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1. Les principales composantes de la qualité des carcasses et des viandes dans les différentes espèces animales

Author: Brigitte Picard, Bénédicte Lebret, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Brigitte Picard, Bénédicte Lebret, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: 2. Zero hunger, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], muscle, [SDV]Life Sciences [q-bio], qualité sensorielle, 0402 animal and dairy science, qualité de la viande, 04 agricultural and veterinary sciences, 040401 food science, 040201 dairy & animal science, système d'élevage durable, qualité technologique, qualité nutritionnelle, 0404 agricultural biotechnology
Abstract: La viande et la chair de poisson constituent une source essentielle de protéines, de vitamines et de micronutriments pour l’alimentation humaine. Les produits carnés représentent une activité économique importante au niveau mondial ; le niveau et l’évolution de leur consommation varient fortement selon les espèces et les zones géographiques. Le volume des productions doit répondre à l’accroissement de la population mondiale, tout en considérant les composantes environnementales, sociétales et économiques du développement durable. Cet article constitue une introduction générale au numéro spécial « Le muscle et la viande ». Il définit les principales composantes de qualité des carcasses, de la viande ou de la chair communes aux différentes espèces animales. Dans les articles suivants les principales filières (bovin, ovin, porc, poulet, poisson) sont présentées : production, consommation, problèmes de qualité spécifiques et attentes des acteurs, enjeux et questions de recherche prioritaires., Meat and fish flesh are important suppliers of proteins, vitamins and micronutrients in the human diet. Meat and fish products play an important economic role at the world level. The level and evolution of consumption highly differs according to species and geographical areas. Production level needs to fulfill the increasing population worldwide, while considering the environmental, societal and economic components of sustainable development. This manuscript presents a general introduction of the main common quality components of carcasses, meat and fish flesh. In the next papers, each main meat/flesh chain (cattle, sheep, pork, poultry and fish), is described: production, consumption, specific meat quality components and expectations of chain actors, main issues and research topics.
Published: 2020

2. The influence of landscape alterations on changes in ground beetle (Carabidae) and spider (Araneae) functional groups between 1995 and 2013 in an urban fringe of China

Author: Wenhao Hu, Zhenrong Yu, Jacques Baudry, Panlong Wu, Hongliang Shi, Yunhui Liu, Meichun Duan, Xiang Li, Feng Zhang, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), College of Resources and Environmental Sciences, China Agricultural University (CAU), College of Life Sciences, Hebei University, Beijing Forestry University, National Natural Science Foundation of ChinaNational Natural Science Foundation of China [41671181], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: land use change, China, Environmental Engineering, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biodiversity, 010501 environmental sciences, temporal change, 01 natural sciences, Grassland, [SHS]Humanities and Social Sciences, species licitness, Ground beetle, Urbanization, Animals, Environmental Chemistry, Land use, land-use change and forestry, Cities, Waste Management and Disposal, Ecosystem, 0105 earth and related environmental sciences, Spider, geography.geographical_feature_category, biology, Ecology, abandoned land, species composition, Spiders, 15. Life on land, biology.organism_classification, Pollution, Coleoptera, Geography, Species richness, Omnivore, landscape heterogeneity
Abstract: International audience; Urbanization is one of the main causes of land use change, especially from 1990 to now in China, but knowledge of its effect on different functional groups of carabids and spiders in the adjacent rural areas over time remains limited. We assessed whether landscape alterations (1993 versus 2013) drove changes in carabid and spider functional groups (1995 versus 2013) in an agricultural landscape located on the fringe of a rapidly growing city in China. Although built-up land increased from 6.3% to 32% across the whole landscape, the overall species richness of carabids and spiders did not decline. In contrast to the reduction in species richness of large carabids, the species richness of small carabids increased. Species richness of both large and small spiders increased. The species composition of carabids and spiders significantly changed between 1995 and 2013. Species compositions of large, predatory carabids and large or ground-hunting spiders were more sensitive to the changes in built-up land than those of small, omnivorous carabids and small or web-building spiders. The amount of grassland (abandoned land covered by wild grass) also increased as farmers began to work in the city. The increased grassland significantly contributed to the increased species richness of predatory and macropterous carabids. However, increased landscape diversity did not affect species richness of either carabids or spiders. High landscape diversity was related to reduction in field size, resulting in a decrease in the mean body size of carabids. This indicates that evaluating the effect of landscape change on carabid and spider diversity should be based on their functional traits. Different taxa, even different functional groups, have different responses to landscape change. The increase in built-up land did not immediately reduce species richness at the urban fringe. Increasing wild grasslands and combining smaller fields may benefit farmland biodiversity in this region.
Published: 2019

3. Encapsulation of β-lactoglobulin within calcium carbonate microparticles and subsequent in situ fabrication of protein microparticles

Author: Stéphane Pezennec, Juliane Floury, Ashkan Madadlou, Didier Dupont, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf ( STLO ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST
Subjects: Whey protein, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, General Chemical Engineering, polymérisation enzymatique, PH reduction, 02 engineering and technology, ²-lactoglobulin, Colloid, chemistry.chemical_compound, 0404 agricultural biotechnology, Dynamic light scattering, microparticule, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, calcium carbonate, Microparticle, Gel electrophoresis, beta lactoglobuline, agglomeration, protéine de lactosérum, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, aggregation, technology, industry, and agriculture, whey protein, 04 agricultural and veterinary sciences, General Chemistry, formulation alimentaire, 021001 nanoscience & nanotechnology, traitement thermique de l'aliment, 040401 food science, carbonate de calcium, microparticle, Monomer, chemistry, Chemical engineering, Polymerization, encapsulation, 0210 nano-technology, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, traitement thermique, Food Science
Abstract: Whey protein microparticles are of great potential in diverse applications such as fat replacement, emulsification, cargo delivery and formulation of high-protein beverages. We developed a method by which the major whey protein, β-lactoglobulin, (β-lg) is at first encapsulated through a facile procedure within CaCO3 micro-templates, followed by enzymatic crosslinking of the protein and succeeding removal of the template to form protein microparticles. Protein encapsulation increased the colloidal stability and influenced the micro-morphology of CaCO3 microparticles. Dynamic light scattering and ζ-potential measurements, supported by gel electrophoresis indicated that β-lg was entrapped in monomeric form. Heating of the protein-loaded CaCO3 microparticles to gel protein as an alternative to enzymatic crosslinking, was not feasible because pH reduction to 7.0 before heating caused considerable agglomeration and deformation of the carbonate particles. In subsequent to enzymatic crosslinking and template dissolution, confocal laser scanning microscopy illustrated that the resulting protein particles were spherical, micron sized (≈3μ) and structurally homogenous. It was found based on Fourier transform infra-red spectroscopy that enzymatic crosslinking twisted the β-sheet structures of β-lg. Gel electrophoresis and intrinsic fluorescence measurement showed that in addition to the enzymatic polymerization, thiol-disulfide exchange reactions contributed in protein particles formation. It was also concluded based on intrinsic fluorescence measurement that tryptophan microenvironment was not influenced by the enzymatic crosslinking. The fabricated β-lg particles did not undergo significant denaturation by subsequent heating. This may open a route to deliver near-native whey protein microparticles to final consumers.
Published: 2018

4. New Economic Geography and the City

Author: Gaigné, Carl, Thisse, Jacques-François, UMR 1302 Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), CORE, Centre For Operation Research And Econometrics, Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Fischer, Manfred, Nijkamp, Peter, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), and Université Catholique de Louvain (UCL)
Subjects: location theory, spatial econometrics, regional economic development, 050208 finance, spatial analysis, [SDV]Life Sciences [q-bio], new economic geography, 0502 economics and business, 05 social sciences, regional growth, 050207 economics
Abstract: This chapter does not aim to survey what has been accomplished in new economic geography (NEG) since the publication of Paul Krugman’s seminal paper. Rather, we provide an overview of recent developments in the NEG literature that build on the idea that the difference in the economic performance of regions is explained by the behavior and interactions between households and firms located within them. This means that we consider NEG models which take into account land markets, thereby the internal structure and industrial mix of urban agglomerations.
Published: 2021

5. Large dam removal and early spontaneous riparian vegetation recruitment on alluvium in a former reservoir: Lessons learned from the pre‐removal phase of the Sélune River project (France)

Author: Laurence Hubert-Moy, Marianne Laslier, Charlotte Ravot, Simon Dufour, Ivan Bernez, Didier Le Coeur, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Rennes), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Seine Normandy Water Agency (AESN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Brest (UBO)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Nantes (UN)-Université d'Angers (UA)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)
Subjects: 0106 biological sciences, alluvium stabilization, 0208 environmental biotechnology, Dam removal, ecological restoration, 02 engineering and technology, riparian communities, 01 natural sciences, dam removal, Environmental Chemistry, Restoration ecology, General Environmental Science, Water Science and Technology, Riparian zone, Hydrology, geography, geography.geographical_feature_category, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, 010604 marine biology & hydrobiology, Plant community, Vegetation, 15. Life on land, 020801 environmental engineering, Spatial heterogeneity, Environmental science, Alluvium, Species richness, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, river management, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience; The restoration of ecological continuity along the Sélune River (Normandy, France) involves the removal of two tall hydroelectric dams (36 m removed in 2019 and 16 m in 2021), a project without precedent in Europe. During the pre‐removal phase (2014–2018), we performed scientific monitoring of the vegetation that was colonizing alluvium in the former dam reservoir (length: 19 km; surface area: 151 ha).Our study aimed to analyse if spontaneous vegetation could ecologically restore the riparian zone and help maintain fine sediment after dam removal. We used colonization indicators related to vegetation structure, taxonomic richness and diversity, and composition. These indicators were calculated at two spatial scales (local, at a single site, and broad, along the reservoir). The aim was to (a) characterize the spontaneously established species pool; (b) analyse longitudinal patterns in vegetation colonization; and (c) assess temporal changes in the species community.Our results show that diverse plant communities have developed. Slight differences in longitudinal and lateral patterns existed; they were linked with habitat heterogeneity and the reservoir's slow pace of draining. We observed fast spontaneous terrestrialization, which has resulted in cover stabilization, decreased diversity, and the development of herbaceous riverbank communities, with very few invasive species. This finding suggests stabilization potential is high and passive ecological restoration could occur, at least locally. Further analyses focusing on functional traits could help inform future management decisions regarding revegetation on reservoir alluvium.
Published: 2020

6. Does aversion to the sucker's payoff matter in public goods games?

Author: Douadia Bougherara, Sandrine Costa, Gilles Grolleau, Lisette Ibanez, UMR 1302 Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Laboratoire Montpelliérain d'Économie Théorique et Appliquée (LAMETA), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Laboratoire d'Economie Forestière (LEF), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), auto-saisine, Absent, Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Association Française de Science Economique (AFSE). FRA., Université Montpellier 1 (UM1)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, jel:C91, experiment, économie, public good, suckers payoff, assurance, [SDV]Life Sciences [q-bio], jel:C72, jel:H41, Economies et finances, Economies and finances, expériment, INSURANCE, bien public, Experiments, Public good, Sucker’s payoff, Assurance, PUBLIC GOOD, SUCKERS PAYOFF, expérimentation
Abstract: A usual explanation to low levels of contribution to public goods is the fear of getting the sucker’s payoff (cooperation by the participant and defection by the other players). In order to disentangle the effect of this fear from other motives, we design a public good game where people have an assurance against getting the sucker’s payoff. We show that contributions to the public good under this ‘protective’ design are significantly higher and interact with expectations on other individuals’ contribution to the public good. Some research extensions are suggested., Une des raisons à la faible contribution volontaire aux biens publics est l’aversion au sucker’s payoff (coopération individuelle quand les autres font défection). Afin de distinguer l’effet de cette aversion d’autres causes, nous réalisons une expérience de contribution à un bien public dans laquelle les joueurs ont une assurance contre le risque de sucker’s payoff. Les résultats montrent que l’assurance augmente les contributions de manière directe mais également de manière indirecte à travers les anticipations des individus sur les contributions des autres.
Published: 2020

7. Butter serums and buttermilks as sources of bioactive lipids from the milk fat globule membrane: Differences in their lipid composition and potentialities of cow diet to increase n -3 PUFA

Author: Christelle Lopez, Carole Cirie, Marielle Blot, Valérie Briard-Bion, Benoît Graulet, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Herbipôle, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, UE 1414 Herbipôle, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf ( STLO ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), and VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: 0301 basic medicine, sphingomyeline, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, chemistry.chemical_compound, aliment santé pour l'homme, Nutrient, alimentation de l'enfant, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Choline, Food science, Buttermilk, acide gras du lait, Chromatography, High Pressure Liquid, 2. Zero hunger, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, food and beverages, santé humaine, 04 agricultural and veterinary sciences, formulation alimentaire, Lipids, 040401 food science, nutrition, dairy product, lipide polaire, Female, lipids (amino acids, peptides, and proteins), Composition (visual arts), Sphingomyelin, phospholipide, Phospholipid, molécule bioactive, produit laitier, sphingomyelin, 03 medical and health sciences, 0404 agricultural biotechnology, choline, Fatty Acids, Omega-3, Animals, Dry matter, phospholipid, Unsaturated fatty acid, Glycoproteins, 030109 nutrition & dietetics, Lipid Droplets, Animal Feed, sphingolipide, Human nutrition, chemistry, Butter, Cattle, sphingolipid, Glycolipids, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Food Science
Abstract: Improving the nutritional and health properties of food products, e.g. infant milk formula, by the addition of functional ingredients is of primary importance. This study focused on bioactive milk polar lipids (PLs) recovered from dietary sources that are of increasing interest. The chemical compositions of buttermilks and butter serums were determined and the modulation of the fatty acid composition of milk PLs was investigated. Butter serums contain a higher amount of milk PLs than buttermilks (88 vs. 13-18g/kg dry matter), with a higher proportion of sphingomyelin (34 vs. 19% of PLs, respectively) interestingly close to human milk PL profile. Butter serums are also interesting sources of choline, an important nutrient for infant brain development. We demonstrated that the unsaturated fatty acid content of milk PLs recovered in the buttermilks and the butter serums, mainly the amount of C18:3n-3 and C22:6n-3 (DHA) that are of nutritional interest, can be increased by dietary strategies. This work opens perspectives for a better valorization of milk PLs in human nutrition (both infants and adults) to benefit their functional, nutritional and health properties.
Published: 2017

8. How is agroforestry perceived in Europe? An assessment of positive and negative aspects by stakeholders

Author: Staffan Berg, Nina Malignier, Jaconette Mirck, Joana Amaral Paulo, Eric Cirou, Boki Luske, Valerio Bondesan, Sonja Kay, Sandra Novak, Anil Graves, Tania S Oliveira, Yousri Hannachi, Anne Grete Kongsted, Andrea Vityi, João H.N. Palma, Marie Gosme, Mercedes Rois, Rosa Mosquera-Losada, Josep Crous-Duran, Claudine Thenail, Eric Pottier, Silvestre García de Jalón, Jim McAdam, Philippe Van Lerberghe, Paul J. Burgess, Régis Wartelle, Gerardo Moreno, Penka Tsonkova, Anastasia Pantera, Cranfield University, Universidad de Extremadura (UEX), Agri Food and Biosciences Institute, Institut de l'élevage (IDELE), Fourrages Environnement Ruminants Lusignan (FERLUS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Veneto Agricoltura, Crop Production Department, Escuela Politécnica superior, Universidade de Santiago de Compostela [Spain] (USC ), Forest Research Centre, School of Agriculture, Universidade de Lisboa (ULISBOA), Chambre d'agriculture de Charente (CA 16), Chambres d’Agriculture de Bretagne, Department of Forestry and Natural Environment Management, Technological Education Institute of Lamia, Chambre Régionale d'Agriculture de Picardie, Agroscope, Association Française d'Agroforesterie (AFAF), Institut pour le Développement Forestier, Brandenburg University of Technology [Cottbus – Senftenberg] (BTU), European Forest Institute = Institut Européen de la Forêt = Euroopan metsäinstituutti (EFI), Aarhus University [Aarhus], Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Louis Bolk Institute (LBI), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), University of West-Hungary, European Project: 613520,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2013-7-single-stage,AGFORWARD(2014), Universidad de Extremadura - University of Extremadura (UEX), Universidade de Lisboa = University of Lisbon (ULISBOA), Centre National de la Propriété Forestière (CNPF-IDF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), University of Zurich, and García de Jalón, Silvestre
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Value (ethics), Barrier, media_common.quotation_subject, Wildlife, Biodiversity, 1107 Forestry, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, agroforestry, Opportunity, Adoption, 1102 Agronomy and Crop Science, 910 Geography & travel, opportunity, Agroforestry, adoption, 0105 earth and related environmental sciences, media_common, 2. Zero hunger, Europe Introduction, business.industry, Stakeholder, adoptin, Forestry, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, Europe, 10122 Institute of Geography, Geography, Habitat, Work (electrical), Agriculture, 040103 agronomy & agriculture, barrier, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, business, Agronomy and Crop Science, Welfare
Abstract: AGAP : équipe CONSYT; International audience; Whilst the benefits of agroforestry are widely recognised in tropical latitudes few studies have assessed how agroforestry is perceived in temperate latitudes. This study evaluates how stakeholders and key actors including farmers, landowners, agricultural advisors, researchers and environmentalists perceive the implementation and expansion of agroforestry in Europe. Meetings were held with 30 stakeholder groups covering different agroforestry systems in 2014 in eleven EU countries (Denmark, France, Germany, Greece, Hungary, Italy, Netherlands, Portugal, Spain, Sweden and the United Kingdom). In total 344 valid responses were received to a questionnaire where stakeholders were asked to rank the positive and negative aspects of implementing agroforestry in their region. Improved biodiversity and wildlife habitats, animal health and welfare, and landscape aesthetics were seen as the main positive aspects of agroforestry. By contrast, increased labour, complexity of work, management costs and administrative burden were seen as the most important negative aspects. Overall, improving the environmental value of agriculture was seen as the main benefit of agroforestry, whilst management and socio-economic issues were seen as the greatest barriers. The great variability in the opportunities and barriers of the systems suggests enhanced adoption of agroforestry across Europe will be most likely to occur with specific initiatives for each type of system.
Published: 2017

9. Increasing crop heterogeneity enhances multitrophic diversity across agricultural regions

Author: Teja Tscharntke, Lluís Brotons, Annika L. Hass, Laura Henckel, Carole Vuillot, Audrey Alignier, Gérard Balent, Vincent Bretagnolle, François Calatayud, Yann Clough, Aliette Bosem Baillod, David Giralt, Paul Miguet, Antonio Ricarte, Cyrille Violle, Péter Batáry, Scott Mitchell, Nicolas Gross, Romain Georges, Clélia Sirami, Gaëtan Lefebvre, Jordi Bosch, Annie Ouin, Bertrand Gauffre, Colette Bertrand, Samuel Hilaire, Jacques Baudry, Lenore Fahrig, Romain Carrié, Jude Girard, Gavin M. Siriwardena, Aude Vialatte, Jesús Miñano, Irene Robleño, Jean-Louis Martin, Assu Gil-Tena, Isabelle Badenhausser, Raphaël Mathevet, Jordi Recasens, Jose Antonio Barrientos, Kathryn Lindsay, Gerard Bota, Françoise Burel, Annick Gibon, M. A. Marcos-García, Lutz Tischendorf, Brigitte Poulin, Xavier O. Solé-Senan, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural (DYNAFOR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Universidad Rey Juan Carlos [Madrid] (URJC), University of Göttingen - Georg-August-Universität Göttingen, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Lund University [Lund], LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Carleton University, Centre de Ciència i Tecnologia Forestal de Catalunya (CTFC), Centre d'Etudes Biologiques de Chizé [France] (USC 1339 INRA), Institut de recherche de la Tour du Valat, Joint Research Unit CTFC – AGROTECNIO, Solsona, Spain, Universitat de Lleida, Centre for Ecological Research and Forestry Applications (CREAF), Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), Universidad de Alicante, Universidad de Murcia, British Trust for Ornithology (BTO), Centro de Investigaciones Biológicas (CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Department of Biology, Carleton University (Carleton University), WC1034, Department for Environment, Food and Rural Affairs, ERC-StG-2014-639706-CONSTRAINTS, H2020 European Research Council, FP7-609398, Agreenskills, JCI-2012-12089, Juan de la Cierva, ANR-11-EBID-0004,FarmLand,European Network on Farmland Heterogeneity, Biodiversity and Ecosystem Services(2011), Universidad de Alicante. Departamento de Ciencias Ambientales y Recursos Naturales, Universidad de Alicante. Centro Iberoamericano de la Biodiversidad, Biodiversidad y Biotecnología aplicadas a la Biología de la Conservación, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LTSER Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etudes Biologiques de Chizé, ANR-11-EBID-0004, Agence Nationale de la Recherche, ANR: European Network on Farmland Heterogeneity, Biodiversity and Ecosystem Services,FARMLAND,ANR-11-EBID0004, Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Georg-August-University = Georg-August-Universität Göttingen, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), and Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: Crops, Agricultural, 0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Multitaxa, Biodiversity, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Ecosystem services, Birds, Crop, crop mosaic, Animals, Humans, Zoología, farmland landscape complementation, Agricultural productivity, Ecosystem, 0105 earth and related environmental sciences, Crop mosaic, biodiversity, 2. Zero hunger, Multidisciplinary, business.industry, Ecology, Breeding, genetics and propagation, Agriculture, Spiders, Vegetation, Biological Sciences, Bees, 15. Life on land, Landscape complementation, Europe, Farmland, Taxon, Geography, Crop diversity, 13. Climate action, North America, [SDE]Environmental Sciences, Biodiversity and ecosystem services, multitaxa, business, Butterflies
Abstract: Agricultural landscape homogenization has detrimental effects on biodiversity and key ecosystem services. Increasing agricultural landscape heterogeneity by increasing seminatural cover can help to mitigate biodiversity loss. However, the amount of seminatural cover is generally low and difficult to increase in many intensively managed agricultural landscapes. We hypothesized that increasing the heterogeneity of the crop mosaic itself (hereafter “crop heterogeneity”) can also have positive effects on biodiversity. In 8 contrasting regions of Europe and North America, we selected 435 landscapes along independent gradients of crop diversity and mean field size. Within each landscape, we selected 3 sampling sites in 1, 2, or 3 crop types. We sampled 7 taxa (plants, bees, butterflies, hoverflies, carabids, spiders, and birds) and calculated a synthetic index of multitrophic diversity at the landscape level. Increasing crop heterogeneity was more beneficial for multitrophic diversity than increasing seminatural cover. For instance, the effect of decreasing mean field size from 5 to 2.8 ha was as strong as the effect of increasing seminatural cover from 0.5 to 11%. Decreasing mean field size benefited multitrophic diversity even in the absence of seminatural vegetation between fields. Increasing the number of crop types sampled had a positive effect on landscape-level multitrophic diversity. However, the effect of increasing crop diversity in the landscape surrounding fields sampled depended on the amount of seminatural cover. Our study provides large-scale, multitrophic, cross-regional evidence that increasing crop heterogeneity can be an effective way to increase biodiversity in agricultural landscapes without taking land out of agricultural production. This research was funded by the ERA-Net BiodivERsA, with the national funders French National Research Agency (ANR-11-EBID-0004), German Ministry of Research and Education, German Research Foundation and Spanish Ministry of Economy and Competitiveness, part of the 2011 BiodivERsA call for research proposals. The UK component of this research was funded by the UK Government Department of the Environment, Food and Rural Affairs (Defra), as Project WC1034. The Canadian component of this research was funded by a Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada Strategic Project, the Canada Foundation for Innovation, Environment Canada, and Agriculture and Agri-Food Canada. N.G. was supported by the AgreenSkills+ Fellowship programme which has received funding from the EU’s Seventh Framework Programme under Grant Agreement FP7-609398 (AgreenSkills+ contract). A.G.-T. (Juan de la Cierva Fellow, JCI-2012-12089) was funded by Ministerio de Economía y Competitividad (Spain). C. Violle was supported by the European Research Council Starting Grant Project “Ecophysiological and biophysical constraints on domestication of crop plants” (Grant ERC-StG-2014-639706-CONSTRAINTS). A.R.’s position at the University of Alicante is funded by the “Vicerrectorado de Investigación y Transferencia de Conocimiento.”
Published: 2019

10. A trait-based approach to unravel the effects of habitat connectivity and habitat amount on weeds

Author: Uroy, Léa, Mony, Cendrine, Ernoult, Aude, Alignier, Audrey, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), International Association for Landscape Ecology (ALE). USA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), and Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: establishment traits, dispersal traits, response-effect trait framework, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Agricultural landscapes, weed cover and diversity
Abstract: International audience; The recent essay of Fahrig (2019) has revived the debate about the relative influence of two major components of landscape structure, i.e. habitat connectivity and habitat amount, on biodiversity. In plants, these two components may act as a filter on dispersal and establishment trait values (response trait). These trait values should, in turn, shape plant diversity and abundance (effect trait). In agricultural landscapes, weeds play a dual role. They support important ecosystem functions (e.g. pollination, limitation of soil erosion) but also represent a major problem for farmers through the competition with the crop. Unraveling the effects of habitat connectivity and habitat amount on weed traits should then help to understand the mechanisms behind their maintenance and growth in fields. Here, we investigated the relative effects of habitat connectivity and habitat amount on i) five dispersal and establishment trait values and on ii) weed richness, diversity and cover, as proxies of their colonization ability. We sampled 27 cereal fields in the LSTER-ZA Armorique. We assessed habitat connectivity and habitat amount provided by wooded, grassland and cropland elements at three spatial scales: 250m, 500m and 750m. Habitat connectivity provided by cropland elements decreased aggregated values of seed germination rate. Habitat amount provided by wooded, grassland and cropland elements impacted aggregated values of plant height vegetative, seed mass, seed germination rate and seed number per plant. Changes in trait values of seed germination rate and seed mass, in turn, drove weed cover and diversity. Our results demonstrated hence that landscape structure shapes the colonization ability and establishment of weeds through its filtering effect on functional traits. This study emphasizes that using the response-effect trait framework provides a better understanding of weed assembly rules and a key to combine the maintenance of weeds without jeopardizing crop production.
Published: 2019

11. Intraspecific trait variation in grassland plant communities along urban-rural gradients

Author: Joséphine Pithon, Hervé Daniel, Adeline Bulot, Arnaud Cochard, Véronique Beaujouan, Ferreol Braud, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Conseil Regional des Pays de la Loire' (URBIO: Biodiversity of Urban Areas), European Project: 1354676(2014), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: 0106 biological sciences, Specific leaf area, Functional trait variability, Plant community, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Grassland, Intraspecific competition, Ecosystem, 2. Zero hunger, geography, geography.geographical_feature_category, Ecology, Phenology, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, 010604 marine biology & hydrobiology, Urbanization, food and beverages, 15. Life on land, Urban Studies, Urban ecology, Trait, Common biodiversity, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Environmental filtering
Abstract: International audience; Trait-based approaches have been successfully used to demonstrate how the modified ecological conditions within urban areas filter plant species within plant communities. However, there is growing evidence that trait measurement in situ may improve knowledge of the ecological mechanisms underlying such filtering processes. This study aimed to determine the relative contribution of inter- and intraspecific trait variation in explaining the influence of urban-rural gradients on grassland plant communities. Twenty-one stations were sampled along an urban-rural gradient in two French cities. Three functional traits (specific leaf area, maximum height and phenology), chosen to represent general adaptive strategies of plants, were measured on the 26 most abundant grassland plant species. By decomposing the community-level variance of these traits into species turnover, intraspecific trait variability and covariation, we showed how important it may be to take field measurements into account when studying trait distributions in urban ecology. High intraspecific variability may reinforce trait selection effects, for example by favoring both taller species and populations of taller individuals in urban areas in comparison with rural contexts. Advanced phenology at community-level was influenced by early flowering for almost all urban populations of each species while Specific Leaf Area responses were inconsistent. Because trait distributions and ecosystem functions are closely linked, we suggest that it is now important to develop trait-based approaches at community-level, including both intra- and inter-specific trait variability, in order to improve our knowledge of ecological processes operating in urban areas.
Published: 2019

12. (Re)considérer la végétation spontanée en ingénierie écologique : Exemple des communautés ripariennes colonisant la vallée de la Sélune en contexte de vidange et gestion sédimentaire

Author: Ravot, Charlotte, Laslier, Marianne, Hubert-Moy, Laurence, Dufour, Simon, Bernez, Ivan, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Rennes), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Séripage, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: National audience
Published: 2019

13. How trees in agricultural landscapes structure pollinator communities ?

Author: Andrieu, Émilie, Carrié, Romain, Villemey, Anne, Alignier, Audrey, Vialatte, Aude, Ouin, Annie, Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural (DYNAFOR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre for Environmental and Climate Research [Lund] (CEC), Lund University [Lund], Ecosystèmes forestiers (UR EFNO), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), (OATAO), Open Archive Toulouse Archive Ouverte, Institut National Polytechnique de Toulouse - INPT (FRANCE), Institut National de la Recherche Agronomique - INRA (FRANCE), Institut national de Recherche en Sciences et Technologies pour l'Environnement et l'Agriculture - IRSTEA (FRANCE), Lund University (SWEDEN), and Institut National Polytechnique de Toulouse - Toulouse INP (FRANCE)
Subjects: landscape ecology, Pollinators, Biodiversité et Ecologie, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, [SHS]Humanities and Social Sciences, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, farm forest, connectivity, Rural forests, Climate change, Wild bees, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, Environnement et Société, agricultural intensification, pollinators, Agroforestry, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: International audience; Technology adoption has often been a key constraint on improving productivity, income and yields in farming, particularly in developing countries where market-based systems of production are not well developed, the subsistence economy remains strong, land is held under communal tenure and family labour is the backbone of production. This session welcomes papers that explore socio-cultural and economic factors that constrain or limit the adoption of new technologies in agroforestry systems. We interpret technology in its broad sense to include non-material technologies such as new farm management techniques, labour arrangements, changing gender relations, new regimes of land tenure, etc., as well as material technologies like new processing machinery, inorganic fertiliser and so on. We anticipate that together the presentations will provide an overview of the key constraints on technology adoption and smallholder productivity in much of the developing world and point to potential solutions and strategies to address such constraints.
Published: 2019

14. Unraveling the cellular heterogeneity of malignant pleural mesothelioma through a deconvolution approach

Author: Didier Jean, Yuna Blum, Marie-Claude Jaurand, Aurélien de Reyniès, Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, (le programme) Cartes d'identité des tumeurs (CIT), Ligue Nationales Contre le Cancer (LNCC), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), IFR140-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes-AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École pratique des hautes études (EPHE)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, and Jean, Didier
Subjects: 0301 basic medicine, Mesothelioma, Cancer Research, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, [SDV.GEN.GH] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Tumor heterogeneity, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Molecular classification, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], tumor heterogeneity, Medicine, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, molecular component, business.industry, Pleural mesothelioma, Cancer, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, medicine.disease, respiratory tract diseases, 3. Good health, Author's Views, 030104 developmental biology, Cellular heterogeneity, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, 030220 oncology & carcinogenesis, Cancer research, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Molecular Medicine, deconvolution method, Deconvolution, business
Abstract: International audience; We determined the proportions of epithelioid-like and sarcomatoid-like cellular entities within malignant pleural mesothelioma samples, by deconvolution of their transcriptomes. These proportions are associated with prognosis and may guide therapeutic strategies. This novel approach describes both intra- and inter-tumor heterogeneity and provides a new way of thinking about cancer pathology.
Published: 2019

15. Quelle gestion d’une zone de compensation écologique périurbaine inclue dans un espace vert de loisirs ?

Author: Aussel, Alexia, Legendre, Lucie, BERNARD, Paul, Cour, Laetitia, Bernez, Ivan, Le Coeur, Didier, AGROCAMPUS OUEST, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience
Published: 2019

16. Local vs. landscape characteristics differentially shape emerging and circulating assemblages of carabid beetles in agroecosystems

Author: Stéphanie Aviron, Manuel Plantegenest, Julien Pétillon, El Aziz Djoudi, Biodiversité et gestion des territoires EA 7316, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Région Bretagne ARED 8960, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)
Subjects: 0106 biological sciences, Agroecosystem, Organic farming, Spillover process, Western France, Biodiversity, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Ground beetles, Ecosystem, Emerging traps, Larva, Ecology, Winter wheat fields, 04 agricultural and veterinary sciences, Dispersal, 15. Life on land, Taxon, Habitat, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Biological dispersal, Animal Science and Zoology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Source-sink dynamic, Agronomy and Crop Science
Abstract: International audience; Knowledge of biodiversity in agroecosystems is crucial for understanding ecosystem functioning, but requires accurate sampling methods. Most studies of ground-active arthropods in fields rely on activity-density measurement using pitfall traps. Assemblages locally observed are likely to composed both resident and immigrant species, and that is especially true for arthropods exhibiting high dispersal abilities and/or larval development that is very different from the adults. Using a spatially paired design of emerging traps vs pitfall traps in 10 pairs of organic (OF) and conventional (CF) fields, we quantified how circulating and emerging assemblages of an abundant taxa of mobile and holometabolous insects, carabid beetles, were impacted by different field farming systems and landscape characteristics. Field sampling was carried out during 5 months of 2015 in Brittany (Western France), during which 24,726 individuals belonging to 85 species were captured. Our results revealed that the number of individuals and species of both emerging and circulating assemblages were significantly higher in OF compared to CF, reinforcing the idea that OF provide more suitable conditions for both resident and mobile arthropods. Landscape and local factors had a similar influence on emerging carabid assemblages, whereas local factors were stronger drivers for circulating carabid assemblages. This study highlights the importance of distinguishing resident (emergent) and mobile (circulating) individuals when assessing the differential role of local vs. landscape factors in community assembly. It also reinforces the idea that spatiotemporal movements of predatory arthropods are impacted by spillover from and between croplands, resulting in source-sink dynamics with habitat quality being the major driver of these processes. © 2018 Elsevier B.V.
Published: 2019

17. [Des observatoires écologiques à long terme nécessaires pour comprendre les systèmes écohydrologiques de l'Anthropocène: une étude de cas à l'échelle du bassin versant en Bretagne, France]

Author: Hugo Le Lay, Pauline Rousseau-Gueutin, Zahra Thomas, Jacques Baudry, Luc Aquilina, Hervé Squividant, Tamara Kolbe, Jean-Raynald de Dreuzy, Thierry Labasque, Benjamin W. Abbott, Christophe Petton, G. Pinay, Geneviève Le Hennaff, Pascal Pichelin, François Rouault, Jean Marçais, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Géosciences Rennes (GR), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), ANR-08-STRA-01, Agence Nationale de la recherche, No. 607150, ITN –INTERFACES - FP7-PEOPLE-2013, AO 2015_DS_SIC, EC2CO, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: Multiscale, Ecosystem vulnerability, Long-term monitoring, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Climate change, Multiproxy, Aquifer, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Anthropocene, Anthropogenic forcing, Ecosystem, [SDU.STU.HY]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Hydrology, 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Global and Planetary Change, geography, geography.geographical_feature_category, Land use, Ecology, Intensive farming, Aquatic ecosystem, Vegetation, 15. Life on land, 6. Clean water, 13. Climate action, Environmental science, Heterogeneity, Ecosystem resilience
Abstract: ISI Document Delivery No.: HK8WZ Times Cited: 1 Cited Reference Count: 76 Thomas, Zahra Rousseau-Gueutin, Pauline Abbott, Benjamin W. Kolbe, Tamara Le Lay, Hugo Marcais, Jean Rouault, Francois Petton, Christophe Pichelin, Pascal Le Hennaff, Genevieve Squividant, Herve Labasque, Thierry de Dreuzy, Jean-Raynald Aquilina, Luc Baudry, Jacques Pinay, Gilles French National Research Agency (ANR) [ANR-08-STRA-01]; European Union Inter-national Training Network "Ecohydrological interfaces as critical hotspots for transformations of ecosystem exchange fluxes and biogeochemical cycling" [607150]; French EC2CO grant "Caracterisation hydrologique et biogeochimique de la denitrification dans les paysages"; LTSER "Zone Atelier Armorique" This research was supported in part by the French National Research Agency (ANR; Project ANR-08-STRA-01) and the European Union Inter-national Training Network "Ecohydrological interfaces as critical hotspots for transformations of ecosystem exchange fluxes and biogeochemical cycling" (ITN-INTERFACES - FP7-PEOPLE-2013-No. 607150). This research was also supported by the French EC2CO grant "Caracterisation hydrologique et biogeochimique de la denitrification dans les paysages." The study was supported by the LTSER "Zone Atelier Armorique." We thank all the farmers of the ZAAr who kindly accepted the installation of the experiments in their fields. We also thank all the staff of the ILSTER Zone Atelier Armorique, especially the technicians of OSUR-INRA-AGROCAMPUS who helped in sampling and laboratory analysis. 1 0 Springer heidelberg Heidelberg 1436-378x Si; International audience; Over the last half century, humans have become the dominant force driving many of Earth’s cycles. Intensive agriculture has simultaneously increased nutrient loading of pastoral landscapes and decreased the capacity of these ecosystems to retain or remove excess nutrients. Widespread degradation of terrestrial and aquatic ecosystems has triggered the establishment of ecological observatories, including the Zone Atelier Armorique (ZAAr) in western France, a part of the International Long-Term Socio-Ecological Research (LTSER) network. The ZAAr includes a patchwork of land covers and uses, including old-growth forests, intensively cultivated row crops, and ancient bocage fields surrounded by hedgerows. In addition to traditional ecological research at ZAAr, the last 8 years have seen the development of multiproxy and multiscale approaches to address surface and groundwater quality. Here, we present a comprehensive analysis of this 8-year dataset, including vegetation, soil water storage, and stream and groundwater chemistry. We observed contrasting responses of different catchment components to climate forcing and direct disturbance. Our results highlight a clear relationship between land use and surface water quality, while groundwater quality appeared largely unrelated to land use, suggesting strong differences in aquifer nitrogen removal rates. There were large differences in nutrient fluxes among dry and wet years, with multiyear memory effects apparent for some parameters. Given such complex interactions, including emergent dynamics and decadal to centennial time lags, we conclude that multidimensional observations such as those supported by the ZAAr and other LTSER sites, are critical to understanding ecohydrological systems in the Anthropocene.
Published: 2019

18. A counterfactual analysis of changes in the distribution of French farm incomes

Author: Laurent Piet, Yann Desjeux, Admin, Oskar, Groupe de Recherche en Economie Théorique et Appliquée (GREThA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB), UMR 1302 Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Appel à projets de recherche « Le revenu des agriculteurs : mesures, déterminants et instruments d'accompagnement » du ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation, European Association of Agricultural Economists (EAAE). INT., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: counterfactual distribution, inequality, CAP direct payments, [QFIN]Quantitative Finance [q-fin], farm income, France, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [QFIN] Quantitative Finance [q-fin]
Abstract: We study the evolution of farm income inequality for the population of commercial French farms over the 2000-2017 period. We use two definitions of income, namely the operating surplus per unpaid labour including or excluding subsidies, to disentangle both the effect of potential drivers and the redistributive effect of income support payments granted within the framework of the European Union’s Common Agricultural Policy. We find that only a few of the considered covariates contribute to explain the observed changes in the distribution of income growth across quantiles, and that subsidies played a crucial role in hampering the increase in income inequality.
Published: 2019

19. Evaluation of using sentinel-1 and -2 time-series to identifywinter land use in agricultural landscapes

Author: Samuel Corgne, Eric Pottier, Julie Betbeder, Laurence Hubert-Moy, Jacques Baudry, Julien Denize, Institut d'Electronique et de Télécommunications de Rennes (IETR), Université de Nantes (UN)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Nantes), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut d'Électronique et des Technologies du numéRique (IETR), Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), MESR (Ministry of Higher Education and Research of France), Nantes Université (NU)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Brest (UBO)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Nantes (UN)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), and Denize, Julien
Subjects: 010504 meteorology & atmospheric sciences, P40 - Météorologie et climatologie, Science, 0211 other engineering and technologies, 02 engineering and technology, Land cover, 01 natural sciences, Vegetation cover, Multi-temporal classification, [SPI]Engineering Sciences [physics], Couverture végétale, Agricultural monitoring, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 021101 geological & geomatics engineering, 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, Utilisation des terres, Méthode statistique, Land use, business.industry, Optical and SAR time-series, Environmental resource management, Random Forest algorithm, Earth observing sensors, agricultural monitoring, earth observing sensors, multi-temporal classification, optical and SAR time-series, Support Vector Machine algorithm, 15. Life on land, 6. Clean water, Hiver, Random forest, E11 - Économie et politique foncières, Water resources, 13. Climate action, Agriculture, General Earth and Planetary Sciences, Environmental science, U30 - Méthodes de recherche, Paysage agricole, business, Scale (map), Agricultural landscapes
Abstract: International audience; Monitoring vegetation cover during winter is a major environmental and scientific issue in agricultural areas. From an environmental viewpoint, the presence and type of vegetation cover in winter influences the transport of pollutants to water resources. From a methodological viewpoint, characterizing spatio-temporal dynamics of land cover and land use at the field scale is challenging due to the diversity of farming strategies and practices in winter. The objective of this study was to evaluate the respective advantages of Sentinel optical and SAR time-series to identify land use in winter. To this end, Sentinel-1 and -2 time-series were classified using Support Vector Machine and Random Forest algorithms in a 130 km(2) agricultural area. From the classification, the Sentinel-2 time-series identified winter land use more accurately (overall accuracy (OA) = 75%, Kappa index = 0.70) than that of Sentinel-1 (OA = 70%, Kappa = 0.66) but a combination of the Sentinel-1 and -2 time-series was the most accurate (OA = 81%, Kappa = 0.77). Our study outlines the effectiveness of Sentinel-1 and -2 for identify land use in winter, which can help to change agricultural practices.
Published: 2019

20. Cross-site analysis of perceived ecosystem service benefits in multifunctional landscapes

Author: Anil Graves, Mario Torralba, Tibor Hartel, Paul J. Burgess, N. Ferreiro-Domínguez, Anna Varga, Anastasia Pantera, Stéphanie Aviron, Vlad Macicasan, Felix Herzog, Nora Fagerholm, Gerardo Moreno, Sonja Kay, Tobias Plieninger, Marco Girardello, Josep Crous-Duran, Department of Geosciences and Natural Resource Management [Copenhagen] (IGN), Faculty of Science [Copenhagen], University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), University of Turku, University of Kassel, INDEHESA, Forestry School, University of Extremadura, Centre for Ecology, Evolution and Environmental Changes (CE3C), University of the Azores, Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Agroscope, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), School of Water, Energy and Environment, Cranfield University, Forest Research Centre, School of Agriculture, Universidade de Lisboa (ULISBOA), University of Santiago de Compostela, Babes-Bolyai University [Cluj-Napoca] (UBB), Agricultural University of Athens, MTA Centre for Ecological Research, University Medical Center Göttingen (UMG), European Project: 613520,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2013-7-single-stage,AGFORWARD(2014), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Universidad de Extremadura - University of Extremadura (UEX), Universidade de Lisboa = University of Lisbon (ULISBOA), and Universidade de Santiago de Compostela [Spain] (USC )
Subjects: Public participation GIS, media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], Geography, Planning and Development, 0211 other engineering and technologies, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, Management, Monitoring, Policy and Law, Landscape characteristics, 01 natural sciences, Argumentation theory, Ecosystem services, [SHS]Humanities and Social Sciences, Landscape management, Cultural ecosystem services, Perception, 11. Sustainability, Landscape values, Environmental planning, Recreation, 0105 earth and related environmental sciences, media_common, Global and Planetary Change, Ecology, 021107 urban & regional planning, 15. Life on land, Social relation, Europe, Geography, PPGIS, 13. Climate action, Respondent, [SDE]Environmental Sciences, Rural area
Abstract: International audience; Rural development policies in many Organization for Economic Co-operation and Development (OECD) member countries promote sustainable landscape management with the intention of providing multiple ecosystem services (ES). Yet, it remains unclear which ES benefits are perceived in different landscapes and by different people. We present an assessment of ES benefits perceived and mapped by residents (n = 2,301) across 13 multifunctional (deep rural to peri-urban) landscapes in Europe. We identify the most intensively perceived ES benefits, their spatial patterns, and the respondent and landscape characteristics that determine ES benefit perception. We find outdoor recreation, aesthetic values and social interactions are the key ES benefits at local scales. Settlement areas are ES benefit hotspots but many benefits are also related to forests, waters and mosaic landscapes. We find some ES benefits (e.g. culture and heritage values) are spatially clustered, while many others (e.g. aesthetic values) are dispersed. ES benefit perception is linked to people's relationship with and accessibility to a landscape. Our study discusses how a local perspective can contribute to the development of contextualized and socially acceptable policies for sustainable ES management. We also address conceptual confusion in ES framework and present argumentation regarding the links from services to benefits, and from benefits to different types of values.
Published: 2019

21. D’une description structurelle à la prise en compte d’un paysage agricole fonctionnel

Author: Aviron, Stéphanie, Alignier, Audrey, DUFLOT, Rémi, Ernoult, Aude, Puech, Camille, Sabatier, RODOLPHE, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de recherche d'Écodéveloppement (ECODEVELOPPEMENT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sandrine Petit, Claire Lavigne, ProdInra, Migration, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: National audience; Comme nous l’avons vu au chapitre 4, de nombreuses méthodes sont disponibles pour caractériser les paysages. La modélisation statistique vise ensuite à mettre en relation les caractéristiques des paysages avec une variable-réponse biologique. Il peut s’agir de l’abondance d’un bioagresseur (ravageur des cultures, agent responsable d’une maladie, plante adventice, etc.), d’une quantité de maladie, de l’abondance d’auxiliaires de culture (ennemis naturels, pollinisateurs), ou de mesures plus ou moins directes de processus écologiques (prédation, pollinisation, etc.). Deux finalités différentes, et complémentaires, sont habituellement distinguées. La première est d’expliquer : caractériser les liens, si possible de causalité, qui lient une variable explicative (paysagère) à une variable biologique. La deuxième est de prédire. Les deux finalités ne sont pas équivalentes, notamment pour les systèmes complexes étudiés en santé des plantes, du fait de relations indirectes. Une grande diversité de modèles statistiques est disponible selon le type de données analysées et la finalité de l’analyse. Dans tous les cas, l’objectif est d’ajuster un modèle capable d’expliquer les variations observables dans les données. Dans la première partie de ce chapitre, nous présenterons des méthodes d’acquisition de données sur les liens entre les paysages et les processus écologiques qui impactent la santé des plantes. Dans la seconde partie, nous présenterons quelques méthodes statistiques adaptées aux spécificités des jeux de données recueillies à l’échelle des paysages.
Published: 2019

22. Aménagement de paysages pour la santé des plantes basé sur des modèles

Author: Fabre, Frédéric, BARBU, Corentin, Boussard, Hugues, Papaix, Julien, ProdInra, Migration, Sandrine Petit, Claire Lavigne, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Agronomie, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [INFO]Computer Science [cs], [SHS] Humanities and Social Sciences, [MATH] Mathematics [math], [MATH]Mathematics [math], [INFO] Computer Science [cs], [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: Partie 3. Vers la conception de paysages agricoles multifonctionnels Chapitre 10; National audience
Published: 2019

23. Analyses statistiques des relations entre mosaïque paysagère et processus écologiques

Author: Corentin Barbu, Julien Papaix, Frédéric Fabre, Stéphanie Aviron, Claire Lavigne, Audrey Alignier, Aude Ernoult, Sylvain Poggi, Agronomie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Sandrine Petit, Claire Lavigne, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [INFO]Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math], [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: Partie 1. Structuration et fonctionnement écologique des paysages agricoles Chapitre 5; International audience
Published: 2019

24. Long noncoding RNAs annotation in chicken and livestock species : Focus on lncRNAs regulating lipid metabolism

Author: Muret, Kévin, UMR 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agrocampus Ouest, Sandrine Lagarrigue, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Lipid metabolism, Adipogenesis, Modélisation, Annotation, Modeling, ARNlnc, RNA-Seq, Conservation, LncRNA, Adipogenèse, Métabolisme des lipides
Abstract: Genome annotation is a major challenge in connecting genotypes with phenotypes. Identifying long noncoding RNAs (lncRNA) in genomes is part of this challenge; they are relatively low-expressed and have only been highlighted in 2012 thanks to the development of high throughput sequencing technologies. This research work has led to the identification of a large number of lncRNAs in livestock species, particularly in the chicken, in which no lncRNA had yet been described at the beginning of this thesis (2015). First, my aim was to identify these lncRNAs using liver and adipose tissue and to improve this catalogue by integrating other existing lncRNA public databases.Moreover, according to the literature, lncRNAs are involved in the regulation of any biological process, from gene expression to cell structure. One of the goals of our team is to understand the regulation of lipid metabolism in the chicken, I thus established the list of all lncRNAs known within the animal kingdom and involved in this metabolism or in adipogenesis, the process of storage and formation of adipose tissue. The conservation by synteny analyses revealed around twenty conserved lncRNAs in the chicken. From divergent abdominal fat weight chicken lines, I lastly identified new lncRNAs that potentially regulate this lipid metabolism.; L’annotation des génomes est un défi majeur pour lier les génotypes aux phénotypes. Identifier les ARN longs non-codants (ARNlnc) dans les génomes fait partie de ce défi ; d’expression relativement faible, ils n’ont été mis en évidence que récemment (2012) par l’avènement des technologies de séquençage haut débit. Ces travaux de recherche ont permis à partir de données RNA-seq, de mettre en lumière un grand nombre d’ARNlnc chez les espèces d’élevage et en particulier chez la poule chez qui aucun ARNlnc n’était décrit au début de cette thèse (2015). Un premier travail a consisté à identifier ces ARNlnc en utilisant des échantillons de foie et tissu adipeux puis nous avons amélioré ce catalogue par intégration d’autres bases de données publiques d’ARNlnc disparates. De plus, d’après la littérature, les ARNlnc ont été décrits comme intervenant dans la régulation de tous les processus biologiques :de la structure cellulaire à l’expression des gènes. La problématique de l’équipe étant associée à la compréhension de la régulation du métabolisme des lipides chez la poule, mon second travail a consisté à établir la liste des ARNlnc connus dans le règne animal comme étant impliqués dans ce métabolisme ou dans le processus de stockage et de formation du tissu adipeux, l’adipogenèse. Les analyses de conservation par synténie ont permis de retrouver une vingtaine de ces ARNlnc chez la poule. Enfin, à partir de lignées divergentes pour le poids de gras abdominal, j’ai également mis en évidence de nouveaux ARNlnc potentiellement régulateurs de ce métabolisme lipidique.
Published: 2018

25. Comportements d'investissement et performances des exploitations agricoles selon la position dans le cycle de vie

Author: Levi, Loïc, UMR 1302 Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Agrocampus Ouest, Laure Latruffe, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART)
Subjects: Effet de voisinage, Interaction sociale, Secteur laitier, Performance, Spatial neighbourhood effects, Modèle de coût d’ajustement, Agricultural policy, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, Social interaction, Dairy sector, Farm investment, Quota, Investissement des exploitations agricoles, France, Politique agricole, Adjustment cost model
Abstract: Investment and innovation play an important role in the agricultural sector, allowing farms to adapt to policy changes and market condition changes. In the last decades, farms in the European Union (EU) have faced substantial changes in the Common Agricultural Policy (CAP). This is particularly the case of the dairy sector, which has seen the end of milk quota regime and increased price volatility. Such changes could affect farm productivity and efficiency, the dairy sector’s competitiveness and structural change. Understanding the mechanisms underlying farms’ investment behaviour could allow identifying key drivers that influence the observed trends. This could help anticipate future structural changes, predict farms’ needs and help policy makers and other stakeholders in farming to adapt their policy. The thesis contributes to this objective by analysing for dairy farms in a sub-region of Brittany (Ille-et-Vilaine) in France, (i) the impact of the termination of the milk quota onfarmers’ investment decisions and the heterogeneity of farm investment behaviour, (ii) the link between farm performance and farmers’ investment decisions, (iii) the role of social interactions related to neighbourhood effects on farmers' investment decision. Findings show that the termination of the dairy quota policy increased farmers’ incentive to invest, contributing to the trend towards larger, more capital intensive and more specialised dairy farms. In addition, the thesis underlines the need to take into account farmers’ heterogeneity in modelling investment behaviour. Doing so allows; L'investissement et l'innovation jouent un rôle important dans le secteur agricole, permettant aux exploitations de s'adapter aux changements de politiques et aux conditions du marché. Au cours des dernières décennies, les exploitations agricoles de l'Union européenne (UE) ont été confrontées à des changements substantiels à travers la politique agricole commune (PAC). C'est notamment le cas du secteur laitier, qui a vu la fin du régime de quotas laitiers et également vu une volatilité accrue des prix. De tels changements pourraient affecter la productivité et l’efficacité des exploitations agricoles, la compétitivité du secteur laitier et les changements structurels. Comprendre les mécanismes sous-jacents au comportement d’investissement des exploitations pourrait permettre d’identifier les principaux facteurs qui influent sur les tendances observées. Cela pourrait aider à anticiper les futurs changements structurels, prévoir les besoins des exploitations et aider les décideurs publicet les autres acteurs du secteur agricole à adapter leurs politiques. La thèse contribue à cet objectif en analysant pour les exploitations laitières d'une sous-région de Bretagne (Ille-et-Vilaine) en France, (i) l'impact de la suppression du quota laitier sur les décisions d'investissement des agriculteurs et l'hétérogénéité de leurs réactions (ii) le lien entre la performance agricole et les décisions d'investissement des agriculteurs, (iii) le rôle des interactions sociales liées aux effets de voisinage sur la décision d'investissement des agriculteurs. Les résultats montrent que la fin
Published: 2018

26. Savoir caractériser les complémentarités entre cultures et élevage pour accompagner la reconception des systèmes de polyculture - élevage dans leurs transitions agroécologiques

Author: Mischler, Pierre, Tresch, Philippe, Jousseins, Carole, Chambaut, Hélène, Durant, Daphné, Veysset, Patrick, Martin, Guillaume, Fiorelli, Jean-Louis, Ben Chedly, Hedi, Pierret, Pascal, Candau, Dominique, Sennepin, Danielle, Cailly, Bertrand, Emonet, Emeric, Ramette, Claire, Flament, Marie, Martel, Gilles, Institut de l'élevage (IDELE), Domaine expérimental de Saint-Laurent-de-la-Prée (ST LAURENT DE LA PREE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt (ASTER Mirecourt), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, CA 88, Chambre d'Agriculture des Vosges, ACTA-Station expérimentale ARVALIS, Cellule d’Animation Nationale DEPHY Ecophyto, Agro-Transfert Ressources et Territoires, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), and Dijon, Institut Agro
Subjects: méthode, [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, conseil, transition agroécologique, outil, [SDV.SA.SPA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, système polyculture élevage, Pratique agricole
Abstract: Integrated Corp-Livestock farming systems (ICLS) should be able to maximize the implementation of agro-ecologic practices. Crops feed livestock and manure fertilize crops, which creates a virtuous circle. However, integrated crop-livestock farming systems cover a diversity of agricultural systems without consensus on how to charaterize them,. As each form of ICLS has not the same aims, they also do not have the same economic and environmental performances. To archieve obtaining situations with the expected virtuous theoretical characteristics, these systems will have to implement different changes. This is wath we describe through the experience of four experimental farms and several communications made during the symposium : "Les polycultures-élevages : valoriser leurs atouts pour la transition agroécologique" in Dijon in October 2017, as well as results from analyzes and presentations of methods and tools developed for these systems., Les systèmes de polyculture-élevage ont théoriquement les moyens de maximiser la mise en oeuvre de pratiques agroécologiques : les cultures alimentent le troupeau dont les effluents fertilisent les terres selon un cercle vertueux. Cependant, le terme « polyculture-élevage » (PCE) masque une diversité de systèmes sans l’existence d’un consensus sur la façon de la caractériser. Or, chaque forme de PCE ne va pas viser les mêmes objectifs, ni avoir les mêmes performances environnementales et économiques. Pour atteindre des situations où les caractéristiques théoriques vertueuses attendues sont obtenues, ces systèmes auront des trajectoires différentes. C’est ce que nous montrons à travers l’expérience de 4 exploitations expérimentales et de présentations faites lors du colloque « Les polycultures-élevages: valoriser leurs atouts pour la transition agroécologique » à Dijon en Octobre 2017, ainsi que de résultats d’analyses et de présentations de méthodes et outils de conseil développés pour ces systèmes.
Published: 2018

27. Toward a Computer Vision Perspective on the Visual Impact of Vegetation in Symmetries of Urban Environments

Author: Etienne Belin, David Rousseau, Paul Richard, Salma Samiei, Hervé Daniel, Pejman Rasti, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Angevin de Recherche en Ingénierie des Systèmes (LARIS), Université d'Angers (UA), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Salma Samiei acknowledges Angers Loire Métropole for the funding of her PhD., Cliquet, Catherine, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA)
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, Color histogram, Physics and Astronomy (miscellaneous), Computer science, natural image statistics, 0211 other engineering and technologies, modélisation spatiale, 02 engineering and technology, écologie urbaine, 11. Sustainability, urban views, fourier, RGB, fractals, depth map, symmetry, urban greenery, projective geometry, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Computer Science (miscellaneous), Computer vision, Vegetal Biology, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, 021107 urban & regional planning, Modélisation et simulation, lcsh:QA1-939, Agricultural sciences, Chemistry (miscellaneous), Modeling and Simulation, [SDE]Environmental Sciences, géométrie projective, 020201 artificial intelligence & image processing, [SDE.IE] Environmental Sciences/Environmental Engineering, medicine.symptom, General Mathematics, Color space, Depth map, Urban planning, Urbanization, medicine, paysage urbain, business.industry, lcsh:Mathematics, Perspective (graphical), Environmental and Society, 15. Life on land, arbre urbain, cartographie de la végétation, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, 13. Climate action, Artificial intelligence, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, Environnement et Société, business, Vegetation (pathology), Depth perception, Biologie végétale, Sciences agricoles
Abstract: International audience; Rapid urbanization is a worldwide critical environmental challenge. With this urban migration soaring, we need to live far more efficiently than we currently do by incorporating the natural world in new and innovative ways. There are a lot of researches on ecological, architectural or aesthetic points of view to address this issue. We present a novel approach to assess the visual impact of vegetation in urban street edestrian view with the assistance of computer vision metrics. We statistically evaluate the correlations of the amount of vegetation with objective computer vision traits such as Fourier domain, color histogram, and estimated depth from monocular view. We show that increasing vegetation in urban street views breaks the orthogonal symmetries of urban blocks, enriches the color space with fractal-like symmetries and decreases the cues of projective geometry in depth. These uncovered statistical facts are applied to predict the requested amount of vegetation to make urban street views appear like natural images. Interestingly, these amounts are found in accordance with the ecosystemic approach for urban planning. Also, the study opens new questions for the understanding of the link between geometry and depth perception.
Published: 2018

28. On the nature and magnitude of cost economies in hog production

Author: Sabine Duvaleix-Treguer, Carl Gaigné, UMR 1302 Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), and European Association of Agricultural Economists (EAAE). INT.
Subjects: livestock production industrie, Marginal cost, Economics and Econometrics, marginal cost, Marginal cost, Farm size, Scale economies, Input prices, Price-cost margin, Livestock Production/Industries, Production Economics, Q12, D24, Input prices, production Economic, [SDV]Life Sciences [q-bio], Magnitude (mathematics), farm size, Unit (housing), 0502 economics and business, Economics, Production (economics), 050207 economics, 2. Zero hunger, Supply, Scale (chemistry), Production cost, 05 social sciences, scale economie, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, Economies of scale, input price, price-cost margin, Economy, 8. Economic growth, Scale economies, 050202 agricultural economics & policy, Agronomy and Crop Science
Abstract: In this article, we assess the impact of farm size on production cost and evaluate the marginal costs and margins by considering that input prices may change with the scale of production. By using French hog farm data, we estimate a system of equations including a feed price function, input demand functions, and an output supply function based on a technology approximated by a combined generalized Leontief-Quadratic form. Our results suggest that the marginal costs are over-estimated when the adjustment of the feed unit prices to a change in farm size is not controlled for. More specifically, the cost economies for large farms (enjoying the highest profits) arise primarily from lower feed prices, with technological scale economies having little impact. In contrast, farms with no hired labor exhibit technological scale economies and reach higher price-cost margins compared to larger farms.
Published: 2016

29. The Extent of mRNA Editing Is Limited in Chicken Liver and Adipose, but Impacted by Tissular Context, Genotype, Age, and Feeding as Exemplified with a Conserved Edited Site in COG3

Author: Diane Esquerre, Frédérique Pitel, Sophie Leroux, Morgane Boutin, Sandrine Lagarrigue, Pierre-François Roux, Christophe Klopp, Anis Djari, Pascal G.P. Martin, Tatiana Zerjal, Laure Fresard, David Gourichon, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Toxicologie Alimentaire (UTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (PEAT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Toxicologie Alimentaire ( UTA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours ( PEAT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (UE PEAT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]
Subjects: Male, 0301 basic medicine, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, tissu adipeux, RNA-Seq, QH426-470, Genome, Transcriptome, Genotype, Genetics (clinical), Genetics, Age Factors, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Genomics, foie, Adipose Tissue, Liver, RNA editing, Female, Genetic Background, Autre (Sciences du Vivant), [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], chicken, Molecular Sequence Data, poulet, Context (language use), Biotechnologies, Computational biology, Investigations, Biology, 03 medical and health sciences, Sex Factors, séquençage, Animals, Amino Acid Sequence, RNA, Messenger, [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Molecular Biology, DNA-seq, génome, Computational Biology, Reproducibility of Results, [ SDV.BIO ] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, liver and adipose tissue, mRNA editing, Animal Feed, Adaptor Proteins, Vesicular Transport, genomic DNA, 030104 developmental biology, RNA Editing, RNA-seq, Chickens, Sequence Alignment
Abstract: RNA editing is a posttranscriptional process leading to differences between genomic DNA and transcript sequences, potentially enhancing transcriptome diversity. With recent advances in high-throughput sequencing, many efforts have been made to describe mRNA editing at the transcriptome scale, especially in mammals, yielding contradictory conclusions regarding the extent of this phenomenon. We show, by detailed description of the 25 studies focusing so far on mRNA editing at the whole-transcriptome scale, that systematic sequencing artifacts are considered in most studies whereas biological replication is often neglected and multi-alignment not properly evaluated, which ultimately impairs the legitimacy of results. We recently developed a rigorous strategy to identify mRNA editing using mRNA and genomic DNA sequencing, taking into account sequencing and mapping artifacts, and biological replicates. We applied this method to screen for mRNA editing in liver and white adipose tissue from eight chickens and confirm the small extent of mRNA recoding in this species. Among the 25 unique edited sites identified, three events were previously described in mammals, attesting that this phenomenon is conserved throughout evolution. Deeper investigations on five sites revealed the impact of tissular context, genotype, age, feeding conditions, and sex on mRNA editing levels. More specifically, this analysis highlighted that the editing level at the site located on COG3 was strongly regulated by four of these factors. By comprehensively characterizing the mRNA editing landscape in chickens, our results highlight how this phenomenon is limited and suggest regulation of editing levels by various genetic and environmental factors.
Published: 2016

30. Factors influencing the distribution of common herbaceous plants within vineyard landscapes

Author: Daniel, Hervé, Bulot, Adeline, Lozupone, Xavier, Martel, Gilles, pain, Guillaume, Pithon, Joséphine, Beaujouan, Véronique, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2018

31. Voluntary contribution to knowledge of the Paris Basin flora

Author: Vallet, Jeanne, Daniel, Hervé, Hendoux, Frédéric, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien (CBNBP), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2018

32. Efficiency of conservation biological control depends on interaction effects between landscape and pesticide use intensity

Author: Benoit Ricci, Claire Lavigne, Audrey Alignier, Stéphanie Aviron, Luc Biju-Duval, Jean-Charles Bouvier, Jean Philippe Choisis, Pierre Franck, Alexandre Joannon, Sylvie Ladet, Florian Mezerette, Manuel Plantegenest, Jean-Luc Roger, Gérard Savary, Cecile Thomas, Aude Vialatte, Sandrine Petit, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de recherche Plantes et Systèmes de Culture Horticoles (PSH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural (DYNAFOR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique - INRA (FRANCE), Institut National Polytechnique de Toulouse - INPT (FRANCE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut National Polytechnique de Toulouse - Toulouse INP (FRANCE)
Subjects: Biodiversity and Ecology, Pesticide, Sentinel preys, Biodiversité et Ecologie, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Biocontrol, food and beverages, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Milieux et Changements globaux
Abstract: Control of crop pests by their natural enemies provides a valuable but poorly quantified ecosystem service. Many studies have addressed the multiple scale drivers of pest control but results from such studies appear variable, if not equivocal. The variability of landscape responses can result from its modulation factors by local practices, among which pesticide use intensity which affects pests and natural enemies and could be a major driver of natural pest control. In this study, we examine the relative contribution of pesticide use and landscape on biological control along a double gradient of pesticide use and landscape simplification. Eighty commercial fields were monitored during three years in four contrasted regions in France. Biocontrol in each field was estimated using three different types of sentinel preys (Ephestia kuehniellaeggs, Acyrthosiphon pisumaphids and Viola arvensis seeds). For each one, the interaction effects of landscape variables with the intensity of pesticide use on predation patterns were analyzed. The predation of weed seeds was negatively influenced by both pesticide use and landscape simplification, without interaction between the two scales. The predation of Ephestia was negatively influenced by landscape simplification only in case of low pesticide use intensity whereas the effect was positive in case of high pesticide use intensity. There was a significant interaction between pesticide use and the length of interfaces between crops and woods on the predation aphids. These landscape variables had a positive effects on the predation of aphids in case of low or medium pesticide use intensity but a negative effect in case of high pesticide use intensity. These results could indicate that in fields with low local pesticide use, landscape complexity enhance biological control whereas in intensive fields, the presence of semi-natural habitat could be unsuitable for natural enemies adapted to intensive situations.
Published: 2018

33. GFL Groupe Filières Légumineuses

Author: Amiot-Carlin, Marie Josephe, Walrand, Stephane, Anton, Marc, Boire, Adeline, Baranger, Alain, Bedoussac, Laurent, Buitink, Julia, Gallardo, Karine, Lessire, Michel, Nguyen The, Christophe, Ridier, Aude, Magrini, Marie-Benoît, Voisin, Anne-Sophie, Marchés, Organisations, Institutions et Stratégies d'Acteurs (UMR MOISA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Unité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages (BIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biologie des Oiseaux et Aviculture (BOA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville (ENSFEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [INFO]Computer Science [cs], [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: Prod 2018-220s BAP EA GEAPSI INRA; National audience
Published: 2018

34. From research to academic education in Restoration Ecology: salmonids river restoration and other target ecosystems

Author: Bernez, Ivan, Le Coeur, Didier, Daniel, Hervé, Cour, Laetitia, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience
Published: 2018

35. Using ecological engineering for sustainable ecosystem restoration ?

Author: Dutoit, Thierry, Jaunatre, Renaud, Bulot, Adeline, Chenot, Julie, Alignan, Jean François, Buisson, Elise, Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU)
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience
Published: 2018

36. How to use nature-based solutions in urban planning systems of Europe?

Author: Szkordilisz, Flora, Kocsis, János, Bouzouidja, Ryad, Kósa, Emőke, Beaujouan, Véronique, Béchet, Béatrice, Bournet, Pierre-Emmanuel, Bulot, Adeline, Cannavo, Patrice, Chantoiseau, Etienne, Daniel, Hervé, Lebeau, Thierry, Vidal Beaudet, Laure, GUENON, René, Musy, Marjorie, Adell, Germain, Körmöndi, Barnabás, Bodénan, Philippe, University of Debrecen, MUTK, Hungarian Urban Knowledge Centre, Corvinus University of Budapest, Budapest University of Technology and Economics [Budapest] (BME), Laboratoire de Planétologie et Géodynamique UMR6112 (LPG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Nantes - Faculté des Sciences et des Techniques, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université d'Angers (UA), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR), Unité de Recherche Environnement Physique de la plante Horticole (EPHOR), Université d'Angers (UA)-AGROCAMPUS OUEST, Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (Polytech Nantes), Université de Nantes (UN), CEREMA ouest, Nobatek-INEF4, Siège social, Laboratoire de Planétologie et Géodynamique [UMR 6112] (LPG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), AGROCAMPUS OUEST-Université d'Angers (UA), Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université d'Angers (UA)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université d'Angers (UA)
Subjects: [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: International audience; In developed countries, the level of urbanization is still rising and expected to reach 83% in 2030 [United Nations, 2012]. As a result of rapid growing of urban areas and population, the urban planners several challenges. For example, risks of flooding due to overload of the drainage system, and pollution due to combined sewer overflows and diffuse pollution, consequently increase significantly. Questions about biodiversity promotion and urban heat islands are also emerging as major issues in the construction of sustainable cities [Berretta et al; 2014].European Commission, (2015) highlighted nature-based solutions in order to address the mentioned urban problems related to climatic, demographic and technological changes. The aim is to bring new solutions into urban planning and thus, to address those challenges and to improve the well-being sensation, quality of life of city dwellers.Nature-based solutions (NBS) are one of the newest concepts for tackling urban challenges. The concept of NBS was meant to reform the methodology of urban planning in EU countries and deliver multiple environmental, social and economic benefits through introducing and implementing a new toolkit based on natural resources. In the Horizon 2020 project, Nature4Cities besides multi-thematic and multi-scalar evaluation of nature-based solutions and their effectiveness in addressing different urban challenges we aim to deliver a platform used by urban planners. As an important step of producing the platform in this paper we analyse the possibilities of implementing nature-based solutions in the different planning systems of Europe. First, we give a short overview on similarities and differences between planning systems, and the different kind of plans (master plans, action plans, authorization plans, … etc.) Secondly, we describe Nature4Cities concept on NBS-typology, and thirdly we analyse the possibilities of inserting the particular nature-based solutions into the different kind of plans in different scales. As a result, we wish to establish a baseline of "business as usual" urban operations and how the mainstream "grey solutions" could be replaced by NBS. We also put emphasis on the social aspects of urban planning and that of NBS’: what are the alternative governance and participatory processes that enhance the implementation of NBS?
Published: 2018

37. Evidence that organic farming promotes pest control

Author: Manuel Plantegenest, Stéphanie Aviron, Julien Pétillon, Verena Seufert, Matthew G. E. Mitchell, El Aziz Djoudi, Denis Thiéry, Adrien Rusch, Lucile Muneret, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Institute for Environment and Sustainability, Rural, Water, and Ecosystem Resources Unit, European Commission [Brussels], Institute for Meteorology and Climate Research (IMK), Karlsruhe Institute of Technology (KIT), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Santé et agroécologie du vignoble (SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Environmental Geography, Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Agrochemical, Geography, Planning and Development, Biological pest control, Management, Monitoring, Policy and Law, Biology, medicine.disease_cause, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, [SDV.SA.STA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture, Infestation, parasitic diseases, medicine, PEST CONTROL, ORGANIC FARMING SYSTEMS, Nature and Landscape Conservation, 2. Zero hunger, Global and Planetary Change, AGRO-ECOSYSTEMS, Ecology, Renewable Energy, Sustainability and the Environment, business.industry, Agroforestry, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, ECOLOGICAL INTENSIFICATION, fungi, Pest control, food and beverages, 15. Life on land, Pesticide, Urban Studies, 030104 developmental biology, Agriculture, Organic farming, PEST analysis, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, business, SDG 12 - Responsible Consumption and Production, Food Science
Abstract: International audience; Ecological intensification of agro-ecosystems, based on the optimization of ecological functions such as biological pest control, to replace agrochemical inputs is a promising route to reduce the ecological footprint of agriculture while maintaining commodity production. However, the performance of organic farming, often considered as a prototype of ecological intensification, in terms of pest control remains largely unknown. Here, using two distinct meta-analyses, we demonstrate that, compared to conventional cropping systems, (i) organic farming promotes overall biological pest control potential, (ii) organic farming has higher levels of overall pest infestations but (iii) that this effect strongly depends on the pest type. Our study shows that there are lower levels of pathogen infestation, similar levels of animal pest infestation and much higher levels of weed infestation in organic than in conventional systems. This study provides evidence that organic farming can enhance pest control and suggests that organic farming offers a way to reduce the use of synthetic pesticide for the management of animal pests and pathogens without increasing their levels of infestation.
Published: 2018

38. Two tabersonine 6,7-epoxidases start synthesis of lochnericine-type alkaloids in Catharanthus roseus

Author: Carqueijeiro, Ines Teto, Brown, Stephanie, Chung, Khoa, Dang, Thu-Thuy, Walia, Manish, Besseau, Sébastien, Duge De Bernonville, Thomas, Oudin, Audrey, Lanoue, Arnaud, Billet, Kevin, Munsch, Thibaut, Koudounas, Konstantinos, MELIN, Céline, Godon, Charlotte, Razafimandimby, Bienvenue, De Craene, Johan-Owen, Glevarec, Gaelle, marc, Jillian, Giglioli-Guivarc'H, Nathalie, Marc, Marc, St-Pierre, Benoit, Papon, Nicolas, Andrade, Rodrigo, O'Connor, Sarah, Courdavault, Vincent, Biomolécules et biotechnologies végétales (BBV EA 2106), Université de Tours, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Neuro-Dol (Neuro-Dol), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Groupe d'Etude des Interactions Hôte-Parasite (GEIHP), Université d'Angers (UA), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biomolécules et bitoechnologies végétales (BBV EA 2106), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: International audience; Lochnericine is a major monoterpene indole alkaloid (MIA) in the roots of Madagascar periwinkle (Catharanthus roseus). Lochnericine is derived from the stereoselective C6,C7-epoxidation of tabersonine and can be metabolized further to generate other complex MIAs. While the enzymes responsible for its downstream modifications have been characterized, those involved in lochnericine biosynthesis remain unknown. By combining gene correlation studies, functional assays, and transient gene inactivation, we identified two highly conserved P450s that efficiently catalyze the epoxidation of tabersonine: tabersonine 6,7-epoxidase isoforms 1 and 2 (TEX1 and TEX2). Both proteins are quite divergent from the previously characterized tabersonine 2,3-epoxidase and are more closely related to tabersonine 16-hydroxylase, involved in vindoline biosynthesis in leaves. Biochemical characterization of TEX1/2 revealed their strict substrate specificity for tabersonine and their inability to epoxidize 19-hydroxytabersonine, indicating that they catalyze the first step in the pathway leading to hörhammericine production. TEX1 and TEX2 displayed complementary expression profiles, with TEX1 expressed mainly in roots and TEX2 in aerial organs. Our results suggest that TEX1 and TEX2 originated from a gene duplication event and later acquired divergent, organ-specific regulatory elements for lochnericine biosynthesis throughout the plant, as supported by the presence of lochnericine in flowers. Finally, through the sequential expression of TEX1 and up to four other MIA biosynthetic genes in yeast, we reconstituted the 19-acetylhörhammericine biosynthetic pathway and produced tailor-made MIAs by mixing enzymatic modules that are naturally spatially separated in the plant. These results lay the groundwork for the metabolic engineering of tabersonine/lochnericine derivatives of pharmaceutical interest.
Published: 2018

39. Genome-wide identification and biochemical characterization of the UGT88F subfamily in Malus x domestica Borkh

Author: Nathalie Giglioli-Guivarc'h, Olivier Pichon, Sébastien Besseau, Johan-Owen De Craene, Thomas Dugé de Bernonville, Gaëlle Glévarec, Vincent Courdavault, Benoit St-Pierre, Marc Clastre, Arnaud Lanoue, Kévin Billet, Carolina Elejalde-Palmett, Biomolécules et biotechnologies végétales (BBV EA 2106), Université de Tours (UT), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Tours, Gatonero SA, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), and Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST
Subjects: 0106 biological sciences, Models, Molecular, Subfamily, Phloretin, Protein Conformation, Pseudogene, Apple tree, Plant Science, Horticulture, 01 natural sciences, Biochemistry, Genome, Homology (biology), chemistry.chemical_compound, Molecular Biology, Gene, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Maloideae, biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 010405 organic chemistry, Temperature, Glycosyltransferases, General Medicine, Genomics, Hydrogen-Ion Concentration, biology.organism_classification, 0104 chemical sciences, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Kinetics, chemistry, Malus, Genome, Plant, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; The UDP-glycosyltransferase UGT88F subfamily has been described first in Malus x domestica with the characterization of UGT88F1. Up to now UGT88F1 was one of the most active UGT glycosylating dihydrochalcones in vitro. The involvement of UGT88F1 in phloridzin (phloretin 2'-O-glucoside) synthesis, the main apple tree dihydrochalcone, was further confirmed in planta. Since the characterization of UGT88F1, this new UGT subfamily has been poorly studied probably because it seemed restricted to Maloideae. In the present study, we investigate the apple tree genome to identify and biochemically characterize the whole UGT88F subfamily. The apple tree genome contains five full-length UGT88F genes out of which three newly identified members (UGT88F6, UGT88F7 and UGT88F8) and a pseudogene. These genes are organized into two genomic clusters resulting from the recent global genomic duplication event in the apple tree. We show that recombinant UGT88F8 protein specifically glycosylates phloretin in the 2'OH position to synthetize phloridzin in vitro and was therefore named UDP-glucose: phloretin 2'-O-glycosyltransferase. The Km values of UGT88F8 are 7.72 μM and 10.84 μM for phloretin and UDP-glucose respectively and are in the same range as UGT88F1 catalytic parameters thus constituting two isoforms. Co-expression patterns of both UGT88F1 and UGT88F8 argue for a redundant function in phloridzin biosynthesis in planta. Contrastingly, recombinant UGT88F6 protein is able to glycosylate in vitro a wide range of flavonoids including flavonols, flavones, flavanones, chalcones and dihydrochalcones, although flavonols are the preferred substrates, e.g. Km value for kaempferol is 2.1 μM. Depending on the flavonoid, glycosylation occurs at least on the 3-OH and 7-OH positions. Therefore UGT88F6 corresponds to an UDP-glucose: flavonoid 3/7-O-glycosyltransferase. Finally, a molecular modeling study highlights a very high substitution rate of residues in the acceptor binding pocket between UGT88F8 and UGT88F6 which is responsible for the enzymes divergence in substrate and regiospecificity, despite an overall high protein homology.
Published: 2018

40. How to model technologies accounting for undesirable outputs? A numerical comparison of nonparametric approaches

Author: Dakpo, K Hervé, Jeanneaux, Philippe, Latruffe, Laure, Economie Publique (ECO-PUB), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Territoires - UMR 1273 (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne (UCA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Territoires (Territoires), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Universidad Miguel Hernández [Elche]. ESP., ProdInra, Archive Ouverte, Economie Publique ( ECO-PUB ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], emission factor, undesirable output, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], environmental efficiency, by‐production, pollution, materials balance principles, non‐parametric technology modelling
Abstract: In this paper we compare the existing non‐parametric approaches that account for undesirable outputsin technology modelling. The approaches are grouped based on Lauwers (2009)’s seminal three‐groupclassification, and extended to a fourth group of recent models grounded on the estimation of severalsub‐technologies depending on the type of the outputs. With this fourth group of models, we providea new complete picture of pollution‐technologies modelling in the non‐parametric framework of DEA.We provide a numerical comparison of the most recent models: the frontier eco‐efficiency model; theapproach based on materials balance principle and the estimation of iso‐environmental lines; and theby‐production model with two sub‐technologies extended with dependence constraints between thesub‐technologies. The results reveal that, under constant emission factors and one undesirable output,the three models considered yield the same efficiency score for each decision‐making unit. However,when we assume different emission factors across decision‐making units, the extended by‐productionmodel yields intermediate results between the different models. We have also proposed amodification of the model based on materials balance principles to account for non‐constant emissionfactors across decision‐making units.
Published: 2018

41. New Sélune River (Normandy, France) margins following large dam removal: ecological restoration perspectives considering the successional vegetation dynamics of alluvial deposits

Author: Ravot, C., Laslier, Marianne, Muller, Isabelle, Hubert-Moy, Laurence, Dufour, Simon, Bernez, Ivan, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Rennes), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), SERIPAGE, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Brest (UBO)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Nantes (UN)-Université d'Angers (UA)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)
Subjects: [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Passive ecological restoration, Riparian vegetation succession, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, Dam removal, Alluvial deposit, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience; The present study is part of the scientific monitoring related to the removal, expected by 2021,of the two Sélune River dams (Normandy, France)–of 36m and 16m respectively. It has been conducted between 2015 and2017. In order to make sediment management easier during the emptying of the lake, the water level of the impoundment was stabilised at its usual lowest level since the spring of 2015.It has been slowly reduced since the spring of 2017 to conduct these operations until the completion of the emptying which is planned for the summer of 2018, allowing theflood plain to progressively go back to its normal course. The dismantlement of theVezins Dam will beginin the spring of 2019. Hectares of muds a real ready colonized by vegetation and ,the original riverbed was reappearing in the upper partsin 2017. The aim of this study is to analyse the vegetation successional stages of dewatered sediment banksin the context of the dam removal. It focuses on three axis: i) the dynamics of thecolonizing species at the scale of the emptied lake, ii) the spatial patterns of the process and iii) the new river margin sectors that reappeared in 2017. We will predict thevegetation’s ability to passively restore the riparian area of the Sélune River. The fast colonization process, the extremely rapid evolution of successional stages and the spatial succession dynamics observed are treated.; L’étude a été conduite entre 2015 et 2017 sur le fleuve Sélune (Normandie, France)dans le cadre du suivi scientifique accompagnant l’opération d’effacement de ses deux grands barrages, de 36 m et 16m de haut,prévu à l’horizon 2021. Pour faciliter les travaux de gestion sédimentaire réalisés en parallèle de la vidange de la retenue de Vezins, le niveau du lac a été stabilisé à sa côte usuelle basse dès le printemps 2015. Depuis le printemps 2017, le plan d’eau est abaissé progressivement pour la mise en œuvre de ces travaux jusqu’à l’assec complet attendu à l’été2018, libérant le lit majeur. Le démantèlement du barrage de Vezins débutera au printemps 2019.Des hectares de vases sont déjà recolonisés par la végétation et, en 2017, le lit originel du cours d’eau réapparait progressivement en queue de retenue. L’objectif de cette étude est d’analyser les stades de successions végétales dans le contexte d’un arasement de barrage selon trois axes: i) la dynamique des espèces colonisatrices à l’échelle de la retenue, ii) la spatialisation interne du processus et iii)l’accent sur les nouvelles berges du fleuve qui se sont dessinées en 2017:il s’agira de prédire la capacité de la végétation à restaurer passivement la zone riparienne de la Sélune. La rapidité du processus de recolonisation et de l’évolution des successions ainsi que les dynamiques de successions observées sont discutées
Published: 2018

42. Le CIRM : préserver la biodiversité microbienne pour soutenir l'innovation

Author: ROUSSEL, SOPHIE, Favel, Anne, Helloin, Emmanuelle, Portier, Perrine, Le Saux, Marion, Valence-Bertel, Florence, Casaregola, Serge, Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité et Biotechnologie Fongiques (BBF), École Centrale de Marseille (ECM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infectiologie Animale et Santé Publique - IASP (Nouzilly, France), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Centrale de Marseille (ECM), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA)
Subjects: centre de ressource microbiologique, centre de ressources biologiques, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, conservation de la biodiversité, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, biological control, bioprotection, ressource biologique, ressource génétique, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, conservation des collections, biodiversité microbienne
Abstract: Les microorganismes sont des ressources génétiques d’une valeur inestimable qu’il est indispensable de préserver et d’explorer, en termes de recherche fondamentale mais aussi de recherche appliquée. Convaincu de cette richesse et de la valeur intrinsèque de la diversité intra-spécifique des microorganismes, l’INRA a créé en 2006, le Centre International de Ressources Microbiennes (CIRM) afin de préserver et de valoriser ses collections patrimoniales de micro-organismes. Le CIRM est un réseau constitué à ce jour de cinq Centres de Ressources Biologiques (CRB) thématiques - levures d’intérêt technologique (Jouy-en-Josas), champignons filamenteux d’intérêt agro-industriel (Marseille), bactéries alimentaires (Rennes), bactéries pathogènes des animaux ou des humains (Tours) et bactéries associées aux plantes (Angers). L’exploitation et la valorisation de ces ressources présentent des intérêts et un impact socio-économique dans des domaines aussi variés que les fermentations alimentaires, les biotechnologies blanche et verte ainsi que la lutte contre les phyto-pathogènes et les infections bactériennes des animaux et de l’homme. Le CIRM met à la disposition de la communauté scientifique et des industriels plus de 22000 souches. Il se distingue aujourd’hui des autres collections européennes par le fait qu’il dispose d’un grand nombre de souches par espèce. Associée à l’expertise scientifique et technique de ses équipes et à des outils analytiques haut-débit, cette très grande diversité intra-spécifique représente un potentiel d’innovation majeur permettant d’une part, la compréhension des bases moléculaires de la biodiversité phénotypique et d’autre part, la recherche de fonctionnalités d’intérêt (aptitudes technologiques, activités enzymatiques, caractères phénotypiques…) pouvant aboutir sur des applications industrielles.Le CIRM, en tant que CRB certifié ISO 9001, offre la garantie du respect du cadre réglementaire et légal actuellement en pleine évolution, garantie essentielle à toute démarche d’innovation que ce soit pour des collaborations de recherche ou des prestations de service.
Published: 2018

43. Ripisylves et aménagement des fleuves côtiers à Salmonidés en Manche: combiner deux approches de recherche pour améliorer leur restauration écologique?

Author: Gallois, Aurel, Mazoyer, Pierre, Laurent, Yann, Bernez, Ivan, Rollet, Anne-Julia, Le Coeur, Didier, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Caen), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience
Published: 2018

44. Suivi de la recolonisation végétale spontanée des berges remaniées de la Sélune (Normandie, France) avant l’arasement de deux grands barrages : élaboration d’un protocole pour la mise en place de l’observatoire ORSER

Author: Pronost, Morgane, Oury, Yoann, Ravot, Charlotte, Bernez, Ivan, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), SERIPAGE, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience; Dans le cadre de la restauration de la continuité écologique de la Sélune (Normandie, France), les grands barrages de Vezins et de la Roche-qui-boit seront arasés d’ici 2021. Afin de maintenir une bonne qualité des eaux en aval et d'éviter le charriage d'une grande quantité de sédiments dans la baie du Mont-Saint-Michel, ceux-ci sont retirés du lit mineur dans la retenue de Vezins, redonnant au fleuve son profil originel. Déposés sur certains tronçons de berges, à commencer par l’amont en 2017, les sédiments sont structurés en une banquette de débordement surmontée d’un talus d’environ 1 m de haut. Ces travaux d’ingénierie sont réalisés conjointement à la vidange progressive du lac. Les sédiments ainsi exondés constituent un milieu favorable à une végétation pionnière. La recolonisation végétale spontanée est suivie dès les premiers stades pour s'assurer du maintien des sédiments, mais aussi, suivre l’évolution des populations d’espèces rares initialement présentes, comme la limoselle (Limosella aquatica L.). Ces espèces liées au marnage et à l’exondation temporaire des berges, donc fortement menacées par l’ampleur des travaux, font l’objet de mesures de compensation ex situ. Cependant, un potentiel de conservation in situ mérite d’être étudié puisque des populations sont présentes sur un site finalement conservé en l’état et sur des mares apparues sur l’un des nouveaux talus. Ces enjeux justifient un suivi à long terme de la dynamique de repousse de la végétation des rives de la Sélune dont un protocole adapté à la diversité des contextes a pu être mis en place suite à des relevés floristiques effectués en octobre 2017 sur 5 sites impactés par les travaux. Cet Observatoire de la Revégétalisation des rives de la Sélune en Ecologie de la Restauration (ORSER) permettra de déterminer si la restauration passive de la vallée est envisageable, en tenant compte des nouveaux usages du territoire.Français
Published: 2018

45. De la recherche à la formation initiale en Ecologie de la Restauration : outils et expérimentions impliquant des projets d’étudiants dans des programmes locaux à européens à Agrocampus-Ouest

Author: Cour, Laetitia, Le Coeur, Didier, Laurent, Yann, Bernez, Ivan, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience
Published: 2018

46. Reconstruction pédogénétique après transfert : impacts sur le sol et la végétation

Author: Bulot, Adeline, Bureau, Fabrice, Berard, Annette, Dutoit, Thierry, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), and Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDE.SDS]Environmental Sciences/domain_sde.sds, [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience
Published: 2018

47. Suivi de la recolonisation végétale spontanée des berges remaniées de la Sélune (Normandie, France), avant l’arasement de deux barrages: méthodologie pour une observatoire pérenne

Author: Pronost, Morgane, Oury, Yoann, Ravot, Charlotte, Le Coeur, Didier, Bernez, Ivan, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience; Dans le cadre de la restauration de la continuité écologique de la Sélune (Normandie, France), les grands barrages de Vezins et de la Roche-qui-boit seront arasés d’ici 2021. Afin de maintenir une bonne qualité des eaux en aval et d'éviter le charriage d'une grande quantité de sédiments dans la baie du Mont-Saint-Michel, ceux-ci sont retirés du lit mineur dans la retenue de Vezins, redonnant au fleuve son profil originel. Déposés sur certains tronçons de berges, à commencer par l’amont en 2017, les sédiments sont structurés en une banquette de débordement surmontée d’un talus d’environ 1 m de haut. Ces travaux d’ingénierie sont réalisés conjointement à la vidange progressive du lac. Les sédiments ainsi exondés constituent un milieu favorable à une végétation pionnière. La recolonisation végétale spontanée est suivie dès les premiers stades pour s'assurer du maintien des sédiments, mais aussi, suivre l’évolution des populations d’espèces rares initialement présentes, comme la limoselle (Limosella aquatica L.). Ces espèces liées au marnage et à l’exondation temporaire des berges, donc fortement menacées par l’ampleur des travaux, font l’objet de mesures de compensation ex situ. Cependant, un potentiel de conservation in situ mérite d’être étudié puisque des populations sont présentes sur un site finalement conservé en l’état et sur des mares apparues sur l’un des nouveaux talus. Ces enjeux justifient un suivi à long terme de la dynamique de repousse de la végétation des rives de la Sélune dont un protocole adapté à la diversité des contextes a pu être mis en place suite à des relevés floristiques effectués en octobre 2017 sur 5 sites impactés par les travaux. Cet Observatoire de la Revégétalisation des rives de la Sélune en Ecologie de la Restauration (ORSER) permettra de déterminer si la restauration passive de la vallée est envisageable, en tenant compte des nouveaux usages du territoire.Français
Published: 2018

48. Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé

Author: Yon, Jérémy, Bareille, Nathalie, Bed'Hom, Bertrand, Berthelot, Xavier, Combes, Sylvie, Dameron, Olivier, Foucras, Gilles, Journaux, Alexandre, Launay, Frédéric, Le Bail, Pierre-Yves, Le Floc'h, Nathalie, Martignon, Mélanie, Nédellec, Claire, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Quillet, Edwige, Meunier-Salaün, Marie-Christine, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale ( BIOEPAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences ( Dyliss ), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA_D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ), Domaine expérimental animal du Pin ( SEA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Expérimentale d'Amélioration des Arbres Forestiers ( UEARF ), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] ( MaIAGE ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Expérimentale d'Amélioration des Arbres Forestiers (UEARF), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Domaine Expérimental du Pin (DEP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)
Subjects: animal health, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], santé animale, maladie animale, caractère phénotypique, [SDV]Life Sciences [q-bio], production animale, livestock farms, symptôme, ontology, symptom, ontologie
Abstract: un poster présenté; L'ontologie des caractères phénotypiques ATOL, est un outil dédié aux productions animales, permettant uneannotation des bases de données phénotypiques (http://www.atol-ontology.com/). Sur l’ensemble des finalitésciblées dans l’ontologie, les caractères liés à la santé ont été initialement renseignés uniquement dans la finalité Bien-Etre. Le projet P-AHOL, soutenu par le métaprogramme GISA, avait pour objectif de compléter ces caractères en créant une finalité «santé» avec l'ensemble des troubles détectés en élevage et susceptibles de pénaliser les autres finalités (croissance, nutrition, reproduction, production de lait, d’oeufs et foie gras, bien-être). Une démarche de co-construction a été ainsi réalisée sur la standardisation des troubles de santé, par leur dénomination et leur définition, et leur caractérisation, par leur hiérarchisation et avec une attention sur les symptômes. Le travail s’est appuyé sur quatre groupes d'experts du domaine de la santé, pluridisciplinaires (immunologie, virologie, bactériologie, …) et multi-espèces (ruminants, oiseaux, poissons, porc-lapin et cheval) et sur un réseau plus large incluant des scientifiques des départements Santé Animale, Génétique Animale et PHASE, et des porteurs d’enjeu au coeur des questions de santé animale (responsables d’installations expérimentales et de R&D). Pour le choix des maladies retenues, la démarche de co-construction s’est appuyée sur la liste des maladies identifiées dans le système d’informations Sicpa sanitaire et un document ANSES sur les poissons. Pour leur caractérisation, nous nous sommes appuyés sur des ontologies existantes telles que l’ontologie SNOMED CT pour les symptômes et l’ontologie NCBI Taxonomy pour les organismes. Le projet décrit la finalité santé avec 3 branches principales : les maladies classées en fonction de leur type (infectieux, génétique, métabolique, physique, psychologique, chronique) et de leur voie de transmission (horizontale, verticale, vectorielle), les symptômes et les organismes. La branche «organisme» correspond aux classes des agents pathogènes (virus, bactéries, champignons, parasites) et des espèces atteintes. De plus, des propriétés ont été créées pour développer la sémantique entre les différents classes (est pathogène de, a comme symptôme, affecte). En perspective, l’objectif du programme ATOL vise à une utilisation de l’ontologie par différents acteurs impliqués dans les programmes de phénotypage, ainsi que pour l’évaluation du statut sanitaire des animaux et des troupeaux. Aussi le travail va se poursuivre avec la création de liens entre les données du SICPA Sanitaire et l’ontologie ATOL. En parallèle un travail d’enrichissement sera mis en place (1) sur les propriétés entre les finalitésde l’ontologie pour renseigner leurs interactions, (2) sur l’apport de nouveaux caractères ou de liens sur desméthodes de mesures en utilisant des méthodes de text-mining appliquées à la bibliographie ou à des bases de données.
Published: 2018

49. La libre-évolution : une alternative en restauration écologique

Author: Bely, Clémentine, Gayrard, Théo, Doisy, Lydie, Bernez, Ivan, Le Coeur, Didier, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience
Published: 2018

50. Suivi d'une population de gratiole, Gratiola officinalis L., dans un parc urbain à Angers: besoin de restaurer ou pas ?

Author: Bulot, Adeline, Braud, Ferreol, Chollet, Simon, Huet, Sandrine, Bischoff, Armin, Cochard, Arnaud, Daniel, Hervé, Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), Unité Paysage et Ecologie (PAYSAGE), AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), and AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDE.ER]Environmental Sciences/domain_sde.er
Abstract: International audience
Published: 2018

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