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94 results on '"Martin-Laffon, Jacqueline"'

1. The plasma membrane-associated cation-binding protein PCaP1 of Arabidopsis thaliana is a uranyl-binding protein

Author: Vallet, Alicia, Martin-Laffon, Jacqueline, Favier, Adrien, Revel, Benoît, Bonnot, Titouan, Vidaud, Claude, Armengaud, Jean, Gaillard, Jean-Charles, Delangle, Pascale, Devime, Fabienne, Figuet, Sylvie, Serre, Nelson B.C., Erba, Elisabetta Boeri, Brutscher, Bernhard, Ravanel, Stéphane, Bourguignon, Jacques, and Alban, Claude
Published: 2023
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2. Next biotechnological plants for addressing global challenges: The contribution of transgenesis and new breeding techniques

Author: Ricroch, Agnès E., Martin-Laffon, Jacqueline, Rault, Bleuenn, Pallares, Victor C., and Kuntz, Marcel
Published: 2022
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3. Worldwide CRISPR patent landscape shows strong geographical biases

Author: Martin-Laffon, Jacqueline, Kuntz, Marcel, and Ricroch, Agnès E.
Published: 2019
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4. Assessing the Environmental Safety of Transgenic Plants: Honey Bees as a Case Study

Author: Ricroch, Agnès, primary, Akkoyunlu, Serife, additional, Martin-Laffon, Jacqueline, additional, and Kuntz, Marcel, additional
Published: 2018
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5. The Plasma Membrane-Associated Cation-Binding Protein Pcap1 of Arabidopsis Thaliana is a Uranyl-Binding Protein

Author: Vallet, Alicia, primary, Martin-Laffon, Jacqueline, additional, Favier, Adrien, additional, Revel, Benoît, additional, Bonnot, Titouan, additional, Vidaud, Claude, additional, Armengaud, Jean, additional, Gaillard, Jean-Charles, additional, Delangle, Pascale, additional, Devime, Fabienne, additional, Figuet, Sylvie, additional, Serre, Nelson B.C., additional, Erba, Elisabetta Boeri, additional, Brutscher, Bernhard, additional, Ravanel, Stéphane, additional, Bourguignon, Jacques, additional, and Alban, Claude, additional
Published: 2022
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6. Dual Targeting of the Protein Methyltransferase PrmA Contributes to Both Chloroplastic and Mitochondrial Ribosomal Protein L11 Methylation in Arabidopsis

Author: Mazzoleni, Meryl, Figuet, Sylvie, Martin-Laffon, Jacqueline, Mininno, Morgane, Gilgen, Annabelle, Leroux, Mélanie, Brugière, Sabine, Tardif, Marianne, Alban, Claude, and Ravanel, Stéphane
Published: 2015
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7. Arabidopsis thaliana plants challenged with uranium reveal new insights into iron and phosphate homeostasis

Author: Berthet, Serge, primary, Villiers, Florent, additional, Alban, Claude, additional, Serre, Nelson B. C., additional, Martin-Laffon, Jacqueline, additional, Figuet, Sylvie, additional, Boisson, Anne-Marie, additional, Bligny, Richard, additional, Kuntz, Marcel, additional, Finazzi, Giovanni, additional, Ravanel, Stéphane, additional, and Bourguignon, Jacques, additional
Published: 2017
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8. Challenges facing European agriculture and possible biotechnological solutions

Author: Ricroch, Agnes, Harwood, Wendy, Svobodova, Zdenka, Sagi, Laszlo, Hundleby, Penelope, Badea, Elena Marcela, Rosca, Ioan, Cruz, Gabriela, Salema Fevereiro, Manuel Pedro, Marfa Riera, Victoria, Jansson, Stefan, Morandini, Piero, Bojinov, Bojin, Cetiner, Selim, Custers, Rene, Schrader, Uwe, Jacobsen, Hans-Joerg, Martin-Laffon, Jacqueline, Boisron, Audrey, Kuntz, Marcel, Ricroch, Agnes, Harwood, Wendy, Svobodova, Zdenka, Sagi, Laszlo, Hundleby, Penelope, Badea, Elena Marcela, Rosca, Ioan, Cruz, Gabriela, Salema Fevereiro, Manuel Pedro, Marfa Riera, Victoria, Jansson, Stefan, Morandini, Piero, Bojinov, Bojin, Cetiner, Selim, Custers, Rene, Schrader, Uwe, Jacobsen, Hans-Joerg, Martin-Laffon, Jacqueline, Boisron, Audrey, and Kuntz, Marcel
Abstract: Agriculture faces many challenges to maximize yields while it is required to operate in an environmentally sustainable manner. In the present study, we analyze the major agricultural challenges identified by European farmers (primarily related to biotic stresses) in 13 countries, namely Belgium, Bulgaria, the Czech Republic, France, Germany, Hungary, Italy, Portugal, Romania, Spain, Sweden, UK and Turkey, for nine major crops (barley, beet, grapevine, maize, oilseed rape, olive, potato, sunflower and wheat). Most biotic stresses (BSs) are related to fungi or insects, but viral diseases, bacterial diseases and even parasitic plants have an important impact on yield and harvest quality. We examine how these challenges have been addressed by public and private research sectors, using either conventional breeding, marker-assisted selection, transgenesis, cisgenesis, RNAi technology or mutagenesis. Both national surveys and scientific literature analysis followed by text mining were employed to evaluate genetic engineering (GE) and non-GE approaches. This is the first report of text mining of the scientific literature on plant breeding and agricultural biotechnology research. For the nine major crops in Europe, 128 BS challenges were identified with 40% of these addressed neither in the scientific literature nor in recent European public research programs. We found evidence that the private sector was addressing only a few of these neglected challenges. Consequently, there are considerable gaps between farmer's needs and current breeding and biotechnology research. We also provide evidence that the current political situation in certain European countries is an impediment to GE research in order to address these agricultural challenges in the future. This study should also contribute to the decision-making process on future pertinent international consortia to fill the identified research gaps.
Published: 2016
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9. Molecular Evolution of the Substrate Specificity of Chloroplastic Aldolases/Rubisco Lysine Methyltransferases in Plants

Author: Ma, Sheng, primary, Martin-Laffon, Jacqueline, additional, Mininno, Morgane, additional, Gigarel, Océane, additional, Brugière, Sabine, additional, Bastien, Olivier, additional, Tardif, Marianne, additional, Ravanel, Stéphane, additional, and Alban, Claude, additional
Published: 2016
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10. Arabidopsis thaliana plants challenged with uranium reveal new insights into iron and phosphate homeostasis.

Author: Berthet, Serge, Villiers, Florent, Alban, Claude, Serre, Nelson B. C., Martin‐Laffon, Jacqueline, Figuet, Sylvie, Boisson, Anne‐Marie, Bligny, Richard, Kuntz, Marcel, Finazzi, Giovanni, Ravanel, Stéphane, and Bourguignon, Jacques
Subjects: ARABIDOPSIS thaliana, URANIUM, RADIOISOTOPES & the environment, EFFECT of poisons on plants, PHOSPHATE fertilizers, HOMEOSTASIS, CHLOROPLASTS, IRON deficiency diseases, PLANTS
Abstract: * Uranium (U) is a naturally occurring radionuclide that is toxic to plants. It is known to interfere with phosphate nutrition and to modify the expression of iron (Fe)-responsive genes. The transporters involved in the uptake of U from the environment are unknown. Here, we addressed whether IRT1, a high-affinity Fe2+ transporter, could contribute to U uptake in Arabidopsis thaliana. * An irt1 null mutant was grown hydroponically in different conditions of Fe bioavailability and phosphate supply, and challenged with uranyl. Several physiological parameters (fitness, photosynthesis) were measured to evaluate the response to U treatment. * We found that IRT1 is not a major route for U uptake in our experimental conditions. However, the analysis of irt1 indicated that uranyl interferes with Fe and phosphate homeostasis at different levels. In phosphate-sufficient conditions, the absence of the cation chelator EDTA in the medium has drastic consequences on the physiology of irt1, with important symptoms of Fe deficiency in chloroplasts. These effects are counterbalanced by U, probably because the radionuclide competes with Fe for complexation with phosphate and thus releases active Fe for metabolic and biogenic processes. * Our study reveals that challenging plants with U is useful to decipher the complex interplay between Fe and phosphate. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
Published: 2018
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11. Challenges facing European agriculture and possible biotechnological solutions

Author: Ricroch, Agnès, primary, Harwood, Wendy, additional, Svobodová, Zdeňka, additional, Sági, László, additional, Hundleby, Penelope, additional, Badea, Elena Marcela, additional, Rosca, Ioan, additional, Cruz, Gabriela, additional, Salema Fevereiro, Manuel Pedro, additional, Marfà Riera, Victoria, additional, Jansson, Stefan, additional, Morandini, Piero, additional, Bojinov, Bojin, additional, Cetiner, Selim, additional, Custers, René, additional, Schrader, Uwe, additional, Jacobsen, Hans-Joerg, additional, Martin-Laffon, Jacqueline, additional, Boisron, Audrey, additional, and Kuntz, Marcel, additional
Published: 2015
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12. Uncovering the Protein Lysine and Arginine Methylation Network in Arabidopsis Chloroplasts

Author: Alban, Claude, primary, Tardif, Marianne, additional, Mininno, Morgane, additional, Brugière, Sabine, additional, Gilgen, Annabelle, additional, Ma, Sheng, additional, Mazzoleni, Meryl, additional, Gigarel, Océane, additional, Martin-Laffon, Jacqueline, additional, Ferro, Myriam, additional, and Ravanel, Stéphane, additional
Published: 2014
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13. Chapter Five - Assessing the Environmental Safety of Transgenic Plants: Honey Bees as a Case Study.

Author: Ricroch, Agnès, Akkoyunlu, Serife, Martin-Laffon, Jacqueline, and Kuntz, Marcel
Subjects: *BOTANICAL periodicals, *TRANSGENIC plants, *HONEYBEES, *POLLINATORS
Abstract: Bees play an important role in the pollination of a wide range of plants and are likely to encounter genetically engineered crops (often termed "genetically modified" or "GM") during their foraging period, especially insect-resistant crops since these crops have been cultivated worldwide. Thus, it is important to assess potential impacts of these crops on the nontarget organism honey bee (Apis mellifera L.), the most important pollinator species worldwide. In the present study, we gathered all scientific data related to the effects of insect-resistant GM crops (mostly corn and cotton, and also oilseed rape, rice, soybean, and wheat) on honey bees. Assessments included feeding honey bees with purified insecticidal toxins or transgenic pollen collected from GM crops producing such toxins, namely protease inhibitors (PIs), Cry or VIP toxins from Bacillus thuringiensis. RNAi-producing and herbicide-tolerant crops were also included. A total of 64 peer-reviewed studies have been published between 1994 and 2017. We also compiled 18 studies submitted to and examined by the US EPA between 1993 and 2002. Our analyses converge to the conclusion that the studied Cry proteins, RNAi or herbicide-tolerance proteins do not negatively affect the survival of honey bees and have no potential sublethal effect in controlled laboratory conditions or in field/semifield trials. The risk of PI will mainly depend on their concentration in pollen and need to be assessed case by case. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
Published: 2018
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14. Microtubules self-repair in living cells

Author: Morgan Gazzola, Alexandre Schaeffer, Ciarán Butler-Hallissey, Karoline Friedl, Benoit Vianay, Jérémie Gaillard, Christophe Leterrier, Laurent Blanchoin, Manuel Théry, Ecotaxie, microenvironnement et développement lymphocytaire (EMily (UMR_S_1160 / U1160)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de Recherche Saint-Louis - Hématologie Immunologie Oncologie (Département de recherche de l’UFR de médecine, ex- Institut Universitaire Hématologie-IUH) (IRSL), Université Paris Cité (UPCité), CytoMorphoLab, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de neurophysiopathologie (INP), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Abbelight, Bettencourt-Schueller Foundation, Emergence program of the Ville de Paris, Schlumberger Foundation for Education and Research, ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), European Project: 771599,ICEBERG, European Project: 741773,AAA, Martin-Laffon, Jacqueline, CBH-EUR-GS - - CBH-EUR-GS2017 - ANR-17-EURE-0003 - EURE - VALID, Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology - - GRAL2010 - ANR-10-LABX-0049 - LABX - VALID, Exploration below the tip of the microtubule - ICEBERG - 771599 - INCOMING, and Adaptive Actin Architectures - AAA - 741773 - INCOMING
Subjects: renewal, remnants, self-repair, shaft, MESH: Guanosine Triphosphate, MESH: Microtubules, MESH: Cytoplasm, GTP islands, MESH: Tubulin, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, MESH: Polymers, tubulin, rescue, MESH: Actin Cytoskeleton, General Agricultural and Biological Sciences, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, lattice, microtubule
Abstract: International audience; Microtubule self-repair has been studied both in vitro and in vivo as an underlying mechanism of microtubule stability. The turnover of tubulin dimers along the microtubule has challenged the pre-existing dogma that only growing ends are dynamic. However, although there is clear evidence of tubulin incorporation into the shaft of polymerized microtubules in vitro, the possibility of such events occurring in living cells remains uncertain. In this study, we investigated this possibility by microinjecting purified tubulin dimers labeled with a red fluorophore into the cytoplasm of cells expressing GFP-tubulin. We observed the appearance of red dots along the pre-existing green microtubule within minutes. We found that the fluorescence intensities of these red dots were inversely correlated with the green signal, suggesting that the red dimers were incorporated into the microtubules and replaced the pre-existing green dimers. Lateral distance from the microtubule center was similar to that in incorporation sites and in growing ends. The saturation of the size and spatial frequency of incorporations as a function of injected tubulin concentration and post-injection delay suggested that the injected dimers incorporated into a finite number of damaged sites. By our low estimate, within a few minutes of the injections, free dimers incorporated into major repair sites every 70 μm of microtubules. Finally, we mapped the location of these sites in micropatterned cells and found that they were more concentrated in regions where the actin filament network was less dense and where microtubules exhibited greater lateral fluctuations.
Published: 2023

15. Cadaverine regulates biotin synthesis to modulate primary root growth in Arabidopsis

Author: Hiroshi A. Maeda, Stéphane Mann, Claude Alban, Samuel Lopez-Nieves, Shih-Heng Su, Patrick H. Masson, Nicole M. Gibbs, University of Wisconsin-Madison, Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratory of Genetics, University of Wisconsin-Madison, Department of Botany, University of Wisconsin-Madison, Plantes, Stress & Métaux (MetalStress), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), HATCH award #WIS10338 from the College of Agriculture and Life Sciences, Fall Competition Award #MSN226688 from Office of the Vice Chancellor for Research and Graduate Education, University of Wisconsin-Madison, Grant #80NSSC19K1483 from the National Aeronautics and Space Administration, University of Wisconsin-Madison and grants BIR-9512577 (NSF) and S10RR13790 (NIH), National Science Foundation (EPS 0236913, MCB 1413036, DBI 0521587, DBI1228622), K-IDeA Networks of Biomedical Research Excellence (INBRE) of National Institute of Health (P20GM103418), Martin-Laffon, Jacqueline, and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: 0106 biological sciences, Arabidopsis thaliana, polyamines, [SDV]Life Sciences [q-bio], Arabidopsis, Biotin carboxyl carrier protein, Plant Science, root architecture, Plant Roots, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Biotin, Gene Expression Regulation, Plant, biotin, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Fatty Acid Synthase, Type II, Genetics, Biotinylation, Carbon-Nitrogen Ligases, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Transaminases, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Cadaverine, cadaverine, biology, Arabidopsis Proteins, Fatty Acids, Cell Biology, biology.organism_classification, Pyruvate carboxylase, Phenotype, Biochemistry, chemistry, Seedlings, Mutation, biology.protein, Polyamine, Acetyl-CoA Carboxylase, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; Cadaverine, a polyamine, has been linked to modification of root growth architecture and response to environmental stresses in plants. However, the molecular mechanisms that govern the regulation of root-growth by cadaverine are largely unexplored. Here we conducted a forward genetic screen and isolated a mutation, cadaverine hypersensitive 3 (cdh3), which resulted in increased root-growth sensitivity to cadaverine, but not other polyamines. This mutation affects the BIO3-BIO1 biotin biosynthesis gene. Exogenous supply of biotin and a pathway intermediate downstream of BIO1, 7,8-diaminopelargonic acid, suppressed this cadaverine sensitivity phenotype. An in vitro enzyme assay showed cadaverine inhibits the BIO3-BIO1 activity. Furthermore, cadaverine-treated seedlings displayed reduced biotinylation of Biotin Carboxyl Carrier Protein 1 (BCCP1) of the Acetyl-CoA Carboxylase complex involved in de novo fatty acid biosynthesis, resulting in decreased accumulation of triacylglycerides. Taken together, these results revealed an unexpected role of cadaverine in the regulation of biotin biosynthesis, which leads to modulation of primary root growth of plants.
Published: 2021

16. Mixotrophic growth of the extremophile Galdieria sulphuraria reveals the flexibility of its carbon assimilation metabolism

Author: Andreas P.M. Weber, Phillip Westhoff, Marianne Tardif, Denis Falconet, Erika Guglielmino, Dagmar Lyska, Benoit Gallet, Giovanni Finazzi, Gilles Curien, Clément Hallopeau, Michele Carone, Davide Dal Bo, Claire Remacle, Johan Decelle, Sabine Brugière, Myriam Ferro, Janina Janetzko, Light Photosynthesis & Metabolism (Photosynthesis), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Cluster of Excellence on Plant Sciences (CEPLAS), Heinrich Heine Universität Düsseldorf = Heinrich Heine University [Düsseldorf]-Max Planck Institute for Plant Breeding Research (MPIPZ)-Universität zu Köln = University of Cologne, Etude de la dynamique des protéomes (EDyP), BioSanté (UMR BioSanté), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Photosymbiose, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), LIPID, Université de Liège, ARC grant (DARKMET proposal) for Concerted Research Actions (17/21-08), financed by the French Community of Belgium (Wallonia-Brussels Federation)., Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation) under Germany´s Excellence Strategy – EXC-2048/1 – project ID 390686111, ANR-17-CE05-0029,MoMix,Modélisation de la Mixotrophie chez l'algue extrêmophile Galdieria sulphuraria(2017), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), ANR-10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), European Project: 833184, ChloroMito, Martin-Laffon, Jacqueline, Modélisation de la Mixotrophie chez l'algue extrêmophile Galdieria sulphuraria - - MoMix2017 - ANR-17-CE05-0029 - AAPG2017 - VALID, Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology - - GRAL2010 - ANR-10-LABX-0049 - LABX - VALID, CBH-EUR-GS - - CBH-EUR-GS2017 - ANR-17-EURE-0003 - EURE - VALID, Infrastructure Française de Protéomique - - ProFI2010 - ANR-10-INBS-0008 - INBS - VALID, Chloroplast and Mitochondria interactions for microalgal acclimation - ChloroMito - 833184 - INCOMING, Universität zu Köln-Heinrich Heine Universität Düsseldorf = Heinrich Heine University [Düsseldorf]-Max Planck Institute for Plant Breeding Research (MPIPZ), and InBios/Phytosystems Research Unit, University of Liege
Subjects: Proteomics, 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, photorespiration, Physiology, Heterotroph, Plant Science, Photosynthesis, 7. Clean energy, 01 natural sciences, Galdieria sulphuraria, Extremophiles, 03 medical and health sciences, mixotrophy, Total inorganic carbon, Botany, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, red algae, photosynthesis, biology, Chemistry, Research, RuBisCO, Heterotrophic Processes, Carbon Dioxide, Full Papers, 15. Life on land, Carbon, 030104 developmental biology, Rhodophyta, biology.protein, Photorespiration, Energy source, Mixotroph, 010606 plant biology & botany
Abstract: Summary Galdieria sulphuraria is a cosmopolitan microalga found in volcanic hot springs and calderas. It grows at low pH in photoautotrophic (use of light as a source of energy) or heterotrophic (respiration as a source of energy) conditions, using an unusually broad range of organic carbon sources. Previous data suggested that G. sulphuraria cannot grow mixotrophically (simultaneously exploiting light and organic carbon as energy sources), its photosynthetic machinery being repressed by organic carbon.Here, we show that G. sulphuraria SAG21.92 thrives in photoautotrophy, heterotrophy and mixotrophy. By comparing growth, biomass production, photosynthetic and respiratory performances in these three trophic modes, we show that addition of organic carbon to cultures (mixotrophy) relieves inorganic carbon limitation of photosynthesis thanks to increased CO2 supply through respiration. This synergistic effect is lost when inorganic carbon limitation is artificially overcome by saturating photosynthesis with added external CO2.Proteomic and metabolic profiling corroborates this conclusion suggesting that mixotrophy is an opportunistic mechanism to increase intracellular CO2 concentration under physiological conditions, boosting photosynthesis by enhancing the carboxylation activity of Ribulose‐1,5‐bisphosphate carboxylase‐oxygenase (Rubisco) and decreasing photorespiration.We discuss possible implications of these findings for the ecological success of Galdieria in extreme environments and for biotechnological applications.
Published: 2021

17. Proteomics Evidence of a Systemic Response to Desiccation in the Resurrection Plant Haberlea rhodopensis

Author: Petko Mladenov, Diana Zasheva, Sébastien Planchon, Céline C. Leclercq, Denis Falconet, Lucas Moyet, Sabine Brugière, Daniela Moyankova, Magdalena Tchorbadjieva, Myriam Ferro, Norbert Rolland, Jenny Renaut, Dimitar Djilianov, Xin Deng, Institute of Botany [Beijing] (IB-CAS), Chinese Academy of Sciences [Beijing] (CAS), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Agrobioinstitute, Agricultural Academy Bulgaria, Bulgarian Academy of Sciences (BAS), Luxembourg Institute of Science and Technology (LIST), LIPID, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Dynamique du protéome et biogenèse du chloroplaste (ChloroGenesis), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Medical University of Sofia [Bulgarie], The Fonds National de la Recherche, Luxembourg (Project SMARTWALL C15/SR/10240550), CAS PRESIDENT’S INTERNATIONAL FELLOWSHIP INITIATIVE GRANT (2021PB0101), National Key R&D program of China (2021YFE0102600), Bulgarian Science Fund (KP06-H-41-IP-Kitai), ANR-10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), Martin-Laffon, Jacqueline, Infrastructure Française de Protéomique - - ProFI2010 - ANR-10-INBS-0008 - INBS - VALID, and CBH-EUR-GS - - CBH-EUR-GS2017 - ANR-17-EURE-0003 - EURE - VALID
Subjects: dehydrin, Organic Chemistry, drought stress, systems biology, General Medicine, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, Catalysis, Computer Science Applications, subcellular fractionation, [SDV.BV.BOT] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, Inorganic Chemistry, resurrection plant, proteomics, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Physical and Theoretical Chemistry, Molecular Biology, Spectroscopy
Abstract: International audience; Global warming and drought stress are expected to have a negative impact on agricultural productivity. Desiccation-tolerant species, which are able to tolerate the almost complete desiccation of their vegetative tissues, are appropriate models to study extreme drought tolerance and identify novel approaches to improve the resistance of crops to drought stress. In the present study, to better understand what makes resurrection plants extremely tolerant to drought, we performed transmission electron microscopy and integrative large-scale proteomics, including organellar and phosphorylation proteomics, and combined these investigations with previously published transcriptomic and metabolomics data from the resurrection plant Haberlea rhodopensis. The results revealed new evidence about organelle and cell preservation, posttranscriptional and posttranslational regulation, photosynthesis, primary metabolism, autophagy, and cell death in response to desiccation in H. rhodopensis. Different protective intrinsically disordered proteins, such as late embryogenesis abundant (LEA) proteins, thaumatin-like proteins (TLPs), and heat shock proteins (HSPs), were detected. We also found a constitutively abundant dehydrin in H. rhodopensis whose phosphorylation levels increased under stress in the chloroplast fraction. This integrative multi-omics analysis revealed a systemic response to desiccation in H. rhodopensis and certain targets for further genomic and evolutionary studies on DT mechanisms and genetic engineering towards the improvement of drought tolerance in crops.
Published: 2022

18. Actin network architecture can ensure robust centering or sensitive decentering of the centrosome

Author: Shohei Yamamoto, Jérémie Gaillard, Benoit Vianay, Christophe Guerin, Magali Orhant‐Prioux, Laurent Blanchoin, Manuel Théry, CytoMorphoLab, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Immunologie humaine, physiopathologie & immunothérapie (HIPI (UMR_S_976 / U976)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Fellowships from the EMBO (ALTF 652-2019), Astellas Foundation for research on metabolic disorders, Mochida memorial foundation for medical and pharmaceutical research, ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), European Project: 771599,ICEBERG, European Project: 741773,AAA, Martin-Laffon, Jacqueline, CBH-EUR-GS - - CBH-EUR-GS2017 - ANR-17-EURE-0003 - EURE - VALID, Exploration below the tip of the microtubule - ICEBERG - 771599 - INCOMING, and Adaptive Actin Architectures - AAA - 741773 - INCOMING
Subjects: Centrosome, General Immunology and Microbiology, synthetic cell, General Neuroscience, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, centrosome positioning, Microtubules, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Actins, Actin Cytoskeleton, MTOC, actin network, Molecular Biology, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Microtubule-Organizing Center, microtubule
Abstract: International audience; The orientation of cell polarity depends on the position of the centrosome, the main microtubule-organizing center (MTOC). Microtubules (MTs) transmit pushing forces to the MTOC as they grow against the cell periphery. How the actin network regulates these forces remains unclear. Here, in a cell-free assay, we used purified proteins to reconstitute the interaction of a microtubule aster with actin networks of various architectures in cell-sized microwells. In the absence of actin filaments, MTOC positioning was highly sensitive to variations in microtubule length. The presence of a bulk actin network limited microtubule displacement, and MTOCs were held in place. In contrast, the assembly of a branched actin network along the well edges centered the MTOCs by maintaining an isotropic balance of pushing forces. An anisotropic peripheral actin network caused the MTOC to decenter by focusing the pushing forces. Overall, our results show that actin networks can limit the sensitivity of MTOC positioning to microtubule length and enforce robust MTOC centering or decentering depending on the isotropy of its architecture.
Published: 2022

19. Use of Nanovesicles from Orange Juice to Reverse Diet-Induced Gut Modifications in Diet-Induced Obese Mice

Author: Berger, Emmanuelle, Colosetti, Pascal, Jalabert, Audrey, Meugnier, Emmanuelle, Wiklander, Oscar, Jouhet, Juliette, Errazuriz-Cerda, Elisabeth, Chanon, Stéphanie, Gupta, Dhanu, Rautureau, Gilles, Geloen, Alain, EL-Andaloussi, Samir, Panthu, Baptiste, Rieusset, Jennifer, Rome, Sophie, Martin-Laffon, Jacqueline, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Department of Laboratory Medicine, Karolinska Institutet, LIPID, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université de Lyon, Centre de RMN à très hauts champs de Lyon (CRMN), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Olga Tribalat Institute (France) Benjamin Delessert Institute (France) INRAe (France) INFRASTRUCTURES DE RECHERCHE Resonance Magnetique Nucleaire, Tres Hauts Champs Fr3050 CNRS (France), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)
Subjects: obesity, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, lcsh:QH426-470, lcsh:Cytology, MTP, diet-induced gut modifications, lcsh:Genetics, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, ANGPTL4, dietary supplement, lipid metabolism, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, villi size, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Original Article, edible plant, lcsh:QH573-671, jejunum, extracellular vesicles, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, triglycerides, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: We have determined whether orange juice-derived nanovesicles (ONVs) could be used for the treatment of obesity-associated intestinal complications. ONVs were characterized by lipidomic, metabolomic, electron microscopy. In vitro, intestinal barriers (IBs = Caco-2+HT-29-MTX) were treated with ONVs and co-cultured with adipocytes to monitor IB fat release. In vivo, obesity was induced with a high-fat, high-sucrose diet (HFHSD mice) for 12 weeks. Then, half of HFHSD mice were gavaged with ONVs. One-month ONV treatment did not modify HFHSD-induced insulin resistance but reversed diet-induced gut modifications. In the jejunum, ONVs increased villi size, reduced triglyceride content, and modulated mRNA levels of genes involved in immune response (tumor necrosis factor [TNF]-α and interleukin [IL]-1β), barrier permeability (CLDN1, OCLN, ZO1), fat absorption, and chylomicron release. ONVs targeted microsomal triglyceride transfer protein (MTP) and angiopoietin-like protein-4 (ANGPTL4), two therapeutic targets to reduce plasma lipids and inflammation in gastrointestinal diseases. Interestingly, ONV treatment did not aggravate liver steatosis, as MTP mRNA was increased in the liver. Therefore, ONVs protected both intestine and the liver from fat overload associated with the HFHSD. As ONVs concentrated amino acids and bioactive lipids versus orange juice, which are deficient in obese patients, the use of ONVs as a dietary supplement could bring physiological relevant compounds in the jejunum to accelerate the restoration of intestinal functions during weight loss in obese patients., Graphical Abstract, This study demonstrated that orange juice-derived nanovesicles (ONVs) reversed diet-induced gut modifications in mice. ONVs increased villi size, reduced triglyceride content, and modulated genes involved in the immune response, barrier permeability, fat absorption, and chylomicron release. ONVs also protected both intestine and liver from fat overload by targeting MTP and ANGPTL4.
Published: 2020

20. Flagella-like beating of actin bundles driven by self-organized myosin waves

Author: Marie Pochitaloff, Martin Miranda, Mathieu Richard, Atitheb Chaiyasitdhi, Yasuharu Takagi, Wenxiang Cao, Enrique M. De La Cruz, James R. Sellers, Jean-François Joanny, Frank Jülicher, Laurent Blanchoin, Pascal Martin, Laboratoire Physico-Chimie Curie [Institut Curie] (PCC), Institut Curie [Paris]-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Max Planck Institute for the Physics of Complex Systems (MPI-PKS), Max-Planck-Gesellschaft, National Heart, Lung, and Blood Institute [Bethesda] (NHLBI), Yale University [New Haven], Collège de France - Chaire Matière molle et biophysique, Collège de France (CdF (institution)), Technische Universität Dresden = Dresden University of Technology (TU Dresden), CytoMorphoLab, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Ecotaxie, microenvironnement et développement lymphocytaire (EMily (UMR_S_1160 / U1160)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), United States National Institutes of Health Grant R35-GM135656, ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), ANR-12-BSV5-0014,Contract,Nouveaux systèmes biomimétiques pour étudier la contractilité acto-myosine cellulaire(2012), ANR-21-CE30-0057,ActoMyoBeat,Auto-organisation d'un système acto-myosine minimal en faisceaux de filaments polaires ondulants périodiquement(2021), ANR-11-LABX-0038,CelTisPhyBio,Des cellules aux tissus: au croisement de la Physique et de la Biologie(2011), European Project: 741773,AAA, Martin-Laffon, Jacqueline, Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée - - France-BioImaging2010 - ANR-10-INBS-0004 - INBS - VALID, BLANC - Nouveaux systèmes biomimétiques pour étudier la contractilité acto-myosine cellulaire - - Contract2012 - ANR-12-BSV5-0014 - BLANC - VALID, Auto-organisation d'un système acto-myosine minimal en faisceaux de filaments polaires ondulants périodiquement - - ActoMyoBeat2021 - ANR-21-CE30-0057 - AAPG2021 - VALID, Des cellules aux tissus: au croisement de la Physique et de la Biologie - - CelTisPhyBio2011 - ANR-11-LABX-0038 - LABX - VALID, and Adaptive Actin Architectures - AAA - 741773 - INCOMING
Subjects: [PHYS.MECA.BIOM] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Biomechanics [physics.med-ph], General Physics and Astronomy, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, [PHYS.MECA.BIOM]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Biomechanics [physics.med-ph], [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology
Abstract: A fait l'objet d'un communiqué de presse CNRS - Institut Curie, le 9 août 2022:https://www.cnrs.fr/fr/auto-assemblage-moleculaire-reproduisant-le-mouvement-ondulatoire-des-flagelles-responsables-de-la; International audience; Wave-like beating of eukaryotic cilia and flagella—threadlike protrusions found in many cells and microorganisms—is a classic example of spontaneous mechanical oscillations in biology. This type of self-organized active matter raises the question of the coordination mechanism between molecular motor activity and cytoskeletal filament bending. Here we show that in the presence of myosin motors, polymerizing actin filaments self-assemble into polar bundles that exhibit wave-like beating. Importantly, filament beating is associated with myosin density waves initiated at twice the frequency of the actin-bending waves. A theoretical description based on curvature control of motor binding to the filaments and of motor activity explains our observations in a regime of high internal friction. Overall, our results indicate that the binding of myosin to actin depends on the actin bundle shape, providing a feedback mechanism between the myosin activity and filament deformations for the self-organization of large motor filament assemblies.
Published: 2022

21. JASPAR 2022: the 9th release of the open-access database of transcription factor binding profiles

Author: Aziz Khan, Damir Baranasic, Benoit Ballester, Ieva Rauluseviciute, Fayrouz Hammal, Klaas Vandepoele, Paul Boddie, Anthony Mathelier, Daniel Schmelter, Rafael Riudavets-Puig, Wyeth W. Wasserman, Jérémy Lucas, François Parcy, Oriol Fornes, Boris Lenhard, Laura Turchi, Romain Blanc-Mathieu, Jaime A. Castro-Mondragon, Albin Sandelin, Nicolás Manosalva Pérez, Roza Berhanu Lemma, Tiffany Y. Leung, Alejandro Aguirre, Centre for Molecular Medicine Norway (NCMM), Faculty of Medicine [Oslo], University of Oslo (UiO)-University of Oslo (UiO)-Rigshospitalet [Copenhagen], Copenhagen University Hospital-Copenhagen University Hospital, Régulateurs du développement de la fleur (Flo_RE ), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Stanford Cancer Institute - Stanford University School of Medicine, Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University, VIBUGent Center for Plant Systems Biology, BC Children's Hospital Research Institute [Vancouver, BC, Canada] (BCCHR), University of British Columbia (UBC), Theories and Approaches of Genomic Complexity (TAGC), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), UCSC Genome Browser, University of California Santa Cruz, MRC London Institute of Medical Sciences (LMC), Institute of Clinical Sciences, MRC Clinical Sciences Centre, Faculty of Medicine, Imperial College London, The Bioinformatics Centre, Department of Biology & Biotech Research and Innovation Centre, University of Copenhagen, Department of Medical Genetics, Institute of Clinical Medicine, University of Oslo and Oslo University Hospital, NorwegianResearch Council [187615] and [288404], South-Eastern Norway Regional Health Authority (Helse Sør-Øst), Canadian Institutes of Health Research [PJT-162120], Natural Sciences andEngineeringResearch Council of Canada (NSERC) Discovery Grant [RGPIN-2017-06824], Norwegian Cancer Society [197884], NHGRI (National Human Genome Research Institute) [5U41HG002371-20], BOFgrant from Ghent University [BOF24Y2019001901], Novo Nordisk Foundation [NNF20OC0059951, NNF19OC0058262], Danish Cancer Foundation [R204A12359], Danish Independent Research Fund [611000207B, 7014-00120B], Carlsberg Foundation, ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), European Project: MSCA-ITN 2018,pHioniC, Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Imperial College London, University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), University of Oslo (UiO), Martin-Laffon, Jacqueline, CBH-EUR-GS - - CBH-EUR-GS2017 - ANR-17-EURE-0003 - EURE - VALID, Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology - - GRAL2010 - ANR-10-LABX-0049 - LABX - VALID, and pH and Ion Transport in Pancreatic Cancer - pHioniC - MSCA-ITN 2018 - INCOMING
Subjects: AcademicSubjects/SCI00010, Genome browser, Biology, computer.software_genre, MOUSE, Genome, Bioconductor, Mice, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, ENRICHMENT ANALYSIS, Databases, Genetic, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Genetics, Animals, Humans, Database Issue, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Taxonomic rank, MOTIF DATABASE, Transcription factor, TFBSSHAPE, 030304 developmental biology, TOOLS, 0303 health sciences, Binding Sites, Database, Computational Biology, Biology and Life Sciences, Genomics, Structural classification, Plants, GENE, DNA SHAPE-FEATURES, Vertebrates, computer, Software, 030217 neurology & neurosurgery, Protein Binding, Transcription Factors
Abstract: JASPAR (http://jaspar.genereg.net/) is an open-access database containing manually curated, non-redundant transcription factor (TF) binding profiles for TFs across six taxonomic groups. In this 9th release, we expanded the CORE collection with 341 new profiles (148 for plants, 101 for vertebrates, 85 for urochordates, and 7 for insects), which corresponds to a 19% expansion over the previous release. We added 298 new profiles to the Unvalidated collection when no orthogonal evidence was found in the literature. All the profiles were clustered to provide familial binding profiles for each taxonomic group. Moreover, we revised the structural classification of DNA binding domains to consider plant-specific TFs. This release introduces word clouds to represent the scientific knowledge associated with each TF. We updated the genome tracks of TFBSs predicted with JASPAR profiles in eight organisms; the human and mouse TFBS predictions can be visualized as native tracks in the UCSC Genome Browser. Finally, we provide a new tool to perform JASPAR TFBS enrichment analysis in user-provided genomic regions. All the data is accessible through the JASPAR website, its associated RESTful API, the R/Bioconductor data package, and a new Python package, pyJASPAR, that facilitates serverless access to the data.
Published: 2021

22. The biochemical composition of the actomyosin network sets the magnitude of cellular traction forces

Author: Laurent Blanchoin, Laetitia Kurzawa, Timothée Vignaud, Somanna Kollimada, Fabrice Senger, Manuel Théry, CytoMorphoLab, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Clinique de Chirurgie Digestive et Endocrinienne [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Immunologie humaine, physiopathologie & immunothérapie (HIPI (UMR_S_976 / U976)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), ANR-14-CE11-0003,MaxForce,Maximiser la production de force: de la molécule au tissu(2014), ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), European Project: 741773,AAA, European Project: 771599,ICEBERG, Martin-Laffon, Jacqueline, Appel à projets générique - Maximiser la production de force: de la molécule au tissu - - MaxForce2014 - ANR-14-CE11-0003 - Appel à projets générique - VALID, CBH-EUR-GS - - CBH-EUR-GS2017 - ANR-17-EURE-0003 - EURE - VALID, Adaptive Actin Architectures - AAA - 741773 - INCOMING, Exploration below the tip of the microtubule - ICEBERG - 771599 - INCOMING, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)
Subjects: Cell Culture Techniques, Retinal Pigment Epithelium, macromolecular substances, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biology, Myosins, Focal adhesion, Protein filament, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Traction, Myosin, Molecular motor, Cell Adhesion, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Humans, Actinin, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Cell adhesion, Cytoskeleton, Molecular Biology, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Actin, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Focal Adhesions, Microscopy, Cell Biology, Articles, Actomyosin, Vinculin, Actins, Biomechanical Phenomena, biology.protein, Biophysics, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; The regulation of cellular force production relies on the complex interplay between a well-conserved set of proteins of the cytoskeleton: actin, myosin, and α-actinin. Despite our deep knowledge of the role of these proteins in force production at the molecular scale, our understanding of the biochemical regulation of the magnitude of traction forces generated at the entire-cell level has been limited, notably by the technical challenge of measuring traction forces and the endogenous biochemical composition in the same cell. In this study, we developed an alternative Traction-Force Microscopy (TFM) assay, which used a combination of hydrogel micropatterning to define cell adhesion and shape and an intermediate fixation/immunolabeling step to characterize strain energies and the endogenous protein contents in single epithelial cells. Our results demonstrated that both the signal intensity and the area of the Focal Adhesion (FA)–associated protein vinculin showed a strong positive correlation with strain energy in mature FAs. Individual contents from actin filament and phospho-myosin displayed broader deviation in their linear relationship to strain energies. Instead, our quantitative analyzes demonstrated that their relative amount exhibited an optimum ratio of phospho-myosin to actin, allowing maximum force production by cells. By contrast, although no correlation was identified between individual α-actinin content and strain energy, the ratio of α-actinin to actin filaments was inversely related to strain energy. Hence, our results suggest that, in the cellular model studied, traction-force magnitude is dictated by the relative numbers of molecular motors and cross-linkers per actin filament, rather than the amounts of an individual component in the cytoskeletal network. This assay offers new perspectives to study in more detail the complex interplay between the endogenous biochemical composition of individual cells and the force they produce.
Published: 2021

23. Kinesin-6 Klp9 orchestrates spindle elongation by regulating microtubule sliding and growth

Author: Carlos Kikuti, Manuel Théry, Anne Houdusse, Laurent Blanchoin, Liang Ji, Phong T. Tran, Matthieu Gélin, Lara Katharina Krüger, Biologie Cellulaire et Cancer, Institut Curie [Paris]-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunologie humaine, physiopathologie & immunothérapie (HIPI (UMR_S_976 / U976)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), CytoMorphoLab, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Department of Cell and Developmental Biology, University of Pennsylvania, University of Pennsylvania, Fondation ARC pour la Recherche sur le Cancer, INCA (Institut National du Cancer), Ligue Contre le Cancer, European Project: 771599,ICEBERG, Martin-Laffon, Jacqueline, Exploration below the tip of the microtubule - ICEBERG - 771599 - INCOMING, Compartimentation et dynamique cellulaires (CDC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), University of Pennsylvania [Philadelphia], Centre de recherche de l'Institut Curie [Paris], Institut Curie [Paris], Pennsylvania State University (Penn State), and Penn State System
Subjects: 0301 basic medicine, Time Factors, [SDV]Life Sciences [q-bio], Kinesins, Microtubules, 0302 clinical medicine, Gene Expression Regulation, Fungal, cell biology, Biology (General), Anaphase, biology, Chemistry, General Neuroscience, Molecular Motor Proteins, General Medicine, Microtubule sliding, Kinesin-6, Cell biology, Meiosis, mitotic spindle, microtubule sliding, Kinesin, Medicine, Microtubule-Associated Proteins, Signal Transduction, Research Article, QH301-705.5, Science, microtubule polymerisation, Spindle Apparatus, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Spindle elongation, 03 medical and health sciences, Microtubule, Schizosaccharomyces, Mitosis, XMAP215, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, mitosis, General Immunology and Microbiology, Spindle apparatus, 030104 developmental biology, Tubulin, biology.protein, Schizosaccharomyces pombe Proteins, 030217 neurology & neurosurgery, S. pombe
Abstract: Mitotic spindle function depends on the precise regulation of microtubule dynamics and microtubule sliding. Throughout mitosis, both processes have to be orchestrated to establish and maintain spindle stability. We show that during anaphase B spindle elongation in Schizosaccharomyces pombe, the sliding motor Klp9 (kinesin-6) also promotes microtubule growth in vivo. In vitro, Klp9 can enhance and dampen microtubule growth, depending on the tubulin concentration. This indicates that the motor is able to promote and block tubulin subunit incorporation into the microtubule lattice in order to set a well-defined microtubule growth velocity. Moreover, Klp9 recruitment to spindle microtubules is dependent on its dephosphorylation mediated by XMAP215/Dis1, a microtubule polymerase, creating a link between the regulation of spindle length and spindle elongation velocity. Collectively, we unravel the mechanism of anaphase B, from Klp9 recruitment to the motors dual-function in regulating microtubule sliding and microtubule growth, allowing an inherent coordination of both processes.
Published: 2021

24. MICAL2 enhances branched actin network disassembly by oxidizing Arp3B-containing Arp2/3 complexes

Author: Christophe Guérin, Pavithra Singaravelu, Laurent Blanchoin, Naoko Kogata, Svend Kjaer, Davide Carra, Michael Way, Chiara Galloni, Jasmine V. Abella, David J. Barry, The Francis Crick Institute, Cellular Signalling and Cytoskeletal Function Laboratory, The Francis Crick Institute, Structural Biology Science Technology Platform, CytoMorphoLab, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), CytoMorphoLab UMR976 HIPI, CEA, INSERM, Université de Paris, Paris, France, The Francis Crick Institute, Advanced Light Microscopy Facility, Imperial College, Department of infectious diseases, Cancer Research UK (FC001209), UK Medical Research Council (FC001209), Wellcome Trust (FC001209) funding at the Francis Crick Institute, European Project: Grant 810207, European Project: 741773,AAA, Martin-Laffon, Jacqueline, European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme (grant 810207) - Grant 810207 - INCOMING, Adaptive Actin Architectures - AAA - 741773 - INCOMING, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Gene isoform, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, macromolecular substances, Biochemistry, Article, Actin-Related Protein 2-3 Complex, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Oxidizing agent, Threonine, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Actin, Cytoskeleton, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Methionine, biology, Cell Biology, Monooxygenase, Actins, Glutamine, Actin Cytoskeleton, chemistry, biology.protein, Biophysics, 030217 neurology & neurosurgery, Cortactin
Abstract: Galloni, Carra, et al. demonstrate that Arp3B isoform–specific Arp2/3 complexes generate branched actin networks with faster disassembly kinetics. This increased turnover is due to oxidation of Met293 of Arp3B by the methionine monooxygenase MICAL2, which is recruited to the branched actin network by coronin 1C., The mechanisms regulating the disassembly of branched actin networks formed by the Arp2/3 complex still remain to be fully elucidated. In addition, the impact of Arp3 isoforms on the properties of Arp2/3 are also unexplored. We now demonstrate that Arp3 and Arp3B isocomplexes promote actin assembly equally efficiently but generate branched actin networks with different disassembly rates. Arp3B dissociates significantly faster than Arp3 from the network, and its depletion increases actin stability. This difference is due to the oxidation of Arp3B, but not Arp3, by the methionine monooxygenase MICAL2, which is recruited to the actin network by coronin 1C. Substitution of Arp3B Met293 by threonine, the corresponding residue in Arp3, increases actin network stability. Conversely, replacing Arp3 Thr293 with glutamine to mimic Met oxidation promotes disassembly. The ability of MICAL2 to enhance network disassembly also depends on cortactin. Our observations demonstrate that coronin 1C, cortactin, and MICAL2 act together to promote disassembly of branched actin networks by oxidizing Arp3B-containing Arp2/3 complexes.
Published: 2021

25. Self-repair protects microtubules from destruction by molecular motors

Author: Samara L. Reck-Peterson, Sarah Triclin, Emmanuel Derivery, Jérémie Gaillard, Laurent Blanchoin, Morgan E. DeSantis, Laura Schaedel, Karin John, Zaw Min Htet, Didier Portran, Charlotte Aumeier, Christophe Leterrier, Manuel Théry, Daisuke Inoue, CytoMorphoLab, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Kyushu University [Fukuoka], University of California [San Diego] (UC San Diego), University of California, Centre de recherche en Biologie Cellulaire (CRBM), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MRC Laboratory of Molecular Biology [Cambridge, UK] (LMB), University of Cambridge [UK] (CAM)-Medical Research Council, Université de Genève (UNIGE), Laboratoire Interdisciplinaire de Physique [Saint Martin d’Hères] (LIPhy ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de neurophysiopathologie (INP), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Janelia Research Campus [Ashburn] (HHMI Janelia), Howard Hughes Medical Institute (HHMI), Immunologie humaine, physiopathologie & immunothérapie (HIPI (UMR_S_976 / U976)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Howard Hughes Medical Institute, IRTELIS PhD programme from the CEA, ANR-18-CE13-0001,APERTuRe,Une nouvelle perspective sur la régulation des microtubules(2018), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), European Project: 741773,AAA, European Project: 771599,ICEBERG, Martin-Laffon, Jacqueline, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Une nouvelle perspective sur la régulation des microtubules - - APERTuRe2018 - ANR-18-CE13-0001 - AAPG2018 - VALID, Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology - - GRAL2010 - ANR-10-LABX-0049 - LABX - VALID, CBH-EUR-GS - - CBH-EUR-GS2017 - ANR-17-EURE-0003 - EURE - VALID, Adaptive Actin Architectures - AAA - 741773 - INCOMING, Exploration below the tip of the microtubule - ICEBERG - 771599 - INCOMING, Kyushu University, University of California (UC), Centre de recherche en Biologie cellulaire de Montpellier (CRBM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)
Subjects: Microtubule disassembly, Movement, Dimer, 02 engineering and technology, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, 010402 general chemistry, Microtubules, Models, Biological, 01 natural sciences, Article, chemistry.chemical_compound, Microtubule, ATP hydrolysis, Molecular motor, General Materials Science, [PHYS.MECA.BIOM]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Biomechanics [physics.med-ph], [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, biology, Chemistry, Molecular Motor Proteins, Mechanical Engineering, Self repair, [PHYS.MECA.BIOM] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Biomechanics [physics.med-ph], General Chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, Condensed Matter Physics, 0104 chemical sciences, Coupling (electronics), Tubulin, Mechanics of Materials, ddc:540, biology.protein, Biophysics, 0210 nano-technology
Abstract: International audience; Microtubule instability stems from the low energy of tubulin dimer interactions, which sets the growing polymer close to its disassembly conditions. Molecular motors use ATP hydrolysis to produce mechanical work and move on microtubules. This raises the possibility that the mechanical work produced by walking motors can break dimer interactions and trigger microtubule disassembly. We tested this hypothesis by studying the interplay between microtubules and moving molecular motors in vitro. Our results show that molecular motors can remove tubulin dimers from the lattice and rapidly destroy microtubules. We also found that dimer removal by motors was compensated for by the insertion of free tubulin dimers into the microtubule lattice. This self-repair mechanism allows microtubules to survive the damage induced by molecular motors as they move along their tracks. Our study reveals the existence of coupling between the motion of molecular motors and the renewal of the microtubule lattice.
Published: 2021

26. Physical properties of the cytoplasm modulate the rates of microtubule polymerization and depolymerization

Author: Arthur T. Molines, Joël Lemière, Morgan Gazzola, Ida Emilie Steinmark, Claire H. Edrington, Chieh-Ting Hsu, Paula Real-Calderon, Klaus Suhling, Gohta Goshima, Liam J. Holt, Manuel Thery, Gary J. Brouhard, Fred Chang, Departments of Cell & Tissue Biology and Medicine, University of California [San Francisco] (UC San Francisco), University of California (UC)-University of California (UC), Marine Biological Laboratory, Woods Hole, Massachusetts, USA, CytoMorphoLab, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Department of Physics, King's College London, Department of Biology [McGill University], McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Department of Physics [McGill University], Sugashima Marine Biological Laboratory, Nagoya University, New York University Langone Health, Institute for Systems Genetics, Université de Paris, INSERM, CEA, Institut de Recherche Saint Louis, U 976, Grants NIH GM115185, NIH GM056836, NIH GM146438, NIH GM132447, NIH CA240765, American Cancer Society RSG-19-073-01-TBE, Pershing Square Sohn Cancer Award, Chan Zuckerberg Initiative, JSPS KAKENHI 17H06471 and 18KK0202, UK’s Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) grant BB/R004803/1, European Project: 771599,ICEBERG, Martin-Laffon, Jacqueline, and Exploration below the tip of the microtubule - ICEBERG - 771599 - INCOMING
Subjects: MESH: Cell Nucleus, Cytoplasm, fission yeast Schizosaccharomyces pombe, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Spindle Apparatus, Microtubules, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Article, Polymerization, microtubules, MESH: Interphase, Cytosol, Schizosaccharomyces, MESH: Spindle Apparatus, Molecular Biology, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Interphase, mitosis, Cell Nucleus, density, MESH: Microtubules, MESH: Cytoplasm, diffusion, MESH: Schizosaccharomyces pombe Proteins, Cell Biology, cytoskeleton dynamics, crowding, MESH: Polymerization, MESH: Schizosaccharomyces, viscosity, cytoplasm, rheology, Schizosaccharomyces pombe Proteins, Developmental Biology
Abstract: International audience; The cytoplasm is a crowded, visco-elastic environment whose physical properties change according to physiological or developmental states. How the physical properties of the cytoplasm impact cellular functions in vivo remains poorly understood. Here, we probe the effects of cytoplasmic concentration on microtubules by applying osmotic shifts to fission yeast, moss, and mammalian cells. We show that the rates of both microtubule polymerization and depolymerization scale linearly and inversely with cytoplasmic concentration; an increase in cytoplasmic concentration decreases the rates of microtubule polymerization and depolymerization proportionally, whereas a decrease in cytoplasmic concentration leads to the opposite. Numerous lines of evidence indicate that these effects are due to changes in cytoplasmic viscosity rather than cellular stress responses or macromolecular crowding per se. We reconstituted these effects on microtubules in vitro by tuning viscosity. Our findings indicate that, even in normal conditions, the viscosity of the cytoplasm modulates the reactions that underlie microtubule dynamic behaviors.
Published: 2021

27. Les actinides leur interaction avec les processus biologiques: où en sommes-nous?

Author: Claude Alban, Jean Aupiais, Maria Rosa Beccia, Catherine Berthomieu, Damien Bourgeois, Jacques Bourguignon, Carole Bresson, Carles, Georges F., Virginie Chapon, Gaelle Creff, Pascale Delangle, Christophe Den Auwer, Christophe Di Giorgio, Thomas Dumas, Philippe Guilbaud, Agnes Hagege, Veronique Malard, Philippe Moisy, Eduardo Paredes, Valérie Pierrefite-Carle, Stephane Ravanel, Sabine Santucci-Darmanin, Sandrine Sauge-Merle, Bruno Siberchicot, Pier Lorenzo Solari, Anne van der Meeren, Claude Vidaud, Plantes, Stress & Métaux (MetalStress), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), DAM Île-de-France (DAM/DIF), Direction des Applications Militaires (DAM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Chimie de Nice (ICN), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Interactions Protéine Métal (IPM), Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Systèmes HYbrides pour la Séparation (LHyS), Institut de Chimie Séparative de Marcoule (ICSM - UMR 5257), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Service d'études analytiques et de réactivité des surfaces (SEARS), Département de Physico-Chimie (DPC), CEA-Direction des Energies (ex-Direction de l'Energie Nucléaire) (CEA-DES (ex-DEN)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-CEA-Direction des Energies (ex-Direction de l'Energie Nucléaire) (CEA-DES (ex-DEN)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, UMR E4320 (TIRO-MATOs), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Côte d'Azur (UCA), SYstèmes Moléculaires et nanoMatériaux pour l’Energie et la Santé (SYMMES), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Département Interfaces pour l'énergie, la Santé et l'Environnement (DIESE), Département de recherche sur les procédés pour la mine et le recyclage du combustible (DMRC), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Radiotoxicologie (LRT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), CEA Marcoule, Bagnols-sur-Ceze, France, Programme de Toxicologie nucléaire du CEA, Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Martin-Laffon, Jacqueline
Subjects: [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2021

28. ChloroKB, a cell metabolism reconstruction of the model plant Arabidopsis thaliana

Author: Pauline Gloaguen, Yves Vandenbrouck, Gilles Curien, Jacques Joyard, Light Photosynthesis & Metabolism (Photosynthesis), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), and Martin-Laffon, Jacqueline
Subjects: 0106 biological sciences, Chloroplasts, [SDV]Life Sciences [q-bio], Arabidopsis, Metabolic network, Computational biology, MESH: Arabidopsis Proteins, 01 natural sciences, Mesophyll Cell, Chloroplast, Modelling, [SDV.BV.BOT] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, Knowledge base, Plant cell, 03 medical and health sciences, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Arabidopsis thaliana, MESH: Arabidopsis, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Plant metabolism, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, MESH: Chloroplasts, biology, Arabidopsis Proteins, food and beverages, General Medicine, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, biology.organism_classification, Cell metabolism, Metabolism, MESH: Metabolic Networks and Pathways, Metabolic Networks and Pathways, 010606 plant biology & botany
Abstract: Can we understand how plant cell metabolism really works? An integrated large-scale modelling of plant metabolism predictive model would make possible to analyse the impact of disturbances in environmental conditions on cellular functioning and diversity of plant-made molecules of interest. ChloroKB, a Web application initially developed for exploration of Arabidopsis chloroplast metabolic network now covers Arabidopsis mesophyll cell metabolism. Interconnected metabolic maps show subcellular compartments, metabolites, proteins, complexes, reactions, and transport. Data in ChloroKB have been structured to allow for mathematical modelling and will be used as a reference for modelling work dedicated to a particular issue., Peut-on comprendre comment fonctionne réellement le métabolisme des cellules végétales ? Un modèle prédictif intégré à grande échelle du métabolisme des plantes permettrait d’analyser l’impact des perturbations des conditions environnementales sur le fonctionnement cellulaire et la diversité des molécules d’intérêt fabriquées par les plantes. ChloroKB, une application Web initialement développée pour l’exploration du réseau métabolique du chloroplaste d’Arabidopsis, couvre désormais le métabolisme des cellules du mésophylle d’Arabidopsis. Des cartes métaboliques interconnectées décrivent les compartiments subcellulaires, les métabolites, les protéines, les complexes, les réactions et le transport. Les données de ChloroKB ont été structurées pour permettre la modélisation mathématique et seront utilisées comme référence pour les travaux de modélisation consacrés à une question particulière.
Published: 2021

29. Measurement of Lipid Transport in Mitochondria by the MTL Complex

Author: Morgane Michaud, Juliette Jouhet, Valérie Gros, LIPID, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Martin-Laffon, Jacqueline, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: Arabidopsis thaliana, CN-PAGE, Cell, Mitochondrion, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Organelle, medicine, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Plastid, lipid transfer, MTL complex, Lipid Transport, 030304 developmental biology, mass spectrometry, 0303 health sciences, biology, Chemistry, food and beverages, Plant, biology.organism_classification, Transmembrane protein, Mitochondrial Transmembrane Lipoprotein complex, Cell biology, mitochondria, medicine.anatomical_structure, Membrane biogenesis, lipids (amino acids, peptides, and proteins), 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; Membrane biogenesis requires an extensive traffic of lipids between different cell compartments. Two main pathways, the vesicular and non-vesicular pathways, are involved in such a process. Whereas the mechanisms involved in vesicular trafficking are well understood, fewer is known about non-vesicular lipid trafficking, particularly in plants. This pathway involves the direct exchange of lipids at membrane contact sites (MCSs) between organelles. In plants, an extensive traffic of the chloroplast-synthesized digalactosyldiacylglycerol (DGDG) to mitochondria occurs during phosphate starvation. This lipid exchange occurs by non-vesicular trafficking pathways at MCSs between mitochondria and plastids. By a biochemical approach, a mitochondrial lipoprotein super-complex called MTL (Mitochondrial Transmembrane Lipoprotein complex) involved in mitochondria lipid trafficking has been identified in Arabidopsis thaliana. This protocol describes the method to isolate the MTL complex and to study the implication of a component of this complex (AtMic60) in mitochondria lipid trafficking.
Published: 2019

30. L’affaire Séralini. L’impasse d’une science militante

Author: Kuntz, Marcel, Martin-Laffon, Jacqueline, Dynamique du protéome et biogenèse du chloroplaste (ChloroGenesis), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology
Abstract: International audience
Published: 2019

31. Meta-omics reveals genetic flexibility of diatom nitrogen transporters in response to environmental changes

Author: Greta Busseni1, Fabio Rocha Jimenez Vieira2, Alberto Amato3, Eric Pelletier4, 5, Juan J. Pierella Karlusich2, Maria I. Ferrante1, Patrick Wincker4, Alessandra Rogato1, 6, Chris Bowler2, Remo Sanges1, 7, Luigi Maiorano1, 8, Maurizio Chiurazzi6, Maurizio Ribera d'Alcalà1, Luigi Caputi1, Daniele Iudicone1, Stazione Zoologica Anton Dohrn (SZN), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIPID, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans (GOSEE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Aix Marseille Université (AMU)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université de Toulon (UTLN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay)-European Molecular Biology Laboratory (EMBL)-École Centrale de Nantes (Nantes Univ - ECN), Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Université australe du Chili, Institute of Biosciences and Bioresources, CNR, Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati / International School for Advanced Studies (SISSA / ISAS), Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome] (UNIROMA), Veolia Environment Foundation, Region Bretagne, World Courier, Illumina, Cap L'Orient, the EDF Foundation EDF Diversiterre, FRB, the Prince Albert II de Monaco Foundation, Etienne Bourgois, the Fonds Français pour l'Environnement Mondial, ANR-11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-11-IDEX-0001,Amidex,INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE(2011), Stazione Zoologica Anton Dohrn, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Tara Oceans-GOSEE (FR2022), Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' [Rome], ANR-11-BTBR-0008/11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR: ANR-10-INBS-09-08,The 'France Génomique' consortium, ANR-11-IDEX-0001-02,PSL Research University, Martin-Laffon, Jacqueline, Biotech - Bioressources - Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques - - OCEANOMICS2011 - ANR-11-BTBR-0008 - BTBR - VALID, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE - - Amidex2011 - ANR-11-IDEX-0001 - IDEX - VALID, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), and Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome]
Subjects: 0106 biological sciences, Ocean, nitrogen transporters, Metatranscriptome, Tara Oceans, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, diatoms, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Nutrient, Water column, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Nitrate, Phylogenetics, meta-omics, machine learning, Phytoplankton, Genetics, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.EE.ECO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Gene family, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, 14. Life underwater, Di NRT2, TARA, Molecular Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Discoveries, Phylogeny, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Ecology, fungi, biology.organism_classification, Diatom, chemistry, Di AMT1, Metagenomics, Nutrient transport, Metagenome, Gene expression, Nitrogen uptake, Settore BIO/03 - Botanica Ambientale e Applicata
Abstract: Diatoms (Bacillariophyta), one of the most abundant and diverse groups of marine phytoplankton, respond rapidly to the supply of new nutrients, often out-competing other phytoplankton. Herein, we integrated analyses of the evolution, distribution, and expression modulation of two gene families involved in diatom nitrogen uptake (DiAMT1 and DiNRT2), in order to infer the main drivers of divergence in a key functional trait of phytoplankton. Our results suggest that major steps in the evolution of the two gene families reflected key events triggering diatom radiation and diversification. Their expression is modulated in the contemporary ocean by seawater temperature, nitrate, and iron concentrations. Moreover, the differences in diversity and expression of these gene families throughout the water column hint at a possible link with bacterial activity. This study represents a proof-of-concept of how a holistic approach may shed light on the functional biology of organisms in their natural environment.
Published: 2019

32. Algal remodeling in a ubiquitous planktonic photosymbiosis

Author: Josselin Lupette, Rémi Tucoulou, Pierre-Henri Jouneau, Juliette Jouhet, Johan Decelle, Sophie Marro, Yannick Schwab, Sergio Balzano, Hans H. Richnow, Giovanni Finazzi, Benoit Gallet, Giulia Veronesi, Niculina Musat, Eric Maréchal, Matthias Schmidt, Nicole L. Schieber, Clarisse Uwizeye, Hryhoriy Stryhanyuk, Light Photosynthesis & Metabolism (Photosynthesis), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Helmholtz Centre for Environmental Research, Department of Isotope Biogeochemistry (UFZ), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Synchrotron Radiation Facility (ESRF), Groupe modélisation et chimie théorique (MCT), Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Royal Netherlands Institute for Sea Research (NIOZ), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIPID, Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA ), Modélisation et Exploration des Matériaux (MEM), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de génétique et biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cell Biology and Biophysics Unit, European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL), Helmholtz Association, The electron microscope facility is supported by the Rhoˆ ne-Alpes Region, the Fondation Recherche Medicale (FRM), the fonds FEDER, the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the CEA, the University of Grenoble Alpes (UGA), EMBL, and the GIS-Infrastrutures en Biologie Sante et Agronomie (IBISA), RGP0052 HFSP grant, CEA_DRF_impulsion (Fib-Bio) grant, ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-10-INBS-0002,EMBRC-France,CENTRE NATIONAL DE RESSOURCES BIOLOGIQUES MARINES(2010), ANR-11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR-15-IDEX-0002,UGA,IDEX UGA(2015), European Project: 658442,H2020,H2020-MSCA-IF-2014,MINOTAUR(2016), European Project: EFRE, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA), Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-10- LABX-49-01,Labex GRAL,Labex GRAL, ANR-10-INBS-02-01/10-INBS-0002,EMBRC-France,CENTRE NATIONAL DE RESSOURCES BIOLOGIQUES MARINES(2010), ANR-11-BTBR-0008/11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR-15-IDEX-02,DATA@UGA,Grenoble Alpes Data Institute(2016), Martin-Laffon, Jacqueline, Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology - - GRAL2010 - ANR-10-LABX-0049 - LABX - VALID, Infrastructures - CENTRE NATIONAL DE RESSOURCES BIOLOGIQUES MARINES - - EMBRC-France2010 - ANR-10-INBS-0002 - INBS - VALID, Biotech - Bioressources - Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques - - OCEANOMICS2011 - ANR-11-BTBR-0008 - BTBR - VALID, IDEX UGA - - UGA2015 - ANR-15-IDEX-0002 - IDEX - VALID, Metabolic interactions in oceanic photosymbioses - MINOTAUR - - H20202016-01-01 - 2017-12-31 - 658442 - VALID, and European Regional Development Funds - Europe fonds Saxony - EFRE - INCOMING
Subjects: 0301 basic medicine, mass spectrometry imaging, Photosynthesis, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Haptophyte, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, eukaryotes, Algae, Symbiosis, Botany, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Plastid, plastid, Cell Size, Trophic level, Phaeocystis, photosynthesis, biology, plankton, fungi, Haptophyta, food and beverages, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, Plankton, Metal homeostasis, biology.organism_classification, microalga, 3D electron microscopy, symbiosis, Rhizaria, 030104 developmental biology, Thylakoid, General Agricultural and Biological Sciences, single-cell imaging, Cell Division, 030217 neurology & neurosurgery, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; Photosymbiosis between single-celled hosts and microalgae is common in oceanic plankton, especially in oligotrophic surface waters. However, the functioning of this ecologically important cell-cell interaction and the subcellular mechanisms allowing the host to accommodate and benefit from its microalgae remain enigmatic. Here, using a combination of quantitative single-cell structural and chemical imaging techniques (FIB-SEM, nanoSIMS, Synchrotron X-ray fluorescence), we show that the structural organization, physiology, and trophic status of the algal symbionts (the haptophyte Phaeocystis) significantly change within their acantharian hosts compared to their free-living phase in culture. In symbiosis, algal cell division is blocked, photosynthesis is enhanced, and cell volume is increased by up to 10-fold with a higher number of plastids (from 2 to up to 30) and thylakoid membranes. The multiplication of plastids can lead to a 38-fold increase of the total plastid volume in a cell. Subcellular mapping of nutrients (nitrogen and phosphorous) and their stoichiometric ratios shows that symbiotic algae are impoverished in phosphorous and suggests a higher investment in energy-acquisition machinery rather than in growth. Nanoscale imaging also showed that the host supplies a substantial amount of trace metals (e.g., iron and cobalt), which are stored in algal vacuoles at high concentrations (up to 660 ppm). Sulfur mapping reveals a high concentration in algal vacuoles that may be a source of antioxidant molecules. Overall, this study unveils an unprecedented morphological and metabolic transformation of microalgae following their integration into a host, and it suggests that this widespread symbiosis is a farming strategy wherein the host engulfs and exploits microalgae.
Published: 2019

33. L’histoire secrète des fleurs. Collection « Comment a-t-on-su? »

Author: Parcy, Francois, Régulateurs du développement de la fleur (Flo_RE), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Etienne Klein, Martin-Laffon, Jacqueline, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2019

34. Acto-myosin network geometry defines centrosome position

Author: Michel Bornens, Ana Joaquina Jimenez, Robert D. Goldman, Chiara De Pascalis, Laurent Blanchoin, Matthieu Piel, Gaëlle Letort, Manuel Théry, Benoit Vianay, CytoMorphoLab, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA), Immunologie humaine, physiopathologie & immunothérapie (HIPI (UMR_S_976 / U976)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Cellulaire et Cancer, Institut Curie [Paris]-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pierre Gilles de Gennes, Universite Paris Saclay, European Project: 741773,AAA, European Project: 771599,ICEBERG, Martin-Laffon, Jacqueline, Adaptive Actin Architectures - AAA - 741773 - INCOMING, Exploration below the tip of the microtubule - ICEBERG - 771599 - INCOMING, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)
Subjects: 0301 basic medicine, Dynein, myosin, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Myosins, Biology, Microtubules, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Position (vector), Microtubule, Cell polarity, Myosin, medicine, Cell adhesion, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Actin, 030304 developmental biology, Physics, 0303 health sciences, dynein, nucleus, Dyneins, contraction, Actins, cell polarity, centrosome, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, branched actin network, actin bundles, Centrosome, Biophysics, General Agricultural and Biological Sciences, Nucleus, cytoplast, 030217 neurology & neurosurgery, microtubule
Abstract: International audience; The centrosome is the main organizer of microtubules and as such, its position is a key determinant of polarized cell functions. As the name says, the default position of the centrosome is considered to be the cell geometrical center. However, the mechanism regulating centrosome positioning is still unclear and often confused with the mechanism regulating the position of the nucleus to which it is linked. Here, we used enucleated cells plated on adhesive micropatterns to impose regular and precise geometrical conditions to centrosome-microtubule networks. Although frequently observed there, the equilibrium position of the centrosome is not systematically at the cell geometrical center and can be close to cell edge. Centrosome positioning appears to respond accurately to the architecture and anisotropy of the actin network, which constitutes, rather than cell shape, the actual spatial boundary conditions the microtubule network is sensitive to. We found that the contraction of the actin network defines a peripheral margin in which microtubules appear bent by compressive forces. The progressive disassembly of the actin network at distance from the cell edges defines an inner zone where actin bundles were absent, where microtubules were more radially organized and where dynein concentration was higher. We further showed that the production of dynein-based forces on microtubules places the centrosome at the center of this zone. In conclusion, the spatial distribution of cell adhesion and the production of contractile forces define the architecture of the actin network with respect to which the centrosome-microtubule network is centered.
Published: 2021

35. Actin nucleation at the centrosome controls lymphocyte polarity

Author: Ana-Maria Lennon-Duménil, Pablo J. Sáez, Laurent Blanchoin, Odile Malbec, Manuel Théry, Maria-Isabel Yuseff, Mathieu Maurin, Alexis Gautreau, Damarys Loew, Jérémie Gaillard, Dorian Obino, Florent Dingli, Francesca Farina, Immunité et cancer (U932), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire de Spectrométrie de Masse Protéomique, Institut Curie [Paris], Laboratoire de Biochimie de l'Ecole polytechnique (BIOC), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Departamento de Biologia Celular y Molecular, Pontificia Universidad Catolica de Chile, research grant from FONDECYT No. 1141182, ANR-12-BSV3-0014,PoLyBEX,Regulation de la réponse humorale par la polarité cellulaire et l'exocytose(2012), ANR-12-BSV5-0004,MITOTUBES,Disséquer la Dynamique des Microtubules en Mitose par Reconstitution de Sous-Modules du Fuseau(2012), European Project: 243103,EC:FP7:ERC,ERC-2009-StG,STRAPACEMI(2009), European Project: 310472,EC:FP7:ERC,ERC-2012-StG_20111109,SPICY(2012), Martin-Laffon, Jacqueline, BLANC - Regulation de la réponse humorale par la polarité cellulaire et l'exocytose - - PoLyBEX2012 - ANR-12-BSV3-0014 - BLANC - VALID, BLANC - Disséquer la Dynamique des Microtubules en Mitose par Reconstitution de Sous-Modules du Fuseau - - MITOTUBES2012 - ANR-12-BSV5-0004 - BLANC - VALID, Spatio-temporal regulation of antigen presentation and cell migration - STRAPACEMI - - EC:FP7:ERC2009-12-01 - 2015-11-30 - 243103 - VALID, Spatial Integration in Cell Cytoskeleton - SPICY - - EC:FP7:ERC2012-12-01 - 2017-11-30 - 310472 - VALID, Pontificia Universidad Católica de Chile (UC), Institut Curie-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut Curie, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X), and Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, cell division, Immunological Synapses, Proteome, Cell division, cell migration, LINC complex, Science, Down-Regulation, Receptors, Antigen, B-Cell, General Physics and Astronomy, Centrosome cycle, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, macromolecular substances, Biology, Lymphocyte Activation, Actin-Related Protein 2-3 Complex, Article, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Cell Line, Immunological synapse, Mice, 03 medical and health sciences, Cell polarity, Animals, Lymphocytes, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Actin, Actin nucleation, Cell Nucleus, Centrosome, Multidisciplinary, Centrosome associated protein, General Chemistry, actin associated protein, Actins, Cell biology, cell polarity, 030104 developmental biology, centrosome polarization, biological phenomena, cell phenomena, and immunity, Arp2/3, actin nucleation
Abstract: Cell polarity is required for the functional specialization of many cell types including lymphocytes. A hallmark of cell polarity is the reorientation of the centrosome that allows repositioning of organelles and vesicles in an asymmetric fashion. The mechanisms underlying centrosome polarization are not fully understood. Here we found that in resting lymphocytes, centrosome-associated Arp2/3 locally nucleates F-actin, which is needed for centrosome tethering to the nucleus via the LINC complex. Upon lymphocyte activation, Arp2/3 is partially depleted from the centrosome as a result of its recruitment to the immune synapse. This leads to a reduction in F-actin nucleation at the centrosome and thereby allows its detachment from the nucleus and polarization to the synapse. Therefore, F-actin nucleation at the centrosome—regulated by the availability of the Arp2/3 complex—determines its capacity to polarize in response to external stimuli., Cell polarity is marked by re-orientation of the centrosome, but the mechanisms governing centrosome polarization are poorly understood. Here Obino et al. show that in lymphocytes centrosome-associated Arp2/3 nucleates actin that tethers the centrosome to the nucleus; activation depletes Arp2/3 from the centrosome and frees it from the nucleus.
Published: 2016

36. Phytoplankton Glycerolipids: Challenging but Promising Prospects from Biomedicine to Green Chemistry and Biofuels

Author: Eric Maréchal, Josselin Lupette, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), La Barre Stéphane - S. Bates Stephen, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Martin-Laffon, Jacqueline
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Green chemistry, business.industry, Chemistry, 7. Clean energy, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, 030104 developmental biology, Biofuel, Phytoplankton, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Biochemical engineering, business, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Biomedicine, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience
Published: 2018

37. Variation in traction forces during cell cycle progression

Author: Manuel Théry, Benoit Vianay, Lisa Lee, Maya Anjur-Dietrich, Simon Alamos, Fabrice Senger, Elizabeth A. Bearce, Bevan L. Cheeseman, Alloimmunité-Autoimmunité-Transplantation (A2T), Institut Universitaire d'Hématologie (IUH), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Physiology Course, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, United States, affiliation inconnue, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Ecotaxie, microenvironnement et développement lymphocytaire (EMily (UMR_S_1160 / U1160)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Marine Biological Laboratory, Martin-Laffon, Jacqueline, Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and ProdInra, Migration
Subjects: Cell division, Cell contractility, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cell cycle progression, Traction (engineering), Morphogenesis, Retinal Pigment Epithelium, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biology, Mechanotransduction, Cellular, Models, Biological, Cell Physiological Phenomena, Cell size, Contractility, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, cell mechanics, Humans, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Computer Simulation, Tissue morphogenesis, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Cells, Cultured, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Tractive force, Cell growth, traction forces, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Luminescent Proteins, Cell shape, cell cycle, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Background InformationTissue morphogenesis results from the interplay between cell growth and mechanical forces. While the impact of geometrical confinement and mechanical forces on cell proliferation has been fairly well characterised, the inverse relationship is much less understood. Here, we investigated how traction forces vary during cell cycle progression. ResultsCell shape was constrained on micropatterned substrates in order to distinguish variations in cell contractility from cell size increase. We performed traction force measurements of asynchronously dividing cells expressing a cell-cycle reporter, to obtain measurements of contractile forces generated during cell division. We found that forces tend to increase as cells progress through G1, before reaching a plateau in S phase, and then decline during G2. ConclusionsWhile cell size increases regularly during cell cycle progression, traction forces follow a biphasic behaviour based on specific and opposite regulation of cell contractility during early and late growth phases. SignificanceThese results highlight the key role of cellular signalling in the regulation of cell contractility, independently of cell size and shape. Non-monotonous variations of cell contractility during cell cycle progression are likely to impact the mechanical regulation of tissue homoeostasis in a complex and non-linear manner.
Published: 2018

38. Quantification of lipids: Model, reality, and compromise

Author: Cécile Canlet, Juliette Jouhet, Olivier Berdeaux, Spiro Khoury, Marlène Z. Lacroix, Justine Bertrand-Michel, Bertrand-Michel, Justine, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), by the French National Infrastructure MetaboHUB ANR-11-INBS-010, by the Région Occitanie, the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) and the Institut National de la Santé et de la Recherche Medicale (Inserm)., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut des Maladies Métaboliques et Casdiovasculaires (UPS/Inserm U1297 - I2MC), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), Martin-Laffon, Jacqueline, Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - - METABOHUB2011 - ANR-11-INBS-0010 - INBS - VALID, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0301 basic medicine, Magnetic Resonance Spectroscopy, Standardization, Computer science, Absolute quantification, lcsh:QR1-502, Review, Mass spectrometry, 01 natural sciences, Biochemistry, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, spectrométrie de masse, Lipidomics, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Humans, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, lipodomic, mass spectrometry, nuclear magnetic resonance, quantification, universal detector, Molecular Biology, Crucial point, lipide, Chromatography, Quantum Physics, détecteur, 010401 analytical chemistry, résonance magnétique nucléaire, Biologie du développement, Lipid Metabolism, Lipids, Development Biology, 0104 chemical sciences, 030104 developmental biology, lipidomic, Biochemical engineering, Physique Quantique
Abstract: Revue non répertoriée dans le JCR.; International audience; Lipids are key molecules in various biological processes, thus their quantification is a crucial point in a lot of studies and should be taken into account in lipidomics development. This family is complex and presents a very large diversity of structures, so analyzing and quantifying all this diversity is a real challenge. In this review, the different techniques to analyze lipids will be presented: from nuclear magnetic resonance (NMR) to mass spectrometry (with and without chromatography) including universal detectors. First of all, the state of the art of quantification, with the definitions of terms and protocol standardization, will be presented with quantitative lipidomics in mind, and then technical considerations and limitations of analytical chemistry's tools, such as NMR, mass spectrometry and universal detectors, will be discussed, particularly in terms of absolute quantification.
Published: 2018

39. Le potentiel des micro-algues pour la chimie verte et les bioénergies

Author: Lupette, Josselin, Maréchal, Eric, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Kalpa L., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Martin-Laffon, Jacqueline
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE.IE] Environmental Sciences/Environmental Engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2018

40. Preparation of membrane fractions (envelope, thylakoids, grana and stroma lamellae) from Arabidopsis chloroplasts for quantitative proteomic investigations and other studies

Author: Daniel Salvi, Daphné Seigneurin-Berny, Lucas Moyet, Norbert Rolland, Martino Tomizioli, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), H. P. Mock, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Martin-Laffon, Jacqueline
Subjects: 0301 basic medicine, Plastid membrane, Arabidopsis thaliana, food and beverages, Plant, Biology, Chloroplast membrane, Cell biology, Chloroplast, 03 medical and health sciences, 030104 developmental biology, Membrane, Stroma, Thylakoid, Organelle, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Inner membrane, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: Chloroplasts are semiautonomous organelles found in plants and protists. They are surrounded by a double membrane system, or envelope. These envelope membranes contain machineries to import nuclear-encoded proteins, and transporters for ions or metabolites, but are also essential for a range of plastid-specific metabolisms. The inner membrane surrounds a stroma, which is the site of the carbon chemistry of photosynthesis. Chloroplasts also contain an internal membrane system, or thylakoids, where the light phase of photosynthesis occurs. The thylakoid membranes themselves have a bipartite structure, consisting of grana stacks interconnected by stroma lamellae. These thylakoid membranes however form a continuous network that encloses a single lumenal space. Chloroplast-encoded or targeted proteins are thus addressed to various sub-compartments that turn out to be flexible systems and whose main functions can be modulated by alterations in the relative levels of their components. This article describes procedures developed to recover highly purified chloroplast membrane fractions (i.e., envelope, crude thylakoid membranes, as well as the two main thylakoid subdomains, grana and stroma lamellae), starting from Percoll-purified Arabidopsis chloroplasts. Immunological markers are also listed that can be used to assess the purity of these fractions and reveal specific contaminations by other plastid membrane compartments. The methods described here are compatible with chloroplast proteome dynamic studies relying on targeted quantitative proteomic investigations.
Published: 2018

41. Plastids: Methods and Protocol. Series Method in Molecular Biology, Vol.1829

Author: Marechal, Eric, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Martin-Laffon, Jacqueline, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2018

42. Science et politique : quel dialogue ?

Author: Kuntz, Marcel, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), C. Regnault-Roger, L-M. Houdebine et A. Ricroch, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Martin-Laffon, Jacqueline
Subjects: [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SHS] Humanities and Social Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: International audience
Published: 2018

43. Regulation of respiration by cellular key parameters: energy demand, ADP, and Mg2+

Author: Elisabeth Gout, Richard Bligny, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), G. Tcherkez and J. Ghashghaie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Martin-Laffon, Jacqueline
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, ATP synthase, biology, Cellular respiration, Chemistry, Cell, Oxidative phosphorylation, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Cytosol, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Respiration, biology.protein, medicine, Biophysics, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Energy charge, Inner mitochondrial membrane, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 010606 plant biology & botany
Abstract: In non-photosynthetic tissues most of cell’s demand for ATP is met by mitochondrial oxidative phosphorylation. Surprisingly, however, although the mechanisms involved in ATP synthesis are now well known, our understanding the regulation of cell respiration is still incomplete. Nevertheless, recent results suggest that free ADP concentration plays a critical role in adjusting the rate of respiratory ATP synthesis. Quite generally, respiration is not a limiting factor for Mg-ATP regeneration, because under diverse physiological situations (except after blocking or uncoupling the respiratory electron chain, or during Mg-starvation) no significant accumulation of ADP is observed. Based on in vivo31P-NMR experiments in sycamore cells, recent results summarized in this chapter show that the cytosolic concentrations of free ADP and free Mg2+, rather than the ATP/ADP ratio (or the energy charge), are the key factors adjusting cellular respiratory activity to the metabolic Mg-ATP demand. In most physiological situations, cytosolic free ADP concentration is low (20 μM) and stable, unlike that of ATP. Because this value is close to the reported Km(ADP) of the mitochondrial ADP/ATP carrier, it seems likely that this carrier regulates cytosolic free ADP concentration. Under standard conditions, the moderate cytosolic Mg2+ concentration (250 μM) and the high matricial Mg2+ concentration (2.4 mM) allow ADP/ATP exchange across the mitochondrial inner membrane. In addition, cytosolic Mg2+ concentration is remarkably stable suggesting that the response of respiration to Mg-ATP requirement is effectively mediated by cytosolic free ADP rather than Mg2+ concentration itself.
Published: 2018

44. Stem Cell-Like Properties of CK2β-down Regulated Mammary Cells

Author: Duchemin-Pelletier, Eve, Baulard, Megghane, Spreux, Elodie, Prioux, Magali, Burute, Mithila, Mograbi, Baharia, Guyon, Laurent, Thery, Manuel, Cochet, Claude, Filhol, Odile, Transduction du signal : signalisation calcium, phosphorylation et inflammation, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie du Cancer et de l'Infection (BCI ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), CytoMorphoLab, Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), EMI 00-092, Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Compartimentation et dynamique cellulaires (CDC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Curie-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Physiologie cellulaire et végétale [2016-2019] (LPCV [2016-2019]), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Physiologie cellulaire et végétale [2016-2019] (LPCV [2016-2019]), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Curie [Paris]-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), INSERM, CEA, Ligue Nationale contre le Cancer, Ligue Comite de la Loire, University Grenoble Alpes, Espoir Foundation, ANR [PCV-08 CoCCINet], Immunité muqueuse et vaccination, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR50-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA), Invasion mechanisms in angiogenesis and cancer (IMAC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Ligue Comité de la Loire, ANR-08-PCVI-0027,CoCCINet,Construction of Cell-Cell Interaction Networks(2008), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-IFR50-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Martin-Laffon, Jacqueline, Programme interdiciplinaire en physique et chimie du vivant - Construction of Cell-Cell Interaction Networks - - CoCCINet2008 - ANR-08-PCVI-0027 - PCV - VALID, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-IFR50-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Subjects: [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Epithelial to Mesenchymal Transition, EMT, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, lcsh:Neoplasms. Tumors. Oncology. Including cancer and carcinogens, lcsh:RC254-282, Article, stem cell, breast cancer, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], protein kinase CK2, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, epithelial plasticity
Abstract: International audience; The ubiquitous protein kinase CK2 has been demonstrated to be overexpressed in a number of human tumours. This enzyme is composed of two catalytic alpha or alpha' subunits and a dimer of beta regulatory subunits whose expression levels are probably implicated in CK2 regulation. Several recent papers reported that unbalanced expression of CK2 subunits is sufficient to drive epithelial to mesenchymal transition, a process involved in cancer invasion and metastasis. Herein, through transcriptomic and miRNA analysis together with comparison of cellular properties between wild type and CK2 beta-knock-down MCF10A cells, we show that down-regulation of CK2 beta subunit in mammary epithelial cells induces the acquisition of stem cell-like properties associated with perturbed polarity, CD44(high)/CD24(low) antigenic phenotype and the ability to grow under anchorage-independent conditions. These data demonstrate that a CK2 beta level establishes a critical cell fate threshold in the control of epithelial cell plasticity. Thus, this regulatory subunit functions as a nodal protein to maintain an epithelial phenotype and its depletion drives breast cell stemness.
Published: 2017

45. Cinquième chapitre: De la curiosité à l’application (Collectif incluant Eric Maréchal)

Author: Marechal, Eric, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Catherine Jessus, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Martin-Laffon, Jacqueline
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], Ouvrage collectif, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2017

46. Deuxième chapitre, histoire du vivant

Author: Parcy, Francois, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Catherine Jessus, Martin-Laffon, Jacqueline, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2017

47. Different in vitro exposure regimens of murine primary macrophages to silver nanoparticles induce different fates of nanoparticles and different toxicological and functional consequences

Author: Catherine Aude-Garcia, Pierre-Henri Jouneau, S. Sorieul, Geoffrey Mure, Nathalie Herlin-Boime, Karine Pernet-Gallay, Thierry Rabilloud, Adèle Gerdil, Marie Carrière, Véronique Collin-Faure, Florent Villiers, Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA ), Modélisation et Exploration des Matériaux (MEM), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Centre d'Etudes Nucléaires de Bordeaux Gradignan (CENBG), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Edifices Nanométriques (LEDNA), Nanosciences et Innovation pour les Matériaux, la Biomédecine et l'Energie (ex SIS2M) (NIMBE UMR 3685), Institut Rayonnement Matière de Saclay (IRAMIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Rayonnement Matière de Saclay (IRAMIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Lésions des Acides Nucléiques (LAN), Service de Chimie Inorganique et Biologique (SCIB - UMR E3), Institut Nanosciences et Cryogénie (INAC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Nanosciences et Cryogénie (INAC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANSES (PNREST 2011/25, Innimmunotox project) - CEA toxicology program (Nanostress grant) - Program Transversal de Toxicologie/PlantUra’’ funded by the CEA, ANR-11-IDEX-0001,Amidex,INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE(2011), ANR-10-EQPX-0039,NanoID,Plateforme d'identification des nanoparticules dédiée à la sécurité(2010), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), [GIN] Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Martin-Laffon, Jacqueline, INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE - - Amidex2011 - ANR-11-IDEX-0001 - IDEX - VALID, Equipements d'excellence - Plateforme d'identification des nanoparticules dédiée à la sécurité - - NanoID2010 - ANR-10-EQPX-0039 - EQPX - VALID, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA), Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Rayonnement Matière de Saclay (IRAMIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes (UGA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Nanosciences et Cryogénie (INAC), Université Grenoble Alpes (UGA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-11-IDEX-0001-02/11-LABX-0064,SERENADE,Vers une conception de nanomatériaux innovants, durables et sûrs(2011), ANR-11-IDEX-0001-02/11-IDEX-0001,AMIDEX,AMIDEX(2011), and ANR-10-EQPX-0039/10-EQPX-0039,NanoID,Plateforme d'identification des nanoparticules dédiée à la sécurité(2010)
Subjects: Lipopolysaccharides, Materials science, Silver, Lipopolysaccharide, Macrophage, Phagocytosis, Speciation, Primary Cell Culture, Biomedical Engineering, Metal Nanoparticles, Stimulation, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, Toxicology, 01 natural sciences, Proinflammatory cytokine, Nitric oxide, chemistry.chemical_compound, Mice, Nanoparticle, Microscopy, Electron, Transmission, Animals, Murine, 0105 earth and related environmental sciences, Membrane Potential, Mitochondrial, Dose-Response Relationship, Drug, Toxicity, Macrophages, Spectrometry, X-Ray Emission, 021001 nanoscience & nanotechnology, Cell biology, [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, chemistry, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Immunology, Cytokines, 0210 nano-technology, Intracellular
Abstract: International audience; Silver nanoparticles (Ag-NPs) are used in a variety of consumers' goods. Their toxicological impact is currently intensely studied, mostly upon acute exposure, but their intracellular dissolution and fate is rather poorly documented. In this study, murine primary macrophages were exposed to a single high but non-lethal dose of Ag-NPs or to repeated, low doses of Ag-NPs. Cells were either collected immediately after acute exposure or after 72 h of recovery in the NP-free exposure medium. Ag intracellular content and distribution were analyzed by particle-induced X-ray emission, transmission electron microscopy coupled to energy-dispersive spectroscopy analysis and inductively coupled plasma mass spectrometry. In parallel, macrophage functionality as well as inflammatory and thiol-responses were assessed after Ag-NP exposure. We show that Ag accumulation in macrophages is similar upon acute and repeated exposure to Ag-NPs, and that Ag is partly expelled from cells during the 72 h recovery stage. However, acute exposure leads to a strong response of macrophages, characterized by reduced mitochondrial membrane potential, phagocytic capacity and nitric oxide (NO) production upon lipopolysaccharide (LPS) stimulation. Under this condition, we also show an increased release of proinflammatory cytokines as well as a decreased release of anti-inflammatory cytokines. This response is reversible since these biomarkers reach their basal level after the recovery phase; and is much less intense in repeatedly exposed cells. These results suggest that repeated exposure of macrophages to Ag-NPs, which is a more realistic exposure scenario than acute exposure, leads to significant Ag intracellular accumulation but a much less intense toxicological response
Published: 2016

48. Absorption et distribution des éléments métalliques dans la plante

Author: Bourguignon, Jacques, Alban, Claude, Ravanel, Stephane, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Martin-Laffon, Jacqueline, Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), and Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Root absorption and translocation, Iron, Mineral nutrition, phytotoxicity, Chelators, Arsenic, physiologie végétale, Metalloprotein, homeostasis, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, métal lourd, homéostasie, Detoxication, Trace elements, Manganese, vacuole, détoxication, Plant, élément trace métallique, disintoxication, Zinc, Transporters, Heavy metals, Rhizosphere, plante, phytotoxicité, Copper, Plant microorganisms interactions, Cadmium
Abstract: National audience; L’absorption des éléments traces métalliques présents dans le sol et le contrôle de leur devenir dans les tissus et les cellules sont des processus clés de la physiologie des plantes. Des stratégies sont ainsi mises en oeuvre pour contrôler l’homéostasie minérale, limiter les carences et maintenir les éléments essentiels et contaminants en deçà de leurs seuils de toxicité. Comprendre ces processus fondamentaux constitue un enjeu majeur pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement.
Published: 2016

49. The Cytochrome b 6 f Complex: A Regulatory Hub Controlling Electron Flow and the Dynamics of Photosynthesis?

Author: Jun Minagawa, Giles N. Johnson, Giovanni Finazzi, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Okazaki Institute for Integrative Bioscience, National Institute for Basic Biology, National Institutes of Natural Sciences, Faculty of Life Sciences University of Manchester, University of Manchester [Manchester], Cramer, William A., Kallas, Toivo, Martin-Laffon, Jacqueline, Cramer, William A., Kallas, Toivo, UMR 1417 PCV Laboratoire de Physiologie Cellulaire Végétale, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), National Institute for Basic Biology [Okazaki] (NIBB), Graduate University for Advanced Studies [Hayama] (SOKENDAI), Faculty of Life Sciences, University of Vienna [Vienna], National Institute for Basic Biology, National Institute for Basic Biology (NIBB), Université Grenoble Alpes (UGA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: 0106 biological sciences, cytochrome, Bioenergetics, Photosynthesis, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Carbon assimilation, Botany, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, photosynthèse, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, Cytochrome b, Cytochrome b6f complex, oxydoréduction, Protein composition, Plant, oxidoreduction, Order (biology), Rieske protein, biology.protein, Biophysics, Electron flow, 010606 plant biology & botany
Abstract: Chapter 22; Photosynthetic organisms must respond to several external stimuli to adjust their photosynthetic performances in order to keep a high capacity of carbon assimilation and avoid photodamage. They do so integrating processes occurring at different time scales starting from very fast light harvesting, down to slow changes of electron flow and protein composition of the photosynthetic apparatus. Central to these regulatory mechanisms is the cytochrome b(6)f complex, which regulates intersystem electron flow via photosynthetic control and modulates light harvesting capacity by acting as a redox sensor to trigger an acclimation process named state transitions. In this chapter we describe how the cytochrome b(6)f complex performs to regulate these different functions in both plants and microalgae, proposing new mechanisms of regulation, and critically discussing how these processes are compatible with the existing literature on the structure and function of this complex.
Published: 2016

50. No plastidial calmodulin-like proteins detected by two targeted mass-spectrometry approaches and GFP fusion proteins

Author: Daniel Salvi, Mathieu Baudet, Martine Neveu, Elisa Dell’Aglio, Myriam Ferro, Alexandra Kraut, David Macherel, Norbert Rolland, Gilles Curien, Martin-Laffon, Jacqueline, BLANC - Régulation de la dynamique du protéome chloroplastique - - Chloro-Pro2010 - ANR-10-BLAN-1610 - BLANC - VALID, Mediterranean Center for Environment and Biodiversity - - CeMEB2010 - ANR-10-LABX-0004 - LABX - VALID, Infrastructure Française de Protéomique - - ProFI2010 - ANR-10-INBS-0008 - INBS - VALID, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP ), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, ANR [ANR-2010-BLAN-1610-01 Chloro-Pro], Labex GRAL (Alliance Grenobloise pour la Biologie Structurale et Cellulaire Integrées : [ANR-10-LABEX-04], [ANR10-INSB-08 ProFI, Proteomics French Infrastructure], CEA DSV (IRTELIS International Program)., ANR-10-BLAN-1610,Chloro-Pro,Régulation de la dynamique du protéome chloroplastique(2010), ANR-10-LABX-0004,CeMEB,Mediterranean Center for Environment and Biodiversity(2010), ANR-10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), ANR–10–LABEX–04 ,GRAL,Labex, ANR10-INSB-08,ProFI,Proteomics French Infrastructure, Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: 0301 basic medicine, Proteomics, Calmodulin, Arabidopsis thaliana, Plastid, Plant Science, Vacuole, Mitochondrion, plastide, Biochemistry, Chloroplast, CaM-like protein, Purification protocol, 03 medical and health sciences, Cytosol, GFP fusion, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, calmoduline, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, protéomique, Molecular Biology, biology, chloroplaste, Mass spectrometry, Subcellular localization, Protein, Plant, Peroxisome, Cell biology, 030104 developmental biology, Targeted mass spectrometry, biology.protein, Calcium regulation, CaM-like proteins
Abstract: Supplementary data: http://dx.doi.org/10.1016/j.neps.2016.08.001; International audience; Background: CaM-like proteins (CMLs) are localized in the cytosol and others in organelles such as the mitochondria, the peroxisomes and the vacuole. To date, although several plastidial proteins were identified as CaM/CML interactors, no CMLs were assigned to the chloroplast. Absence of clues about the genetic identity of plastidial CMLs prevents investigating their regulatory role. Results: To improve our understanding of plastidial Ca2+ regulation, we attempted to identify plastidial CMLs with two large scale, CaM-specific proteomic approaches, and GFP-fusions. Conclusions: Despite the use of several different approaches no plastidial CML could be identified. GFP fusion of CML 35 CML36 and CML41 indicate a cytosolic localization.
Published: 2016

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