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1. A Genome-Wide Evolutionary Simulation of the Transcription-Supercoiling Coupling

Author: Sam Meyer, Théotime Grohens, Guillaume Beslon, Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chromatine et Régulation de la Pathogénie bactérienne (CRP), Microbiologie, adaptation et pathogénie (MAP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lyon, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon
Subjects: DNA, Bacterial, Transcription, Genetic, Computational biology, Biology, Genome, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, chemistry.chemical_compound, Transcription (biology), Artificial Intelligence, Gene expression, evolution, Computer Science (miscellaneous), [INFO]Computer Science [cs], Promoter Regions, Genetic, Gene, genome, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], DNA, Superhelical, Promoter, DNA, Phenotype, DNA supercoiling, Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous), DNA supercoiling gene transcription genome evolution, gene transcription, transcription-supercoiling coupling, chemistry, DNA supercoil, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
Abstract: DNA supercoiling, the level of under- or overwinding of the DNA polymer around itself, is widely recognized as an ancestral regulation mechanism of gene expression in bacteria. Higher levels of negative supercoiling facilitate the opening of the DNA double helix at gene promoters and thereby increase gene transcription rates. Different levels of supercoiling have been measured in bacteria exposed to different environments, leading to the hypothesis that variations in supercoiling could be a response to changes in the environment. Moreover, DNA transcription has been shown to generate local variations in the supercoiling level and, therefore, to impact the transcription rate of neighboring genes. In this work, we study the coupled dynamics of DNA supercoiling and transcription at the genome scale. We implement a genome-wide model of gene expression based on the transcription-supercoiling coupling. We show that, in this model, a simple change in global DNA supercoiling is sufficient to trigger differentiated responses in gene expression levels via the transcription-supercoiling coupling. Then, studying our model in the light of evolution, we demonstrate that this non-linear response to different environments, mediated by the transcription-supercoiling coupling, can serve as the basis for the evolution of specialized phenotypes.
Published: 2022

2. Extreme structural stability of Ti0.5Sn0.5O2 nanoparticles: synergistic effect in the cationic sublattice

Author: Denis Machon, Sylvie Le Floch, Shashank Mishra, Stéphane Daniele, Karine Masenelli-Varlot, Patrick Hermet, Patrice Mélinon, (nano)Matériaux pour l'énergie (ENERGIE), Institut Lumière Matière [Villeurbanne] (ILM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Transport, Nanomagnétisme et Matériaux pour l'Énergie (ENERGIE), IRCELYON-C'Durable (CDURABLE), Institut de recherches sur la catalyse et l'environnement de Lyon (IRCELYON), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Consortium Lyon Saint-Etienne de Microscopie (CLYM), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM), Institut Charles Gerhardt Montpellier - Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux de Montpellier (ICGM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM), and Université de Montpellier (UM)
Subjects: [PHYS.COND.CM-MS]Physics [physics]/Condensed Matter [cond-mat]/Materials Science [cond-mat.mtrl-sci], General Materials Science
Abstract: International audience; Ti0.5Sn0.5O2 nanoparticles (∼5 nm and ∼10 nm) have been studied under high pressure by Raman spectroscopy. For particles with diameter ∼10 nm, a transformation has been observed at 20–25 GPa while for particles with ∼5 nm diameter no phase transition has been observed up to ∼30 GPa. The Ti0.5Sn0.5O2 solid solution shows an extended stability at the nanoscale, both of its cationic and anionic sublattices. This ultrastability originates from the contribution of Ti and Sn mixing: Sn stabilizes the cationic network at high pressure and Ti ensures a coupling between the cationic and anionic sublattices. This result questions a “traditional” crystallographic description based on polyhedra packing and this synergistic effect reported in this work is similar to the case of metamaterials but at the nanoscale.
Published: 2022

3. A Software to Visualize, Edit, Model and Mesh Vascular Networks

Author: Meghane Decroocq, Guillaume Lavoue, Makoto Ohta, Carole Frindel, Modeling & analysis for medical imaging and Diagnosis (MYRIAD), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Origami (Origami), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Fluid Sciences [Sendai] (IFS), Tohoku University [Sendai], ELyTMaX, École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Tohoku University [Sendai]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Graduate School of Biomedical Engineering (BME), and Decroocq, Méghane
Subjects: [INFO.INFO-CG] Computer Science [cs]/Computational Geometry [cs.CG], Hemodynamics, Hydrodynamics, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, Humans, [INFO.INFO-IA]Computer Science [cs]/Computer Aided Engineering, [INFO.INFO-CG]Computer Science [cs]/Computational Geometry [cs.CG], Cardiovascular System, Software, [INFO.INFO-IA] Computer Science [cs]/Computer Aided Engineering
Abstract: International audience; Computational fluid dynamics (CFD) is a key tool for a wide range of research areas, beyond the computer science community. In particular, CFD is used in medicine to measure blood flow from patient specific models of arteries. In this field, the creation of accurate meshes remains the most challenging step, as it is based on the segmentation of medical images, a time-consuming task which often requires manual intervention by medical doctors. In this context, userfriendly, interactive softwares are valuable. They enable to spread the new advances in numerical treatment to the medical community and enrich them with the expert knowledge (e.g anatomical knowledge) of clinicians. In this work, we present a user interface dedicated to the meshing of vascular networks from centerlines. It allows for the 3D visualization and edition of input centerlines, which constitute a simplified, easy-tomanipulate representation of vascular networks. The surface of the artery can be reconstructed from the modified centerlines by an editable parametric model and then meshed with high quality hexahedral elements. At every step of the process, the network can be confronted with medical images with enhanced visualization. The software will be released publicly. Clinical relevance - This tool facilitates the manual extraction and editing of vascular networks by medical doctors. It opens the generation of hexahedral meshes for computational fluid dynamics studies to non-expert users.
Published: 2022

4. Les articles de géographie dans le Dictionnaire Universel de Trévoux et l’Encyclopédie de Diderot et d’Alembert

Author: Vigier, Denis, Moncla, Ludovic, Lefort, Isabelle, Joliveau, Thierry, Mcdonough, Katherine, Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Data Mining and Machine Learning (DM2L), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The Alan Turing Institute, and ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010)
Subjects: [SHS.HISPHILSO]Humanities and Social Sciences/History, Philosophy and Sociology of Sciences, [INFO.INFO-TT]Computer Science [cs]/Document and Text Processing, [INFO.INFO-IR]Computer Science [cs]/Information Retrieval [cs.IR], [SHS.LANGUE]Humanities and Social Sciences/Linguistics
Abstract: International audience; This article examines entries about geography (e.g. places) in two of the major reference works of the eighteenth century: The Dictionnaire Universel de Trévoux and the Encyclopédie edited by Diderot and d’Alembert. Using a selection of 108 articles about French places that were printed in both works, the paper examines the most significant discursive characteristics in each sample and then compares them with each other and with examples from older dictionaries that were often used as sources of geographical information by the authors.; Cette contribution traite des articles de géographie dans deux œuvres majeures de diffusion des savoirs au xviiie siècle : le Dictionnaire Universel de Trévoux et l’Encyclopédie de Diderot et d’Alembert. L’étude est conduite sur un corpus échantillonné de cent huit articles présents dans les deux nomenclatures et traitant de la France. Les caractéristiques discursives les plus saillantes de ce corpus sont d’abord isolées pour chaque œuvre, puis comparées entre elles et avec celles observables dans plusieurs dictionnaires plus anciens qui furent souvent utilisés comme sources par les auteurs.
Published: 2022

5. Towards the optimization of ballistics in proton therapy using genetic algorithms: implementation issues

Author: Smekens, François, Freud, Nicolas, Sixou, Bruno, Beslon, Guillaume, Létang, Jean M, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Imagerie Tomographique et Radiothérapie, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Létang, Jean Michel
Subjects: FOS: Computer and information sciences, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, FOS: Physical sciences, Computer Science - Neural and Evolutionary Computing, Medical Physics (physics.med-ph), Neural and Evolutionary Computing (cs.NE), [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Physics - Medical Physics
Abstract: The dose delivered to the planning target volume by proton beams is highly conformal, sparing organs at risk and normal tissues. New treatment planning systems adapted to spot scanning techniques have been recently proposed to simultaneously optimize several fields and thus improve dose delivery. In this paper, we investigate a new optimization framework based on a genetic algorithm approach. This tool is intended to make it possible to explore new schemes of treatment delivery, possibly with future enhanced technologies. The optimization framework is designed to be versatile and to account for many degrees of freedom, without any {\it a priori} technological constraint. To test the behavior of our algorithm, we propose in this paper, as an example, to optimize beam fluences, target points and irradiation directions at the same time. The proposed optimization routine takes typically into account several thousands of spots of fixed size. The evolution is carried out by the three standard genetic operators: mutation, crossover and selection. The figure-of-merit (or fitness) is based on an objective function relative to the dose prescription to the tumor and to the limits set for organs at risk and normal tissues. Fluence optimization is carried out via a specific scheme based on a plain gradient with analytical solution. Several specific genetic algorithm issues are addressed: (i) the mutation rate is tuned to balance the search and selection forces, (ii) the initial population is selected using a bootstrap technique and (iii) to scale down the computation time, dose calculations are carried out with a fast analytical ray tracing method and are multi-threaded. In this paper implementation issues of the optimization framework are thoroughly described. The behavior of the proposed genetic algorithm is illustrated in both elementary and clinically-realistic test cases., 18 pages, 4 figures
Published: 2022

6. A Genome-Wide Evolutionary Simulation of the Transcription-Supercoiling Coupling: extended version

Author: Grohens, Théotime, Meyer, Sam, Beslon, Guillaume, Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lyon, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Chromatine et Régulation de la Pathogénie bactérienne (CRP), Microbiologie, adaptation et pathogénie (MAP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: evolution, [INFO]Computer Science [cs], genome, DNA supercoiling, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, gene transcription
Abstract: Extended version of the ALIFE21 paper (https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03242696), to appear in the Artificial Life journal.; DNA supercoiling, the level of under-or overwinding of the DNA polymer around itself, is widely recognized as an ancestral regulation mechanism of gene expression in bacteria. Higher levels of negative supercoiling facilitate the opening of the DNA double helix at gene promoters, and thereby increase gene transcription rates. Different levels of supercoiling have been measured in bacteria exposed to different environments, leading to the hypothesis that variations in supercoiling could be a response to changes in the environment. Moreover, DNA transcription has been shown to generate local variations in the supercoiling level, and therefore to impact the transcription rate of neighboring genes. In this work, we study the coupled dynamics of DNA supercoiling and transcription at the genome scale. We implement a genome-wide model of gene expression based on the transcription-supercoiling coupling. We show that, in this model, a simple change in global DNA supercoiling is sufficient to trigger differentiated responses in gene expression levels via the transcription-supercoiling coupling. Then, studying our model in the light of evolution, we demonstrate that this non-linear response to different environments, mediated by the transcription-supercoiling coupling, can serve as the basis for the evolution of specialized phenotypes.
Published: 2022

7. An approximate Bayesian formulation for deep image reconstruction in the presence of signal-dependent noise

Author: Amador, Luis, Bretin, Elie, Ducros, Nicolas, Imagerie Tomographique et Radiothérapie, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Ducros, Nicolas
Subjects: [INFO.INFO-AI] Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], [PHYS.PHYS.PHYS-OPTICS] Physics [physics]/Physics [physics]/Optics [physics.optics], [PHYS.PHYS.PHYS-OPTICS]Physics [physics]/Physics [physics]/Optics [physics.optics], Image reconstruction, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, deep learning, unfolded network, signal-dependent noise, [INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI]
Abstract: Recently, a variety of unrolled networks have been proposed for image reconstruction. These can be interpreted as parameter-optimized algorithms that incorporate steps that are traditionally encountered during the optimization of a hand-crafted objective or in the Bayesian formulation. Here, we address the problem of training such networks in the presence of signal-dependent noise, which is more realistic that the common additive Gaussian noise; however, it is also much more computationally demanding, when possible. In particular, we focus on the deep expectation-maximization network and describe how to approximate the Bayesian denoised completion step to reduce the computational cost and memory requirements while limiting the reconstruction error. We present reconstruction results from simulated data at different noise levels. Our network yields higher reconstruction peak signal-to-noise ratios than other similar approaches. In particular, our network shows greater robustness in the practical case where the noise level is unknown or is badly estimated.
Published: 2022

8. A well-posedness result for viscous compressible fluids with only bounded density

Author: Marius Paicu, Raphaël Danchin, Francesco Fanelli, Laboratoire d'Analyse et de Mathématiques Appliquées (LAMA), Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-Fédération de Recherche Bézout-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Équations aux dérivées partielles, analyse (EDPA), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Institut de Mathématiques de Bordeaux (IMB), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bordeaux (UB), ANR-15-CE40-0011,INFAMIE,Fluides inhomogènes : modèles asymptotiques et évolution d'interfaces(2015), ANR-16-CE40-0027,BORDS,Bords, oscillations et couches limites dans les systèmes différentiels(2016), ANR-10-LABX-0070,MILYON,Community of mathematics and fundamental computer science in Lyon(2010), ANR-15-CE40-0010,IFSMACS,Interaction Fluide-Structure : Modélisation, analyse, contrôle et simulation(2015), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), ANR: ANR-15-CE40-0011,INFAMIE, ANR: BORDS,ANR-16-CE40-0027-01, ANR-11-IDEX-0007-02/10-LABX-0070,MILYON,Community of mathematics and fundamental computer science in Lyon(2011), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Fédération de Recherche Bézout-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL)
Subjects: compressible Navier–Stokes equations, 35B30, Lagrangian formulation, Perturbation (astronomy), 76N10, 01 natural sciences, Compressible flow, Mathematics - Analysis of PDEs, Barotropic fluid, 0103 physical sciences, FOS: Mathematics, [MATH.MATH-AP]Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], Uniqueness, 0101 mathematics, Compressible navier stokes equations, Mathematics, Numerical Analysis, 35B65, Applied Mathematics, maximal regularity, 010102 general mathematics, Mathematical analysis, tangential regularity, 35A02, bounded density, Norm (mathematics), Bounded function, Compressibility, compressible Navier-Stokes equations, 010307 mathematical physics, 35Q35, Analysis, Analysis of PDEs (math.AP)
Abstract: We are concerned with the existence and uniqueness of solutions with only bounded density for the barotropic compressible Navier-Stokes equations. Assuming that the initial velocity has slightly sub-critical regularity and that the initial density is a small perturbation (in the $L^\infty$ norm) of a positive constant, we prove the existence of local-in-time solutions. In the case where the density takes two constant values across a smooth interface (or, more generally, has striated regularity with respect to some nondegenerate family of vector-fields), we get uniqueness. This latter result supplements the work by D. Hoff in [26] with a uniqueness statement, and is valid in any dimension $d\geq2$ and for general pressure laws., Oberwolfach Preprints;2018,10
Published: 2020

9. The Neumann numerical boundary condition for transport equations

Author: Frédéric Lagoutière, Jean-François Coulombel, Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 (IMT), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modélisation mathématique, calcul scientifique (MMCS), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-13-BS01-0009,BoND,Frontières, numérique, dispersion.(2013), ANR-17-CE40-0025,Nabuco,Frontières numériques et couplages(2017), Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 ( IMT ), Université Toulouse 1 Capitole ( UT1 ) -Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ) -Université Toulouse III - Paul Sabatier ( UPS ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-PRES Université de Toulouse-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse ( INSA Toulouse ), Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] ( ICJ ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon, ANR-13-BS01-0009,BoND,Frontières, numérique, dispersion. ( 2013 ), ANR-17-CE40-0025,NABUCO,NumericAl BoUndaries and COupling, Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Camille Jordan (ICJ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Discretization, Type (model theory), 01 natural sciences, Stability (probability), 010305 fluids & plasmas, Mathematics - Analysis of PDEs, [ MATH.MATH-AP ] Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], Normal mode, numerical schemes, 0103 physical sciences, Convergence (routing), Neumann boundary condition, [MATH.MATH-AP]Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], Boundary value problem, 0101 mathematics, Mathematics, Numerical Analysis, convergence, Mathematical analysis, transport equations, [ MATH.MATH-NA ] Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA], stability, 010101 applied mathematics, Modeling and Simulation, Outflow boundary, AMS classification: 65M12, 65M06, 65M20, [MATH.MATH-NA]Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA]
Abstract: In this article, we show that prescribing homogeneous Neumann type numerical boundary conditions at an outflow boundary yields a convergent discretization in \begin{document}$ \ell^\infty $\end{document} for transport equations. We show in particular that the Neumann numerical boundary condition is a stable, local, and absorbing numerical boundary condition for discretized transport equations. Our main result is proved for explicit two time level numerical approximations of transport operators with arbitrarily wide stencils. The proof is based on the energy method and bypasses any normal mode analysis.
Published: 2020

10. Ingrédients et propositions pour définir les contours d'un observatoire en réseau du capital écologique du Bassin versant rhodanien : apports des démarches OSAGE (Observatoire scientifique en appui aux gestionnaires de territoire) et CECN (Comptabilité Écosystémique du Capital Naturel)

Author: Parmentier, Herve, Argüello, Jazmín, Merchez, Luc, Negrutiu, Ioan, Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon), Institut Rhône-Alpin des systèmes complexes (IXXI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Environnement Ville Société (EVS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), and École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML)
Subjects: Ecosystemic Accounting of Natural Capital, OSAGE observatory, Bassin versant du Rhône, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, 15. Life on land, Rhône watershed, Comptabilité Écosystémique du Capital Naturel, Public policies, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, Comptabilité écologique, Politiques publiques, [SDE]Environmental Sciences, [SHS.GESTION]Humanities and Social Sciences/Business administration, Observatoire OSAGE, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Ecological accounting
Abstract: International audience; The article addresses the issues related to the development of environmental observation and assessment, which partly respond to incentive policies but also to institutional and citizen awareness. Our contribution is based on the experimentation of a systemic approach to ecological accounting (Ecosystemic Accounting of Natural Capital, CECN) at the scale of the Rhône watershed, by comparing it with a theoretical model, the OSAGE observatory. The objective, together with scientific, technical and organizational recommendations, the fruit of this confrontation, aims to question the deployment capacities of the CECN tool in an observatory of territorial resources structured by the scientific, technical and organizational systems of 'OSAGE. The effective implementation of such a tool calls for an urgent need for more coherent public policies in terms of data (time, spaces, protocols), enriched by multi-actor participatory platforms, all of which can make it possible to coordinate and operating the choices and the protocols of constitution of data (formats, methods of exchanges, etc.).; L’article aborde les enjeux liés au développement de l’observation et de l’évaluation environnementales, qui répondent pour partie à des politiques incitatives mais aussi à des prises de conscience tant institutionnelles que citoyennes. Notre contribution s’appuie sur l’expérimentation d’une approche systémique de comptabilité écologique (Comptabilité Écosystémique du Capital Naturel, CECN) à l’échelle du bassin versant du Rhône, en la confrontant à un modèle théorique, l’observatoire OSAGE. L’objectif, assorti de préconisations scientifiques, techniques et organisationnelles, fruits de cette confrontation, vise à s’interroger sur les capacités de déploiement de l’outil de CECN en un observatoire des ressources territoriales structuré par les dispositifs scientifique, technique et organisationnel d’OSAGE. La mise en œuvre efficace d’un tel outil appelle un besoin urgent de politiques publiques plus cohérentes en matière de données (temps, espaces, protocoles), enrichies par des plateformes participatives multi-acteurs, l’ensemble pouvant permettre de coordonner et de rendre opérants les choix et les protocoles de constitution de données (formats, modalités d’échanges, etc.).
Published: 2022

11. Internal Characterization of Magnetic Cores, Comparison to Finite Element Simulations: A Route for Dimensioning and Condition Monitoring

Author: Sorelle Hilary Nguedjang Kouakeuo, Aurelie Solignac, Ruth V. Sabariego, Laurent Morel, Marie-Ange Raulet, Borel Toutsop, Pierre Tsafack, Benjamin Ducharne, University of Buéa, CEA- Saclay (CEA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Department of Electrical Engineering [KU Leuven] (KU-ESAT), Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Ampère, Département Energie Electrique (EE), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Génie Electrique et Ferroélectricité (LGEF), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), ELyTMaX, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Tohoku University [Sendai]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: predictive maintenance, [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, local defect, Electrical and Electronic Engineering, magnetic laminations stack, Finite elements simulation, magnetic sensor, Instrumentation
Abstract: International audience; Magnetic cores are typically used in every stage of an electrical energy production and distribution chain. Local defects, including edge burrs and interlaminar faults, are detrimental for system performance and should be detected swiftly to ensure high reliability and durability. Real-time magnetic core condition monitoring is a promising solution for rapid fault detection. However, similar to dimensioning or performance evaluation, this monitoring has always been performed through averaged magnetic properties, which limits efficiency. In this domain, significant progress is forecasted by achieving precise local measurements. In this study, an innovative solution is proposed to measure local magnetic properties, which is adapted to real-time monitoring and magnetic circuit evaluation. The proposed sensor is a one-piece device that is flat enough to be placed noninvasively between the laminations at distinct positions in the magnetic core. It measures the magnetic excitation and induction fields in two dimensions, which can be used as local inputs for realtime condition monitoring. In this manuscript, the proposed sensor was first detailed, experimental results were provided, and finite-element simulations were performed. The sensor capability was validated both experimentally and through simulation. The results of this study contribute to the development of an intelligent magnetic core that includes an effective real-time monitoring system. The study provides a local validation of the most advanced highfidelity simulation method, which could be used to predict the responses of magnetic cores and electromagnetic converters to defects of various natures, as well as geometrical and property changes.
Published: 2022

12. Interplay between social and environmental risk factors and consequences on the development of the Asian tiger mosquito in urban areas

Author: Duval, Pénélope, Martin, E, Vallon, L, Signoret, A, Antonelli, P, Luis, P, Minard, G, Wiest, Laure, Fildier, Aurélie, Vulliet, Emmanuelle, Jame, Patrick, Bonjour, Erik, Cantarel, A, Cazabet, Rémy, Gervaix, J, Aschan-Leygonie, C, Valiente Moro, Claire, Vulliet, Emmanuelle, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), TRACES - Technologie et Recherche en Analyse Chimique pour l'Environnement et la Santé, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Isotopique & Organique - Isotopic & Organic, Data Mining and Machine Learning (DM2L), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: International audience
Published: 2022

13. Pesticide-Free Robotic Control of Aphids as Crop Pests

Author: Virginie Lacotte, Toan NGuyen, Javier Diaz Sempere, Vivien Novales, Vincent Dufour, Richard Moreau, Minh Tu Pham, Kanty Rabenorosoa, Sergio Peignier, François G. Feugier, Robin Gaetani, Thomas Grenier, Bruno Masenelli, Pedro da Silva, Abdelaziz Heddi, Arnaud Lelevé, Leleve, Arnaud, Contrôle automatisé sans pesticides des pestes de l'agriculture - - GREENSHIELD2017 - ANR-17-CE34-0012 - AAPG2017 - VALID, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ampère, Département Automatique pour l'Ingénierie des Systèmes (AIS), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Greenshield, Institut des Nanotechnologies de Lyon (INL), Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INL - Matériaux Fonctionnels et Nanostructures (INL - MFN), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), ANR, ANR Greenshield, and ANR-17-CE34-0012,GREENSHIELD,Contrôle automatisé sans pesticides des pestes de l'agriculture(2017)
Subjects: robotics, [SPI.AUTO] Engineering Sciences [physics]/Automatic, Complementary and alternative medicine, [SDV.SA.STA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture, farming, aphid detection, laser-based neutralization, deep learning, image-based visual servoing, Pharmaceutical Science, [SDV.SA.STA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture, Pharmacology (medical), [SPI.AUTO]Engineering Sciences [physics]/Automatic
Abstract: International audience; Because our civilization has relied on pesticides to fight weeds, insects, and diseases since antiquity, the use of these chemicals has become natural and exclusive. Unfortunately, the use of pesticides has progressively had alarming effects on water quality, biodiversity, and humanhealth. This paper proposes to improve farming practices by replacing pesticides with a laser-based robotic approach. This study focused on the neutralization of aphids, as they are among the most harmful pests for crops and complex to control. With the help of deep learning, we developeda mobile robot that spans crop rows, locates aphids, and neutralizes them with laser beams. We have built a prototype with the sole purpose of validating the localization-neutralization loop on a single seedling row. The experiments performed in our laboratory demonstrate the feasibility ofdetecting different lines of aphids (50% detected at 3 cm/s) and of neutralizing them (90% mortality) without impacting the growth of their host plants. The results are encouraging since aphids are one of the most challenging crop pests to eradicate. However, enhancements in detection and mainly intargeting are necessary to be useful in a real farming context. Moreover, robustness regarding field conditions should be evaluated.
Published: 2022

14. Variable length genetic algorithm with continuous parameters optimization of beam layout in proton therapy

Author: Smekens, François, Freud, Nicolas, Sixou, Bruno, Beslon, Guillaume, Létang, Jean M, Létang, Jean Michel, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Imagerie Tomographique et Radiothérapie, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: FOS: Computer and information sciences, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], Physics::Medical Physics, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [PHYS.PHYS.PHYS-MED-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Medical Physics [physics.med-ph], Computer Science - Neural and Evolutionary Computing, FOS: Physical sciences, Medical Physics (physics.med-ph), Neural and Evolutionary Computing (cs.NE), [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Physics - Medical Physics, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation
Abstract: Proton therapy is a modality in fast development. Characterized by a maximum dose deposition at the end of the proton trajectory followed by a sharp fall-off, proton beams can deliver a highly conformal dose to the tumor while sparing organs at risk and surrounding healthy tissues. New treatment planning systems based on spot scanning techniques can now propose multi-field optimization. However, in most cases, this optimization only processes the field fluences whereas the choice of ballistics (field geometry) is left to the oncologist and medical physicist. In this work, we investigate a new optimization framework based on a genetic approach. This tool is intended to explore new irradiation schemes and to evaluate the potential of actual or future irradiation systems. We propose to optimize simultaneously the target points and beam incidence angles in a continuous manner and with a variable number of beams. No \textit{a priori} technological constraints are taken into account, \textit{i.e.}~the beam energy values, incidence directions and target points are free parameters. The proposed algorithm is based on a modified version of classical genetic operators: mutation, crossover and selection. We use the real coding associated with random perturbations of the parameters to obtain a continuous variation of the potential solutions. We also introduce a perturbation in the exchange points of the crossover to allow variations of the number of beams. These variations are controlled by introducing a beam fluence lower limit. In this paper, we present a complete description of the algorithm and of its behaviour in an elementary test case. The proposed method is finally assessed in a clinically-realistic test case., Comment: 16 pages, 8 figures
Published: 2022

15. Panaches thermiques en convection turbulente de Rayleigh-Bénard par Fluorescence induite par laser

Author: Toupoint, Clément, Chillà, Francesca, Joubaud, Sylvain, Pabiou, Hervé, Ruffenach, Wandrille, Salort, Julien, Jerome, J. John Soundar, Pabiou, Hervé, École Nationale Supérieure de Techniques Avancées (ENSTA Paris), Laboratoire de Physique de l'ENS Lyon (Phys-ENS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Energétique et de Thermique de Lyon (CETHIL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique (LMFA), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and ANR-10-LABX-0064
Subjects: [PHYS.MECA.THER] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Thermics [physics.class-ph], [PHYS.MECA.THER]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Thermics [physics.class-ph], [PHYS.MECA.MEFL] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Fluid mechanics [physics.class-ph], [PHYS.MECA.MEFL]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Fluid mechanics [physics.class-ph]
Abstract: National audience
Published: 2022

16. Experimental Protein Molecular Dynamics: Broadband Dielectric Spectroscopy coupled with nanoconfinement

Author: Anatoli Serghei, Laëtitia Bourgeat, Claire Lesieur, Ingénierie des Matériaux Polymères (IMP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ampère, Département Bioingénierie (BioIng), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Cholera Toxin, Protein Folding, Materials science, Protein Conformation, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, Dielectric, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Article, Quantitative Biology::Subcellular Processes, 03 medical and health sciences, Molecular dynamics, Protein structure, Spatio-Temporal Analysis, Atomic and molecular physics, lcsh:Science, Protein Unfolding, [PHYS]Physics [physics], Quantitative Biology::Biomolecules, Multidisciplinary, Nanoscale biophysics, Protein dynamics, Quantitative Biology::Molecular Networks, lcsh:R, Robustness (evolution), 0104 chemical sciences, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, Dipole, Coupling (physics), 030104 developmental biology, Chemical physics, Dielectric Spectroscopy, Protein folding, lcsh:Q
Abstract: International audience; Protein dynamics covers multiple spatiotemporal scale processes, among which slow motions, not much understood even though they are underlying protein folding and protein functions. protein slow motions are associated with structural heterogeneity, short-lived and poorly populated conformations, hard to detect individually. In addition, they involve collective motions of many atoms, not easily tracked by simulation and experimental devices. Here we propose a biophysical approach, coupling geometrical nanoconfinement and broadband dielectric spectroscopy (BDS), which distinguishes protein conformations by their respective molecular dynamics. In particular, protein-unfolding intermediates, usually poorly populated in macroscopic solutions are detected. The protein dynamics is observed under unusual conditions (sample nanoconfinement and dehydration) highlighting the robustness of protein structure and protein dynamics to a variety of conditions consistent with protein sustainability. the protein dielectric signals evolve with the temperature of thermal treatments indicating sensitivity to atomic and molecular interaction changes triggered by the protein thermal unfolding. As dipole fluctuations depend on both collective large-scale motions and local motions, the approach offers a prospect to track in-depth unfolding events. Proteins produce biological activities in living organisms thanks to their 3D-structure and the associated dynamics. The 3D structure relies on chemical interactions between atoms of the amino acids that compose a protein. The molecular dynamics is based on molecular fluctuations, which produce motions from a local scale (amino acid side chain fluctuations) to a larger scale (structural relaxation) to respond to the protein folding and the protein function 1-3. Accordingly, proteins dynamics covers several orders of magnitude of spatiotemporal motions from femtosecond to second for molecular fluctuations from Angströms to nanometers. Basically, fast motions (femtosecond to nanosecond) concern local atomic motions (vibration, side chain motions) while slow motions concern the collective motions of many atoms within larger size areas such as secondary and tertiary structural elements (microsecond to millisecond) up to domains (millisecond to second) 3. To track protein dynamics, several experimental and theoretical approaches are required. Ultra resolution X-ray crystallography and x-ray laser have been successfully applied on few cases to monitor time-resolution of conformational motions 4-7. Ultra fast NMR, femtosecond simulated Raman spectroscopy and ultra fast transient Infra Red spectroscopy are measuring atomic motions from femtosecond to nanosecond 8-13. Slower motions above nanosecond are monitored by low spatial resolution techniques such as AFM and fluorescence spectros-copy (FRET) where the molecular dynamics are inaccessible 14-16. Theoretical approaches such as molecular dynamics (MD) simulations have atomic resolution and cover motions up to millisecond now thanks to ANTON super computer 1. But MD simulation at high resolution is limited in terms of size and it remains hard to assess motions above microsecond range 17,18. Network models are also useful to study protein dynamics 19-22. Most successful approaches are integrative, combining experimental and multiple theoretical approaches in order to cover more length and time scale motions of protein structure dynamics 23-25. They are particularly successful in monitoring the slow motions involved in protein assembly and pore-formation 26-32 .
Published: 2019

17. Investigation of 3D printed polymer-based heat dissipator for GaN transistors

Author: Gerges, Tony, Marie, Alexandre, Wickramasinghe, Thilini, Lombard, Philippe, Levêque, Marie, Lips, Stéphane, Sartre, Valérie, Allard, Bruno, Cabrera, Michel, Ampère, Département Energie Electrique (EE), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Energétique et de Thermique de Lyon (CETHIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [PHYS]Physics [physics], [SPI]Engineering Sciences [physics], DC-DC power converter, Thermal design, Packaging, Two-Phase cooling, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Plastronics
Abstract: International audience; GaN transistors are limited in their operational capabilities due to some limitations, of which the thermal management aspects. Until now, most of the existing heat-dissipator systems using additive manufacturing (AM) are based on a metallic finned heat sink, which is heavy and has a relatively high thermal resistance. Heat dissipation based on a phase change as operated in heat pipes is more efficient. Such heat sinks have been experimented with metals or ceramics and not by now with polymers. However, this may be of great interest. The use of polymer may enable reducing weight and cost of the thermal device. It may allow also improving the chemical compatibility of the heat pipe material and fluid, as this is often a severe issue. This work presents a characterization of a 3D-printed polymer-based heat pipe evaporator intended for GaN transistors. The electronic copper circuit on the polymer surface is created using plastronics technology. The metallized circuit presents an adequate electrical conductivity. The thermal characterization performed with the HFE 7000 fluid, shows that it is actually possible to cover the entire heated polymer wall with active nucleation sites once the full developed nucleate boiling regime is reached. The heat conduction through the insulating polymer wall appears as the limiting phenomenon for heat transfer.
Published: 2021

18. A protocol to measure slow protein dynamics of the cholera toxin B pentamers using broadband dielectric spectroscopy

Author: Laetitia Bourgeat, Lorenza Pacini, Anatoli Serghei, Claire Lesieur, Ampère, Département Bioingénierie (BioIng), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ingénierie des Matériaux Polymères (IMP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Rhône-Alpin des systèmes complexes (IXXI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), and CNRS, Mission pour les initiatives transverses et interdisciplinaires (MITI)
Subjects: Cholera Toxin, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], General Immunology and Microbiology, Dielectric Spectroscopy, General Neuroscience, Molecular Dynamics Simulation, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Abstract: International audience; The present protocol describes how to measure experimentally the slow protein dynamics that take place upon the thermal unfolding of the B subunit cholera toxin pentamers using broadband dielectric spectroscopy (BDS) in weakly hydrated and nanoconfined conditions. Transient unfolding intermediates, rarely identified otherwise, are revealed thanks to the B subunit's remarkable heat resistance up to 180°C and distinct molecular dynamics. The frequencies detected experimentally are consistent with the spatiotemporal scales of motions of molecular dynamics simulation.For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Bourgeat et al. (2021, 2019).
Published: 2022

19. Combinaison d’approches qualitative et quantitative pour le repérage et la classification des entités nommées dans l’Encyclopédie de Diderot et d’Alembert (1751-1772)

Author: Moncla, Ludovic, Vigier, Denis, Mcdonough, Katherine, Brenon, Alice, Joliveau, Thierry, Data Mining and Machine Learning (DM2L), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The Alan Turing Institute, Traces, Web, Education, Adaptation, Knowledge (TWEAK), Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement Ville Société (EVS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SHS.LANGUE]Humanities and Social Sciences/Linguistics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2021

20. Approche symbolique pour la classification des entités nommées dans l'Encyclopédie de Diderot et d'Alembert

Author: Moncla, Ludovic, Vigier, Denis, Mcdonough, Katherine, Brenon, Alice, Joliveau, Thierry, Data Mining and Machine Learning (DM2L), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Interactions, Corpus, Apprentissages, Représentations (ICAR), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The Alan Turing Institute, Traces, Web, Education, Adaptation, Knowledge (TWEAK), Environnement Ville Société (EVS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-0081,ASLAN,Advanced Studies on Language Complexity(2010), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-INRP-Ecole Normale Supérieure Lettres et Sciences Humaines (ENS LSH)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [INFO.INFO-IR]Computer Science [cs]/Information Retrieval [cs.IR], [SHS.LANGUE]Humanities and Social Sciences/Linguistics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2021

21. Apprivoiser l'hétérogénéité en informatique 1ère année

Author: Nadia Bennani, Sylvie Cazalens, Vincent Cheutet, Claire Leschi, Odyssée Merveille, Camille Moriot, Delphine Muller, Timothée Pecatte, Catherine Pothier, Christophe Rigotti, Hervé Rivano, Nicolas Stouls, Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Décision et Information pour les Systèmes de Production (DISP), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Modeling & analysis for medical imaging and Diagnosis (MYRIAD), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CITI Centre of Innovation in Telecommunications and Integration of services (CITI), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Data Mining and Machine Learning (DM2L), Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ALGorithmes et Optimisation pour Réseaux Autonomes (AGORA), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CITI Centre of Innovation in Telecommunications and Integration of services (CITI), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Dynamic Software and Distributed Systems (DYNAMID), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Stouls, Nicolas, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [INFO.INFO-GL]Computer Science [cs]/General Literature [cs.GL], [INFO.INFO-GL] Computer Science [cs]/General Literature [cs.GL]
Abstract: National audience; Face au constat d’une hétérogénéité grandissante des savoir-faire et connaissances en informatique des étudiants à l’arrivée en première année, et le risque de son exacerbation dans le contexte du « nouveau bac », nous avons voulu expérimenter une approche pédagogique, qui permette une gestion de cette hétérogénéité tout en respectant les contraintes d’un emploi du temps homogène et un coût constant. Les actions menées s’articulent autour de 4 pôles : la constitution de groupes de niveau, avec une attention particulière portée sur les 2 niveaux extrêmes (renforcement et avancé/en autonomie), la mise en place de QCMs réguliers, l’utilisation ponctuelle de l’Apprentissage Par Problème (APP), et un auto-positionnement. L’expérimentation est encore en cours, mais déjà de premiers éléments permettent d’ouvrir les échanges.
Published: 2021

22. Experimental diagnostic of sequence-variant dynamic perturbations revealed by broadband dielectric spectroscopy

Author: Claire Lesieur, Laëtitia Bourgeat, Anatoli Serghei, Lorenza Pacini, Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ingénierie des Matériaux Polymères (IMP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Models, Molecular, 0303 health sciences, Cholera Toxin, Protein Folding, Chemistry, Protein Conformation, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030302 biochemistry & molecular biology, Robustness (evolution), 03 medical and health sciences, Enterotoxins, Structural Biology, Dielectric Spectroscopy, Unfolded protein response, Biophysics, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Sequence (medicine), Broadband dielectric spectroscopy
Abstract: Summary Genetic diversity leads to protein robustness, adaptability, and failure. Some sequence variants are structurally robust but functionally disturbed because mutations bring the protein onto unfolding/refolding routes resulting in misfolding diseases (e.g., Parkinson). We assume dynamic perturbations introduced by mutations foster the alternative unfolding routes and test this possibility by comparing the unfolding dynamics of the heat-labile enterotoxin B pentamers and the cholera toxin B pentamers, two pentamers structurally and functionally related and robust to 17 sequence variations. The B-subunit thermal unfolding dynamics are monitored by broadband dielectric spectroscopy in nanoconfined and weakly hydrated conditions. Distinct dielectric signals reveal the different B-subunits unfolding dynamics. Combined with network analyses, the experiments pinpoint the role of three mutations A1T, E7D, and E102A, in diverting LTB5 to alternative unfolding routes that protect LTB5 from dissociation. Altogether, the methodology diagnoses dynamics faults that may underlie functional disorder, drug resistance, or higher virulence of sequence variants.
Published: 2021

23. Intraventricular vector flow mapping 3-D by triplane Doppler echocardiography

Author: Philippe Blanc-Benon, Didier Vray, Florian Vixege, P.Y. Courand, Simon Mendez, Damien Garcia, Franck Nicoud, Imagerie Ultrasonore, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique (LMFA), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck (IMAG), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-0060,CeLyA,Lyon Acoustics Centre(2010), ANR-16-IDEX-0005,IDEXLYON,IDEXLYON(2016), JARDIN, Nicolas, Lyon Acoustics Centre - - CeLyA2010 - ANR-10-LABX-0060 - LABX - VALID, and IDEXLYON - - IDEXLYON2016 - ANR-16-IDEX-0005 - IDEX - VALID
Subjects: medicine.medical_specialty, 0206 medical engineering, Biomedical Engineering, Bioengineering, 02 engineering and technology, Doppler echocardiography, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Internal medicine, Vector flow imaging, Medicine, [PHYS.MECA.MEFL] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Fluid mechanics [physics.class-ph], [PHYS.MECA.MEFL]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Fluid mechanics [physics.class-ph], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, medicine.diagnostic_test, Vector flow, business.industry, food and beverages, 030229 sport sciences, General Medicine, medicine.disease, 020601 biomedical engineering, 3. Good health, Computer Science Applications, Human-Computer Interaction, Echocardiography, Heart failure, Cardiology, Ultrasound imaging, Intracardiac blood flow, business
Abstract: Heart failure affects the heart’s ability to meet the oxygen needs of the organs. It concerns more than one million people in France. It can be defined by the reduced capacity of the heart to be fi...
Published: 2020

24. The mechanism of long-wave instability in a shear-thinning film flow on a porous substrate

Author: Chattopadhyay, Geetanjali, Ranganathan, Usha, Millet, Séverine, Usha, R., Botton, V., Rousset, F., Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique (LMFA), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Mathematics, Indian Institute of Technology Madras (IIT Madras), Centre d'Energétique et de Thermique de Lyon (CETHIL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Centre de Thermique de Lyon (CETHIL)
Subjects: Materials science, media_common.quotation_subject, Computational Mechanics, 02 engineering and technology, Slip (materials science), Inertia, 01 natural sciences, Instability, Physics::Geophysics, 010305 fluids & plasmas, Physics::Fluid Dynamics, [SPI]Engineering Sciences [physics], symbols.namesake, 0203 mechanical engineering, Rheology, 0103 physical sciences, Phenomenological model, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, media_common, Shear thinning, [PHYS.MECA.MEFL]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Mechanics of the fluids [physics.class-ph], Mechanical Engineering, Reynolds number, [PHYS.MECA]Physics [physics]/Mechanics [physics], Mechanics, Condensed Matter::Soft Condensed Matter, 020303 mechanical engineering & transports, Surface wave, symbols
Abstract: A linear stability analysis of a thin shear-thinning film with a deformable top surface flowing down an inclined porous substrate modelled as a smooth substrate with velocity slip at the wall is examined, and the physical mechanism for the long-wave instability is analysed. Through a phenomenological model, the influence of slip velocity and the shear-thinning rheology on the wave speed of long surface waves on a non-Newtonian shear-thinning film down a substrate with velocity slip is predicted. The viscosity disturbance plays a significant role in the destabilization of the flow system. Indeed, slip at the bottom that accounts for the characteristics of the porous/rough substrate does not affect the physical mechanism of the instability. However, it is shown that slip at the bottom enhances the inertia effects which in turn destabilizes the flow system at smaller Reynolds numbers.
Published: 2019

25. Mapping urban fingerprints of odonyms automatically extracted from French novels

Author: Yves-François Le Lay, Noémie Boeglin, Thierry Joliveau, Mauro Gaio, Pierre-Olivier Mazagol, Ludovic Moncla, Data Mining and Machine Learning (DM2L), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Laboratoire de Mathématiques et de leurs Applications [Pau] (LMAP), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement Ville Société (EVS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Paris, Computer science, named entity recognition, Geography, Planning and Development, 0211 other engineering and technologies, 0507 social and economic geography, 02 engineering and technology, Library and Information Sciences, computer.software_genre, Named-entity recognition, odonyms, mapping, novels, 021101 geological & geomatics engineering, business.industry, 05 social sciences, geoparsing, [INFO.INFO-IR]Computer Science [cs]/Information Retrieval [cs.IR], Artificial intelligence, digital humanities, business, Geoparsing, 050703 geography, computer, Geographical information retrieval, Natural language processing, Information Systems
Abstract: International audience; In this paper, we propose and discuss a methodology to map the spatial fingerprints of novels and authors based on all of the named urban roads (i.e., odonyms) extracted from novels. We present several ways to explore Parisian space and fictional landscapes by interactively and simultaneously browsing geographical space and literary text. Our project involves building a platform capable of retrieving, mapping and analyzing the occurrences of named urban roads in novels in which the action occurs wholly or partly in Paris. This platform will be used in several areas, such as cultural tourism, urban research, and literary analysis. The paper focuses on extracting named urban roads and mapping the results for a sample of 31 novels published between 1800 and 1914. Two approaches to the annotation of odonyms are compared. First, we describe a proof of concept using queries made via the TXM textual analysis platform. Then, we describe an automatic process using a natural language processing (NLP) method. Additionally, we mention how the geo-semantic information annotated from the text (e.g., a structure combining verbs, spatial relations, named entities, adjectives and adverbs) can be used to automatically characterize the semantic content associated with named urban roads.
Published: 2019

26. When is a reductive group scheme linear?

Author: Gille, Philippe, Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon
Subjects: General Mathematics, [MATH.MATH-RA]Mathematics [math]/Rings and Algebras [math.RA], 20G35, representations, Mathematics - Rings and Algebras, Mathematics - Algebraic Geometry, resolution property MSC 2000: 14L15, tori, Rings and Algebras (math.RA), FOS: Mathematics, resolution property, [MATH.MATH-AG]Mathematics [math]/Algebraic Geometry [math.AG], Reductive group schemes, Algebraic Geometry (math.AG)
Abstract: International audience; We show that a reductive group scheme over a base scheme S admits a faithful linear representation if and only if its radical torus is isotrivial, that is, it splits after a finite étale cover.
Published: 2021

27. Acoustic streaming enhanced mass transfer at a wall

Author: Daniel Henry, Sabrina Marcelin, Nouhayla El Ghani, Valéry Botton, Sophie Miralles, Benoît Ter-Ovanessian, Hamda Ben Hadid, Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique (LMFA), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Subjects: Impinging jets, [PHYS.PHYS.PHYS-FLU-DYN]Physics [physics]/Physics [physics]/Fluid Dynamics [physics.flu-dyn], Materials science, Grashof number, Acoustic streaming, [PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], 02 engineering and technology, 01 natural sciences, Sherwood number, 010305 fluids & plasmas, Momentum, Chronoamperometry, Mass transfer, 0103 physical sciences, Shear stress, [PHYS.MECA.MEFL]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Fluid mechanics [physics.class-ph], [PHYS.PHYS.PHYS-INS-DET]Physics [physics]/Physics [physics]/Instrumentation and Detectors [physics.ins-det], Polarometry, Fluid Flow and Transfer Processes, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], Jet (fluid), Mechanical Engineering, Mechanics, 021001 nanoscience & nanotechnology, Condensed Matter Physics, Sound power, 0210 nano-technology
Abstract: The influence of an impinging acoustic streaming jet on wall mass transfer is studied both experimentally and numerically. The idea is to show that acoustically-driven jets generated by ultrasounds can be used to enhance transfer phenomena at a distance, by creating localized friction zones. An experimental setup has been developed consisting in a cavity containing an electrolytic solution of [Fe(CN) 6 ] 4 − /[Fe(CN) 6 ] 3 − . A jet forced by an ultrasound beam impinges on the upper wall instrumented with electrodes, at which the mass transfer influenced by the streaming is measured by electrochemical technics. Numerical simulations of the flow and mass transfer in the same configuration are also performed. A significant enhancement of the mass transfer at the electrodes (represented by the Sherwood number Sh ) with the injected acoustic power (quantified by the acoustic Grashof number Gr ac ) is observed. An order of magnitude of the expected Sherwood number and friction coefficient is proposed on the basis of the Leveque law and momentum budget considerations. Scaling laws involving both experimental and numerical mass transfer at the electrodes ( Sh ), numerical wall shear stress and injected power ( Gr ac ) are finally derived.
Published: 2021

28. Scale up of single-chamber microbial fuel cells with stainless steel 3D anode: Effect of electrode surface areas and electrode spacing

Author: Olivier Ondel, Justine Papillon, Eric Maire, Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ampère, Département Energie Electrique (EE), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Environmental Engineering, Microbial fuel cell, Materials science, Maximum power principle, 020209 energy, Electrode spacing, Bioengineering, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, 7. Clean energy, 01 natural sciences, law.invention, law, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Composite material, Waste Management and Disposal, 0105 earth and related environmental sciences, Stainless steel anode, Cathode surface area, Renewable Energy, Sustainability and the Environment, [SPI.NRJ]Engineering Sciences [physics]/Electric power, Microbial fuel cells, Cathode, Anode, Anode surface area, Electrode, SCALE-UP, Saturation (chemistry), Energy harvesting
Abstract: International audience; Single-chamber microbial fuel cells (MFCs) with air-cathodes and new anodes made of stainless steel entangled wires are developed. Increasing the cathode surface area significantly increases performances (doubling the cathode surface area increases the maximum power by +23,3 % and tripling it by +59,8 %). By contrast, increasing the anode surface area rapidly leads to performance saturation (doubling the anode surface area increases the maximum power by +37.8 % but tripling it by only +39.3 %). In addition, decreasing the electrode spacing from 6 cm to 4 cm improves the maximum power by +21.3 % and from 4 cm to 2 cm by +27.9 %. This results permit to optimally dimension the architecture of the MFC in order to maximize energy production while minimizing the amount of materials used to minimize costs. This in turn is likely to enable the development of effective solutions for energy harvesting.
Published: 2021

29. Vesselness Filters: A Survey with Benchmarks Applied to Liver Imaging

Author: Jonas Lamy, Antoine Vacavant, Nicolas Passat, Bertrand Kerautret, Odyssée Merveille, Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Modeling & analysis for medical imaging and Diagnosis (MYRIAD), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication - EA 3804 (CRESTIC), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Institut Pascal (IP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), ANR-18-CE45-0018,R-VESSEL-X,Extraction et interprétation robustes des réseaux vasculaires dans les images biomédicales hépatiques(2018), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pascal - Clermont Auvergne (IP), Sigma CLERMONT (Sigma CLERMONT)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-18-CE45-0018,R-VESSEL-X,ROBUST VASCULAR NETWORK EXTRACTION AND UNDERSTANDING WITHIN HEPATIC BIOMEDICAL IMAGES(2018), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Passat, Nicolas, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Extraction et interprétation robustes des réseaux vasculaires dans les images biomédicales hépatiques - - R-VESSEL-X2018 - ANR-18-CE45-0018 - AAPG2018 - VALID, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Computer science, business.industry, Knowledge engineering, Whole liver, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, Vessel segmentation, 02 engineering and technology, computer.software_genre, 3. Good health, 030218 nuclear medicine & medical imaging, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Vascular network, Robustness (computer science), [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Benchmark (computing), 020201 artificial intelligence & image processing, Data mining, Artificial intelligence, business, computer, Liver imaging
Abstract: International audience; The accurate knowledge of vascular network geometry is crucial for many clinical applications such as cardiovascular disease diagnosis and surgery planning. Vessel enhancement algorithms are often a key step to improve the robustness of vessel segmentation. A wide variety of enhancement filters exists in the literature, but they are often difficult to compare as the applications and datasets differ from a paper to another and the code is rarely available. In this article, we compare seven vessel enhancement filters covering the last twenty years literature in a unique common framework. We focus our study on the liver vascular network which is under-represented in the literature. The evaluation is made from three points of view: in the whole liver, in the vessel neighborhood and near the bifurcations. The study is performed on two publicly available datasets: the Ircad dataset (CT images) and the VascuSynth dataset adapted for MRI simulation. We discuss the strengths and weaknesses of each method in the hepatic context. In addition, the benchmark framework including a C++ implementation of each compared method is provided. An online demonstration ensures the reproducibility of the results without requiring any additional software.
Published: 2021

30. Tools Against Oblivion: 3D Visualization of Sunken Landscapes and Cultural Heritages Applied to a Dam Reservoir in the Gorges de la Loire (France)

Author: Pierre Niogret, Pierre-Olivier Mazagol, Rémi Ratajczak, Michel Depeyre, Jérémie Riquier, Carlos Crispim-Junior, Laure Tougne, Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM), Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement Ville Société (EVS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)
Subjects: Geographic information system, business.industry, Geography, Planning and Development, Flooding (psychology), Environmental resource management, Visibility (geometry), 0211 other engineering and technologies, 021107 urban & regional planning, 02 engineering and technology, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, 010501 environmental sciences, 15. Life on land, 01 natural sciences, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, Visualization, Cultural heritage, Backup, Anthropocene, Earth and Planetary Sciences (miscellaneous), Geovisualization, Computers in Earth Sciences, business, [SHS.HIST]Humanities and Social Sciences/History, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: Around the world, thousands of reservoir dams have flooded valleys and become concrete symbols of the Anthropocene. These landscapes, as well as material or immaterial cultural heritages, were flooded and thus became invisible, even though they remain in the memories of local populations. Today, alternative technologies can enable inhabitants to reappropriate these lost heritages and, in a way, make them visible again. 3D digital tools can effectively recreate representations of these landscapes and restore the visibility of these underwater heritage sites. In this study, we propose a 3D geographic information system methodology combined with 3D geovisualization to recreate sunken landscapes, and we demonstrate the results using the valley of the Gorges de la Loire in France as an example. We show how developing a historical database can provide a “backup copy” of lost landscapes and cultural heritage sites, enabling populations to safeguard and restore these features in their memory following flooding.
Published: 2021

31. Apprendre l'apprentissage automatique : un retour d'expérience

Author: Debs, Noëlie, Peignier, Sergio, Douarre, Clément, Jourdan, Théo, Rigotti, Christophe, Frindel, Carole, Rigotti, Christophe, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Data Mining and Machine Learning (DM2L), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: apprentissage automatique, [SCCO.COMP] Cognitive science/Computer science, [SHS.EDU]Humanities and Social Sciences/Education, [SHS.EDU] Humanities and Social Sciences/Education, [INFO.INFO-DS]Computer Science [cs]/Data Structures and Algorithms [cs.DS], retour d'expérience, enseignement, [SCCO.COMP]Cognitive science/Computer science, prédiction, [INFO.INFO-DS] Computer Science [cs]/Data Structures and Algorithms [cs.DS], modélisation
Abstract: National audience; Dans cet article, nous présentons un retour d'expérience sur un module d'initiation à l'apprentissage automatique de 3 crédits ECTS que nous avons créé pour des élèves ingénieurs de l'INSA de Lyon. Nous présentons la structuration de ce module ainsi que les spécificités pédagogiques liées au faible nombre d'heures de face à face au regard de la complexité du sujet. Nous montrons des exemples de cas d'usage proposés aux étudiants et faisons état de leurs réactions. L'ensemble est complété par des liens bibliographiques vers les sites des outils numériques libres et références pédagogiques utilisées.
Published: 2021

32. Deconvolution for some singular density errors with respect to the $\mathbb{L}^1$ loss

Author: Marteau, Clément, Sart, Mathieu, Sart, Mathieu, Probabilités, statistique, physique mathématique (PSPM), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon, Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [MATH.MATH-ST] Mathematics [math]/Statistics [math.ST]
Abstract: We present a versatile and model-based procedure for estimating a density in a deconvolution setting where the error density is assumed to be singular enough. We assess the quality of our estimator by establishing non-asymptotic risk bounds for the $\mathbb{L}^1$ loss. We specify them under various constraints on the target. We investigate cases where the density is multimodal, (piecewise) concave/convex, belongs to a (possibly inhomogeneous) Besov space or a particular parametric model. Moreover, our estimation procedure is robust with respect to model misspecification.
Published: 2021

33. Structure, Concept and Result Reproducibility of the Benchmark on Vesselness Filters

Author: Jonas Lamy, Nicolas Passat, Odyssée Merveille, Bertrand Kerautret, Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication - EA 3804 (CRESTIC), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), ANR-18-CE45-0018,R-VESSEL-X,Extraction et interprétation robustes des réseaux vasculaires dans les images biomédicales hépatiques(2018), Passat, Nicolas, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Extraction et interprétation robustes des réseaux vasculaires dans les images biomédicales hépatiques - - R-VESSEL-X2018 - ANR-18-CE45-0018 - AAPG2018 - VALID, Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Structure (mathematical logic), Computer science, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, Process (computing), 02 engineering and technology, Benchmark, computer.software_genre, 030218 nuclear medicine & medical imaging, Image (mathematics), 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [INFO.INFO-TI] Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Vesselness filtering, [INFO.INFO-TI]Computer Science [cs]/Image Processing [eess.IV], Replicability, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Benchmark (computing), CT Images, 020201 artificial intelligence & image processing, Data mining, computer
Abstract: International audience; This paper focuses on the structure and the concept of the frameworkused in the vesselness filters benchmark that was recentlyintroduced. Vesselness filters are used to detect the presence ofvessels in an image. There exists a wide variety of such filters andcomparing their respective strengths and weaknesses is a non-trivialtask, especially given the different contexts in which they arepublished. This benchmark was designed to ease such comparisonprocess whereas remaining easy to customize. More specifically, thispaper presents the benchmark structure and architecture. It alsoshows how to integrate new vesselness filters and/or new metrics inthe benchmark with the requirements for future comparisons and onlinedemonstrations.
Published: 2021

34. Complete Genome Sequence of Bradyrhizobium sp. Strain BDV5040, Representative of Widespread Genospecies B in Australia

Author: Oger-Desfeux, Christine, Briolay, Jérôme, Oger, Philippe, Lafay, Bénédicte, Pôle Rhône-Alpin de BioInformatique [Lyon] (PRABI), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie, adaptation et pathogénie (MAP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and BQR Program, Ecole Centrale de Lyon
Subjects: [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Genome Sequences, bacteria, food and beverages, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: We report the complete genome sequence of Bradyrhizobium sp. strain BDV5040, representative of Bradyrhizobium genospecies B, which symbiotically associates with legume hosts belonging to all three Fabaceae subfamilies across the Australian continent. The complete genome sequence provides a genetic reference for this Australian genospecies.
Published: 2021

35. Complete genome of Bradyrhizobium sp. strain BDV5419, representative of Australian genospecies L

Author: Oger-Desfeux, Christine, Briolay, Jerome, Oger, P., Lafay, Bénédicte, Pôle Rhône-Alpin de BioInformatique [Lyon] (PRABI), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Université de Lyon, Microbiology of Extreme Environments (M2E), Microbiologie, adaptation et pathogénie (MAP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ampère, Département Automatique pour l'Ingénierie des Systèmes (AIS), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon)
Subjects: inorganic chemicals, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], bacteria, food and beverages, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology
Abstract: International audience; We report the complete genome sequence of Bradyrhizobium sp. strain BDV5419, representative of Bradyrhizobium genospecies L, which symbiotically associates with the Australian native legume Hardenbergia violaceae and is expected to represent a novel Bradyrhizobium species. The complete genome sequence provides a genetic reference for this Australian genospecies.
Published: 2021

36. Ingredients and proposals for defining the contours of a networked observatory of the ecological capital of the Rhone watershed: contributions from the OSAGE (Scientific Observatory in support of land managers) and CECN (Ecosystem Accounting for Natural Capital) approaches

Author: Parmentier, Herve, Argüello, Jazmín, Merchez, Luc, Negrutiu, Ioan, Environnement Ville Société (EVS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Institut Rhône-Alpin des systèmes complexes (IXXI), Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Subjects: Sol, Bassin versant du Rhône, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q2 - Renewable Resources and Conservation/Q.Q2.Q24 - Land, Unité de Capabilité Écosystémique (ECU), Territoires, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q5 - Environmental Economics/Q.Q5.Q57 - Ecological Economics: Ecosystem Services • Biodiversity Conservation • Bioeconomics • Industrial Ecology, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q2 - Renewable Resources and Conservation/Q.Q2.Q25 - Water, Biomasse-Biodiversité, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q2 - Renewable Resources and Conservation/Q.Q2.Q23 - Forestry, Données souveraines, Eau, Comptabilité Écosystémique du Capital Naturel (CECN), Coordination, [SDE]Environmental Sciences, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q1 - Agriculture/Q.Q1.Q15 - Land Ownership and Tenure • Land Reform • Land Use • Irrigation • Agriculture and Environment, Observatoire Scientifique en Appui à la GEstion de la Santé sur un territoire (OSAGE), [SHS.GESTION]Humanities and Social Sciences/Business administration, Politiques publiques des données, Evaluation environnementale, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; L’article aborde les enjeux liés au développement de l’observation et de l’évaluation environnementales, qui répondent pour partie à des politiques incitatives mais aussi à des prises de conscience tant institutionnelles que citoyennes. Notre contribution s’appuie sur l’expérimentation d’une approche systémique de comptabilité écologique (Comptabilité Ecosystémique du Capital Naturel, CECN) à l’échelle du bassin versant du Rhône, en la confrontant à un modèle théorique, l’observatoire OSAGE. L ’objectif, assorti de préconisations scientifiques, techniques et organisationnelles, fruits de cette confrontation, vise à s’interroger sur les capacités de déploiement de l’outil de CECN en un observatoire des ressources territoriales structuré par les dispositifs scientifique, technique et organisationnel d’OSAGE. La mise en œuvre efficace d’un tel outil appelle un besoin urgent de politiques publiques plus cohérentes en matière de données (temps, espaces, protocoles), enrichies par des plateformes participatives multi-acteurs, l’ensemble pouvant permettre de coordonner et de rendre opérants les choix et les protocoles de constitution de données (formats, modalités d’échanges, etc.).
Published: 2021

37. Minimax bounds for Besov classes in density estimation

Author: Mathieu Sart, Probabilités, statistique, physique mathématique (PSPM), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon, and Sart, Mathieu
Subjects: Statistics and Probability, Combinatorics, 2020. 2010 Mathematics Subject Classification. 62G05, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Besov spaces, December, minimax risk, 62G07 density estimation, Density estimation, Statistics, Probability and Uncertainty, Minimax, [MATH.MATH-ST] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Mathematics
Abstract: We study the problem of density estimation on $[0,1]$ under $\mathbb{L}^p$ norm. We carry out a new piecewise polynomial estimator and prove that it is simultaneously (near)-minimax over a very wide range of Besov classes $\mathcal{B}_{\pi,\infty}^{\alpha}(R)$. In particular, we shed light on the minimax rates of convergence when $\pi < p$ and $\alpha \in (1/\pi-1/p, 1/\pi]$. The following elbow phenomenon is shown: up to possible logarithmic factors, the minimax rate is $n^{-{(\alpha + 1/p-1/\pi)}/({1+\alpha - 1/\pi})}$ when $\alpha \in (1/\pi-1/p, \bar{\alpha}]$ and $n^{-\alpha/(1 +2 \alpha)}$ when $\alpha \in (\bar{\alpha},1/\pi]$ for some $\bar{\alpha}$ depending on $p$ and $\pi$.
Published: 2020

38. Automated quantification of floating wood pieces in rivers from video monitoring: a new software tool and validation

Author: Hervé Piégay, Zhang Zhi, Laure Tougne, Hossein Ghaffarian, Pierre Lemaire, Bruce MacVicar, Environnement Ville Société (EVS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Department of Civil and Environmental Engineering [Waterloo], University of Waterloo [Waterloo], Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Extraction de Caractéristiques et Identification (imagine), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-17-EURE-0018,H2O'LYON,School of Integrated Watershed Sciences(2017), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 010504 meteorology & atmospheric sciences, business.industry, Computer science, Real-time computing, Process (computing), Large wood, Software performance testing, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, Flooding (computer networking), Wood flux, Software, 13. Climate action, Component (UML), Video tracking, River monitoring, [SDE]Environmental Sciences, Key (cryptography), Automatic detection, Ground video imagery, business, Videography, Wood discharge, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: Wood is an essential component of rivers and plays a significant role in ecology and morphology. It can be also considered as a risk factor in rivers due to its influence on erosion and flooding. Quantifying and characterizing wood fluxes in rivers during floods would improve our understanding of the key processes but is hindered by technical challenges. Among various techniques for monitoring wood in rivers, streamside videography is a powerful approach to quantify different characteristics of wood in rivers, but past research has employed a manual approach that has many limitations. In this work, we introduce new software for the automatic detection of wood pieces in rivers. We apply different image analysis techniques such as static and dynamic masks, object tracking, and object characterization to minimize false positive and missed detections. To assess the software performance, results are compared with manual detections of wood from the same videos, which was a time-consuming process. Key parameters that affect detection are assessed including surface reflections, lighting conditions, flow discharge, wood position relative to the camera, and the length of wood pieces. Preliminary results had a 36 % rate of false-positive detection, primarily due to light reflection and water waves, but post-processing reduced this rate to 15 %. The missed detection rate was 71 % of piece numbers in the preliminary result, but post-processing reduced this error to only 6.5 % of piece numbers, and 13.5 % of volume. The high precision of the software shows that it can be used to massively increase the quantity of wood flux data in rivers around the world, potentially in real-time. The significant impact of post-processing indicates that it is necessary to train the soft-ware in various situations (location, timespan, weather conditions) to ensure reliable results. Manual wood detections and annotations for this work took more than one human-month of labor. In comparison, the presented software coupled with an appropriate post-processing step performed the same task in real-time (55 hr) on a standard desktop computer.
Published: 2020

39. Rapeseed Lecithin Increases Lymphatic Lipid Output and α-Linolenic Acid Bioavailability in Rats

Author: Chloé Robert, Charline Buisson, Laurence Fonseca, Elisabeth Errazuriz-Cerda, Carole Vaysse, Emmanuelle Meugnier, Leslie Couëdelo, Emmanuelle Loizon, Marie-Caroline Michalski, Carole Knibbe, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Equipe Nutrition, Santé et Biochimie des Lipides (ITERG), Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Université de Lyon, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: medicine.medical_specialty, food.ingredient, 030309 nutrition & dietetics, Medicine (miscellaneous), Biological Availability, Lecithin, Microsomal triglyceride transfer protein, 03 medical and health sciences, food, Internal medicine, Lecithins, lipid metabolism, medicine, Animals, emulsifier, Carnitine, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Nutrition and Dietetics, biology, Chemistry, Brassica napus, Lipid metabolism, Bioavailability, Rats, alpha-linolenic acid, Endocrinology, Postprandial, nutrition, lecithin, biology.protein, Lymph, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], medicine.drug, Chylomicron
Abstract: International audience; Background: Soybean lecithin, a plant-based emulsifier widely used in food, is capable of modulating postprandial lipid metabolism. With arising concerns of sustainability, alternative sources of vegetal lecithin are urgently needed, and their metabolic effects must be characterized.Objectives: We evaluated the impact of increasing doses of rapeseed lecithin (RL), rich in essential alpha-linolenic acid (ALA), on postprandial lipid metabolism and ALA bioavailability in lymph-cannulated rats.Methods: Male Wistar rats (8 weeks old) undergoing a mesenteric lymph duct cannulation were intragastrically administered 1 g of an oil mixture containing 4% ALA and 0, 1, 3, 10, or 30% RL (5 groups). Lymph fractions were collected for 6 h. Lymph lipids and chylomicrons (CMs) were characterized. The expression of genes implicated in intestinal lipid metabolism was determined in the duodenum at 6 h. Data was analyzed using either sigmoidal or linear mixed-effects models, or one-way ANOVA, where appropriate.Results: RL dose-dependently increased the lymphatic recovery (AUC) of total lipids (1100 mu g/mL.h per additional RL%; P = 0.010) and ALA (50 mu g/mL.h per additional RL%; P = 0.0076). RL induced a faster appearance of ALA in lymph, as evidenced by the exponential decrease of the rate of appearance of ALA with RL (R-2 = 0.26; P= 0.0064). Although the number of CMs was unaffected by RL, CM diameter was increased in the 30%-RL group, compared to the control group (0% RL), by 86% at 3-4 h (P = 0.065) and by 81% at 4-6 h (P = 0.0002) following administration. This increase was positively correlated with the duodenal mRNA expression of microsomal triglyceride transfer protein (Mttp; rho= 0.63; P= 0.0052). The expression of Mttp and secretion-associated, ras-related GTPase 1 gene homolog B (Sarl b, CM secretion), carnitine palmitoyltransferase IA (Cpt1a) and acyl-coenzyme A oxidase 1 (Acoxl, beta-oxidation), and fatty acid desaturase 2 (Fads2, bioconversion of ALA into long-chain n-3 PUFAs) were, respectively, 49%, 29%, 74%, 48%, and 55% higher in the 30%-RL group vs. the control group (P < 0.05).Conclusions: In rats, RL enhanced lymphatic lipid output, as well as the rate of appearance of ALA, which may promote its subsequent bioavailability and metabolic fate.
Published: 2020

40. Sobolev's inequality under a curvature-dimension condition

Author: Dupaigne, Louis, Gentil, Ivan, Zugmeyer, Simon, Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Mathématiques Appliquées Paris 5 (MAP5 - UMR 8145), Institut National des Sciences Mathématiques et de leurs Interactions (INSMI)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), ANR-17-CE40-0030,EFI,Entropie, flots, inégalités(2017), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Camille Jordan (ICJ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Équations aux dérivées partielles, analyse (EDPA), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Institut National des Sciences Mathématiques et de leurs Interactions (INSMI)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Unité de Mathématiques Pures et Appliquées (UMPA-ENSL), and École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], Mathematics - Analysis of PDEs, Probability (math.PR), FOS: Mathematics, [MATH.MATH-AP]Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], General Medicine, Mathematics - Probability, Analysis of PDEs (math.AP)
Abstract: In this note we present a new proof of Sobolev's inequality under a uniform lower bound of the Ricci curvature. This result was initially obtained in 1983 by Ilias. Our goal is to present a very short proof, to give a review of the famous inequality and to explain how our method, relying on a gradient-flow interpretation, is simple and robust. In particular, we elucidate computations used in numerous previous works, starting with Bidaut-Véron and Véron's 1991 classical work.; Dans cette note, nous proposons une nouvelle preuve de l'inégalité de Sobolev sur les variétés à courbure de Ricci minorée par une constante positive. Le résultat avait été obtenu en 1983 par Ilias. Nous présentons une preuve très courte de ce théorème, dressons l'état de l'art pour cette fameuse inégalité et expliquons en quoi notre méthode, qui repose sur un flot de gradient, est simple et robuste. En particulier, nous élucidons les calculs utilisés dans des travaux précédents, à commencer par un célèbre article de Bidaut-Véron et Véron publié en 1991.
Published: 2020

41. Le trafic des triglycérides au travers de l’entérocyte : une vision mosaïque pour la modélisation mathématique

Author: Etienne, Julie, Penhoat, Armelle, Berry, Hugues, Michalski, Marie-Caroline, Knibbe, Carole, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), and Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)
Subjects: [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2020

42. Full-volume three-component intraventricular vector flow mapping by triplane color Doppler

Author: Florian Vixège, Alain Berod, Pierre-Yves Courand, Simon Mendez, Franck Nicoud, Philippe Blanc-Benon, Didier Vray, Damien Garcia, Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck (IMAG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique (LMFA), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Imagerie Ultrasonore, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), ANR-21-CE19-0034,4D-iVFM,Vélocimétrie intraventriculaire 4-D par écho-Doppler(2021), Garcia, Damien, Vélocimétrie intraventriculaire 4-D par écho-Doppler - - 4D-iVFM2021 - ANR-21-CE19-0034 - AAPG2021 - VALID, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Radiological and Ultrasound Technology, Heart Ventricles, Hemodynamics, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [PHYS.MECA.BIOM] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Biomechanics [physics.med-ph], Fluid Dynamics (physics.flu-dyn), FOS: Physical sciences, Physics - Fluid Dynamics, constrained least-squares problem, Physics - Medical Physics, Echocardiography, Doppler, Color, [SDV.MHEP.CSC] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, ultrasound imaging, intracardiac flow imaging, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Hydrodynamics, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Humans, 3D vector flow imaging, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Medical Physics (physics.med-ph), color Doppler, [PHYS.MECA.BIOM]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Biomechanics [physics.med-ph], Blood Flow Velocity
Abstract: Intraventricular vector flow mapping (iVFM) is a technique for retrieving 2-D velocity vector fields of blood flow in the left ventricle. This method is based on conventional color Doppler imaging, which makes iVFM compatible with the clinical setting. We have generalized the iVFM for a three-dimensional reconstruction (3D-iVFM). 3D-iVFM is able to recover three-component velocity vector fields in a full intraventricular volume by using a clinical echocardiographic triplane mode. As with the 2-D version, the method is based on the mass conservation, and free-slip boundary conditions on the endocardial wall. These mechanical constraints were imposed in a least-squares minimization problem that was solved through the method of Lagrange multipliers. We validated 3D-iVFM in silico in a patient-specific CFD (computational fluid dynamics) model of cardiac flow, and tested its feasibility in vivo on volunteers. In both in silico and in vivo investigations, the dynamics of the intraventricular vortex that forms during diastole was deciphered by 3D-iVFM. Our results tend to indicate that 3D-iVFM could provide full-volume echocardiographic information on left intraventricular hemodynamics from the clinical modality of triplane color Doppler., Comment: original paper
Published: 2022

43. Meshing Arterial Networks From Manually Extracted Centerlines

Author: Decroocq, Méghane, Frindel, Carole, Ohta, Makoto, Lavoué, Guillaume, Modeling & analysis for medical imaging and Diagnosis (MYRIAD), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Origami (Origami), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ELyTMaX, École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Tohoku University [Sendai]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Fluid Sciences [Sendai] (IFS), Tohoku University [Sendai], Graduate School of Biomedical Engineering (BME), and Decroocq, Méghane
Subjects: [INFO.INFO-CG] Computer Science [cs]/Computational Geometry [cs.CG], [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, [INFO.INFO-IM] Computer Science [cs]/Medical Imaging, [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [INFO.INFO-CG]Computer Science [cs]/Computational Geometry [cs.CG], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation
Abstract: International audience; In large vascular networks with small vessels, the low resolution of medical images causes the segmentation algorithms to fail. Simplified models based on the vessel centerline are convenient to represent complex networks, but are associated with a loss of information. In this work, we propose a pipeline which overcomes the limitations of manually extracted centerlines (low sampling, noise) to reconstruct an anatomically accurate surface or volume mesh suitable for numerical simulation.
Published: 2020

44. Spatial segregation limit of traveling wave solutions for a fully nonlinear strongly coupled competitive system

Author: Léo Girardin, Danielle Hilhorst, Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Mathématiques d'Orsay (LMO), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-11-LABX-0056,LMH,LabEx Mathématique Hadamard(2011), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Mathematics - Analysis of PDEs, bistability, General Mathematics, [MATH.MATH-AP]Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], traveling wave, nonlinear diffusion, nonlinear advection, Lotka-Volterra, MSC 2010 35K40, 35K57, 92D25
Abstract: The paper is concerned with a singular limit for the bistable traveling wave problem in a very large class of two-species fully nonlinear parabolic systems with competitive reaction terms. Assuming existence of traveling waves and enough compactness, we derive and characterize the limiting problem. The assumptions and results are discussed in detail. The free boundary problem obtained at the limit is specified for important applications.
Published: 2020

45. Video‐monitoring of wood discharge: first inter‐basin comparison and recommendations to install video cameras

Author: Hossein Ghaffarian, Bruce MacVicar, Hervé Piégay, Emmanuel Mignot, Aurélie Antonio, Nicolas Riviere, Diego Lopez, Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique (LMFA), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement Ville Société (EVS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Civil and Environmental Engineering [Waterloo], University of Waterloo [Waterloo], Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-17-EURE-0018,H2O'LYON,School of Integrated Watershed Sciences(2017), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), and Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)
Subjects: 010504 meteorology & atmospheric sciences, Geography, Planning and Development, 0207 environmental engineering, 02 engineering and technology, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, Structural basin, 01 natural sciences, River monitoring, Earth and Planetary Sciences (miscellaneous), Environmental science, Video monitoring, 020701 environmental engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, Earth-Surface Processes, Remote sensing
Abstract: International audience
Published: 2020

46. 3D Plastronics for Smartly Integrated Magnetic Resonance Imaging Coils

Author: Sophie Gaillard, Michel Cabrera, V. Semet, Philippe Lombard, Tony Gerges, Simon A. Lambert, Ampère, Département Energie Electrique (EE), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lambert, Simon, Ampère, Département Méthodes pour l'Ingénierie des Systèmes (MIS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: kidney, Mri imaging, Computer science, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SPI] Engineering Sciences [physics], Materials Science (miscellaneous), brain, Microfluidics, Biophysics, General Physics and Astronomy, 3D printing, 01 natural sciences, coils, [SPI]Engineering Sciences [physics], radiofrequency, 0103 physical sciences, medicine, Instrumentation (computer programming), Physical and Theoretical Chemistry, 010306 general physics, Mathematical Physics, instrumentation, medicine.diagnostic_test, business.industry, Magnetic resonance imaging, Gold standard (test), 3D print electronics, [SPI.TRON] Engineering Sciences [physics]/Electronics, lcsh:QC1-999, [SPI.TRON]Engineering Sciences [physics]/Electronics, preclinic, [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, Electromagnetic coil, business, Preclinical imaging, lcsh:Physics, Biomedical engineering, MRI
Abstract: International audience; Over the last four decades, magnetic resonance imaging has become the gold standard imaging technique in many medical diagnoses for brain, cardiac, and liver disease. However, due to low critical mass and great scientific challenges, instrumentation dedicated to preclinical MRI imaging has lagged behind instrumentation for clinical applications. The aim of this paper is to demonstrate that a set of new technologies such as the 3D Molded Interconnect Devices technology preferably named below as 3D Plastronics, 3D Printing, and Microfluidics may be considered to provide a completely new way for designing preclinical MRI setups, i.e., the 3D prototyping and manufacturing of the MR coil, the sample holder, and the peripherals, all together. The fabricated MRI setup can be used both for MRI of small biological samples and for in vivo imaging of a mouse brain. This work is the first step toward the full 3D manufacturing of tailor-mad multifunctional MRI probes.
Published: 2020

47. Homogeneous triacylglycerol tracers can impact fat crystallization and its lipolysis rate under simulated physiological conditions

Author: Frédéric Carrière, Cécile Vors, Marie-Caroline Michalski, Carole Knibbe, Sabine Danthine, Annie Durand, Marion Létisse, Gembloux Agro-Bio Tech [Gembloux], Université de Liège, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Bioénergétique et Ingénierie des Protéines (BIP ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Homogeneous, law, Chemistry, [PHYS.PHYS.PHYS-BIO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Biological Physics [physics.bio-ph], [SDV]Life Sciences [q-bio], Biophysics, [CHIM.CRIS]Chemical Sciences/Cristallography, Lipolysis, [PHYS.PHYS.PHYS-CHEM-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Chemical Physics [physics.chem-ph], Crystallization, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, law.invention
Abstract: International audience
Published: 2020

48. Second order local minimal-time Mean Field Games

Author: Romain Ducasse, Guilherme Mazanti, Filippo Santambrogio, Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Institut Polytechnique des Sciences Avancées (IPSA), Dynamical Interconnected Systems in COmplex Environments (DISCO), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire des signaux et systèmes (L2S), CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Public grant as part of the ``Investissement d'avenir' project, reference ANR-11-LABX-0056-LMH, LabEx LMH, PGMO project VarPDEMFG., French IDEXLYON project Impulsion ``Optimal Transport and Congestion Games' PFI 19IA106udl., Hadamard Mathematics LabEx (LMH), grant number ANR-11-LABX-0056-LMH in the ``Investissement d'avenir' project., ANR-16-CE40-0015,MFG,Jeux Champs Moyen(2016), Laboratoire Jacques-Louis Lions (LJLL (UMR_7598)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Laboratoire des signaux et systèmes (L2S), CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Camille Jordan (ICJ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modélisation mathématique, calcul scientifique (MMCS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), and ANR-11-LABX-0056,LMH,LabEx Mathématique Hadamard(2011)
Subjects: parabolic PDEs, congestion games, Applied Mathematics, MFG system, 35Q89, 35K40, 35B40, 35A01, 35D30, Mean Field Games, Mathematics - Analysis of PDEs, existence of solutions, FOS: Mathematics, [MATH.MATH-AP]Mathematics [math]/Analysis of PDEs [math.AP], asymptotic behavior, MSC2020: 35Q89, 35K40, 35B40, 35A01, 35D30, Analysis, Analysis of PDEs (math.AP)
Abstract: The paper considers a forward-backward system of parabolic PDEs arising in a Mean Field Game (MFG) model where every agent controls the drift of a trajectory subject to Brownian diffusion, trying to escape a given bounded domain $\Omega$ in minimal expected time. The important point is that agents are constrained by a bound on the drift depending on the density of the other agents at their location (the higher the density, the smaller the velocity). Existence for a finite time horizon $T$ is proven via a fixed point argument but, because of the diffusion, the model should be studied in infinite horizon as the total mass inside the domain decreases in time, but never reaches zero in finite time. Hence, estimates are needed to pass the solution to the limit as $T\to\infty$, and the asymptotic behavior of the solution which is obtained in this way is also studied. This passes through a combination of classical parabolic arguments together with specific computations for MFGs. Both the Fokker--Planck equation ruling the evolution of the density of agents and the Hamilton--Jacobi--Bellman equation on the value function display Dirichlet boundary conditions as a consequence of the fact that agents stop as soon as they reach $\partial\Omega$. The initial datum for the density is given (and its regularity is discussed so as to have the sharpest result), and the long-time limit of the value function is characterized as the solution of a stationary problem.
Published: 2020

49. Dynamics of floating objects at high particulate Reynolds numbers

Author: Diego Lopez, Emmanuel Mignot, Hervé Piégay, H. Ghaffarian, Nicolas Riviere, Laboratoire de mécanique des fluides (LMF), École Centrale de Nantes (ECN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Mecanique des Fluides et d'Acoustique (LMFA), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement Ville Société (EVS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-17-EURE-0018,H2O'LYON,School of Integrated Watershed Sciences(2017), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Nantes (ECN), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), and Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)
Subjects: Fluid Flow and Transfer Processes, Physics, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Computation, Dynamics (mechanics), Computational Mechanics, Phase (waves), Reynolds number, Mechanics, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, 01 natural sciences, 010305 fluids & plasmas, Physics::Fluid Dynamics, symbols.namesake, Acceleration, Flow velocity, Modeling and Simulation, Free surface, 0103 physical sciences, symbols, Scaling, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: The dynamics of high Reynolds number floating objects in one- and two-dimensional free surface flows are studied theoretically and experimentally. The results can greatly simplify the analyses and computations of the motion of floating objects at high particulate Reynolds number, first by identifying a characteristic distance, scaling the length of the acceleration phase, and then by showing that once the flow velocity is reached the object is transported as a passive tracer.
Published: 2020

50. Parameter recovery in two-component contamination mixtures: the L2 strategy

Author: Jonas Kahn, Clément Marteau, Sébastien Gadat, Cathy Maugis-Rabusseau, Toulouse School of Economics (TSE), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 (IMT), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-13-JS01-0001,MixStatSeq,Procédures statistiques fondées sur des mélanges pour l'analyse de données de RNA-seq(2013), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Probabilités, statistique, physique mathématique (PSPM), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Toulouse School of Economics ( TSE ), Toulouse School of Economics, Université Toulouse 1 Capitole ( UT1 ), Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 ( IMT ), Université Toulouse 1 Capitole ( UT1 ) -Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ) -Université Toulouse III - Paul Sabatier ( UPS ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-PRES Université de Toulouse-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse ( INSA Toulouse ), Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Camille Jordan [Villeurbanne] ( ICJ ), École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Toulouse School of Economics (TSE-R), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Camille Jordan (ICJ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Toulouse (UT)
Subjects: Statistics and Probability, Work (thermodynamics), $\mathbb{L}^{2}$ contrast, L-2 contrast, 02 engineering and technology, Astrophysics::Cosmology and Extragalactic Astrophysics, 01 natural sciences, 010104 statistics & probability, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Convergence (routing), 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Parameter estimation, Astrophysics::Solar and Stellar Astrophysics, 62G05, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], 0101 mathematics, B- ECONOMIE ET FINANCE, Astrophysics::Galaxy Astrophysics, 62G20, Mathematics, Parametric statistics, Estimation theory, Component (thermodynamics), Mathematical analysis, $L^2$ contrast, 020206 networking & telecommunications, Contamination, Rate of convergence, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, Two-component contamination mixture model, Astrophysics::Earth and Planetary Astrophysics, Statistics, Probability and Uncertainty, 62F15
Abstract: In this paper, we consider a parametric density contamination model. We work with a sample of i.i.d. data with a common density, $f^{\star }=(1-\lambda^{\star })\phi +\lambda^{\star }\phi (\cdot-\mu^{\star })$, where the shape $\phi $ is assumed to be known. We establish the optimal rates of convergence for the estimation of the mixture parameters $(\lambda^{\star },\mu^{\star })\in (0,1)\times \mathbb{R}^{d}$. In particular, we prove that the classical parametric rate $1/\sqrt{n}$ cannot be reached when at least one of these parameters is allowed to tend to $0$ with $n$.
Published: 2020

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