharomyces cerevisiae towards higher invertase and fermentative activities.
Published: 2020

47. Biophysical Stress Responses of the Yeast Lachancea thermotolerans During Dehydration Using Synchrotron-FTIR Microspectroscopy

Author: Laurence Dujourdy, Christophe Sandt, Thanh Dat Nguyen, Rémi Saurel, Florence Husson, Antonio de Anchieta Câmara, Caroline Peltier, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physico-Chimie de l'Aliment et du Vin (PCAV), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, SMIS Beamline, Synchrotron SOLEIL, Service d’Appui à la Recherche - AgroSup Dijon, AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Microbiology (medical), Kinetics, lcsh:QR1-502, Microbiology, lcsh:Microbiology, Flow cytometry, 03 medical and health sciences, Lachancea thermotolerans, Membrane fluidity, medicine, Dehydration, Viability assay, 030304 developmental biology, Original Research, 0303 health sciences, medicine.diagnostic_test, 030306 microbiology, Chemistry, Proteins, medicine.disease, Fluorescence, Lipids, Yeast, S-FTIR, Membrane, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Biophysics
Abstract: International audience; During industrial yeast production, cells are often subjected to deleterious hydric variations during dehydration, which reduces their viability and cellular activity. This study is focused on the yeast Lachancea thermotolerans, particularly sensitive to dehydration. The aim was to understand the modifications of single-cells biophysical profiles during different dehydration conditions. Infrared spectra of individual cells were acquired before and after dehydration kinetics using synchrotron radiation-based Fourier-transform infrared (S-FTIR) microspectroscopy. The cells were previously stained with fluorescent probes in order to measure only viable and active cells prior to dehydration. In parallel, cell viability was determined using flow cytometry under identical conditions. The S-FTIR analysis indicated that cells with the lowest viability showed signs of membrane rigidification and modifications in the amide I (α-helix and β-sheet) and amide II, which are indicators of secondary protein structure conformation and degradation or disorder. Shift of symmetric C-H stretching vibration of the CH2 group upon a higher wavenumber correlated with better cell viability, suggesting a role of plasma membrane fluidity. This was the first time that the biophysical responses of L. thermotolerans single-cells to dehydration were explored with S-FTIR. These findings are important for clarifying the mechanisms of microbial resistance to stress in order to improve the viability of sensitive yeasts during dehydration.
Published: 2020

48. Bio-Protection as an Alternative to Sulphites: Impact on Chemical and Microbial Characteristics of Red Wines

Author: Simonin, Scott, Roullier-Gall, Chloé, Ballester, Jordi, Schmitt-Kopplin, Philippe, Quintanilla-Casas, Beatriz, Vichi, S. (Stefania), Peyron, Dominique, Alexandre, Hervé, Tourdot Maréchale, Raphaëlle, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Helmholtz-Zentrum München (HZM), University of Barcelona, and The Regional Council of Burgundy and the European Funds for Regional Development (FEDER).
Subjects: [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Sulfits, Wine, Wine Bio-protection, Metabolomic, Phenolic And Volatile Compounds, Sulphites, Metschnikowia Pulcherrima, Metschnikowia pulcherrima, Microbiology, phenolic and volatile compounds, Phenols, sulphites, Sulfites, Vi, Fenols, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, wine bio-protection, Original Research, metabolomic
Abstract: International audience; In wine, one method of limiting the addition of sulphites, a harmful and allergenic agent, is bio-protection. This practice consists of the early addition of microorganisms on grape must before fermentation. Non-Saccharomyces yeasts have been proposed as an interesting alternative to sulphite addition. However, scientific data proving the effectiveness of bio-protection remains sparse. This study provides the first analysis of the chemical and microbiological effects of a Metschnikowia pulcherrima strain inoculated at the beginning of the red winemaking process in three wineries as an alternative to sulphiting. Like sulphiting, bio-protection effectively limited the growth of spoilage microbiota and had no influence on the phenolic compounds protecting musts and wine from oxidation. The bio-protection had no effect on the volatile compounds and the sensory differences were dependent on the experimental sites. However, a non-targeted metabolomic analysis by FTICR-MS highlighted a bio-protection signature.
Published: 2020

49. Yeast–Yeast Interactions: Mechanisms, Methodologies and Impact on Composition

Author: Chloé Roullier-Gall, Géraldine Klein, Alexis Joran, Fanny Bordet, Hervé Alexandre, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Microbiology (medical), Computer science, Process (engineering), Review, sensory, Microbiology, 03 medical and health sciences, Mixed culture, Virology, wine, Composition (language), lcsh:QH301-705.5, 030304 developmental biology, Winemaking, Wine, 0303 health sciences, Matrix composition, 030306 microbiology, Integrated approach, mixed culture, Yeast, omics, fermentation conditions, lcsh:Biology (General), yeast–yeast interactions, Biochemical engineering, methodologies, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; During the winemaking process, alcoholic fermentation is carried out by a consortium of yeasts in which interactions occurs. The consequences of these interactions on the wine matrix have been widely described for several years with the aim of controlling the winemaking process as well as possible. In this review, we highlight the wide diversity of methodologies used to study these interactions, and their underlying mechanisms and consequences on the final wine composition and characteristics. The wide variety of matrix parameters, yeast couples, and culture conditions have led to contradictions between the results of the different studies considered. More recent aspects of modifications in the composition of the matrix are addressed through different approaches that have not been synthesized recently. Non-volatile and volatile metabolomics, as well as sensory analysis approaches are developed in this paper. The description of the matrix composition modification does not appear sufficient to explain interaction mechanisms, making it vital to take an integrated approach to draw definite conclusions on them.
Published: 2020

50. Comparison of two encapsulation processes to protect the commensal gut probiotic bacterium Faecalibacterium prausnitzii from the digestive tract

Author: Cyril Iaconelli, Sébastien Dupont, Christian Caliri, Patrick Gervais, Odile Chambin, Audrey Raise, Laurent Beney, Alexandre Charriau, Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques (PMB), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Università degli Studi di Camerino, Physico-Chimie de l'Aliment et du Vin (PCAV), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Drug delivery system, Pharmaceutical Science, Faecalibacterium prausnitzii, Probiotic bacterium, 02 engineering and technology, ALMP beads, 030226 pharmacology & pharmacy, Exposure test, Commensal gut probiotic bacteria, Microbiology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Lipid Inclusion, Gut bacteria, biology, Chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, biology.organism_classification, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Digestive tract, Hydrophobic matrix, Encapsulation, 0210 nano-technology, Gelucire R 43-01, Bacteria
Abstract: International audience; Anaerobic commensal gut bacteria are among the most promising future treatments for many diseases. Because of their sensitivity to oxygen and to the harsh conditions of the gut, few studies on formulations that deliver bacteria in a viable and functional form to the intestine have been done. The aim of this study was to develop a reliable and easy-to-scale-up process meeting these requirements. The designed process consisted of mixing a freeze-dried bacterium, Faecalibacterium prausnitzii, with a melted hydrophobic matrix (Gelucire® 43/01) to encapsulate them into a solid lipid base after cooling. These formulations were compared with freeze-dried beads containing bacteria encapsulated by ionotropic gelation. This work demonstrates that both formulations improve the survival of bacteria in the stomach and distal jejunum buffers during a digestive exposure test. However, only lipid inclusion provided sufficient protection suitable for therapeutic application. Nevertheless, Gelucire® poorly stabilizes bacteria during storage, unlike the freeze-dried beads.
Published: 2020

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