Author: "Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX)" - Searchworks@Jio Institute Digital Library Search Results

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1. Development of new approach methods for the identification and characterization of endocrine metabolic disruptors : a PARC project

Author: Braeuning, Albert, Balaguer, Patrick, Bourguet, William, Carreras-Puigvert, Jordi, Feiertag, Katreece, Kamstra, Jorke, Knapen, Dries, Lichtenstein, Dajana, Marx-Stoelting, Philip, Rietdijk, Jonne, Schubert, Kristin, Spjuth, Ola, Stinckens, Evelyn, Thedieck, Kathrin, van den Boom, Rik, Vergauwen, Lucia, von Bergen, Martin, Wewer, Neele, Zalko, Daniel, German Federal Institute for Risk Assessment [Berlin] (BfR), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre de Biologie Structurale [Montpellier] (CBS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Uppsala University, Utrecht University [Utrecht], University of Antwerp (UA), Uppsala Universitet [Uppsala], Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Universität Innsbruck [Innsbruck], Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work was supported by Horizon Europe, the European Union’s 2021–2027 framework program for the funding of research and innovation under der grant agreement No. 101057014 (project PARC). Additional co-funding of the University of Antwerp Research Fund through a GOA project (FFB180348/36572) is acknowledged., and European Project: 101057014,Horizon Europe,PARC(2022)
Subjects: Chemistry, adipocytes, [SDV]Life Sciences [q-bio], Veterinary medicine, energy metabolism, nuclear receptors, obesogens, endocrine metabolic disruption, liver
Abstract: International audience; In past times, the analysis of endocrine disrupting properties of chemicals has mainly been focused on (anti-)estrogenic or (anti-)androgenic properties, as well as on aspects of steroidogenesis and the modulation of thyroid signaling. More recently, disruption of energy metabolism and related signaling pathways by exogenous substances, so-called metabolism-disrupting chemicals (MDCs) have come into focus. While general effects such as body and organ weight changes are routinely monitored in animal studies, there is a clear lack of mechanistic test systems to determine and characterize the metabolism-disrupting potential of chemicals. In order to contribute to filling this gap, one of the project within EU-funded Partnership for the Assessment of Risks of Chemicals (PARC) aims at developing novel in vitro methods for the detection of endocrine metabolic disruptors. Efforts will comprise projects related to specific signaling pathways, for example, involving mTOR or xenobiotic-sensing nuclear receptors, studies on hepatocytes, adipocytes and pancreatic beta cells covering metabolic and morphological endpoints, as well as metabolism-related zebrafish-based tests as an alternative to classic rodent bioassays. This paper provides an overview of the approaches and methods of these PARC projects and how this will contribute to the improvement of the toxicological toolbox to identify substances with endocrine disrupting properties and to decipher their mechanisms of action.
Published: 2023

2. Milk metabolome reveals variations on enteric methane emissions from dairy cows fed a specific inhibitor of the methanogenesis pathway

Author: Diego P. Morgavi, Hamid Boudra, Bénédict Yanibada, Stéphanie Durand, Ulli Hohenester, Fabien Jourdan, Cécile Canlet, Anne Ferlay, Mélanie Pétéra, LESUR, Hélène, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme Exploration du Métabolisme-MetaboHUB (PFEM-MetaboHUB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Rumen, multiplatform metabolomics, [SDV.BA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Methanogenesis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gas Chromatography-Mass Spectrometry, 03 medical and health sciences, Metabolomics, Lactation, Genetics, Metabolome, medicine, Animals, [SDV.SA.SPA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, Food science, microbial metabolite, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, milk, 0303 health sciences, methane biomarker, Chemistry, dairy cow, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, 0402 animal and dairy science, 04 agricultural and veterinary sciences, Metabolism, 040201 dairy & animal science, Diet, [SDV] Life Sciences [q-bio], Metabolic pathway, medicine.anatomical_structure, 13. Climate action, [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, Fermentation, Cattle, Female, Animal Science and Zoology, Gas chromatography, Methane, Food Science
Abstract: International audience; Metabolome profiling in biological fluids is an interesting approach for exploring markers of methane emissions in ruminants. In this study, a multiplatform metabolomics approach was used for investigating changes in milk metabolic profiles related to methanogenesis in dairy cows. For this purpose, 25 primiparous Holstein cows at similar lactation stage were fed the same diet supplemented with (treated, n = 12) or without (control, n = 13) a specific antimethanogenic additive that reduced enteric methane production by 23% with no changes in intake, milk production, and health status. The study lasted 6 wk, with sampling and measures performed in wk 5 and 6. Milk samples were analyzed using 4 complementary analytical methods, including 2 untargeted (nuclear magnetic resonance and liquid chromatography coupled to a quadrupole-time-of-flight mass spectrometer) and 2 targeted (liquid chromatography-tandem mass spectrometry and gas chromatography coupled to a flame ionization detector) approaches. After filtration, variable selection and normalization data from each analytical platform were then analyzed using multivariate orthogonal partial least square discriminant analysis. All 4 analytical methods were able to differentiate cows from treated and control groups. Overall, 38 discriminant metabolites were identified, which affected 10 metabolic pathways including methane metabolism. Some of these metabolites such as dimethylsulfoxide, dimethylsulfone, and citramalic acid, detected by nuclear magnetic resonance or liquid chromatography-mass spectrometry methods, originated from the rumen microbiota or had a microbial-host animal co-metabolism that could be associated with methanogenesis. Also, discriminant milk fatty acids detected by targeted gas chromatography were mostly of ruminal microbial origin. Other metabolites and metabolic pathways significantly affected were associated with AA metabolism. These findings provide new insight on the potential role of milk metabolites as indicators of enteric methane modifications in dairy cows.
Published: 2021

3. Modelling the muscle metabolic response in anabolic and catabolic states using arterio-venous blood metabolomics profiles

Author: Nathalie Poupin, Castelli, Florence A., Emeline Chu-Van, Didier Remond, Dominique Dardevet, Isabelle Savary-Auzeloux, François Fenaille, Fabien Jourdan, Sergio Polakof, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Nutrition Humaine (UNH), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)
Subjects: [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience
Published: 2022

4. A 90-day Oral Exposure to Food-grade Gold at Relevant Human Doses Impacts the Gut Microbiota and the Local Immune System in a Sex-dependent Manner in Mice

Author: Lauris Evariste, Bruno Lamas, Sandrine Ellero-Simatos, Laure Khoury, Christel Cartier, Eric Gaultier, Benoit Chassaing, Nicolas Feltin, Laurent Devoille, Georges Favre, Marc Audebert, Eric Houdeau, Endocrinologie & Toxicologie de la Barrière Intestinale (ToxAlim-ENTeRisk), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), PrediTox, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire National de Métrologie et d'Essais [Trappes] (LNE ), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), The study was supported by INRAe (National research institute for agriculture, food and environment) under the research contract with OR A DECOR SARL acting in its own name and/or on behalf consortium of producers of E175 food additives and users, in the frame of the EFSA’s 2018 call for scientific and technical data on the permitted food additive gold (E175)., and LAMAS, Bruno
Subjects: [SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology, [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, E175 food additive, intestinal immune response, [SDV.TOX.TCA] Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, sexual dimorphism, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, microbiota, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, nanoparticles, Edible gold, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Background: Edible gold (Au) is commonly used as a food additive (E175 in EU) for confectionery and cake decorations, coatings and in beverages. Food-grade gold is most often composed of thin Au sheets or flakes exhibiting micro- and nanometric dimensions in their thickness. Concerns about the impact of mineral particles used as food additives on human health are increasing with respect to the particular physico-chemical properties of nanosized particles, which enable them to cross biological barriers and interact with various body cell compartments. In this study, male and female mice were exposed daily to E175 or an Au nanomaterial (Ref-Au) incorporated into food at relevant human dose for 90 days in order to determine the potential toxicity of edible gold.Results: E175 or Ref-Au exposure in mice did not induce any histomorphological damage of the liver, spleen or intestine, nor any genotoxic effects in the colon and liver despite an apparent higher intestinal absorption level of Au particles in mice exposed to Ref-Au compared to the E175 food additive. While exposure to Ref-Au did no impacted intestinal microbiota, a marked alteration in the gut microbiota characterized by an increased Firmicutes/Bacteroidetes ratio and Proteobacteria abundance as well as a decreased production of short-chain fatty acids (SCFAs) was observed following E175 treatment of female mice compared to males. Moreover, increased production of IL-6, TNFα and IL-1β were observed in the colon of female mice at the end of the 90-day exposure to E175, while in contrast, decreased IL-6, IL-1β, IL-17 and TGFβ levels were found in the male colon.Conclusions: These results revealed that a 90-day exposure to E175 added to the diet alters the gut microbiota and intestinal immune response in a sex-dependent manner in mice. Within the dose range of human exposure to E175, these alterations remained low in both sexes and mostly appeared to be nontoxic. However, at the higher dose, the observed gut dysbiosis and the intestinal low-grade inflammation in female mice could favour the occurrence of metabolic disorders supporting the establishment of toxic reference values for the safe use of gold as food additive.
Published: 2022

5. Gestational exposure to bisphenol A induces region-specific changes in brain metabolomic fingerprints in sheep

Author: Davy Guignard, Cécile Canlet, Marie Tremblay-Franco, Elodie Chaillou, Roselyne Gautier, Véronique Gayrard, Nicole Picard-Hagen, Henri Schroeder, Fabien Jourdan, Daniel Zalko, Catherine Viguié, Nicolas J. Cabaton, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Exposition, Perturbation Endocrino-métabolique et Reproduction (ToxAlim-EXPER), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Davy Guignard received a PhD grand from the Doctoral School 'SEVAB' of the university Paul Sabatier of Toulouse, France., ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), LESUR, Hélène, and Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - - METABOHUB2011 - ANR-11-INBS-0010 - INBS - VALID
Subjects: endocrine system, Sheep, [SDV]Life Sciences [q-bio], Neurodevelopment, Brain, Metabolomic, Endocrine Disruptors, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Mice, Bisphenol A, Phenols, Maternal Exposure, Pregnancy, Prenatal Exposure Delayed Effects, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Animals, Humans, Female, Benzhydryl Compounds, Fetal exposure, General Environmental Science, Environmental contaminants
Abstract: International audience; Fetal brain development depends on maternofetal thyroid function. In rodents and sheep, perinatal BPA exposure is associated with maternal and/or fetal thyroid disruption and alterations in central nervous system development as demonstrated by metabolic modulations in the encephala of mice. We hypothesized that a gestational exposure to a low dose of BPA affects maternofetal thyroid function and fetal brain development in a region-specific manner. Pregnant ewes, a relevant model for human thyroid and brain development, were exposed to BPA (5 µg/kg bw/d, sc). The thyroid status of ewes during gestation and term fetuses at delivery was monitored. Fetal brain development was assessed by metabolic fingerprints at birth in 10 areas followed by metabolic network-based analysis. BPA treatment was associated with a significant time-dependent decrease in maternal TT4 serum concentrations. For 8 fetal brain regions, statistical models allowed discriminating BPA-treated from control lambs. Metabolic network computational analysis revealed that prenatal exposure to BPA modulated several metabolic pathways, in particular excitatory and inhibitory amino-acid, cholinergic, energy and lipid homeostasis pathways. These pathways might contribute to BPA-related neurobehavioral and cognitive disorders. Discrimination was particularly clear for the dorsal hippocampus, the cerebellar vermis, the dorsal hypothalamus, the caudate nucleus and the lateral part of the frontal cortex. Compared with previous results in rodents, the use of a larger animal model allowed to examine specific brain areas, and generate evidence of the distinct region-specific effects of fetal BPA exposure on the brain metabolome. These modifications occur concomitantly to subtle maternal thyroid function alteration. The functional link between such moderate thyroid changes and fetal brain metabolomic fingerprints remains to be determined as well as the potential implication of other modes of action triggered by BPA such as estrogenic ones. Our results pave the ways for new scientific strategies aiming at linking environmental endocrine disruption and altered neurodevelopment.
Published: 2022

6. How Does Your Body Deal With Fast-Food Meals?

Author: Poupin, Nathalie, Polakof, Sergio, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Nutrition Humaine (UNH), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)
Subjects: [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, digestive, oral, and skin physiology, General Medicine, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; Eating a less-than-healthy diet can increase the chances of becoming obese, which usually happens when body organs have difficulties using or storing the excess fat and sugar that we eat. To better understand how what we eat affects the functioning of our organs, we measured substances called metabolites, which come from food, in the blood of obese minipigs. We then used computers to figure out what happens to these metabolites inside the liver following normal meals or a fast-food meal. We found that the liver fights against unhealthy food by finding ways to use or remove the excess fat and sugar. However, some of the paths normally followed by healthy food might become blocked when we eat too much unhealthy food. Our work showed that a better understanding of how the liver processes the metabolites from unhealthy diets could help people suffering from the effects of obesity.
Published: 2022
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7. Comparative genotoxic potential of 27 polycyclic aromatic hydrocarbons in three human cell lines

Author: Florence Tomasetig, Marc Audebert, Jean Pierre Cravedi, Alexandre R.R. Pery, Vanessa Graillot, C. Tebby, Florence Anna Zeman, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Modelization, 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Model parameters, Toxicology, medicine.disease_cause, Cell Line, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, In vitro, Cancer risk assessment, polycyclic compounds, medicine, Humans, H2AX, Mutagenicity Tests, Toxic equivalent factor, Chemistry, Low dose, Genetic Variation, General Medicine, Human cell, Polycyclic aromatic hydrocarbons, 3. Good health, 030104 developmental biology, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Environmental chemistry, Genotoxicity, 030217 neurology & neurosurgery, DNA Damage, Environmental Monitoring, Mutagens
Abstract: International audience; Polycyclic Aromatic Hydrocarbons (PAHs) form a family of compounds that are generally found in complex mixtures. PAHs can lead to the development of carcinogenesis. The Toxicity Equivalent Factor (TEF) approach has been suggested for estimating the toxicity of PAHs, however, due to the relative weakness of available data, TEF have not been applied for the risk characterization of PAHs as food contaminants in Europe. The determination of new TEFs for a large number of PAHs could overcome some limitations of the current method and improve cancer risk assessment. The present investigation aimed at deriving new TEFs for PAHs, based on their genotoxic effect measured in vitro and analyzed with mathematical models. For this purpose, we used a genotoxicity assay (gamma H2AX) with three human cell lines to analyze the genotoxic properties of 27 selected PAHs after 24 h treatment. For 11 compounds, we did not detect any genotoxic potential. For the remaining 16 PAHs, the concentration-response for genotoxic effect was modelled with the Hill equation; equivalency between PAHs at low dose was assessed by applying constraints to the model parameters. We developed for each compound, in each cell line, Genotoxic Equivalent Factor (GEF). Calculated GEF for the tested PAHs were similar in all cell lines and generally higher than the TEF usually used. These new equivalent factors for PAHs should improve cancer risk assessment.
Published: 2020

8. Despite similar clinical features metabolomics reveals distinct signatures in insulin resistant and progressively obese minipigs

Author: Imene Bousahba, Jérémie David, Florence Castelli, Céline Chollet, Sadia Ouzia, François Fenaille, Didier Rémond, Nathalie Poupin, Sergio Polakof, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), This study was funded by Agence Nationale de La Recherche (ANR-19-CE14-0026)., and ANR-19-CE14-0026,MelODies,L'utilisation d'une biopsie liquide métabolique pour la détermination de nouveaux biomarqueurs du diabète de type 2 : une approche inter-organe de métabolomique quantitative(2019)
Subjects: [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Physiology, High-fat high-sugar diet, Phenotyping, [SDV]Life Sciences [q-bio], Metabolomics, Type 2 diabetes, General Medicine, Obesity, Biochemistry, Minipigs
Abstract: International audience; Obesity is a major contributor to the silent and progressive development of type 2 diabetes (T2D) whose prevention could be improved if individuals at risk were identified earlier. Our aim is to identify early phenotypes that precede T2D in diet-induced obese minipigs. We fed four groups of minipigs (n = 5–10) either normal-fat or high-fat high-sugar diet during 2, 4, or 6 months. Morphometric features were recorded, and metabolomics and clinical parameters were assessed on fasting plasma samples. Multivariate statistical analysis on 46 morphometrical and clinical parameters allowed to differentiate 4 distinct phenotypes: NFC (control group) and three others (HF2M, HF4M, HF6M) corresponding to the different stages of the obesity progression. Compared to NFC, we observed a rapid progression of body weight and fat mass (4-, 7-, and tenfold) in obese phenotypes. Insulin resistance (IR; 2.5-fold increase of HOMA-IR) and mild dyslipidemia (1.2- and twofold increase in total cholesterol and HDL) were already present in the HF2M and remained stable in HF4M and HF6M. Plasma metabolome revealed subtle changes of 23 metabolites among the obese groups, including a progressive switch in energy metabolism from amino acids to lipids, and a transient increase in de novo lipogenesis and TCA-related metabolites in HF2M. Low anti-oxidative capacities and anti-inflammatory response metabolites were found in the HF4M, and a perturbed hexose metabolism was observed in HF6M. Overall, we show that IR and progressively obese minipigs reveal phenotype-specific metabolomic signatures for which some of the identified metabolites could be considered as potential biomarkers of early progression to TD2.
Published: 2022

9. Characterization of human isogenic epithelial cell lines as a relevant tool to study colon carcinogenesis and interaction between genes and environment

Author: Tête, Arnaud, Arnaud, Liana C., Le Mentec, Hélène, Gallais, Isabelle, Poupin, Nathalie, Tournadre, Noémie, Duarte-Hospital, Carolina, Lippi, Yannick, Mathevet, Fanny, Lefort, Gaëlle, Burel, Agnes, Surya, R., Boutet-Robinet, Elisa, Shay, Jerry W., Vialaneix, Nathalie, Bortoli, Sylvie, Lagadic-Gossmann, Dominique, Huc, Laurence, Vialaneix, Nathalie, Toxicité environnementale, cibles thérapeutiques, signalisation cellulaire (T3S - UMR_S 1124), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Contaminants & Stress Cellulaire (ToxAlim-COMICS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), EHESP-Irset (EHESP-Irset), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Université Paris Descartes, Sorbonne Paris Cité, Transcriptomic impact of Xenobiotics (E23 TRiX), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biosit : biologie, santé, innovation technologique (SFR UMS CNRS 3480 - INSERM 018), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Bina Nusantara University [Jakarta], University of Texas Southwestern Medical Center, and ITMO Cancer, METAhCOL
Subjects: [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, digestive system diseases
Abstract: International audience; Colorectal cancer (CRC) is the fourth most common cause of death from cancer worldwide. CRC is a multistep and progressive disease where genetic factors are important in the initiation, the development and the progression of the disease. CRC can arise from sequential steps including the acquisition of mutations in the adenomatous polyposis coli (APC), followed by the mutational activation of oncogene KRAS and the inactivation of the tumor suppressor gene, TP53. The occurrence of colorectal cancer is largely influenced by the environment, including food contaminants, lifestyle and nutrition. However, the influence of mutations on the response to environmental pollutants is poorly evaluated. Environmental carcinogenesis lacks robust models to explore the interaction between genes and environment and to determine whether genetic mutations associated with colon carcinogenesis generate a particular susceptibility to the harmful effects of pollutants. Here, we outline the characterization of an innovative cellular model that consists in 6 human isogenic epithelial colon cell lines bearing mutations on driver genes of CRC. Altogether, these cell lines recapitulate colon carcinogenesis from the healthy, preneoplastic, adenoma and carcinoma stages in a simplified way. We aim to perform a phenotypic and metabolic description of these cell lines, with a particular focus on their ability to express the battery of detoxification enzymes, to have a differential sensitivity to genotoxicity and cell death stimuli, to display a flexible energy metabolism, to migrate and grow without anchorage. We show that these models of human isogenic colonic cells of CRC could be a powerful and relevant tool to study the effects of environmental pollutants on the colorectal carcinogenesis from the early to the late and metastatic stages and to evaluate gene-environment interactions in food toxicology.
Published: 2022

10. Chronic oral exposure to food-grade gold (E175) at relevant human doses impacts the gut microbiota and the intestinal immune system in a sex-dependent manner in mice

Author: Evariste, Lauris, Lamas, Bruno, Ellero-Simatos, Sandrine, Khoury, Laure, Cartier, Christel, Gaultier, Eric, Chassaing, Benoit, Feltin, Nicolas, Devoille, Laurent, Favre, Georges, Audebert, Marc, Houdeau, Eric, LAMAS, Bruno, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Endocrinologie & Toxicologie de la Barrière Intestinale (ToxAlim-ENTeRisk), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire National de Métrologie et d'Essais [Trappes] (LNE ), and Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX)
Subjects: [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Sexual dimorphism, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, E175 Food additive, [SDV.TOX.TCA] Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, [SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology, Microbiota, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Nanoparticles, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, Intestinal immune response, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; Background: Edible gold (Au) is used as a food additive (E175 in EU) with no maximum level (quantum satis) for confectionery and cake decorations, coatings and in beverages. Food-grade gold is often composed of thin Au sheets or flakes exhibiting micro- and nanometric dimensions in their thickness. Concerns about the toxicity of mineral particles used as food additives for human health are increasing with respect to the particular physico-chemical properties of nanosized particles, which enable them to cross biological barriers and interact with various body cell compartments. The aim of this study in mice was to explore the fate of the food additive E175 following chronic oral exposure in mice at human relevant levels, and to concomitantly assess the potential impacts on digestive physiology, taking into account a potential sexual dimorphism.Methods: Female and male mice were exposed to E175 (0.1; 1 and 10μg/kg BW/day) or a 100% nanosized Au nanomaterial (Ref-Au; 10μg/kg BW/day) incorporated into food pellets at human relevant doses for 90 days. Biodistribution of Au particles using confocal microscopy and MET-EDX as well as histomorphological damages were evaluated in liver, spleen and intestine. Cells from intestinal and liver tissues were isolated and stained with an anti-γH2AX antibody for genotixicity. Gut microbiota composition, intestinal permeability and intestinal pro- and anti-inflammatory cytokine production were measured by 16S gene sequencing, Ussing chambers and ELISA, respectively.Results: A 90-day exposure to E175 or Ref-Au in mice did not induce any histomorphological damage in the liver, spleen or intestine, nor genotoxic effects in the colon and liver despite an apparent higher absorption level of Au particles from the Ref-Au material compared to the E175 food additive. While exposure to Ref-Au did no impact intestinal microbiota, a marked alteration in its bacterial composition characterized by an increased Firmicutes/Bacteroidetes ratio and of the Proteobacteria abundance, as well as a decreased production of short-chain fatty acids were reported after E175 treatment in females compared to males. In the colon, increased production of IL-6, TNFα and IL-1β were also observed in females at the end of the 90-day treatment with E175, while in contrast, decreased IL-6, IL-1β, IL-17 and TGFβ levels were found in males.Conclusions: These results revealed that a 90-day exposure to E175 added to the diet alters the gut microbiota and intestinal immune response in a sex-dependent manner in mice. Within the dose range of human dietary exposure to E175, these alterations remained low in both sexes and mostly appeared to be non-toxic. However, at the higher dose, the observed gut dysbiosis and the development of a low-grade inflammation in the female colon could favour the occurrence of metabolic disorders. These data support the need to establish toxic reference values for the safe use of gold as food additive in the human diet.
Published: 2022

11. Compared with Milk Protein, a Wheat and Pea Protein Blend Reduces High-Fat, High-Sucrose Induced Metabolic Dysregulations while Similarly Supporting Tissue Protein Anabolism in Rats

Author: Gaïa Lépine, Jean-François Huneau, Didier Rémond, Véronique Mathé, Jérémie David, Dominique Hermier, Laetitia Guérin-Deremaux, Catherine Lefranc-Millot, Nathalie Poupin, François Mariotti, Sergio Polakof, Hélène Fouillet, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Physiologie de la Nutrition et du Comportement Alimentaire (PNCA (UMR 0914)), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Roquette Frères, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and This study was supported by the French National Research Institute for Agriculture, Food and Environment (INRAE) for the experimental and analytical costs (Action Prioritaire ProVegOmics).
Subjects: protein synthesis/turnover, Nutrition and Dietetics, de novo lipogenesis, metabolic tracer, protein and amino acid metabolism, Medicine (miscellaneous), [SDV.MHEP.EM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, natural isotopic abundance, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; Background: Plant proteins (PP) have been associated with better cardiovascular health than animal proteins (AP) in epidemiological studies. However, the underlying metabolic mechanisms remain mostly unknown. Objective: Using a combination of cutting-edge isotopic methods, we aimed at better characterizing the differences in protein and energy metabolisms induced by dietary protein sources (PP vs AP), in a prudent or western dietary context.Methods: Male Wistar rats (n=44, 8 weeks old) were fed for 4.5 months with isoproteic diets differing in their protein isolate sources, either AP (100% milk) or PP (50%:50% pea: wheat), and being normal (NSF) or high (HFS) in sucrose (6 or 15%kcal, respectively) and saturated fat (7 or 20%kcal, respectively). We measured body weight and composition, hepatic enzyme activities and lipid content, and plasma metabolites. In the intestine, liver, adipose tissues and skeletal muscles, we concomitantly assessed the extent of amino acid (AA) trafficking using a 15N natural abundance method, the rates of macronutrient routing to dispensable AA using a 13C natural abundance method, and the metabolic fluxes of protein synthesis (PS) and de novo lipogenesis (DNL) using a 2H labelling method. Data were analyzed using ANOVA and mixed models.Results: At the whole-body level, PP limited HFS-induced insulin resistance (-27% in HOMA-IR between HFS groups, P
Published: 2022

12. Modulation of hepatic xenobiotic metabolizing enzymes following chronic low-dose exposure to PFOA in mice

Author: S. Bruel, E. Person, N. Sola-Tapias, Daniel Zalko, Muriel Mercier-Bonin, Hervé Robert, Nicolas J. Cabaton, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Neuro-Gastroentérologie & Nutrition (ToxAlim-NGN)
Subjects: 0303 health sciences, Chemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Low dose, General Medicine, Pharmacology, Toxicology, 3. Good health, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Xenobiotic metabolizing enzymes, 030217 neurology & neurosurgery, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology
Abstract: International audience
Published: 2021

13. COVID-19: Estimation of the transmission dynamics in Spain using a stochastic simulator and Black-Box optimization techniques

Author: Marcos Matabuena, Carlos García-Meixide, Victor Leboran, Pablo Rodriguez-Mier, Centro Singular de Investigacion en Tecnoloxias da Informacion (CiTIUS), Universidade de Santiago de Compostela [Spain] (USC ), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work has received financial support from the Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities under Grant RTI2018- 99646-B-I00, the Consellería de Educación, Universidade e Forma- ción Profesional and the European Regional Development Fund under Grant ED431G-2019/04 ., Universidade de Santiago de Compostela. Centro de Investigación en Tecnoloxías da Información, and Universidade de Santiago de Compostela. Departamento de Psiquiatría, Radioloxía, Saúde Pública, Enfermaría e Medicina
Subjects: Mathematical optimization, Stochastic modelling, Computer science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, Health Informatics, Stochastic processe, Article, Epidemic models, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Stochastic processes, Seroepidemiologic Studies, Black box, Evolutionary computations, Humans, 030212 general & internal medicine, education, Pandemics, 030304 developmental biology, Retrospective Studies, Flexibility (engineering), 0303 health sciences, education.field_of_study, Stochastic process, SARS-CoV-2, Simulation modeling, COVID-19, Statistical model, 3. Good health, Computer Science Applications, Spain, A priori and a posteriori, Computing science, Software
Abstract: Background and objectives: Epidemiological models of epidemic spread are an essential tool for optimizing decision-making. The current literature is very extensive and covers a wide variety of deterministic and stochastic models. However, with the increase in computing resources, new, more general, and flexible procedures based on simulation models can assess the effectiveness of measures and quantify the current state of the epidemic. This paper illustrates the potential of this approach to build a new dynamic probabilistic model to estimate the prevalence of SARS-CoV-2 infections in different compartments. Methods: We propose a new probabilistic model in which, for the first time in the epidemic literature, parameter learning is carried out using gradient-free stochastic black-box optimization techniques simulating multiple trajectories of the infection dynamics in a general way, solving an inverse problem that is defined employing the daily information from mortality records. Results: After the application of the new proposal in Spain in the first and successive waves, the result of the model confirms the accuracy to estimate the seroprevalence and allows us to know the real dynamics of the pandemic a posteriori to assess the impact of epidemiological measures by the Spanish government and to plan more efficiently the subsequent decisions with the prior knowledge obtained. Conclusions:The model results allow us to estimate the daily patterns of COVID-19 infections in Spain retrospectively and examine the population’s exposure to the virus dynamically in contrast to seroprevalence surveys. Furthermore, given the flexibility of our simulation framework, we can model situations —even using non-parametric distributions between the different compartments in the model— that other models in the existing literature cannot. Our general optimization strategy remains valid in these cases, and we can easily create other non-standard simulation epidemic models that incorporate more complex and dynamic structures This work has received financial support from the Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities under Grant RTI2018-099646-B-I00, the Consellería de Educación, Universidade e Formación Profesional and the European Regional Development Fund under Grant ED431G-2019/04 SI
Published: 2021

14. Uptake, fate, and gut toxicity of perfluorooctanoic acid (PFOA) in vitro

Author: Muriel Mercier-Bonin, Hervé Robert, N. Cabaton, Jean-Nicolas Audinot, C. Stoffels, Mathilde Leveque, Isabelle Fourquaux, E. Person, Vassilia Theodorou, Neuro-Gastroentérologie & Nutrition (ToxAlim-NGN), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Luxembourg Institute of Science and Technology (LIST), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Centre de Microscopie Électronique Appliquée à la Biologie (CMEAB), Toulouse Réseau Imagerie-Genotoul ( TRI-Genotoul), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Hôpital de Rangueil, and CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]
Subjects: 0303 health sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], General Medicine, Toxicology, In vitro, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, chemistry, Biochemistry, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Toxicity, Perfluorooctanoic acid, 030217 neurology & neurosurgery, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology
Abstract: International audience
Published: 2021

15. Transgenerational metabolomic fingerprints in mice ancestrally exposed to the obesogen TBT

Author: Raquel Chamorro-Garcia, Bruce Blumberg, Isabelle Jouanin, Riann Jenay Egusquiza, Bassem M. Shoucri, Marie Tremblay-Franco, Cécile Canlet, Roselyne Gautier, Daniel Zalko, Nathalie Poupin, University of California [Irvine] (UCI), University of California, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), University of California [Irvine] (UC Irvine), University of California (UC), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, and LESUR, Hélène
Subjects: Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], Physiology, Disease, Endocrine Disruptors, Metabolic disruptor, Oral and gastrointestinal, mycotoxin, chemistry.chemical_compound, Mice, 0302 clinical medicine, Pregnancy, 2.1 Biological and endogenous factors, Obesogen, GE1-350, Aetiology, General Environmental Science, 0303 health sciences, Liver Disease, Tributyltin, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Endocrine disruptor, post-harvest disease, Female, Pediatric Research Initiative, aggressiveness factor, Biology, 03 medical and health sciences, Metabolomics, Insulin resistance, medicine, Metabolome, Animals, Obesity, Penicillium expansum, patulin, Metabolic and endocrine, apples, 030304 developmental biology, Nutrition, Prevention, medicine.disease, Estrogen, Environmental sciences, chemistry, Transgenerational effects, Trialkyltin Compounds, Digestive Diseases, 030217 neurology & neurosurgery, Environmental Sciences
Abstract: Author(s): Chamorro-Garcia, Raquel; Poupin, Nathalie; Tremblay-Franco, Marie; Canlet, Cecile; Egusquiza, Riann; Gautier, Roselyne; Jouanin, Isabelle; Shoucri, Bassem M; Blumberg, Bruce; Zalko, Daniel | Abstract: BackgroundEndocrine disrupting chemicals (EDCs) contribute to the etiology of metabolic disorders such as obesity, insulin resistance and hepatic dysfunction. Concern is growing about the consequences of perinatal EDC exposure on disease predisposition later in life. Metabolomics are promising approaches for studying long-term consequences of early life EDC exposure. These approaches allow for the identification and characterization of biomarkers of direct or ancestral exposures that could be diagnostic for individual susceptibility to disease and help to understand mechanisms through which EDCs act.ObjectivesWe sought to identify metabolomic fingerprints in mice ancestrally exposed to the model obesogen tributyltin (TBT), to assess whether metabolomics could discriminate potential trans-generational susceptibility to obesity and recognize metabolic pathways modulated by ancestral TBT exposure.MethodsWe used non-targeted 1H NMR metabolomic analyses of plasma and liver samples collected from male and female mice ancestrally exposed to TBT in two independent transgenerational experiments in which F3 and F4 males became obese when challenged with increased dietary fat.ResultsMetabolomics confirmed transgenerational obesogenic effects of environmentally relevant doses of TBT in F3 and F4 males, in two independent studies. Although females never became obese, their specific metabolomic fingerprint evidenced distinct transgenerational effects of TBT in female mice consistent with impaired capacity for liver biotransformation.DiscussionThis study is the first application of metabolomics to unveil the transgenerational effects of EDC exposure. Very early, significant changes in the plasma metabolome were observed in animals ancestrally exposed to TBT. These changes preceded the onset of obesogenic effects elicited by increased dietary fat in the TBT groups, and which ultimately resulted in significant changes in the liver metabolome. Development of metabolomic fingerprints could facilitate the identification of individuals carrying the signature of ancestral obesogen exposure that might increase their susceptibility to other risk factor such as increased dietary fat.
Published: 2021

16. FORUM: Building a Knowledge Graph from public databases and scientific literature to extract associations between chemicals and diseases

Author: Maxime Delmas, William Garrier, Franck Giacomoni, Fabien Jourdan, Clément Frainay, Nils Paulhe, Florence Vinson, Yoann Pitarch, Olivier Filangi, Christophe Duperier, Paul-Emeric Saunier, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut Supérieur d'Informatique, de Modélisation et de leurs Applications (ISIMA), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Recherche d’Information et Synthèse d’Information (IRIT-IRIS), Institut de recherche en informatique de Toulouse (IRIT), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Toulouse Mind & Brain Institut (TMBI), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT), INRA SDN (Schema Directeur du Numerique), ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), European Project: 825489,H2020,GOLIATH(2019), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Subjects: Structure (mathematical logic), 0303 health sciences, Biological data, Database, AcademicSubjects/SCI01060, Computer science, Databases and Ontologies, Scientific literature, computer.file_format, computer.software_genre, Original Papers, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Knowledge graph, Ontology, Graph (abstract data type), SPARQL, Relevance (information retrieval), [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Semantic Web, computer, 030217 neurology & neurosurgery, 030304 developmental biology
Abstract: Metabolomics studies aim at reporting a metabolic signature (list of metabolites) related to a particular experimental condition. These signatures are instrumental in the identification of biomarkers or classification of individuals, however their biological and physiological interpretation remains a challenge. Overcoming this challenge is critical when aiming to associate metabolic signatures with potential pathological outcomes. To support this task, we introduce FORUM: a Knowledge Graph (KG) providing a semantic representation of relations between chemicals and biomedical concepts, built from a federation of life science databases and scientific literature repositories. An important number of scientific articles discuss relations between chemical compounds and biomedical concepts in various contexts, from biomarkers to therapeutic uses. The extraction of these statements and their interconnection in a graph structure can thus allow us to identify and explore relations strongly supported in the scientific literature.The use of a Semantic Web framework on biological data allows us to apply ontological based reasoning to infer new relations between entities. We show that these new relations provide different levels of abstraction and could open the path to new hypotheses. We estimate the statistical relevance of each extracted relation, explicit or inferred, using an enrichment analysis, and instantiate them as new knowledge in the KG to support results interpretation/further inquiries. Beyond this result, FORUM can also provide insights into complex biological questions and the extracted information could then be used for further developments.Containing more than 8 billion triples and providing more than 8 million relations, FORUM leverages the increasing availability of linked datasets in life science and is built in agreement with FAIR principles. A web interface to browse and download the extracted relations, as well as a SPARQL endpoint to directly probe the whole FORUM knowledge graph, are available at https://forum-webapp.semantic-metabolomics.fr. The code needed to reproduce the triplestore is available at https://github.com/eMetaboHUB/Forum-DiseasesChem.
Published: 2021

17. SOC-II-03 Zebrafish as a model for chemical induced adipogenesis and related metabolic diseases

Author: den Broeder, M., Habreaken, N., Farnezi, H., Massart, J., Stingl, M., Poupin, Nathalie, Jourdan, F., Legler, J., H. Kamstra, J., Nutrition, Métabolismes et Cancer (NuMeCan), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Curtin University [Perth], Planning and Transport Research Centre (PATREC), and Vrije Universiteit Amsterdam [Amsterdam] (VU)
Subjects: [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, General Medicine, Toxicology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience
Published: 2022

18. Atopic dermatitis or eczema? Consequences of ambiguity in disease name for biomedical literature mining

Author: Sarah Filippi, Marina Evangelou, Yoann Pitarch, Clément Frainay, Adnan Custovic, Imperial College London, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Recherche d’Information et Synthèse d’Information (IRIT-IRIS), Institut de recherche en informatique de Toulouse (IRIT), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, National Heart and Lung Institute [London] (NHLI), Imperial College London-Royal Brompton and Harefield NHS Foundation Trust, and UK Research & Innovation (UKRI)Medical Research Council UK (MRC)European Commission
Subjects: Medical terminology, GENES, Allergy, media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, Decision tree, Eczema, text mining, computer.software_genre, Terminology, TEXT, Dermatitis, Atopic, 1117 Public Health and Health Services, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Terminology as Topic, medical terminology, medicine, Immunology and Allergy, Data Mining, Humans, information retrieval, REVISED NOMENCLATURE, 030304 developmental biology, media_common, 0303 health sciences, Science & Technology, atopic dermatitis, business.industry, Decision tree learning, Subject (documents), Atopic dermatitis, Ambiguity, medicine.disease, 3. Good health, Systematic review, 030228 respiratory system, 1107 Immunology, 1111 Nutrition and Dietetics, Artificial intelligence, business, Psychology, computer, Life Sciences & Biomedicine, Natural language processing
Abstract: International audience; Background: Biomedical research increasingly relies on computational approaches to extract relevant information from large corpora of publications.Objective: To investigate the consequence of the ambiguity between the use of terms "Eczema" and "Atopic Dermatitis" (AD) from the Information Retrieval perspective, and its impact on meta-analyses, systematic reviews and text mining.Methods: Articles were retrieved by querying the PubMed using terms 'eczema' (D003876) and "dermatitis, atopic" (D004485). We used machine learning to investigate the differences between the contexts in which each term is used. We used a decision tree approach and trained model to predict if an article would be indexed with eczema or AD tags. We used text-mining tools to extract biological entities associated with eczema and AD, and investigated the discrepancy regarding the retrieval of key findings according to the terminology used.Results: Atopic dermatitis query yielded more articles related to veterinary science, biochemistry, cellular and molecular biology; the eczema query linked to public health, infectious disease and respiratory system. Medical Subject Headings terms associated with "AD" or "Eczema" differed, with an agreement between the top 40 lists of 52%. The presence of terms related to cellular mechanisms, especially allergies and inflammation, characterized AD literature. The metabolites mentioned more frequently than expected in articles with AD tag differed from those indexed with eczema. Fewer enriched genes were retrieved when using eczema compared to AD query.Conclusions and clinical relevance: There is a considerable discrepancy when using text mining to extract bio-entities related to eczema or AD. Our results suggest that any systematic approach (particularly when looking for metabolites or genes related to the condition) should be performed using both terms jointly. We propose to use decision tree learning as a tool to spot and characterize ambiguity, and provide the source code for disambiguation at https://github.com/cfrainay/ResearchCodeBase.
Published: 2021

19. Osteogenic Response of Human Mesenchymal Stem Cells Analysed Using Combined Intracellular and Extracellular Metabolomic Monitoring

Author: Fabien Jourdan, Dong-Hyun Kim, Amal Surrati, Sergey Evseev, Virginie Sottile, University of Nottingham, UK (UON), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and University of Pavia
Subjects: Physiology, Metabolite, Cellular differentiation, Metabolomics profiling, [SDV]Life Sciences [q-bio], QD415-436, Biochemistry, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Metabolomics, Osteogenesis, medicine, Extracellular, Humans, QP1-981, Progenitor cell, 030304 developmental biology, Cell Line, Transformed, 0303 health sciences, Chemistry, 030302 biochemistry & molecular biology, Mesenchymal stem cell, Cell Differentiation, Cell biology, LC-MS, medicine.anatomical_structure, Differentiation, Metabolome, Mesenchymal stem cells, Bone marrow, Stem cell
Abstract: International audience; Background/Aims: The skeleton is a metabolically active organ undergoing continuous remodelling initiated by mesenchymal progenitors present in bone and bone marrow. Under certain pathological conditions this remodelling balance shifts towards increased resorption resulting in weaker bone microarchitecture, and there is consequently a therapeutic need to identify pathways that could inversely enhance bone formation from stem cells. Metabolomics approaches recently applied to stem cell characterisation could help identify new biochemical markers involved in osteogenic differentiation. Methods: Combined intra- and extracellular metabolite profiling was performed by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) on human mesenchymal stem cells (MSCs) undergoing osteogenic differentiation in vitro. Using a combination of univariate and multivariate analyses, changes in metabolite and nutrient concentration were monitored in cultures under osteogenic treatment over 10 days. Results: A subset of differentially detected compounds was identified in differentiating cells, suggesting a direct link to metabolic processes involved in osteogenic response. Conclusion: These results highlight new metabolite candidates as potential biomarkers to monitor stem cell differentiation towards the bone lineage.
Published: 2021

20. Pathway analysis in metabolomics: pitfalls and best practice for the use of over-representation analysis

Author: Clément Frainay, Pablo Rodriguez-Mier, Juliette Cooke, Fabien Jourdan, Florence Vinson, Cecilia Wieder, Timothy M. D. Ebbels, Nathalie Poupin, Rachel P. J. Lai, Jacob G. Bundy, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Computer science, pathway enrichment, Computational biology, bioinformatics, 3. Good health, pathway analysis, Biological pathway, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Metabolomics, model interpretation, Profiling (information science), Identification (biology), over-representation analysis, KEGG, Biomarker discovery, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Set (psychology), 030217 neurology & neurosurgery, Organism, 030304 developmental biology
Abstract: Over-representation analysis (ORA) is one of the commonest pathway analysis approaches used for the functional interpretation of metabolomics datasets. Despite the widespread use of ORA in metabolomics, the community lacks guidelines detailing its best-practice use. Many factors have a pronounced impact on the results, but to date their effects have received little systematic attention in the field. We developed in-silico simulations using five publicly available datasets and illustrated that changes in parameters, such as the background set, differential metabolite selection methods, and pathway database choice, could all lead to profoundly different ORA results. The use of a non-assay-specific background set, for example, resulted in large numbers of false-positive pathways. Pathway database choice, evaluated using three of the most popular metabolic pathway databases: KEGG, Reactome, and BioCyc, led to vastly different results in both the number and function of significantly enriched pathways. Metabolomics data specific factors, such as reliability of compound identification and assay chemical bias also impacted ORA results. Simulated metabolite misidentification rates as low as 4% resulted in both gain of false-positive pathways and loss of truly significant pathways across all datasets. Our results have several practical implications for ORA users, as well as those using alternative pathway analysis methods. We offer a set of recommendations for the use of ORA in metabolomics, alongside a set of minimal reporting guidelines, as a first step towards the standardisation of pathway analysis in metabolomics.Author summaryMetabolomics is a rapidly growing field of study involving the profiling of small molecules within an organism. It allows researchers to understand the effects of biological status (such as health or disease) on cellular biochemistry, and has wide-ranging applications, from biomarker discovery and personalised medicine in healthcare to crop protection and food security in agriculture. Pathway analysis helps to understand which biological pathways, representing collections of molecules performing a particular function, are involved in response to a disease phenotype, or drug treatment, for example. Over-representation analysis (ORA) is perhaps the most common pathway analysis method used in the metabolomics community. However, ORA can give drastically different results depending on the input data and parameters used. In this work, we have established the effects of these factors on ORA results using computational simulations applied to five real-world datasets. Based on our results, we offer the research community a set of best-practice recommendations applicable not only to ORA but also to other pathway analysis methods to help ensure the reliability and reproducibility of results.
Published: 2021

21. The pregnane X receptor drives sexually dimorphic hepatic changes in lipid and xenobiotic metabolism in response to gut microbiota in mice

Author: Frédéric Lasserre, Sharon Barretto, Maïwenn Olier, Laurence Gamet-Payrastre, Claire Naylies, Hervé Guillou, Sandrine Bruel, Laurence Guzylack, Nicolas Loiseau, Céline Lukowicz, Elodie Person, Colette Bétoulières, Marion Régnier, Laila Mselli-Lakhal, Vassilia Theodorou, Walter Wahli, Anne Fougerat, Yannick Lippi, Arnaud Polizzi, Sarra Smati, Sandrine Ellero-Simatos, Daniel Zalko, Marine Huillet, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Transcriptomic impact of Xenobiotics (E23 TRiX), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Plateforme Ezop (Ezop), Neuro-Gastroentérologie & Nutrition (ToxAlim-NGN), Exposition, Perturbation Endocrino-métabolique et Reproduction (ToxAlim-EXPER), Lee Kong Chian School of Medicine, Nanyang Technological University [Singapour], Center for Integrative Genomics - Institute of Bioinformatics, Génopode (CIG), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne (UNIL)-Université de Lausanne (UNIL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Nanyang Technological University (NTU), and Lee Kong Chian School of Medicine (LKCMedicine)
Subjects: Male, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gut microbiota, Gut flora, Microbiology, digestive system, Xenobiotics, Transcriptome, Microbial ecology, Mice, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, NR1I2, Internal medicine, medicine, Animals, Female, Gastrointestinal Microbiome/genetics, Lipids, Liver, Mice, Inbred C57BL, Pregnane X Receptor/genetics, Fatty acid metabolism, Pregnane X receptor, Transcriptomics, Xenobiotic metabolism, Gut Microbiota, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, biology, Effector, Research, QR100-130, Fatty acid, Biological sciences [Science], biology.organism_classification, digestive system diseases, Gastrointestinal Microbiome, 3. Good health, Endocrinology, chemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, Xenobiotic, Drug metabolism
Abstract: Background The gut microbiota–intestine–liver relationship is emerging as an important factor in multiple hepatic pathologies, but the hepatic sensors and effectors of microbial signals are not well defined. Results By comparing publicly available liver transcriptomics data from conventional vs. germ-free mice, we identified pregnane X receptor (PXR, NR1I2) transcriptional activity as strongly affected by the absence of gut microbes. Microbiota depletion using antibiotics in Pxr+/+vs Pxr-/- C57BL/6J littermate mice followed by hepatic transcriptomics revealed that most microbiota-sensitive genes were PXR-dependent in the liver in males, but not in females. Pathway enrichment analysis suggested that microbiota–PXR interaction controlled fatty acid and xenobiotic metabolism. We confirmed that antibiotic treatment reduced liver triglyceride content and hampered xenobiotic metabolism in the liver from Pxr+/+ but not Pxr-/- male mice. Conclusions These findings identify PXR as a hepatic effector of microbiota-derived signals that regulate the host’s sexually dimorphic lipid and xenobiotic metabolisms in the liver. Thus, our results reveal a potential new mechanism for unexpected drug–drug or food–drug interactions.
Published: 2021

22. Mitochondrial metabolism supports resistance to IDH mutant inhibitors in acute myeloid leukemia

Author: Lara Gales, Camille Montersino, Marc Conti, Pierre Bories, Courtney D. DiNardo, Brandon Nicolay, Fabien Jourdan, Nicolas Broin, Mohsen Hosseini, Guillaume Cognet, Yves Gibon, Marie Sabatier, Tony Kaoma, Marina Konopleva, Lucille Stuani, Mathilde Gotanègre, Christian Recher, Laurent Fernando, Vera Pancaldi, Nathalie Poupin, Estelle Saland, Jean-Emmanuel Sarry, Joseph R. Marszalek, Andrei Turtoi, Thomas Farge, Feng Wang, Yves Collette, Laurent Le Cam, Madi Y. Cissé, Cédric Cassan, Alexis Hucteau, Claudie Bosc, Natalia Baran, Sebastien Ronseaux, Aliki Zavoriti, François Fenaille, Florence Castelli, Laetitia K. Linares, Evgenia Turtoi, Emeline Chu-Van, Martin Carroll, Pierre-Luc Mouchel, Mary A. Selak, Guillaume Cazals, Emeline Boet, Rémy Castellano, Floriant Bellvert, Norbert Vey, Clément Larrue, Koichi Takahashi, Ambrine Sahal, Sylvain Loric, Jean-Charles Portais, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'Etude du Métabolisme des Médicaments (LEMM), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MD Anderson Cancer Center [Houston], The University of Texas Health Science Center at Houston (UTHealth), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Luxembourg Institute of Health (LIH), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Pennsylvania, Université de Montpellier (UM), Réseau régional de cancérologie Onco-Occitanie, Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Agios Pharmaceuticals, ANR-11-PHUC-0001,CAPTOR,Cancer et Pharmacologie : Projet de Toulouse-Oncopole et de sa Région(2011), ANR-11-LABX-0068,TOUCAN,Analyse intégrée de la résistance dans les cancers hématologiques(2011), ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), Pathologies biliaires, fibrose et cancer du foie [CHU Saint-Antoine], Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CHU Toulouse [Toulouse]-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Pennsylvania [Philadelphia], Laboratoire de Mesures Physiques, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Toulouse [Toulouse]-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion (BSC - CNS), STROMALab, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Etablissement Français du Sang-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), collette, yves, Pôle hospitalier Universitaire Cancer (PHUC) - Cancer et Pharmacologie : Projet de Toulouse-Oncopole et de sa Région - - CAPTOR2011 - ANR-11-PHUC-0001 - PHUC - VALID, Analyse intégrée de la résistance dans les cancers hématologiques - - TOUCAN2011 - ANR-11-LABX-0068 - LABX - VALID, and Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - - METABOHUB2011 - ANR-11-INBS-0010 - INBS - VALID
Subjects: Pyridines, [SDV]Life Sciences [q-bio], Mutant, Aminopyridines, Mice, SCID, Mitochondrion, medicine.disease_cause, Oxidative Phosphorylation, Epigenesis, Genetic, 0302 clinical medicine, Piperidines, Mice, Inbred NOD, hemic and lymphatic diseases, Immunology and Allergy, Enzyme Inhibitors, Mice, Knockout, 0303 health sciences, Mutation, Oxadiazoles, Chemistry, Triazines, Myeloid leukemia, Isocitrate Dehydrogenase, 3. Good health, Mitochondria, [SDV] Life Sciences [q-bio], Isoenzymes, Leukemia, Leukemia, Myeloid, 030220 oncology & carcinogenesis, Doxycycline, Acute Disease, Immunology, Glycine, HL-60 Cells, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Article, 03 medical and health sciences, Cell Line, Tumor, medicine, Animals, Humans, Epigenetics, Protein kinase B, 030304 developmental biology, medicine.disease, Xenograft Model Antitumor Assays, Leukemia & Lymphoma, Metabolism, Drug Resistance, Neoplasm, Cancer cell, Cancer research
Abstract: Stuani et al. demonstrate that IDH mutant AML cells display an enhanced mitochondrial phenotype, which is not reversed by IDH mutant inhibitors. This study provides a scientific rationale for combinatory mitochondrial-targeted therapies to treat IDH mutant AML patients, especially those unresponsive to or relapsing from IDH mutant inhibitors., Mutations in IDH induce epigenetic and transcriptional reprogramming, differentiation bias, and susceptibility to mitochondrial inhibitors in cancer cells. Here, we first show that cell lines, PDXs, and patients with acute myeloid leukemia (AML) harboring an IDH mutation displayed an enhanced mitochondrial oxidative metabolism. Along with an increase in TCA cycle intermediates, this AML-specific metabolic behavior mechanistically occurred through the increase in electron transport chain complex I activity, mitochondrial respiration, and methylation-driven CEBPα-induced fatty acid β-oxidation of IDH1 mutant cells. While IDH1 mutant inhibitor reduced 2-HG oncometabolite and CEBPα methylation, it failed to reverse FAO and OxPHOS. These mitochondrial activities were maintained through the inhibition of Akt and enhanced activation of peroxisome proliferator-activated receptor-γ coactivator-1 PGC1α upon IDH1 mutant inhibitor. Accordingly, OxPHOS inhibitors improved anti-AML efficacy of IDH mutant inhibitors in vivo. This work provides a scientific rationale for combinatory mitochondrial-targeted therapies to treat IDH mutant AML patients, especially those unresponsive to or relapsing from IDH mutant inhibitors., Graphical Abstract
Published: 2021

23. Safety assessment of cosmetics by read across applied to metabolomics data of in vitro skin and liver models

Author: Sandrine Bessou-Touya, Marie Tremblay-Franco, Yves Brunel, Hélène Duplan, Cécile Canlet, Emilien L. Jamin, Daniel Zalko, Carine Jacques, Jean-François Martin, Laurent Debrauwer, Pierre-Jacques Ferret, Isabelle Jouanin, Centre de Recherche Pierre Fabre (Centre de R&D Pierre Fabre), PIERRE FABRE, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ToxAlim (ToxAlim), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Subjects: Swine, Health, Toxicology and Mutagenesis, media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], Skin mode, Cosmetics, Pharmacology, Toxicology, Cell Line, 03 medical and health sciences, Animal data, 0302 clinical medicine, Metabolomics, In vivo, Toxicity Tests, Metabolome, Animals, Humans, Cells, Cultured, 030304 developmental biology, media_common, Skin, Skin metabolism, 0303 health sciences, Chemistry, In vitro toxicology, Lipid metabolism, General Medicine, 3. Good health, Liver, Consumer Product Safety, 030220 oncology & carcinogenesis, Toxicity, Read-across, Female, Decanoic Acids
Abstract: International audience; As a result of the cosmetics testing ban, safety evaluations of cosmetics ingredients must now be conducted using animal-free methods. A common approach is read across, which is mainly based on structural similarities but can also be conducted using biological endpoints. Here, metabolomics was used to assess biological effects to enable a read across between a candidate cosmetic ingredient, DIV665, only studied using in vitro assays, and a structurally similar reference compound, PA102, previously investigated using traditional in vivo toxicity methods. The (1) cutaneous distribution after topical application, (2) skin metabolism, (3) liver metabolism and (4) effect on the intracellular metabolomic profiles of in vitro skin and hepatic models, SkinEthic®RHE model and HepaRG® cells were investigated. The compounds exhibited similar skin penetration and skin and liver metabolism, with small differences attributed to their physicochemical properties. The effects of both compounds on the metabolome of RHE and HepaRG® cells were similarly small, both in terms of the metabolites modulated and the magnitude of changes. The patterns of metabolome changes did not fit with any known signature relating to a mode of action known to be linked to liver toxicity e.g. modification of the Krebs cycle, urea synthesis and lipid metabolism, were more reflective of transient adaptive responses. Overall, these studies indicate that PA102 is biologically similar to DIV665, allowing read across of safety endpoints, such as in vivo sub-chronic (but not reproduction toxicity) studies, for the former to be applied to DIV665. Based on this, in the absence of animal data (which is prohibited for new chemicals), it could be concluded that DIV665 applied according to the consumer topical use scenario, is similar to PA102, and is predicted to exhibit low local skin and systemic toxicity
Published: 2021

24. Chapter Eight - Plant genome-scale metabolic networks

Author: Gerlin, Léo, Frainay, Clément, Jourdan, Fabien, Baroukh, Caroline, Prigent, Sylvain, Science Direct, Laboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement (LIPME), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Pierre Pétriacq, Alain Bouchereau
Subjects: Metabolic network, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, metabolic models, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [INFO]Computer Science [cs], Plant genome-scale, Plant-microorganism interaction, visualization
Abstract: International audience; With the development of plant metabolomics, projects like the 10,000 plants genome sequencing project and the growth of other omics, the amount of data describing plant metabolism has never been so big. Genome-scale metabolic models (GEMs) are widely used to integrate and study the available information, and to better understand global responses to metabolic changes.In the first part of this chapter, we will focus on the existing plant GEMs, their history, and the biological questions associated with their reconstruction. Those GEMs were initially reconstructed based on cell suspension systems, but current reconstructions are widely focused on multiorgans and multitissues models, requiring some model integration.Model integration is the focus of the second part of this chapter, with the study of biotic interactions with the integration of GEMs coming from plant-interacting microorganisms and their host plants, modeling either pathogenic and symbiotic interactions. Emphasis will be placed on modeling quantitative interaction between plants and microorganisms.Finally, the third part of this chapter describes how the visualization of networks could be used to improve the understanding of the models and the integration of different omics data, and how good representation of metabolic networks can help the user to perform diverse tasks and put knowledge in context.
Published: 2021

25. Addendum: An Optimised Dual Extraction Method for the Simultaneous and Accurate Analysis of Polar Metabolites and Lipids Carried out on Single Biological Samples. Metabolites 2020, 10, 338

Author: Villaret-Cazadamont, Joran, Poupin, Nathalie, Tournadre, Anthony, Batut, Aurélie, Gales, Lara, Zalko, Daniel, Cabaton, Nicolas J., Bellvert, Floriant, Bertrand-Michel, Justine, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), French National research Program for Environmental and Occupational Health of Anses (2018/1/172), INRAE Human Nutrition division, Région Occitanie, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: n/a, lcsh:QR1-502, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, lcsh:Microbiology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Addendum
Abstract: The authors wish to make the following comment to the paper [...]
Published: 2020

26. An Integrated Analysis of miRNA and Gene Expression Changes in Response to an Obesogenic Diet to Explore the Impact of Transgenerational Supplementation with Omega 3 Fatty Acids

Author: Béatrice Morio, Nathalie Poupin, Alexandre Pinel, Karla Fabiola Corral-Jara, Sarah de Saint Vincent, Tao Ye, Frédéric Capel, Jean Paul Rigaudière, Laura Cantini, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Avril Lesieur European Union (EU), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LESUR, Hélène, and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, obesity, medicine.medical_treatment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gene Expression, Type 2 diabetes, Bioinformatics, Mice, 0302 clinical medicine, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, Metabolic Syndrome, Nutrition and Dietetics, microRNA, [SDV.MHEP.EM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Eicosapentaenoic acid, [SDV] Life Sciences [q-bio], lcsh:Nutrition. Foods and food supply, Polyunsaturated fatty acid, lcsh:TX341-641, Biology, Diet, High-Fat, liver, Article, 03 medical and health sciences, omega 3 fatty acids, Insulin resistance, Fatty Acids, Omega-3, medicine, [SDV.MHEP.PHY]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Tissues and Organs [q-bio.TO], Animals, Insulin, medicine.disease, IRS2, Mice, Inbred C57BL, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Disease Models, Animal, MicroRNAs, 030104 developmental biology, chemistry, Dietary Supplements, Metabolic syndrome, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, transcriptome, 030217 neurology & neurosurgery, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Food Science
Abstract: Insulin resistance decreases the ability of insulin to inhibit hepatic gluconeogenesis, a key step in the development of metabolic syndrome. Metabolic alterations, fat accumulation, and fibrosis in the liver are closely related and contribute to the progression of comorbidities, such as hypertension, type 2 diabetes, or cancer. Omega 3 (n-3) polyunsaturated fatty acids, such as eicosapentaenoic acid (EPA), were identified as potent positive regulators of insulin sensitivity in vitro and in animal models. In the current study, we explored the effects of a transgenerational supplementation with EPA in mice exposed to an obesogenic diet on the regulation of microRNAs (miRNAs) and gene expression in the liver using high-throughput techniques. We implemented a comprehensive molecular systems biology approach, combining statistical tools, such as MicroRNA Master Regulator Analysis pipeline and Boolean modeling to integrate these biochemical processes. We demonstrated that EPA mediated molecular adaptations, leading to the inhibition of miR-34a-5p, a negative regulator of Irs2 as a master regulatory event leading to the inhibition of gluconeogenesis by insulin during the fasting&ndash, feeding transition. Omics data integration provided greater biological insight and a better understanding of the relationships between biological variables. Such an approach may be useful for deriving innovative data-driven hypotheses and for the discovery of molecular&ndash, biochemical mechanistic links.
Published: 2020

27. Combinatory therapy targeting mitochondrial oxidative phosphorylation improves efficacy of IDH mutant inhibitors in acute myeloid leukemia

Author: Floriant Bellvert, Camille Montersino, Pierre-Luc Mouchel, Brandon Nicolay, Guillaume Cazals, Laurent Fernando, Nicolas Broin, Jean-Charles Portais, Joe Marszalek, Clément Larrue, Norbert Vey, Sebastien Ronseaux, Thomas Farge, Jean-Emmanuel Sarry, Andrei Turtoi, Aliki Zavoriti, Tony Kaoma, Courtney D. DiNardo, Emeline Chu-Van, Claudie Bosc, Guillaume Cognet, Rémy Castellano, Héléna Boutzen, Cédric Cassan, Claire Calmettes, Florence Castelli, Marie Sabatier, Arnaud Pigneux, Evgenia Turtoi, Yves Collette, Martin Carroll, Yves Gibon, Emeline Boet, Laetitia K. Linares, Mathilde Gotanègre, Francois Fenaille, Laurent Le Cam, Lara Gales, Marc Conti, Nathalie Poupin, Mary A. Selak, Lucille Stuani, Andrew Futreal, Christian Recher, Marina Konopleva, Feng Wang, Estelle Saland, Mohsen Hosseini, Audrey Bidet, Kiyomi Morita, Natalia Baran, Koichi Takahashi, Sylvain Loric, Pierre Bories, Fabien Jourdan, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The University of Texas M.D. Anderson Cancer Center [Houston], Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'Etude du Métabolisme des Médicaments (LEMM), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Luxembourg Institute of Health (LIH), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut du Cancer de Montpellier (ICM), Department of Medicine, Division of Haematology–Oncology, University of Pennsylvania, University of Pennsylvania [Philadelphia], Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), CHU Bordeaux [Bordeaux], Laboratoire de Mesures Physiques, Université de Montpellier (UM), Réseau régional de cancérologie Onco-Occitanie, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Agios Pharmaceuticals, MD Anderson Cancer Center [Houston], The University of Texas Health Science Center at Houston (UTHealth), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Pennsylvania, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Jourdan, Fabien, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: 0303 health sciences, IDH1, Chemistry, Mutant, Myeloid leukemia, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Oxidative phosphorylation, 3. Good health, Citric acid cycle, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, 030220 oncology & carcinogenesis, Cancer cell, Cancer research, Epigenetics, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Beta oxidation, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], 030304 developmental biology
Abstract: Isocitrate dehydrogenases (IDH) are involved in redox control and central metabolism. Mutations in IDH induce epigenetic and transcriptional reprogramming, differentiation bias, BCL-2 dependence and susceptibility to mitochondrial inhibitors in cancer cells. Here we show that high sensitivity to mitochondrial oxidative phosphorylation (OxPHOS) inhibitors is due to an enhanced mitochondrial oxidative metabolism in cell lines, PDX and patients with acute myeloid leukemia (AML) harboring IDH mutation. Along with an increase in TCA cycle intermediates, this AML-specific metabolic behavior mechanistically occurs through the increase in methylation-driven CEBPα- and CPT1a-induced fatty acid oxidation, electron transport chain complex I activity and mitochondrial respiration in IDH1 mutant AML. Furthermore, an IDH mutant inhibitor that significantly and systematically reduces 2-HG oncometabolite transiently reverses mitochondrial FAO and OxPHOS gene signature and activities in patients who responded to the treatment and achieved the remission. However, at relapse or in patients who did not respond, IDH mutant inhibitor failed to block these mitochondrial properties. Accordingly, OxPHOS inhibitors such as IACS-010759 improve anti-AML efficacy of IDH mutant inhibitors alone and in combination with chemotherapyin vivo. This work provides a scientific rationale for combinatory mitochondrial-targeted therapies to treat IDH mutant-positive AML patients, especially those unresponsive to or relapsing from IDH mutant-specific inhibitors.
Published: 2020

28. An Optimized Dual Extraction Method for the Simultaneous and Accurate Analysis of Polar Metabolites and Lipids Carried out on Single Biological Samples

Author: Villaret-Cazadamont, Joran, Poupin, Nathalie, Tournadre, Anthony, Batut, Aurélie, Gales, Lara, Zalko, Daniel, Cabaton, Nicolas J., Bellvert, Floriant, Bertrand-Michel, Justine, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateau MetaToul-LIPIDOMIQUE = MetaToul-Lipidomics, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), French National Research Program for Environmental and Occupational Health of Anses 2018/1/172, INRAE Human Nutrition division, Région Occitanie, LESUR, Hélène, MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul Lipidomics, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul, Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: hepatotoxicity, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, sample preparation, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:QR1-502, metabolomics, lcsh:Microbiology, Article, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, multi-omics analysis, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, lipidomics, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, dual extraction
Abstract: International audience; The functional understanding of metabolic changes requires both a significant investigation into metabolic pathways, as enabled by global metabolomics and lipidomics approaches, and the comprehensive and accurate exploration of specific key pathways. To answer this pivotal challenge, we propose an optimized approach, which combines an efficient sample preparation, aiming to reduce the variability, with a biphasic extraction method, where both the aqueous and organic phases of the same sample are used for mass spectrometry analyses. We demonstrated that this double extraction protocol allows working with one single sample without decreasing the metabolome and lipidome coverage. It enables the targeted analysis of 40 polar metabolites and 82 lipids, together with the absolute quantification of 32 polar metabolites, providing comprehensive coverage and quantitative measurement of the metabolites involved in central carbon energy pathways. With this method, we evidenced modulations of several lipids, amino acids, and energy metabolites in HepaRG cells exposed to fenofibrate, a model hepatic toxicant, and metabolic modulator. This new protocol is particularly relevant for experiments involving limited amounts of biological material and for functional metabolic explorations and is thus of particular interest for studies aiming to decipher the effects and modes of action of metabolic disrupting compounds.
Published: 2020

29. Postprandial NMR-Based Metabolic Exchanges Reflect Impaired Phenotypic Flexibility across Splanchnic Organs in the Obese Yucatan Mini-Pig

Author: Isabelle Savary-Auzeloux, Cécile Canlet, Nathalie Poupin, Dominique Dardevet, Marie Tremblay-Franco, Aurélien Amiel, Fabien Jourdan, Sergio Polakof, Laurent Debrauwer, Didier Rémond, Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), INRAE AlimH department funding French Infrastructure for Metabolomics and Fluxomics MetaboHUB-ANR-11-INBS-0010, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: 0301 basic medicine, Blood Glucose, Magnetic Resonance Spectroscopy, Swine, high fat-high sucrose diet, [SDV]Life Sciences [q-bio], postprandial, mini-pigs, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Dietary Sucrose, energy metabolism, Glucose homeostasis, Homeostasis, Intestinal Mucosa, Nutrition and Dietetics, Glycogen, Postprandial Period, metabolomics, Postprandial, Swine, Miniature, Animal Nutritional Physiological Phenomena, Female, Splanchnic, lcsh:Nutrition. Foods and food supply, arteriovenous differences, medicine.medical_specialty, 030209 endocrinology & metabolism, lcsh:TX341-641, Biology, Diet, High-Fat, liver, Article, 03 medical and health sciences, Metabolomics, Insulin resistance, Internal medicine, medicine, Metabolome, Animals, Obesity, intestine, phenotypic flexibility, medicine.disease, 030104 developmental biology, Endocrinology, chemistry, Insulin Resistance, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Food Science
Abstract: The postprandial period represents one of the most challenging phenomena in whole-body metabolism, and it can be used as a unique window to evaluate the phenotypic flexibility of an individual in response to a given meal, which can be done by measuring the resilience of the metabolome. However, this exploration of the metabolism has never been applied to the arteriovenous (AV) exploration of organs metabolism. Here, we applied an AV metabolomics strategy to evaluate the postprandial flexibility across the liver and the intestine of mini-pigs subjected to a high fat&ndash, high sucrose (HFHS) diet for 2 months. We identified for the first time a postprandial signature associated to the insulin resistance and obesity outcomes, and we showed that the splanchnic postprandial metabolome was considerably affected by the meal and the obesity condition. Most of the changes induced by obesity were observed in the exchanges across the liver, where the metabolism was reorganized to maintain whole body glucose homeostasis by routing glucose formed de novo from a large variety of substrates into glycogen. Furthermore, metabolites related to lipid handling and energy metabolism showed a blunted postprandial response in the obese animals across organs. Finally, some of our results reflect a loss of flexibility in response to the HFHS meal challenge in unsuspected metabolic pathways that must be further explored as potential new events involved in early obesity and the onset of insulin resistance.
Published: 2020

30. The GOLIATH Project: Towards an Internationally Harmonised Approach for Testing Metabolism Disrupting Compounds

Author: Legler, Juliette, Zalko, Daniel, Jourdan, Fabien, Jacobs, Miriam, Fromenty, Bernard, Balaguer, Patrick, Bourguet, William, Munic Kos, Vesna, Nadal, Angel, Beausoleil, Claire, Cristobal, Susana, Remy, Sylvie, Ermler, Sibylle, Margiotta-Casaluci, Luigi, Griffin, Julian L., Blumberg, Bruce, Chesné, Christophe, Hoffmann, Sebastian, Andersson, Patrik L., Kamstra, Jorke H., Dep Population Health Sciences, IRAS OH Toxicology, dIRAS RA-1, Utrecht University [Utrecht], Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre for Radiation, Chemical and Environmental Hazards, Public Health England [London], Nutrition, Métabolismes et Cancer (NuMeCan), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre de Biochimie Structurale [Montpellier] (CBS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Karolinska Institutet [Stockholm], Universidad Miguel Hernández [Elche] (UMH), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Linköping University (LIU), Flemish Institute for Technological Research (VITO), Department of Life Sciences, College of Health and Life Sciences, Brunel University London [Uxbridge], Imperial College London, University of California [Irvine] (UCI), University of California, Biopredic International [Saint-Grégoire], Seh consulting, Umeå University, Department of Chemistry, European Union's Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement GOLIATH No. 825489., Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California [Irvine] (UC Irvine), University of California (UC), Umeå University, European Project: 825489,H2020,GOLIATH(2019), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), 825489, Horizon 2020, inrae, LESUR, Hélène, Beating Goliath: Generation Of NoveL, Integrated and Internationally Harmonised Approaches for Testing Metabolism Disrupting Compounds - GOLIATH - - H20202019-01-19 - 2023-12-31 - 825489 - VALID, Dep Population Health Sciences, IRAS OH Toxicology, and dIRAS RA-1
Subjects: 0301 basic medicine, obesity, [SDV]Life Sciences [q-bio], risk assessment, 010501 environmental sciences, Endocrine Disruptors, MESH: Risk Assessment, 01 natural sciences, lcsh:Chemistry, Adverse Outcome Pathway, Adipocytes, chemicals, MESH: Obesity, lcsh:QH301-705.5, MESH: Fatty Liver, Spectroscopy, diabetes, Biochemistry and Molecular Biology, General Medicine, Integrated approach, Farmakologi och toxikologi, 3. Good health, Computer Science Applications, MESH: Endocrine Disruptors, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Risk analysis (engineering), [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Metabolic Networks and Pathways, Project Report, MESH: Diabetes Mellitus, endocrine, 0699 Other Biological Sciences, Pharmacology and Toxicology, Catalysis, Inorganic Chemistry, 03 medical and health sciences, 0399 Other Chemical Sciences, Diabetes Mellitus, Genetics, Humans, Physical and Theoretical Chemistry, Molecular Biology, MESH: Adipocytes, Metabolic and endocrine, 0105 earth and related environmental sciences, Metabolic health, Nutrition, 0604 Genetics, Chemical Physics, Organic Chemistry, Estrogen, Fatty Liver, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, 030104 developmental biology, lcsh:Biology (General), lcsh:QD1-999, 13. Climate action, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Business, Other Biological Sciences, Other Chemical Sciences, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Biokemi och molekylärbiologi
Abstract: International audience; The purpose of this project report is to introduce the European "GOLIATH" project, a new research project which addresses one of the most urgent regulatory needs in the testing of endocrine-disrupting chemicals (EDCs), namely the lack of methods for testing EDCs that disrupt metabolism and metabolic functions. These chemicals collectively referred to as "metabolism Int. Int. J. Mol. Sci. 2020, 21, 3480 2 of 18 disrupting compounds" (MDCs) are natural and anthropogenic chemicals that can promote metabolic changes that can ultimately result in obesity, diabetes, and/or fatty liver in humans. This project report introduces the main approaches of the project and provides a focused review of the evidence of metabolic disruption for selected EDCs. GOLIATH will generate the world's first integrated approach to testing and assessment (IATA) specifically tailored to MDCs. GOLIATH will focus on the main cellular targets of metabolic disruption-hepatocytes, pancreatic endocrine cells, myocytes and adipocytes-and using an adverse outcome pathway (AOP) framework will provide key information on MDC-related mode of action by incorporating multi-omic analyses and translating results from in silico, in vitro, and in vivo models and assays to adverse metabolic health outcomes in humans at real-life exposures. Given the importance of international acceptance of the developed test methods for regulatory use, GOLIATH will link with ongoing initiatives of the Organisation for Economic Development (OECD) for test method (pre-)validation, IATA, and AOP development.
Published: 2020

31. The trouble with endocrine disruptors

Author: Daniel Zalko, Catherine Viguié, Exposition, Perturbation Endocrino-métabolique et Reproduction (ToxAlim-EXPER), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX)
Subjects: 0303 health sciences, business.industry, [SDV]Life Sciences [q-bio], MEDLINE, 030209 endocrinology & metabolism, Environmental Exposure, Complex Mixtures, Endocrine Disruptors, Wastewater, [SDV.MHEP.EM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Bioinformatics, Biochemistry, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Endocrinology, Toxicity Tests, Animals, Humans, Medicine, Endocrine system, Environmental Pollutants, business, Molecular Biology, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, 030304 developmental biology
Published: 2020

32. 1H-NMR metabolomics response to a realistic diet contamination with the mycotoxin deoxynivalenol

Author: Alassane-Kpembi, Imourana, Canlet, Cecile, Tremblay-Franco, Marie, Jourdan, Fabien, Chalzaviel, Maxime, PINTON, Philippe, Cossalter, Anne Marie, Achard, Caroline, Castex, Mathieu, Combes, Sylvie, Bracarense, Ana Paula L., Oswald, Isabelle P., Ecole Polytechnique d'Abomey Calavi (EPAC), Université d’Abomey-Calavi = University of Abomey Calavi (UAC), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), MedDay Pharmaceuticals, Biosynthèse & Toxicité des Mycotoxines (ToxAlim-BioToMyc), Plateforme Ezop (Ezop), Lallemand SAS, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), State University of Londrina = Universidade Estadual de Londrina, Occitanie Region, Lallemand Animal Nutrition, France, ANR project ExpoMycoPig (ANR-17-Carn012), University of Abomey Calavi (UAC), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Subjects: Mycotoxin, Pig, Histology, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Intestine Mycotoxin, Metabolomics, [SDV.TOX.TVM]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Vegetal toxicology and mycotoxicology, Saccharomyces cerevisiae boulardii, [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, Intestine
Abstract: International audience; Low-level contamination of food and feed by mycotoxin deoxynivalenol (DON) is unavoidable. We investigated the effects of subclinical challenge with DON, and dietary supplementation with probiotic yeast Saccharomyces cerevisiae boulardii I1079 as preventive strategy. Thirty-six piglets were randomly assigned to four different diets: control diet, diet contaminated with DON (3 mg/kg), diet supplemented with yeast (4x10 9 CFU/kg), or DON-contaminated diet supplemented with yeast, for four weeks. Plasma samples were collected for biochemistry, and tissue samples for histology. 1 H-NMR untargeted metabolomics of plasma and liver were also explored. DON induced no significant modification of biochemistry parameters. However, higher lesional scores were observed and metabolomics highlighted alteration of the metabolism of amino acids and 2-oxocarboxylic acids. Administration of yeast impacted aminoacyl-tRNA synthesis and metabolism of amino acids and glycerophospholipids. Yeast supplementation to DON-exposed piglets prevented histological alterations, while partial least square discriminant analysis underlined similarity of their plasma metabolic profile to control group. In contrast to plasma, the effect on liver metabolome remained marginal, indicating that the toxicity of the mycotoxin was not abolished. These data indicate that 1 H-NMR metabolomics profile is a good biomarker for subclinical exposure to DON, and supplementation with S. cerevisiae boulardii increases piglet resilience to this mycotoxin.
Published: 2020

33. Synergic toxic effects of food contaminant mixtures in human cells

Author: Imourana Alassane-Kpembi, Marc Audebert, Pascal Sanders, Daniel Zalko, Valérie Fessard, Benjamin Kopp, Ludovic Le Hégarat, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Fougères - ANSES, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université du Québec à Montréal = University of Québec in Montréal (UQAM), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: DNA damage, DNA repair, [SDV]Life Sciences [q-bio], Health, Toxicology and Mutagenesis, DNA Repair Inhibition, chemistry.chemical_element, 010501 environmental sciences, Toxicology, medicine.disease_cause, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Genetics, medicine, Cytotoxicity, Genetics (clinical), 030304 developmental biology, 0105 earth and related environmental sciences, 0303 health sciences, Cadmium, Mutagenesis, 3. Good health, chemistry, Biochemistry, 13. Climate action, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Environmental toxicology, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Genotoxicity
Abstract: Humans are exposed to multiple exogenous substances, notably through food consumption. Many of these compounds are suspected to impact human health, and their combination could exacerbate their harmful effects. We previously observed in human cells that, among the six most prevalent food contaminant complex mixtures identified in the French diet, synergistic interactions between component appeared in two mixtures compared with the response with the chemicals alone. In the present study, we demonstrated in human cells that these properties are driven only by two heavy metals in each mixture: tellurium (Te) with cadmium (Cd) and Cd with inorganic arsenic (As), respectively. It appeared that the predicted effects for these binary mixtures using the mathematical model of Chou and Talalay confirmed synergism between these heavy metals. Based on different cell biology experiments (cytotoxicity, genotoxicity, mutagenesis and DNA repair inhibition experiments), a detailed mechanistic analysis of these two mixtures suggests that concomitant induction of oxidative DNA damage and decrease of their repair capacity contribute to the synergistic toxic effect of these chemical mixtures. Overall, these results may have broad implications for the fields of environmental toxicology and chemical mixture risk assessment.
Published: 2020

34. Important Considerations for Sample Collection in Metabolomics Studies with a Special Focus on Applications to Liver Functions

Author: Lorraine Smith, Cécile Canlet, Hervé Guillou, Nicolas J. Cabaton, Sandrine P. Claus, Joran Villaret-Cazadamont, Sandrine Ellero-Simatos, Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), LNC Therapeut, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: 0301 basic medicine, Computer science, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Operating procedures, [SDV]Life Sciences [q-bio], High variability, lcsh:QR1-502, Review, Computational biology, 01 natural sciences, Biochemistry, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, Metabolomics, blood, Molecular Biology, standard operating procedures, 010401 analytical chemistry, Nutritional status, tissue, metabolomics, urine, 0104 chemical sciences, 3. Good health, 030104 developmental biology, Liver metabolism, feces, liver function, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, cells, Sample collection, Liver function, Liver functions, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; Metabolomics has found numerous applications in the study of liver metabolism in health and disease. Metabolomics studies can be conducted in a variety of biological matrices ranging from easily accessible biofluids such as urine, blood or feces, to organs, tissues or even cells. Sample collection and storage are critical steps for which standard operating procedures must be followed. Inappropriate sample collection or storage can indeed result in high variability, interferences with instrumentation or degradation of metabolites. In this review, we will first highlight important general factors that should be considered when planning sample collection in the study design of metabolomic studies, such as nutritional status and circadian rhythm. Then, we will discuss in more detail the specific procedures that have been described for optimal pre-analytical handling of the most commonly used matrices (urine, blood, feces, tissues and cells).
Published: 2020

35. Improving lipid mapping in Genome Scale Metabolic Networks using ontologies

Author: Pierre van Delft, Laetitia Fouillen, Maxime Chazalviel, Nathalie Poupin, Corinne Pouyet, Jessica Dalloux-Chioccioli, Pauline Le Faouder, Benoit Colsch, Spiro Khoury, Florence Vinson, Fanny Viars, Justine Bertrand-Michel, Sarah Guez, Aurélie Batut, Anthony Tournadre, Fabien Jourdan, Arthur Moreau, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul Lipidomics, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MedDay Pharmaceuticals, Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work was supported by the French Ministry of Research and National Research Agency as part of the French MetaboHUB, the national metabolomics and fluxomics infrastructure (Grant ANRINBS-0010) and by PhenoMeNal project, European Commission’s Horizon 2020 program (Grant Agreement No. 654241). AM was funded by INRA Human Nutrition division (project Halomics coordinated by Nicolas Cabaton). MC is unded by MedDay Pharmaceuticals, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateau MetaToul-LIPIDOMIQUE = MetaToul-Lipidomics, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Subjects: Computer science, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Clinical Biochemistry, [INFO.INFO-DS]Computer Science [cs]/Data Structures and Algorithms [cs.DS], Metabolic network, Context (language use), Computational biology, Metabolic networks, Ontology (information science), Biochemistry, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Metabolomics, Lipidomics, 030304 developmental biology, computer.programming_language, 0303 health sciences, Ontology, Network mapping, Python (programming language), Lipids, Identifier, Gene Ontology, Mapping, 030220 oncology & carcinogenesis, Original Article, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], computer, Metabolic Networks and Pathways
Abstract: Introduction To interpret metabolomic and lipidomic profiles, it is necessary to identify the metabolic reactions that connect the measured molecules. This can be achieved by putting them in the context of genome-scale metabolic network reconstructions. However, mapping experimentally measured molecules onto metabolic networks is challenging due to differences in identifiers and level of annotation between data and metabolic networks, especially for lipids. Objectives To help linking lipids from lipidomics datasets with lipids in metabolic networks, we developed a new matching method based on the ChEBI ontology. The implementation is freely available as a python library and in MetExplore webserver. Methods Our matching method is more flexible than an exact identifier-based correspondence since it allows establishing a link between molecules even if a different level of precision is provided in the dataset and in the metabolic network. For instance, it can associate a generic class of lipids present in the network with the molecular species detailed in the lipidomics dataset. This mapping is based on the computation of a distance between molecules in ChEBI ontology. Results We applied our method to a chemical library (968 lipids) and an experimental dataset (32 modulated lipids) and showed that using ontology-based mapping improves and facilitates the link with genome scale metabolic networks. Beyond network mapping, the results provide ways for improvements in terms of network curation and lipidomics data annotation. Conclusion This new method being generic, it can be applied to any metabolomics data and therefore improve our comprehension of metabolic modulations.
Published: 2020

36. MetExplore: Omics data analysis in the context of metabolic networks

Author: Chazalviel, Maxime, Rohan, Adrien, Poupin, Nathalie, Vinson, Florence, Frainay, Clément, Cottret, Ludovic, Jourdan, Fabien, MedDay Pharmaceuticals, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Laboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement (LIPME), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2020

37. INPUT OF DEEP PHENOTYPING IN THE METABOLIC SYNDROME STRATIFICATION

Author: Monnerie, Stéphanie, Pétéra, Mélanie, Canlet, Cécile, Castelli, Florence, Colsch, Benoit, Fenaille, Francois, Joly, Charlotte, Jourdan, Fabien, Lenuzza, Natacha, Lyan, Bernard, Martin, Jean-Francois, Migné, Carole, Morais, José A, Poupin, Nathalie, Vinson, Florence, Thevenot, Etienne, Junot, Christophe, Gaudreau, Pierrette, Comte, Blandine, Pujos-Guillot, Estelle, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Plateforme d’Exploration du Métabolisme, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), MetaboHUB, Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Laboratoire d'Etude du Métabolisme des Médicaments (LEMM), Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut National de Recherche en Agriculture, Alimentation et Environnement (INRAE), Université Paris Saclay (COMUE), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Division de Gériatrie, Centre de recherche du Centre universitaire de santé McGill, McGill University, Département de médecine, Centre de Recherche du Centre hospitalier de l’Université de Montréal, Université de Montréal (UdeM), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB, MetaToul AXIOM (E20), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Laboratoire Sciences des Données et de la Décision (LS2D), Département Métrologie Instrumentation & Information (DM2I), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Centre de Recherche du Centre Hospitalier de l’Université de Montréal (CR CHUM), Centre Hospitalier de l'Université de Montréal (CHUM), Université de Montréal (UdeM)-Université de Montréal (UdeM)-Centre Hospitalier de l'Université de Montréal (CHUM), Université de Montréal (UdeM)-Université de Montréal (UdeM), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Plateforme d'Exploration du Métabolisme PFEM, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry
Abstract: IntroductionMetabolic syndrome (MetS), defined as a cluster of cardiometabolic factors, is a public health challenge because of its growing prevalence. In the context of personalized medicine, new tools are necessary to bring additional knowledge about MetS etiology, better stratify populations and customise strategies for prevention. The objective of this study was to characterize the MetS phenotypic spectrum using complementary untargeted metabolomics platforms (HRMS, RMN).Technological and methodological innovationA case-control study was designed within the Quebec NuAge cohort1. Six complementary untargetedmetabolomic/lipidomic approaches were performed on serum samples collected at recruitment and 3 years later. Procedures were set up to guaranty the inter-laboratory standardisation from sample preparation to data processing, performed using reproducible online Galaxy workflows. A full feature selection strategy was developed to build a comprehensive molecular MetS signature, stable over time.Results and impactA wide range of metabolites (lipids, carbohydrates, amino-acids, peptides…) reflecting subject stability and providing new insights about underlying mechanisms, were found to be modulated. An optimized reduced signature was proposed, allowing good prediction performances (12% misclassification, AUC=0.95, CI:[0.92-0.98]). These results demonstrated the interest of a multidimensional molecular phenotyping as part of the next generation of medicine tools in the frame of noncommunicable diseases.References[1] Gaudreau P et al., 2007. Rejuvenation Res.10(3):377-386.
Published: 2020

38. Fast-Quenching Standard Comparison of two sampling and extraction protocols to perform metabolomic studies on human adherent cells

Author: Villaret-Cazadamont, Joran, Butin, Noémie, Martin, Jean-Francois, Tremblay-Franco, Marie, Canlet, Cécile, Jamin, Emilien L., Gautier, Roselyne, Zalko, Daniel, Cabaton, Nicolas J., Bellvert, Floriant, Poupin, Nathalie, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Plateau MetaToul-LIPIDOMIQUE = MetaToul-Lipidomics, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), MetaToul Lipidomics, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul, Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Poupin, Nathalie, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2020

39. Modelling intrahepatic metabolic rewiring during the onset of obesity using arterio- venous blood metabolomics profiles

Author: Nathalie Poupin, Marie Tremblay-Franco, Cécile Canlet, Aurélien Amiel, Didier Rémond, Laurent Debrauwer, Dominique Dardevet, Fabien Jourdan, Isabelle Savary-Auzeloux, Sergio Polakof, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université
Subjects: [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2020

40. 1H-NMR metabolomics response to a realistic diet contamination with the mycotoxin deoxynivalenol: Effect of probiotics supplementation

Author: Mathieu Castex, Marie Tremblay-Franco, Caroline Achard, Philippe Pinton, Ana Paula Frederico Rodrigues Loureiro Bracarense, Fabien Jourdan, Anne Marie Cossalter, Cécile Canlet, Imourana Alassane-Kpembi, Maxime Chalzaviel, Sylvie Combes, Isabelle P. Oswald, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université d'Abomey-Calavi, University of Abomey Calavi (UAC), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), MedDay Pharmaceuticals, Biosynthèse & Toxicité des Mycotoxines (ToxAlim-BioToMyc), Plateforme Ezop (Ezop), Lallemand S.A.S., Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Lab. Patologia Animal, and State University of Londrina = Universidade Estadual de Londrina
Subjects: pig, Biology, Toxicology, law.invention, histology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Probiotic, 0404 agricultural biotechnology, Metabolomics, law, mycotoxins, Metabolome, Food science, Mycotoxin, intestine, 030304 developmental biology, Subclinical infection, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Saccharomyces cerevisiae boulardii, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, Metabolism, 040401 food science, metabolomics, Yeast, 3. Good health, chemistry, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Toxicity, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Food Science
Abstract: International audience; Low-level contamination of food and feed by deoxynivalenol (DON) is unavoidable. We investigated the effects of subclinical treatment with DON, and supplementation with probiotic yeast Saccharomyces cerevisiae boulardii I1079 as a preventive strategy in piglets. Thirty-six animals were randomly assigned to either a control diet, a diet contaminated with DON (3 mg/kg), a diet supplemented with yeast (4 × 109 CFU/kg), or a DON-contaminated diet supplemented with yeast, for four weeks. Plasma and tissue samples were collected for biochemical analysis, 1H-NMR untargeted metabolomics, and histology. DON induced no significant modifications in biochemical parameters. However, lesion scores were higher and metabolomics highlighted alterations of amino acid and 2-oxocarboxylic acid metabolism. Administering yeast affected aminoacyl-tRNA synthesis and amino acid and glycerophospholipid metabolism. Yeast supplementation of piglets exposed to DON prevented histological alterations, and partial least square discriminant analysis emphasised similarity between the metabolic profiles of their plasma and that of the control group. The effect on liver metabolome remained marginal, indicating that the toxicity of the mycotoxin was not eliminated. These findings show that the 1H-NMR metabolomics profile is a reliable biomarker to assess subclinical exposure to DON, and that supplementation with S. cerevisiae boulardii increases the resilience of piglets to this mycotoxin.
Published: 2020

41. 1H-NMR metabolomics response to a realistic diet contamination with the mycotoxin deoxynivalenol

Author: Alassane-Kpembi, Imourana, Canlet, Cecile, Tremblay-Franco, Marie, Jourdan, Fabien, Chalzaviel, Maxime, Pinton, Philippe, Cossalter, Anne Marie, Achard, Caroline, Castex, Mathieu, Combes, Sylvie, Bracarense, Ana Paula L., Oswald, Isabelle P., OSWALD, Isabelle, Ecole Polytechnique d'Abomey Calavi (EPAC), Université d’Abomey-Calavi = University of Abomey Calavi (UAC), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), MedDay Pharmaceuticals, Biosynthèse & Toxicité des Mycotoxines (ToxAlim-BioToMyc), Plateforme Ezop (Ezop), Lallemand SAS, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), State University of Londrina = Universidade Estadual de Londrina, Occitanie Region, Lallemand Animal Nutrition, France, and ANR project ExpoMycoPig (ANR-17-Carn012)
Subjects: Pig, Mycotoxin, Histology, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Intestine Mycotoxin, [SDV.TOX.TVM]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Vegetal toxicology and mycotoxicology, Saccharomyces cerevisiae boulardii, [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, Intestine, [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.TOX.TCA] Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, [SDV.TOX.TVM] Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Vegetal toxicology and mycotoxicology, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Metabolomics
Abstract: International audience; Low-level contamination of food and feed by mycotoxin deoxynivalenol (DON) is unavoidable. We investigated the effects of subclinical challenge with DON, and dietary supplementation with probiotic yeast Saccharomyces cerevisiae boulardii I1079 as preventive strategy. Thirty-six piglets were randomly assigned to four different diets: control diet, diet contaminated with DON (3 mg/kg), diet supplemented with yeast (4x10 9 CFU/kg), or DON-contaminated diet supplemented with yeast, for four weeks. Plasma samples were collected for biochemistry, and tissue samples for histology. 1 H-NMR untargeted metabolomics of plasma and liver were also explored. DON induced no significant modification of biochemistry parameters. However, higher lesional scores were observed and metabolomics highlighted alteration of the metabolism of amino acids and 2-oxocarboxylic acids. Administration of yeast impacted aminoacyl-tRNA synthesis and metabolism of amino acids and glycerophospholipids. Yeast supplementation to DON-exposed piglets prevented histological alterations, while partial least square discriminant analysis underlined similarity of their plasma metabolic profile to control group. In contrast to plasma, the effect on liver metabolome remained marginal, indicating that the toxicity of the mycotoxin was not abolished. These data indicate that 1 H-NMR metabolomics profile is a good biomarker for subclinical exposure to DON, and supplementation with S. cerevisiae boulardii increases piglet resilience to this mycotoxin.
Published: 2020

42. Improving prediction of essential genes using context-specific metabolic network ensembles

Author: Rodríguez-Mier, Pablo, Poupin, Nathalie, de Blasio, Carlo, Le Cam, Laurent, Jourdan, Fabien, Poupin, Nathalie, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2020

43. Inhibition of enteric methanogenesis in dairy cows induces changes in plasma metabolome highlighting metabolic shifts and potential markers of emission

Author: Yanibada, Bénédict, Hohenester, Ulli, Pétéra, Mélanie, Canlet, Cécile, Durand, Stéphanie, Jourdan, Fabien, Boccard, Julien, Martin, Cécile, Eugène, Maguy, Morgavi, Diego, Boudra, Hamid, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Genève (UNIGE), Benedict Yanibada was supported by a CIFRE (Industrial Agreements of Training by Research) PhD studentship funded by the ANRT (National Association of Research and Technology). This study is part of a collaborative project led by INRAE and funded by 11 institutes and private companies: Adisseo France SAS (Antony, France), Agrial (Caen, France), APIS-GENE (Paris, France), Deltavit (Janze, France), DSM Nutritional Products AG (Kaiseraugst, Switzerland), Institut de l'Elevage (Paris, France), Lallemand (Blagnac, France), Moy Park Beef Orleans (Fleury-les-Aubrais, France), Neovia (Saint Nolff, France), Techna France Nutrition (Coueron, France), and Valorex (Combourtille, France). Metabolomic analysis were performed within the metaboHUB French infrastructure (ANR-INBS-0010)., ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Genève = University of Geneva (UNIGE)
Subjects: métabolome plasmatique, ddc:615, rumen, Biological techniques, Body Weight, lcsh:R, lcsh:Medicine, food and beverages, méthanogenèse entérique, Milk Proteins, Chemical biology, Article, Diet, régime alimentaire, Metabolome, Animals, Cattle, lcsh:Q, Intestinal Mucosa, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Energy Metabolism, lcsh:Science, Methane, Biomarkers
Abstract: International audience; There is scarce information on whether inhibition of rumen methanogenesis induces metabolic changes on the host ruminant. Understanding these possible changes is important for the acceptance of methane-reducing practices by producers. In this study we explored the changes in plasma profiles associated with the reduction of methane emissions. Plasma samples were collected from lactating primiparous Holstein cows fed the same diet with (Treated, n = 12) or without (Control, n = 13) an anti-methanogenic feed additive for six weeks. Daily methane emissions (CH4, g/d) were reduced by 23% in the Treated group with no changes in milk production, feed intake, body weight, and biochemical indicators of health status. Plasma metabolome analyses were performed using untargeted [nuclear magnetic resonance (NMR) and liquid chromatography-mass spectrometry (LC–MS)] and targeted (LC–MS/MS) approaches. We identified 48 discriminant metabolites. Some metabolites mainly of microbial origin such as dimethylsulfone, formic acid and metabolites containing methylated groups like stachydrine, can be related to rumen methanogenesis and can potentially be used as markers. The other discriminant metabolites are produced by the host or have a mixed microbial-host origin. These metabolites, which increased in treated cows, belong to general pathways of amino acids and energy metabolism suggesting a systemic non-negative effect on the animal.
Published: 2020

44. Calcium delivery by electroporation induces in vitro cell Ddeath through mitochondrial dysfunction without DNA damages

Author: Marie-Pierre Rols, Isabelle Fourquaux, Audrey Montigny, H. Baaziz, Laure Gibot, Marc Audebert, Rols, Marie-Pierre, Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Interactions moléculaires et réactivité chimique et photochimique (IMRCP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre de Microscopie Électronique Appliquée à la Biologie (CMEAB), Toulouse Réseau Imagerie-Genotoul ( TRI-Genotoul), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Hôpital de Rangueil, CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse], Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital de Rangueil, CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Fluides, Energie, Réacteurs, Matériaux et Transferts (FERMAT), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IDeAS - Interfaces Dynamiques et Assemblages Stimulables (IDeAS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Hôpital de Rangueil, CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Toulouse Réseau Imagerie-Genotoul ( TRI-Genotoul), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0301 basic medicine, Cancer Research, Electrochemotherapy, Programmed cell death, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, chemistry.chemical_element, Médecine humaine et pathologie, spheroids, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Mitochondrion, Calcium, magnesium, Bleomycin, calcium electroporation, electrochemotherapy, genotoxicity, mitochondria, lcsh:RC254-282, Article, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, medicine, Cytotoxicity, Cisplatin, Electroporation, lcsh:Neoplasms. Tumors. Oncology. Including cancer and carcinogens, 3. Good health, 030104 developmental biology, Oncology, chemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, Cancer research, Human health and pathology, medicine.drug
Abstract: International audience; Adolescent cancer survivors present increased risks of developing secondary malignancies due to cancer therapy. Electrochemotherapy is a promising anti-cancer approach that potentiates the cytotoxic effect of drugs by application of external electric field pulses. Clinicians proposed to associate electroporation and calcium. The current study aims to unravel the toxic mechanisms of calcium electroporation, in particular if calcium presents a genotoxic profile and if its cytotoxicity comes from the ion itself or from osmotic stress. Human dermal fibroblasts and colorectal HCT-116 cell line were treated by electrochemotherapy using bleomycin, cisplatin, calcium, or magnesium. Genotoxicity, cytotoxicity, mitochondrial membrane potential, ATP content, and caspases activities were assessed in cells grown on monolayers and tumor growth was assayed in tumor spheroids. Results in monolayers show that unlike cisplatin and bleomycin, calcium electroporation induces cell death without genotoxicity induction. Its cytotoxicity correlates with a dramatic fall in mitochondrial membrane potential and ATP depletion. Opposite of magnesium, over seven days of calcium electroporation led to spheroid tumor growth regression. As non-genotoxic, calcium has a better safety profile than conventional anticancer drugs. Calcium is already authorized by different health authorities worldwide. Therefore, calcium electroporation should be a cancer treatment of choice due to the reduced potential of secondary malignancies.
Published: 2020

45. A Bayesian network approach for the identification of relationships between drivers of chlordecone bioaccumulation in plants

Author: Cyril Feidt, Régis Tournebize, Yohan Liber, Maurice Mahieu, Denis Cornet, Jean-Philippe Bedell, François Laurent, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agrosystèmes tropicaux (ASTRO), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherches Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux (URAFPA), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherches Zootechniques (URZ), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and convention DRTT2017-162-68 of the prefectures of Guadeloupe and Martinique in the framework of the Plan Chlordecone III
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Insecticides, Health, Toxicology and Mutagenesis, media_common.quotation_subject, West Indies, Land management, H02 - Pesticides, 010501 environmental sciences, Biology, 01 natural sciences, Pollution par l'agriculture, Environmental Chemistry, Soil Pollutants, Guadeloupe, Insecticide, 0105 earth and related environmental sciences, media_common, West indies, Land use, Méthode statistique, Ecology, Bayesian network modeling, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, Bayesian network, Bayes Theorem, General Medicine, 15. Life on land, Pesticide, Pollution, Bioaccumulation, Chlordecone, Gestion foncière, Identification (biology), Habit, Chlordécone, [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], P02 - Pollution
Abstract: International audience; Plants were sampled from four different types of chlordecone-contaminated land in Guadeloupe (West Indies). The objective was to investigate the importance of biological and agri-environmental parameters in the ability of plants to bioaccumulate chlordecone. Among the plant traits studied, only the growth habit significantly affected chlordecone transfer, since prostrate plants concentrated more chlordecone than erect plants. In addition, intensification of land use has led to a significant increase in the amount of chlordecone absorbed by plants. The use of Bayesian networks uncovers some hypothesis and identifies paths for reflection and possible studies to identify and quantify relationships that explain our data.
Published: 2020

46. Evaluation of the genotoxic potential of apoptosis inducers with the γH2AX assay in human cells

Author: Daniel Zalko, Marc Audebert, Laure Khoury, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: 0301 basic medicine, Health, Toxicology and Mutagenesis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Blotting, Western, Gene Expression, Apoptosis, 010501 environmental sciences, medicine.disease_cause, 01 natural sciences, Histones, 03 medical and health sciences, Clastogen, In vivo, Cell Line, Tumor, Genetics, medicine, Biomarkers, Tumor, Humans, H2AX, Phosphorylation, Micronuclei, Chromosome-Defective, 0105 earth and related environmental sciences, Micronucleus Tests, Chemistry, Mutagenicity Tests, Epithelial Cells, Hep G2 Cells, In vitro, 3. Good health, Biomarker, 030104 developmental biology, Micronucleus, Proto-Oncogene Proteins c-bcl-2, Cell culture, Cancer research, Cell lines, Genotoxicity, Mutagens
Abstract: Human risk assessment of genotoxic chemicals is an important area of research. However, the specificity of in vitro mammalian genotoxicity assays is sometime low, as they yield to misleading positive results that are not observe in in vivo studies. Apoptosis can be a confounding factor in the interpretation of the results. Recently, a new strategy for genotoxicity screening, based on the combined analysis of phosphorylated histones H2AX (gamma H2AX) and H3 (pH3), was proposed to discriminate efficiently aneugenic from clastogenic compounds. However, gamma H2AX biomarker could also be induce by apoptosis. The aim of the present study was to investigate the specificity of this genotoxic biomarker. For this purpose, we analyzed 26 compounds inducing apoptosis by different mechanism of action, with the gamma H2AX assay in three human cell lines after 24 h treatment. Most of the tested chemicals were negative in the assay, whatever the cell line tested. The few compounds that generated positive data have also been report positive in other genotoxicity assays. The data presented here demonstrate that the gamma H2AX assay is not vulnerable to the generation of misleading positive results by apoptosis inducers. Currently, no formal guidelines have been approve for the gamma H2AX assay for regular genotoxicity studies, but we suggest that this biomarker could be used as a new standard genotoxicity assay.
Published: 2019

47. Un mélange équilibré de protéines végétales permet une homéostasie protéique tissulaire normale grâce à l’activation de remaniements métaboliques des acides aminés

Author: Fouillet, Hélène, Rémond, Didier, Mariotti, François, Lépine, Gaïa, Mathé, Véronique, David, Jérémie, Hermier, Dominique, Poupin, Nathalie, Tremblay-Franco, Marie, Guérin-Deremaux, Laetitia, Lefranc-Millot, Catherine, Huneau, Jean-François, Polakof, Sergio, Physiologie de la Nutrition et du Comportement Alimentaire (PNCA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Roquette Frères, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), MetaToul AXIOM (E20), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), and Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; Introduction et but de l’étude : Dans le contexte de la transition nutritionnelle en cours vers davantage de protéines végétales (PV) et moins de protéines animales (PA) pour des raisons de durabilité, les PV sont réputées de moindre qualité que les PA du fait de leurs moindres teneurs en acides aminés indispensables. Ici, nous avons analysé comment la composition corporelle et le métabolisme protéique tissulaire varient selon la source protéique et les nutriments énergétiques.Matériel et méthodes : 44 rats Wistar mâles ont été nourris avec 4 régimes iso-protéiques (15% de l’énergie du régime, couvrant les besoins des rats en croissance) constitués de PA (lait) ou PV (50-50 blé-pois) avec des teneurs en lipides et sucres simples normales (N, 27% et 6% de l’énergie du régime, respectivement) ou hautes (H, 55% et 20%, respectivement). Consommation alimentaire, poids et composition corporelle (IRM) ont été suivis pendant 4 mois avant euthanasie et prélèvement de tissus (intestin, foie, muscles tibialis anterior et gastrocnemius). Les masses des protéines tissulaires ont été mesurées par analyse élémentaire de leur contenu en N. Les flux de protéosynthèses tissulaires ont été mesurés par traçage isotopique au ²H (surchargei.p. initiale de ²H2O à 99,9% 2j avant l’euthanasie, puis ²H2O à 5% comme eau de boisson), et calculés à partir des enrichissements en ²H dans l’alanine libre et liée aux protéines tissulaires mesurés en GC-MS. En outre, nous avons estimé l’ampleur des remaniements métaboliques des acides aminés dans les tissus par les écarts d’abondance naturelle en 15N entre protéines alimentaires et tissulaires (Δ15N, ‰), mesurés en EA-IRMS.Résultats et Analyse statistique : Les 4 régimes étaient associés à des consommations de protéines et d’énergie totale similaires, mais avec de plus fortes consommations de lipides (x 2,2) et saccharose (x 2,6) pour les régimes H vs N. Cette consommation plus grasse et sucrée (H vs N) induisait un poids corporel ~10% supérieur du fait d’une masse grasse ~35% supérieure, avec une masse maigre similaire et des masses et flux de synthèses protéiques similaires dans tous les tissus sauf le foie où ils étaient ~20% supérieurs. La source protéique (PV vs PA) n’affectait ni le poids, ni la masse maigre, ni les masses et flux de synthèses protéiquestissulaires. Mais par rapport aux PA, les PV induisaient une plus grande orientation des acides aminés vers les processus isotopiquement discriminants de transaminations dans tous les tissus étudiés (Δ15N supérieurs de ~0,25 à 0,45 ‰).Conclusion : Un mélange équilibré de protéines de céréales et légumineuses assure tout aussi bien que les protéines de lait la synthèse et le renouvellement des protéines des différents tissus, grâce à l’activation de remaniements métaboliques permettant d’adapter le profil d’apport en acides aminés à la demande métabolique tissulaire. Ces remaniements métaboliques ont vraisemblablement un coût et un impact sur le métabolisme énergétique qu’il serait intéressant d’explorer, notamment dans le contexte du risque cardiométabolique.
Published: 2019

48. Par rapport aux protéines de lait, un mélange de protéines de blé et de pois limite l’insulino-résistance et la lipogenèse de novo induites par un régime riche en lipides et saccharose

Author: Polakof, Sergio, Huneau, Jean-François, Hermier, Dominique, Rémond, Didier, Lépine, Gaîa, David, Jérémie, Mathé, Veronique, Poupin, Nathalie, Tremblay-Franco, Marie, Guérin-Deremaux, Laetitia, Lefranc-Millot, Catherine, Mariotti, François, Fouillet, Helene, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Physiologie de la Nutrition et du Comportement Alimentaire (PNCA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Roquette Frères, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Roquette, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), MetaToul AXIOM (E20), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), and Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Introduction et but de l’étude : Dans le contexte de la transition nutritionnelle en cours vers davantage de protéines végétales (PV) et moins de protéines animales (PA) au sein des régimes occidentaux pléthoriques associés à un fort risque cardiométabolique, nous avons étudié l’impact de la source protéique alimentaire sur la composition corporelle, la résistance à l’insuline et la lipogenèse de novo (LDN) selon les nutriments énergétiques.Matériel et méthodes : 44 rats Wistar mâles ont été nourris avec 4 régimes iso-protéiques (15% de l’énergie du régime, couvrant les besoins des rats en croissance) constitués de PA (lait) ou PV (mélange 50-50 blé-pois) avec des teneurs en lipides et saccharose normales (N, 27% et 6% de l’énergie du régime, respectivement) ou hautes (H, 55% et 20%, respectivement). Consommation alimentaire, poids, composition corporelle (IRM) et insulino-résistance (indice HOMA-IR) ont été suivis pendant 4 mois avant euthanasie et prélèvement du foie et du tissu adipeux épididymaire (TAE). Dans ces tissus, les contenus en lipides et triglycérides ont été quantifiés après extraction par solvants et séparation en couche mince, et les flux de LDN ont été estimés par traçageisotopique au ²H (surcharge initiale de ²H2O à 99,9% par perfusion intrapéritonéale 2j avant l’euthanasie, puis ²H2O à 5% comme eau de boisson), en mesurant les enrichissements en ²H dans le plasma et les triglycérides tissulaires en EA-IRMS. La LDN totale a été calculée comme la somme de la LDN du foie et de celle de l’ensemble des tissus adipeux, elle-même calculée par extrapolation de celle du TAE.Résultats et Analyse statistique : Les 4 régimes étaient associés à des consommations protéique et énergétique similaires, avec de plus fortes consommations de lipides (x 2,2) et saccharose (x 2,6) dans les régimes H vs N. Au terme des 4 mois, le régime gras et sucré (H vs N) induisait un HOMA-IR ~30% supérieur en moyenne sur les 2 sources protéiques, mais cet effet était moins marqué pour les PV que les PA, avec un HOMA-IR ~30% inférieur pour PV vs PA en régime H. Le régime gras et sucré (H vs N) induisait aussi une masse grasse corporelle ~35% supérieure (pour une même masse maigre) et une LDN totale ~65% supérieure. Plusspécifiquement au niveau du foie, la proportion et la masse de lipides et la LDN étaient ~50% supérieures. Concernant la source protéique (PV vs PA), elle n’affectait ni les masses grasse et maigre corporelles ni la LDN totale mais par contre au niveau du foie, la proportion et la masse de lipides étaient ~15% inférieures et la LDN ~25% inférieure avec PV vs PA.Conclusion : Par rapport aux PA, un mélange équilibré de PV assure une même masse protéique tout en limitant la LDN hépatique et l’insulino-résistance induite par un régime gras et sucré, ce qui fait que les PV pourraient réduire le risque cardiométabolique comme le suggèrent les études épidémiologiques. Des analyses en cours pourraient permettre de préciser les modifications métaboliques permettant d’expliquer ces effets.
Published: 2019

49. Pathway analysis in metabolomics: Recommendations for the use of over-representation analysis

Author: Pablo Rodriguez-Mier, Cecilia Wieder, Fabien Jourdan, Nathalie Poupin, Rachel P. J. Lai, Timothy M. D. Ebbels, Clément Frainay, Florence Vinson, Jacob G. Bundy, Juliette Cooke, Imperial College London, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This research was funded in whole, or in part, by the Wellcome Trust [222837/Z/21/Z]. CW is supported by a Wellcome Trust PhD Studentship [222837/Z/21/Z]. RPJL receives support from the UK Medical Research Council (MR/R008922/1). JC is supported by a state-funded PhD contract (MESRI (Minister of Higher Education, Research and Innovation)). FJ is supported by the French Ministry of Research and National Research Agency as part of the French MetaboHUB, the national metabolomics and fluxomics infrastructure (Grant ANR-INBS-0010), and MetClassNet project (ANR-19-CE45-0021 and DFG: 431572533), ANR-19-CE45-0021,MetClassNet,Nouvelles approches pour combiner les réseaux métaboliques et la métabolomique non ciblée(2019), ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LESUR, Hélène, Nouvelles approches pour combiner les réseaux métaboliques et la métabolomique non ciblée - - MetClassNet2019 - ANR-19-CE45-0021 - AAPG2019 - VALID, Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - - METABOHUB2011 - ANR-11-INBS-0010 - INBS - VALID, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Physiology, Computer science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Datasets as Topic, Biochemistry, 0302 clinical medicine, Metabolites, Biology (General), Protein Metabolism, 0303 health sciences, Ecology, Genomics, Pathway analysis, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Chemistry, Identification (information), Physiological Parameters, Computational Theory and Mathematics, 030220 oncology & carcinogenesis, Modeling and Simulation, Physical Sciences, Metabolic Pathways, Selection method, Transcriptome Analysis, Metabolic Networks and Pathways, Network Analysis, Research Article, Chemical Elements, Computer and Information Sciences, QH301-705.5, MEDLINE, Computational biology, Over representation, Metabolic Networks, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, Metabolomics, Genetics, KEGG, Set (psychology), Molecular Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, Body Weight, Computational Biology, Reproducibility of Results, Biology and Life Sciences, Genome Analysis, Metabolism
Abstract: Over-representation analysis (ORA) is one of the commonest pathway analysis approaches used for the functional interpretation of metabolomics datasets. Despite the widespread use of ORA in metabolomics, the community lacks guidelines detailing its best-practice use. Many factors have a pronounced impact on the results, but to date their effects have received little systematic attention. Using five publicly available datasets, we demonstrated that changes in parameters such as the background set, differential metabolite selection methods, and pathway database used can result in profoundly different ORA results. The use of a non-assay-specific background set, for example, resulted in large numbers of false-positive pathways. Pathway database choice, evaluated using three of the most popular metabolic pathway databases (KEGG, Reactome, and BioCyc), led to vastly different results in both the number and function of significantly enriched pathways. Factors that are specific to metabolomics data, such as the reliability of compound identification and the chemical bias of different analytical platforms also impacted ORA results. Simulated metabolite misidentification rates as low as 4% resulted in both gain of false-positive pathways and loss of truly significant pathways across all datasets. Our results have several practical implications for ORA users, as well as those using alternative pathway analysis methods. We offer a set of recommendations for the use of ORA in metabolomics, alongside a set of minimal reporting guidelines, as a first step towards the standardisation of pathway analysis in metabolomics., Author summary Metabolomics is a rapidly growing field of study involving the profiling of small molecules within an organism. It allows researchers to understand the effects of biological status (such as health or disease) on cellular biochemistry, and has wide-ranging applications, from biomarker discovery and personalised medicine in healthcare to crop protection and food security in agriculture. Pathway analysis helps to understand which biological pathways, representing collections of molecules performing a particular function, may be involved in response to a disease phenotype, or drug treatment, for example. Over-representation analysis (ORA) is perhaps the most common pathway analysis method used in the metabolomics community. However, ORA can give drastically different results depending on the input data and parameters used. Here, we have established the effects of these factors on ORA results using computational modifications applied to five real-world datasets. Based on our results, we offer the research community a set of best-practice recommendations applicable not only to ORA but also to other pathway analysis methods to help ensure the reliability and reproducibility of results.
Published: 2021

50. Collaborative efforts to develop adverse outcome pathways: Oxidative DNA damage leading to chromosomal aberrations and mutations

Author: Cho, E., Allemang, A., Audebert, M., Vinita Chauhan, Dertinger, S., Hendriks, G., Luijten, M., Marchetti, F., Peel, L., Pfuhler, S., Roberts, D. J., Trenz, K., Yauk, C. L., Health Canada, Carleton University, Procter and Gamble, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Litron Labs, Partenaires INRAE, National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), Health and Environmental Sciences Institute, Charles River, Boehringer Ingelheim, and Environmental Mutagenesis & Genomics Society (EMGS).
Subjects: [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2019

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