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Planchais, Cyril, Fernández, Ignacio, Bruel, Timothée, de Melo, Guilherme, Prot, Matthieu, Beretta, Maxime, Guardado-Calvo, Pablo, Dufloo, Jérémy, Molinos-Albert, Luis, Backovic, Marija, Chiaravalli, Jeanne, Giraud, Emilie, Vesin, Benjamin, Conquet, Laurine, Grzelak, Ludivine, Planas, Delphine, Staropoli, Isabelle, Guivel-Benhassine, Florence, Hieu, Thierry, Boullé, Mikaël, Cervantes-Gonzalez, Minerva, Ungeheuer, Marie-Noëlle, Charneau, Pierre, van der Werf, Sylvie, Agou, Fabrice, Bartoli, Marie, Diallo, Alpha, Le Mestre, Soizic, Paul, Christelle, Petrov-Sanchez, Ventzislava, Yazdanpanah, Yazdan, Ficko, Cécile, Chirouze, Catherine, Andrejak, Claire, Malvy, Denis, Goehringer, François, Rossignol, Patrick, Gigante, Tristan, Gilg, Morgane, Rossignol, Bénédicte, Etienne, Manuel, Beluze, Marine, Bachelet, Delphine, Bhavsar, Krishna, Bouadma, Lila, Chair, Anissa, Charpentier, Charlotte, Chenard, Léo, Couffignal, Camille, Debray, Marie-Pierre, Descamps, Diane, Duval, Xavier, Eloy, Philippine, Esposito-Farese, Marina, Florence, Aline-Marie, Ghosn, Jade, Hoffmann, Isabelle, Kafif, Ouifiya, Khalil, Antoine, Lafhej, Nadhem, Laouénan, Cédric, Laribi, Samira, Le, Minh, Le Hingrat, Quentin, Letrou, Sophie, Mentré, France, Peytavin, Gilles, Piquard, Valentine, Roy, Carine, Schneider, Marion, Su, Richa, Tardivon, Coralie, Timsit, Jean-François, Tubiana, Sarah, Visseaux, Benoît, Deplanque, Dominique, Hulot, Jean-Sébastien, Diehl, Jean-Luc, Picone, Olivier, Angoulvant, François, Abrous, Amal, Couffin-Cadiergues, Sandrine, da Silva, Fernanda, Esperou, Hélène, Houas, Ikram, Jaafoura, Salma, Papadopoulos, Aurélie, Gaymard, Alexandre, Lina, Bruno, Rosa-Calatrava, Manuel, Dorival, Céline, Guedj, Jérémie, Lingas, Guillaume, Neant, Nadège, Abel, Laurent, Manda, Victoria, Behillil, Sylvie, Enouf, Vincent, Levy, Yves, Wiedemann, Aurélie, Arowas, Laurence, Perlaza, Blanca, Perrin de Facci, Louise, Chaouche, Sophie, Sangari, Linda, Renaudat, Charlotte, Fernandes Pellerin, Sandrine, van Platen, Cassandre, Jolly, Nathalie, Kuhmel, Lucie, Garaud, Valentine, Rafanoson, Hantaniaina, Gardais, Soazic, de Parseval, Nathalie, Dugast, Claire, Jannet, Caroline, Ropars, Sandrine, Momboisse, Fanny, Porteret, Isabelle, Cailleau, Isabelle, Hoen, Bruno, Tondeur, Laura, Besombes, Camille, Fontanet, Arnaud, Dimitrov, Jordan, Simon-Lorière, Etienne, Bourhy, Hervé, Montagutelli, Xavier, Rey, Félix, Schwartz, Olivier, Mouquet, Hugo, Covid Cohort Study Group, French, Study Group, Corser, Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Lyssavirus, épidémiologie et neuropathologie - Lyssavirus Epidemiology and Neuropathology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Université Paris Cité (UPCité), École Doctorale Bio Sorbonne Paris Cité [Paris] (ED562 - BioSPC), Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Cité (UPCité), Criblage chémogénomique et biologique (Plateforme) - Chemogenomic and Biological Screening Platform (PF-CCB), Laboratoire commun Pasteur-TheraVectys, Institut Pasteur [Paris] (IP)-TheraVectys-Université Paris Cité (UPCité), Génétique de la souris - Mouse Genetics, Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'investigation Clinique [CHU Bichat] - Épidémiologie clinique (CIC 1425), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), FundingFunder(s): Institut PasteurFunder(s): French Government’s Investissements d’Avenir program Award Id(s): ANR-11-EQPX-0008Funder(s): Institut national de la santé et de la recherche médicaleFunder(s): REsearch & ACtion emergING infectious diseases (REACTing) consortiumFunder(s): Ministry of Health and Social AffairsFunder(s): Ministry of Higher Education and ResearchFunder(s): Agence Nationale de la Recherche Award Id(s): #20RR028-00Funder(s): European Commission Award Id(s): #101003589Funder(s): Fondation de France Award Id(s): #00106077Funder(s): Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites ViralesFunder(s): Programme hospitalier de recherche clinique Award Id(s): 20-0424, ANR-11-EQPX-0008,CACSICE,Centre d'analyse de systèmes complexes dans les environnements complexes(2011), ANR-21-CO14-0007,CoronaMito,Conséquences de l'infection par le SRAS-CoV-2 sur la fonction mitochondriale(2021), European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Virologie Structurale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Vaccine Research Institute (VRI), Processus infectieux à Trypanosomatidés - Trypanosomatids Infectious Processes, Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris], Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), and Institut Pasteur [Paris]-TheraVectys-Université Paris Cité (UPCité)

Félix A. Rey, Marie-Christine Vaney, Franz X. Heinz, Martial Rey, Karin Stiasny, Julia Chamot-Rooke, Alexander Rouvinski, Iris Medits, Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Spectrométrie de Masse pour la Biologie – Mass Spectrometry for Biology (UTechS MSBio), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), We acknowledge support from the Austrian Science Fund FWF (I1378-B13, P27501-B21), French ANR (grant ANR-13-ISV8-0002-01), Institut Pasteur and CNRS., ANR-13-ISV8-0002,flavistem,La protéine E des flavivirus : interactions et fusion membranaire(2013), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Virologie Structurale

François Dejardin, Caroline Demeret, Narimane Nekkab, Charlotte Cockram, Michael T. White, Rhea J. Longley, Annalisa Meola, Marija Backovic, Sarah H. Merkling, Stéphane Petres, Jérôme De Seze, Ivo Mueller, Solen Kernéis, Samira Fafi-Kremer, Benjamin Terrier, Stéphane Pelleau, Jason Rosado, Malaria : parasites et hôtes - Malaria : parasites and hosts, Institut Pasteur [Paris], Régulation spatiale des Génomes - Spatial Regulation of Genomes, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie Structurale, Equipe mobile d'infectiologie, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Epidémiologie et modélisation de la résistance aux antimicrobiens - Epidemiology and modelling of bacterial escape to antimicrobials, Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence Maladies auto-immunes Systémiques Rares [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Paris-Centre de Recherche Cardiovasculaire (PARCC - UMR-S U970), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Virologie [Strasbourg], CIC Strasbourg (Centre d’Investigation Clinique Plurithématique (CIC - P) ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg]-Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg, The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research (WEHI), Santé publique : épidémiologie & sciences de l'information biomédicale (ED 393), Sorbonne Université (SU), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Virologie Structurale - Structural Virology, Epidémiologie et modélisation de la résistance aux antimicrobiens - Epidemiology and modelling of bacterial escape to antimicrobials (EMAE), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Melbourne, This work was supported by the European Research Council (MultiSeroSurv ERC Starting Grant, MW), l’Agence Nationale de la Recherche and Fondation pour la Recherche Médicale (CorPopImm, MW), and the Institut Pasteur International Network (CoronaSeroSurv, MW). JR was supported by the Pasteur Paris University (PPU) International PhD Program, Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Michael, White, Service de Département de médecine interne et immunologie clinique [CHU Pitié-Salpêtrière] (DMIIC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Jean-Jacques Panthier, Caroline Manet, Laurine Conquet, Anavaj Sakuntabhai, Etienne Simon-Loriere, Xavier Montagutelli, David Hardy, Matthieu Prot, Marie Flamand, Grégory Jouvion, Génétique de la souris - Mouse Genetics, Institut Pasteur [Paris], Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Neuropathologie expérimentale - Experimental neuropathology, Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique fonctionnelle des maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], This work was supported by a grant from the French government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (grant no. ANR-10-LABX-62-IBEID). C.M. was supported by a fellowship from grant no. ANR-10-LABX-62-IBEID., We are grateful to the Virology Laboratory of the Institut Pasteur of French Guiana (National Reference Center for Arboviruses) for providing the FG15 ZIKV strain and Valérie Choumet for providing the IS-98-ST1 WNV strain. We thank Thérèse Couderc and Claude Ruffié for providing B6-Ifnar1 and 129-Ifnar1 mice, Laetitia Joullié and Marion Doladilhe for technical help, Magali Tichit for performance of the histopathology techniques, Isabelle Lanctin, Tommy Penel, and Jerôme Le Boydre for careful breeding of the CC mice, and the animal facility staff for animal care in biocontainment units (DTPS-C2RA-Central Animal Facility platform). We are grateful to Jean Jaubert, Michel Cohen-Tannoudji, and Aurore Vidy-Roche for useful discussions throughout the project and to Rachel Meade for editorial suggestions., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Virologie Structurale, ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Julian Buchrieser, Marie-Christine Vaney, Marija Backovic, Eduard Baquero, Bruno Baron, Katinka Ruigrok, Patrick England, Jan Hellert, Félix A. Rey, Olivier Schwartz, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Virus et Immunité - Virus and immunity, Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), This work was funded by the European Research council (ERC ‘CelCelFus’ grant #340371) awarded to F.A.R, and recurrent funding from the Institut Pasteur (IP) and CNRS, We thank Ahmed Haouz and staff at the IP core facility for protein crystallization, and staff at the Proxima-2 beamline at the SOLEIL synchrotron for assistance with data collection and processing. We also thank Ignacio Fernandez for helpful discussions and critical reading of the manuscript, Delphine Brun for technical assistance, and Etienne Simon-Loriere for discussions and help with phylogenetic analyses., Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Virologie Structurale, and Virus et Immunité

Thierry Fournier, Caroline Manet, Kenzo-Hugo Hillion, Thérèse Couderc, Emeline Perthame, Julian Buchrieser, Françoise Porrot, Séverine A. Degrelle, Marc Lecuit, Olivier Schwartz, Daniel A. Donahue, Quentin Nevers, Anne Dupressoir, Sylvie Souquere, Olivier Disson, Thierry Heidmann, Marlene V. Arroyo, Katinka Ruigrok, Xavier Montagutelli, Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiopathologie et pharmacotoxicologie placentaire humaine : Microbiote pré & post natal (3PHM - UMR-S 1139), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Inovarion [Paris], Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique fonctionnelle de la Souris, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse (AMMICa), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie Structurale - Structural Virology, Rétrovirus endogènes et éléments rétroïdes des eucaryotes supérieurs (UMR 9196), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Work in the laboratory of O.S. is funded by Institut Pasteur, ANRS, Sidaction, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), 'TIMTAMDEN' ANR-14-CE14-0029, 'CHIKV-Viro-Immuno' ANR-14-CE14-0015-01, CNRS and the Gilead HIV cure program. Work in the laboratory of M.L. is funded by Institut Pasteur, INSERM, ERC, Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), Institut Convergence, and Université Paris Descartes. C.M. was supported by a fellowship from grant no. ANR-10-LABX-62-IBEID. M.V.A. was supported by NSF GRFP grant no. 1644869., We thank members of the Virus and Immunity Unit for discussions and help, M. Maaran Rajah for critical reading of the manuscript. We thank patients who participated in the study. We also thank members of Embryology and Core Breeding teams (DTPS-C2RA-Central Animal Facility platform) for technical support with strain revivification, M. Cohen-Tannoudji for hosting mouse experiments. We thank the Cellular and Molecular Imaging facility of the Faculty of Pharmacy of Paris (UMS3612 CNRS/US25 INSERM), and the UtechS Photonic BioImaging (Imagopole)., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-14-CE14-0029,TIMTAMDEN,Rôle des récepteurs TIM et TAM dans l'infection des cellules cibles par le virus de la dengue(2014), ANR-14-CE14-0015,CHIKV-Viro-Immuno,Multiplication et Relation avec l'hôte du virus Chikungunya(2014), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Virus et Immunité, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Howard Hughes Medical Institute [New York], New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC)-Rockefeller University [New York], Virologie Structurale, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]-Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], Institut des Maladies Génétiques Imagine [Paris], ANR-10-LABX-0077/10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)

Pablo Guardado-Calvo, Vincent Vieillard, Patrice Debré, Delphine Sterlin, Guy Gorochov, Nicolas Pietrancosta, Tahar Bouceba, Christophe Piesse, Karim Dorgham, Solenne Chardonnet, Amel Affoune, Cédric Pionneau, Olivier Lucar, Philippe Karoyan, Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Ingénierie des protéines, PCR, Interaction Moléculaires [IBPS] (IBPS-IPIM), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S), UMS omique (OMIQUE), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Virologie Structurale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL (ENSCP)-ESPCI ParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL (ENSCP)-ESPCI ParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by Sorbonne Université and the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)., Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Systèmes glutamatergiques normaux et pathologiques = Normal and Pathologic Glutamatergic Neurons (NPS), Neuroscience Paris Seine (NPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by Sorbonne Université and the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM). The authors acknowledge Delphine Lucas from Minka Therapeutics and Julien Puech and Noemi Asfogo, both students of the CIMI-Paris, for their technical assistance., Service d'Immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Dorgham, Karim, Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Département de Chimie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Robert E. Lanford, Caroline Marnata, Dimitri Lavillette, François-Loïc Cosset, Lisette Cohen, Célia Boukadida, Dimitri Mompelat, Lucile Warter, Ieva Vasiliauskaite, Judith Fresquet, Aure Saulnier, Félix A. Rey, Peter Karayiannis, Thomas Krey, Nicolas Escriou, Annette Martin, Nicola J. Rose, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virus enveloppés, vecteurs et immunothérapie – Enveloped viruses, Vectors and Immuno-therapy (EVIR), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LabEx ECOFECT Inserm U1111, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique virale et vaccination, Southwest National Primate Research Center, Texas Biomedical Research Institute, Department of Medicine, Imperial College London, National Institute for Biological Standards and Control (NIBSC), Medicines and Healthcare Products Regulatory Agency (MHRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut Pasteur [Paris], Virus enveloppés, vecteurs et immunothérapie – Enveloped viruses, Vectors and Immuno-therapy (Equipe EVIR), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie Structurale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Guardado-Calvo, P, Atkovska, K, Jeffers, S A, Grau, N, Backovic, M, Pérez-Vargas, J, de Boer, S M, Tortorici, M Alejandra, Pehau-Arnaudet, G., Lepault, J., England, P., Rottier, P J, Bosch, B J, Hub, J S, Rey, Félix A, dI&I I&I-1, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute for Microbiology and Genetics [Göttingen], Georg-August-University = Georg-August-Universität Göttingen, Faculty of Veterinary Medicine, Department of Infectious Diseases and Immunology, Utrecht University [Utrecht], Biophysique des macromolécules et leurs interactions, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Protéopole, ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Virologie Structurale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), University of Goettingen [Germany], Utrecht University, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), dI&I I&I-1, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Georg-August-University [Göttingen], and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Léger, Psylvia, Tetard, Marilou, Youness, Berthe, Cordes, Nicole, Rouxel, Ronan N, Flamand, Marie, Lozach, Pierre-Yves, Heidelberg University Hospital [Heidelberg], Institut Armand Frappier (INRS-IAF), Institut National de la Recherche Scientifique [Québec] (INRS)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Virologie Structurale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Funded by - CellNetworks Research Group - Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada. Grant Number: 419538-2012 - Banting Research Foundation, Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Virologie Structurale - Structural Virology, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Sylvie Behillil, Dominique Rousset, Flora Donati, Laurine Levillayer, Grégory Jouvion, Jean Jaubert, Xavier Montagutelli, Vincent Enouf, Mélanie Albert, Sylvie van der Werf, Fabiana Gámbaro, Eduard Baquero Salazar, Etienne Simon-Loriere, Félix A. Rey, Laurine Conquet, Matthieu Prot, Génétique de la souris - Mouse Genetics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Génétique fonctionnelle des maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Virologie Structurale - Structural Virology, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Dynamic Microbiology - EA 7380 (DYNAMIC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est (UPE)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Centre National de Référence des virus respiratoires (dont la grippe et le SARS-CoV2) [Paris] (CNR - laboratoire associé), Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), This work was supported by the « URGENCE COVID-19 » fundraising campaign of Institut Pasteur), the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (Grant No. ANR-10-LABX-62-IBEID), the Agence Nationale de la Recherche (Grant No. ANR-20-COVI-0028-01) and the RECOVER project funded by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No. 101003589. ESL acknowledges funding from the INCEPTION programme (Investissements d’Avenir grant ANR-16-CONV-0005)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0028,HuMoCID,Développement de modèles murins de COVID-19(2020), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), and European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020)

Lucie M. Laqueuvre, Eliette Bonnefoy, Charbel Massaad, Zeyni Mansuroglu, Jean-Jacques Panthier, Lionel Luron, Dominique Simon, Vasco Marcato, Sylvie Souès, Marie Flamand, Homéostasie cellulaire et cancer - Reprogrammation des réponses biologiques et thérapies alternatives (U1007), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Génétique Fonctionnelle de la Souris, Institut Pasteur [Paris] - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie Structurale, Toxicologie, Pharmacologie et Signalisation Cellulaire (U1124), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5) - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-BSV3-007, Eliette Bonnefoy, Marie Flamand, Jean-Jacques Panthier.The DIM-Malinf project from Région Ile-de-France, Vasco Marcato, ANR-11-BSV3-0007, GenRift, Identification de voies cellulaires et de gènes clés pour la pathogénicité et la résistance au virus de la fièvre de la Vallée du Rift(2011), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie Structurale - Structural Virology, Toxicité environnementale, cibles thérapeutiques, signalisation cellulaire (T3S - UMR_S 1124), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-11-BSV3-0007,GenRift,Identification de voies cellulaires et de gènes clés pour la pathogénicité et la résistance au virus de la fièvre de la Vallée du Rift(2011), PANTHIER, Jean-Jacques, BLANC - Identification de voies cellulaires et de gènes clés pour la pathogénicité et la résistance au virus de la fièvre de la Vallée du Rift - - GenRift2011 - ANR-11-BSV3-0007 - BLANC - VALID, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]

Melissa Remy, Paul-Henri Lambert, Claire-Anne Siegrist, Bruno Coutard, Sébastien Igonet, Giovanni Magistrelli, Dorothée Rigo, Pauline Malinge, Nicolas Fischer, Daniel D. Pinschewer, Thomas A. Bowden, Andreas Bergthaler, Lukas Flatz, Nadia Rabah, Jan ter Meulen, Mehmet Sahin, Paolo Meda, Rami Sommerstein, Université de Genève (UNIGE), Novimmune SA, University of Basel (Unibas), Virologie Structurale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Philipps Universität Marbug, Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Oxford [Oxford], This work was supported by the Medical Research Council (grant MR/L009528/1 to TAB), by the European Research Council (ERC grant No. 310962 to DDP), by the European Union Seventh Framework Programme (FP7/ 2007–2013, 'European Virus Archive' under the grant agreement n°228292-EVA to DDP), by the Klaus Tschira Stiftung gGmbH (to DDP) and by the Swiss National Science Foundation (No. 310030_149340 to DDP), European Project: 310962,EC:FP7:ERC,ERC-2012-StG_20111109,IMMUNIBY(2013), European Project: 228292,EC:FP7:INFRA,FP7-INFRASTRUCTURES-2008-1,EVA(2009), Virologie Structurale - Structural Virology, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Philipps Universität Marburg, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Philipps Universität Marburg = Philipps University of Marburg, and University of Oxford

David Pasdeloup, Stéphane Bressanelli, Jean Lepault, Yves Boulard, Nathalie Scrima, Stéphane P. Roche, Rhabdovirus (RHABDO), Département Virologie (Dpt Viro), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie structurale corrélative par cryo-microscopie électronique et radiocristallographie (VIROEM), Interactions et mécanismes d’assemblage des protéines et des peptides (IMAPP), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Virulence et Latence des Herpesvirus (HERPES), Faculté de Pharmacie, INSERM UMR 984, INSERM, Rhabdovirus ( RHABDO ), Département Virologie ( Dpt Viro ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Virologie structurale corrélative par cryo-microscopie électronique et radiocristallographie ( VIROEM ), Interactions et mécanismes d’assemblage des protéines et des peptides ( IMAPP ), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale ( B3S ), Virulence et Latence des Herpesvirus ( HERPES ), and drouet, catherine

Woudenberg, Tom, Pinaud, Laurie, Garcia, Laura, Tondeur, Laura, Pelleau, Stephane, de Thoisy, Alix, Donnadieu, Françoise, Backovic, Marija, Attia, Mikaël, Hozé, Nathanaël, Duru, Cécile, Koffi, Aymar Davy, Castelain, Sandrine, Ungeheuer, Marie-Noelle, Fernandes Pellerin, Sandrine, Planas, Delphine, Bruel, Timothée, Cauchemez, Simon, Schwartz, Olivier, Fontanet, Arnaud, White, Michael, Epidémiologie et Analyse des Maladies Infectieuses - Infectious Disease Epidemiology and Analytics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Université Paris Cité (UPCité)-Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Modélisation mathématique des maladies infectieuses - Mathematical modelling of Infectious Diseases, Hôpital de Crépy-en-Valois, Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre de Recherche Translationnelle - Center for Translational Science (CRT), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), This work was supported by the Fondation pour la Recherche Médicale (CorPopImm to MW), and the French Government's Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (Investissement d'Avenir grant n°ANR-10-LABX-62-IBEID), and INCEPTION programs (Investissement d’Avenir grant ANR-16-CONV-0005), and 'URGENCE COVID-19' fundraising campaign of Institut Pasteur (TooLab project awarded to M.B.). The COVID-Oise cohort is funded by 'Alliance Tous Unis contre le virus' Institut Pasteur, AP-HP and Fondation de France., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), and ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016)

Mittler, Eva, Serris, Alexandra, Esterman, Emma, Florez, Catalina, Polanco, Laura, O’brien, Cecilia, Slough, Megan, Tynell, Janne, Gröning, Remigius, Sun, Yan, Abelson, Dafna, Wec, Anna, Haslwanter, Denise, Keller, Markus, Ye, Chunyan, Bakken, Russel, Jangra, Rohit, Dye, John, Ahlm, Clas, Rappazzo, C. Garrett, Ulrich, Rainer, Zeitlin, Larry, Geoghegan, James, Bradfute, Steven, Sidoli, Simone, Forsell, Mattias N.E., Strandin, Tomas, Rey, Felix, Herbert, Andrew, Walker, Laura, Chandran, Kartik, Guardado-Calvo, Pablo, Albert Einstein College of Medicine [New York], Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Adimab [Lebanon], U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases (USAMRIID), Umeå University, Mapp Biopharmaceutical Inc., Friedrich-Loeffler-Institut (FLI), The University of New Mexico [Albuquerque], Haaga-Helia University of Applied Sciences [Helsinki, Finland], This research was supported by NIAID of the NIH under award number U19AI142777 (Centers of Excellence in Translational Research) to K.C., L.M.W., J.M.D., A.S.H., S.B.B., M.N.E.F., and L.Z. M.N.E.F. was supported by a grant from the Swedish Research Council (no. 2020-06235). C.A. was supported by research grants from Region Västerbotten and Umeå University (RV-579011, RV-734361, and RV-965866). J.T. was supported by the Finnish Cultural Foundation (no. 00221066). R.K.J. was supported by grants from the NIH (R2AI156482, P20GM134974, and P20GM121307). R.G.U. was supported by the Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) within the Research Network Zoonotic Infectious Diseases (01KI1721A and 01KI2004A). T.S. was supported by the Academy of Finland (no. 321809). P.G.-C. was supported by a grant by the National French Research Agency (ANR-18-CE11-0011), and A.S. was supported with a fellowship by the French Fondation pour la Recherche Médicale (FDM20170638040). F.A.R. and P.G.-C. were supported by Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), and ANR-18-CE11-0011,LISEFU,Base structurale de la détection des lipides dans la fusion virale(2018)

Broketa, Matteo, Sokal, Aurélien, Mor, Michael, Canales-Herrerias, Pablo, Perima, Angga, Meola, Annalisa, Fernández, Ignacio, Iannascoli, Bruno, Chenon, Guilhem, Vandenberghe, Alexis, Languille, Laetitia, Michel, Marc, Godeau, Bertrand, Gallien, Sebastien, Melica, Giovanna, Backovic, Marija, Rey, Felix, Baudry, Jean, Freund, Natalia, Mahevas, Matthieu, Bruhns, Pierre, Anticorps en thérapie et pathologie - Antibodies in Therapy and Pathology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Diaccurate SAS, Physiologie, physiopathologie et thérapeutique (ED 394), Sorbonne Université (SU), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Tel Aviv University (TAU), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire Colloïdes et Matériaux Divisés (LCMD), Chimie-Biologie-Innovation (UMR 8231) (CBI), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Henri Mondor, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), M.B. is the recipient of a CIFRE PhD fellowship. P.C-H. was supported by a fellowship from the French Fondation pour la Recherche Médicale (FRM). A.S. was supported by a Poste d’Accueil from INSERM, I.F. by a fellowship from the French Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales (ANRS). P.B. acknowledges funding from the Agence Nationale de la Recherche (ANR) ANR-18-CE15-0001 project Autoimmuni-B and ANR-14-CE16-0011 project DROPmAbs, from the Institut Carnot Pasteur Microbes et Santé, from the CAPNET (Comité ad-hoc de pilotage national des essais thérapeutiques et autres recherches, French government) MEMO-VOC, from the Institut Pasteur and from the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM). M.Ma. acknowledges funding from the Agence Nationale de la Recherche and the Fondation pour la Recherche Médicale (ANR, MEMO-COV-2 -FRM). Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP, Département de la Recherche Clinique et du Développement) was the promotor and the sponsor of MEMO-COV-2. J.B. acknowledges funding from the French government through BPIFrance under the frame Programme d’Investissements d’Avenir (CELLIGO Project), the Institut Pierre-Gilles de Gennes through the laboratoire d’excellence, Investissements d’avenir programs ANR-10-IDEX-0001-02 PSL, ANR-10- EQPX-34 and ANR-10-LABX-3. N.T.F. acknowledges funding from the Israeli Science Foundation grants #1422/18 and #3711/20 and Marguerite Stolz Research Fellowship. Work in the Unit of Structural Virology was funded by Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur., ANR-18-CE15-0001,Autoimmuni-B,Etude de la rupture de tolérance dans une maladie humaine autoimmune médiée par les lymphocytes B(2018), ANR-14-CE16-0011,DROP-mAbs,Analyse en profondeur de répertoires d'anticorps par microfluidique en gouttelettes couplé à du séquençage haut-débit pour le diagnostic et la découverte d'anticorps thérapeutiques(2014), ANR-10-IDEX-0001,PSL,Paris Sciences et Lettres(2010), ANR-10-EQPX-0034,IPGG,Institut Pierre Gilles de Gennes pour la microfluidique(2010), and ANR-10-LABX-0003,BCDiv,Biological and Cultural Diversities : Origins, Evolution, Interactions, Future(2010)

Antonio Santos-Peral, Fabian Luppa, Sebastian Goresch, Elena Nikolova, Magdalena Zaucha, Lisa Lehmann, Frank Dahlstroem, Hadi Karimzadeh, Beate M Kummerer, Julia Thorn-Seshold, Elena Winheim, Gerhard Dobler, Michael Hoelscher, Stefan Endres, Anne B Krug, Michael Pritsch, Giovanna Barba-Spaeth, Simon Rothenfusser, Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, German Centre for Infection Research (DZIF), Bundeswehr Institute of Microbiology, Fraunhofer Institute for Translational Medicine and Pharmacology (ITMP), Helmholtz Zentrum München (HMGU), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by FlavImmunity a combined grant of the German Research foundation (DFG) project number 391217598 to SR and ABK and the French National Research Agency (ANR) project number ANR-17-CE15-0031-01 to GBS, by DFG TRR237 grant project number 369799452 to SR and ABK (TRR237 TPB14) and BMK (TRR237 TPA04), by grants of the iMed consortium of the German Helmholtz Societies to SR, by the Einheit für Klinische Pharmakologie (EKLIP), Helmholtz Zentrum München, Neuherberg, Germany to SR and SE, a Stipend (TI 07.003) by the German Center for Infection Research (DZIF) to FL, grants by the Friedrich Baur Foundation (FBS) to JTS, HK and MP, a Metiphys fellowship of the Medical Faculty of the LMU Munich to MP, by the FöFoLe Program of the Medical Faculty of the LMU Munich to SG, EN, LL, FL, the international doctoral program 'iTarget: Immunotargeting of cancer'funded by the Elite Network of Bavaria to ASP, MZ, SG, LL, EN., and ANR-17-CE15-0031,FLAVIMMUNITY,Comprendre les mécanismes de l'efficacité du vaccin de la fièvre jaune 17D: Une approche immuno-structurelle vers la conception d'un vaccin Pan-flavivirus(2017)

Félix A. Rey, M. Alejandra Tortorici, Till Rümenapf, Gérard Bricogne, Stéphane Duquerroy, Clemens Vonrhein, Benjamin Lamp, Patrice Vachette, Javier Pérez, Jane Kwok, Virologie Structurale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Department of Physiology, The University of Hong Kong ( HKU ), Global Phasing Ltd, Global Phasing, Synchrotron SOLEIL ( SSOLEIL ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institute of Virology, University of Veterinary Medicine [Vienna] ( Vetmeduni ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Virologie Structurale - Structural Virology, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], The University of Hong Kong (HKU), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Veterinary Medicine [Vienna] (Vetmeduni), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Jan Hellert, Andrea Aebischer, Ahmed Haouz, Pablo Guardado-Calvo, Sven Reiche, Martin Beer, Félix A. Rey, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Leibniz-Institut für Virologie [Hamburg] (LIV), Friedrich-Loeffler-Institut (FLI), Cristallographie (Plateforme) - Crystallography (Platform), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This research was performed as part of the Zoonoses Anticipation and Preparedness Initiative (ZAPI project, IMI grant agreement 115760) with the assistance and financial support of IMI and the European Commission and in-kind contributions from EFPIA partners. Additional funding was provided by Institut Pasteur, CNRS, and grant ANR-10-LABX-62-IBEID (to F.A.R.). J.H. received the Pasteur-Cantarini fellowship for 24 months and was further supported by the Région Ile de France (Domaine d’intêret majeur innovative technologies for life sciences, DIM 1HEALTH)., and We thank the staff of the crystallography platform at Institut Pasteur for robot-driven crystallization screening. We also thank Fabrice Agou from the Chemogenomic and Biological Screening platform at Institut Pasteur and the staff of synchrotron beamlines PX1 at SOLEIL (St. Aubin, France) and ID23-2 at the ESRF (Grenoble, France) for help during data collection.

Pierre Isnard, Paul Vergnaud, Serge Garbay, Matthieu Jamme, Maeva Eloudzeri, Alexandre Karras, Dany Anglicheau, Valérie Galantine, Arwa Jalal Eddine, Clément Gosset, Franck Pourcine, Mohammed Zarhrate, Jean-Baptiste Gibier, Elena Rensen, Stefano Pietropaoli, Giovanna Barba-Spaeth, Jean-Paul Duong-Van-Huyen, Thierry J. Molina, Florian Mueller, Christophe Zimmer, Marco Pontoglio, Fabiola Terzi, Marion Rabant, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Département de Pathologie [CHU Necker], Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Cité (UPCité), CHI Poissy-Saint-Germain, Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe], Hôpital Foch [Suresnes], Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion (CHU La Réunion), Centre Hospitalier de Melun (CHM), Structure Fédérative de Recherche Necker (SFR Necker - UMS 3633 / US24), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Lille, Imagerie et Modélisation - Imaging and Modeling, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Virologie Structurale - Structural Virology, and This work was supported by Université Paris Cité, INSERM, AP-HP, Societé Française de Néphrologie, Dialyse et Transplantation, Fondation Total.

Sarah Temmam, Xavier Montagutelli, Cécile Herate, Flora Donati, Béatrice Regnault, Mikael Attia, Eduard Baquero Salazar, Delphine Chretien, Laurine Conquet, Grégory Jouvion, Juliana Pipoli Da Fonseca, Thomas Cokelaer, Faustine Amara, Francis Relouzat, Thibaut Naninck, Julien Lemaitre, Nathalie Derreudre‐Bosquet, Quentin Pascal, Massimiliano Bonomi, Thomas Bigot, Sandie Munier, Felix A Rey, Roger Le Grand, Sylvie van der Werf, Marc Eloit, Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre Collaborateur de l'OIE de Détection et identification chez l’homme des pathogènes animaux émergents et développement d’outils pour leur diagnostic / Collaborating Center for the Detection and identification in humans of emerging animal pathogens and development of tools for their diagnoses (CCOIE-OIECC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé Animale / World Organisation Animal Health [Paris] (OIE)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique de la souris - Mouse Genetics, Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes (IMVA-HB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Virologie Structurale - Structural Virology, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Dynamic Microbiology - EA 7380 (DYNAMIC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est (UPE)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Biomics (plateforme technologique), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Next-generation sequencing was performed with the help of Biomics Platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09-09), IBISA, and the Illumina COVID-19 Projects' offer. The work was funded by an Institut Pasteur 'Covid Taskforce' and in part by the H2020 project 101003589 (RECOVER) and Labex IBEID (ANR-10-LABX62-IBEID) grants. The Infectious Disease Models and Innovative Therapies (IDMIT) research infrastructure is supported by the 'Programme Investissements d'Avenir', managed by the ANR under reference ANR-11-INBS-0008. The Fondation Bettencourt Schueller and the Region Ile-de-France contributed to the implementation of IDMIT's facilities and imaging technologies. The NHP model of SARS-CoV-2 infection have been developed thanks to the support from REACTing, the Fondation pour la Recherche Medicale (FRM, AM-CoV-Path)., ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-11-INBS-0008,IDMIT,Infrastructure nationale pour la modélisation des maladies infectieuses humaines(2011), and European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020)

Ignacio Fernández, Lasse Toftdal Dynesen, Youna Coquin, Riccardo Pederzoli, Delphine Brun, Ahmed Haouz, Antoine Gessain, Felix A. Rey, Florence Buseyne, Marija Backovic, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes / Oncogenic Virus Epidemiology and Pathophysiology (EPVO (UMR_3569 / U-Pasteur_3)), Cristallographie (Plateforme) - Crystallography (Platform), This work was funded by the ‘Agence Nationale de la Recherche’ (ANR-10-LABX62-IBEID, Intra-Labex Grant, M.B.), the ‘Programme de recherche transversal from Institut Pasteur’ (PTR2020-353 ZOOFOAMENV, F.B.), and recurrent funding from Institut Pasteur (F.A.R, A.G.), We thank the staff from the Utechs Cytometry & Biomarkers and Crystallography platform at the Institut Pasteur, the synchrotron source SOLEIL (Saint-Aubin, France) for granting access to the facility, and to the staff of Proxima 1 and Proxima 2A beamlines for their kindness and assistance during X-ray data collections. We are grateful to Jan Hellert, Pablo Guardado-Calvo and Philippe Afonso for the discussions and advice, with special thanks to Max Baker for reading the manuscript and English language corrections., and ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

Sokal, Aurélien, Barba-Spaeth, Giovanna, Hunault, Lise, Fernández, Ignacio, Broketa, Matteo, Meola, Annalisa, Fourati, Slim, Azzaoui, Imane, Vandenberghe, Alexis, Lagouge-Roussey, Pauline, Broutin, Manon, Roeser, Anais, Bouvier-Alias, Magali, Crickx, Etienne, Languille, Laetitia, Fournier, Morgane, Michel, Marc, Godeau, Bertrand, Gallien, Sébastien, Melica, Giovanna, Nguyen, Yann, Canoui-Poitrine, Florence, Noizat-Pirenne, France, Megret, Jérôme, Pawlotsky, Jean-Michel, Fillatreau, Simon, Reynaud, Claude-Agnès, Weill, Jean-Claude, Rey, Félix, Bruhns, Pierre, Mahévas, Matthieu, Chappert, Pascal, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CIC - CHU Henri Mondor, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Anticorps en thérapie et pathologie - Antibodies in Therapy and Pathology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Physiologie, physiopathologie et thérapeutique (ED 394), Sorbonne Université (SU), Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Henri Mondor [Créteil], Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Hôpital Henri Mondor, Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Hôpital Cochin [AP-HP], IMRB - CEPIA/'Clinical Epidemiology And Ageing : Geriatrics, Primary Care and Public Health' [Créteil] (U955 Inserm - UPEC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Etablissement Français du Sang [Créteil], Structure Fédérative de Recherche Necker (SFR Necker - UMS 3633 / US24), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and This work was funded by the CAPNET (Comité ad-hoc de pilotage national des essaisthérapeutiques et autres recherches, French government) and by the Fondation PrincesseGrace. Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP, Département de la Recherche Cli-nique et du Développement) was the promotor and sponsor of MEMO-COV-2. Work in theUnit of Structural Virology was funded by Institut Pasteur, Urgence COVID-19 FundraisingCampaign of Institut Pasteur. PB acknowledges funding from the Institut Pasteur and InsitutNational de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM). AS was supported by a Posted’accueil from INSERM.

Yann Aquino, Aurélie Bisiaux, Zhi Li, Mary O’Neill, Javier Mendoza-Revilla, Sarah Hélène Merkling, Gaspard Kerner, Milena Hasan, Valentina Libri, Vincent Bondet, Nikaïa Smith, Camille de Cevins, Mickaël Ménager, Francesca Luca, Roger Pique-Regi, Giovanna Barba-Spaeth, Stefano Pietropaoli, Olivier Schwartz, Geert Leroux-Roels, Cheuk-Kwong Lee, Kathy Leung, Joseph T.K. Wu, Malik Peiris, Roberto Bruzzone, Laurent Abel, Jean-Laurent Casanova, Sophie A. Valkenburg, Darragh Duffy, Etienne Patin, Maxime Rotival, Lluis Quintana-Murci, Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Inflammatory Responses and Transcriptomic Networks in diseases (Equipe Inserm U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Wayne State University [Detroit], University of Rome 'Tor Vergeta', Università degli Studi di Roma Tor Vergata [Roma], Virologie Structurale - Structural Virology, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Ghent University Hospital, Hong Kong Red Cross Blood Transfusion Service, Hospital Authority, The University of Hong Kong (HKU), Rockefeller University [New York], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Howard Hughes Medical Institute (HHMI), University of Melbourne, Hong Kong Science and Technology Parks Corporation (HKSTP), Collège de France - Chaire Génomique humaine et évolution, Collège de France (CdF (institution)), The Human Evolutionary Genetics Laboratory is supported by the Institut Pasteur, the Collège de France, the Centre Nationale de la Recherche Scientifique (CNRS), the Agence Nationale de la Recherche (ANR) grants COVID-19-POPCELL (ANR-21-CO14-0003-01), POPCELL-REG (ANR-22-CE12-0030-01) and COVIFERON (ANR-21-RHUS-0008), the EU HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04-07 grant UNDINE (no. 101057100), the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoires d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (ANR-10- LABX-62-IBEID) and 'Milieu Intérieur' (ANR-10-LABX-69-01), the Fondation pour la Recherche Médicale (Equipe FRM DEQ20180339214), the Fondation Allianz-Institut de France, and the Fondation de France (no. 00106080). K.L., J.T.K.W. and M.P. are supported by the Health and Medical Research Fund Commissioned Research on the Novel Coronavirus Disease, Hong Kong SAR (COVID190126), S.A.V by the Theme-based Research Scheme of the Research Grants Council of the Hong Kong SAR (T11-705/21-N, SAV: T11-712/19-N), and M.P., R.B. and D.D. by InnoHK, an initiative of the Innovation and Technology Commission, the Government of the Hong Kong SAR., ANR-21-CO14-0003,COVID-19-POPCELL,Facteurs génétiques et infectieux à l'origine de la variabilité populationnelle de la réponse immunitaire à l'infection par le SARS-CoV-2(2021), ANR-22-CE12-0030,popCell-REG,Variation populationnelle des profils d'accessibilité de la chromatine à l'échelle unicellulaire(2022), ANR-21-RHUS-0008,COVIFERON,Covid-19 and interferons: from discovery to therapy(2021), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), and ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010)

Aurélien Sokal, Paul Bastard, Pascal Chappert, Giovanna Barba-Spaeth, Slim Fourati, Alexis Vanderberghe, Pauline Lagouge-Roussey, Isabelle Meyts, Adrian Gervais, Magali Bouvier-Alias, Imane Azzaoui, Ignacio Fernández, Andréa de la Selle, Qian Zhang, Lucy Bizien, Isabelle Pellier, Agnès Linglart, Anya Rothenbuhler, Estelle Marcoux, Raphael Anxionnat, Nathalie Cheikh, Juliane Léger, Blanca Amador-Borrero, Fanny Fouyssac, Vanessa Menut, Jean-Christophe Goffard, Caroline Storey, Caroline Demily, Coralie Mallebranche, Jesus Troya, Aurora Pujol, Marie Zins, Pierre Tiberghien, Paul E. Gray, Peter McNaughton, Anna Sullivan, Jane Peake, Romain Levy, Laetitia Languille, Carlos Rodiguez-Gallego, Bertrand Boisson, Sébastien Gallien, Bénédicte Neven, Marc Michel, Bertrand Godeau, Laurent Abel, Felix A. Rey, Jean-Claude Weill, Claude-Agnès Reynaud, Stuart G. Tangye, Jean-Laurent Casanova, Matthieu Mahévas, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Rockefeller University [New York], Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Henri Mondor [Créteil], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Université d'Angers (UA), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Université Paris-Saclay, Hôpital Nord Franche-Comté [Hôpital de Trévenans] (HNFC), Service de pédiatrie [CHRU Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), AP-HP. Nord - Université Paris Cité, Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Universitaire de Nancy (CHU Nancy), Hôpital Mère-Enfant [Hôpital Hôtel Dieu, Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Université libre de Bruxelles (ULB), Hôpital Robert Debré, Centre Hospitalier le Vinatier [Bron], Hospital Universitario Infanta Leonor [Madrid], Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge [Barcelone] (IDIBELL), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Etablissement Français du Sang [La Plaine Saint-Denis] (EFS), Sydney Children's hospital, University of New South Wales [Sydney] (UNSW), Children’s Health Queensland [Brisbane] (CHQ), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Universidad Fernando Pessoa Canarias [Las Palmas de Gran Canaria, Spain], Garvan Institute of medical research, Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Funder(s): Agence Nationale de la Recherche Award Id(s): ANR-21-RHUS-0008, ANR-10-IAHU-01, ANR-10-LABX-62-IBEID , ANR-20-CE93-003Funder(s): Fondation pour la Recherche MédicaleAward Id(s): MEMO-COV-2-FRMFunder(s): Institut PasteurFunder(s): Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites ViralesFunder(s): Howard Hughes Medical InstituteFunder(s): Rockefeller UniversityFunder(s): St. Giles FoundationFunder(s): National Institutes of Health Award Id(s): R01AI088364, R01AI163029, UL1TR001866Funder(s): National Center for Advancing Translational SciencesFunder(s): Fisher Center for Alzheimer’s Research FoundationFunder(s): Meyer FoundationFunder(s): JPB FoundationFunder(s): French Foundation for Medical Research Award Id(s): EQU201903007798, EA20170638020Funder(s): European Union’s Horizon 2020 Award Id(s): 824110Funder(s): Square FoundationFunder(s): Fondation du SouffleFunder(s): French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation Award Id(s): MESRI-COVID-19Funder(s): Institut National de la Santé et de la Recherche MédicaleFunder(s): Fondation Bettencourt SchuellerFunder(s): CSL BehringFunder(s): KU Leuven Award Id(s): C16/18/007Funder(s): http://dx.doi.org/10.13039/501100003130 Award Id(s): G0C8517N, G0B5120N, G0E8420NFunder(s): Jeffrey Modell FoundationFunder(s): National Health and Medical Research Council Award Id(s): 1176665Funder(s): Allergy and Immunology Foundation of AustraliaFunder(s): John Brown Cook FoundationFunder(s): Fondation Princesse GraceFunder(s): Comité ad-hoc de pilotage national des essais thérapeutiques et autres recherchesFunder(s): Assistance Publique—Hôpitaux de Paris Award Id(s): MEMO-COV-2Funder(s): Société Nationale de Médecine InterneFunder(s): ANRS Nord-Sud Award Id(s): ANRS-COV05Funder(s): ANR-RHU Award Id(s): ANR-21-RHUS-08 (COVIFERON)Funder(s): HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04 Award Id(s): 01057100Funder(s): Grandir - Fonds de solidarité pour l’enfanceFunder(s): SCOR Corporate Foundation for ScienceFunder(s): REACTing-INSERMFunder(s): University of Paris CitéFunder(s): Imagine InstituteFunder(s): VIB GC PIDFunder(s): European Research Council Award Id(s): ERC-StG MORE2ADA2, ANR-21-RHUS-0008,COVIFERON,Covid-19 and interferons: from discovery to therapy(2021), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), European Project: 948959,ERC-2020-STG,MORE2ADA2(2021), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and CHU Henri Mondor

Lasse Toftdal Dynesen, Ignacio Fernandez, Youna Coquin, Manon Delaplace, Thomas Montange, Richard Njouom, Chanceline Bilonga-Ndongo, Felix A. Rey, Antoine Gessain, Marija Backovic, Florence Buseyne, Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes / Oncogenic Virus Epidemiology and Pathophysiology (EPVO (UMR_3569 / U-Pasteur_3)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Virologie Structurale - Structural Virology, Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Ministère de la Santé Publique [Yaoundé, Cameroun], This work was supported by the Agence Nationale de la Recherche (ANR-10-LABX62-IBEID, Intra-Labex Grant (MB)), and the Programme de Recherche Transversal from the Institut Pasteur (PTR2020-353 ZOOFOAMENV, FB). SFV protein production was supported by the European Virus Archive-GLOBAL project, which has received funding from the EU Horizon 2020 Research and Innovation Programme (grant agreement number 871029). LTD was supported by the Pasteur-Paris-University (PPU) International Doctoral Program and the Fondation pour la Recherche Médicale, including additional supportive funding from the Danish Pasteur Society, Augustinus Fonden, Knud-Højgaards Fond, and Viet-Jacobsen Fonden., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), and European Project: 871029,H2020,H2020-INFRAIA-2019-1,EVA-GLOBAL(2020)

Yves Jacob, Pierre Charneau, Marc Lavigne, Francesca Di Nunzio, Mehdi Morchikh, Johan Xavier, Monica Naughtin, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Virologie Structurale - Structural Virology, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Laboratoire Joliot Curie, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie moléculaire et Vaccinologie, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dana-Farber Cancer Institute [Boston], Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie Structurale, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut Pasteur [Paris]

Marie-Christine Vaney, Félix A. Rey, Stéphane Duquerroy, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), FAR acknowledges support from the 'Agence Nationale pour la recherche' grant No. ANR-2011 BSV3 023 02 (acronym StrucEvolAlpha) and the 'Laboratoire d’Excellence - Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases', grant No. ANR-10-LABX-62-IBEID., ANR-11-BSV3-0023,StrucEvolAlpha,Structure et évolution des complexes de fusion membranaire des alphavirus(2011), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Virologie Structurale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010)

Crampon, E., Covernton, E., Vaney, M.C., Dellarole, M., Sharma, A., Haouz, A., England, P., Lepault, J., Duquerroy, S., Rey, F.A., Barba-Spaeth, Giovanna, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Cristallographie (Plateforme) - Crystallography (Platform), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biophysique Moléculaire (plateforme) - Molecular Biophysics (platform), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), This work was supported by the French ANR (Agence Nationale de la Recherche), grants ANR-17-CE15-0031-01 FLAVIMMUNITY to GBS., We thank the staff at beamlines PX1 and PX2 at Soleil synchrotron (St. Aubin, France) and at PX beamlines at the ESRF (Grenoble, France), Franz X. Heinz and Karin Stiasny from Center for Virology, Medical University of Vienna, Austria for the gift of DENV pr protein and the plasmid for the production of ZIKV PF13 sE protein, Pablo Guardado-Calvo and Ignacio Fernandez from the Rey lab for helping with the MALS experiments and Alexander Rouvinski for help with the setting of the fusion experiments., and ANR-17-CE15-0031,FLAVIMMUNITY,Comprendre les mécanismes de l'efficacité du vaccin de la fièvre jaune 17D: Une approche immuno-structurelle vers la conception d'un vaccin Pan-flavivirus(2017)

Igor Orlov, Stéphane Roche, Sandrine Brasilès, Natalya Lukoyanova, Marie-Christine Vaney, Paulo Tavares, Elena V. Orlova, Centre for Integrative Biology - CBI (Inserm U964 - CNRS UMR7104 - IGBMC), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Glasgow, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Birkbeck College [University of London], Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), University College of London [London] (UCL), Part of this work was supported by institutional funding from CNRS., and We thank Dr. D. Houldershaw and Y. Goudetsidis for computer support at Birkbeck throughout the duration of the project. Cryo-EM samples were prepared and optimised at the ISMB EM facility at Birkbeck College, with financial support from Wellcome Trust (079605/2/06/2). We acknowledge Diamond Light Source for access and support of the cryo-EM facilities at the UK National electron Bio-Imaging Centre (eBIC, under proposal EM14704) funded by the Wellcome Trust, the Medical Research Council UK, and the Biotechnology and Biological Sciences Research Council. We are grateful to Dr. Y. Chaban for his assistance with the data collection at the eBIC. We thank Dr. A. Isidro (VMS, CNRS, Gif-sur-Yvette, France) for a sample of HSV-1 C-capsids and Dr. R. Lurz (MPIMG, Berlin, Germany) for kindly providing the micrographs shown in Fig. 6.

Betina Inés Stephan, Mario Enrique Lozano, Javier Alonso Iserte, Sandra Elizabeth Goñi, Fabian B. Romano, M. A. Tortorici, Marcos Fabian Bilen, Cristina Silvia Borio, Marcela Gabriela Pilloff, Pablo Daniel Ghiringhelli, R. P. Rota, Universidad Nacional de Quilmes (UNQ), University of Massachusetts [Amherst] (UMass Amherst), University of Massachusetts System (UMASS), Virologie Structurale, Institut Pasteur [Paris], This work was supported by PICT 38138 from ANPCYT and PIP 5813 from CONICET (Argentina). S.E.G., B.I.S., M.F.B, R.P.R., and C.S.B. have a research fellowship from CONICET, J.A.I. holds a research fellowship from ANPCYT, P.D.G. and M.E. Lozano are members of the research career of CONICET. S. E. Goñi and C. S. Borio contributed equally to this work., The authors are very grateful to Dra. Ana María Ambrosio and Dra. María del Carmen Saavedra who prepared Candid#1 virions, Dra. Graciela Glikman for help with antibodies production, Dr. Stenio Fragoso and Dra. Claudia Nunes dos Santos from IBMP (Paraná, Brasil), who provided the modified pGEX-B vector, and Dr. Félix Rey (Unité de Virologie Structurale, Pasteur Institute) for help with expression and purification experiments., and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Najiby Kassis-Chikhani, Samira Fafi-Kremer, Olivier Schwartz, Laurent Bélec, Matthieu Prot, Cyril Planchais, Timothée Bruel, Laura Courtellemont, Florence Guivel-Benhassine, Artem Baidaliuk, Isabelle Staropoli, Julien Le Guen, Etienne Simon-Loriere, Laurent Hocqueloux, Delphine Planas, David Veyer, Pierre Gantner, Maaran Michael Rajah, Aurélie Velay, Thierry Prazuck, Dhiaeddine Edriss, Félix A. Rey, Françoise Porrot, Hélène Péré, Floriane Gallais, Aymeric Sève, Nicolas Robillard, Julien Puech, Hugo Mouquet, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Génomique fonctionnelle des tumeurs solides = Functional Genomics of Solid Tumors [CRC] (FunGeST), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris] (IP), Université Paris Cité (UPCité), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Strasbourg, Immuno-Rhumatologie Moléculaire, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Virologie Structurale - Structural Virology, The Opera system was co-funded by the Institut Pasteur and the Région Île de France (DIM1Health). Work in the O.S. laboratory is funded by the Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur, Fondation pour la Recherche Médicale (FRM), ANRS, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), ANR/FRM Flash Covid PROTEO-SARS-CoV-2 and IDISCOVR. Work in UPBI is funded by grant ANR-10-INSB-04-01 and the Région Île-de-France program DIM1-Health. D.P. is supported by the Vaccine Research Institute. The H.M. laboratory is funded by the Institut Pasteur, the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69-01), INSERM, REACTing, EU (RECOVER) and Fondation de France (00106077) grants. The S.F.K. laboratory is funded by Strasbourg University Hospitals (SeroCoV-HUS, PRI 7782), the Programme Hospitalier de Recherche Clinique (PHRC N 2017–HUS no. 6997), the Agence Nationale de la Recherche (ANR-18-CE17-0028), Laboratoire d’Excellence TRANSPLANTEX (ANR-11-LABX-0070_TRANSPLANTEX) and the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (UMR_S 1109). The E.S.-L. laboratory is funded by the Institut Pasteur and the French Government’s Investissement d’Avenir programme, Laboratoire d’Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ (grant no. ANR-10-LABX-62-IBEID)., We thank N. Casartelli for critical reading of the manuscript, P. Guardado Calvo for discussion, the individuals who participated in the study, members of the Virus and Immunity Unit for discussions and help, N. Aulner and the UTechS Photonic BioImaging (UPBI) core facility (Institut Pasteur), a member of the France BioImaging network, for image acquisition and analysis, and the DRCI, CIC, Médecine du Travail and Pôle de Biologie teams (CHU de Strasbourg) for the management of the Strasbourg cohort and serology testing., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0059,PROTEO-SARS-CoV-2,Protéomique du SARS-CoV-2(2020), ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-18-CE17-0028,HuMABK,Les anticorps monoclonaux humains : une Nouvelle approche thérapeutique contre l'infection par le virus BK et les maladies associées(2018), ANR-11-LABX-0070,TRANSPLANTEX,Nouveaux loci d'histocompatibilité/biomarqueurs en transplantation humaine: de la découverte à l'app(2011), European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Vaccine Research Institute (VRI), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)-École pratique des hautes études (EPHE), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPC)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPC), and Université Paris Cité (UPC)

Sandra Lacote, Carole Tamietti, Mehdi Chabert, Marie-Pierre Confort, Laurine Conquet, Coralie Pulido, Noémie Aurine, Camille Baquerre, Adrien Thiesson, Bertrand Pain, Marcelo De Las Heras, Marie Flamand, Xavier Montagutelli, Philippe Marianneau, Maxime Ratinier, Frédérick Arnaud, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Infections Virales et Pathologie Comparée - UMR 754 (IVPC), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique de la souris - Mouse Genetics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut cellule souche et cerveau / Stem Cell and Brain Research Institute (SBRI), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Zaragoza - Universidad de Zaragoza [Zaragoza], This study was funded by the Metaprogram FORESEE of the INRAe, the Ecole Pratique des Hautes Etudes, the Institut National de la Recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, the University of Lyon 1 and the French Government’s Investissement d’Avenir programme, Laboratoire d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (grant n◦ANR-10-LABX-62-IBEID)., and ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

Anna Pepe, Stefano Pietropaoli, Matthijn Vos, Giovanna Barba-Spaeth, Chiara Zurzolo, Trafic membranaire et Pathogénèse - Membrane Traffic and Pathogenesis, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Virologie Structurale - Structural Virology, Catalent Phama Solution, Plateforme technologique Nanoimagerie / Nanoimaging Technological Platform, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), The NanoImaging Core was created with the help of a grant from the French Government’s Investissements d’Avenir658program (EQUIPEX CACSICE - Centre d’analyse de systèmes complexes dans les environnements complexes, ANR-11-EQPX-0008). We would like to thank Jean-Marie Winter (NanoImaging Core at Institut Pasteur). This work was supported by the « URGENCE COVID-19 » fundraising campaign of Institut Pasteur (Paris), ANR-11-EQPX-0008,CACSICE,Centre d'analyse de systèmes complexes dans les environnements complexes(2011), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité)

Susann Kummer, Hans-Georg Kräusslich, Psylvia Léger, Steeve Boulant, Jana Koch, Pierre-Yves Lozach, Megan L. Stanifer, Qilin Xin, Michèle Bouloy, Robin Burk, Carmen Nussbaum-Krammer, Carole Tamietti, Marie Flamand, Karsten Richter, Eliana Nachman, Xavier Montagutelli, Heidelberg University Hospital [Heidelberg], Center for Molecular Biology - Zentrum für Molekulare Biologie [Heidelberg, Germany] (ZMBH), Universität Heidelberg [Heidelberg] = Heidelberg University, German Cancer Research Center - Deutsches Krebsforschungszentrum [Heidelberg] (DKFZ), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Virales et Pathologie Comparée - UMR 754 (IVPC), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Moléculaire des Bunyavirus, Institut Pasteur [Paris] (IP), Génétique de la souris - Mouse Genetics, This work was supported by grants from CellNetworks Research Group funds, Heidelberg, and from the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, LO-2338/1-1 and LO-2338/3-1). It was also supported by a Chinese Scholarship Council fellowship to Q.X, Universität Heidelberg [Heidelberg], Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École pratique des hautes études (EPHE), and Institut Pasteur [Paris]

Rohit K, Jangra, Mercè, Llabrés, Pablo, Guardado-Calvo, Eva, Mittler, Gorka, Lasso, Louisiana State University (LSU), University of the Balearic Islands (UIB), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Albert Einstein College of Medicine [New York], and RKJ would like to acknowledge funding from Louisiana State University Health Sciences Center-Shreveport and National Institute of Allergy and Infectious Diseases of the National Institutes of Health (R21 AI156482).

Souheyla Benfrid, Kyu‐Ho Park, Mariano Dellarole, James E Voss, Carole Tamietti, Gérard Pehau‐Arnaudet, Bertrand Raynal, Sébastien Brûlé, Patrick England, Xiaokang Zhang, Anastassia Mikhailova, Milena Hasan, Marie‐Noëlle Ungeheuer, Stéphane Petres, Scott B Biering, Eva Harris, Anavaj Sakuntabhai, Philippe Buchy, Veasna Duong, Philippe Dussart, Fasséli Coulibaly, François Bontems, Félix A Rey, Marie Flamand, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes, Sorbonne Paris Cité, Plateforme BioImagerie Ultrastructurale – Ultrastructural BioImaging Platform (UTechS UBI), Institut Pasteur [Paris] (IP), Biophysique Moléculaire (plateforme) - Molecular Biophysics (platform), HIV, Inflammation et persistance - HIV, Inflammation and Persistence, Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Investigation Clinique et d’Accès aux Ressources Biologiques (Plate-forme) - Clinical Investigation and Access to BioResources (ICAReB), Plateforme technologique Production et purification de protéines recombinantes – Production and Purification of Recombinant Proteins Technological Platform (PPR), University of California [Berkeley] (UC Berkeley), University of California (UC), Génétique du Développement humain - Human developmental genetics, Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Monash University [Clayton], Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This study benefited from the financial support of the Institut Pasteur ACIP-27-16 (P.D., V.D., M.F.), the Institut Pasteur Dengue Task Force (to MF), the Institut Pasteur INNOV-44-19 (M.F), the National Natural Science Foundation of China 31600606 (X.Z.), the National Key R&D Program of China 2016YFA0501100 (X.Z.), Guangdong Provincial Key Laboratory of Brain Connectome and Behavior 2017B030301017 (X.Z.), CAS Key Laboratory of Brain Connectome and Manipulation 2019DP173024 (X.Z.), the NIAID/NIH R01 AI24493 (E.H.) and R21 AI146464 (E.H.), ANR Equipex CACSICE ANR-11-EQPX-0008 (G.P.-A.)., The authors gratefully acknowledge the staff of the Kampong Cham Referral Hospital, the patients and parents who participated in the study, and the Arbovirus Team in the Virology Unit at the Institut Pasteur du Cambodge who contributed to this study. We acknowledge the participation of the ICAReB facility in setting up the recruitment of donors and the acquisition of blood samples, in particular Gloria Morizot, Bianca Liliana Perlaza, Sophie Chaouche, Linda Sangari, Céline Chapel, Philippe Esterre and Hélène Laude. We are most grateful to Christine Girard-Blanc and Evelyne Dufour for their contribution in producing and purifying the recombinant DENV NS1 protein, to Béatrice Poirier-Beaudouin and Cartini Mardi for their help in setting up the cytokine quantification assay, to Arvind Sharma for providing purified anti-E MAbs, to Mathilde Ban for preparing Fab-bound NS1-HDL complexes and to Xavier Montagutelli and Etienne Simon-Lorière for testing an in vivo protection assay. We thank M. Nilges and the Equipex CACSICE for providing the Falcon II direct detector and David Veesler for his help in acquiring the first electron microscopy images of the bovine NS1-HDL complex. Finally, we thank Sébastien Quesney, Alexandre Pachot and Karine Kaiser for their support. The synopsis figure was created with BioRender.com., and ANR-11-EQPX-0008,CACSICE,Centre d'analyse de systèmes complexes dans les environnements complexes(2011)

Ioannis Sarrigeorgiou, Dimitra Moschandreou, Alexios Dimitriadis, Gerasimina Tsinti, Evangelia Sotiropoulou, Eleni Ntoukaki, Petros Eliadis, Marija Backovic, Stavroula Labropoulou, Nicolas Escriou, Abraham Pouliakis, Georgia Giannopoulou, Eleni Gaitanarou, Konstantinos Lazaridis, Andreas Mentis, Avgi Mamalaki, Elisavet Grouzi, Peggy Lymberi, Institut Pasteur Hellénique, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Saint Savvas Hospital, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d’innovation : vaccins – Innovation lab : vaccines, Institut Pasteur [Paris] (IP), Attikon University Hospital, We acknowledge support of this work by the HPI (Decision of the Administration Council, Reference Number: 14365 / 28.12.2020) and the project ‘INSPIRED’ (MIS 5002550), under the Action ‘Reinforcement of the Research and Innovation Infrastructure’, funded by the Operational Program ‘Competitiveness, Entrepreneurship and Innovation’ (NSRF 2014‐2020), and action co-funded by the Greek Government and the European Union—European Regional Development Fund.

Sarah Temmam, Khamsing Vongphayloth, Eduard Baquero, Sandie Munier, Massimiliano Bonomi, Béatrice Regnault, Bounsavane Douangboubpha, Yasaman Karami, Delphine Chrétien, Daosavanh Sanamxay, Vilakhan Xayaphet, Phetphoumin Paphaphanh, Vincent Lacoste, Somphavanh Somlor, Khaithong Lakeomany, Nothasin Phommavanh, Philippe Pérot, Océane Dehan, Faustine Amara, Flora Donati, Thomas Bigot, Michael Nilges, Félix A. Rey, Sylvie van der Werf, Paul T. Brey, Marc Eloit, Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre Collaborateur de l'OIE de Détection et identification chez l’homme des pathogènes animaux émergents et développement d’outils pour leur diagnostic / Collaborating Center for the Detection and identification in humans of emerging animal pathogens and development of tools for their diagnoses (CCOIE-OIECC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé Animale / World Organisation Animal Health [Paris] (OIE)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, National University of Laos, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), NGS was performed with the help of the Biomics Platform, Center for Technological Resources and Research, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09-09), Inclusive Blockchain Insurance using Space Assets and the Illumina COVID-19 Projects’ offer. The work was granted access to the High Performance Computing resources of the Institute for Development and Resources in Intensive Scientific Computing under the allocation 2020-101592 made by Grand Équipement National de Calcul Intensif. We thank the Ministry of Health and the Ministry of Natural Resources and Environments, Lao People’s Democratic Republic, for their authorization of the field work and the Faculty of Environmental Science for its authorization of the field research collaboration. The work was supported by an Institut Pasteur 'Covid Taskforce' and in part by the H2020 project 101003589 (RECOVER) and Labex IBEID (ANR-10-LABX62-IBEID) grants. Field and laboratory work at IPL was also supported by a UK embassy grant (grant no. INT 2021/LOV C19 02) and a Luxembourg Development special grant (grant no. LAO/030·202324)., We thank S. Mohamed Ali, N. Da Rocha, A. Brisebarre, T. Xaybounsou and S. Chonephetsarath for their help at the bench, A. Haouz and the staff of the protein crystallogenesis facility at Institut Pasteur for help with crystallization trials, P. England from the Molecular Biophysics facility at Institut Pasteur for his support and access to the BLI equipment, P. Legrand from the PX1 beamline at Synchrotron SOLEIL for data collection support, and P. Guardado-Calvo for discussion and support with BLI experiments., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), and European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020)

Temmam, Sarah, Vongphayloth, Khamsing, Baquero Salazar, Eduard, Munier, Sandie, Bonomi, Massimiliano, Regnault, Béatrice, Douangboubpha, Bounsavane, Karami, Yasaman, Chrétien, Delphine, Sanamxay, Daosavanh, Xayaphet, Vilakhan, Paphaphanh, Phetphoumin, Lacoste, Vincent, Somlor, Somphavanh, Lakeomany, Khaithong, Phommavanh, Nothasin, Pérot, Philippe, Dehan, Océane, Amara, Faustine, Donati, Flora, Bigot, Thomas, Nilges, Michael, Rey, Félix, van Der Werf, Sylvie, Brey, Paul, Eloit, Marc, Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre Collaborateur de l'OIE de Détection et identification chez l’homme des pathogènes animaux émergents et développement d’outils pour leur diagnostic / Collaborating Center for the Detection and identification in humans of emerging animal pathogens and development of tools for their diagnoses (CCOIE-OIECC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé Animale / World Organisation Animal Health [Paris] (OIE)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, National University of Laos, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, and TEMMAM, Sarah

Marie-Christine Vaney, Mariano Dellarole, Stéphane Duquerroy, Iris Medits, Georgios Tsouchnikas, Alexander Rouvinski, Patrick England, Karin Stiasny, Franz X. Heinz, Félix A. Rey, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris-Saclay, Institute of Virology (Vienna), Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna, Biophysique Moléculaire (plateforme) - Molecular Biophysics (platform), This work was supported by the French ANR (Agence Nationale de la Recherche), grants ANR-13-ISV8-0002-01, ANR-10-LABX-62-10 IBEID, Wellcome Trust collaborative grant (UNS22082) to FAR, as well as by Institut Pasteur and CNRS. K.S and F.X.H acknowledge support from the Austrian Science Fund FWF (I1378-B13 and P27501-B21)., ANR-13-ISV8-0002,flavistem,La protéine E des flavivirus : interactions et fusion membranaire(2013), and ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

Eva Mittler, Anna Z. Wec, Janne Tynell, Pablo Guardado-Calvo, Julia Wigren-Byström, Laura C. Polanco, Cecilia M. O’Brien, Megan M. Slough, Dafna M. Abelson, Alexandra Serris, Mrunal Sakharkar, Gerard Pehau-Arnaudet, Russell R. Bakken, James C. Geoghegan, Rohit K. Jangra, Markus Keller, Larry Zeitlin, Olli Vapalahti, Rainer G. Ulrich, Zachary A. Bornholdt, Clas Ahlm, Felix A. Rey, John M. Dye, Steven B. Bradfute, Tomas Strandin, Andrew S. Herbert, Mattias N. E. Forsell, Laura M. Walker, Kartik Chandran, Albert Einstein College of Medicine [New York], Adimab [Lebanon], Umeå University, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases (USAMRIID), Mapp Biopharmaceutical Inc., Institute of Novel and Emerging Infectious Diseases (INNT), Friedrich-Loeffler-Institut (FLI), Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, The University of New Mexico [Albuquerque], This research was supported by NIAID of the NIH under award number U19AI142777 (Centers of Excellence in Translational Research) to K.C., L.M.W., J.M.D., Z.A.B., A.S.H., S.B.B., M.N.E.F., and L.Z. M.N.E.F. was supported by a Consolidator grant from the Swedish Science Council (#2020-06235). C.A. was supported by a Cutting Edge Research Grant from Region Västerbotten (VLL-579011). T.S. was supported by the Academy of Finland (#321809). P.G.-C. was supported by a grant of the National French Research Agency (ANR-18-CE11-0011). A.S. was supported by a fellowship of the French Foundation pour la Recherche Médicale (FRM, fellowship FDM20170638040). F.A.R. and P.G.-C. were supported by Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID). R.G.U. was supported by the Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) within the Research Network Zoonotic Infectious Diseases (01KI1721A and 01KI2004A)., ANR-18-CE11-0011,LISEFU,Base structurale de la détection des lipides dans la fusion virale(2018), and ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

Valérie Lorin, Ignacio Fernández, Guillemette Masse-Ranson, Mélanie Bouvin-Pley, Luis M. Molinos-Albert, Cyril Planchais, Thierry Hieu, Gérard Péhau-Arnaudet, Dominik Hrebík, Giulia Girelli-Zubani, Oriane Fiquet, Florence Guivel-Benhassine, Rogier W. Sanders, Bruce D. Walker, Olivier Schwartz, Johannes F. Scheid, Jordan D. Dimitrov, Pavel Plevka, Martine Braibant, Michael S. Seaman, François Bontems, James P. Di Santo, Félix A. Rey, Hugo Mouquet, Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Virologie Structurale, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunité Innée - Innate Immunity, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagopole (CITECH), Institut Pasteur [Paris] (IP), Microscopie Ultrastructurale (Plate-forme), Masaryk University [Brno] (MUNI), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), Weill Medical College of Cornell University [New York], Massachusetts General Hospital [Boston], Harvard Medical School [Boston] (HMS), Rockefeller University [New York], Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), Beth Israel Deaconess Medical Center [Boston] (BIDMC), Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The NanoImaging Core was created with the help of a grant from the French Government’s Investissements d’Avenir program (EQUIPEX CACSICE - Centre d’analyse de systèmes complexes dans les environnements complexes, ANR-11-EQPX-0008). We thank the NIH AIDS Reagent Program (Division of AIDS, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH) for contributing to reagents and the Agence National de Recherche sur le SIDA et les hépatites virales (ANRS) for an equipment grant support. The Biomics platform is supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09-09) and IBISA. I. Fernández and C. Planchais were recipients of an ANRS postdoctoral fellowship. The J.P. Di Santo laboratory received support from the Vaccine Research Institute (Créteil, France). H. Mouquet received core grants from the Institut Pasteur, Institut national de la santé et de la recherche médicale, and the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69-01). This work was supported by the European Research Council Seventh Framework Program (ERC-2013-StG 337146), and by Gilead Sciences HIV Cure Grants (#00397)., ANR-11-EQPX-0008,CACSICE,Centre d'analyse de systèmes complexes dans les environnements complexes(2011), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), European Project: 337146,EC:FP7:ERC,ERC-2013-StG,HUMANTIVIRUSES(2014), Medical Microbiology and Infection Prevention, and AII - Infectious diseases

Anna Katharina Großkopf, Armin Ensser, Thomas Fricke, Alexander Hahn, Marija Backovic, German Primate Center - Deutsches Primatenzentrum -- Leibniz Insitute for Primate Research -- [Göttingen, Allemagne] (GPC - DPZ), Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg (FAU), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by grants to A.S.H. from the Deutsche Forschungsgemeinschaft (https://www.dfg.de, grant no. HA 6013/4-1), the Wilhelm-Sander Foundation (https://www.wilhelm-sander-stiftung.de, and project no. 2019.027.1), and by an Exploration Grant from the Boehringer-Ingelheim Foundation to A.S.H, as well as by grants to A.E. from the Deutsche Forschungsgemeinschaft EN 423/5-1 and from the IZKF Erlangen, project A81.

Xavier Montagutelli, Sylvie van der Werf, Felix A Rey, Etienne Simon‐Loriere, Génétique de la souris - Mouse Genetics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP), Virologie Structurale - Structural Virology, Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, This work was supported by the 'URGENCE COVID-19' fundraising campaign of Institut Pasteur), the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (Grant No. ANR-10-LABX-62-IBEID), the Agence Nationale de la Recherche (Grant No. ANR-20-COVI-0028-01) and the RECOVER project funded by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement No. 101003589. ESL acknowledges funding from the INCEPTION program (Investissements d’Avenir grant ANR-16-CONV-0005), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0028,HuMoCID,Développement de modèles murins de COVID-19(2020), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPC), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), and Institut Pasteur [Paris]

Akaash K. Mishra, Jan Hellert, Natalia Freitas, Pablo Guardado-Calvo, Ahmed Haouz, J. Maximilian Fels, Daniel P. Maurer, Dafna M. Abelson, Zachary A. Bornholdt, Laura M. Walker, Kartik Chandran, François-Loïc Cosset, Jason S. McLellan, Felix A. Rey, University of Texas at Austin [Austin], Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité (UPCité), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cristallographie (Plateforme) - Crystallography (Platform), Albert Einstein College of Medicine [New York], Adimab LLC, Mapp Biopharmaceutical Inc., This work was supported by National Institutes of Health award U19 AI142777 to J.S.M., Z.A.B., K.C., and L.M.W., as well as by Institut Pasteur, CNRS and grant ANR-10-LABX-62-10 IBEID to F.A.R. and by the LabEx Ecofect (ANR-11-LABX-0048) of the 'Université de Lyon,' within the program 'Investissements d’Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) operated by the French National Research Agency (ANR), to F.-L.C. Research was funded in part by Welch Foundation grant F-0003-19620604 awarded to J.S.M. The Pasteur-Cantarini 24-month fellowship was granted to J.H., who was further supported by the Région Ile de France (Domaine d’intérêt majeur - innovative technologies for life sciences, DIM 1HEALTH)., ANR-11-LABX-0048,ECOFECT,Dynamiques eco-évolutives des maladies infectieuses(2011), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ribierre, Hélène, Dynamiques eco-évolutives des maladies infectieuses - - ECOFECT2011 - ANR-11-LABX-0048 - LABX - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, and PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID

Aurélien Sokal, Matteo Broketa, Giovanna Barba-Spaeth, Annalisa Meola, Ignacio Fernández, Slim Fourati, Imane Azzaoui, Andrea de La Selle, Alexis Vandenberghe, Anais Roeser, Magali Bouvier-Alias, Etienne Crickx, Laetitia Languille, Marc Michel, Bertrand Godeau, Sébastien Gallien, Giovanna Melica, Yann Nguyen, Virginie Zarrouk, Florence Canoui-Poitrine, France Noizat-Pirenne, Jérôme Megret, Jean-Michel Pawlotsky, Simon Fillatreau, Etienne Simon-Lorière, Jean-Claude Weill, Claude-Agnès Reynaud, Félix A. Rey, Pierre Bruhns, Pascal Chappert, Matthieu Mahévas, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Anticorps en thérapie et pathologie - Antibodies in Therapy and Pathology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Hôpital Henri Mondor, Immunologie et Neurogénétique Expérimentales et Moléculaires (INEM), Université d'Orléans (UO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Structure Fédérative de Recherche Necker (SFR Necker - UMS 3633 / US24), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité), This work was initiated by a grant from the Agence Nationale de la Recherche and the Fondation pour la Recherche Médicale (ANR and MEMO-COV-2-FRM) and funded by the Fondation Princesse Grace, an ERC Advanced Investigator Grant (B-response), and a grant from the French Ministry of Health (Soutien Exceptionnel à la Recherche Clinique 2022, CAPNET [Comité ad-hoc de pilotage national des essais thérapeutiques et autres recherches]). Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP, Département de la Recherche Clinique et du Développement) was the promotor and the sponsor of MEMO-COV-2. Work in the Unit of Structural Virology was funded by Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur. A.S. was supported by a Poste d’accueil from INSERM, I.F. by a fellowship from the Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales (ANRS), M.B. by a CIFRE fellowship from the Association Nationale de la Recherche et de la Technologie (ANRT), and A.D.L.S by a SNFMI fellowship. P.B. acknowledges funding from the French National Research Agency grant ANR-14-CE16-0011 project DROPmAbs, the Institut Carnot Pasteur Microbes et Santé (ANR 11 CARN 0017-01), the Institut Pasteur, and the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)., We thank Garnett Kelsoe for providing the human cell culture system, together with invaluable advice, A. Boucharlat and the Chemogenomic and Biological Screening Core Facility headed by F. Agou, as well as P. England and the Molecular Biophysics Core Facility at the Institut Pasteur, Paris, France for their support during the course of this work, Sébastien Storck, Lucie Da Silva, and Sandra Weller for their advice and support, the physicians, Constance Guillaud, Raphael Lepeule, Frédéric Schlemmer, Elena Fois, Henri Guillet, Nicolas De Prost, and Pascal Lim, whose patients were included in this study, and Florence Guivel-Benhassine and Olivier Schwartz from the Institut Pasteur for providing authentic SARS-CoV-2 B.1.1.529 virus., ANR-20-COVI-0072,MEMO-COV-2,Lymphocytes B et T CD4 mémoires spécifiques du virus chez les patients guéris du Covid-19(2020), ANR-14-CE16-0011,DROP-mAbs,Analyse en profondeur de répertoires d'anticorps par microfluidique en gouttelettes couplé à du séquençage haut-débit pour le diagnostic et la découverte d'anticorps thérapeutiques(2014), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), IMRB - CEPIA/'Clinical Epidemiology And Ageing : Geriatrics, Primary Care and Public Health' [Créteil] (U955 Inserm - UPEC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité)

Delphine Planas, Nell Saunders, Piet Maes, Florence Guivel-Benhassine, Cyril Planchais, Julian Buchrieser, William-Henry Bolland, Françoise Porrot, Isabelle Staropoli, Frederic Lemoine, Hélène Péré, David Veyer, Julien Puech, Julien Rodary, Guy Baele, Simon Dellicour, Joren Raymenants, Sarah Gorissen, Caspar Geenen, Bert Vanmechelen, Tony Wawina-Bokalanga, Joan Martí-Carreras, Lize Cuypers, Aymeric Sève, Laurent Hocqueloux, Thierry Prazuck, Félix A. Rey, Etienne Simon-Loriere, Timothée Bruel, Hugo Mouquet, Emmanuel André, Olivier Schwartz, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École Doctorale Bio Sorbonne Paris Cité [Paris] (ED562 - BioSPC), Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Cité (UPCité), Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Génomique fonctionnelle des tumeurs solides = Functional Genomics of Solid Tumors [CRC] (FunGeST), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), Université libre de Bruxelles (ULB), University Hospitals Leuven [Leuven], Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Virologie Structurale - Structural Virology, Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, The Opera system was co-funded by Institut Pasteur and the Région ile de France (DIM1Health). Work in the O.S. laboratory is funded by Institut Pasteur, Urgence COVID-19 Fundraising Campaign of Institut Pasteur, Fondation pour la Recherche Médicale (FRM), ANRS, the Vaccine Research Institute (ANR-10-LABX-77), Labex IBEID (ANR-10-LABX-62-IBEID), ANR/FRM Flash Covid PROTEO-SARS-CoV-2 and IDISCOVR. Work in the UPBI is funded by grant ANR-10-INSB-04-01 and Région Ile-de-France program DIM1-Health. D.P. is supported by the Vaccine Research Institute. The H.M. laboratory is funded by the Institut Pasteur, the Milieu Intérieur Program (ANR-10-LABX-69-01), the INSERM, REACTing, EU (RECOVER) and Fondation de France (00106077) grants. The E.S.-L. laboratory is funded by Institut Pasteur, the INCEPTION program (Investissements d’Avenir grant ANR-16-CONV-0005) and the French Government’s Investissement d’Avenir programme, Laboratoire d’Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ (grant no. ANR-10-LABX-62-IBEID). G.B. acknowledges support from the Internal Funds KU Leuven under grant agreement C14/18/094, and the Research Foundation–Flanders (Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek–Vlaanderen, G0E1420N, G098321N). P.M. acknowledges support from a COVID-19 research grant of ‘Fonds Wetenschappelijk Onderzoek’/Research Foundation–Flanders (grant no. G0H4420N). S.D. is supported by the Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS, Belgium) and also acknowledges support from the Research Foundation–Flanders (Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek–Vlaanderen, G098321N) and from the European Union Horizon 2020 project MOOD (grant no. 874850)., ANR-10-LABX-0077,VRI,Initiative for the creation of a Vaccine Research Institute(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0059,PROTEO-SARS-CoV-2,Protéomique du SARS-CoV-2(2020), ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), European Project: 874850,H2020-SC1-2019-Single-Stage-RTD,MOOD(2020), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Vaccine Research Institute (VRI), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)-École pratique des hautes études (EPHE), and European Project: 874850,MOOD

Gavin R. Screaton, Pablo Guardado-Calvo, Félix A. Rey, Xinghong Dai, Danyang Gong, Patrick England, Alexander Rouvinski, Marie-Christine Vaney, Ahmed Haouz, Z. Hong Zhou, Wanwisa Dejnirattisai, Stéphane Duquerroy, Ren Sun, Arvind Sharma, Xiaokang Zhang, Wiyada Wongwiwat, Juthathip Mongkolsapaya, Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur de Shanghai, Académie des Sciences de Chine - Chinese Academy of Sciences (IPS-CAS), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), University of Oxford, University of California [Los Angeles] (UCLA), University of California (UC), Université Paris-Saclay, Centre de Ressources et de Recherche Technologique - Center for Technological Resources and Research (C2RT), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Cristallographie (Plateforme) - Crystallography (Platform), Siriraj Hospital, Mahidol University, Mahidol University [Bangkok], This project was supported by a Wellcome Trust collaborative grant (UNS22082 to G.R.S., J.M., and F.A.R.), by the National Institute for Health Research Biomedical Research Centre Funding Scheme (to G.R.S.), and by grants from the National Institutes of Health (DE028583, AI094386, and DE025567 to Z.H.Z. and R.S.)., and We thank Fabrice Agou and the staff of the Chemogenomic and Biological Screening Platform for access to the MALS equipment as well as the staff of the Crytallography core facility at the Institut Pasteur for robot-driven crystallization screens. We acknowledge the use of synchrotron beam lines PX1 and PX2 at SOLEIL (St Aubin, France), ID29 and ID23-1 at ESRF (Grenoble, France) and X06SA at SLS (Villigen, Switzerland), and we thank their staff for assistance. We also acknowledge the use of the resources at the Electron Imaging Center for Nanomachines, supported in part by 1S10RR23057, 1S10OD018111, 1U24GM116792 and NSF DBI-1338135 and DMR-1548924 at UCLA. G.R.S. is supported as a Wellcome Trust Senior Investigator (095541/A/11/Z). F.A.R. is supported by Institut Pasteur and the CNRS.